Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402917.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5965.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 897
Length: 1496
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Found at i:494 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14--1496 Score: 1234
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
4 ATGGACTTGT
* * * * *
14 CAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTA-TATGTTTTAACCAA
1 CAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACTAA
* * * * ** *
78 TAATATAAAAAAAATTGAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTAAAACGAGTACT
65 AAATAT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
142 AAGGCTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
128 AAGGCTTTTGAAGGAAT-GATGACTATAAATGGACTTTTCCTGC
* * * * * * * *
186 AAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGACGTAGACATTCAATTATAATTTG-TTTAA-TCAA
1 CAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AA
* * * * * *
249 AAA-AGT--AAAAATTGAACATAAAATTAATTTTGAGATTAAAAAACCATTTGAAGTGAGTAATA
65 AAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
311 AAGCTTTTGAAGGAATGGATAACTATAAATGGACTTTTCCTGT
129 AGGCTTTTGAAGGAAT-GATGACTATAAATGGACTTTTCCTGC
* * * ** * * *
354 CAATAAATTCATTTGTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAGCCTGTTTTAACTAAA
1 CAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
* * *
419 AATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
66 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
484 GTTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATAGACTTTT-CTCAC
131 GCTTTTGAAGGAATGA-TGACTATAAATGGACTTTTCCT-GC
* * * *
525 CAATGAATG-ATTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCT-
1 CAATGAATGCA-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTA
* * * * *
588 AAAATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAATGAGTAATA
64 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
653 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-TTTTTCTTC
129 AGGCTTTTGAAGGAATGA-TGACTATAAATGGACTTTTCCTGC
* ** * * * ** * * *
695 CAAATAAATG-GGTTTTCTACACATTTTTTGAGGTAGGCATTCAAGTATAGTCTGTTTTAACAAA
1 C-AATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA
* * * * ** *
759 AAATGT-TAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAA
65 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
823 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-CTAGA
130 GGCTTTTGAAGGAATGA-TGACTATAAATGGACTTTTCCT-GC
* * * * * * * * ** * *
865 CAAGGAATG-ACTTTTTCTTTAGGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTCTAATATACTTTAGCCAA
1 CAATGAATGCA-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA
* * * * * * * * **
929 AAAT-TTAAAAAATTCACCTAAAAATTAATTATGAGTTTATAGCATCC-GTTAAAGCAAGTAATA
65 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGTGAGTAATA
** * *
992 AGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCGTGC
129 AGGCTTTTGAAGGAATGA-TGACTATAAATGGACTTTTCCTGC
* * * * * * * *
1035 CAATGGATGGC-CTTTGCTTCACATTCCTCAAAGCAGACATTCAATTATAGCCAT-TTTTAA-TC
1 CAATGAAT-GCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACT-
*
1097 AAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTA
63 AAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTA
* * * *
1161 ATAAGGCTTTTGAAGGAATTGAAGACTATAAATAGACCTTTT-TTAC
126 ATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGATGACTATAAATGGA-CTTTTCCTGC
* ** * * *
1207 CAATGAATGTC-TTTTTTTTCACGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
1 CAATGAATG-CATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTA
* * * * * *
1271 AAAATTAAAAAAAAATTAAACTTACAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAAT
64 AAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
1336 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCATGC
128 AAGGCTTTTGAAGGAAT-GATGACTATAAATGGACTTTTCCTGC
* * * * * *
1380 CAAGGAATGCATTTCTCTTTACGTTTCTCAAGGCAGGCATCCAATTATAGTCCT-TTTTAACCT-
1 CAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTGTTTTAA-CTA
* * *
1443 AAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
64 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 219, Indels: 85
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 123 0.12
169 99 0.09
170 223 0.21
171 294 0.28
172 169 0.16
173 134 0.13
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATGATGACTATAAATGGACTTTTCCTGC
Found at i:1163 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 30--1488 Score: 1446
Period size: 511 Copynumber: 2.8 Consensus size: 509
20 ATGCCTTTTT
* * * *
30 CTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATTA-TATGTTTTAACCAATAATATAAAAAAAATT
1 CTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTA-TAGCATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATT
* * * * *
94 GAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACTTTTAAAACGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAA
64 CAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
158 TAAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCGACGTAGA
127 T-GAAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGACGTAGA
* * *
223 CATTCAATTATAATTTG-TTTAATCAAAAAA-G-TAAAAATTGAACATAAAATTAATTTTGAGAT
191 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTTAAAAA-TGAACTTAAAATTAATTTTGAGAT
* * * * *
285 TAAAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATAACTATAAATGGACTTTTC
255 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATAGACTTTT-
* ** * * * ** * * * * * * **
350 CT-GTCAATAAATTCATTTGTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAGCCTGTTTTAA
318 CTAGACAAGGAATGCATTTCTCTTTACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAACATACTTTAA
* * * * **
414 CTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
383 CCAAAAATATAAAAAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCAGTTAAAGCAAGTA
* * * ** *
479 ATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTCTCACCAATGAATGATTTTTT
448 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACATTTCTCACCAATGAATGACCTTTG
* * * * *
541 CTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAATTC
1 CTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAG-CATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
605 ACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* ** * * * *
670 AGAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCAAATAAATG-GGTTTTCTACACATTTTTTGAGGTAGGCA
129 A-AGACTATAAATGGATTTTTCTTCCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGACGTAGACA
* * * * *
734 TTCAAGTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTTAAAAATGCAACTTAAAATCAATTATCAGATTA
193 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTTAAAAATG-AACTTAAAATTAATTTTGAGATTA
** *
798 TAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
257 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* * * * *
863 GACAAGGAATG-ACTTTTTCTTTAGGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTCTAATATACTTTAGCC
321 GACAAGGAATGCA-TTTCTCTTTACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAACATACTTTAACC
* * * * * * *
927 AAAAAT-TTAAAAAATTCACCTAAAAATTAATTATGAGTTTATAGCATCC-GTTAAAGCAAGTAA
385 AAAAATATAAAAAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGCTTATA-AAACCAGTTAAAGCAAGTAA
** * * * *
990 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCGT-GCCAATGGATGGCCTTTG
449 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACATTTC-TCACCAATGAATGACCTTTG
* * *
1051 CTTCACATTCCTCAAAGCAGACATTCAATTATAGCCAT-TTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATT
1 CTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAG-CATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATT
1115 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
64 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-
* * * * * *
1180 TGAAGACTATAAATAGACCTTTTT-TACC-AATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTTGATGTAG
127 TGAAGACTATAAATGGA--TTTTTCTTCCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGACGTAG
* * *
1243 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAT-TAAAAAAAAATTAAACTTACAATTAATTTTG
190 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGT---TAAAAA-TGAACTTAAAATTAATTTTG
* *
1307 AGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATTGACT
251 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACT
* ** * * *
1372 TTTC-ATGCCAAGGAATGCATTTCTCTTTACGTTTCTCAAGGC-AGGCATCCAATTATAGTCCT-
315 TTTCTA-GACAAGGAATGCATTTCTCTTTACGTTTCTCAA-GCTAAACATTCAATTATA-ACATA
* * * * * *
1434 TTTTAACCTAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
377 CTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGCTTATAAAA
1489 TCATTTAA
Statistics
Matches: 768, Mismatches: 148, Indels: 60
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 44 0.06
510 238 0.31
511 255 0.33
512 49 0.06
513 13 0.02
514 1 0.00
515 132 0.17
516 36 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
CTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAGCATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAA
GACTATAAATGGATTTTTCTTCCAAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGACGTAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTTAAAAATGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGACAA
GGAATGCATTTCTCTTTACGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAACATACTTTAACCAAAAAT
ATAAAAAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCAGTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACATTTCTCACCAATGAATGACCTTTG
Done.