Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402900.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_595.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1818
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 363 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:610 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1204 Score: 1010
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 169
* *
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-----TT-T-TTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * * * *
59 AAATTATAATTGAATGTCAACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATAAAGAAAAAGATATTCATT-GTAAGAAAAGT
********* * * * *
123 CCATTNNNNNNNNNNCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCAC
129 CCATT-TATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
165 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTG-ATTTAAAGTGGAATTGTTTTATTTTTTTTTGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTT-AAGTTGAATTGTTTTA-TATTTTTTGTTAAA
* * * * * * *
229 ACATATTATGATTGAATGTCAAGCTCGGGAAACATTAAGAAAAAGATATTCATTTGTAAGAAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCA-TTGTAAGAAAAG
* * * *
294 TCCATTTATAGTTACCCATA-CC-TGAAAAACCTTATTACTTGC
128 TCCATTTATAGTCA-CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** * * * * * * * *
336 TTTAAATATTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAA-CTCACATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGA-ATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAA
* * * * * **
400 CATATTACAGTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTCGTAAGAAAAG-
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATT-GTAAGAAAAGT
464 CCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
129 CC-ATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
507 TTTAAATGGTTTTATAATCT-ACTAATT-AATTTGGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGAATTT-AAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAA
* ** *
570 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATT-GTAAGAAAAG
* *
635 TCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAAACGCCTTATTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
678 TTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTTTCACTTTTGGTCAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAA
** * * * *
742 TGGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-ACGAGAAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGTA--AGAAAA
* * * *
805 GTCCATTTATACTCACCCAAGCTTTCAAAATCCTTATTACTTGC
127 GTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * * **
849 TTTGAACAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * *
914 AGATTATAATTGAAT-TCATACCTC-GAGAAACGTTAAGAAAAAG-TGATTCATTTGCAAG-AAA
66 AGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAG-GAAACATAAAGAAAAAGAT-ATTCA-TTGTAAGAAAA
* * *
975 GGCCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
127 GTCC-ATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
1020 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAGTTG-A-TT---TTAAATTG-ATT-T-TTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * * *
1077 AGATTATAATTGAATGTCAACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTG-TAAGAAAAGTC
* * **
1142 CATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
1183 TTTAAACGGTTTTATAATCTCA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1205 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 148, Indels: 89
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
163 111 0.13
164 43 0.05
165 2 0.00
166 6 0.01
169 10 0.01
170 101 0.12
171 470 0.55
172 97 0.11
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGTAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:1028 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 1--1204 Score: 1317
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 505
* * * * *
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTTAAAACAAATTAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAGTTGATGTTAAATTG-ATTTTTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * *
66 AATTGAATGTCAACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTN
65 AATTGAATGTCAACCTCAG-GAAACATAAAGAAAAAAATATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATT-
********* * * *
129 NNNNNNNNNC-ATG-CATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATT
127 TATAATCACCAATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*** * * * *
192 GATTTAAAGTGGAATTGTTTTATTTTTTTTTGTTAAAACATATTATGATTGAATGTCAAGCTCGG
191 GATTTAAAGTGGAATTGTTTTATTCACTTTTGGTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCGA
* * * *
257 GAAACATTAAGAAAAAGATATTCATTTGTAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATACCTGAAAA
256 GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTTGTAAGAAAAATCCATTTATACTCACCCATACCTCAAAA
* *
322 ACCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAACTCACATTTTTTTACA
321 ACCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAACTCACATTTTTTTACA
** * * *
387 TTTTTGGTCAAAACATATTACAGTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAT
386 TTTTCAGTCAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAT
* *
452 TCGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
451 TCGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
507 TTTAAATGGTTTTATAATCTACTAATTAATTTGGA-GTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCT--T-A-T-AGTT-GATGTTAAATTG-ATT-T-TTTTTTATTAAAA
* * ** * *
571 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
57 CAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAAAAGT
* *
636 CCATTTATAATCACCAATGCC-TTCAAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA
122 CCATTTATAATCACCAATGCCTTTCAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
700 TAATTGACTTT-AAGTTGAATT-TTTT-TTCACTTTTGGTCAAA-ATGGATTATAATTGAATGTC
186 TAATTGA-TTTAAAGTGGAATTGTTTTATTCACTTTTGGTAAAACAT--ATTATAATTGAATGTC
* * * * *
761 TACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCA-TTG-ACGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCA
248 AACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTTGTA--AGAAAAATCCATTTATACTCACCCA
* * * * * *
824 -AGCTTTCAAAATCCTTATTACTTGCTTTGAACAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG
311 TA-C-CTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAA-CTC
* * * * *
888 A-ATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-TCATACCT-CGAGAAACGTTAA
373 ACATTTTTTTACATTTTCAGTCAAAACAGATTACAATTGAATGTC-TACCTAAG-GAAACATAAA
* * *
950 GAAAAAGTG-ATTCATTTGCAAGAAAGGCCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
436 GAAAAAG-GCATTCATTCGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
1014 ACTCAC
500 ACTCAC
* *
1020 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAAATTGATTTTTTTTTGTTAAAACAGATTATA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAGTTGATGTTAAATTGATTTTTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * *
1085 ATTGAATGTCAACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCAACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * *
1150 GTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCA
131 ATCACCAATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1205 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 91, Indels: 53
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 119 0.20
506 26 0.04
507 4 0.01
508 10 0.02
509 2 0.00
510 5 0.01
511 27 0.05
512 77 0.13
513 303 0.52
514 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAGTTGATGTTAAATTGATTTTTTTTTATTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCAACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
ATCACCAATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
AAAGTGGAATTGTTTTATTCACTTTTGGTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAAC
ATGAAGAAAAAGATATTCATTTGTAAGAAAAATCCATTTATACTCACCCATACCTCAAAAACCTT
ATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAACTCACATTTTTTTACATTTTC
AGTCAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTCGCA
AGAAAAGCCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
Done.