Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402853.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5905.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2480
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Found at i:326 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3--2473 Score: 2402
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 169
1 TA
* * * * *
3 AAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCCTTAT
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* ** * *
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65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TACATTTTT
* * * * ** * *
131 AGTTATAATAGATTATAATTGAATGATTGTCTTGGGAAACGTG
128 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATG
* * *
174 CAGAAAAAACTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * *
238 TTACTCGCTTCAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGGTTTTTTATATTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
* * * * *
302 CGTTAAAACAGACTATATTTGAATGTCTA-CTAAGAGAAACGTA
128 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCT-TGAGAAACATG
* * * * * * * *
345 AAGAAATAAGCATTCATTGACAAGAACAGTTCATTTATAGCCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAA-AAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * ** * *
410 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTGATAATTGATTTTTTGATGAATTTTTTCAC-TTTTTGG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
474 TTAAAACGGATTATAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACGTG
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* * *** ** * * *
515 AAGAAATAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTATTTTTATAGTTTCTTATTCCTTTAAAAGGCTTAT
1 AAGAAA-AAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
580 TACTCGCTTCAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTGCATTTTCT-
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TG
* **
644 -TTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
129 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* * *
685 AAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAA-AAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
750 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTTTACATTATT
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTT
* * * * ** * *
815 GGCTAAAAGAGATTATAATTG-ATGTGTAGCTCAAGTAACGT-
128 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* * * * *
856 AACGAAAAAGCTATTCGTAAT-G-AAGAAAAGTCCATTTATTGTGACCTATTCCTTCAAAAGCCA
1 AA-GAAAAAAC-ATTC--ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
919 TATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTT
62 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* **
983 TGGTTAAAACAGACTATAGTTGACCGTCTACCTTGAGAAACATG
127 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* * * * * * * ** *
1027 AAGAAAAATCCATTCACTAGCAA-AAAAATTCATTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAATCATA
1 AAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
1091 TTACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTCACCTTTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * *
1156 GTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTTTACCTCGTGAAACATG
129 GTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATG
* ** * *
1198 AATAAAAAGGTATTAATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
1263 TACTTGCTTTAAATAGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * *
1328 TTAAAACTGACTATAATTAAATGTATAGCTTGAGAAACATG
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* * * *
1369 AAGAAACAAGCATTCATTGGAAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAA-AAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * *
1434 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTACAATTTTTTTTACATTATAG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* * * * * **
1499 TTTAAAGA-ATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGTAATGTG
129 GTTAAA-ACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* *
1541 AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATTCCTTCAAAAGCCATAT
1 AAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
1606 TACTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* *
1671 TTAAAACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTTAAGAAACATG
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* * * * *
1712 AAGAAAAAGACATTCACTGGCAAAAAAAGTCCATTGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** ** * * * * *
1777 TACTCATTTTAAACAGTTTTATAATATCATAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTTAGATTTTTTG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * *
1842 TTAATACAGACTAGAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATA
130 TTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATG
* * * * * *
1883 AAGAGAAAACCATTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGA-AAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * * *
1948 TACTCGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAGGTTCAATTTTTTTTGCATTATTG
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
2013 GTTAAAAAATATTATAATTGATTGTCTAGCTGGAGAAACATG
129 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* * * *
2055 AAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATT
1 AAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
2120 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
66 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * ** * *
2185 TGAAATAGACTATAATTGAAGGTTTACCTCCAGAAACGTA
131 TAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATG
* * * *
2225 AAGAAAAAGACATTCACTGGCACA-AAAAGTCCATTTATATTCGTCC-ATTCCTTCGAAAGCCTT
1 AAGAAAAA-ACATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
2288 ATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTTTAGATTTTT
63 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
2353 GGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTA
128 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG
* ** * * * *
2396 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTATTTCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
*
2461 TACTTGCTTTAAA
65 TACTCGCTTTAAA
2474 ATGTTTT
Statistics
Matches: 1904, Mismatches: 350, Indels: 92
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 38 0.02
170 426 0.22
171 1090 0.57
172 329 0.17
173 17 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAGAAACATG
Done.