Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402891.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5941.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 998
Length: 1664
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 60 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:514 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1661 Score: 948
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
* * * *
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* *********** *
66 TTATGATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-NNNNNNNNNNGGTAAGAAAAGTCC-
66 TTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAA-AAAAAGACAATTCATTAGCAAGAAAAG-CCT
*
129 ATTTATAGTCACCTACA-CCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTT
128 ATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
171 AAATAGTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
236 TTA-AATTGAATATTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGA-TATTCATTGGAAAGAAAAGTCC-
66 TTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAA-AAAAAGACAATTCATTAGCAAGAAAAG-CCT
********************
298 ATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
341 AAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATACTTTTGGCTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
406 TTACAATTGAATGTATGCCTAAGAAAACATGAAAAAAAAACAATTCATTACCAAGAAAAGCCTAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACATGAAAAAAAGACAATTCATTAGCAAGAAAAGCCTAT
* * * * *
471 CTATAGTCACCTAAGCCTTTACAAGCCTTATTGCTCACTTT
130 TTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ********** * *
512 AAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTAGTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
** * * *
577 CAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAGACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTA
66 TTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAA-AAAAAGACAATTCATTAGCAAGAAAAGCCTA
* ** ** *
641 TTTATAGTCA-CTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGTTCACTTT
129 TTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * ** * * * **
683 AAGTGGTCATATAATCTCTTAATTGATTGAAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * *
748 TTATATTTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAATAAAAAGA-TATTAATT-GACAAGAAAAGTCT
66 TTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAA-AAAAAGACAATTCATTAG-CAAGAAAAGCCT
* * * * *
811 ATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTT
128 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
854 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TTTGAAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTT-ATTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * *
917 GAATATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAAGAAAAAAAGA-TATTCATTAGTAGGAAAAGTAC
64 GATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAAAAAAGACAATTCATTAGCAAGAAAAG-CC
* * * *
981 -ATATATAGTCACCTATGGCTTCAAAAGCTTTATTAC-CTGCTTT
127 TATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTT
* * * * * * * * *
1024 AAATGATATTCTAATCTCATAAGTGACTTTAAGTTGAATTTGTTTATCATTTTTGGCTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
1089 ATTACAATT-AACTATCTGCCTAAGGAAACATGAAAGAAAAGCCAA-TCATTGGCAAGAAAAGCC
65 ATTATAATTGAA-TGTCTACCTAA-GAAACATGAAA-AAAAGACAATTCATTAGCAAGAAAAGCC
********** * *
1152 TATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTT
127 TATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * ********** *
1196 AAATGATTTTAGAATCTCATAATTGATTTGAAATTGATTTTTTTTATANNNNNNNNNNAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * *
1261 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAACAAAA-ACATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-
66 TTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAAAAAAGACA-ATTCATTAGCAAGAAAAG-CCT
* * * *
1324 ATTTATTGTCACCTATGCCTTGAAAAGCCTTATTATTCGCTTT
128 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** ** * *
1367 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTGATTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
1431 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AACCATGAAGAAAAAG-CCATTC-CTAGGCAAGAAAA-A
65 ATTATAATTGAATGTCTACC-T-AAGAAACATGAA-AAAAAGACAATTCATTA-GCAAGAAAAGC
* * * * * **
1492 TTCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTTCTTT
126 CT-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * *
1538 AAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTGAAGTTGAATCTTTTCACATTTTT-ATTACAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * *
1602 TTATGATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GACAAGAAAAG
66 TTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAA-AAAAAGACAATTCATTAG-CAAGAAAAG
1662 TCC
Statistics
Matches: 1124, Mismatches: 320, Indels: 93
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 62 0.06
170 300 0.27
171 653 0.58
172 107 0.10
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAAAAAAGACAATTCATTAGCAAGAAAAGCCTATT
TATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Done.