Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402859.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5910.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 927
Length: 1545
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Found at i:580 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1532 Score: 1310
Period size: 170 Copynumber: 9.0 Consensus size: 171
** * * *
1 GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCGTTCTTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAA
* * * *
65 AAGCCTTATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * ***
129 CATTTTTAGTTAAAATAGACTGTAATTGAATT-T-TTTTTCAG
130 CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG-ATTGTCTACCTCAG
* * * *
170 GAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCTCA--CCTTC
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA--CTCATTCTTTC
* * * *
232 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * **
297 TACATTTTTAGTTAAAGA-AAATTATAATTGACTATTTGCCTTGG
128 TACATTTTTGGTTAAA-ACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
* * * * * *
341 GAATCATGAAGAAAAAGCTATTCGTTGACTAGAAAATTCTATTTATAGTCACTCATGTCTTT-GA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-TCTTTCAA
* ** *
405 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
470 TATTTTTGGTTAAAA-AAATTATATTTGATTATCGACCTCAG
130 CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
* * * *
511 GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATTTTTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAA
* * * * * * * *
576 AGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTCAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
641 GTTTTTGGTTAAAACATATTCTAATTGAATGTTTGCCTTAG
131 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
* * * ** * *
682 GAAACATGAAGAAAAAGGCACTCATTCATTA-AAAAGTCT-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAA
* * * * * * *
745 AGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGCTAAATTTTTTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
810 ATTTTTGGTTTAGACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAA
131 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
* * * *
851 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATGGAGAAGAAAAGTCTACTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAA
* * ** * * * *
915 AAGTCATATTTTTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
980 CATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTC-G
130 CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
* * * ** *
1021 AAAAATATGAAGAAAATGGAATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC-TTCA
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
* ** * * *
1084 AAAGCCTTATCACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT-TACATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * * ** * *
1148 TACTTTTTTTATCAGAGCAAATTATAATTGAATGTCTATGTTAT
128 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
** * ** *
1192 GAAACGCGAAGAGAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCTTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATTCTTTCAA
* * * * * * *
1256 AAGCCTGACTACTCACTTT-AATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGCTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
1320 CATTTTTTGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TG
130 CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
* * * * *
1361 AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAA-AAAAG-CTCATTTATACTAACTCATACCTTT
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAT-TCTTT
* * * * *** * *
1424 -GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTACGGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTT
62 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
1488 TTAAATTTTTGGTTAAAATAAATTAAAATTGATTGTCTACCTCAG
127 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
1533 AAAATGTGAA
Statistics
Matches: 1105, Mismatches: 225, Indels: 63
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 247 0.22
170 443 0.40
171 406 0.37
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAG
Found at i:632 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1545 Score: 1447
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
* * * * *
1 GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCGTTCTTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATTCTTT-AA
* * *
65 AAGCCTTATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAA-TTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * *** * * *
129 CATTTTTAGTTAAAATAGACTGTAATTGAATT-T-TTTTTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATT
129 TATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTG-ATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
192 CATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCTCA--CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
192 CATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA--CTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
* * * *
254 AACGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGA-AAA
254 AATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA-ACAAA
* * *
318 TTATAATTGACTATTTGCCTTGG
318 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * *
341 GAATCATGAAGAAAAAGCTATTCGTTGACTAGAAAATTCTATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-TCTTTAAA
* **
406 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
* * * *
471 ATTTTTGGTTAAAAAAATTATATTTGATTATCGACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCAT
130 ATTTTTGGTTAAAAAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* **
536 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGT
195 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * ** * * *
601 TTTATAATCTTAGAATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTCATGTTTTTGGTTAAAACATATTCTAAT
260 TTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAAT
666 TGAATGTTTGCCTT-A
325 TGAATGTTTGCCTTGA
* * * * *
681 GGAAACATGAAGAAAAAGGC-ACTCATTCATTA-AAAAGTCT-TTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 -GAAACATGAAGAAAAA-GCAATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATT-CTTTA
* * * * *
743 AAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGCTAAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * * *
808 ATATTTTTGGTTTAGACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
128 ATATTTTTGG-TTAAAAAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * ** **
873 CATGGAGAAGAAAAGTCTACTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGTCATATTTTTTGCTTTAAA
192 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
* * *
937 TGGTTTTGTAATCTCATAACT-GATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATT
256 TGGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATT
*
1001 ATAATTGAATGTTTGCCTCGA
320 ATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * *
1022 AAAATATGAAGAAAATGGAATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCAATTCA-TTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTAAA
* ** * * *
1086 AGCCTTATCACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT-TACATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
** * ** * ** * * * *
1150 CT-TTTTTTATCAGAGCAAATTATAATTGAATGTCTATGTTATGAAACGCGAAGAGAAAGCCATT
129 -TATTTTTGGTTA-AAAAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
** * * *
1214 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCTTTCGAAAGCCTGACTACTCACTTT-AA
192 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
* * * *
1277 TAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAAATTA
256 TGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTA
*
1342 TAATTGAATGTTTACCTTGA
321 TAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * * *
1362 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAAAAAAG-CTCATTTATACTAACTCATACCTTTGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACTAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAT-TCTTTAA
* * * *** * * *
1426 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTACGGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * *
1491 AATTTTTGGTTAAAATAAATTAAAATTGATTGTCTACCTCAGAAAATGTGAAGAA
129 TATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAA
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 202, Indels: 63
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 100 0.10
340 410 0.42
341 439 0.45
342 21 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
TTTTTGGTTAAAAAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATT
GAATGTTTGCCTTGA
Found at i:966 original size:510 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1--1519 Score: 1460
Period size: 510 Copynumber: 3.0 Consensus size: 506
* *
1 GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCGTTCTTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTTTTTCAA
** *
65 AAGCCTTATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAC
64 AAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTT-C
* * * * * * *
130 A-TTTTTAGTTAAAATAGACTGTAATTGAATTTTTTTTCAGGAAACATAAAGAAAAA-GCTATTC
127 ATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTC
* *
193 ATTGGCA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCC-TCACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
190 ATT--CATAGAAAAG-TCTTTTATAGTCACCCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
256 CGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGA-AAATT
251 TGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAGACAAATT
* * * * * * * * * * *
320 ATAATTGACTATTTGCCTTGGGAATCATGAAGAAAAAGCTATTCGTTGACTAGAAAATTCTATTT
315 ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATGGACAAGAAAAGTCTACTT
** * ** *
385 ATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGA
380 ATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGA
* * * *
450 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAATTATATTTG-AT-TATCGACCTC-A
445 TTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGT-TCG-CCTCGA
* ** * *
510 GGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATTTTTTCAA
1 -GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAA
* * * *
575 AAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAGAATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTCA
64 AAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTCA
* * * *
640 TGTTTTTGGTTAAAACATATTCTAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCACTC
128 T-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTG--TTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* *
705 ATTCATTA-AAAAGTCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGA
190 ATTCA-TAGAAAAGTCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* ** * * * * *
769 TTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTTAGACAGATTATAA
254 TTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAGACAAATTATAA
* * * *
834 TTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATGGAGAAGAAAAGTCTACTTATAG
319 TTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATGGACAAGAAAAGTCTACTTATAG
* ** * **
899 TCAC-CTAT-TCCTTCAAAAGTCATATTTTTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATT
384 TCACTC-ATGT-CTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATT
* * *
962 TTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGA
447 TTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTTCGCCTCGA
* * * *
1022 AAAATATGAAGAAAATGGAATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAA
* * * *
1086 AGCCTTATCACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT-TACATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTA
65 AGCCTTAT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGGTTAAAT-TTTTT-
* * * * * ** * *
1150 CTTTTTTTA-TCAGAGCAAATTATAATTGAATGTCTATGTTATGAAACGCGAAGAGAAAGCCATT
126 CATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT-T-TGTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
** * * * * *
1214 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCTTTCGAAAGCCTGACTACTCACTTT-AAT
189 CATTCAT-AGAAAAGTCT-TTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
1278 -AGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAAATTA
252 GA-TTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAGACAAATTA
* * * *
1342 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAA-AAAAG-CTCATT
316 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATGGA-CAAGAAAAGTCT-ACT
* * ** ** * * * * ** *
1405 TATACTAACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTACGGTCTCATAATTG
379 TATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTG
* * * * * *
1470 ATTTTAGGTTGAA-TATTTTTAAATTTTTGGTTAAAATAAATTAAAATTGA
444 ATTTTAAGTTAAAGT-TTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGA
1520 TTGTCTACCT
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 152, Indels: 65
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 11 0.01
510 434 0.53
511 300 0.36
512 74 0.09
513 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (506 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAA
GCCTTATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTCATTT
TTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTCAT
AGAAAAGTCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
ATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAGACAAATTATAATTGAATG
TTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATGGACAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCA
TGTCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAA
AGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTTCGCCTCGA
Done.