Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402928.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5975.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 649
Length: 1083
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Found at i:650 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1083 Score: 1411
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 340
* * * *
1 GTTTTAATGAAACACATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAACATTTAAA
1 GTTTTAATAAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * *
66 GCGAATAATAAGGCTTTTGAAAACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGTCATTGGATATC
66 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCACTGGATATC
* * *
131 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAC
130 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAC
* * * * * *
196 AAATGACTTAAAATCGATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAAAAAGCATTTTGAAGG
194 AATTGACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGG
* * * *
261 CATAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTCCCAATGAATATTTTTTTCTTCGCGTTTCCCATGGCA
259 CGTGGGTGACTATAAAT-AACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCATGGCA
*
326 AACATCCAATAATTATCA
323 AACATTCAATAATTATCA
* * * * * *
344 GGTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAAATATTTAAT
1 GTTTTAATAAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * *
409 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTTATTATAAATGGATTTTTCTTGCCACTGGATATCT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCACTGGATATCT
* *
474 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGATAGTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAA
131 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAA
* * * *
539 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTGAAAAGCCTTTTGAAGAC
196 TT-GACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGC
* * * * *
604 GTGGGTGACTTTAAATGAACTTTTTTTGCCAAT-AGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CC-TGAAA
260 GTGGGTGACTATAAAT-AACTTTTCTTCCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCATG--G
* *
666 CAGATATTCAATAATTATCA
321 CAAACATTCAATAATTATCA
* * * *
686 GTTTTAATAAAACAAGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTTTGAAAATATTTAAA
1 GTTTTAATAAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * *
751 GCGAGTCATAAGACTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTAGATATCT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCACTGGATATCT
* *
816 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTTAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGT-AAACAA
131 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAC-A
* * *
880 ATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAACATTCAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAG
195 A-TTGACTTAAAATCAATTATGAGATT-TTAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAG
* * *
945 GCGTGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTTCCCAAGGC
258 GCGTGGGTGACTATAAATA-ACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCATGGC
*
1010 AAACATTCAATTATTA-CA
322 AAACATTCAATAATTATCA
* * * * * *
1028 TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTATAAGATTATAAA
1 -GTTTTAATAAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 88, Indels: 24
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 15 0.02
342 382 0.60
343 237 0.37
344 3 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
GTTTTAATAAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCACTGGATATCT
TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAA
TTGACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCG
TGGGTGACTATAAATAACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCATGGCAAAC
ATTCAATAATTATCA
Found at i:988 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17--1083 Score: 1106
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
7 ATGAAACACA
* * * * * * *
17 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAACATTTAAAGCGAATAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTT
* * * * *
82 TTGAAAACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGTCATTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTT
66 TTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
* *
147 TCAAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATG
130 TCGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATG
* * * * * *
189 TAAAAACAA-ATGACTTAAAATCGATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAAAAAGCAT
1 TAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCT
* * ** * * **
253 TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTCCCAATGAATATTTTTTTCTTCGCGTTTC
65 TTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * ** * *
318 -CCATGGCAAACATCCAATAATTA-TCAGGTTTAATGAAACACG
130 TCGA-GGCAGACATTCAATTATTATTTA-TTTTAACCAAAAATG
* * * * * *
360 TAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAAATATTTAATGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTT
* * * * * *
425 TTGAAGATATGGGTTATTATAAATGGATTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
66 TTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
* *
490 CGAGGCAGATAGTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATG
131 CGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATG
* * * * *
531 TAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAAATATTTAAAGCGAGTGAAAAGCCTT
1 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTT
* * * *
596 TTGAAGACGTGGGTGACTTTAAATGAACTTTTTTTGCCAAT-AGATATCTTTTTCTTCATGTTTC
66 TTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTC
** * * * * *
660 -CTGAAACAGATATTCAATAATTA-TCAGTTTTAA-TAAAACAAG
130 TC-GAGGCAGACATTCAATTATTATTTA-TTTTAACCAAAA-ATG
* * * * * *
702 TAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTTTGAAAATATTTAAAGCGAGTCATAAGACTT
1 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTT
*
767 TTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACT-AGATATCTTTTTCTTCATGTTTC
66 TTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCATGTTTC
* *
831 TTGAGGCAGACATTTAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATG
130 TCGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATG
* * * *
873 TAAACAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAACATTCAAAGCGAGTAAAAAGCCT
1 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCT
* * * * * **
938 TTTGAAGGCGTGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTTC
65 TTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * ** * *
1003 CCAAGGCAAACATTCAATTATTACATGTTTTAACAAAAAATG
130 TCGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATG
* * *
1045 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTATAAGATTATAAA
1 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 154, Indels: 31
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.02
171 487 0.67
172 223 0.31
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTT
TTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
CGAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATG
Done.