Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402899.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5949.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 970
Length: 1618
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1150 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 226--1618 Score: 1462
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 168
216 AAATGTATAT
* * * * * *
226 AAAAAGCCATTCAATAAGAAAAAAAAGTCAATTTAGAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
291 TTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTACATTTTTGGA-
64 CTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TAT
* *
355 TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACTTAGGGAAACATGAAG
127 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACTTA-GGAAACATGAAG
* * *
398 AAAAA-CACATTCGTTG-GAAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AAAAAGC-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* **
461 ACTCGCTTTGAATATCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGCTTATATTTTTTA
63 ACTCGCTTT-AA-ATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * *
526 TTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGG-AACTTGAAGG
126 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTA-CTT-AGGAAACATGAA-G
* * * *
571 AAAAAG-CATTCATTTG-TAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
634 CTCACTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTCATT
64 CTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * ** *
699 AAAACAAA-AATAATTGATTGTCTACCCCAGGAAACATGTAG
128 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAACATGAAG
*
740 -AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
804 TCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
65 TCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * *
869 AAA-AAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAATATGAAG
129 AAACAA-ACTATAATTGAATGTCTA-CTTAG-GAAACATGAAG
* * * * * *
910 TAAAAGGCATTTATTG-GCAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCTATAT-CTTCAAAAGCCTTATT
1 AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AT-TCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
973 GCTCGCTTTAAATGTTTATATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTAT
63 ACTCGCTTTAAATGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
** * * * *
1037 TTGAACAAACTATAATTGAATGCCTACTTCAAGAAACGTGGAG
127 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACTT-AGGAAACATGAAG
*
1080 AAAAAGCTC-TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGC-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * **
1144 CTCGCTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGATT
64 CTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * *
1209 AAAATAGACTATAATTGACTGTCTACCTT-GTGAAACATG--G
128 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTA-CTTAG-GAAACATGAAG
* * * * *
1249 TAAAAAGGCATTCACTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 -AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
1314 CTCACTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTATATTTTTTAT
64 CTCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTAT
* * ** * *
1378 TAAAACAGACTATAATTAAATACCTGCCTCAGGAAAC--GCATAG
127 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAAACATG-A-AG
* * * *
1421 AAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATATAGAGTCACCAAATCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
1486 TCGCTTTAAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTC
65 TCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * *
1551 AAACAAA-TAATAAGTGAATGTCTACCCTAGGAAACATGTAG
129 AAACAAACT-ATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAACATGAAG
1592 -AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
1 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
Statistics
Matches: 1034, Mismatches: 137, Indels: 102
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 127 0.12
170 345 0.33
171 387 0.37
172 146 0.14
173 17 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
ACAAACTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAACATGAAG
Found at i:1212 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 270--1615 Score: 1587
Period size: 341 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
260 AGAGTCAGTC
* * * * *
270 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAATTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
335 AACTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTA-CTTAGGGAAACATGAAG
65 AATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCA-GGAAACATGTAG
* * * *
398 AAAAA-CACATTCGTTG-GAAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
128 AAAAAGC-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * **
461 ACTCGCTTTGAATATCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGCTTATATTTTTTA
191 ACTCGCTTTAAAT-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
526 TTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGGAACT-TGAAGGAAAAAGCATTCATTTGTAA
255 TTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAATATGAAGTAAAAGGCATTCATTGGCAA
*
590 GAAAAAT-TCATTTATAGTCACCC
319 GAAAAATCT-ATTTATAGTCACCT
*
613 ATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
678 ACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAA-AATAATTGATTGTCTACCCCAGGAAACATGTAG-A
65 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACATGTAGAA
* *
741 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
130 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
806 GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
195 GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * *
871 AAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATATGAAGTAAAAGGCATTTATTGGCAAAAAAAA
260 AAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGTAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAA
936 TCTATTTATAGTCACCT
325 TCTATTTATAGTCACCT
* *
953 ATAT-CTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGTTTATATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT
1 AT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTT-TATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * * *
1017 -AAATTTTTTATATTTTTTATTTGAACAAACTATAATTGAATGCCTACTTCAAGAAACGTGGAGA
64 GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACATGTAGA
*
1081 AAAAGCTC-TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
129 AAAAGC-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * **
1145 TCGCTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTAGATTA
193 TCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * * * *
1210 AAATAGACTATAATTGACTGTCTACCTTGTGAAACATG--GTAAAAAGGCATTCACTGACAAGAG
258 AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGT-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
1273 AAGTCCATTTATAGCCA-CT
322 AAATCTATTTATAGTCACCT
*
1292 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ***
1357 -AAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTGCCTCAGGAAACGCATAG
64 GAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACATGTAG
* * * *
1421 AAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATATAGAGTCACCAAATCCTTCAAAAGCCTTATTAC
128 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
1486 TCGCTTTAAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTC
193 TCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-
* * * * * * *
1551 AAACAA-ATAATAAGTGAATGTCTACCCT-AGGAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGAG-AAG
257 AAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAATATGAAGTAAAAGGCATTCATTG-GCAAG
1612 AAAA
320 AAAA
1616 GTC
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 111, Indels: 48
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 35 0.04
340 280 0.32
341 438 0.50
342 33 0.04
343 83 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAA
AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGTAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAAT
CTATTTATAGTCACCT
Done.