Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402944.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_605.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3184
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Warning! 197 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:303 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--309 Score: 430
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
**
1 ATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATATGCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCGCTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATATGCTTT
* *
66 TCTTGCAAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATTATCTATTTTA
66 TCTTGCAAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
131 ACCAAAAATGCAAAAATATTCTACTTAAAATCAATTATGAG
131 ACCAAAAATGCAAAAATATTCTACTTAAAATCAATTATGAG
172 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAA-TAATAAGGCGCTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AA-ATGAAC
1 ATTATAAAACCATTTAAAG-AAAGTAATAAGGCGCTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATATG--C
* * * * * * *
234 TTTTTTTGTC-GATGAATGGCT-TTTTTCTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTG
63 TTTTCTTG-CAAATGAATGGCTCTTTCT-TCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
*
297 TTTTAACTAAAAA
126 TTTTAACCAAAAA
310 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 12, Indels: 10
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 6 0.05
171 108 0.89
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCGCTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATATGCTTT
TCTTGCAAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
ACCAAAAATGCAAAAATATTCTACTTAAAATCAATTATGAG
Found at i:921 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 357--2724 Score: 1650
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 169
347 NNNNNNNNNN
* *
357 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTG
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
* * * *
422 TTCTTCATGTTTCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAAC--CAAA---AAAAAAACT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * *
482 CAACTTGAAGTTAGTTATGAGATTATTAAACCATTTAAAAC
129 CAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * ** *
523 GAGTTATGAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCCTATCAGTGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
* * *
588 TTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAAT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AAT
* *
653 TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTGAAAGC
128 TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
695 GACTAATAAGGTTTTTGCAGGCATGGGCGACTATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTG
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTT-
* * * *
760 TTCTTTATATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTCTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* ********** * *
825 CAACCTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACCATTTTAAGT
129 CAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
866 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGGCTTCTCTTGCCAATGAATAGCTCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTT
* * * * * * * *
931 TTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAGTTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAAAA
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAAAA
* ********** *
996 -T-AACTTAAAATCAATTATGACG-TNNNNNNNNNNTTTAAAGT
127 TTCAACTTAAAATCAAATATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * *
1037 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTTTTTCCTATGAATGGCTTG
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
** * * * * *
1102 TTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACGTTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
1167 CAACCTAAAATCAACTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGT
129 CAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * **** *
1208 GAGCAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTTATGAATGGCTCC
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-T-T
** * ** * * *
1273 TTT-TTCACCTTTCTTAAGGTAGACATCCAATTATCATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAATAAAA
63 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAA
** * * * *
1337 TTTTACTTCAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
127 TTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*********** * * * *
1380 GAGTANNNNNNNNNNCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAAGGAATGGCTCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
* * * * * * * * *
1445 TTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAGCAAAAAAAGTAAAAACATT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * **********
1510 TAACTTAAAATCAATTATGATG-NNNNNNNNNNATTTAAAGC
129 CAACTTAAAATCAAATATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * **
1551 GAGTAATAAGGCTTTTGCAGTTATGGGTGAGTACAAGTGGACTTTTCTTGCTTATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
* * * * *
1616 TTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAGAA-GTAAAAAAAT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
1680 TTAACTCAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTGAGGC
128 TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
1722 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGA-TTTTCTTGCTAATGAATGGCTC
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT--GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TT
** ** * * * * *
1786 TTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTGTACCCAACAATGTAAAAAAAT
63 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
1851 TCAACTTAAAATCGAATATGAGATTATAAAGCCATTGAAAGC
128 TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
1893 AACTAATAAGTCTTTTGAAGGTATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
** * * * * *
1958 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAACTATAATTTGTTTTAACAAGAAATGTAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
2023 CAACCTGAAATTAATTATGATATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
129 CAA-CT-TAA--AATCA-AATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
2069 GAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTAACTAGAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
** * * * * * * *
2134 TTCTTCACATTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATTATCTGTTTCAACCAAAAATGAAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** *
2199 CAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAAATATTTAAAGA
129 CAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * *
2240 GAATAATAAGGCGTTTGAAGGTATAGGTGAGTACAAATGGACATTTCTTTCCTATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
* * ** * * * *
2305 TTCTTTATGTTTGTCAAGGTAGACATTTAATTCTAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAACAAA
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AAT
* ********** *
2369 TCAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGA
128 TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
2411 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAACAGGCTTGTCTTGTCAATGAATGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
* * * * * * *
2476 TTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATN
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
********* * *
2541 NNNNNNNNNATCAATTATGATG-TTATAAAACCAATTAAAGC
129 CAACTTAAAATCAAATATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
2582 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTT
** * * * * *
2647 TTCTTCACATTTCTTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
2712 CAACTTAAAATCA
129 CAACTTAAAATCA
2725 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1696, Mismatches: 469, Indels: 69
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 98 0.06
168 3 0.00
169 9 0.01
170 22 0.01
171 1116 0.66
172 299 0.18
173 12 0.01
174 2 0.00
175 5 0.00
176 130 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTT
CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:1813 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 358--2724 Score: 1845
Period size: 342 Copynumber: 6.9 Consensus size: 341
348 NNNNNNNNNG
*
358 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCT
* * * * * * * * * *
421 GTTCTTCATGTTTCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACC--AAA---AAAAAAAC
65 -TTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * * *
481 TCAACTTGAAGTTAGTTATGA-GATTATTAAACCATTTAAAACGAGTTATGAGGCTTTTGAAGGC
129 TCAACTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* ** * * ** *
545 ATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCCTATC-AGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
193 ATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
609 GACATTTAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGA
257 AACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
674 GATTATAAAGCCATTGAAAGCG
321 GATTATAAAACCATTTAAAG-A
* * * * * * *
696 ACTAATAAGGTTTTTGCAGGCATGGGCGACTATAAGT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCT
* ** * * * * * * *
759 GTTCTTTATATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTCTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
65 -TTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* ********** * * *
824 TCAACCTAAANNNNNNNNNNA-GATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * * * * * * *
888 ATGGGTAACTATAAATAGG-CTTCTCTTGCCAATGAATAGCTCTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTA
193 ATGGGTGAGTACAAAT-GGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * * * *
952 GACATTCAGTTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGA
257 AACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********** *
1016 CG-TNNNNNNNNNNTTTAAAGTG
321 -GATTATAAAACCATTTAAAG-A
* * * * * * *
1038 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGAGTACAAAT-GGACTTTTTTTTCCTATGAATGGCT-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCT
* * * * * * ** *
1101 GTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACGTTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAAT
65 -TTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * *
1166 TCAACCTAAAATCAACTATTA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATTAGGCTTTTGAAGGC
129 TCAACTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * *** * ** *
1230 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTTATGAATGGCTCCTTT-TTCACCTTTCTTAAGGTA
193 ATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* ** * * * * * ** * *
1294 GACATCCAATTATCATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAATAAAATTTTACTTCAATTCAATTATGA
257 AACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1359 GATTATAAAACCATTTAAAGA
321 GATTATAAAACCATTTAAAGA
*********** * *
1380 GAGTANNNNNNNNNNCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAAGGAATGGCTCT
1 -AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCT
* * * * *
1445 TTCTTCACGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAGCAAAAAAAGTAAAAACAT
65 TTCTTCACGTTTCTC-GAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* ********** * *
1509 TTAACTTAAAATCAATTATGATGNNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGTTA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGATGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* * * *
1574 TGGGTGAGTACAAGTGGACTTTTCTTGCTTATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAA
194 TGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAA
* * *
1639 CATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAGAA-GTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATCAGA
259 CATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
1703 TTATAAAACCATTTGAGGCA
323 TTATAAAACCATTTAAAG-A
* *
1723 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGATTTTCTTGCTAATGAATGGCTCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTT
* * * * * * *
1788 TCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCT-ATTGTACCCAACAATGTAAAAAAATT
66 TCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTG-AACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
1852 CAACTTAAAATCGAA-TATGA-GATTATAAAGCCATTGAAAGCAACTAATAAGTCTTTTGAAGGT
130 CAACTTAAAATC-AATTATGATG-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
1915 ATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
193 ATGGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
* * * * *
1980 ACATTTAACTATAATTTGTTTTAA-CAAGAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAATTAATTATGAT
258 ACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCA--AT--T
* *
2044 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
317 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-A
* * *
2070 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTAACTAGAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTT
* * * *
2135 TCTTCACATTTCTTGA-GCTAGACATTCAATTATTATCTGTTTCAACCAAAAATGAAAAAAAATT
66 TCTTCACGTTTCTCGAGGC-AGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* ** ** * * *
2199 CAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAAATATTTAAAGAGAATAATAAGGCGTTTGAAGGTAT
130 CAACTTAAAATCAATTATGATGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
* * * * * *
2264 AGGTGAGTACAAATGGACATTTCTTTCCTATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTGTCAAGGTAGAC
195 GGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC
* * * **
2329 ATTTAATTCTAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGNN
260 ATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********
2393 NNNNNNNNCATTTAAAGA
324 TATAAAACCATTTAAAGA
* * * * * *
2411 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAACAGGCTTGTCTTGTCAATGAATGGTTTT
1 -AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCT
* * * * * * * *
2476 TTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATN
65 TTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATT
********* * *
2541 NNNNNNNNNATCAATTATGATGTTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTAT
130 CAACTTAAAATCAATTATGATGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
* ** ** *
2606 GGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAAT
195 GGGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC
*
2671 ATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
260 ATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
2725 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1611, Mismatches: 372, Indels: 88
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 95 0.06
340 3 0.00
341 11 0.01
342 808 0.50
343 392 0.24
344 12 0.01
345 2 0.00
346 15 0.01
347 268 0.17
348 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTT
TCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGATGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
GGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA
TTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGA
Done.