Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402929.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5976.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 927
Length: 1546
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Warning! 100 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:465 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 158--489 Score: 319
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
148 CATGCCTTCA
* *
158 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTGTTAATCTTATAATTAGTTTTAAGTTAAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAAATTTTTT
* * * ** *
223 ATATTTATTATTAAAATAGATTATAATTGTATTTTTACCTCGAGAAATGTGGGAAAAACGATATC
66 ACATTTATTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAGAAAAACGATATC
* *
288 TATTAGCAAGAAAAGTTCA-TTTATAGTCACC
131 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACC
*
319 AANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTT
1 AA----------AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTT
* * * * **********
383 GAACTTTTTTGCATTTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGAAGA
56 AAAATTTTTTACATTTATTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATG-AGA
448 AAAA-GATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACC
120 AAAACGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACC
490 CATGCCTTCA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 25, Indels: 14
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
170 92 0.69
171 40 0.30
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAAATTTTTT
ACATTTATTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAGAAAAACGATATC
CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACC
Found at i:1201 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3--1546 Score: 838
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 168
1 CA
* * * *
3 CTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGTTTGAATTTTTTTATACTTTTTATTAAA
1 CTTTAAAT-ATTTTTTAA-TTCATAATTGATTTTAAG-TTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * * * **********
67 ACATATTATAATTGAATGTGTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCNNNNNNNNNNAAAAG
63 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAG
* * *
132 TCCATTTATTGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
128 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
174 CTTTAAATAGTTTGTTAATCTTATAATT-AGTTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTATTATTAAA
1 CTTTAAATA-TTTTTTAAT-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAA
* * * * ** * *
238 ATAGATTATAATTGTATTTTTACCTCGAGAAATGTG-GGAAAAACGATATCTATTAGCAAGAAAA
63 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GATATCCATTAGCAAGAAAA
* *********
302 GTTCATTTATAGTCAC-CAANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCG
127 GTCCATTTATAGTCACTC-A-TGCCTTCAAAGCCTTATTACTCG
** *
345 CTTTAAATATTTTTTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAACTTTTTTGCATTTGTTATTAAAA
1 CTTTAAATATTTTTTAAT-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* **********
409 TAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT
* *
474 CCATTTTATAGTCACCCATGCCTTCAACAGCTTTATTACTCG
129 CCA-TTTATAGTCACTCATGCCTTCAA-AGCCTTATTACTCG
********** * * *
516 CTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAA
1 CTTTAAAT--ATTTTTTAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
** * * * * * * *
581 CCTATTATAATTAAATGTCTGACACAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT
********** *
646 CCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACACG
129 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCG
* * ********** *
687 CTTAAAATGCTTTTTTAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAACTTTTTTATATTTTTTTGTTAAA
1 CTTTAAAT-ATTTTTTAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA-TTTTTTATTAAA
* * ** ** * * *
752 ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGGAATGTGAAGAAAAAGATATCCGCTGGTAAGAATAG
63 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAG
* * **
817 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATGACTNNN
128 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACT-CG
********* * * * *
860 NNNNNNNGGTTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAACTTGTTTACATTTTTTATTAAAAT
1 CTTTAAATATTTTTTAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
* * * * * * *
925 ATATTATAATTGAATGTTTGCCT-AAAAAGATATAAAGAAAATGATATCCATT-GACAAGATAAG
65 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAA-ACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAG
********** * *
988 TCCATTTANNNNNNNNNNTACCTTCGAAAGCCTTACTACTCG
128 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
1030 CCTTAAATATTTTTCTAACTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTCTTATTAAAA
1 CTTTAAATATTTTT-TAA-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * *
1095 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT
*
1160 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAACAGCTTTATTACTCG
129 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA-AGCCTTATTACTCG
* ********** * * * *
1201 CTTTACATGATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTAGATTTTCTATTAAAA
1 CTTTAAAT-ATTTT-TTAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* * * * * * ** *
1266 CAAATTATAATTGAATATCTGACACAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT
* * ***********
1331 TCATTTATAATCAC-CTATGCCTTCGAAAGTNNNNNNNNNNG
129 CCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCG
*
1372 CTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTTG-TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTTATTGA
1 CTTTAAAT-ATTTTTTAAT-TCATAA-TTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA-TTTTTTATTAA
* * *
1436 AACAGATTATAATCGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA
62 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAA
* *
1501 GTCTATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
127 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCG
1544 CTT
1 CTT
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 343, Indels: 65
0.71 0.24 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 112 0.11
171 565 0.57
172 318 0.32
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
CTTTAAATATTTTTTAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:1264 original size:342 final size:333
Alignment explanation
Indices: 331--1546 Score: 690
Period size: 343 Copynumber: 3.6 Consensus size: 333
321 NNNNNNNNNN
* * * **
331 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTGC
1 AGCCTTACTACTCGCCTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTAT
* * * ********** * *
395 AT-TTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
66 ATATTCTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAGATATCC
* * * * *
459 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCCTTCAACAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
131 ATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACAT
* ** * * * * **
524 GNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTT-TATTAAAACCTATTA
195 G----------ATTTTAATTGATTTTAAGTTGAACTTGTTTA-CATTTTCTATTAAAACAAATTA
* * * * * * * *
588 TAATTAAATGTCTGACACAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTNN
249 TAATTGAATATCTGACACAAAAAATATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-T
******** *
653 NNNNNNNNC-ATGCCTTCGAA
313 ATAATCACCTATACCTTCGAA
* * * **********
673 AGCCTTATTACACG-CTTAAAATGCTTTTTTAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAACTTTTTTA
1 AGCCTTACTACTCGCCTT-AAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTA
* * * * * * * * ** *
737 TATTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGGAATGTGAAGAAAAAGATATC
65 TATATTCTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAGATATC
** * * * * * * * *
802 CGCTGGTAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATGACTNNNNNNNNNN
130 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT---------C
* ** * * * * * *
867 GGTTT-TTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAACTTGTTTACATTTTTTATTAAAATATATTA
186 GCTTTACATGAT-T-TTAATTGATTTTAAGTTGAACTTGTTTACATTTTCTATTAAAACAAATTA
* * * *
931 TAATTGAATGTTTG-C-CTAAAAAGATATAAAGAAAATGATATCCATTGACAAGATAAGTCCATT
249 TAATTGAATATCTGACAC-AAAAA-ATATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
**********
994 TANNNNNNNNNNTACCTTCGAA
312 TATAATCACCTATACCTTCGAA
*
1016 AGCCTTACTACTCGCCTTAAAT-ATTTTTCTAA-CTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AGCCTTACTACTCGCCTTAAATGATTTTT-TAATC-TCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTT
* * *
1079 ATA-ATTCTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAAATGAAGAAAAAGATAT
64 ATATATTCTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAGATAT
* * * *
1143 CCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAACAGCTTTATTACTCGCTTTACA
129 CCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACA
* * * *
1208 TGATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTAGATTTTCTATTAAAACAAATTA
194 TGATTTTA----------ATTGATTTTAAGTTGAACTTGTTTACATTTTCTATTAAAACAAATTA
* * * * *
1273 TAATTGAATATCTGACACAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
249 TAATTGAATATCTGACACAAAAAATATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
*
1338 TAATCACCTATGCCTTCGAA
314 TAATCACCTATACCTTCGAA
*********** * **
1358 AGTNNNNNNNNNNGCTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTTGTTTTAAGTTGAACTTTTTTAT
1 AGCCTTACTACTCGCCTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTAT
* * * * *
1423 ATTTTTTTATTGAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCC
66 ATATTCTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAGATATCC
*
1488 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
131 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 160, Indels: 73
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 2 0.00
333 5 0.01
334 3 0.00
341 4 0.01
342 278 0.41
343 316 0.47
344 64 0.09
351 1 0.00
352 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
AGCCTTACTACTCGCCTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTAT
ATATTCTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAAAATGAAAAAAAAGATATCC
ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATG
ATTTTAATTGATTTTAAGTTGAACTTGTTTACATTTTCTATTAAAACAAATTATAATTGAATATC
TGACACAAAAAATATAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATA
CCTTCGAA
Done.