Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402950.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_611.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5077
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.08, T:0.22
Warning! 2109 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2367 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2056--3187 Score: 1239
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
2046 NNTGCCTTAG
* * * * * *
2056 GAAACATGTAGAAAGAGCCCTTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTCATTTCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAA
* * * *
2120 AAGCCTCATTACCCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTAAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * *
2185 AATTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACATTGA
130 CATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* *
2227 GAAACATGAAGAAAAACG-CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
1 GAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCA
* * *
2291 AAAG-CTTATTACTCGCTCTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTAT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-T
* * *
2354 TGA-ATTATTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCTGA
128 T-ACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * ** *
2398 TAAACATTAAGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTTCTATTCCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
2462 AA-CCATTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTT
65 AAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* **
2526 TACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGTTTGA
128 TACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* *
2570 GAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA-AACAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * * * *
2634 AAGCCTTTTTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTAAAATGTTTTG
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * *
2699 CATTTTTAGTTAAAACAGA-TGATAATTGAATGCCTACCTTGA
130 CATTATTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * *
2741 GAAACATGTAGAAAAAGCCATTAATTAGGA-AA-AATAGTTCATTTGTAGTCACCCATTCCTTC-
1 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT--GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
2803 AAAGCCCTACTAGTCGCTTTAAGTTATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
2868 ACA-TATTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAACGTTTACCTTGG
129 ACATTA-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
2911 GAAACATGAAGAAAAAGACATTAATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
2976 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAG
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* ** * * *
3041 ATTTTTCATTAAAACAGACTATTATTGAATGTTTACCATGA
131 ATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * * ** * *
3082 GAAACGTAAAGAAAAA-AGCATTTATTGATAAGAAAAGTTCATTTAAAGTCTTCTATTCCTACAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
3146 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
3188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 124, Indels: 48
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.00
170 152 0.19
171 494 0.61
172 154 0.19
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
ATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
Done.