Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402948.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_609.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19883
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.31
Warning! 2066 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:853 original size:163 final size:165
Alignment explanation
Indices: 639--1025 Score: 386
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 165
629 NNNCAATGGG
* * * * * *
639 TGGCTTTTGCTTCACTTTTCCTAAAGTAGATATTCAATTGTTATCTATTTT-AATCTAAAAAAAT
1 TGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATCT-AAAAAAT
* *
703 T-AACTTAAAAACAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTAAAACCT
65 TCAACTTAAAAACAATTATAAAACTATAAAACCACTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTAAAACCT
* *
767 TGAGTGAATATAAATAGACTTTT-GTTGCAATTGGA
130 TGAGTGAATATAAATAGACTTTTCCTTGCAAGTGGA
* * *
802 TGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAGCAAAAATCTAA
1 TGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTT------AAATCTAA
* * * * * * *
867 AAAATTCAACTTACAATCAATTATGAGACTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
60 AAAATTCAACTTAAAAACAATTATAAAACTATAAAACCACTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTAA
** * * * *
932 AGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTTGCTAGTGGA
125 AACCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCCTTGCAAGTGGA
* ** * * *
973 TAGCTTTTGCTTTGCGTTTTCC-AAAACAGACATTCAACTATAATATATTTTAA
1 TGGCTTTTGCTTCAC-ATTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
1026 CCAAAAATGG
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 35, Indels: 18
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 42 0.23
165 2 0.01
169 8 0.04
170 77 0.43
171 45 0.25
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (165 bp):
TGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATCTAAAAAATT
CAACTTAAAAACAATTATAAAACTATAAAACCACTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTAAAACCTT
GAGTGAATATAAATAGACTTTTCCTTGCAAGTGGA
Found at i:1045 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18--1618 Score: 1012
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
8 AATATAAAAC
* * * * * **
18 AAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACGGTC-AA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * ** * * * * *
82 TGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAAAGGCTTTTACTTCACATTTCTTGAG
66 -GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAG
* ********** *
147 GCAAACATTCAATTATNNNNNNNNNNAACTAAAAATGTAAAA
130 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAA
* * * * * *
189 CCAAATTTAACTTAAAATCAAATATGATATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCGATT-
1 --AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTC
* * * * * ** * **
253 GATGGCATGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCTAATGAAAAGCTTTTTCTTCATATTT-CT
63 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
* * * * * * * *
316 AGAGGAAAATATTTAATTATTATTTATTTTAACAAAAAATATAAAA
127 A-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAA
* *********** * *
362 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACNNNNNNNNNNTTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * **********
427 GGCTTGAGTGAAC-ATAAATAGACTTTTCTTACAAATGGATGACTTTTGCTTNNNNNNNNNNAAG
66 GGCTTGAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAG
* * * * * *
491 GCATATATTTAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGAAAAA
130 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-TAAA
* * * * * **
533 AAGGACTCAACCTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTCAAAATGAGTAATAAGGCTTTCG
1 AA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
********** * *
598 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACTTTTCCTAA
64 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
* * * * * * * *
663 AGTAGATATTCAATTGTTATCTATTTTAATC-----T-AAAA
129 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * **
699 AAATT-AACTTAAAAACAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
** * * * * *
763 ACCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTGTTG-CAATTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAG
66 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAG
* * *
827 GCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAGCAAAAATCTAAA
130 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
868 AAATTCAACTTACAATCAATTATGAGACTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * **
933 GGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTTGCTAGTGGATAGCTTTTGCTTTGCGTTTTCC-AA
66 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCTAA
** * * *
997 AACAGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATGGAAT
129 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
1039 AAATTCAAGTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
** * * * *** *
1104 GGAAT-AGGTAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATTATTTTTTCTTCACGTTT-CTCAA
66 GGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AA
* * *
1167 GGCAAACATTTAA--ATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
129 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAA
* * * *
1208 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * *
1273 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTACATCACGTTTCCTGAGG
66 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG
* * ** * * *
1338 TAGACATTCAGTTATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAA
131 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
1378 AAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * * *
1443 AAGCTTGTGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAG-TAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTCTTGA
65 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
* * * * **
1507 GGTAGATATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATACAAAA
129 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAA
* * * * * * *
1550 AAAGTT-GACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACTATTTAGAG-TAGATAATAAAGCTTTCA
1 AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCG
1613 AAGGCT
64 AAGGCT
1619 CACGTTTCTT
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 285, Indels: 74
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 114 0.10
164 2 0.00
166 6 0.01
168 25 0.02
169 127 0.11
170 146 0.13
171 392 0.35
172 50 0.05
173 240 0.22
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG
CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA
Found at i:1791 original size:293 final size:295
Alignment explanation
Indices: 1323--1884 Score: 729
Period size: 293 Copynumber: 1.9 Consensus size: 295
1313 GGCTTTTACA
* * **
1323 TCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAGTTATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACT
1 TCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACT
* * *
1388 TAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGTGT
66 TAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCATGGGT
** * * * * * * *
1453 GAATATAAATGGACTTTTCTTAGTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTCTTGAGGTAGATATTC
131 GAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTTGCTTCATGTATCCTGAGGCAGACATTC
* *
1518 AATTATAACATATTTTAA-CTAAAAATACAAAAAAAGTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATC
196 AATTATAACATATTTTAATC-AAAAATACAAAAAAAGTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1582 AAACTATTTAGAGTAGATAATAAAGCTTTCAAAGGC
260 AAACTATTTAGAGTAGATAATAAAGCTTTCAAAGGC
* * *
1618 TCACGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTT-AGTCAAAAATATAAAAAATTTAAC
1 TCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTTAAC
* * ** * * *
1682 TTATAATTAATTATTAGATTAT-AAACTA-TTTAAAGC-ACGTAATAAGATTTTCAAAGGCATGG
65 TTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGA-GTAATAAGACTTTCAAAAGCATGG
* * *
1744 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATATTTTTCTTCATGTATCCTGAGGCAGACAT
129 GTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTTGCTTCATGTATCCTGAGGCAGACAT
* * * * * *
1809 TCAATTATAACTTGTTTTTATCGAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
194 TCAATTATAACATATTTTAATCAAAAATACAAAAAAAGTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1874 AAAACTATTTA
259 AAAACTATTTA
1885 AAACGAGTAA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 37, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
292 1 0.00
293 146 0.64
294 8 0.04
295 72 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (295 bp):
TCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACT
TAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCATGGGT
GAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTTGCTTCATGTATCCTGAGGCAGACATTC
AATTATAACATATTTTAATCAAAAATACAAAAAAAGTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACTATTTAGAGTAGATAATAAAGCTTTCAAAGGC
Found at i:2031 original size:464 final size:466
Alignment explanation
Indices: 1195--2075 Score: 1068
Period size: 464 Copynumber: 1.9 Consensus size: 466
1185 ATGTTTTAAC
* * *
1195 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
1 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTCAGTAA
* * * * *
1260 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTACATC
66 TAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTTACATC
* * * *
1325 ACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAGTTATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTAACTTA
131 ACGTATCCTGAGGCAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAATTTAACTTA
* * * *
1390 AAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGTGTGA
196 AAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCAAAAGCATGGGTGA
* * * * * * *
1455 ATATAAATGGACTTTTCTTAGTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTCTTGAGGTAGATATTCAA
261 ATATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATCGCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGGTAAACATTCAA
* * * *
1520 TTATAACATATTTTAACTAAAAATACAAAAAAAGTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAA
326 TTATAACATATTTCAACTAAAAATACAAAAAAAGTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
1585 CTATTTAGAGT-AGATAATAAAGCTTTCAAAGGCTCACGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATA
391 CTATTTAAAGTGAG-TAATAAAGCTTTCAAAGGCTCACGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATA
1649 ATCTATTTTAGT
455 ATCTATTTTAGT
* * * * * *
1661 CAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTATAATTAATTATTAGATTATAAACT-ATTTAAAG-CACGTA
1 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTCA-GTA
* * * * *
1723 ATAAGATTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATATTTTTCTT
65 ATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTTACAT
* * *
1788 CATGTATCCTGAGGCAGACATTCAATTATAACT-TGT-TTTTATCG-AAAATATAAAAAAATTTA
130 CACGTATCCTGAGGCAGACATTCAATTAT---TGTCTATTTTAACGAAAAATAT-AAAAAATTTA
* * * * ** *
1850 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTTAAAACGAGTAATTATGATTTTGAACGCATG
191 ACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCAAAAGCATG
* *
1914 GGT-AACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATCGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAA
256 GGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATCGCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGGTAAA
* ** *
1977 CATTCAATTATAATC-TGTTTCAA-TAAAAAATGTAAACAAA-TTCAACTCAAAATCAATTATGA
319 CATTCAATTATAA-CATATTTCAACT-AAAAATACAAAAAAAGTT-AACTCAAAATCAATTATGA
*
2039 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
381 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTC
2076 GTAGGCATGG
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 56, Indels: 24
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
463 7 0.02
464 250 0.72
465 80 0.23
466 10 0.03
467 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (466 bp):
CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTCAGTAA
TAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTTACATC
ACGTATCCTGAGGCAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAATTTAACTTA
AAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCAAAAGCATGGGTGA
ATATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATCGCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGGTAAACATTCAA
TTATAACATATTTCAACTAAAAATACAAAAAAAGTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTCACGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATAA
TCTATTTTAGT
Found at i:2142 original size:635 final size:633
Alignment explanation
Indices: 1057--2210 Score: 1455
Period size: 635 Copynumber: 1.8 Consensus size: 633
1047 GTTAAAATCG
* * *
1057 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTAACTATAAA
* * *
1122 CGGACTTTTCTTGCCAATGAATTATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTTAAATAATAT
66 CGGACTTTTCTTACCAATGAATTATTTTTTCTTCACGTTCCTCAAGGCAAACATTCAAATAATAT
* *
1187 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGACTATAAAATCATTTAAA
131 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAA
** * * * * *
1252 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCT
196 ACGAGTAATAAGGATTTCGAACGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCT
* * * ** *
1317 TTTACATCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAGTTATTGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAT
261 TTTACATCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACTAAAAATATAAAAAAT
* *
1382 TTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGC
326 TCAACTCAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGC
* * * * * ** * *
1447 TTGTGTGAATATAAATGGACTTTTCTTAGTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTCTTGAGGTAG
391 ATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCCTAGCAATGAAAAGCTTTTGCTTCACGTCTCTTGAGGTAA
* *
1512 ATATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATACAAAAAAAGTT-GACTTAAAATCAATTATGAG
456 ACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAATACAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1576 ATTATCAAACTATTTAGAGTAGATAATAAAGCTTTCAAAGGCTCACGTTTCTTGAGGCAGATATT
519 ATTATCAAACTATTTAGAGTAGATAATAAAGCTTTCAAAGGCTCACGTTTCTTGAGGCAGATATT
1641 CAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATATAAAAAATTTAACTTATAATTA
584 CAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATATAAAAAATTTAACTTATAATTA
* * * * * * *
1691 ATTATTAGATTAT-AAACTATTTAAAGCACGTAATAAGATTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTAACTATAAA
* * * *
1755 TGGACTTTTCTTACCAATGAA-TATATTTTTCTTCATGTATCCT-GAGGCAGACATTCAATTATA
66 CGGACTTTTCTTACCAATGAATTAT-TTTTTCTTCACGT-TCCTCAAGGCAAACATTCAA--ATA
* * * * *
1818 ACT-TGTTTTTATCGAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTA
127 A-TATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATC-A
* * * *
1881 TTTAAAACGAGTAATTATGATTTTGAACGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
190 TTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCGAACGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
1946 ATCGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-TAAAAAATGT
255 ATCGCTTTTACATCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACT-AAAAATAT
* * *
2010 AAACAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
319 AAA-AAATTCAACTCAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * *
2074 TCGTAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCT-GCCAATGAAAATCATTTT-TTTCACGTTT
383 TCAAAAGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCCTAG-CAATGAAAAGC-TTTTGCTTCACGTCT
** * * * *
2137 CTTGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCA
446 CTTGAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
2202 ATTATGAGA
511 ATTATGAGA
2211 ATATAAAATC
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 75, Indels: 22
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
632 3 0.01
633 87 0.20
634 52 0.12
635 253 0.58
636 39 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (633 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATAGGTAACTATAAA
CGGACTTTTCTTACCAATGAATTATTTTTTCTTCACGTTCCTCAAGGCAAACATTCAAATAATAT
GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAA
ACGAGTAATAAGGATTTCGAACGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCT
TTTACATCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACTAAAAATATAAAAAAT
TCAACTCAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGC
ATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCCTAGCAATGAAAAGCTTTTGCTTCACGTCTCTTGAGGTAA
ACATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATCAAACTATTTAGAGTAGATAATAAAGCTTTCAAAGGCTCACGTTTCTTGAGGCAGATATTCA
ATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATATAAAAAATTTAACTTATAATTA
Found at i:2276 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1618--2339 Score: 804
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
1608 TTTCAAAGGC
* * * * *
1618 TCACGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTT-AGTCAAAAATAT-AAAAAATTTAA
1 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
1681 CTTATAATTAATTATTAGATTAT-AAACTATTTAAAGCACGTAATAAGATTTTCAAAGGCATGGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGG
*
1745 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAT-ATTTTTCT
130 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-ATCATTTTTCT
* * * * * * * *
1787 TCATGTATCCTGAGGCAGACATTCAATTATAA-CTTGTTTTTATCGAAAATATAAAAAAATTTAA
1 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTCATCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
1851 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATTATGA-TTTTGAACGCATGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA-TAAGACTTTCGAAGGCATGG
* *
1915 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATCGCTTTTTCT
129 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATC-ATTTTTCT
* * * * * *
1958 TCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTTCAATAAAAAATGTAAACAAATTCAA
1 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTC-ATCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* ** * *
2022 CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCATGGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGG
*
2087 TGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAAAATCATTTTT-T
130 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAATCATTTTTCT
*
2129 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCAT-AAAAATATAAAAAAATTCAAC
1 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * *
2193 TTGAAATCAATTATGAGAATATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTACTAAGACTTTCGAAGGCTTGGG
66 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGG
* * * * * *
2257 TGACTATAACTGAACTTTTCTTGCTAATGATAGC-CTTTTCT
130 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATCATTTTTCT
**
2298 TCACGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCA
1 TCACGTTTCT-TGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCA
2340 CTNNNNNNNN
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TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATCATTTTTCT
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2600 NNNNNNNNCC
* * * * *
2610 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTCGAAGCCTTGGGT
1 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGT
* * * * ** ** *
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* * * *
2738 TCAATCATAATCTG-TTGCAACAAAAAATGTAAATAAATTCAACT
128 TCAATTATAATCTGTTTTC-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *
2782 CAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-ATAGGCATGGGT
1 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGGGT
* * *
2846 GACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATG-ATAGCCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACAT
65 GACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAAACAT
*
2909 TGAATTATAATCTGTTTTCA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
128 TCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *** *
2952 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTTTTGAGTG
1 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * *
3017 ACTATAACTAGACTTTTCTTGCTAACG-ATAGCC-TTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTC
66 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAAACATTC
* * *
3080 AAGTATAATATGTTTTCACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
130 AATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
3122 TGAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATCTAAAACGAGTAATTAGGCTTT-TAAGGGTATGGGT
1 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGGGT
* * * * * *
3186 AACTATAAATAGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
65 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAAACATTC
3251 AATT
130 AATT
3255 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
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2600 NNNNNNNNCC
* * * *
2610 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTCGAAGCCTTGGGT
1 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGCCTTGAGT
* * * ** *
2675 GACTAGAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCCCAAATCAAGCATTC
66 GACTAGAAATGAACTTTTCTTGTCAACGAATAGCCTTTTCTTCACATTCCCCAAATCAAACATTC
* * * *
2740 AATCATAATCTGTTGCAACAAAAAATGTAAATAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAA
131 AATCATAATATGTTGCAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGATTATAA
* ** * * * *
2805 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCATAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTGTGCC
196 AACCATCTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCATAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTCTGTACC
*
2870 AATGATAGCCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTGAATTATAATCTGTTTTCATAAAAA
261 AATGATAGCCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAAA
2935 TGTAAAAAAATTCAACT
326 TGTAAAAAAATTCAACT
**
2952 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGTTTTGAGT
1 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGCCTTGAGT
* * * * *
3016 GACTATAACT-AGACTTTTCTTG-CTAACG-ATAGCCTTTTCTTCACATTTCCTAAGGT-AAACA
66 GACTAGAAATGA-ACTTTTCTTGTC-AACGAATAGCCTTTTCTTCACATTCCCCAA-ATCAAACA
* * **
3077 TTCAAGT-ATAATATGTTTTC-ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGAT
128 TTCAA-TCATAATATG-TTGCAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGAT
* * *
3140 TATAAAACCATCTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTA-AGGGTATGGGTAACTATAAATAGACCTTT
191 TATAAAACCATCTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCATA-GGCATGGGTAACTATAAATAGA-CTTT
* * *
3204 CT-TACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
254 CTGTACCAATGATA-GCCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
3255 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
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TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCGAAGCCTTGAGT
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AACCATCTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCATAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTCTGTACC
AATGATAGCCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACT
Found at i:4724 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 41.7 Consensus size: 169
4045 NNNNNNNNNN
* * *
4055 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTATGGGT-AGC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGA-C
** * * *
4119 TATAAATGGACTTTTCTTGTGAATGAATGGCTTTTTCCTAAGGCTTTC-TAAGGTAGACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAA
** * * *
4183 TTATGGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTCAACATAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* ********** * * * *
4226 AATCAATTATGAGATTATTAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGATGATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGTTTT-GAAGGCATGGGTGACT
* *** ***********
4291 ATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAACACCTTTTT-TTCATGTCNNNNNNNNNNGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
4354 ATAATCAGTTTTTACTAAAAATTTAAAAAAATTCAATTTAA
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * * * * *
4395 AATCAATTATTAGATCATAAAACTATTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * **
4460 AGAAATGGACATTTCGTGCCAATCAATGGCTTTTT-TTCATGTTT-TTCAAGACAGACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAAT
* * *
4523 TATAATATGTTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AA
* * * * * *
4565 AATCAATTATGACAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCCTTTGTAGGCATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * *
4630 ATATATGGACCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGATATTTAAT
65 ATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
* *
4695 TATAATCTG-TCTAACCAAAAATGTAAAAAAATGCAACCTAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
** * * * *
4736 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTACACTTTCGAATGCTTGGGTGAGT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * ** * *
4801 AGAAATGGACTTTT-TTGGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACATTTCTTGAA-ATAGATATTCAA
65 ATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAA
* *
4864 TTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * ** * * * *
4906 AGTTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * ** *
4971 ATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAGTGGCTGTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAACT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
5036 ATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACATAT
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
** * * ** *
5077 AATCAATTACAAGATTATATAACCATTTAGAGCGAGTAATTACAATTTTGAAGGCATGCGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * **
5142 ATCAATGGACTTTACTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * *
5207 ATAATCTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAA
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * * *
5248 AATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAATATTTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* ** *
5313 ATAAATGGGCTGTTT-TTGCCAATGAATAACTTTTTCCTT-AGGTTT-TTCAAGGTAGACATTCA
65 ATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCA
* * * *
5375 ATTATAATCTATTTTAACAAAAAAATGTAAAACAATTTAACATAA
127 ATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* * * * * *
5420 AATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * * * *
5485 ATAAAGGGACATTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGATAG-TATTCAAC
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
5548 TATAATCTGTTTTGACAAAAAATGTGAACAAATTAAACATAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* * *
5590 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * *
5655 ATAAATGGACTTTTCTGGCCAATG-ATAGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGATCTTCATGTTTCTT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTT-A-----A-G----GT
* * * *
5719 GAGGTAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACCAGAAATGTAAAAGAATTCAACCTAA
118 -A-G-A-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * ** * *
5776 AATCAGTTATGAGATAATAAAGCTGTTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * ** * *
5841 ATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTT-TCTCAAGTTTCTCGAGGTAGATATACAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
* * **
5905 TATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAGCAATTCAACATAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* * * *
5947 AATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTGAAAGCGAGTAA-TAGGGCTTTTAAAGGTATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GG-TTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * ** *
6011 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCATGTTACTTGAGACAGTCATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
* ** *
6075 TTATAATTTGTCCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * *
6118 AATCAATTA-GGGCATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGAC
1 AATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGTTTTG-AAGGCATGGGTGAC
* * * ** * * * ** *
6182 TATAAATAGATTTTTATTTTCAATGAATAGCTGTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTTGACATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
* ** *
6247 TATAATTTGTTTTAATTAAAAATGTCAAAAAAATTTAACCTAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-CTAA
* * * ** *
6290 AATCAATTATTAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTTGTTAGGCCTTTGAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * *
6355 ATAAATAGACTTTT-TTTCCTAATGAAAGGCTTTCTT-TTCATGTTTCTTAA-GTCAAACATTCA
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCTTAAGGT-AGACATTCA
* *
6417 ATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAACTCAACCTAA
127 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
** * *
6461 AATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGTAATGGATAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * * * *
6525 ATAAATGGACATTAC---CTAATGAATGGCTTTTTTTTCAAGTTTCCTAAAGTAGACATTCCATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
6587 ATAATCTATTTTAACTAAAAA--TATAAAAATTCAATATAA
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * * * * * * *
6626 AATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGCGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGAGCGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-TAGGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * ** * *
6691 ATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGGCTGTTGCTTCACCTTTCCTAAGGTAGACATTTAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
6756 ATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTTAACATAA
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* * * * * * *
6797 AATCAATTACGAGATTATAAAACCGTTCAGAGCGAGTAATTACGATTTTGAAGACATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
** ** *
6862 ATAAATGGACTTGACTTGCCCGTGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTTC-TAAGGCAGACATTCAAT
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* * *
6926 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * ** * * * *
6968 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGCAATTACAATTTTGATGGCATGGCTAATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * * *
7033 ATAAATGGAGTTTTTTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATG
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
*
7098 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAA
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * *
7139 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAACTAATTAGGCTTTTGAAGCCATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* *
7204 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTGC-TCAAGTTGT-TTGAA-GTAGACATTCA
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* * * * *
7266 ATTACAGTATGTTTTAA-TAACAAATGTAAAAAAATTCTACATAA
127 ATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* * * ** * *
7310 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * ** * * *
7375 ATAAATGAACTTTTCTTGCTAAT-TATAGTCTTTTTTTTCACATTTCTTAAAGCAAACAGTT-AA
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* * ***
7438 TTATAAACTGTTTTCA-CAAAAAAAAATAAAAAATTCAACCTAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAA-CTAA
** * * * * *
7481 AATCAATTATGAGATTATAAAATGAATTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTAACT
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* * * **
7546 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTGTTTCTTTAAGTGTCCCAAGGTAGACATTCAAT
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* * * * *
7610 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAACAACTCAATATAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * ** * * * *
7652 AATCAATTACGAGATCATAAAACCGTTCAAAATGAGTAATTACGATTTTAAAGTCATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
** * * * * *
7717 ATAAATAAAC-TTTCTTTGCCAATGAATGGATTTCTCTTCATGTCTCTCGAA-GCAGACATTCAA
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* * * *
7780 TTATAATATGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAACATTCAACCTAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * ** *
7823 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCCAGTAATTAGGCTTTCGATGGGTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * *
7888 AGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGCAGATATTCAATT
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*
7952 ATAATCTGTTTT-ACCTAAAAATGT-AAAAAATTCACCTTAA
130 ATAATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* * * * * **
7992 AATTAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGCA-TAATAAGGTTTTCAAAGGTGTGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATTAGGTTTT-GAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * * ** *
8056 TATAAAAGGACTTTTCATACGAATG-ATAGCCTTTTTCTTTATGTTTATTGAGACAGTCATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
* * *
8120 TTATAATATGTTTTCACCAAAACAT-T-AAAAAATTCTATCTAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTC-AACTAA
* * * * * *
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1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * **
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* * * * *
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130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTAA
* * * * * * * *
8333 AATCAATTACGAGATTATAAAACCGTTCAAAACGAGTAATTACGATTTTGAAGTCATGGGTAACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * ** * *
8398 ATAAATGAAC-TTTCTATGCCGATGAATGACTTTTTCTTCATGTCTCCCAAAGCAGACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
*
8462 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * * ** *
8504 AATCAATTACGAGATTATAAAAACATTTAAAGCCAGTAATTAGGCTTTCGATGGGTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * ** * * *
8569 AGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGATATTCAATT
65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * *
8633 ATAATATGTTTTACCCAAAAATGT-AAAAAATTCACCTTAA
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* **************************
8673 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-------CGAGTAATTAGGTTTTGAAGGCATGG
*****************************************************************
8738 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
59 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAT
** * ** * ****** * * *
8803 NNAATGATAGCCTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGT--AAACATTCAATTATA
124 TCAATTATAATC-TGT-TTTA--ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTA-A
* *** * * * * * * * ********** * **
8852 ATTTTTTTTCACTAAAAATGTAAAAAAATCAACTTGAAATC-AATNNNNNNNNNNTAAAACCAT-
1 A-ATCAATT-A-T-GAGAT-T-ATAAAA-CCA-TTTAAAGCGAGTAATTAGGTTTTGAAGGCATG
* * * * ** * * *
8915 -TTAAAGCGAGTAATTAGG-CTTTTAAGAACATGGGTAACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATA
58 GGT-GA-CTA-TAAAT-GGACTTTT-----C-T---TGCCAATGAATGG--CTTT-TT--C--TT
* * * * ** ** * * * * * * *
8978 AATGTCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACCAAAAATAT
103 CATG----TTTCTT-AAG--GT-AGACATTCA-ATT--ATAAT-CTGT-TTTAACCAAAAA-TGT
* *
9043 AAAACAATTTAACCTAA
154 AAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * *
9060 AATCACA-TATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGGAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGGGCGAC
1 AATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * *
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* * * *
9189 TGTAATCTATTTCACCCAAAAATGT-AAAAAATTCAACATAA
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* * * * *
9230 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATCGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGTTTT-GAAGGCATGGGTGACT
** * * * * * * * *
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* * * ** * * *
9359 TTATAATCTATTTTCACTAAAAACATACAATAATTTAACCTAA
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* * * * ****
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1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * *
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65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * *
9532 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCAACCTAA
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
*
9573 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGGGT-AGC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGA-C
* ** * * * * *
9637 TATAAAAGGACTTTTCTTGAGAATGAATGACTTTTTCTTCAGGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
** ** ** *
9702 TATGGTCTGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAACTTTTAACATAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAA
* * * ** ** *
9744 AAACAATTATGAGATTATTAAACCATTGAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
*** * ** * * *
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65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
* * *
9873 ATAAT-TAGTTTTCACTAAAAATTTAAAAAAATTCAATCTAA
130 ATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * * * *
9914 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * ** *
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* * * *
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* ** * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * ** *
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* * * *
10382 CTATAATCTGTTTTAATC-AAAATATAAAAAAATTCAACATAT
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** * * * ** * * *
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1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * ** * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
10769 AATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACT
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* * * * *
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65 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
11069 GAGGCAGTATTCAATTATAATCTATTTTAACCAGAAATGTAAAAGAATTCAACCTAA
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* * ** *
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1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * * * *
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TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAA
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Found at i:9917 original size:341 final size:343
Alignment explanation
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8896 NNNNNNNNNN
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*
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* * ** *
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** * * * * * * * *
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**** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * **
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* * ** * *** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
9931 TAAAACCATTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACCATATATGGACCTTTCTT
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* * * * * * * **
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* * *
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130 AAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * ** * * * * *
10124 TACGCTTCCGAACGTTTGGGTGAGTAGAAGTAGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
195 TACGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * *
10189 CGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTACAAT-TTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAACTCAACCT
260 CGTTTCCTAAGGCAGATATTCAATTATAATCTAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
* *
10252 AAAGTTAATTATGAGATTA
325 AAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
10271 TAAAACCTTTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGT-GATTATAAATGGACTTTT-T
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAG-CTATAAATGGACTTTTCT
** * * * *
10334 AT-ACCAATGAATGG-TTGTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGTAAACATTCAACTATAATCTGTTTT-
65 -TGA-CAATGAATGGCTT-TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
** * * * * * *
10396 AATCAAAATATAAAAAAATTCAACATATAATCAATTACAATATTATATAACCATTCAAAGCGAGT
127 AAAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * **
10461 AATTACAATTTTGAAGACATGCGTAACTATCAATGAACTTTACTTGTCAATGAATAACTTTTTCT
192 AATTACGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * *
10526 TCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTA-TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
257 TCACGTTTCCTAAGGCAGATATTCAATTATAATCTAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
10590 CCTAAAATCAATTATAAAAATA
322 CCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
10612 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGGCTTTTTTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAGCTATAAATGGAC---TTTT
* ** * * * * * * * *
10677 TTTGTTAATGAATGGCTTTCTCATCAAGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTCTAG
63 CTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA-
* * * * *
10742 CAAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
127 AAAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
10806 AATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCCTTTTTC
192 AATTACGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTC
* * * * * * * *
10870 TTCACGTTTCTTATGGTAG-TATTCAACTATAATCT-GTTTTGACAAAAAAAAGTAAACAAATTC
256 TTCACGTTTCCTAAGGCAGATATTCAATTATAATCTAGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAAAATTC
**
10933 AATATAAAATCAATTATGAGATTA
320 AACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * **
10957 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTCGAAGGCATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAG-CTATAAATGGACTTTTCT
* * *
11021 GGCCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCACGTTTC
65 TGACAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTC
11051 TTAATCTTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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346 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTAGCTATAAATGGACTTTTCTT
GACAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAA
AAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT
ACGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
GTTTCCTAAGGCAGATATTCAATTATAATCTAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
AAATCAATTATGAGATTA
Found at i:11183 original size:186 final size:187
Alignment explanation
Indices: 10868--11206 Score: 459
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10858 ATAGCCTTTT
* * *
10868 TCTTCACGTTTCTTATGGTAGTATTCAACTATAATCTGTTTTGACAAAAAAAAGTAAACAAATTC
1 TCTTCACGTTTCTTATGGCAGTATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAAACAAATTC
* * *
10933 AATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTCGAAGGCATG
66 AACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCATG
* *
10998 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTGGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
131 GGTAACTATAAATAGACTTTTCTGGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
* * * *
11055 TCTTCACGTTTCTTGA-GGCAGTATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAGAAATGTAAA-AGAAT
1 TCTTCACGTTTCTT-ATGGCAGTATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAAACA-AAT
* * ** * * *
11117 TCAACCTAAAATCAGTTATGAGATAATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCA
64 TCAACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCA
*
11182 TGGGTAACTATAACTAGACTTTTCT
129 TGGGTAACTATAAATAGACTTTTCT
11207 TACAAATCAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 20, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (187 bp):
TCTTCACGTTTCTTATGGCAGTATTCAACTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAGTAAACAAATTC
AACATAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCATG
GGTAACTATAAATAGACTTTTCTGGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
Found at i:13841 original size:171 final size:171
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13457 NNNAATCATA
* * * *
13467 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTGTTTCTTCAAGTTTTCTAAGGTA-AG-
1 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAA--AACAGA
* * * * *
13530 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAT-TTAAAACAACTCAACATAAAATCAATTACCAA
64 TATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACATAAAATCAATTACGAG
* * * * * ** *
13594 ATTATAAAATCGTTCAAAACGAGTATTTAAAATTTTGAAGGCATT
127 ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATTAAAATTTCAAAGACATT
* * * *
13639 AGTAACTATAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTCTCCCAAAACAGAC
1 AGTAACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAAACAGAT
*
13703 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAATC-TAAAATCAATTACGAGAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAA-CATAAAATCAATTACGAGAT
***
13767 TATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAAGAC-TT
129 TATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATTAAAATTTCAAAGACATT
* * * * * * ** *
13809 GAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAAT
1 -AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAAACAGAT
* * * * * *
13873 ATTCAATTATAATTTGTTTT-ACCTAAACATGTAAAAA-ATTCACCTTAAAATTAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTACGAGAT
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129 TATAAAAAC-ATTTAAAGCG
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AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAAACAGATA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTACGAGATTA
TAAAAACATTTAAAGCGAGTAATTAAAATTTCAAAGACATT
Found at i:14753 original size:171 final size:170
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14375 AAAGACGTTT
* * *
14385 AATTATAGTTTGTTTTAA-CAACAAATGTAGAAAAATTTC-ACATAAAATCAATTATGAGATTAT
1 AATTATAATTTGTTTTAACCAA-AAATATA-AAAAA-TTCAACATAAAATCAATTATGACATTAT
** * * *
14448 AAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATAGATGACTATAAATAGATTTTTCTTA
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** *
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********** * *
14556 AATTNNNNNNNNNNTTAACTAAAAATATAAATAAATTCAATATAAAATCAATTATGACATTATAA
1 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACATAAAATCAATTATGACATTATAA
* * * * * **
14621 AACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTGAAAGGCTTGGATGACTATAAATAGATTTCTCTTTGC
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAGATGACTATAAATAGATTTCTCTTACC
*
14686 AATGAATAGC-CATTTCTTCATATTTCCCAAGGTTGACATTC
130 AATG-ATAGCTCATTTCTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTC
*
14727 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
1 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACATAAAA
14774 NNNNNNNNNN
Statistics
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170 5 0.03
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AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGACATTATAAA
ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAGATGACTATAAATAGATTTCTCTTACCA
ATGATAGCTCATTTCTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTC
Found at i:15401 original size:171 final size:169
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14953 TCGAGACAGT
* * * * * * * **
14963 CATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAACAG-AAAACAATTCTATCAAAAATCAATTGCGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
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* * * ** *
15091 TCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCGCAAGGCAA-A
127 TTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGG-AAGA
* * * * * *
15134 CATTTAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATACAACCTTAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
15198 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGCCGTAAGTAAGTATAAATGGACTTTCT
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTT-T
* * *
15263 TTATCAATGAATGGCTTTTTCCTCACATCTCCCAAGGAAGA
129 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAGA
* * * * *
15304 CGTTCAATTATAGTCTATTTTAACAACAAATGTAAAAAGATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
** * ** * *
15369 TATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTT-
* *
15434 TTGCCAAT-AATAGCTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAA-A
129 TTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACATTTCCCAAGG-AAGA
* * *
15475 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATGATA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
15540 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGC-TTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTG-AAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTT
* * ** * ** * **
15604 TCTTGCCAATGAATAGCCGTTTCTCCATGTTTCTCAAGGTTGA
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* * * *
15647 CATTAAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * *
15712 TGTAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAGTTAGGCCTTTCAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTT
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* * ** *
15776 TTTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGA
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* * ** *
15819 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAATATGTAAAACAACACAACCTAAAATCAATTATGACAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * **
15884 TATAAACCCT-TTTAAAGCGAGCAATTAGGATTTTGAAGTTAT-GGATAACTATAAATGGACATT
65 TATAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TAACTATAAATGGAC-TT
*** * * * *
15947 ACCTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA
127 TTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAGA
* * * * * *
15990 CATTCTATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** ** *
16055 TATAAAACTATTTAAAGCGCGTAATAAAACTTTCAAAAGCAT-GG-ACGACTATAAATGGACTTT
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTA--ACTATAAATGGACTTT
* * * * *
16118 TCTTACCAATGAATGGCTGTTGCTTCACCTTTCCTAAGGTAGA
128 T-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAGA
* * * * *
16161 CATTCACTTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACATAAAATCAATTACGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * * * **
16226 TATAAAACCGTTCAAAGCAAGTAATTACGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTGAC
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTT-TT
* * * * * * *
16291 TTGCTC-GTGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGAAAGA
129 TTAC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAGA
**
16332 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
16397 TATAAAACTATTTAAATCGAGTAATTACGATTTTGATGGCAT-GGCTAATTATAAATGGAGTTTT
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TAACTATAAATGGA-CTTT
* ** *
16461 TTTACTAACAAAT-GCTTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GATAGA
128 TTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACATTTCCCAAGGA-AGA
*
16503 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * * *
16568 TATAAAACCATTTAAAGTGACTAATGAGGCATTTGAAGCCATGGGTAACTCTAAATGAACTTTTC
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTT-
* * * **** *
16633 TTGCCAATGAATGGTTTTTTCCTCA-AGTTTTTTGAGGTAGA
129 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCCCAAGGAAGA
** * * *
16674 CATTCAATTATAGCCTGTTTTAATAACAAATGTAAAAAAATTCTACATAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * * *
16739 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTC
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTT
* * * * * *** *
16804 AAGCTAATG-ATAGCTTTTTTTTCACGTTTTTTAAAGTAA-A
130 TA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-ATTTCCCAAGGAAGA
* * * *
16844 TATTCAATTATAAACTGTTTTCATAAAACATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
16908 TATAAAACGATTTAAAACGAGTAATTGGGCTTTTGAAAGCAT-GAGTAACTATAAATTGACTTTT
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTAACTATAAATGGACTTTT
** ** * *
16972 CTTGTCAATGAATGGCTACTTCTTCA-AGTTTTCCAAGGTAGA
129 -TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCCCAAGGAAGA
*** * * * *
17014 CATTCAATTATCGGCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAACAACTT-AACATAAAATCAATTACGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
17078 TTATAAAA-TCGTTCAAAATGAGTAATTACGATTTGGAAGGCAT-GGCTAACTATAAATGGACTT
64 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TAACTATAAATGGACTT
* * ** * * * *
17141 TCTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTCCGAAAGCAGA
127 T-TTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAGA
* * * * * * *
17185 TATTGAATTATAATCTTTTTTATCCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTACGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
17250 TATAAAA
65 TATAAAA
17257 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1708, Mismatches: 354, Indels: 122
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
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CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTT
ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAGA
Found at i:16311 original size:342 final size:339
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14953 TCGAGACAGT
* * * * * * **
14963 CATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAACAG-AAAACAATTCTATCA-AAAATCAATTGCGAG
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* * ** * *
15026 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTATGA-TTTTGAAGGCATGGCTAACTATAAATGGACCT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTCAAAGGCATGGC-GACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
15090 TTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCGC-AAGGCAAACATTTAATTATAAT-TTTTT
127 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
15153 TAA-TAAAAAATATAAAAAAATACAACCTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
191 TAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * ** *
15217 AGTAATTAGGCTTTTGAAGCCGTAAGTAAGTATAAATGGAC-TTTCTTTATCAATGAATGGCTTT
254 AGTAATTAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTAACTATAAATAGACTTTTC-TTGCCAATGAATGACTTT
* * * * *
15281 TTCCTCACATCTCCCAAGGAAGA
317 TTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA
* * * *
15304 CGTTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AACAAATGTAAAAAGATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
** * * *
15368 TTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT-GGCGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
15433 CTTGCCAAT-AATAGCTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
129 CTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
15497 ACTAAAAATATAAAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
193 ACTAAAAATGT-AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * **
15562 TAATTAGGC-TTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AGCCGTT
256 TAATTAGGCTTTTG-AAGGCAT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* * *
15625 TCTCCATGTTT-CTCAAGGTTGA
318 TCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGA
* * * * *
15647 CATTAAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
15712 TGTAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAGTTAGGCCTTTC-AAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTT
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* * * *
15775 TTTTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
127 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ** * * *
15840 AA-TCAAATATGTAAAACAACACAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAACCCTTTTAAAGCGA
192 AACT-AAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * * * * *
15904 GCAATTAGGATTTTGAAGTTATGGATAACTATAAATGGACATTACCTACCAATGAAT-AGCTTTT
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15968 TCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA
318 TCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * *
15990 CATTCTATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * *
16055 TATAAAACTATTTAAAGCGCGTAATAAAACTTTCAAAAGCATGGACGACTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGG-CGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
16120 TTACCAATGAATGGCTGTTGCTTCACCTTTCCTAAGGTAGACATTCACTTATAATCTATTTTAAC
130 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
16185 TAAAAATGTAAAAAGATTCAACATAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCGTTCAAAGCAAGTAA
195 TAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** *
16250 TTACGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTGACTTGCTC-GTGAATGACTTTTTCTT
259 TTAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTTTTCTT
* **
16314 CACGTTTTCTAAGAAAGA
322 CACGTTTCCTAAGGTAGA
** *
16332 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * * *
16397 TATAAAACTATTTAAATCGAGTAATTACGA-TTTTGATGGCATGGCTAATTATAAATGGAGTTTT
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTCAAAGGCATGGC-GACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
16461 TTTACTAACAAAT-GCTTTTTTCTTCACATTT-CTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
129 CTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
16524 AACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAC
192 AACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * **
16589 TAATGAGGCATTTGAAGCCATGGGTAACTCTAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTT
256 TAATTAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * ** *
16653 CCTCAAGTTTTTTGAGGTAGA
319 CTTCACGTTTCCTAAGGTAGA
** *
16674 CATTCAATTATAGCCTGTTTTAA-TAACAAATGTAAAAAAATTCTACATAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * *
16738 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT-GGCGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** * * * * *
16803 C-AAGCTAATG-ATAGCTTTTTTTTCACGTTTTTTAAAGTAAATATTCAATTATAAACTGTTTTC
129 CTTA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
16866 A-TAAAACATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAACGAGT
193 ACTAAAA-ATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * **
16930 AATTGGGCTTTTGAAAGCATGAGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTACTTCT
257 AATTAGGCTTTTGAAGGCATG-GTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
*
16995 TCAAGTTTTCC-AAGGTAGA
321 TCACG-TTTCCTAAGGTAGA
*** * * * *
17014 CATTCAATTATCGGCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAACAACTT-AACATAAAATCAATTACGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * ** * ** *
17078 TTATAAAA-TCGTTCAAAATGAGTAATTACGA-TTTGGAAGGCATGGCTAACTATAAATGGAC-T
65 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTCAAAGGCATGGC-GACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
17140 TTCTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTCCGAAAGCAGATATTGAATTATAATCTTTTT
127 TTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * **
17205 TATCCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAANNNNNNNNNNNNN
191 TAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-----------CC
*****************************************************************
17270 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
244 ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
********************** **
17335 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAATAGA
309 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTA-AGGTAGA
* ** ** * ***** ** * ** * *
17367 CTTTTC--TTATCAATGAAAGGCTTTTTCCT---CATGTTTCTTAAGGCAGGCATTTAAT-TATA
1 C-ATTCAATTAT-AAT---CTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACATAAAATCAATT
** * * * ** * * * * *********
17426 ATCTG-TTTTAACCAAATATGTAAA-AAACCTCAACCTAAAATCAATT-ATGAGNNNNNNNNNNC
59 ATGAGATTATAA--AACTATTTAAAGCGA-GT-AA--TAAGA-C-TTTCA-AAG-GCATGGCGAC
* * * * * *** ** * *
17488 ATTTAAA-GCGAGTAATTAGGATTTTA--AA-GTTATGGGTAACTATAAATGGACATTACCTACC
114 -TATAAATG-GACT--TT----TCTTACCAATG-AAT-GG---CTTTTTCTTCACGTTTCCTA--
* *** * * ** * * * * * ** *
17549 A-ATNNNNNNNNNNTTC-TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTTCATTATAATATATTTTAACCAA
164 AGGT---------AGACATTCA--ATT-ATAATCT-G--TTTTAACTA-AA-A-ATGTAAAAAAT
** * * * * * *
17612 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGCGCAATAA
211 TC--------------AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA
** ** * * * * *
17677 AACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTGTTTCTTCACC
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*
17742 TTTTCTAAGGTAGA
326 TTTCCTAAGGTAGA
* * *
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1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
** * **
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*** * ** * * * * * * *
17883 GAATTCCCGGTGAATGGCTTTATCTTTATGCTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAGCTGTTTT
127 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
*
17948 AACTAAAAATGTAAAAAAGTTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
192 AACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * *
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256 TAATTAGGCTTTTGAAGGCATG-GTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTC
* *
18078 TTCACGTTTCTTGAGGTAGA
320 TTCACGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * *
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* * * ** * **
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66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT-GGCGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * * **
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* * * * *
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193 ACTAA-AAATGT-AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
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255 GTAATTAGGCTTTT-GAAGGCAT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTT
* * *
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* * * * * **
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1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
** ** * * * * **
18505 TATAAAAAAATTTAAAGTTAGTAATTAGGCTTTTGAAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTT
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* * * * *
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129 CTTACCAATGAATGGCTT-TTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATC--TGTTT
* * * ** * * * *
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* * * * * *
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255 GTAATTAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTG-CCAATGAATGACTTTT
* * * * *
18761 TCTTCATGTCTCCCAAAGCAGA
318 TCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA
* * * ** *
18783 CATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAAC-CGAAATCAATTACGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
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66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGGCGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * *
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131 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-AC
* * * *
18967 -AAAAATGTAAAAATTTC-ACCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAACCGTA-TA
195 TAAAAATGTAAAAAATTCAACC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTA
* ** * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * ** * * *
19112 TATACAATTATATTATGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAAAATTCTATC-TAAACTCAATTGTGA
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* * * ** * *
19176 GATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATTATGA-TTTTGAAGGCATGGCTAACTATAAATGGACC
63 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTCAAAGGCATGGC-GACTATAAATGGACT
* * * ** * * *
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126 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *
19304 TTAA-TAAAAAATATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
190 TTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
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253 GAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * *
19433 TTCCTCACGTTT-CTCGAGGAAAA
317 TTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGA
* *
19456 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AACAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
19520 TTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATCGGTGGCTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT-GGCGACTATAAATGGACTTT
** * *
19584 TCTTGTCAATG-ATAGCTTTTTTCTTCACGTTTCCCT-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
128 TCTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
19647 TAACTAAAAATATAAAAAAATCCAATCTAAAATCAATTATGACACTATAAAACTATTTAAAGCAA
191 TAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
19712 GTAATTAGGC-TTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-AGTTGT
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* ** *
19775 TTCTCCATATTTCCTAAGGTTGA
317 TTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA
* * * *
19798 CATTCAATTATAAAT-TG-TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTACGAGA
1 CATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* *
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65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
Statistics
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TTTCCTAAGGTAGA
Found at i:16556 original size:513 final size:511
Alignment explanation
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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** * * ** *
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* * * *
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* *
15480 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAATCTAAAATCAATTATGATATTATA
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* * * ** *
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* ** * * * * *
15610 CAATGAATAGCCGTTTCTCCATGTTT-CTCAAGGTTGACATTAAATTATAATTTGTTTTAACCAA
193 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * *
15674 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAGTTA
257 AAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTA
* * * * * * *
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322 GG-CTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCTCAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * **
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* * * **
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15930 A
511 A
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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** *
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* **
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* * *
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* * * * ** *
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*
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* * * * * * * *
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130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTGAAAGGCAT-GGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * ** * **
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193 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-
* * ** *
16701 AAATGTAAAAAAATTCTACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
257 AAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTA
* * * * * ** *
16766 GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCAAGCT-AATG-AT-AGCTTTTTTTTCA
322 GGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCA
* * * * *
16828 CGTTTTTTAAAGTAA-ATATTCAATTATAAACTGTTTTCATAAAACATGT-AAAAAATTCAACCT
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* * * * *
16891 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAACGAGTAATTGGGCTTTTGAAAGCATGAGTA
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* ** * **
16955 ACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTACTTCTTCA-AGTTT-TCCAAGGTAGACATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACA-TTTCT-CAAGGTAGACATT
*** * * * *
17018 CAATTATCGGCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAACAACTT-AACATAAAATCAATTACGAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
17082 AAAATCGTTCAAAATGAGTAATTACGA-TTTGGAAGGCATGGCTAACTATAAATGGAC-TTTCTT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTGAAAGGCATGGC-AACTATAAATGGACTTTTC-T
* * * * * * * * * *
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* * * *
17210 AAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNN
255 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA------------------
*********************************************************
17275 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
302 --------CCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTTT
***************** * *** ** * ** * ** * * **
17340 NNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAATAGAC-TTTTCTTATCAATGAAAGGC-TTTTTCCTCATGTTT
359 CTTGCTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGAA-GACATTCAATTATAATC-TG-TT
* *** * * * *** ** * * * **
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421 -TTAA--TAAAAATGTAA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACT--ATTT
********** *
17462 AAA---A-TCAATTATGAGNNNNNNNNNNCAT-TTAA
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* * * * * *
17494 AGCGAGTAATTAGGATTTTAAAGTTATGGGTAACTATAAATGGACATTACCTACCAATNNNNNNN
1 A-CTA-TAAAT-GGA-CTT----TTCT---T-AC---CAAT-GA-A-TAGCT-----T-------
* * * * *
17559 NNNTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA
36 --TTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * * * * *
17622 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGCGCAATAAAACTTTCAAA
97 CAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAA
** * ** *
17687 GGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTGTTTCTTCACCTTTTCTAAG
162 GGCAT-GGCAACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
* *
17751 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTAT
225 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
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*** * ** * * * * * * *
17881 TTGAATT-CCCGGTGAATGGCTTTATCTTTATGCTTCCTAAGGCAA-ACATTCAATTATAAGCTG
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* * *
17944 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
419 TTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * *
18009 CGAGTAATTACGATTTTGATGGCATGACTA
483 CGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATG-GTA
* * * * * * ** * *
18039 ATTATAAATGGAGTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATCCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * ** *
18104 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
18169 ACTATTTAAAGCGACTAATTAGGCTTTTG-AAGCCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
131 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTGAAAGGCAT-GGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * **
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* * * **
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257 -AAATGTAAAAA-AATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
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18360 AAGGTTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCT-AATG-ATAGACTTTTTTTT
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445 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTG-AAGGCATG
18549 AGTA
509 -GTA
* * * *
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTT-TTTCTTCACA-TTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * **
18616 CAATTATAATCTATTTTTTAA--AAAAATTTAAAACAACTCAACATAAAATCAATTACAAGATTA
64 CAATTATAATC--TGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
18679 TAATACCGTTCAAAACGAGTAATTACGATTTTG-AAGGCATGGGAAACTATAAATGGAC-TTTCT
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTGAAAGGCAT-GGCAACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
18742 TGACCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTCTCCCAAAGCAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAAC
190 TG-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * ** * * **
18807 CAAAAATGTAAAAACATTCAAC-CGAAATCAATTACGAGATTACAAAAATATTTAAAGCAAGTAA
254 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* *
18871 TTAGGC-TT-G-A-G--T--G--ACTAGAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-AGC-TTTTCT
319 TTAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAATGA-CTTTTTCT
* * * * ** *
18923 TCAC-ATTTCTTGAGGTAA-ATATTCAATTATAATCTATTTTAGGCAAAAATGT-AAAAATTTC-
383 TCACGTTTTC-TAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * **
18984 ACCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAACCGTA-TAATAAGG-TTATCAAAGGCA
445 ACC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATTAGGATT-TTGAAGGCA
*
19047 TAGGTG
507 T-GGTA
* * ** ** * ** *
19053 ACTATAAAAGGACTTTTCCTACCAATG-ATAGCCTTTTTCTTCGTATTTCTTGAGGCAGTTATAC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * * * * *
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65 AATTATAATCTGTTTT-AACTAAAA-ATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
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128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTGAAAGGCATGGC-AACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
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191 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
19309 AAAAAATATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
255 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * * *
19374 TTAGGCTTTTGAAGCCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTAC-CAATGAATGGCTTTTTCCT
319 TTAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCTCAATGAATGACTTTTTCTT
* * * * *
19438 CACG-TTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAACAAATGTAAAAACATTCAAC
384 CACGTTTTCT-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA-AAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
19502 ATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATCGG
447 CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCAT-GG
*
19566 TG
510 TA
* ** * * * *
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGC-TTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
19632 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAATCTAAAATCAATTATGACACTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * ** *
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130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCAT-GGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * *
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194 AATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAA
* * * * *
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TCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGTA
Found at i:17665 original size:171 final size:171
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17477 NNNNNNNNNN
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********** *
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*
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*
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * * * * **
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* ** * * * * * *** *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * ** * *
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* ** * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * * *
18749 TAAATGGCTTTTTCTTCATGTCTCCCAAAGCAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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66 GAATGGCTGTTTCTTCACCTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *** * * * ** * * * *
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* * * * *
19141 ACATAAAAAAAAATTCTATC-TAAACTCAATTGTGAGATTATAAAAC
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* * * * * * * *
19187 CATTTAAAGCGATTAATTATGATTTTGAAGGCATGGCTAACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACATTACCTACCAAT
* * * *** * * * **
19252 AAATGACTTTTTCTTCGTGTTTCAC-AAGGTAGACATTTAATTATAATTTTTTTTAATAAAAAAT
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** * *
19316 ATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 ATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGAGTATAAAAC
* * * * * * ***
19358 CATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGCCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTACCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACATTACCTACCAAT
* * * * * * * * *
19423 GAATGGCTTTTTCCTCACGTTT-CTCGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAACAAA
66 GAATGGCTGTTTCTTCACCTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA-AAA
* * * * *
19486 TGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
129 TATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGAGTATAAAAC
* * * ** * * * **
19529 CATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTAAAGACATCGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATTAA-GATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACATTACCTACCAA
* * * * * * *
19593 TG-ATAGCTTTTTTCTTCACGTTTCCCT-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
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** * *
19656 ATATAAAAAAATCCAATC-TAAAATCAATTATGACACTATAAAAC
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* * * * * * * * * * **
19700 TATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
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* * * ** * *
19765 GAATAGTTGTTTCTCCATATTTCCTAAGGTTGACATTCAATTATAA-AT-TGTTTAACTAAAAAT
66 GAATGGCTGTTTCTTCACCTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATAT-TTTAACCAAAAAT
* * * * * *
19828 ATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAAC
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1 CATTTAAAGCGAGT
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACATTACCTACCAAT
GAATGGCTGTTTCTTCACCTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA
TAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGAGTATAAAAC
Found at i:18732 original size:685 final size:674
Alignment explanation
Indices: 14887--19879 Score: 2602
Period size: 685 Copynumber: 7.2 Consensus size: 674
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** ** * * * *
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** *
15014 ATCAATTGCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGCTAACTA
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* * ** * * *
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* *
15144 TAAT-TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATACAACCTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
255 TAATCTTTTTTTA-AAAAAATATAAAAAAAT-CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * ** * * **
15208 TTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGCCGTAAGTAAGTATAAATGGACTTTCTTTATCAATGA
318 TTTAAAGCGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-TTTTTTTGCCAATGA
* * * * * * * *
15273 ATGGCTTTTTCCTCACATCTCCCAAGGAAGACGTTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAACAAATGT
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* * ** *
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** * * * **
15402 CAAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-AATAGCTTTTTTCTTCACATTTCC
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* * *
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* * *
15530 AATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGC
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* * * ** * **
15571 TTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CCGTTTCTCCATGTT
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* * * * ** * * *
15635 TCTCAAGGTTGACATTAAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 TCTTAAGGTAGATATTCAATTATAAACTGTTTTCACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * * * * ** * * *
15700 CAATTATGAGTTTGTAAAATCATTTAAAGCAAGTAGTTAGGCCTTTCAAGGCATGGGTGATTATA
130 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATTACGATTTTGAAGGCAT-GGTAACTATA
* * * * * * *
15765 AATAGACTTTTTTTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTAT
193 AATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * *
15830 AATC-TGTTTTAATCAAATATGTAAAACAACA-CAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAACCC
256 AATCTTTTTTTAA--AAAAATATAAAA-AA-ATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * ** * * *** *
15893 TTTTAAAGCGAGCAATTAGGATTTTGAAGTTATGGATAACTATAAATGGACATTACCTACCAATG
317 ATTTAAAGCGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-TTTTTTTGCCAATG
* * * * * * *
15958 AATAGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCTATTATAATCTATTTTAACTAAAAATA
381 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * * * **
16022 TAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGCGTAATAAAACTT
445 TAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTT
** * ** * * * * *
16087 TCAAAAGCATGGACGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTGTTGCTTCAC-CTTTC
509 T-TGAAGCATGG--TACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTT
* * * * * * * *
16151 CTAAGGTAGACATTCACTTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTC-AACATAAAATC
571 C-GAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCTACCTTAAAATC
* ** * * * *
16215 AATTACGAGATTATAAAACCGTTCAAAGCAAGTAATTACGC
634 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * ** * *
16256 TTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAGACTTGACTTGCTC-GTGA-ATGACTTTTTCTTCACGT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGATA-GACTTTTTCTTCACAT
** * * * * * **
16319 TT-TCTAAGAAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGACCTAAA
64 TTCT-TAAGGTAGATATTCAATTATAAACTGTTTTCACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAA
* * * *
16383 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATTACGATTTTGATGGCATGGCTAATTA
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATTACGATTTTGAAGGCATGG-TAACTA
* * * * ** * ** *
16448 TAAATGGAGTTTTTTTACTAACAAATGCTTTTTTCTTCACATTTC-TCAAGATAGACATTCAATT
191 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCAT-AAGGTAGACATTCAATT
* * *
16512 ATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
254 ATAATCTTTTTTTAA--AAAAATATAAAA-AAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
16576 CATTTAAAGTGACTAATGAGGCA-TTTGAAGCCATGGGTAACTCTAAATGAACTTTTCTTGCCAA
316 CATTTAAAGCGAGTAATTACG-ATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-TTTTTTTGCCAA
* * * * * * ** *
16640 TGAATGGTTTTTTCCTCAAGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAA-TAACAAA
379 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAA
* * * * *
16704 TGTAAAAAAATTCTACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
443 TGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATTAGGC
** * ** *
16769 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCAAG-CTAATG-ATAGCTTTTTTTTCACGTT
507 TTTTGAA-GCAT-GGT-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTT
** * * * * * * *
16832 TTTTAAAGTAAATATTCAATTATAAACTGTTTTCATAAAACATGT-AAAAAATTCAACC-TAAAA
568 TTTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA-ATATAAAAAAATTCTACCTTAAAA
* * **
16895 TCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAACGAGTAATTGGGC
632 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * **
16938 TTTTGAAA-GCATGAGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTACTTCTTCA-AG
1 -TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATA-GACTTTTTCTTCACA-
* * *** * * ** * *
17000 TTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATCGGCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAACAACTT-AACATA
63 TTTCT-TAAGGTAGATATTCAATTATAAACTGTTTTCACCAAAAACGTAAAA-AAATTCAACCTA
* * * * *
17063 AAATCAATTACGAGATTATAAAATCGTTCAAAATG-AGTAATTACGATTTGGAAGGCATGGCTAA
126 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAA-GCAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGG-TAA
* * ** * * * *
17127 CTATAAATGGAC-TTTCTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTCCGAAAGCAGATATTGA
188 CTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATTCA
** * *
17191 ATTATAATCTTTTTTATCCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAA
251 ATTATAATCTTTTTT-TAAAAAAATATAAAAA-AATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
****************************************************
17256 ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
314 A------------CCATTTAAAGCGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA
************************************ ** * *
17321 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATA-AATAGACTTTTC--TTATCAATGA
367 TTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGA-AGAC-ATTCAATTAT-AAT--
** ** **** * ** * * * ** ** * *
17383 AAGGCTTTTTCCTCATGTTTCTTAAGGCAGGCATTTAA-TTATAATCTGTTTTAACCAAATATGT
427 -CTG-TTTTAAC-CAAAAAT-GTAA---AAACATTCAACCTAAAATC--AATT-ATGAGAT-TAT
* ** * * * * ********* * * *
17447 AAAAAACCTCAACCTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCAT-TTAAAGCGAGTAATTAGGA-T
481 AAAATATTTAAAGC--GAGT-AATTA-G-G-CTTTTGAAGCATGGT--A-CTA-TAAAT-GGACT
* * *
17510 TTTAAAGTTATGGGTAACTATAAATGGACATTACCTACCAATNNNNNNNNNNTTCTTCACG-TTT
535 TTT----CT-T--GT--C----AAT-GA-A-TAGCT-----T---------TTTCTTCACGTTTT
* * * * * *
17574 CCTAAGGTAGACATTTC-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-TAACTTAAAA
570 TC-GAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCTACCTTAAAA
* * * **
17637 TCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGCGCAATAAAAC
632 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
17680 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTGTTTCTTCACCT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGATA-GACTTTTTCTTCACAT
* * * * * *
17743 TT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAA
64 TTCT-TAAGGTAGATATTCAATTATAAACTGTTTTCACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAA
* *
17807 ATCAATTATGAGAGTATAAAACCGTTTAAAGCAGGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTA
128 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-GTAATTACGATTTTGAAGGCAT-GGTAACTA
*** * ** * * * * * *
17872 TAAATGGACTTGAATTCCCGGTGAATGGCTTTATCTTTATGCTTCCTAAGGCAAACATTCAATTA
191 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
17937 TAAGC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
255 TAATCTTTTTTTAA--AAAAATATAAAAAA-ATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** *
18001 ATTTAAAGCGAGTAATTACGATTTTGATGGCATGACTAATTATAAATGGAGTTTTTTTGCCAATG
317 ATTTAAAGCGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-TTTTTTTGCCAATG
* * * * * *
18066 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATCCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGT
381 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* *
18131 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATTAGGCTTT
446 AAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTT
* *
18196 TGAAGCCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCTT-AGGTTTTT
510 TGAAG-CAT-GGT-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTT-CTTCACGTTTTT
* * * ** *
18260 CGAGGTACACATTCTAGTATAGCCTGTTTTAACAACAAATATAAAAAGAATTCTA-CATAAAATC
571 CGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA-AAATATAAAAA-AATTCTACCTTAAAATC
* *
18324 AATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGT
634 AATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
18365 TTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCTAATGATAGACTTTTTTTTCACGTTT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATAGACTTTTTCTTCACATTT
* * *
18430 CTTAAGGTAAATATTCAATTATAAACTGTTTTCACAAAAAACGT-AAAAAATTCAACCCAAAATC
66 CTTAAGGTAGATATTCAATTATAAACTGTTTTCACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
** * * * *
18494 AATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAAGTTAGTAATTAGGCTTTTGAAAAGCATGAGTAACTATA
131 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATTACGATTTTG-AAGGCATG-GTAACTATA
* * *
18559 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTGTTTCTTCAAGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATA
193 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTT-TTTCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * ** * *
18624 ATCTATTTTTTAAAAAAATTTAAAACAACTCAACATAAAATCAATTACAAGATTATAATACCGTT
257 ATCT-TTTTTTAAAAAAATATAAAA-AAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
18689 CAAAACGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGAAACTATAAATGGACTTTCTTGACCAATAAAT
320 TAAAGCGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGATTTTTTTG-CCAATGAAT
* * * * * * *
18754 GGCTTTTTCTTCATGTCTCCCAAAGCAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
384 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
18819 AACATTCAACC-GAAATCAATTACGAGATTACAAAAATATTTAAAGCAAGTAATTAGGC--TTG-
449 AACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAATATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
* * *
18880 AG--T-G-ACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTCTTCACATTTCTT-GAGGT
513 AGCATGGTACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGAGGT
* * * * * *
18939 AAATATTCAATTATAATCTATTTTAGGCAAAAATGT-AAAAATTTC-ACCTTAAAATGAATTATG
577 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATATAAAAAAATTCTACCTTAAAATCAATTATG
* * *
19002 AGATTATAAAGCCATTTAAACCGTA-TAATAAGG-
641 AGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGC
* * * * * **
19035 TTATCAAAGGCATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCCTACCAATGATAGCCTTTTTCTTCGTATT
1 TT-TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATAGACTTTTTCTTCACATT
* * * * * * * *
19100 TCTTGAGGCAGTTATACAATTATATTA-TGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAAAATTCTATCTAA
65 TCTTAAGGTAGATATTCAATTATA-AACTGTTTTCACCAAAAACGT--AAAAAAATTCAACCTAA
* * * *
19164 ACTCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATTATGATTTTGAAGGCATGGCTAACT
127 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATTACGATTTTGAAGGCATGG-TAACT
* * * * * *
19229 ATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCGTGTTTCACAAGGTAGACATTTAATT
190 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATTCAATT
19294 ATAAT-TTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
254 ATAATCTTTTTTT-A-AAAAAATATAAAAAAAT-CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
19358 CATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGCCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTACCAAT
316 CATTTAAAGCGAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGA-TTTTTTTGCCAAT
* * *
19423 GAATGGCTTTTTCCTCACGTTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAACAAAT
380 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAAT
* *
19487 GTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
444 GTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCT
* *
19552 TTTAAAGACATCGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG-ATAGCTTTTTTCTTCACGTTT
508 TTTGAAG-CAT-GGT-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC-TTTTTCTTCACGTTT
** * * * *
19616 CCCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAATC-TAAAAT
569 TTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCTACCTTAAAAT
* * * *
19680 CAATTATGACACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATTAGGC
633 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
19722 TTTGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAG--TTGTTTCTCCATAT
1 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGACTT-TTTCTTCACAT
* * * * * * ** * *
19785 TTCCTAAGGTTGACATTCAATTATAAATTG-TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAA
64 TTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAAACTGTTTTCACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAA
* *
19849 TCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGC
129 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
19880 GAGT
Statistics
Matches: 3230, Mismatches: 872, Indels: 415
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
670 3 0.00
671 135 0.04
672 18 0.01
673 262 0.08
674 132 0.04
676 3 0.00
677 2 0.00
678 1 0.00
680 1 0.00
681 7 0.00
682 288 0.09
683 121 0.04
684 605 0.19
685 694 0.21
686 388 0.12
687 27 0.01
688 1 0.00
692 4 0.00
693 8 0.00
694 3 0.00
696 1 0.00
697 4 0.00
698 4 0.00
699 5 0.00
700 2 0.00
701 9 0.00
702 5 0.00
703 2 0.00
704 8 0.00
705 7 0.00
706 2 0.00
707 7 0.00
708 2 0.00
709 7 0.00
710 9 0.00
711 3 0.00
713 3 0.00
714 8 0.00
715 6 0.00
716 3 0.00
717 7 0.00
718 2 0.00
719 6 0.00
720 10 0.00
721 2 0.00
722 6 0.00
723 9 0.00
724 1 0.00
725 3 0.00
726 3 0.00
727 9 0.00
728 2 0.00
730 2 0.00
731 8 0.00
732 5 0.00
740 5 0.00
741 52 0.02
742 294 0.09
743 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (674 bp):
TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATAGACTTTTTCTTCACATTT
CTTAAGGTAGATATTCAATTATAAACTGTTTTCACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGTAACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
TTTTTTAAAAAAATATAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGATTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTT
TCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTC
AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGCATGGT
ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCTACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
Done.