Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018402885.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5935.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 689

Length: 1149
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37


Found at i:297 original size:171 final size:171

Alignment explanation


    Indices: 1--1148  Score: 1211
    Period size: 171  Copynumber: 6.7  Consensus size: 171

                *                             *                   *  *      *
          1 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAACCATTTGAAA
          1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG

                *   *   *  *          *   *    *          *           *    * 
         66 GAATAGGTAACTCTATATGGACTTTTTTTGTCAATAAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGCT
         66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTGCTTCACGTTTCCCGAGGT

             *      *        *                       
        131 AGACATTCCATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
        131 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA

                      *               *                  *         **        
        172 AATTCAACTTGAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAG
          1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG

                   *  * *                        *            * **    *      
        237 GAATGGGCGAATTTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCTTGTTGCTTTATATTTCTCGAGGT
         66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTGCTTCACGTTTCCCGAGGT

             *               *                       
        302 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGT-AAAA
        131 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA

                *                                        *                  *
        342 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGCCTTTTGAAT
          1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG

                                *        *     *                        **   
        407 GAATGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTCCCAATCAATGGCTT-TTG-TTGCACGTTTCATGAG
         66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTGTTGCTT-CACGTTTCCCGAG

            *        *      *           **   *        *
        470 TTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAAAGAAATATGTAAAAC
        129 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA

             *  **       *    *               *        *           *  *      
        513 AGTTTGACTTAAATTCAAGTATGAGATTATAAAATTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTATTGAAG
          1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG

                 *            **      *                   *     *          * 
        578 GAATGTGTGACTATAAATTAACTTTTGTT-CTCAATGAATAAGCTTATT-CTACACGTTTCCCAA
         66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT--GCTTGTTGCTTCACGTTTCCCGA

             *  * *               *             *        
        641 GATAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAAGATAAAAA
        128 GGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATG-TAAAAA

                                               *   *      *              *   
        685 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTAAAG
          1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG

                 *                       *      *           *  *  *          
        750 GAATGCGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATAAATGACTT-TTCCTACATGTTTCCCGAG
         66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTGTTGCTTCACGTTTCCCGAG

            *        *                 * *             
        813 TTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAA
        129 GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA

             *                                                      *        
        856 ACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAG
          1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG

                 *                           *       *  *  *  *  *       *   
        921 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTTATGAATGGTTTTTTCTGCATGTTTCCCAAGG
         66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCTTGTTGCTTCACGTTTCCCGAGG

                                                       
        985 TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-AAAA
        130 TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAA

             *     *                                  *  *          *        
       1026 AGTTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCCAGTAATAAGCTTTTTGAAG
          1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG

                *       *                 *               *           
       1091 GAATTGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTC
         66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTGCTTCACGTTTC

       1149 T


Statistics
Matches: 818,  Mismatches: 142, Indels: 35
        0.82            0.14        0.04

Matches are distributed among these distances:
 169    2  0.00
 170  254  0.31
 171  426  0.52
 172  133  0.16
 173    3  0.00

ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37


Consensus pattern (171 bp):   
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTGCTTCACGTTTCCCGAGGT
AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
Done.