Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402894.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5944.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 686
Length: 1144
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Found at i:315 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1144 Score: 1140
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 168
* * *
1 TTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TCACCTTGGGAAACATGCAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTCT-TTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCT-ATCTTGAGAAACATGC---AAA
* * **
65 AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACTCATTCTTTCAAAAGTTTTATTACC
60 AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ATTCCTTCAAAAGGCTTATTACC
130 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
124 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
*
175 TTTTTTATATTTTACTTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTT-CTTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * * * * * **
240 GCCATTGATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGACACATATTCCTTCAAAAGGCTTATGACTTGCT
64 GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCT
*
305 TTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTT-AACT
128 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * **
346 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAGA-AGACTATAATTGAATGTCCA-CATTGGGAAACAACCAAAAA
1 TTTTTTACATTTTCT-TTAAA-ACAGA-TATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACATGCAAAAA
* * *
409 AAGCCATTCATTGAGAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTTAAAA-ACTTTATTACCC
62 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATTCCTTCAAAAGGC-TTATTACCC
* * * *
473 GCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAACTGATTCTAAGTTGATT
125 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * *
517 TTTTTTACATTTTTCTTTAAAATAGACCATAATTGAAAGCCT-TC-TCACAAA-AAGTATAGAAA
1 TTTTTTACA-TTTTCTTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGCA-A-AAA
* * ** * * * * *
579 AAGCCATTAATTGAGAAGAAAAATGAATTTTTAGTCACATATTCTTTCAAAAGTCTTATTTCTCG
62 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCG
* *
644 ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
126 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
687 TTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTATCTCGAAAAACATGTAGAAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTCTTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * * * * * * *
752 GCCATTGATTGACAAGAAAAGTGCATTTAGAGTTACCCATTACTTCAAAAGGCTTATTACTCG-T
64 GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCT
816 TTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
128 TT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
858 TTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTACCTTAAGAAACATGCAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTCT-TTAAAACAGA-TATAATTGAATGTC-TATCTTGAGAAACATGC-AAAAA
* * * *
922 AAGCCATTCATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCG
62 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCG
* * *
987 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATAGAACT
126 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * * * *
1031 TTTTTTATATTTTATTTTAAAATAGACAATATTTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAC-AGAAAA
1 TTTTTTACATTTT-CTTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * *
1095 GCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
64 GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAA
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 127, Indels: 65
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 5 0.01
170 144 0.18
171 447 0.55
172 105 0.13
173 55 0.07
174 51 0.06
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTACATTTTCTTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGC
CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTA
AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
Found at i:755 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--1144 Score: 1239
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 337
* * *
1 TTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACCTTGGGAAACATGCAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCCA-CTTGAGAAACATGC---AAAA
* * * *
66 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACTCATTCTTTCAAAAGTTTTATTACCC
62 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACCC
* *
131 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTACTTTAAA
127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAA
* * * * * *
196 ACAGATAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTGATTGACAAGAAAAG
192 ACAGACAATAATTGAATG-CT-TC-TCA-AAA-AAGCAAAAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAA
* * * * * * *
261 TCTATTTAGAGACACATATTCCTTCAAAAGGCTTATGACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
252 TCAATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
*
326 GAATTGATTTTAAGTT-AACT
317 TAATTGATTTTAAGTTGAACT
* * * * **
346 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAGA-AGACTATAATTGAATGTCCACATTGGGAAACAACCAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTCTTAAA-ACAGACAATAATTGAATGTCCAC-TTGAGAAACATGCAAAAAA
* ** * *
410 AGCCATTCATTGAGAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTTAAAAACTTTATTACCCGC
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACCCGC
* * * * *
475 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAACTGATTCTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAAT
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAAC
* * * *
540 AGACCATAATTGAAAGCCTTCTCACAAAAAGTATAGAAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAATGA
194 AGACAATAATTGAATG-CTTCTCA-AAAAAGCA-A-AAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAATCA
* * * * *
605 ATTTTTAGTCACATATTCTTTCAAAAGTCTTATTTCTCGATTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
255 ATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
670 TTGATTTTAAGTTGAA-T
320 TTGATTTTAAGTTGAACT
** * * * *
687 TTTTTTACA-TTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTATCTCGAAAAACATGTAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTC-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCCA-CTTGAGAAACATGCAAAAAA
* * * * * * *
751 AGCCATTGATTGACAAGAAAAGTGCATTTAGAGTTACCCATTACTTCAAAAGGC-TTATTACTCG
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCTTTATTACCCG
815 -TTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TCTTAA
128 CTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAA
* * * *
878 AACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACATGCAAAAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAA
191 AACAGACAATAATTGAATGCTT--CTCAA-AAA-A-GC-AAAAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAA
* *
943 AATCCATTTATAGTCAC-TCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
250 AATCAATTTATAGTCACAT-ATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * *
1006 CTTATAATTGATTTTAAATAGAACT
313 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAACT
* * * * * *
1031 TTTTTTATATTTTATT-TTAAAATAGACAATATTTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAC-AGAAA
1 TTTTTTACATTTT-TTCTTAAAACAGACAATAATTGAATGTC-CACTTGAGAAACATGCAAAAAA
* *
1094 AGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 106, Indels: 48
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 19 0.03
341 256 0.38
342 148 0.22
343 139 0.21
344 48 0.07
345 54 0.08
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCCACTTGAGAAACATGCAAAAAAAG
CCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACCCGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAG
ACAATAATTGAATGCTTCTCAAAAAAGCAAAAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAATCAATTTAT
AGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAACT
Done.