Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402862.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5913.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 807
Length: 1346
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:546 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5--1346 Score: 1061
Period size: 172 Copynumber: 7.8 Consensus size: 172
1 AAGT
* * * *
5 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCCTATTA-TTCA-CTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-AGCTT
* * * * ** * * *
68 TAAATGGTTTTATGATCCCAAAATTGATTTTACGTTCAACGTTTTT-TGC-TTTTCAGGTTAAAA
65 TAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA--TTTTTGTACATTTTTA-GTTAAAA
* * * * * * * *
131 CATA-TTATAATTAAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAG-AAGAGAGC
127 TAGACTT-GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-GC
*********** * * *
177 ATTCATTGGTNNNNNNNNNNCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTG
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTTT
* * * * * * * *
241 AAATGGCTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAG
66 AAAAGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAG
* * ** * * *
305 ACTTTAATTGAATATCTATGTTGAGAAACGTAAAGAGAAAGGC
130 ACTTGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* ** * * * *
348 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATGCATTCCTTCAAGAGCCTTTTTACTCAGC-TC
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTTT
* * * *
412 AAAAGATGTTATAATCCCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAG
66 AAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAATAG
* * * *
477 GCTTGAATTGATTGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGC
130 ACTTGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * * * *
520 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACTTTCAAAAGCCGTATTAC-TCGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTTT
* * * * * * * * *
584 AAATGGTTTTGTAATGTCATAATTTATTTTAACTTGAATTTTTCTATATTTTTTA-TGT-AAA-A
66 AAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACA-TTTTTAGT-TAAAATA
** * *
646 GACTAT-AATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGT-ATAGAAAAAGGC
129 GACT-TGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGC
* *
690 ATTCA-TCGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTA-CTT
1 ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTT
* * ** ** *
753 TAAATGTTTTTATAATCTCAAAACCGATTTAAATTTGAATTCTTCATGCATTTTTAGTTAAAATA
65 TAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAATA
* **
818 GACTAGAATTGAATG-CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAC
129 GACTTGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * *
861 ATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTT-TAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTAC-TAGCTAT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTTT
* * * * * * * *
924 AAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTGTTTTATATTTTTAGTT-AAAC
66 AAAAGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTT-TTGTACATTTTTAGTTAAAAT
* *
986 AGACTAT-AATTGAATTTCTACCTAGAG-AA-ATGTAACGAAAAAGGC
128 AGACT-TGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AA-GAAAAAGGC
* * * *
1031 ATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTAATTACTTA-CTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTTT
* * * * *
1095 AAATGGTTTTAGAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTT-GATTAAAACA
66 AAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTAG-TTAAAATA
* * * * *
1159 GACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGT
129 GACTTGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
*** * *
1203 ATTCAACAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTA-ATTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTTT
* * *
1267 AAATA-GTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTACAATA
66 AAA-AGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTAGTTAAAATA
*
1331 GACTAGAATTGAATGT
129 GACTTGAATTGAATGT
Statistics
Matches: 926, Mismatches: 200, Indels: 88
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 29 0.03
170 238 0.26
171 245 0.26
172 400 0.43
173 8 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAGCTTT
AAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGA
CTTGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
Found at i:1047 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5--1344 Score: 1334
Period size: 343 Copynumber: 3.9 Consensus size: 337
1 AAGT
* * * *
5 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCCTATTA-TTCACTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTT
* * * * ** * * * *
69 AAATGGTTTTATGATCCCAAAATTGATTTTACGTTCAACGTTTTTTGC-TTTTCAGGTTAAAACA
65 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA--TTCTTTGCATTTTTA-GTTAAAATA
* * * * * * * * * ***********
133 TATTATAATTAAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGTNNNNNNNNNNC
127 GACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
198 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTGAAATGGCTTTGTAATGCCATA
192 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTT-AAATGGTTTTGTAATGCCATA
* * * ** *
262 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAGACTTTAATTGAATATCTATGTT
255 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAA-AGACTATAATTGAATATCTACCTA
*
327 GAGAAACGTAAAGAGAAAGGC
318 GAGAAACGT-AAGAAAAAGGC
* ** * * * *
348 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATGCATTCCTTCAAGAGCCTTTTTACTCAGC-TC
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-CTTT
* * * *
412 AAAAGATGTTATAATCCCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAG
65 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG--CATTTTTAGTTAAAATAG
* * * * * *
477 GCTTGAATTGATTGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
128 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
542 TTTATGGTCACCCATACTTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAAT
193 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGC-TTAAATGGTTTTGTAATGCCATAAT
* * * *
607 TTATTTTAACTTGAATTTTTCTATATTTTTTA-TGTAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-
257 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGT-TAAAAGACTATAATTGAATATCTACCT-AG
*
670 AAAAACGTATAGAAAAAGGC
319 AGAAACGTA-AGAAAAAGGC
* *
690 ATTCA-TCGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTT
1 ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
* **
754 AAATGTTTTTATAATCTCAAAACCGATTTAAATTTGAATTCTTCATGCATTTTTAGTTAAAATAG
65 AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT--TGCATTTTTAGTTAAAATAG
* *
819 ACTAGAATTGAATG-CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAGGTCCA
128 ACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
*
883 TTT-TAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTATAAATGGTTTTGTAATGCCATAAT
193 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCT-TAAATGGTTTTGTAATGCCATAAT
*
947 TGATTTTAAGTT-AATTTTGTTTTATATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTAG
257 TGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTTATATTTTTAGTTAAA-AGACTATAATTGAATATCTACCTAG
*
1011 AGAAATGTAACGAAAAAGGC
319 AGAAACGTAA-GAAAAAGGC
* * * *
1031 ATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTAATTACTTACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
* * * * * *
1096 AATGGTTTTAGAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGATTAAAACAGA
66 AATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCAT-TTTTAG-TTAAAATAGA
* * * ***
1161 CTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCAACAGCAAGAAAAGTCCAT
129 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * *
1226 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAATTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAAT
194 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TAGCTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAAT
* * * * * * *
1290 TCATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTACAATAGACTAGAATTGAAT
257 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTA-AA-AGACTATAATTGAAT
1345 GT
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 141, Indels: 63
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.01
340 83 0.10
341 218 0.26
342 198 0.24
343 279 0.34
344 39 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
AATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCATTTTTAGTTAAAATAGACT
AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAGACTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACG
TAAGAAAAAGGC
Found at i:1172 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 197--1345 Score: 1277
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 510
187 NNNNNNNNNN
* * * * * *
197 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGCTTTGTAATGC-CAT
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-GTTTTATAAT-CTCAA
* * * * * ** * **
261 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAGACTTTAATTGAATATCTATGT
64 AATCGATTTAAATTTGAATTTTTATACATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAAT-GCTACCT
* * ** * ** *
326 TGAGAAACGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATGCATTCCTTC
128 TGAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC
* * *
391 AAGAGCCTTTTTACTCAGCTCAAAAGATGTTATAATCCCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
193 AAAAGCCTTATTACTCAGCTCAAAAGATGTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTT
* * * * *
456 GTACATTTTTGGTTAAAATAGGCTTGAATTGATTGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGCA
258 GTACATTTTTAGTTAAAACAGACTTGAATTGATTGTCTACCTAGAGAA-CATGAAGAAAAAGGCA
* * * * *
521 TTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACTTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAA
322 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAA
* * * * *
586 ATGGTTTTGTAATGTCATAATTTATTTTAACTTGAATTTTTCTATATTTTTTATGTAAAAGACTA
387 ATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAACTTGAATTTTTCTATATTTTTGATGTAAAAGACTA
* * * *
651 TAATTGAATGTCTACC-TCAAAAA-ACGTATAGAAAAAGGCATTCATC-GCTAAGAAAAGTC
452 GAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATG-A-AGAAAAAAGCATTCAACAGC-AAGAAAAGTC
*
710 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAA
* * *
775 ACCGATTTAAATTTGAATTCTTCATGCATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGCTACCTT
65 ATCGATTTAAATTTGAATT-TTTATACATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGCTACCTT
* * *
840 GAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTT-TAGTCACCCATACCTTTA
129 GAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
* * * * * * *
904 AAAGCCTTATTACT-AGCT-ATAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTG
194 AAAGCCTTATTACTCAGCTCA-AAA-GATGTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCT-
* *
966 TTTTATATTTTTAGTT-AAACAGACTAT-AATTGAATT-TCTACCTAGAGAA-ATGTAACGAAAA
256 TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-TGAATTG-ATTGTCTACCTAGAGAACATG-AA-GAAAA
* * * *
1027 AGGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCC-TAATTACTTA
317 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGT-ATTACTCA
* * *
1091 CTTTAAATGGTTTTAG-AATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGAT-TA
381 CTTTAAATGGTTTT-GTAATCTCAAAATTGATTTAAACTTGAATT-TTTCTATATTTTTGATGT-
* * *
1154 AAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCAACAGCAAGAAA
443 AAA-AGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAACAGCAAGAAA
1219 AGTC
507 AGTC
* *
1223 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAA
* * *
1288 ATTC-ATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTACAATAGACTAGAATTGAATG
65 A-TCGATTTAAATTTGAAT-TTTTATACATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATG
1346 T
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 81, Indels: 42
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.01
510 4 0.01
511 130 0.24
512 86 0.16
513 266 0.50
514 43 0.08
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAA
TCGATTTAAATTTGAATTTTTATACATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGCTACCTTGA
GAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
AGCCTTATTACTCAGCTCAAAAGATGTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTA
CATTTTTAGTTAAAACAGACTTGAATTGATTGTCTACCTAGAGAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAACTTGAATTTTTCTATATTTTTGATGTAAAAGACTAGAAT
TGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAACAGCAAGAAAAGTC
Done.