Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402911.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_596.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25565
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 8175 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1794 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1411--1935 Score: 417
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 171
1401 NNNNNNNNNN
* * * * *
1411 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATA-ATCTCATTATTGATTTAAGTTAAATTT-TTT
1 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTTTATA-CTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTGTTT
* *** ********** * * * *
1474 CACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCANNNNNNNNNNAGAGAAGCGTTAAGAAAAAGGTAT
65 TACATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTCAATGTCGACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGCAT
* * * *
1539 TCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATATTCACCAATTCCTTCA
130 TCGTTGGCAA-AAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* ********** *
1581 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTTTATACTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTGTTT
* * * * * *
1646 TATATTTTTTACTAAAACAGACTATAATTCAATTTCTATTTAGAGTAACGTGAAGAAAAATGCAT
65 TACATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTCAATGTCGACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGCAT
**
1711 TCGTTGGCAAAAAAAGTCCCTTTATAGTCATTCATTCCTTCA
130 TCGTTGGCAAAAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* **********
1753 AAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTTTATACTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTGTTTT
1 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTTTATACTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTGTTTT
* * * *
1818 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTTAGTGTCGACTTAGAGAAACGTGGAGAAAAATGCATT
66 ACATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTCAATGTCGACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATT
* * *
1883 TGTTGTCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
131 CGTTGGCAAAAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1924 AAAGCCTTATTA
1 AAAGCCTTATTA
1936 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 76, Indels: 7
0.77 0.21 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 35 0.13
171 128 0.47
172 112 0.41
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTTTATACTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTGTTTT
ACATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTCAATGTCGACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATT
CGTTGGCAAAAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
Found at i:8351 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6594--9389 Score: 802
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 172
6584 NNNNNNNNNN
* * * * **
6594 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGAA-TATAAAAAGACTTTTCT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGT-AACTATAAAGGGACTTTTCT
* * * * ** * * *
6658 TGCCAACGAA-AGCATTTTCCTTCATA-TTTCTCTGAGTAGATTTTGAATTATAGTCTATTTTAG
65 TACCAACGAATA-CGTTTTTCTTCA-AGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAA
** * *
6721 CTTAAAATATAAAAAATATCCTA-CTTAAAATCAATTATGAGATTA
128 CCAAAAATATAAAAAAAATTC-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
********** * * *
6766 TAAAATAATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* * * * * * * ***
6831 GCCAACAAATACGTTTTTCTTCACGTTGCTCTAAGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAGTTA
66 ACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
* *
6896 AAAATAT-AAAAACATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTA
131 AAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * **
6937 TAAAATAATGTAAAACGAGTAACAAGGCTT-TCGAAGGAATGAGTGAA-TATAAATAGACTTTTC
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCT-GAAGGAATGGGT-AACTATAAAGGGACTTTTC
********* * * * * * * **
7000 TT-CTNNNNNNNNNNC-TTTTTCTACAGGTTTCT-TGAGATA-AGCATTCAATTATAGTCGGTTT
64 TTAC--CAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAG-TAGA-CATTGAGTTATTGTCTATTT
** * * * * * *
7061 TAATGAAATATAT-ACAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGAGTTTA
125 TAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * * * * ** *
7108 TAAAACCATTTGAAA-CGAATAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTCACTACAAATAGACCTTTCT
1 TAAAATAATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCT
* * * ********** * * * * * *
7172 TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCNNNNNNNNNNAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACC
65 TACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACC
* * * * *
7237 AAAAATGT-AAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
130 AAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **************** *
7279 T-AAACAACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAAAGGGACTTTTGTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* * * * * * *
7343 GCCAACGAATGCGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGCAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAAACA
66 ACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
* *
7408 AAAATAT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTN
131 AAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
********* * ** * * *
7448 NNNNNNNNNTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAAGGAACTTTGCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* * * * * **
7513 ACCAATGAATACGTTTTTCTTCACA-TTTTTCTAAGTAGACATTGATTTATGGTCTGTTTTAATA
66 ACCAACGAATACGTTTTTCTTCA-AGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACC
* * *
7577 AAAAATGT-AAAAAAGTTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
********** * **
7619 TAAAATAATTTAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGAATGGGTGAA-TATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGT-AACTATAAAGGGACTTTTCT
* * * * * * * *
7683 T-CTCAATGAATGAC-TTTTTCTAT-AGGTTTCT-TGAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTT
65 TAC-CAACGAAT-ACGTTTTTCT-TCAAGTTTCTCTAAG-TAGACATTGAGTTATTGTCTATTTT
** * * * **********
7744 AATGAAAAATAT-ACAAAAATTCAACTTAGAATCNNNNNNNNNNTTA
126 AACCAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
7790 TAAAACT-ATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTT
1 TAAAA-TAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
7854 TACCAAAGAATGTC-TTTTTCTTCACA-TTTCTCCAGGTAAATATTCAATTATAGTCTATTTGAA
65 TACCAACGAAT-ACGTTTTTCTTCA-AGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAA
* * * *
7917 CTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA-T-
128 CCAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
**************************
7959 T---ATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* *
8021 ACCAACGAATGCGTTTTTCTTCAGGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
66 ACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
* * *
8086 AAAATGTAAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATGAGATTA
131 AAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
********** *
8128 TAAAATAATTTAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* *
8193 GCCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTTTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
66 ACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
* ***
8258 AAAATATAAAACAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGANNN
131 AAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
******* * * * * *
8300 NNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAGGGAATGTGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * ** ******
8365 ACCAATGAAT-C-TATTTTTTTTACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTACAGTCTATTNNNNNN
66 ACCAACGAATACGT-TTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACC
**** * * *
8428 NNNNATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATGTGAGATTA
130 AAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
8470 TAAAATAATTGAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTAACTATAAAGGGGCTTTTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* * ** * * *
8535 GCCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGTAGACATTGAATTATTATCTA-TTTAACCA
66 ACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
* * * **********
8599 AAAATGTAGAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTA
131 AAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
8641 TAAAATAATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* * ** * * * * *
8706 -CTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCTTGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-AGTTTTAA
66 AC-CAACGAATACG-TTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTA-TTTTAA
********** *
8768 CC-AAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
128 CCAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
8812 TAAAATAATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTT-TCGAAAGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCT-GAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCT
*** ** * * * ** * * * * *
8876 TGTTAGTGAATTAC-TTTTTCTGCATGTTTCTCGAGACAAG-CATTCAATTATAGAT-TGTTTAA
65 TACCAACGAA-TACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTA-AGTAGACATTGAGTTATTG-TCTATTTTA
** * * *
8938 ATTAAAAAT-TATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
127 ACCAAAAATATA-AAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * ***************** *
8984 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
9049 ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGTAAACATTCAATT-TTAATCTGTTTTAACC
66 ACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATT-GTCTATTTTAACC
* * *
9113 AAAAATGT-AAAAAAATTTACCTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 AAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
********** * * * * * **
9155 TAAAATAANNNNNNNNNNGTAATTTA-GCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCT
* * * * * * * * * * *
9219 TACCAATGGATTCTTTTTTCTTTACGTTTGC-C-AGGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAAT
65 TACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTT-CTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAAC
* * * *
9282 CAAAAACAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTA
129 CAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * *
9325 TAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTT
1 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
9390 GTTAGTAAAT
Statistics
Matches: 1908, Mismatches: 647, Indels: 140
0.71 0.24 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 86 0.05
167 27 0.01
168 1 0.00
169 37 0.02
170 395 0.21
171 913 0.48
172 445 0.23
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTAACTATAAAGGGACTTTTCTT
ACCAACGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCTAAGTAGACATTGAGTTATTGTCTATTTTAACCA
AAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:10783 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 10606--10918 Score: 299
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
10596 NNTTTAAAAT
* *
10606 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATTGATGACTATAAAGGGACTTTTCTTGC-CAACAAATACG-T
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGAATATAAAGGGACTTTTCTT-CTCAACAAATA-GTT
* * * * * *
10669 TTTTCTTTACGTTTCTCTAAGTAC-ACATTGAATTATAGTTTCTTTTAATCAAAAGTGTAAAAAA
64 TTTTCTATACGTTTCT-TAAG-ACAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
10733 ATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAATAATTTAAAGC
127 ATTCAACTTAAAATCAATTAT----------AATAATTTAAAGC
* * * * * *
10777 GAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATGAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATAGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGAATATAAAGGGACTTTTCTTCTCAACAAATAGTTTT
* * * *
10842 TTCTATAGGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATACAAAAATT
66 TTCTATACGTTTCTTAAGACA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATT
*
10907 CAACTTAGAATC
130 CAACTTAAAATC
10919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 19, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 5 0.04
171 112 0.94
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGAATATAAAGGGACTTTTCTTCTCAACAAATAGTTTT
TTCTATACGTTTCTTAAGACAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATAATAATTTAAAGC
Found at i:12454 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12259--13010 Score: 543
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
12249 NNNNNNNAAC
* **
12259 TCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATTTGGCTTTTGAAGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
* * ** * ** *
12323 ATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGGATTCTTTTTTCTTTACATTTC-TCAGGGTA
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTACACACTTCATCA-GGTA
*
12387 GACATTCAATTAAAGTCTATTTTAACTAAACATATAAAACAAT
129 GACATTCAATTAAAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAAT
* * * *
12430 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAA
* * ** * * * *
12495 TGGGTGACTCTAAAAGGACTTTTCTTGTCAGTAAATAGTTTTTTCTACACACTTCATGAGGTAGG
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTACACACTTCATCAGGTAGA
* * *
12560 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAT
131 CATTCAATTAAAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAAT
* * * * * *
12601 TTAGCTGAAAATCCATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAA-TAACAAGGCTTTTGAAGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
* * * * *** ** *
12665 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTACTATATCAATGGC-TTTTTCTACATTTTTTTTGAGGT
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA-ATAAAT-ACTTTTTTCTACACACTTCATCAGGT
* * ** * * *
12728 AGGCAATCAATTGTAGTCTGTTTTAAGTAAAAATGTAACAA-AAT
128 AGACATTCAATTAAAGTCTATTTTAACTAAAAATATAA-AACAAT
* ********** ** * * * *
12772 TCAACTTAAAAGCAATTANNNNNNNNNNAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAA
* * * ** * ** * * * *
12837 TGGGTAACTATAAAAGGACTTTTCTTACTAACGAATGCACTTTTCTTCACATTTCA-CTAAGTAA
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTACACACTTCATC-AGGTAG
* ** * * *
12901 ACTTTCAATTTTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAA-AAT
130 ACATTCAATTAAAGTCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAACAAT
* * * * *
12943 TTAACTTAAAAAT-AGTTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGA
1 TCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA
13006 ATGGG
65 ATGGG
13011 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 117, Indels: 25
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 22 0.05
171 413 0.91
172 17 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTACACACTTCATCAGGTAGA
CATTCAATTAAAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAAT
Found at i:13696 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13407--14289 Score: 683
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
13397 NNNNNNNNNN
* ** * * * * * * * *
13407 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGACTTTTTCTACATGTTTCT-TGAGGCAGACATTCA
1 CTATAAAGGGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCATATTTCTCT-AAGTAAACATTAA
* * * * * * *
13471 ATTACAATCTTTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
65 ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
13536 AGAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGCGTGA
130 ACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGA
* * * *
13578 CTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTATTTTTCTTCATATTTCTCTAAGTAAATATTAAA
1 CTATAAAGGGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCATATTTCTCTAAGTAAACATTAAA
* * * *
13643 TTATAGTCTGTTTTAGCCTAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
66 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
********** *
13708 CAATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
131 CAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGA
* * * *
13749 CTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTGTTTTTCTTCATATTTCTCTAAGTAGACATTGAA
1 CTATAAAGGGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCATATTTCTCTAAGTAAACATTAAA
* * * *
13814 TTATAGT-T-TGTTTAA-TATAAAATATAAAAAAATTTAACTTTAAATTAATTATGAGATTATAA
66 TTATAGTCTAT-TTTAACCA-AAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*********** *
13876 AATNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-CAGTGA
129 AACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGC-GTGA
* * * * * * ** *
13919 ATATAAATGGACTTTTCTT-CTCGATGAATGGCTTTTT-TTGCACATTTCT-TGAAACAGACATT
1 CTATAAAGGGACTTTTCTTAC-CAACGAATGTCTTTTTCTT-CATATTTCTCT-AAGTAAACATT
* ** * * * *
13981 CAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATACAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGTTTATA
63 AAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
14046 AAATAATTTAAAATGAATAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
128 AAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGA
* * * * ********** *
14090 CTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCNNNNNNNNNNTC-AAGGTAAACATTTA
1 CTATAAAGGGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCATATTTCTCTAA-GTAAACATTAA
* *
14154 ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATC-AACTTAATATCAATTATGAGATTAT-A
65 ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
14217 AACAA-TTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
129 AACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGA
* *
14259 CTATAATGGGACTTTTGTTACCAACGAATGT
1 CTATAAAGGGACTTTTCTTACCAACGAATGT
14290 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 128, Indels: 34
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 62 0.11
170 136 0.24
171 359 0.63
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAAGGGACTTTTCTTACCAACGAATGTCTTTTTCTTCATATTTCTCTAAGTAAACATTAAA
TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGA
Found at i:14760 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14393--14957 Score: 639
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
14383 NNNNNNNNNN
* *
14393 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTAAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
** * * * * *
14458 TTTATATTTTATATTAAACAGACTATAATTCAGTGTCTACTTAGAGAAATATGAAGAAAAAAGCA
66 TTTATATTTTAGGTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACTTAGAGAAATATGAAGAAAAATGCA
*
14523 TTCGTTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCT
131 TTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
********** * * *
14563 TCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT-
* * * *
14628 TTTTATATTTTAGGCTAAAATAGACAATAATTTAATATTTACTTAGAGAAATATGAAGAAAAATG
65 TTTTATATTTTAGG-TAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACTTAGAGAAATATGAAGAAAAATG
*
14693 CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCT
129 CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * * * *
14735 CCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAACCTTATAAATGATTTTAAGTTATATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
* * * ** * * * *
14800 TTTACATTTTTGGTCAAAACAGACTGTAATTAAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGTAGAAAAGT-
66 TTTATATTTTAGGT-AAAACAGACTATAATTAAATGT-TTACTTAGAGAAATATGAAGAAAAATG
* * *
14863 CATTCTTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCT
129 CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
14905 TCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTT
14958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 66, Indels: 8
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 135 0.42
171 56 0.17
172 134 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
TTTATATTTTAGGTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACTTAGAGAAATATGAAGAAAAATGCA
TTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
Found at i:15379 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15360--15391 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
15350 GAAGACTTTA
15360 AATTGAATGCCTCTAT
1 AATTGAATGCCTCTAT
15376 AATTGAATGCCTCTAT
1 AATTGAATGCCTCTAT
15392 TTATAGTCAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AATTGAATGCCTCTAT
Found at i:16020 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15491--16363 Score: 592
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 168
15481 NNNNNNNNNT
* * * * ** *
15491 TTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTTTA-CTTAGCAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAG-AA
* * * * *
15555 AACGTGAAG-AAAAGTGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAA
65 AA-GTGTAGAAAAAGT--ATTTATGA-CAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * ** * *
15619 TCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATGATCTCATAATTGG
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
15662 TTTTAAGTTG-ATTTTTTTCACATTTTTACTTAAAACAGACTACAATTGATTGCCTACCTCAAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGAA
* ** * *
15726 AAATGTAGAAAAAGTCATTGATAT-AGTAGAAAAGT-CTATTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAA
65 AAGTGTAGAAAAAGT-ATT--TATGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * ******
15789 GCCTTGTTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATNNNNNN
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
*********** * *
15832 NNNNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCATGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCA-GAA
** * *
15897 GTGTGTAGAAAACACTATTTACTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGC
65 AAGTGTAGAAAA-AGTATTTA-TGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
15962 CTTATTACTTGCTCTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAA
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
16003 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATGTTTGGTTAAAATAGACTTTAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTA-CCTCAGAA
* ** * ** * * *
16067 ACGTAAAGAAAAAAGAATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
65 AAGTGTAG-AAAAAGTATTTA-TGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
** *
16132 CAAATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGA
128 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * ** *
16173 TTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGACTAGAATTGAATGTTTA-CTTAGAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGA-A
* * * * * * **********
16237 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAG
65 AA-GTGTAGAAAAA-GTATTTA-TGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
16302 CCTTATTACTTGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAGAATTGA
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* *
16344 TTTTTAGTTGAGTTTTTTTA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA
16364 TAATTTTTCA
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 142, Indels: 38
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 255 0.47
171 269 0.50
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGAAA
AGTGTAGAAAAAGTATTTATGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
Found at i:16269 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 15491--16361 Score: 772
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 338
15481 NNNNNNNNNT
* *
15491 TTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTTTACTTAGCA-A
1 TTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTAG-AGA
* * *
15555 AACGTGAAG-AAAAGTGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAA
64 AACGTGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * ** * * *
15619 TCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATGATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTCACA
128 GCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA
* * *
15684 TTTTTACTTAAAACAGACTACAATTGATTGCCTACCTCAAAAAAATGTAGAAAAAGTCATTGATA
193 TGTTTACTTAAAACAGACTACAATTGAATGCCTACCTCAAAAAAACGTAGAAAAAGTCATTGA-A
* * * *** *
15749 TAGTAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATTGTT
257 TAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCAAATTACTCGCTTTAAATTGTT
******
15814 TTATAATCTCATNNNNNNN
321 TTATAATCTCAT-AATCGA
********** * * * ** * *
15833 NNNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCA-TGAA
1 TTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTACTTAGAGAA
** * * * * * *
15897 GTGTGTAGAAAACA--CTATTTACTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAA
65 ACGTGAAGAAAA-AGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
15960 GCCTTATTACTTGCTCTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATA
128 GCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA
** * ** * ** *
16024 TGTTTGGTTAAAATAGACTTTAATTGAATGTCTACC-CTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGAATCCA
193 TGTTTACTTAAAACAGACTACAATTGAATGCCTACCTCAAAAAAACGT--AG-AAAAAG--T-CA
*
16088 TTG-ATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCAAATTACTCGCTTTAAAT
252 TTGAATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCAAATTACTCGCTTTAAAT
16151 TGTTTTATAATCTCATAATCGA
317 TGTTTTATAATCTCATAATCGA
* *
16173 TTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGACTAGAATTGAATGTTTACTTAGAGAA
1 TTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTAGAGAA
* **********
16238 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGC
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
16303 CTTATTACTTGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTTAGTTGAGTTTTTT
130 CTTATTACTTGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
16362 TATAATTTTT
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 109, Indels: 33
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.02
340 41 0.10
341 325 0.80
342 21 0.05
343 4 0.01
344 1 0.00
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTAGAGAAA
CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATGT
TTACTTAAAACAGACTACAATTGAATGCCTACCTCAAAAAAACGTAGAAAAAGTCATTGAATAGA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCAAATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
ATCTCATAATCGA
Found at i:22819 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22439--23093 Score: 653
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
22429 NNNNNNNNNN
* * *
22439 TTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTATGAGACTAGAAAATAATTTAAAG
1 TTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAATAATTTAAAG
** * * * * * * * *
22503 TAAATAATAA-GCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCCATGAATGGCTT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATT
* ** * *
22567 TTTTAACACGTTTC-CTAATATAGGCATTCAATTATAGACTGT
130 TTTT-TCACGTTTCTC-AAGGTAGGCATTCAATTACAGTCTGT
* * ** *
22609 TTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAAA-CAATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTAACT-AAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAATAATTTAAAG
* * **
22672 CGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATATATT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATT
* * *
22737 TTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCACTTACAGTCTAT
130 TTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACAGTCTGT
* *
22778 TTTAACTAAAAATATAAAATAATTTAAC-TAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
1 TTTAACTAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAATAATTTAAAG
* * * * * ** *
22842 CGAGTAATAAAGCTTCTG-AAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAACAATGGCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGAT
* * * *
22906 TTCTCTAT-ATGTTTCTTAAGGCAGGCATTCAATTACAGTCTGT
129 TT-T-TTTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACAGTCTGT
* **
22949 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAAAACTT-AAAATCAATTATGAGACTATAAAATAATTTAAAG
1 TTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAATAATTTAAAG
* * * * * * * * *
23013 CGAGTAAGAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAAGGAACTTTGCTTGCCAACGAATGCATT
65 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATT
23078 TTTCTTCACGTTTCTC
130 TTT-TTCACGTTTCTC
23094 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 76, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 101 0.26
170 147 0.37
171 137 0.35
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAATAATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTT
TTTTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACAGTCTGT
Done.