Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402865.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5916.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:479 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3--3997 Score: 3173
Period size: 171 Copynumber: 23.3 Consensus size: 171
1 TG
* * * * * * * *
3 GCTTTCTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACACAAAATATAAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* ** * * * *
68 AAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTCAAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * *
133 GGCTTGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATG
131 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * * ** * *
174 GCTTTATCTTCATGTTTCTCGAGATATATATTTGATTATAGTATGTTTTAACT-AAAAATATAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAA
* * * * * * *
238 ACTAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCA
65 A-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* *
303 AAGGCATTGGGTAACTACAAATGGAC-TTTCTTGCTAATGAATAA
129 AAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-A
* * * * *
347 G-TTTTCCTTTAGGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * * *
411 TAATTCAACCTAAAATAAATTATAAGATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * *
476 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATG-ATA
131 GGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * * ***
517 GCTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATATTCTATTTTTACCGAAAATATAAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * ** * * * * *
582 ATATTTAACTGAAAATCAATTACCAGATTACAAAACTATTTGAAGCGGGTAATAAGGC-TTTCAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * *
646 GGGAGTGGGTAAATATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG-ATA
131 GGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * **
687 GCCTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATATAAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * * * *
752 AAATCCAACTTAAAATTAATTATGACATTA-AAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCCTTCAAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * ** * *
816 GGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATG
131 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * * * * * * *
857 GCTCTGTCTTTACATTAGCT-AAGGCAAACATCCAAATATAATCTGTTTTAATGAAAAACATAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTT-TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * *
921 AAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA
65 AAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * *
985 AAGGTATAGGTGACTACAAATGGACTTTGCTTACTAATG-ATA
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * ** * * * *
1027 GCCTTTTTCTTCACATATCTCAATTTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTCACT-AAAAATGTAA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAATATAA
** * * * * * * * *
1091 AGGAATTCAATTTAAAATCAATTATAACATTATAATACCATTTCAAGTGAGTAATTAGGCTTTTG
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
*** *
1156 AAGGCATAAATAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * ** * * *
1198 GGTTTTTTTCTCACTTTTCTCTAGATAGGGATTCAATTATAATTTATTTTAACT-AAAAATGTAA
1 GCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAA
* * * * * * *
1262 AAAACTACAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * *
1327 AAAGCATGGGTGACTAGAAATAGACTTTTTTTTTGCCAATGAA-A
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * *
1371 GGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAACTGCTTTAACAAAAAATGTAAA
1 -GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * * * *
1436 AACATTAAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCA
65 AAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * *
1500 AAGGCATAGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGC-ATATG-ATA
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA-ATGAATA
* * * * * * * *
1542 GCCTTTTTCTTCACATTCCTCAAGTTGGATATTCAATTATAATCTATTTTCACT-AAAAATGT-A
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAATATAA
* * * * * *
1605 AAGAATTTAACTTAAAATCAGTTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATTAA-GCTTTC
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTT-
* * * * * * * *
1669 CAAAGCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTAGCCATTGACTG
127 TAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * *
1714 GCTTTTTCTTCATCTTTTGT-AAGGCAGACATTTAATTATAATAT-TTTTAATAAAAAATATTAA
1 GCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAA
* * * * * *
1777 AAAAATTTAA-TTAAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATTAGGCTTTT
64 AAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * *
1841 GCAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG
128 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * ** * * *
1885 GATTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTTGATAATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAA
* * * * *
1949 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGTCTTTTGA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * *
2014 AGGTATGGGTGACTA-AAAGTGGACTTTTTTTGCTAATAAAT-
130 AGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * * * *
2055 GATTTTTTCTTTCAAGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAGATGTAA
1 G-CTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA
* * * * * *
2120 AATAATTGAACGTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * *
2185 AAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATG-ATA
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* ** * * * *
2227 GCCTTTTTCTTAACAATTC-CTAAGGTAGACATTCAACTATAATTTGTTTTCATAAAAAATGTAA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA
* * * * *
2291 GAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTTA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
*** * * * * * *
2356 AAGATTTAGGTGACTATAAAT-TAATTTTTTTG-TCAATAAATG
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATA
* * * ** *
2398 GCTTTTTCTTCACATCTC-CAAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAACTATAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * * * * * * *
2462 AAAATTTATCCTAACATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAGGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * * * *
2527 AGGCGTGCGTAAAC-AAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
130 AGGCATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
** * * * * * *
2569 GCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTTATAAAAAATGTAAAG
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * *
2634 CAGTTCAACCTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAA
66 AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
*
2698 AGG--TGGAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG-ATA
130 AGGCAT-G-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* ** ** * * *
2739 GCCTTTTTC-ACACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTTACT-AAAAATGTAA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAAATATAA
* * * * * *
2802 AAAAATTTAACTGAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTTAAGCGGGTAATAAGGCTTTCA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * *
2867 ATGGTATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-CATA
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * *** * ** * * *
2909 GCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAAACAGACATTTAATTATAATCTGCGTTCATCAAAAATGTAAA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * *
2974 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTAA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * * *
3038 AGGCATAGATGACTACAAATGGACTTTTTTTG-TCAATG-ATG
130 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATA
* * * ** * * * *
3079 GCCTTTTTCTTCACATTACTAAACTTAGATATTCAATTAAAATCTGTTTTCATTAAAAATATAAA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * * * * *
3144 AGAATTCAACTTAAAATCAATTATTATATTACAATACCATTTAAAGTGAGTAATTAA-GCTTTTA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTA
* ** * * ** *
3208 AAGGTATAAGTAACTATAAATGCACTTTTCTCACCAATGAATA
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * **
3251 GCTTTTTCTTTACTTTTTCTTCACTTTTTCTGAGATAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAATCG
1 GCTTTTTCTTCAC-GTTTC-TCA---------AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * *
3316 AAAATATAAAAAACTACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTC-TTTAAAGCGAGTAAT
55 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
3380 AAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAATTTT-TTG-TCAATGAATG
119 AAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATA
* * * * *
3432 GCTTTTTTTTTTTACGTTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAATAAAAAATGTAA
1 GC--TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA
* * * * *
3497 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* *
3562 AAGGCATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATG-ATA
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * * * * * *
3604 GCCTTTTTCTTCACATGTCT-AGAGTTAGATATTTAATTATAATCTGTTTT-CTCCAAAATTATA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATA
* * * * *
3667 AAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGTGTAATTAA-ACTTT
63 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTT
* * * * * *
3731 CAAAGCCACGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGC-ATTGAATA
127 TAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATA
* * * * * * *
3776 GCTTTATCTTCATGTTTTTCAA-ATCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AA
* * * * * ** *
3840 AAAAATTTAATTTGAAATGAATTATGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTA
64 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * * *
3905 AAGGCTTGAGTGACAAGAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATG
129 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
* * * **
3948 GCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATACATTTGA-TAGTAATCTGTTTTA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTA
Statistics
Matches: 3059, Mismatches: 655, Indels: 219
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 63 0.02
170 682 0.22
171 1391 0.45
172 612 0.20
173 166 0.05
174 8 0.00
181 16 0.01
182 110 0.04
183 11 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
Found at i:2182 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4--3997 Score: 2973
Period size: 341 Copynumber: 11.6 Consensus size: 340
1 TGG
* * * * *
4 CTTTCTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACACAAAATATAAAAA
1 CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACA-AAAATATAAAAA
* ** * * * *
69 AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTCAAAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * * * * *
134 GCTTGGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCTCGAGAT
130 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGT
* * ** * * * * *
199 ATATATTTGATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATATAAAACTAATTCAACCTAAAATTAATTATG
195 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * * * *
264 AGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATTGGGTAACTACAAATGGAC
259 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGAC
* *
329 -TTTCTTGCTAATGAATAA
323 TTTTTTTGCTAAT-AATGA
* * * * * * * * *
347 GTTTTCCTTTAGGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAT
1 CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATATAAAAA
* * * * *
412 AATTCAACCTAAAATAAATTATAAGATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * * * ** *
477 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATG-ATAGCTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGG
130 GCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGG
* * * * ** * * * *
541 TAAACATTCAATTATATTCTATTTTTACCGAAAATATAAAAATATTTAA-CTGAAAATCAATTAC
194 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTAT
* * * * * * * * * *
605 CAGATTACAAAACTATTTGAAGCGGGTAATAAGGC-TTTCAAGGGAGTGGGTAAATATAAATAGA
258 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGA
* *
669 CTTTTCTTGCTAATGAT-A
322 CTTTTTTTGCTAATAATGA
* * * *
687 GCCTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATATAAAA
1 -CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AACAAAAATATAAAA
* * * * * * *
752 AAATCCAACTTAAAATTAATTATGACATTA-AAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGCCTTCAAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
** * * * **
816 GGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTGTCTTTACAT-TAGCT-AA
129 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT-T-TTTTTTCATATTTCTCAA
* * * * ** *
879 GGCAAACATCCAAATATAATCTGTTTTAA-TGAAAAACATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATT
192 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * * * *
943 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTACAAATGG
256 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
** * * *
1008 ACTTTGCTTACTAATGATAGC
321 ACTTTTTTTGCTAATAAT-GA
* ** * * * * *
1029 CTTTTTCTTCACA-TATCTCAATTTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTCACTAAAAATGTAAAG
1 CTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATATAAAA
* * * * * * * * *
1093 GAATTCAATTTAAAATCAATTATAACATTATAATACCATTTCAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * * *
1158 GGCATAAATAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG-TTTTTTTCTCACT-TTTCTCTA
129 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTT-TCA-TATTTCTCAA
* ** * * * * * *
1221 GATAGGGATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTACAACATAAAATTAATTA
192 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * *
1286 TGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTAGAAATAGA
257 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * *
1351 CTTTTTTTTTGCCAATGAAAGG
322 C--TTTTTTTGCTAAT-AATGA
* * * * *
1373 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAA-ACTGCTTTAACAAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAAC-AAAAATATAAAA
* * * * *
1437 ACATTAAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAA
64 AAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * * * * *
1501 AGGCAT-AGGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGC-ATATG-ATAGCCTTTTTCTTCACATTCCTC
128 AGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA-ATGAAT-GGCTTTTTTTTCATATTTCTC
* * * * * * * * *
1563 AAGTTGGATATTCAATTATAATCTATTTTCACTAAAAATGT-AAAGAATTTAACTTAAAATCAGT
190 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * * * *
1627 TATTAGATTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATTAA-GCTTTCCAAAGCCATGGGTGACTATAAA
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTT-TAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
1691 TGAACTTTTCTAGCCATTGACTGG
318 TGGACTTTTTTTGCTAAT-AATGA
** * * * *
1715 CTTTTTCTTCATCTTT-TGTAAGGCAGACATTTAATTATAATAT-TTTTAATAAAAAATATTAAA
1 CTTTTTCTTCAAGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATA-TAAA
* * * * * * *
1778 AAAATTTAA-TTAAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGCGTGTAATTAGGCTTTTG
63 AAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * *
1842 CAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGATTTTTTTTCATGTTTCTCAA
127 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAA
* ** * *
1907 GGTATACATTTGATAATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
192 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * *
1972 TGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGTCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA-AAAGTGG
257 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGG
2036 ACTTTTTTTGCTAATAAATGA
321 ACTTTTTTTGCTAAT-AATGA
* * * *
2057 TTTTTTCTTTCAAGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAGATGTAAAA
1 CTTTTTC-TTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA-ATATAAAA
* * * * * *
2122 TAATTGAACGTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * *
2187 GG-TAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATG-ATAGCCTTTTTCTTAACA-ATTCCT
129 GGCT-TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GGCTTTTT-TT-TCATATTTCT
* * * * * *
2248 -AAGGTAGACATTCAACTATAATTTGTTTTCA-TAAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCG
189 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * * *** *
2311 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGACTTTTAAAGATTTAGGTGACTATAAA
253 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
2376 T-TAATTTTTTTG-TCAATAAATGG
318 TGGACTTTTTTTGCT-AAT-AATGA
* *
2399 CTTTTTCTTCACA-TCTC-CAAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAACTATAAA
1 CTTTTTCTTCA-AGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATATAAA
* * * * * * * *
2462 AAAATTTATCCTAACATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAGGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * * * * *
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128 AGGCTTGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAA
* * * ** *
2591 GGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTTA-TAAAAAATGTAAAGCAGTTCAACCTAAAAAT-AAT
192 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAAT
* *
2654 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGG--TGGAGGTAACTATAAA
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-G-GGTGACTATAAA
* * *
2717 TGGACTTTTCTTGCTAATGATAGC
318 TGGACTTTTTTTGCTAATAAT-GA
* * ** ** * * *
2741 CTTTTTC-ACACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTTACTAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATATAAAAA
* * * * * * *
2805 AATTTAACTGAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTTAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAATG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * *
2870 G-TATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-CATAGCCTTTTTCTTT-ACATTTCTCAA
130 GCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GGCTTTTT-TTTCATATTTCTCAA
*** * ** * * *
2932 AACAGACATTTAATTATAATCTGCGTTCA-TCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
192 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
* * * * *
2996 ATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTAAAGGCATAGATGACTACAAATGG
256 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* *
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321 ACTTTTTTTGCT-AATAAT-GA
* * ** * * * **
3081 CTTTTTCTTCACA-TTACTAAACTTAGATATTCAATTAAAATCTGTTTTCATTAAAAATATAAAA
1 CTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AACAAAAATATAAAA
* * * * * *
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64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTAA
* * * ** * * *
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128 AGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTTCA-TATTTC-T
* * * * * * *
3272 CACTTTTTCTGAGATAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAA-TCGAAAATATAAAAAACTACAAC
189 CA---------AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
*
3336 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGG
244 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGG
* *
3400 TGACTATAAATGGA-ATTTTTTG-TCAATGAATGG
308 TGACTATAAATGGACTTTTTTTGCT-AAT-AATGA
* * * * * *
3433 CTTTTTTTTTTTACGTTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAA-ACTGTTTTAATAAAAAATGTAA
1 C--TTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAA-CAAAAATATAA
* * * * *
3497 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
62 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * *
3562 AAGGCAT-AGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATG-ATAGCCTTTTTCTTCACATGTCT-
127 AAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GGCTTTTTTTTCATATTTCTC
* * * ** * * * * *
3624 AGAGTTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTCTCCAAAATTATAAAATAATTCAACTTAAAATCAA
190 A-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * * * * * * *
3689 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGTGTAATTAA-ACTTTCAAAGCCACGTGTGACTATAAA
254 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
3753 TAGACTTTTCTTAGC-ATTGAAT-A
318 TGGACTTTT-TTTGCTAAT-AATGA
* * * * *
3776 GCTTTATCTTCATGTTTTTCAA-ATCAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAA
1 -CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATAT-AA
* * * * * ** *
3840 AAAAATTTAATTTGAAATGAATTATGGGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTTA
62 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * * *
3905 AAGGCTTGAGTGACAAGAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA
127 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAA
* **
3970 GGTATACATTTGA-TAGTAATCTGTTTTA
192 GGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTA
Statistics
Matches: 2881, Mismatches: 641, Indels: 258
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 20 0.01
340 250 0.09
341 762 0.26
342 567 0.20
343 746 0.26
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345 12 0.00
351 1 0.00
352 75 0.03
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354 134 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAATATAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TTTTGCTAATAATGA
Found at i:3278 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 3252--3281 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
3242 CAATGAATAG
*
3252 CTTTTTCTTTA
1 CTTTTTCTTCA
3263 CTTTTTCTTCA
1 CTTTTTCTTCA
3274 CTTTTTCT
1 CTTTTTCT
3282 GAGATAGGCA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 18 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.23, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (11 bp):
CTTTTTCTTCA
Done.