Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402924.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5971.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 828
Length: 1380
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Found at i:664 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1064 Score: 1137
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
* * ** * *
1 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAAT-TTCAACCTC
1 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT-TACCTC
* * * *
64 GAGAAACATGTAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
65 AAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * *
128 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAA
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * * * *
171 TTGATTTTATGTTTAGTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGATTACCTC
1 TTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
* * * * *
236 ATA-AAATATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCCATTCCTGC
65 A-AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTC
* * * ** * *
300 GAATGCCTTATCACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCCCATAA
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * * * **
343 TTGATATTAAGTTTAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-ACTATACTTGAATGTCTGCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA
** * ** * * * * *
406 AGAAATGTGTAGAAAAATTTATTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
*
471 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAA
130 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AA
* *
512 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA
1 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA
* * *
577 AGAAACATGATGAAAAATGCATTCATT-GCTAATAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTGCTTC
66 AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CCCATTCCTTC
640 AAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
128 AAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * *
683 TTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTAC-TTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACGTC
1 TTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
* ** * * *
747 AA-AAAAATGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAG-GAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCA
65 AAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * *
810 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATATTATCTCAAAA
129 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* *
852 TTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
1 TTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
* * * * *
917 AAGAAACGTGAAGCAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCCA
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* *
982 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAA
130 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * *
1023 TTGATATTAAATTCAATTTATTTTACTTTTTTTGTTAAAACA
1 TTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1065 CTTTATAATT
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 124, Indels: 45
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 197 0.26
170 134 0.18
171 258 0.35
172 150 0.20
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA
AGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
Found at i:664 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--1076 Score: 1211
Period size: 340 Copynumber: 3.2 Consensus size: 339
* * ** * * *
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATTTCAACCTCG
1 TTGATATTAAGTTAAATTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
65 AGAAACATGTAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
65 AGAAAAATGTAGAAAAAGACATTCATTTGAAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
130 AAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAGTTTTTTTT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCA-ATTTTTTT
* * * * * * * *
195 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGATTACCTCATA-AAATATAAAGAAAAAGGTAT
193 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAA-GCAT
* * * * *
259 TCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCCATTCCTGCGAATGCCTTATCACTCGCTTTAAA
256 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** * *
324 TAATTTTATAATCCCATAA
321 TGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * *
343 TTGATATTAAGTTTAATTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACA-ACTATACTTGAATGTCTGCCTTG
1 TTGATATTAAGTTAAATTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** *** * **
406 AGAAATGTGTAGAAAAATTTATTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAA
65 AGAAAAATGTAGAAAAAGACATTCATTTGAAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
471 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAA-AATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
* *
535 ACATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGATGAAAAATGCATT
193 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATT
* *
600 CATT-GCTAATAAAAGTCTATTTATAGT-TACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTA
257 CATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTA
662 AATGGTTTTATAATCTCAAAA
319 AATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * *
683 TTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CGTC
1 TTGATATTAAGTT-AAATTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
747 AAAAAAATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTAACAAG-GAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCA
65 AGAAAAATGTAGAAAAAGACATTCATTTGA-AAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
810 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA-TTTTTT
* * *
875 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCATT
192 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATT
* * * *
940 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
257 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
*
1005 GGTTTTATAATATCAAAA
322 GGTTTTATAATCTCAAAA
* * **
1023 TTGATATTAAATTCAATTTATTTTACTTTTTTTGTTAAAACACTTTATAATTGA
1 TTGATATTAAGTTAAATTT-TTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
1077 TTTTAAGTTG
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 98, Indels: 35
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.02
340 312 0.50
341 247 0.40
342 50 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (339 bp):
TTGATATTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
GAAAAATGTAGAAAAAGACATTCATTTGAAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCAAAA
Found at i:1190 original size:221 final size:221
Alignment explanation
Indices: 850--1262 Score: 567
Period size: 221 Copynumber: 1.9 Consensus size: 221
840 ATTATCTCAA
* * *
850 AATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
915 TCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTC
66 CCAAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * *
980 CAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATATTAAATTCAATTTATT
131 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATATCAAAATTGATATTAAATTCAATTTATT
1045 TTACTTTTTTTGTTAAAACACTTTAT
196 TTACTTTTTTTGTTAAAACACTTTAT
* * * *
1071 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTT-CTTTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
1135 CCGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATTTATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
66 CCAAGAAACGTGAAG-AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
* * * * *
1200 CAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
130 CAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATATCAAAATTGATATTAAATTCAATTT
1263 TTTATATTTT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 27, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
220 46 0.28
221 118 0.72
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (221 bp):
AATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
CCAAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATATCAAAATTGATATTAAATTCAATTTATT
TTACTTTTTTTGTTAAAACACTTTAT
Done.