Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402877.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5928.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 845
Length: 1409
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.08, T:0.45
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:492 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 453--494 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
443 ATTTCAATAG
*
453 TATCTTTTAACTATAAT
1 TATCTTTTATCTATAAT
*
470 TAT-TTTTATCT-TTAT
1 TATCTTTTATCTATAAT
485 TATCTTTTAT
1 TATCTTTTAT
495 TTAAAATAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.27
16 13 0.59
17 3 0.14
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (17 bp):
TATCTTTTATCTATAAT
Found at i:874 original size:249 final size:244
Alignment explanation
Indices: 566--1407 Score: 782
Period size: 249 Copynumber: 3.4 Consensus size: 244
556 TGTTTTTTAT
* * * * * * * *
566 TAAAATTAG-ACTTTTTTACTTAATTAACTTATTATGTTAACTCTAATACATTGACGTTAAAATT
1 TAAAATTAGAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACGTTAACT-TTACACATTTACGTTAAGATT
** * *
630 TAAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAGTTTTTATGTCAATTGTTACAGTTTTATGTCAAGATTT
65 TAAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAGTTTTTACATCAACTGTTACAGTTTTACGTCAAGATTT
* * * ********* *
695 ATTTATGACAGTTTTTAGCTATAATAATTGTTATTATTANNNNNNNNNNAAAAATTAAAATTTAT
130 ATCTATGACAATTTTTAACTATAATAATTGTTATTATT--TTTATATTTAAAAAATAAAATTTAT
*
760 ATATCGATAAACACATTTAG-CTGAAGAAAATATATTAAAATATTTATTTTTCAC
193 ATATCGATAAACACATTTAGTCTG-AG--AATATATTAAAACATTTATTTTTCAC
*
814 TAAAATTAGAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACGTTAACTTTCACATATTTACGTTAAGATT
1 TAAAATTAGAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACGTTAACTTT-ACACATTTACGTTAAGATT
* * *
879 TAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAGTTTTTGCATCAACTGTTACAGTTTTACGTCAAGATTT
65 TAAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAGTTTTTACATCAACTGTTACAGTTTTACGTCAAGATTT
* * *
944 ATCTATGTCAATTTTTAACTATAATTATTTTTATTATTTTTATATTTAAAAAATAAAATTTATAT
130 ATCTATGACAATTTTTAACTATAATAATTGTTATTATTTTTATATTTAAAAAATAAAATTTATAT
* * * * * *
1009 ATCGTTAAACACTTTTAGTTTGAGGATATATTTATACATTTATTTTTCAC
195 ATCGATAAACACATTTAGTCTGAGAATATATTAAAACATTTATTTTTCAC
* * * * *
1059 TAAAATTAGATTTTTTTTACTCAATAGACTTGTTAGGTTAACTCTTACACGTTTACGTTAAGATT
1 TAAAATTAGAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACGTTAACT-TTACACATTTACGTTAAGATT
* * * * * * * * * *
1124 TAAAATTTAGTTATTCTACTTTTATAAATTTTT-TATCGATTCTTATAATTTTACGTTAAGACTT
65 TAAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAGTTTTTACATCAACTGTTACAGTTTTACGTCAAGATTT
* * * * * *
1188 ATCGATGTCAA-TTTTATACTATAATTATTTTTATCCTAATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATT
130 ATCTATGACAATTTTTA-ACTATAATAATTGTTAT--T-ATT-TTTATATTTAAAAAATAAAATT
* * * * * * * * * * *
1252 TATATAACGTTACATACTTTTA-ACATGATAATATAAATATAAATATTTAATTATT-AT
190 TATATATCGATAAACACATTTAGTC-TGAGAATAT-ATTA-AAACATTT-ATTTTTCAC
* * * *
1309 TAAAATTAG-ACTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTATTATACATTTACGTTAAGATT
1 TAAAATTAGAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACGTTAACT-TTACACATTTACGTTAAGATT
1373 TAAAATTTAGTTATT-TCACCTTTATAAGTTTTTAC
65 TAAAATTTAGTTATTCT-ACCTTTATAAGTTTTTAC
1408 GT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 86, Indels: 28
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
243 5 0.01
244 50 0.10
245 107 0.22
246 3 0.01
247 38 0.08
248 59 0.12
249 210 0.43
250 16 0.03
251 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (244 bp):
TAAAATTAGAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACGTTAACTTTACACATTTACGTTAAGATTT
AAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAGTTTTTACATCAACTGTTACAGTTTTACGTCAAGATTTA
TCTATGACAATTTTTAACTATAATAATTGTTATTATTTTTATATTTAAAAAATAAAATTTATATA
TCGATAAACACATTTAGTCTGAGAATATATTAAAACATTTATTTTTCAC
Done.