Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397310.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_409.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 87413
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.12, T:0.28
Warning! 16979 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2239 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 959--3641 Score: 2354
Period size: 171 Copynumber: 15.7 Consensus size: 169
949 GGGTATTTTG
* *
959 AAGCGAGTAAT-AGGTATTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCTAATGAAT
1 AAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTCC-AATGAAT
* * ** * * *
1022 ACCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAA
64 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT-AA
* * * *
1087 CAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTG
127 -AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
1131 AAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACG-CTATAAATGGA-TTTTTCTTCCCAATGAAT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAAT
* * * * * * *
1194 AG-CATTTTCTACATGTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTATGGTTTGATGAAAAATGTAA
64 -GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAA
1258 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
127 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * * *
1301 AAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTTACTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATAAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAATG
** * **
1365 TATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
65 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAA
* * * * *
1430 AGCGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACTATTTA
129 A--ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * *
1473 AAGTAAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTTGC-GCCAATAGAT
1 AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-CTTCCAAT-GAA
* * * * * * *
1537 TG-CTTTTGCTTCACGTTGCTTAAGGTCA-ACATTCATTTATAGCCT-TTCTTAACCAAAATTAT
63 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAA-TAAAA--AT
**
1599 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACCATTTA
123 GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
1646 AAGAGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAATG
* * ** * * * *
1711 CCTTTTTCTTTACGTTTCTTGACGTAGAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATTATAAAA
65 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAA
* * * *
1776 AAGTTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTA
129 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * ** * *
1818 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAA-GACTTCAGTGGCTATAAATGGAC-TTTTCATGCCAAT-AGA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTC-TTCCAATGA-A
* * ** * * * * *
1880 TGGCTTTTGCTTCACATTATC-CAAAGCAGACATTCAATTATAGCCT-TTTAAACAAAAAATGTA
63 TGCCTTTTTCTTCATGTT-TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT-
* *
1943 AAAAAATTCAATTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTA
125 AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *** * * *
1988 AAGCGAGTAACAAAAATTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGAC-ATTTCTTCACAATGAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTC-CAATGAATG
* * * * * *
2052 GCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCA-AGCATTCACTTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAA
65 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAA
* *
2116 ATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
128 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
2159 AAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCTAT-CAATGAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCT-TCCAATGAATG
** * * *
2223 CCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGCCATTCAATTAAAGTCTGTTTTCACTAAAAATGTACCA
65 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATAAAAATGTA--A
** * *
2288 CGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTAA
127 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
2331 AACCGAGTAAT-AGGCATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAAA
1 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAAT
* * * * * *
2394 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTGTAATATGTTTTAATTAAAAATATAAA
64 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT-AA
* * ** *
2459 AAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTTTTTG
127 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** *
2502 AAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACATTATAAATGGAC-TTTTCTTCTCAATGAATA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTC-CAATGAAT-
* * *
2566 G-CTTTTTCTACATGTTT-TCTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAATGTAA
64 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAA
* * * *
2629 AACAATGCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAAGCATTTA
127 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
2673 AAGCGAGTAATAAGG-GTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTT-TTGCCAATGAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAATG
** * * * **
2736 CAC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCCAGATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGGGCC
65 C-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAT--GTA
* * * * *
2800 AAAAGTTAAACTTAAAATCAATTTTAAAATTATAAAA-CATTTA
126 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
2843 AAGTGAGTAAT-AGGCATTTTAAAGGAATTGGTGGCTATAAATGGAC--TTTCTTGCCAATGAAT
1 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAAT
* * *
2905 GCC-TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAG
64 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAA-
* * ** *
2969 AAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTTTTTG
127 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * ** * * * *
3012 AAGCGGGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGAAACAATAAATGGACTTTTCCTCCCAATGAATGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTCCAATGAATGC
* * * * *
3077 CTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCAGCCATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAATATAAAAT
66 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAA-
*
3142 AATTCAA-TCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
129 AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
3183 AAGCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCAAATAAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAATG
* * * * *
3247 CATTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGGT-GAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
65 CCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAA
* * * * *
3310 AAAGAGTTAAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATAAAACAATTTA
127 AAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
3355 AAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTTGTACCAATGGATG
1 AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTCCAATGAATG
* * * * ** * * * * *
3420 GCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTTGATCAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATCTGAAA
65 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT-AAA
* * * * *
3485 AAATTCAACTTAAATTTAACTT-TGAGACTATAAAATCGTTTA
128 AAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTA
*** *
3527 AA-CAGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATTACTTGACCATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAA
1 AAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTT-CCAATGAA
* **
3589 TGCC-TTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
63 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
3642 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2018, Mismatches: 397, Indels: 195
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 29 0.01
169 100 0.05
170 453 0.22
171 668 0.33
172 477 0.24
173 259 0.13
174 22 0.01
175 8 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTCCAATGAATGC
CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
Found at i:4434 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3981--7095 Score: 2117
Period size: 172 Copynumber: 18.2 Consensus size: 170
3971 NNNAATGGGA
** * * * **
3981 GACTATAAATGGA-TATTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTTTAAGGTAGGTATT
1 GACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * ** * * *
4045 TAATTATAGTCTATTTTAA-TGACAAATATAAAACAATTTGACCTAAAATCAGTTATGAGATTAT
65 CAATTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * *
4109 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * ** * *
4152 GACTATAAATTGAAC-TTTCTTGCCAATGAAT-ACATTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTGGACAT
1 GACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * *
4215 TAAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAACCAATTTTGAAATTA
64 TCAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
4280 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTAAAGGAATGAGT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * ** * * * * * * *
4325 GCCTATAAATGGAGTTTTCACGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTCGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * * *
4390 TATTAGAGCCTTTTATAGCTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTTTGAG-TCTATG
66 AATTATAGTCTTTT-TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT-TATA
* *
4454 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * ** * * **
4496 GACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
4561 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACT-AGTTTATG
66 AATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATA
* * ** ** *
4625 AAACCATTTAAAG-CATGTAAAAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGT
129 AAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * * * *
4667 GGCTATAAATGGAACTTTT-GTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAAGCT-GACAT
1 GACTATAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAT
* * * **
4730 TCAATTAT-TTCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA-TTGAAAACCAATTACGAGAT
64 TCAATTATAGT-CTTTTT-AACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTTTGAGAT
* * * * *
4793 TATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
125 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * * * *
4839 CACTAGAAATAGACATTTT-TTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTACCCAAGGTAGGCATT
1 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* ** * * * *
4903 CAATTATAGTCTGTTCTAA-TGAAAAATGTAAAGCAATTCAACCTAAAATTAATTATGACATTAT
65 CAATTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
4967 -AAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGTGT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * ** * ** **
5009 GACTGTAAATGGACTTTT-TCTGTCAATGAATACCTTTTTATTCACATTTCTTGAGGTAGACGA-
1 GACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC-AT
* * *
5072 TCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAAA-TCAACTAAAAATCAATTTTGAGATT
64 TCAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * *
5136 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT-AGGAATTTTGAAGGAATGGGT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGAGT
** ** *
5181 GACTATAAATGGACTTTTCTTGAAAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * *
5245 CAATTATAATTTGTTTTAACCAAATAATGTAAAGAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTAT
65 CAATTATAGTCT-TTTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
** * * *
5310 AAAACGTTTTGAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * **
5353 CACTATAAATAGATTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTC--CATACGTTTCTGGAGGTA-AGC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCAT--GTTTCTCAAGGTAGA-C
* * *
5414 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
62 ATTCAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * *
5479 ATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTTTCGAAAGAATGTGT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGAGT
* *
5524 GACTATAAATGAAC-TTTCTTTGCCAATGAATGTG-TTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * *
5587 TCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAACGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTA
64 TCAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
5652 CAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* *** * ** * * * * *
5697 GACTATAAATGGAGTTTTCACACCAATGGATGGCTTTTGGTTTAT-ATTCCCTAAGGCAGACAGT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATT
* * * * * * * *
5761 CGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAACTTTGAAACTATA
65 CAATTATAGTC-TTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * *
5826 AGACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* ***************** * * *
5868 GACTATAAATAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
5933 AATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAACAAATTCAACATAAAGTCAATTATT-AGTTTAT
66 AATTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTAT
* ** *********** * * *
5996 GAAACCATTTAAAGCAAGTAANNNNNNNNNNCAA-GATTTCAAT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGT
* * * * ** * *
6039 GGCTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CATTCCCTAAGGTTGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACAT
* * * *
6102 TCAATTATGGCCTTTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAA-CTAATTATGAGATT
64 TCAATTATAGTCTTTTT-AACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTTTGAGATT
* * * *
6166 ATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGA
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * * **
6211 GACTATAAATGGACATTTATTCCCTATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTTCTCGAGACA-AGCAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGA-CAT
* * * * * *
6274 TCAATTATAGTCTGTCTTAA-TGAAAAACGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTA
64 TCAATTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
********** * * * *
6338 TANNNNNNNNNNAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGGGT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * * *
6382 GACTGTAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTTTGAAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * **
6447 AATTAAAGTCTGTTTTAACTTAAAATGTACAAAGTATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
66 AATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* *
6512 AAACCATTTAAAGCGACTAAT-AGGCATTTTGAAGGAAT-AGGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGA-GT
* * * * ** *
6554 GACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATGCCTTTTTTTTCACATTTCTCTAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * ***********
6619 AATTATAGTCTGTTTTGA-TGAAAAAT-TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTANNNNNNNNNN
66 AATTATAGTCT-TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * *
6682 AAACCAATTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAAGAATGGGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * *
6724 GACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCATTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTGGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * *
6788 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTAT
65 CAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
6853 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAAGCTTTTAAAGGAATGGGT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * ** * * * * *
6897 GACTATAAATGGA-GTTT-TTGCACTAATGGATAACTTTTGCTTCACG-TTCCCTTAGGCAGACA
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGC-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * *
6959 TTCGATTAGAGCCTTTGTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGACTA
63 TTCAATTATAGTCTTT-TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* *
7024 TAAAACCATTTAAAGAGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-T
* *
7068 GACTACAAATGGATTTTTCTTGCCAATG
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
7096 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2255, Mismatches: 587, Indels: 204
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
170 257 0.11
171 827 0.37
172 884 0.39
173 269 0.12
174 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
AATTATAGTCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
Found at i:4868 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4088--7095 Score: 1921
Period size: 343 Copynumber: 8.8 Consensus size: 340
4078 CAATTTGACC
* *
4088 TAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * *
4153 ACTATAAATTGA-ACTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTGGACATTA
66 ACTATAAATGGACA-TTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * * * *
4217 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAACCAATT-TTGAAATTAT
130 AATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTAT
* * * * * * *
4281 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTAAAGGAATGAGTGCCTATAAATGGAGTTTTCAC
192 AAAACCATTTAAAG-CAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-AT
* * ** * * *
4346 GCTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCCC-CAAGGTCGACATTCTATTA-GAGCC-TTTTATAG
254 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAAGGT-GACATTCAATTATG-GCCTTTTTA-AA
*
4408 CTAAAAAT-TTAAAAAAATTCAACT
316 CTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* * *
4432 TAAAATTAACTT-TGAG-TCTATGAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 TAAAATCAA-TTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * *
4495 TGACCATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAGACAT
64 TGACTATAAATGGACATTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACAT
* *
4559 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACT-AGTTTA
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTA
* ** ** * * *
4623 TGAAACCATTTAAAGCATGTAAAAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGGCTATAAATGGAACTTTTGT
191 TAAAACCATTTAAAGCA-GTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTAT
* * * ** *
4688 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAAGCTGACATTCAATTATTTCCTTTTTAAACCA
254 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAAGGTGACATTCAATTATGGCCTTTTTAAACTA
4753 AAAATGTAAAAAAAATTCAA-T
319 AAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* * * * *
4774 TGAAAACCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * ** * * * * *
4839 CACTAGAAATAGACATTTTTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTACCCAAGGTAGGCATTC
65 GACTATAAATGGACATTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * * *
4904 AATTATAGTCTGTTCTAATGAAAAATGTAAAGCAATTCAACCTAAAATTAATTA-TGACATTAT-
130 AATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATA
* * * * * * *
4967 AAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGTGTGACTGTAAATGGACTTTTTCTGT
193 AAACCATTTAAAGC-AGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTATGC
* ** ** * ** ** * *
5032 CAATGAATACCTTTTTATTCACATT-TCTTGAGGTAGACGA-TCAATTAAAGTCTGTTTT-AACC
256 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAAGGT-GAC-ATTCAATTATGGCCT-TTTTAAACT
*
5094 AAAAATGTACAAAGAAA-TCAACT
318 AAAAATGTA-AAAAAAATTCAACT
* * ** *
5117 AAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT-AGGAATTTTGAAGGAATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGT
** * * *
5181 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGAAAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATT
65 GACTATAAATGGACATTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * * *
5245 CAATTATAATTTGTTTTAACCAAATAATGTAAAGAAATTCAATTTAAAATCAAGTA-TGAGATTA
129 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAA-AATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTA
** * ** * ** * * * *
5309 TAAAACGTTTTGAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATAGATTTTTCTT
191 TAAAACCATTTAAAG-CAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATG
* * * * * ** * * *
5374 CTCAATGAATGGCTTTTTCCAT-ACGTT-TCTGGAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-AA
255 C-CAATGGATGGC-TTTTGCTTCACATTCCCTAAAGGTGA-CATTCAATTATGGCCT-TTTTAAA
* *
5436 TTAAAAATGT-ATAAAAATTCAACT
316 CTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* * * *
5460 TAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTTTCGAAAGAATGTGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGT
* ** * * * *
5524 GACTATAAATGAAC-TTTCTTTGCCAATGAATGTGTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
65 GACTATAAATGGACATTT-TTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * * *
5588 CAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAACGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATT-TTGAAATTA
129 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTA
* * * * *
5652 CAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCA
191 TAAAACCATTTAAAG-CAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-A
** * * * * * * *
5717 CACCAATGGATGGCTTTTGGTTTATATTCCCT-AAGGCAGACAGTCGATTA-GAGCCTTTTTTAA
253 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAAGG-TGACATTCAATTATG-GCCTTTTTAAA
* *
5780 CTAAAAATCT-AAAAAAATTGAACT
316 CTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* * * *
5804 TAAAATCAACTT-TGAAACTATAAGACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
1 TAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ***************** *
5868 GACTATAAATAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
65 GACTATAAATGGACATTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * *
5933 AATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAACAAATTCAACATAAAGTCAATTATT-AGTTTATG
130 AATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATA
*********** * * * * *
5997 AAACCATTTAAAGCAAGTAANNNNNNNNNNCAA-GATTTCAATGGCTATAAATGGACTTTTTGTG
193 AAACCATTTAAAGC-AGTAAAAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTATG
*
6061 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCT-AAGGTTGACATTCAATTATGGCCTTTTTAAACTA
255 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAAGG-TGACATTCAATTATGGCCTTTTTAAACTA
*
6125 AAAATGTAAAAAAAATTCAATT
319 AAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* * * * *
6147 TAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGA
1 TAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * **
6211 GACTATAAATGGACATTTATTCCCTATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGACA-AGCATT
65 GACTATAAATGGACATTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGA-CATT
* * * *
6275 CAATTATAGTCTGTCTTAATGAAAAACGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTA-TAAGATTAT
129 CAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTAT
********** * * * * * * *
6339 ANNNNNNNNNNAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTA
192 AAAACCATTTAAAGC-AGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-ATG
* * ** ** ** * ** *
6404 CCAATGAATGCCTTTTTATTCATGTT-TTTGAAGGTAGACATTCAATTAAAGTCTGTTTT-AACT
255 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAAGGT-GACATTCAATTATGGCCT-TTTTAAACT
* * **
6467 TAAAATGTACAAAGTATTCAACT
318 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* * *
6490 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAAT-AGGCATTTTGAAGGAATAGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGT
* * * *
6554 GACTATTAATGGAC-TTTTCTTGCCAATCAATGCCTTTTT-TTTCACATTTCTCTAGGTAGACAT
65 GACTATAAATGGACATTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * ********
6617 TCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAAT-TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTA-NNNNNNNN
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTA
** * * * * * * * * *
6680 NNAAACCAATTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
191 TAAAACCATTTAAAG-CAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-AT
* * * * ** * ** ***
6745 GTCAATGAAT-GCATTTTTCTTTATGTT-TCTCGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AA
254 GCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACATTCCCTAAAGGT-GACATTCAATTATGGCCT-TTTTAAA
* * * * *
6807 CAAAAAATGCAAAAAGAGTTAAACT
316 CTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
6832 TAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAAGCTTTTAAAGGAATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** * * * * *
6897 GACTATAAATGG--AGTTTTTGCACTAATGGATAACTTTTGCTTCACG-TTCCCTTAGGCAGACA
65 GACTATAAATGGACATTTTTTGC-C-AATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTC-GAGGTAGACA
* * * * * *
6959 TTCGATTAGAGCCT-TTGTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACT-TTGAGAC
127 TTCAATTATAGTCTGTT-TTAA-TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGAT
* * *
7022 TATAAAACCATTTAAAG-AGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTACAAATGGATTTT
189 TATAAAACCATTTAAAGCA--GTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTT
*
7085 TCTTGCCAATG
251 T-ATGCCAATG
7096 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2074, Mismatches: 497, Indels: 186
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 22 0.01
342 589 0.28
343 913 0.44
344 525 0.25
345 25 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACATTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATGCCAATG
GATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAAGGTGACATTCAATTATGGCCTTTTTAAACTAAAAATGT
AAAAAAAATTCAACT
Found at i:5940 original size:515 final size:514
Alignment explanation
Indices: 4229--6016 Score: 1238
Period size: 515 Copynumber: 3.5 Consensus size: 514
4219 TTATAATCTA
* * * * * * * *
4229 TTTTAACCAAA-AATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAACCAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAA
1 TTTTAACCAAATAATCTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAACTATGAAACTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
4293 AGTGAGTAATAAAAGCTTTTAAAGGAATGAGTGC-CTATAAATGGAGTTTTC-ACGCTAATGGAT
65 AGAGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAG-ACACTATAAATAGACTTTTCTTCTC-AATGAAT
* * * * * * * *
4356 AG-CTTTTGCTTCAT--GTTCCCCAAGGTCGACATTCTATTAGAG-C-CTTTTATAGCTAAAAAT
127 -GCCTTTT--TCCATACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ATC-AAAAAT
* * * * *
4416 TTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTT-TGAG-TCTATGAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
187 GTAAACAAATTCAACATAAAATCAA-TTATGAGAT-TAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * * * * **
4479 CTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTTATGT
249 ATTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGAACTTTTTC-TGCCAATGAATACCTTTCTATTCACAT
* ** * * * * * * *
4543 TTTTTGAGGTAGAC-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAA-AATTCAACTTAA
313 TTCTCAAGGTAGACGA-TCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAGAAATAAACTAAA
* ** ** * * * ** ** *
4606 AATCAATTACT-AGTTTATGAAACCATTTAAAGCATGTAA-A-AAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTG
377 AATCAATT-TTGAAATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAGAA--ATTTTGAAGGAATGAGTG
* * * * * * * * * *
4668 GCTATAAATGGAACTTTTGTGC-CAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTCCCCAAAGCTGACATT
439 ACTATAAATGG-ACTTTTCTACAAAATGAAT-GCTTTTGTCTTCACATTCCTCAAGGCAGACAGT
***
4731 CAATTATTTCCTT-
502 CAATTA-GAACTTG
* * * * * * * *
4744 TTTAAACCAAA-AATGTAAAAAAAATTCAA-TTGAAAACCAATTACGAGATTATAAAACCTTTTA
1 TTTTAACCAAATAATCT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAACTATGAAACTATAAAACCATTTA
* * * * *
4807 AAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTAGAAATAGACATTTT-TTCCCAATGAATG
64 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATAGAC-TTTTCTTCTCAATGAATG
* * * * * * * * *
4871 GCTTTTTCTACATGTTACCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTCTAATGAAAAATGTAAAG
128 CCTTTTTCCATACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAA-
* * * * *
4936 C-AATTCAACCTAAAATTAATTATGACATTATAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAA
192 CAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAA
* * * * **
5000 AGAATGTGTGACTGTAAATGGACTTTTTCTGTCAATGAATACCTTTTTATTCACATTTCTTGAGG
257 AGAATGTGTGACTATAAATGAACTTTTTCTGCCAATGAATACCTTTCTATTCACATTTCTCAAGG
* * *
5065 TAGACGATCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAAATCAACTAAAAATCAATTTT
322 TAGACGATCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAGAAATAAACTAAAAATCAATTTT
* * * *
5130 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAGGAATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
387 GAAATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAGAAATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * *
5195 TTTTCTTGAAAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
452 TTTTCTACAAAATGAATGCTTTTGTCTTCACATTCCTCAAGGCAGACAGTCAATTAGAACTTG
* * * * * * ** *
5258 TTTTAACCAAATAATGTAAAGAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACGTTTTGAA
1 TTTTAACCAAATAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAACTATAAAACCATTTAAA
* * * *
5323 GTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAATGGCT
66 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCT
** *
5388 TTTTCCATACGTTTCTGGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATGTATAA-A
131 TTTTCCATACGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AACA
*
5451 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTTTCGAA
194 AATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTT-GAA
*** * **
5515 AGAATGTGTGACTATAAATGAACTTTCTT-TGCCAATGAATGTGTTTCTCTTCATGTTTCTCAAG
257 AGAATGTGTGACTATAAATGAACTTT-TTCTGCCAATGAATACCTTTCTATTCACATTTCTCAAG
** ** *
5579 GTAGAC-ATTCAATTATAA-TCTGTTTTAATTAAAAACGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAAT
321 GTAGACGA-TCAATTA-AAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAGAAATAAACTAAAAATCAAT
5642 TTTGAAATTACAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATA-AAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
384 TTTGAAATTACAAAACCATTTAAAGT-AAGTAATAGAAA--TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
* * * * *
5705 ATGGAGTTTTC-ACACCAATGGATGGCTTTTGGT-TT-ATATTCC-CTAAGGCAGACAGTCGATT
446 ATGGACTTTTCTACA-AAATGAAT-GCTTTT-GTCTTCACATTCCTC-AAGGCAGACAGTCAATT
*
5766 AGAGCCTT-
507 AGA-ACTTG
* * * *
5774 TTTTAACTAAA-AATCTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAACTTTGAAACTATAAGACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAATAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAACTATAAAACCATTTAAA
* ** *****************
5838 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCT
66 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCT
**
5903 TTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAACAAA
131 TTTTCCATACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAACAAA
* * * *
5968 TTCAACATAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAA
196 TTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAA
6017 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 199, Indels: 88
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
512 2 0.00
513 141 0.14
514 383 0.37
515 405 0.39
516 88 0.09
517 10 0.01
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (514 bp):
TTTTAACCAAATAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAAACTATAAAACCATTTAAA
GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCT
TTTTCCATACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAACAAA
TTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAA
TGTGTGACTATAAATGAACTTTTTCTGCCAATGAATACCTTTCTATTCACATTTCTCAAGGTAGA
CGATCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAGAAATAAACTAAAAATCAATTTTGAAA
TTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAGAAATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTACAAAATGAATGCTTTTGTCTTCACATTCCTCAAGGCAGACAGTCAATTAGAACTTG
Found at i:6885 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6851--6892 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
6841 TTTTGAAATT
6851 ATAAAACCATTTAAAGTGAATA
1 ATAAAACCATTTAAAG-GAATA
* *
6873 ATAAAAGCTTTTAAAGGAAT
1 ATAAAACCATTTAAAGGAAT
6893 GGGTGACTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.22
22 14 0.78
ACGTcount: A:0.52, C:0.07, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAACCATTTAAAGGAATA
Found at i:8357 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7928--14524 Score: 5145
Period size: 171 Copynumber: 38.5 Consensus size: 169
7918 NNNNNNNNNN
** * * * * * * *
7928 AATGAATGTATTTTTATTTACGTTTCTCGAGGTGGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * *
7993 ATGTAAAAAAAGTTAAACTGAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAA
65 ATATGAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AA
* * *
8058 AGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGA-GTTT-TTGCACC
127 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG--CC
* * * ** * * * * *
8101 AATTG-ATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAGGTGGACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACTAAA
1 AA-TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * *
8165 A-ATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAA-CTTTTGAAAGAGAGTAATA
65 ATATG-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATA
* * * *
8228 AGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTACAAATGAATTTTTCTTGCC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
8272 AATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACCAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTC-ACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAA
* * * * ** **
8336 AATATGAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATTAGTTTATGAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAG
64 AATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** ** ** * *
8401 GCCTTCCAAGGTTTCAGTGCCTATAAATGGACTTTTCGTGCC
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
8443 AATGGATGGCTTTTGCTTCAC-TTTCTTTGAGGCAGACATTCAATTATAG-CTTTTTTAAACAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAA
* * * ** *
8506 AAT-TGTAAAAAAGATTCAATTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAAC
64 AATATG--AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
8570 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACATTTCTTCCC
125 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * **
8615 AATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGCCTATTTTAATGAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * *
8679 A-ATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAACATTT-AAGACGAGTAATA
65 ATATG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATA
* * * *
8742 AGGCTTTTGAAGAAATCGGTGACTGTAAATGAACTTTT-TCTGCC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* ** * * * *
8786 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAATAAAGTCTGTTTTAATTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * *
8851 ATATAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-G
65 ATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
*
8915 CATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCC
129 C-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * * * *
8957 AAAGAATGCC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACTTTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* ** * * **
9021 ATAT-AAAAACATTCAATTTAAAATCAAGCATGAGATTATAAAACCTTTTGAACCGAGTAATAAG
65 ATATGAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * ** *
9085 GCTTTTGAAGAAATGAGACACTATAAATAGACTTTTCTT-CTC
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-C
* * * * * ** *
9127 AATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGTA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTCGATAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * *
9191 CATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 -ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * *
9256 GCTTTCGAATGAATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACC
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
9298 AATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAG-CTGTTTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAAC-AAA
* * *
9362 AATGTAAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGCA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
64 AATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTTG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-
* * * *
9426 AAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCATACC
125 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *** * ** * * *
9471 AATGGATG-ATTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGGAGACATTTGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTT-CTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAA
* * * * *
9535 AATCTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAG
64 AATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
9600 GCTTTTGAAGGAATGGATCACTACAAATGGATTTTTCTTGCC
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
9642 AATGGATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * * * * * * **
9707 ATGTGAAAACATTTAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * ** ** * * **
9772 CCTTTCAAGGCTTCAGTGGCTATAAATGGACTTTTCGTATC
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * ** * *
9813 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTTAATTATAGCCT-TTTTAAACCAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AA-CAA
* * * * * * * * *
9876 AAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAACCAATTATGGGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAA
63 AAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
9941 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA-TATTTCTTCCC
127 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCC
* * ** * * *
9984 AATGAATAG-CTTTTTCTACATGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AGAA
1 AATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA-AA
* * * * **
10047 AA-ATGTAAAATAATTCAACCTAAAATTAGTTATGAGAGTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATA
64 AATATG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
10111 ACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTGCC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * ** * * *
10155 AATGAATAACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAACAGTCAATTAAAGTCTGTTTTAATAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
** * *
10220 A-ATGTACAAAGAATTTGACTTAAAATCAATTTTGAGATTAGAACAA-CATTTAAATTGAGTAAT
65 ATATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAA-AACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
10283 AA-GCATTTTGAAGGAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
125 AAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
10328 AATGAATGTCTTTTTCTTCACATTT-TTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAA
* * ** *
10392 AATATAAAAAAAATTC-ATTTAAATATCAAGCGTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATA
64 AATAT-GAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
**
10456 AGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGACTTTTCTT-CTC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-C
* * * * * * ** **
10500 AATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCCATTTTGATGAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAA
* ** * * *
10565 CTGAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AT-ATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * *
10629 GCTTTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
10671 AATGATTGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * *
10736 -ATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAGATCAATTTTGAAATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 TATG-AAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-A
* * * * *
10800 AAGCTTTTGAA-AAATAGGTAACTATAAATGGA-GTTT-TTGCATC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC--C
* * * * *** * * * ** * *
10843 AATGGATGGCTTTTGCTTTACG-TTCCCCAGGACAGACATTCGATTAGAACCAT-TTTTAACTAC
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACAAA
* * * ** *
10906 AA-ATGTACAAAAATACAACTTCAAATCAACTTTGAGACTATAAAATTATTTAAAGAGAGTAATA
64 AATATG-A-AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*
10970 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * *
11014 AATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAA
* * * * * * * * ** *
11078 AATGTGAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACTATTTAAGGCAAGTAACAAG
64 AATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * ** ** * * *
11143 GCCTTTCAAGGTTTCAGTGGCTATAAATTGACTTTTCATGCC
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * *
11185 AAT-AGATGGATTTTGCTTCACG-TTCTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCT-TTTAAAACCA
1 AATGA-ATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAA-CA
* * * * * * * *
11247 AAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATCAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACA
62 AAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * *
11312 AAGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAGTGGACATTTCTTCCC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
11356 AATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * *
11420 A-ATGTAAAACACTTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 ATATG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
11484 GGCTTTTGAAGGAATGGGT-ATCTGTAAATGGACTTTTCTTGCT
127 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
11527 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAAAGTATGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
*
11592 -ATGTACAAACAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 TATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
11656 -GCATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCC
127 GGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
11699 AATGAATGCCTTTTTCTTCCCGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * * * *
11764 ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCGGGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
**
11829 CTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGACTTTTCTT-CTC
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-C
* * * * ** * **
11870 AATGAATG-GTTTTTCTACACGTTTCCCT-AGGCAGGTATTCAATTATAGTCTGTTTTGA-TGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-CTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* ** *
11932 ACATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGTGAATAATAA
65 ATATG-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
11997 GGCTTTCT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTACC
127 GGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
12039 AATGAATGCATTTTT-TTTATGTTTCTCGAAGT-GAACATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * ** *
12101 A-ATGCAAAAAGAATTAAAGTTAAGCTCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
65 ATATG--AAAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-
* * * * * **
12165 AAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAATGTAGTTTTCACGCC
125 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * ** * * * * *
12210 AATGGATAG-CTTTTGCTTCACATTTC-CCAGGGCAGACATT-TATTAGAGCCTTTTTTAACTAA
1 AATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AA
* * * * * *
12272 AAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATCTTTGAGACTATAAAACTATTTGAAGAGAGTAATA
63 AAATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
12337 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGA-TTTTTTCTGTC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* * * *
12381 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAGTTTGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
12446 -ATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 TATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
*
12510 -GCATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCC
127 GGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * ** * ** ** *
12553 AATAAATGGCTTTTTCTAGATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAC
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAA
* * * * *
12618 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * *
12683 CTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * *
12724 AATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAA
* * * * *
12789 ATATAAAAAAAGTTAAACTTAAGATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAA
65 ATATGAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AA
* ** * * * *
12854 AGCTTTTGAAGGAATAAGTGATTATAAATGGAGTTTTCATGCT
127 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *** * ** * *
12897 AATGGATAG-ATTTTGCTTTACG-TTCCCCAGGGCAGACATTTGATTAGAGCCT-TTCTTAACTA
1 AATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAAC-A
* * * * * **
12959 AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTAAGACTATAAAACCATTTGAAGAAAGTAAT
62 AAAATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
13024 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
125 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
13069 AATGAATGCCATTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * * ** *
13134 -ATGTAATAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
66 TATG-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** ** ** * * * * ***
13198 GCTCTCCAAGGCTTCAGTGGCTATATATGAAATTTTCACCCC
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * *
13240 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCTCTAG-GGCAAACATTCAATTATAGCCT-TCTTAAACTAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT-TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT-TTTAAC-AA
* * * * * * *
13303 AAATATAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTACGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATA
63 AAATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
13368 ATGCTTTTGAAGGAATGGGAGACAACAAATGGACATTTCTT-CC
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * *
13411 AAATGAATG-GTTTTT-TTACACGTTT-TTCAAGGTA-AGTATTCAATTATAGTCTATTTTAATG
1 -AATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTT-GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--
* **
13472 C-AAAATAT-AAAACAATTCAACCTAAAAT-AAGTTATGAGA-T-TAAAACCATTTAAAGCAAGT
60 CAAAAATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* *
13532 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTC-TGCC
122 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
13579 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTGTCTTAAAGTAGACGTTCAATTAAAATATGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* *
13644 AATGTATAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 TATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
13709 -GCATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
127 GGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
13752 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * * * * * *
13817 ATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGGGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* ***
13882 CTTTTGAAGGACTGGAACACTATAAATGGACTTTTCTT-CC
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * **
13922 TAATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTATATTCTGTTTTGATGA
1 -AATGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACA
** * * ** *
13985 AAAATAT-AAAAAATTTTTACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAATCATTTAAAGCAAATAAT
62 AAAATATGAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
14049 AAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTTTTGCC
125 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
14094 AATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * *
14159 ATAT-AAAAAGAGTTAAACTTAAGATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 ATATGAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-A
* * * * *
14223 AAGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAGTTTTCGTGCT
126 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * ** * ** * ** *
14267 AATGGAT-CACTTTTGCTTCATGTTCCTCAAGGCAGACATTTGATTAGAACCTTTTTTAACTAAA
1 AATGAATGC-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAA
* * * * *
14331 AATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAACTATTT-AAGAAGAGTAATAA
64 AATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAA
* * * ******
14395 GGCTTTTGACGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTNNNNNN
127 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
**** * *
14438 NNNNAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCTCAT-A-GTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT--TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AA
*
14501 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAA
63 AAATATGAAAAAATTCAACTTAAA
14525 GTCANNNNNN
Statistics
Matches: 5130, Mismatches: 1066, Indels: 458
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 15 0.00
168 103 0.02
169 133 0.03
170 438 0.09
171 2444 0.48
172 1360 0.27
173 601 0.12
174 35 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
TATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
Found at i:8619 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 7928--27653 Score: 6725
Period size: 343 Copynumber: 57.3 Consensus size: 338
7918 NNNNNNNNNN
** * * * * * * *
7928 AATGAATGTATTTTTATTTACGTTTCTCGAGGTGGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * * *
7993 ATGTAAAAAAAGTTAAACTGAAAATCAATT-TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 ATATGAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A
* * * *
8057 AAGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGAGTTTT-TGCACCAATTGATGGCTTTTGCTTCA
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTG--CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * *
8121 CGTTCCTCAAGGTGGACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTTA
190 CTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
8186 AAATCAACTT-TGAGACTATAAAA-CTTTTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTG
253 AAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCTTTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
8249 ACTACAAATGAATTTTTCTTGCC
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
8272 AATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACCAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTC-ACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAA
* * * ** *
8336 AATATGAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATTAGTTTATGAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAG
64 AATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** ** ** *
8401 GCCTTCCAAGGTTTCAGTGCCTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTT
* * * *
8466 TCTTTGAGGCAGACATTCAATTATAG-CTTTTTTAAACAAAAATTGTAAAAAAGATTCAATTTAA
193 TC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTT-AACAAAAA-TGTAAAAAA-ATTCAACTTAA
* * * *
8530 AACCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *
8595 ATAAATGGACATTTCTTCCC
319 ATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * **
8615 AATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGCCTATTTTAATGAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * *
8679 A-ATGTAAAATAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAACATTT-AAGACGAGTAATA
65 ATATG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATA
* * * * * * *
8742 AGGCTTTTGAAGAAATCGGTGACTGTAAATGAACTTTTTCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * *
8806 TGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAATAAAGTCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAGAATTCAACTT
191 T-TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTT
* *
8871 AAAATCAATT-TAAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGGT
252 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGT
*
8933 GACTATAAATGGATTTTTCTTGCC
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * * * *
8957 AAAGAATGCC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACTTTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* ** * * * *
9021 ATAT-AAAAACATTCAATTTAAAATCAAGCATGAGATTATAAAACCTTTTGAACCGAGTAATAAG
65 ATATGAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** * * * * * *
9085 GCTTTTGAAGAAATGAGACACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTACACGT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-T
* * ** *
9150 TTCCTAAGGTA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTTCGATAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
192 TTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
** * * * *
9214 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGAATAGGTGGCTA
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* *
9279 TAAATAGACTTTTCTTACC
320 TAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
9298 AATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAG-CTGTTTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAAC-AAA
* * * *
9362 AATGTAAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATT-TT-GCAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
64 AATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAG--ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * **
9425 AAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCATACCAATGGATGATTTTTGCTTC
126 -AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * ** * * * *
9490 A-TGTTCCCCAAGGGAGACATTTGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATCTTAAAAAATTCAACT
189 ACT-TT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * *
9554 TAAAATCAACTT-TGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAT
251 TAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
9618 CACTACAAATGGATTTTTCTTGCC
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
9642 AATGGATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * * * * * *
9707 ATGTGAAAACATTTAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * ** ** * **
9772 CCTTTCAAGGCTTCAGTGGCTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--T
* * * * *
9837 TTCC-AAGGTAGACATTTAATTATAGCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAA
192 TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
9901 CCAATTATGGGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* *
9966 AAATAGA-TATTTCTTCCC
321 AAATGGACT-TTTCTTGCC
* * ** * * *
9984 AATGAATAG-CTTTTTCTACATGTTTCCCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AGAA
1 AATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA-AA
* * * * * ** *
10047 AA-ATGTAAAATAATTCAACCTAAAATTAGTTATGAGAGTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATA
64 AATATG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** *
10111 ACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCAC
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * **
10176 ATTT-CTCAAGGTAGAACAGTCAATTAAAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTACAAAGAATTTGACT
191 -TTTCCT-AAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTA-AAAAAATTCAACT
* * * ** *
10240 TAAAATCAATTTTGAGATTAGAACAA-CATTTAAATTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGC
251 TAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGG
*
10303 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
314 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
10328 AATGAATGTCTTTTTCTTCACATTT-TTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAA
* * *** * * *
10392 AATATAAAAAAAATTC-ATTTAAATATCAAGCGTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATA
64 AATAT-GAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * *
10456 AGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACAT
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCA-
* * * * ** * *
10521 GTTTCCTAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCCATTTTGATGAAAACTGAAAAAAAAATT-AACTTA
190 CTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTTTTTTAACAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTA
* * *
10585 AAATTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGA
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
*
10649 CTATAAATGGACTTTTCTTGCT
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
10671 AATGATTGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * * *
10736 -ATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAGATCAATT-TTGAAATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
66 TATG-AAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
* * * * * *
10799 AAAGCTTTTGAA-AAATAGGTAACTATAAATGGAGTTTT-TGCATCAATGGATGGCTTTTGCTTT
126 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC--CAATGGATGGCTTTTGCTTC
* ** * * * ** * * * *
10862 ACGTTCCCCAGGACAGACATTCGATTAGAACCATTTTTAACTACAAATGTACAAAAATACAACTT
189 ACTTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
10927 CAAATCAACTT-TGAGACTATAAAA-TTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
252 AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
*
10990 CACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * *
11014 AATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAA
* * * * * * * * *
11078 AATGTGAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACTATTTAAGGCAAGTAACAAG
64 AATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** ** * * * * *
11143 GCCTTTCAAGGTTTCAGTGGCTATAAATTGACTTTTCATGCCAATAGATGGATTTTGCTTCACGT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTT
* ** *
11208 TCTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTAAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAA
193 TC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * *
11273 CCAATTATCAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTAT
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * *
11338 AAGTGGACATTTCTTCCC
321 AAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
11356 AATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCCTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * * *
11420 A-ATGTAAAACACTTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 ATATG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
11484 GGCTTTTGAAGGAATGGGT-ATCTGTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-
* * * * * * * *
11548 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAAAGTATGTTTTAACAAAAAATGTACAAACAATTCAAATTA
190 CTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* * * *
11613 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGAGTGA
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGA
*
11677 CTATAAATGGACTTTTCTTCCC
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
11699 AATGAATGCCTTTTTCTTCCCGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * * * *
11764 ATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCGGGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * *
11829 CTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGG-TTTTTCTACACGTT
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-TT
* ** * ** * *
11893 TCCCT-AGGCAGGTATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAACATGTAAAAAATTTCAACTTAAAA
193 T-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * *
11957 TCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCT-AAGGAATGGGTGACTA
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACTA
* *
12021 TAAATGAACTTTT-TTACC
320 TAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
12039 AATGAATGCATTTTT-TTTATGTTTCTCGAAGT-GAACATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * ** * *
12101 A-ATGCAAAAAGAATTAAAGTTAAGCTCAATT-TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
65 ATATG--AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
12164 AAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGATTATAAATGTAGTTTTCACGCCAATGGATAGCTTTTGCTTC
126 -AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * *
12229 ACATTTCCCAGGGCAGACATT-TATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACT
189 AC-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
* * * *
12293 TAAAATC-ATCTTTGAGACTATAAAA-CTATTTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
251 TAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * *
12356 TGACTGTAAATGGA-TTTTTTCTGTC
314 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* * * *
12381 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAGTTTGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
*
12446 -ATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
66 TATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * **
12509 A-GCATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTAGA
127 AGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * ** *
12573 -TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAACATGTAAAAAAATTCAACTT
190 CT-TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
12637 AAAATCATTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
252 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* *
12702 CTATAAATGAACTTTTCTTGTC
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * *
12724 AATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAA
* * * * **
12789 ATATAAAAAAAGTTAAACTTAAGATCAATT-TTGAAATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAA
65 ATATGAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A
* ** * * * * * *
12853 AAGCTTTTGAAGGAATAAGTGATTATAAATGGAGTTTTCATGCTAATGGATAGATTTTGCTTTAC
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * ** * * *
12918 GTTCCCCAGGGCAGACATTTGATTAGAGCCTTTCTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
191 -TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * ** *
12983 AAATCAACTT-TAAGACTATAAAACCATTTGAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA
253 AAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
*
13047 CTATAAATGGACTTTTCTTGCT
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
13069 AATGAATGCCATTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * * *
13134 -ATGTAATAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
66 TATG-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** ** ** * * * * **
13198 GCTCTCCAAGGCTTCAGTGGCTATATATGAAATTTTCACCCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TG
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT-
* * * * * * * *
13262 TTCTCTAGGGCAAACATTCAATTATAGCCTTCTTAAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAATTTAA
192 TTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
13327 AACCAATTACGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGAGACA
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *
13392 ACAAATGGACATTTCTT-CC
319 ATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * *
13411 AAATGAATG-GTTTTT-TTACACGTTT-TTCAAGGTA-AGTATTCAATTATAGTCTATTTTAATG
1 -AATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTT-GAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--
* * *
13472 C-AAAATAT-AAAACAATTCAACCTAAAAT-AAGTTATGAGA-T-TAAAACCATTTAAAGCAAGT
60 CAAAAATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA-TTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
13532 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
123 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * * * *
13597 CA-TGTGTCTTAAAGTAGACGTTCAATTAAAATATGTTTTAACAAAAAAATGTATAAAGAATTCA
188 CACT-T-TCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC--AAAAATGTA-AAAAAATTCA
* * * *
13661 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATG
248 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATG
* *
13725 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
312 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* *
13752 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * * * * * *
13817 ATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGGGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* *** * * *
13882 CTTTTGAAGGACTGGAACACTATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGT
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCC-AATGGATGGCTTTTGCT-TCAC-T
* * * ** * * **
13946 TTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTATATTCTGTTTTGATGAAAAATATAAAAAATTTTTACTTAAA
192 TTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
14010 ATCAATTATGTGATTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTA
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * *
14075 TAAATAGAGTTTTTTTGCC
320 TAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
14094 AATGAATGCATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * * *
14159 ATAT-AAAAAGAGTTAAACTTAAGATCAATT-TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
65 ATATGAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
* * * * **
14222 AAAGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAGTTTTCGTGCTAATGGATCACTTTTGCTTCA
126 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* ** * ** * *
14287 -TGTTCCTCAAGGCAGACATTTGATTAGAACCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTT
190 CT-TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
14351 AAAATCAACTT-TGAGACTATAAAA-CTATTT-AAGAAGAGTAATAAGGCTTTTGACGAAATGGG
252 AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* ******
14413 TGACTATAAATAGACTTTTNNNNNN
314 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
**** * *
14438 NNNNAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCTCAT-A-GTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT--TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AA
* * ********** * *
14501 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCANNNNNNNNNNTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
63 AAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* ** ** ** * * * * * * *
14566 GGCTATCCAAGGCTTTAGTGGCCATAAATGGAATTTTTGTGCCAAAGGATGGCTTTTACTTCACG
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT
* * * * ************
14631 TTCTCTATGGCAGACAATCAATTATA-TCCTTTTTAAACTAAAAATGT-AAAANNNNNNNNNNNN
192 TTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
*****************************************************************
14694 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
********************
14759 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
319 ATAAATGGACTTTTCTTGCC
*****************************************************************
14779 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
**** ** * * * * * * ** * * * * *
14844 NNNNAAAACCTT----TT-AAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTAAAGGAATGAGAGACTA-TAA-AT
66 TATGAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATTA-GATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAA
* ***** * * * * * * ***
14901 GGATATTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTTCAAT--ACGTTTCT--CAA-GG-TAGGCATTCAATT
128 GGCT-TTT-GAAGGAATGGGTGAC--TATAAATGGACTTTTCTGCCAATGGAT-GGCTTTTGCTT
* * * * * * * **** *** ** *
14960 ATAGTCTGTT-TTAATG-A-AAATT-AA--AAAATGTAAAATAA-TTCAACCT-AAAAT------
188 -CA--CT-TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
15011 --------CAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAG
249 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * *
15068 TAACTGTCAGTGAACTTTT-TCTGTC
314 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* * * * * * *
15093 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAAACACTCAATTAAAGTCTATTTTAA-ATAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA-AAA
* * * *
15157 A-ATGTACAAAGAATTCAACTTCAAATCAATT-TTGAGAGTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
65 ATATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ********** * * ** *
15220 AA-GCATTTTGAAGGAATAGNNNNNNNNNNATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTG
126 AAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * ********** * *
15284 ACGTGT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATNNNNNNNNNNAATGTAAAAAAATTTAATT
189 AC-TTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * ** * * * **
15348 TAAAATCAAGTATGAAATTATAAAATGTTTTGAAGC-AGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATTGAA
251 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** *
15412 CACTATAAATCAACTTTTCTTCCC
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * **
15436 AATGAATG-ATTTTTCTACATGTTTATCGAGG-AAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
***************************************
15499 A-ATGTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 ATATG-AAA-----------------AAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCAT
*****************************************************************
15563 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
112 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCCAATGGAT
************** * * * *
15628 NNNNNNNNNNNNNNTTTCTTAAGGTGGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA-AAAAAAGTAA
177 GGCTTTTGCTTCACTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTT--TAACAAAAATGTAA
* * * * * * * * * *
15692 AAAGAGTTAAACTTAAGATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGTTTT
239 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTT
* *
15757 TGAATGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCC
302 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *** * * * * * *
15794 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAAGCAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * ** *
15859 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGACTATAAAATCATTTAGGGAGAGTAATAAG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * ** ** *
15923 ACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTTTTTACGT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-T
* * * *
15988 TT-CTGGAGGTAGACATTGATTTATAGT-TTGTTTTAATTAAAAA--TACAAAAAATTCAACTTA
192 TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAA-CAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* * * * * * ** ** *
16049 AAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTTAGTGG
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGGTGA
* * *
16113 CTATAAATGAAATTTT-TGTACC
317 CTATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* * * * * *** * * **
16135 AATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTCCCCAAGGCATACATTCAATTATAACCT-TTTTAAACCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AA-CAAA
* * ** * * * * * *
16199 AATGTAAAAAAAAAACAATTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAG-GTGGTAACA
64 AATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATA
*** ** * * * *
16263 AGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGAGATTTCTTCCTAATGAATGTCTTTTTCTAT-A
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCC-AATGGATGGCTTTTGCT-TCA
* * * * * * * * * *
16327 TGTTTCTTGAGGTAGGCATTTAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTA
190 -CTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
16392 AAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
** * *
16457 CGTAAATGGACTTTTCCTACC
318 TATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * *
16478 AATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTGGACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
*
16543 -ATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
66 TATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
* * * * * * *
16606 AAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGGTTGCCTTTTTCTTTA
126 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
16671 -TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTCAACTT
190 CT-TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * ** ** *
16735 AAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAGTGG
252 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * *
16800 CTATAAATAGACTTTTCCTACC
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * * *
16822 TATGGATGTCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGTCT-TTTTAAACCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AA-CAAA
* * * * * * * *
16886 AATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAGCC-TTCTAAAGCAAGTAACA
64 AATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
16950 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTACTC
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCT--TC
* * * * * * * *
17015 A-TTTCCCAAGGCA-AGCATTGAATTATAGT-TTGTTTTAATGAAAAATGTAAGACAATCCAACC
189 ACTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTT-TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *** * * **
17077 TAAAATCAGTTATAAGATTATAAAATAATTGAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGT-
251 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
17141 AGCTGTAAATGGACTTTTCTTACG
316 A-CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * ** *
17165 AAAGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA-ACATGTTTTAACCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAA-CAAA
* * * * * * * * * *
17229 AATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAAGTATGAGATCATAAAACCTTTTGAAGCGGGTAATAAG
64 AATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * ** * * * * * *
17294 GATTTTTGAAAGAAT-GGACACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAACGAATGGCTTTTTCTACACG
129 G-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-
* * * * *
17358 TTTCCTGAGGTA-AGCATTCAATTATGGT-TTGTTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
191 TTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTT-TTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
** * *
17421 AAATTTATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
*
17485 CTAAAAATGGACTTTTCTTGCC
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * ** * * *
17507 AATGAATGCATTTTTTTTCACATTTCCTGAGGTACACGTTTGATTATAATCTATTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * *
17572 -ATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATT-TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
66 TATG-AAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
* * * * *
17635 AAAGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATAGAGTTTT-TGCACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
126 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTG--CCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * * *
17699 A-TGCTCCCCAAGGCAAACATTCGATTAAAG-CCTTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACT
189 ACT--TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
** * * **
17762 TAAAATCAACTT-TGAGGCTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
251 TAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
17826 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * ** *
17850 AATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGT-GAACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAA
* * * * *
17914 AA-A-GAGAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAA
64 AATATGA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** ** ** * * *
17977 GGCTTTCCAAGGTTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTTTGTGCCAATGCATGGCTTTTGCTTCACG
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-
* *
18042 TTTCTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTT
191 -TT-T-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
18107 AAGA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCTGAAAG-ATAGGGA
252 AAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGT
*
18170 GACTATAAATGGACATATT-TT-CC
315 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCC
* * * **
18193 AATGAATGGCTTTTT-TTACACTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * * ********** *
18257 A-ATGTAAGACAA-TCTAACCTAAAATCAGTTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATA
65 ATATG-AA-AAAATTC-AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
18320 AGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTGTAAATAGACTTTTTCTACCAATGAAT-ACTTTTTGCTTCA
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTGCCAATGGATGGC-TTTTGCTTCA
* * * * * * * *
18384 CATTCTTCAAGATAAACATTCAATTAAAGT-TTGTTCTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAACT
190 CTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACT
* * * * *************************
18448 TAAAATCAATTTTGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
251 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGA--GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
*************************
18513 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
314 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
*****************************************************************
18538 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
*********************************************** * *
18603 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGA-C-ATTCAATTATA
66 TATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AA-TA-A
** * ** *** ** * ** * ** * **
18666 ATCTGTTTTAACCAA-AAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAAT-CAAGTATGAGATTATAAAACCT
128 GGCT-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT--TCTGCCA--ATG-G---AT---GGCT
* * *
18729 TTTAAAG-TGGGTAACAAGGATTT--TGAAGGAATAGGACACTAT-AA--ATAGACTTTTCTT-C
181 TTT---GCT---T--C-A--CTTTCCT-AAGG--TA-GACA-T-TCAATTATAGTCTTTT-TTAA
*** * * * *
18787 CTAATAAATG---AACTTTTCTACATGTTTTTTGGAGCAGGTATTCAATTATAGCCTGTTTTGAT
228 C-AA-AAATGTAAAAAAATTC-A-A-----CTT--A--A---AATCAATTAT-G--AG-ATT-AT
* *** *** * ** * * * *
18849 GAAAA-ATACAAAAAAAATTAAACTTCAAATCAATTATG-A-G-AT-GATAAAACCATTTAAA-G
272 -AAAACCTTTTAAAGCGAGT-AA--T-AAGGC--TTTTGAAGGAATGGGT--GA-C-TATAAATG
* ** * *
18908 CGAGTGATAAGGCTTTCG
326 -GACT--T--TTCTTGCC
* ** ** * ***** * * * * ** *
18926 AAAGAATG--GGTGACTATAANNNNNNNNNNCTT--GCTAATGA-ATGCATTTTTCTTCACG-TT
1 AATGAATGCCTTTTTCT-TCA-----CGTTTCTTGAGGT-A-GACATTCAATTATAGTC-TGTTT
** * * * * ** * *
18985 T--C--CCATGGTG--GATATTCAA-TTATAATCTGTT-TTAGCTAAAAGTTTTAAAAAAATCAA
57 TAACAAAAAT-ATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG-----A---TT-ATAAAA-CCA
* * ** * *
19042 TTTAAAATCAAGTATGAGATTATAATACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCTNNNNNNNNNNTGAG
111 TTT---A--AAG--CGAG-TAATAA-GGCTTTTGAAG---G--A-ATGG-------------GTG
* * * * * ** * * * *
19107 ACACAATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTTTCTAAATGTTTTC-AGATGCA-ACCA
148 --ACTATAAATGGACTTTTCTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CTTTCCTA-AGGTAGA-CA
* * ** * * * *
19170 TTCAATTATAGTATGTTTTGATTAAAAATGTAAGACAA-TCTAACCTAAATTCAATTATGAGATT
207 TTCAATTATAGTCT-TTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * *
19234 ACAAAACCATTTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATTGGTGACTGTAAATAGACTTTT-
270 ATAAAACC-TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
19297 TCTGTC
334 T-TGCC
* ** * * * * *
19303 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCGACATTCAATTAAAGTCT-ATTTAACTAGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * **
19367 -ATGTACAAAGAATTCAACTTAAGATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTANNN
66 TATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-AT
******* * * *
19430 NNNNNNNTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTT-TGCACCATTGGATGGCCTTTGCTTC
126 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTG--CCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * **********************
19494 ACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
189 AC-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC--AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
*****************************************************************
19559 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
251 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
***********************
19624 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
*****************************************************************
19647 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
**************** * * * * **
19712 NNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGC
66 TATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** ** *
19777 TTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTC
131 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-TT-
* * * * * * * *
19842 CTCCACAAGGCAAACAATCAATTATAGCCTTTTTAAATCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAATTTA
193 -TCC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
19907 AAACCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGAGAGTAACAAGGTTTTTGAAAGAATGGGAGAC
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * **
19972 TATAAAAGGACATTTCTACCC
318 TATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * **
19993 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGGCA-CCTAATTGTAGTCTATTTTAATGAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC-AATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * ** * *
20057 A-ATGTAAGACAATCCAACCAAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
65 ATATG-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * *
20121 GGCTTTTGGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
128 GGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
** * * * * *
20185 ATTTATTAAGGTAGAAATTTAATTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
191 -TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* * *
20250 AAATCACATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCGTTTTGAACGAATGGGTG
253 AAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTG
**
20313 ACTATAAATGGACTTTTCTTGAT
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
20336 AATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTCTT-ATGGTAGAGATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAA
* * * * * * * * * *
20400 AATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAAGTATGAGATTACAAAACCTTTTGAAGTGGGTAACAA
64 AATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** * * * * *
20464 GGCTTTTGAAAGAATGAGACACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAAC-TTT-CTACAA
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATG-GCTTTTGCTTC-A
* ** * * ** * *
20527 GTTTTTTAAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAATGTAAAACAATTAAACTTA
190 CTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
20591 AAATCAATTATGAGATGATAAAA-CTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * **
20655 CTGTAAATGGACTTTTTTTTTTC
317 CTATAAATGGAC-TTTTCTTGCC
* * * * *
20678 AATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTC-TGAAGGTGGATATTCAATTATAATCTG-TTTAAGCCAG
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTG-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--CAA
* * * * * * * * ** * *
20741 AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATCATAAAACCTTTTGAAGAAAGCAACAA
63 AAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
20806 GGCTTTTGAAGGAAT-AG-GACATAATAAATGGACTTTTCCT-CTCAATGAATGGCTTTTTG-TG
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-T-ATAAATGGACTTTT-CTGC-CAATGGATGGC-TTTTGCTT
* * ** * * * * *
20867 CACGTTTCTCGATGCAAG-CATTCAATTATA-TATGTTTTAATGAAAAATGTAAGACAA-TCTAA
188 CAC-TTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC-AA
* * * * * * * *
20929 CCTAAATTCAGTTATGAGATTGTAAAACCATTTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATTG
249 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* *
20993 GTGACTGTAAATAGACTTTTTCTAT--C
313 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCC
* * * * *
21019 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * *
21084 ATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 ATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A
* * * * *
21148 AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAGTTTT-TGCACCAATGGAGGGCCTTTGCTTCA
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTG--CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * *
21212 CATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATACAACTTA
190 C-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
21277 AAATTAACTT-TGAGACTATAAAA-CTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATG
253 AAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* *
21340 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCT
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
21363 AATGAATGCTTTTTTCTTAACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * *
21428 ATATTAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** ** ** *
21493 CTTTCCAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACCTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC--T
* * * * * *
21558 CTTCCATAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAA
192 -TTCC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
21623 AATCGATTATGAGATTATAGAACCTTTTAAAGAGAGTAACAA-GCTTTTTGAAGGAATGGGAGAC
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGAC
* *
21687 TATAAATGGACATTTC-TACC
318 TATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * * **
21707 TAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTGTATGAAAA
1 -AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* * * * * * *
21772 ATGT-AAGACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
65 ATATGAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * *
21836 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ACT
* * * * *
21901 TTCTTGAGGTAGACATTAAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAA
192 TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *** **
21966 ATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAATATTTTGAAAAAATGGGTGACTA
255 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * *
22031 GAAATGGACTTTTGTCGCC
320 TAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * *
22050 GATGAATGCCTTTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
1 AATGAATGCC---TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
* * * * * * * * *
22115 AAATGTAAAAAAATTC-ACTGTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGTGGGTAACA
63 AAATATGAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
22179 AGGCTTTTGAAGGAATAGGAT-ACTATAAATGGACGTTTCTTCCCAAAGAATGGCTTTT-CTACA
127 AGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* ** * * * * * *
22242 TGTTTCCCGATGCAGACATTCAATTATAGT-TTGTTTTGATAAACAATGCAAGAAAATTCAACTT
190 -CTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAACAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTT
* * ** * *
22306 AAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAACTCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
252 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* *
22371 CAATAAATAGACTTTTCTTGCC
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
22393 AATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * ** * * * * *
22458 ATGTAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAAGTATGAGTTTATAAAACC-TTTGTAAGCAAGTAATAAG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAG
* ** ** * * * * * *
22522 GCTTTTGAGGGAATAAGACACTATAAATAGACTTTTCTTTCCATTGAATGGCTTTTTCTACA-TG
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT-
* * * * ** *
22586 TTTCTCATGGTAGACACTT-AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAGGAATTCTAACCTA
192 TTCCT-AAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTA
* * *
22649 AAATCAGTTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAA-GAATGGGTGA
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGA
* *
22713 CTATAAATAGACTTTT-TCTGTC
317 CTATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* * * *
22735 AATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTAC-TAAGGTAGACATTTAATTAAAGTCTGTTTTAACAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-CTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAA
* *
22799 AATAT-ACAAAGAATTCAACTTAAAATCACATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
64 AATATGA-AAA-AATTCAACTTAAAATCA-ATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * *
22862 AA-GCATTTTGAAGGGATAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT-TTTC
126 AAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * *
22925 ACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATAATT-AATT
189 AC-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACT
* * * * * * ***
22989 TAAAATCAAGTATCAGATTAT-AAACCTTTTTGAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAAA
251 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* *
23053 CACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * **
23077 AATGAATGAAC-TTTTCTACACGATTT-TTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTATATTTTGATGAA
1 AATGAATG-CCTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* * * *
23140 AA-ATGTAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AATATG-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * ** *
23204 AGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGTATTTTTCTTCA-
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * * *
23268 TGTTTCTCAAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTTACCTAGAAATTTAAAAAAATTCAATTTA
191 T-TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * **
23333 AAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACAC
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
23398 AATAAATTGACTTTTCTTCCC
318 TATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *** * * * **
23419 AATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCTCGACACAGTCATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * * * *
23484 -ATGTAAGACAA-TCTAACCTAAATTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 TATG-AA-AAAATTC-AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-A
* * * * * * *
23547 AAGCTTCTGATGGAATAGGTGACTATAAATGGAGTTTT-TGCACCAATGGATGGTTTTTTCTTCA
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTG--CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
23611 CATTCCCTAAGGCAGACATTCGATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATATAAAACAATAT-AACTT
190 C-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTT
* * ** * *
23675 AAAATCAACTT-TCAGACTATAAAACGATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATG
252 AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
*
23739 ATTATAAATGGACTTTTCTTGCC
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * ** *
23762 TATGAATTCTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * *
23827 ATATGAGAAAATTCAATTTAAATTCAATTATTAG-TGTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** ** ** * * *
23891 GCTTTCCAAGGCTTCAGTAACTATAAATGGACTTTTTGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CT
* * * * *
23956 TCCTCCACAACGTAGACATTCAA-TATAGCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACAATTCAATT
192 T--TCC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACT
* * * * * * *
24020 TAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGATTGAGAG
251 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* **
24085 ACTATAAATGGACATTTCTACCC
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * * * * *
24108 AATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGGCGTTCGATTATAGTCTGTTGTAATAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * * *
24173 -ATGTAAGACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
66 TATG-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * * * * * * *
24237 GCTTTTGAAGGAATAAGTGACTGTAAAT-GATATTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTTCTGCA-T
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTT-CTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT
** * * *
24300 GTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAAAGTATGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTA
192 -TTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* * * * *
24365 AAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCACTTTGAAGGAATGGGTGA
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGA
24429 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
317 CTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
24451 AATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATGATAATCTTTTTTAATCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAA
* * * * ** * * * * * * *
24516 ATGTAAAAAAATTCAATTTATAATTGAGTATGAGATTATAAAA-TATTTTGAAGTGGGTAACAAG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * * * * * ** *
24580 GCTTTTGAAGGAATGTGACACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTCAACATGT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCA--C
* * * * * *
24645 TTTCC-AAGGCA-AGCATACAATTATAGTCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAATAATTAAACTTAA
191 TTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
24708 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
254 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
** * *
24773 ATAAAACGACTCTTCTTGTC
319 ATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
24793 TATGAATGCATTTTTCTTGATGTTTCTCGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * * *
24858 -ATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATT-TTGAAATTATATAATCATTTAAAGTGAGTAATA
66 TATG-AAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
* * * * * ** *
24921 AAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCGAGTGAATGGATGGCTTTTGCCTCA
126 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * *
24986 CGTTCCCCAACGTAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTT
190 C-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
25050 AAATTAACTT-TGAGACTATAAAACCATTTGAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
253 AAATCAA-TTATGAGATTATAAAACC-TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
25113 ACTATAAATGGACTTGTT-TTGCC
316 ACTATAAATGGACTT-TTCTTGCC
* * * * * *** *
25136 AATAAATGTCTTTTTGTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * * * * *
25201 ATGTGAAAAAATTCAACTCAAAGTTAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGA
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** ** * * * * *
25266 CTTTCT-AAGGCTTCAGTCATTATAAATGGACTTTTCGTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTGACAT
130 CTTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTT--CAC
* * * * * *
25330 TCTTCCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAGCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCTATT
191 T-TTCC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGT--AAAAAAATTCAACT
* * * * *
25395 TAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACATTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAGTGAGA
251 TAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
*
25459 GATTATAAATGGACATTTT-TT-CC
315 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCC
* * * * **
25482 TAATGAATGGCTTTTT-TTACACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAA
1 -AATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* * * * * * *
25546 AA-ATGTAGAACAATCCAACCTAAAATTAGTTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
64 AATATG-A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * * * * * **
25610 AGCCTTTTGAAGGAATGACTGATTGTAAATGGACTTTTGCTACCAATGAATGTCTTTTTTTTCAC
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * *
25675 GTTTCTTAAGGTAAACGTTCAATTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTA
191 -TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* * ** * * * * *
25740 AAATCAATTTTAAGGGTATAAAA-CTATTTATAGTGAGCAACAA-GCATTTTGAAGGAATGAGTG
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTG
25803 ACTATAAATGGACTTTT-TTGCC
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * *
25825 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * * * *
25890 ATAAGAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGC-AGGTAACAA
65 ATATG-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAA
** * * * * * ** *
25954 GGCTTTTGAAGGAATGGGACACGATAAATGGGCTTTTCCTACTAATGAATGAATGTTT-CTACAT
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCA-
* ** * * * ** * *
26018 GTTTTTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGT-TTATTTTGATGAAAATTGTAAAAAAATTAAACTTA
190 CTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTT-TTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
26082 AAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAAGAATGGGTGAC
253 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
*
26147 TATAAATGGACTTTTCTTGTC
318 TATAAATGGACTTTTCTTGCC
** ** * * *
26168 AATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-GCATATTCAATTATAATCTGTTTTAGAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAA
* * * * * * *
26232 AAT-TAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA-CATTTTGAAGCAAGTAACA
64 AATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * * *
26295 AGCCTTTTGAAGGAATAAGG-CACAATAAATGGACTTTTCTTCTCTATGAATGACTTTTTCTACA
127 AGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * *
26359 CGTTTCCT--GATACAAGCATTCAATTATAGTATATTTGAATGAAAAATGTAAGACAA-TCTAAC
190 C-TTTCCTAAGGTA-GA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC-AAC
* * ** * * * ** **
26421 CTAAATTCTGTTATGAGATTATAAAATCATTTT-CAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATCAG
250 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * *
26485 TGACTGTAAATAGACTTTTTTTAAG-A
314 TGACTATAAATGGACTTTTCTT--GCC
* * *
26511 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
*
26576 -ATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
66 TATG-A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-
* * * * * *
26639 AAAGCTTTTGAAGCAATGGGTAATTATAAATGGAGTTTT-TGGGCCAATGGATGGCTTTCGCTTC
126 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT--GCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * ** * *
26703 ACATTCCCCAAGGTAGACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAAGTAAAATTTAAAAAAATACAACTTA
189 AC-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
26768 AAATCAACTT-TGAGACTATAAAA-CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA
253 AAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* *
26831 ACTATAAATAGATTTTTCTTGCC
316 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * ** * *
26854 AATGAATGTCATTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAA
* * * * * * *
26919 ATGTGAAAAAATTCAATTTGAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
65 ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ** * * * *
26984 CTTTTTAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTTCCTATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--CT
* * *
27049 TCTCCACAAGGCAGACATTCAATTATAGT-TTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AATTTA
192 T-TCC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTT-AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** ** *
27112 AAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGATTTTTGAAGGAATAAGAGA
253 AAATC-AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* **
27176 -TAATAAATAGACATTTT-TACCC
317 CT-ATAAATGGAC-TTTTCTTGCC
* * * * * * **
27198 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGCCTGTTGTAATGAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* * * * *
27263 -ATGTAAGACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
66 TATG-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * *
27327 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTACTTCATGT
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CT
* * * * * * * * * * *
27392 TTCTTGAGGTAGACAATCAATTAAAGTCTGTCTTAACCAAAATATCCAAAGAATTTAACTTAAAA
192 TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
27457 TTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGCAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGGTGACTA
256 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* *
27521 TAAATGAACTTCTCTTGCC
320 TAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * * * **
27540 AATGAATGCC-TTTTCTTCACGTTTCCTGATATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGATGAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* *
27604 -ATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
66 TATG-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTA
27654 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 14081, Mismatches: 4391, Indels: 1823
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
314 1 0.00
315 3 0.00
316 2 0.00
317 2 0.00
319 14 0.00
320 25 0.00
321 10 0.00
322 5 0.00
323 12 0.00
324 3 0.00
326 5 0.00
328 10 0.00
329 4 0.00
330 5 0.00
331 1 0.00
332 3 0.00
333 13 0.00
334 5 0.00
335 10 0.00
336 24 0.00
337 14 0.00
338 12 0.00
339 123 0.01
340 410 0.03
341 1394 0.10
342 3572 0.25
343 4075 0.29
344 2447 0.17
345 833 0.06
346 263 0.02
347 298 0.02
348 10 0.00
351 2 0.00
354 4 0.00
355 28 0.00
356 11 0.00
357 49 0.00
358 44 0.00
359 36 0.00
360 10 0.00
361 9 0.00
362 6 0.00
363 1 0.00
364 19 0.00
365 14 0.00
366 3 0.00
367 4 0.00
368 2 0.00
369 1 0.00
370 1 0.00
372 6 0.00
373 12 0.00
374 10 0.00
375 13 0.00
376 2 0.00
377 10 0.00
378 3 0.00
379 6 0.00
380 12 0.00
381 24 0.00
382 4 0.00
383 5 0.00
384 3 0.00
385 2 0.00
386 6 0.00
387 6 0.00
388 3 0.00
389 1 0.00
391 1 0.00
392 15 0.00
394 1 0.00
395 1 0.00
397 2 0.00
399 2 0.00
401 7 0.00
402 9 0.00
403 9 0.00
404 11 0.00
405 11 0.00
406 6 0.00
407 1 0.00
412 1 0.00
414 4 0.00
417 2 0.00
421 5 0.00
422 1 0.00
423 12 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (338 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
TATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTTCC
TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGCC
Found at i:15948 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15655--18482 Score: 2030
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 171
15645 CTTAAGGTGG
* * ** * * * * * *
15655 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAAAGTAAAAAGAGTTAAACTTAAGATAAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
15720 AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGTTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGAGT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
15785 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAAGCAA
128 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * * *
15829 ACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAG
* * ** * *
15893 ACTATAAAATCATTTAGGGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAACTGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * *** *
15958 TCTTGTCAATGAATACCTTTTTTTTTACGTTTCTGGAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * ** * *
16000 ACATTGATTTATAGT-TTGTTTTAATTAAAAA--TACAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTA
1 ACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** ** * * *
16062 GTTTATGAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTTAGTGGCTATAAATGAAA
64 GATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
16125 TTTT-TGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCGTTCCCCAAGGCAT
127 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGGTAA
** * ** * *
16170 ACATTCAATTATAACCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAAAACAATTTAAAACCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *** **
16235 ATTATAAAACCTTTTAAAG-GTGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGAGAT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* *** *
16299 TTCTT-CCTAATGAATGTCTTTTTCTAT-ATGTTTCTTGAGGTAG
129 TTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCCCAAGGTAA
* * * * ** * * *
16342 GCATTTAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
16407 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACCGTAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * **
16472 CCTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTGG
131 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * * *
16513 ACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
16578 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * *
16643 TTCTTGCAAATGGTTGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * * * * *
16686 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGT
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** ** * *
16751 TTATGAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTCAGTGGCTATAAATAGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * ** *
16815 TCCTACCTATGGATGTCTTTTGCTTCA-CATTCCCTAAGGCAA
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC-AAGGTAA
* * *
16857 ACATTCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
16922 ATTATAAAGCC-TTCTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACA
65 ATTATAAAACCATT-TAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
16985 TTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTACTCA--TTTCCCAAGGCAA
128 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT--TCATGTTTCCCAAGGTAA
* * ** * * * * * *
17029 GCATTGAATTATAGT-TTGTTTTAATGAAAAATGTAAGACAATCCAACCTAAAATCAGTTATAAG
1 ACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * ** *
17093 ATTATAAAATAATTGAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGT-AGCTGTAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTT
* * * * * * *
17157 TTCTTACGAAAGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * * * *
17200 ACATTCAATTATA-ACATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAAGTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTC-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * ** *
17264 ATCATAAAACCTTTTGAAGCGGGTAATAAGGATTTTTGAAAGAAT-GGACACTATAAATGAACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * **
17328 TTCTTCCCAACGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGTAA
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * ** * * **
17371 GCATTCAATTATGGT-TTGTTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTTATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
17435 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAAAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** ** *
17500 TCTTGCCAATGAAT-GCATTTTTTTTCACATTTCCTGAGGTAC
130 TCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* ** * * * * * *
17542 ACGTTTGATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAA
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
17607 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATAGA-GT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
17671 TT-TTGCACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTCCCCAAGGCAA
129 TTCTTG--CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * * * * *
17715 ACATTCGATTAAAG-CCTTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAG
** * *
17778 GCTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
17843 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTGA
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
* * * * * * * *
17885 ACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATCAAAAAAG-AGAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGT
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** ** ** *
17949 TTATGAAAGCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCCAAGGTTTCAGTGACTATAAATGGAGTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
18013 T-TGTGCCAATGCATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCCCTAAGGTAG
130 TCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TT-TCCC-AAGGTAA
* * *
18058 ACATTCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAGA-CTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* * * * * *
18122 ATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCTGAAAG-ATAGGGAGACTATAAATGGACAT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGAC-T
* **** *
18186 ATT-TT-CCAATGAATGGCTTTTT-TTACACT-TTTTTTGAGGTAG
128 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-CA-TGTTTCCCAAGGTAA
* ** * * * *
18228 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAGACAA-TCTAACCTAAAATCAGTTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
********** * * * * *
18292 ANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTGTAAATAGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * *
18357 T-TCTACCAATGAAT-ACTTTTTGCTTCA-CATTCTTCAAGATAA
130 TCT-TGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTC-CCAAGGTAA
* * * * * *
18399 ACATTCAATTAAAGT-TTGTTCTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
18463 GAGTATAAAACCATTTAAAG
64 GATTATAAAACCATTTAAAG
18483 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 2059, Mismatches: 516, Indels: 160
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.01
170 406 0.20
171 789 0.38
172 514 0.25
173 236 0.11
174 93 0.05
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAA
Found at i:16990 original size:687 final size:682
Alignment explanation
Indices: 15721--18155 Score: 2413
Period size: 687 Copynumber: 3.6 Consensus size: 682
15711 AAATTTTGAA
* * * *
15721 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGTTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGAGTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * * *
15786 TTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAAGCAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTT
65 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAAAGTCTGTTTT
* * * * * ** *
15851 AACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAATCATTTAGGGAGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
15916 TAAT-AAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTT
195 TAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * ** * * * ** *
15980 TTTTACGTTTCT-GGAGGTAGACATTGATTTATAGTTTGTTTTAATTAAAAATA-CAAAAAATTC
259 CTTCACGTTTCTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
16043 AACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTT
324 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTC
* ** * * * *
16108 AGTGGCTATAAATGAAATTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTCCCCAAGGCATACA
389 AGTGGCTATAAATG-ACTTTTCCTACCAATGGAT-GCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGCAAACA
* **
16173 TTCAATTATAACCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAAAACAATTTAAAACCAATTATGAGATT
452 TTCAATTATAATCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGATT
*** *
16238 ATAAAACCTTTTAAAGGTGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGAGATTTCT
517 ATAAAACC-TTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-ATTTCT
* *** * * * *
16303 T-CCTAATGAATGTCTTTTTCTAT-ATGTTTCTTGAGGTAGGCATTTAATTGTAGTCTGTTTTAA
580 TACC-AATGAATGGCTTTTTCTATCATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
16366 TAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAG
644 T-AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAG
* **
16406 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACCGTAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * **
16471 TCCTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTGGACATTCAATTAAAGTCTGTTTTA
66 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAAAGTCTGTTTTA
* *
16536 ACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
131 ACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * **
16601 TAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGGTTGCCTTTTT
195 TAAT-AAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * *
16666 CTTTATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTC
259 CTTCACGTTTCTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
16730 AACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGCTT
324 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTT
*
16794 CAGTGGCTATAAATAGACTTTTCCTACCTATGGATGTCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGCAAAC
388 CAGTGGCTATAAAT-GACTTTTCCTACCAATGGATG-CTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGCAAAC
*
16859 ATTCAATTATAGTCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGAT
451 ATTCAATTATAATCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGAT
*
16924 TATAAAGCCTTCTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACATTTC
516 TATAAAACCTT-TAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-ATTTC
* * *
16989 TTACCAATGAATGGATTTTTCTACTCA--TTTCCCAAGGCAAGCATTGAATTATAGTTTGTTTTA
579 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTA-TCATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * *
17052 ATGAAAAATGTAAGACAATCCAACCTAAAATCAGTTATAAG
643 AT-AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAG
** * * * ** *
17093 ATTATAAAATAATTGAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGT-AGCTGTAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTT
* * * *
17157 TTCTTACGAAAGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA--CATGTT
65 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA-AAGTC-TGTT
* * * * * * *
17220 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAAGTATGAGATCATAAAACCTTTTGAAGCG
128 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * ** * * * *
17285 GGTAATAAGGATTTTTGAAAGAAT-GGACACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAACGAATGGCTTT
193 AGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * **
17349 TTCTACACGTTTC-CTGAGGTA-AGCATTCAATTATGGTTTGTTTTAAAGAAAAATATAAAAAAA
257 TTCTTCACGTTTCTCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * ** * * * *
17412 TTTAACTTAAAATTTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGA
321 TTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* ** * * * * * ** * * * *
17477 ATGGGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTTTTCACATTTCCTGAGGTAC
386 TTCAGTGGCTATAAAT-GACTTTTCCTACCAATGGATGC-TTTTGCTTCACATTCCCTAAGGCAA
* ** * * * * * *
17542 ACGTTTGATTATAATCTATTTT-AACCAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGA
449 ACATTCAATTATAATCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGA
* ** * * *
17606 AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAAT-AG-GTAACTATAAATAGA
513 GATTATAAAACC-TTTAAAGCAAGTAA-CAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG--ACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
17669 GTTT-TTGCACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGCTCCCCAAGGCAAACATTCGATTAAAGCCT
574 ATTTCTT--ACCAATGAATGGCTTTTTCTATCATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCT
* * * *
17732 -TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAG
637 GTTTTAA-TAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATC-AGTTATGAG
** * **
17778 GCTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
17843 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTGA
66 TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAAAGTCTGTTTTA
* * * * * * * *
17908 ATCAAAAAAG-AGAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATT-AGTTTATGAAAGCATTTAAAGCAAG
131 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** ** ** * * * *
17971 TAATAAGGCTTTCCAAGGTTTCAGTGACTATAAATGGAGTTTT-TGTGCCAATGCATGGCTTTTG
195 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTT
*
18035 CTTCACGTTTCTCCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAA
259 CTTCACGTTTCT--CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
18099 TTCAA-TTTAAGACTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTT
321 TTCAACTTAAAGTC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
18156 CTGAAAGATA
Statistics
Matches: 1447, Mismatches: 260, Indels: 84
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
683 8 0.01
684 190 0.13
685 475 0.33
686 241 0.17
687 521 0.36
688 11 0.01
689 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (682 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAAAGTCTGTTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
TCACGTTTCTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
CTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAG
TGGCTATAAATGACTTTTCCTACCAATGGATGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGCAAACATTCA
ATTATAATCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGATTATAA
AACCTTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAATTTCTTACCAA
TGAATGGCTTTTTCTATCATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAT
GTAAAACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAG
Found at i:20231 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19728--27653 Score: 5850
Period size: 171 Copynumber: 46.2 Consensus size: 170
19718 NNNNNNNNNN
* * * * * ** ** ** **
19728 TTAAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
** * * * ** * *
19793 GACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTCCTCCACAAGGCAAACA
66 GACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT--T-CTTAAGGTAGACA
* * * *
19858 ATCAATTATAGCCT-TTTTAA-ATCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAAT
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACA--AAAAATGT--AAAAAAATTCAAC
* * * * * * * *
19904 TTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGAGAGTAACAAGGTTTTTGAAAGAATGGGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * * * * *
19969 GACTATAAAAGGACATTTCTACCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGGCA-CC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTA-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * ** * * *
20033 TAATTGTAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAGACAATCCAAC
130 -AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
** *
20075 CAAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAA-GAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGG
* * *
20139 TGACTATAAATGGACTTTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTATTAAGGTAGAAATT
65 TGACTATAAATGGAC-TTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * *
20204 TAATTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC
* *
20247 TTAAAATCACATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCGTTTTGAACGAATGG
1 TTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGG
* * * * *
20310 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAT-AATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTCTTATGGTAGAGA
64 GTGACTATAAATGGACTTTTC-T-ATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * * *
20374 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AAT
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAAC
* * * * * * * * * *
20418 TTAAAATCAAGTATGAGATTACAAAACCTTTTGAAGTGGGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
20483 CACTTTAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAATGAAC--TTTCTACAAGTTTTTTAAGGCA-AGCA
66 GACTATAAATGGACTTTTCTAT-C-AATGAATG-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CA
* ** * *
20544 TTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAATGTAAAACAATTAAAC
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
20588 TTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
20653 GACTGTAAATGGACTTTTTTTTTTCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTGAAGGTGGATATT
66 GACTATAAATGGAC--TTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * * *
20718 CAATTATAATCTG-TTTAAGCCAGAAATGTAAAAAAATTCAAT
129 CAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * ** * * *
20760 TTAAAATCAAGTATGAGATCATAAAACCTTTTGAAGAAAGCAACAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * ** * *
20823 GACATAATAAATGGACTTTTCCTCTCAATGAATGGCTTTTTGTGCACGTTTCTCGATGCA-AGCA
66 GAC-T-ATAAATGGACTTTT-CTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CA
* ** * *
20887 TTCAATTATA-TATGTTTTAATGAAAAATGTAAGACAA-TCTAAC
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AAC
* * * * * * * * *
20930 CTAAATTCAGTTATGAGATTGTAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATTGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * *
20995 GACTGTAAATAGACTTTTTCTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC-TAGAGGTAGACATT
66 GACTATAAATGGAC-TTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGTAGACATT
* * *
21059 CAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC
* * *
21102 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * ** * * * ** *
21167 TGACTATAAATGAAGTTTT-TGCACCAATGGAGGGCC-TTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCT--ATCAAT-GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * *
21230 TTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATACAAC
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * ** *
21274 TTAAAATTAACTT-TGAGACTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
1 TTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * *
21338 TGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCTAATGAATGCTTTTTTCTTAACGTTTCTTAAGGTAAACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT-C-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * *
21402 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * ** ** **
21445 TTAAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTTAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** * * * * * * *
21510 GACTATAAATGGACCTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCTTCCATAAGGCAAACA
66 GACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-GT-TT-CTTAAGGTAGACA
* * * *
21575 TTCAATTATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAT
127 TTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
21619 TTAAAATCGATTATGAGATTATAGAACCTTTTAAAGAGAGTAACAA-GCTTTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGG
* * * ** * * * *
21683 AGACTATAAATGGACATTTCTACCTAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGGCATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * ** * *
21748 CAATTATAGTCTATTGT-ATGAAAAATGTAAGACAATTCAAC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
21789 CTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
21854 GACTGTAAATGGACTTTTCCTA-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATT
66 GACTATAAATGGACTTTT-CTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * * *
21918 AAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC
* * * * *** **
21961 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAATATTTTGAAAAAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** * *
22026 GACTAGAAATGGACTTTTGTCGCCGATGAATGCCTTTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
66 GACTATAAATGGACTTTTCT-ATCAATGAATGCC---TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* *
22091 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTC-AC
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
22133 TGTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGTGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
1 T-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG
* * * * * * *** * *
22198 AT-ACTATAAATGGACGTTTCT-TCCCAAAGAATGGC-TTTTCTACATGTTTCCCGATGCAGACA
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * *
22260 TTCAATTATAGTTTGTTTTGATAAACAATGCAAGAAAATTCAAC
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* ** * *
22304 TTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAACTCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * **
22369 GACAATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * * **
22433 TAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGT
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * **
22475 TTAAAATCAAGTATGAGTTTATAAAACC-TTTGTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATAAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
** * * * * * * * *
22539 ACACTATAAATAGACTTTTCTTTCCATTGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCATGGTAGACACT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA-T
** **
22604 T-AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAGGAATTCTAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AAC
* * *
22646 CTAAAATCAGTTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAA-GAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGG
* * *
22710 TGACTATAAATAGACTTTTTCTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTAC-TAAGGTAGACAT
65 TGACTATAAATGGAC-TTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAAGGTAGACAT
* * * *
22774 TTAATTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC
* * **
22818 TTAAAATCACATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGGATAA
1 TTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGG
* * * * *
22881 GCGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT-TTCACATTTCTTGAGGTAGACAT
64 GTGACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * *
22945 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATAATT-AAT
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * * * * * * **
22988 TTAAAATCAAGTATCAGATTAT-AAACCTTTTTGAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
** * * * * *
23052 ACACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAATGAAC-TTTTCTACACGATTT-TTGAGGCAGGC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT-C-AATGAATG-CCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAAGGTAGAC
* * * ** * *
23114 ATTCAATTATAGTATATTTTGATGAAAAATGTAAAAACATTAAAC
126 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
23159 TTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** * * * *
23224 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTGGATATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * * *
23289 AATTATAATCTGTTTTACCTAGAAATTTAAAAAAATTCAAT
130 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * * *
23330 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * ** *** *
23395 CACAATAAATTGACTTTTCT-TCCCAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCTCGACACAGTCATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * ** * *
23459 CAATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAGACAA-TCTAAC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AAC
* * * * * * * *
23501 CTAAATTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTCTGATGGAATAGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * ** * * * *
23566 TGACTATAAATGGAGTTTT-TGCACCAATGGATGGTTTTTTCTTCACATTCCCTAAGGCAGACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCT--ATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * *
23630 TCGATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATATAAAACAATAT-AAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAAC
* * * * *
23673 TTAAAATCAACTT-TCAGACTATAAAACGATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
1 TTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * *
23737 TGATTATAAATGGACTTTTCT-TGCCTATGAATTCTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * *
23801 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATGAGAAAATTCAAT
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * ** ** **
23844 TTAAATTCAATTATTAG-TGTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * ** *
23908 TAACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTCCTCCACAACGTAGA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTT--T-CTTAAGGTAGA
* * *
23972 CATTCAA-TATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACAATTCAAT
125 CATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGT-AAAAA-AATTCAAC
* * * * * * * *
24019 TTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGATTGAGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** * * * * * *
24084 GACTATAAATGGACATTTCTACCCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGGCGTTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTA-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * *
24149 GATTATAGTCTGTTGTAATAAAAAATGTAAGACAATTCAAC
130 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * **
24190 CTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * *
24255 GACTGTAAAT-GATATTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTTCTGCATGTTT-TTCAAGGTAGACAT
66 GACTATAAATGGA-CTTTT-CTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACAT
* *
24318 TCAATTAAAGTATGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATTCAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC
* * * *
24362 TTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCACTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGG
* * *
24426 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTAGACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * *
24490 TCAATGATAATCTTTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAT
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* ** * * * * * * *
24533 TTATAATTGAGTATGAGATTATAAAA-TATTTTGAAGTGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
** * * ** * * *
24597 ACACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTCAACATGTTT-TCCAAGGCA-AGC
65 TGACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGA-C
* * * *
24659 ATACAATTATAGTCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAATAATTAAAC
126 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
24704 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
** * * * * * * ** *
24769 GACTATAAAACGACTCTTCTTGTCTATGAATGCATTTTTCTTGATGTTTCTCGAGGTGGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * *
24834 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAAC
130 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * * * * * *
24876 TTAAAATCAATTTTGAAATTATATAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * * * ** *
24941 TGACTATAAATAGAGTTTTCGAGTGAATGGATGGCTTTTGCCTCACGTTCCCCAACGTAGACATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTA-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * * *
25006 CGATTAGAGCCTTTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAAC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
25047 TTTAAATTAACTT-TGAGACTATAAAACCATTTGAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
1 TTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* ** * * * * * **
25110 GTGACTATAAATGGACTTGTTTTGCCAATAAATGTCTTTTTGTTTATGTTTCCCAAGGTAGACAT
64 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * *
25175 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * * ** **
25218 TCAAAGTTAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCT-AAGGCTTCAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGG
* * * * * * * *
25282 TCATTATAAATGGACTTTTCGT-GCTAATGAATGGCTTTTGCTTGACATTCTTCCTTAAGGCAGA
65 TGACTATAAATGGACTTTTC-TATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCAC-GT-TT-CTTAAGGTAGA
* * * * *
25346 CATTCAAGTATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCTAT
125 CATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAAC
* * *
25394 TTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAGTGA
1 TTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
25457 GAGATTATAAATGGACATTTT-T-TCCTAATGAATGGCTTTTT-TTACACATTTCTTGAGGCAGA
64 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTAT-C-AATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTTAAGGTAGA
* ** * * *
25519 CATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAGAACAATCCAAC
125 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * **
25565 CTAAAATTAGTTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGACT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
25630 GATTGTAAATGGACTTTTGCTACCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAAACGTTC
66 GACTATAAATGGACTTTT-CTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* *
25695 AATTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAC
130 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC
* * ** * * * * * *
25737 TTAAAATCAATTTTAAGGGTATAAAACTATTTATAGTGAGCAACAA-GCATTTTGAAGGAATGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGG
* ** * *
25801 TGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * *
25866 AATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATAAG-AAAAAAATTCAAT
130 AATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAA-ATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
25908 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGC-AGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
** * * ** * * * * * * *
25972 ACACGATAAATGGGCTTTTCCTA-CTAATGAATGAATGTTTCTACATGTTTTTTGAGGCAGGCAT
65 TGACTATAAATGGACTTTT-CTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * ** * *
26036 TCAATTATAGTTTATTTTGATGAAAATTGTAAAAAAATTAAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
26079 TTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAAGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** * *
26144 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-GCATATT
66 GACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAG-ACATT
* *
26208 CAATTATAATCTGTTTTAGA-AAAAAAT-TAAAAAAAATTCAAT
129 CAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAAC
* * * * * *
26250 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA-CATTTTGAAGCAAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATAAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG
* * * * * * * * *
26314 G-CACAATAAATGGACTTTTCTTCTCTATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCCT--GATACAAGC
64 GTGACTATAAATGGACTTTTC-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA-GA-C
* * * ** * *
26376 ATTCAATTATAGTATATTTGAATGAAAAATGTAAGACAA-TCTAAC
126 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AAC
* * ** * ** * ** **
26421 CTAAATTCTGTTATGAGATTATAAAATCATTTTCAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATCAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * ** * *
26486 GACTGTAAATAGACTTTTTTTAAGAAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
66 GACTATAAATGGAC-TTTTCT-ATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * *
26551 CAATTAAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAC
* * * *
26594 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGCAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * ** * * ** * * **
26659 TAATTATAAATGGAGTTTT-TGGGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTCCCCAAGGTAGACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCT--ATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * ** * *
26723 TCAATTAGAGCCTTTTTTAA-GTAAAATTTAAAAAAATACAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
26765 TTAAAATCAACTT-TGAGACTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * * *
26829 TAACTATAAATAGATTTTTCT-TGCCAATGAATGTCATTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACCT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* *
26893 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAAT
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * ** *
26936 TTGAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAGGCTTCGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
27001 GACTATAAATGGACTTTTCGT-TCCTATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCCACAAGGCAGAC
66 GACTATAAATGGACTTTTC-TAT-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT---TAAGGTAGAC
* * *
27065 ATTCAATTATAGT-TTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AAT
126 ATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * ** **
27109 TTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGATTTTTGAAGGAATAAG
1 TTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * *
27173 AGA-TAATAAATAGACATTTT-TACCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGGCA
65 TGACT-ATAAATGGAC-TTTTCTA-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * ** * *
27236 TTCAATTATAGCCTGTTGTAATGAAAAATGTAAGACAATTCAAC
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
27280 CTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
27345 GACTGTAAATAGACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATC
66 GACTATAAATGGACTTTT-CTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * ** * *
27410 AATTAAAGTCTGTCTTAACCAAAATAT-CCAAAGAATTTAAC
130 AATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * *
27451 TTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGCAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGG
* * * * **
27515 TGACTATAAATGAACTTCTCT-TGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCACGTTTCCTGATATAGACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTAT--CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * ** *
27578 TCAATTATAATTTGTTTTGATGAAAAATGTAAATAAATTCAAC
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
*
27621 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
27654 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 6097, Mismatches: 1401, Indels: 510
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 70 0.01
170 885 0.15
171 2836 0.47
172 1129 0.19
173 572 0.09
174 284 0.05
175 143 0.02
176 173 0.03
177 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
Found at i:20747 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 19728--27653 Score: 5813
Period size: 514 Copynumber: 15.4 Consensus size: 508
19718 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** ** *
19728 TTAAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGT
1 TTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * ** * *
19793 GACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTCCTCCACAAGGCAAACA
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTT--T-C-TTAGGTAGACA
* ** * * * *
19858 ATCAATTATAGCCT-TTTTAAATCAAAAATGTAAAAAAAAAATCAATTTAAAACCAATTATGAGA
125 TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
19922 TTATAAAATCTTTTAAAGAGAGTAACAAGGTTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAAAGGACATTT
187 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * * *
19987 CTACCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGGCA-CCTAATTGTAGTCTATTTTA
252 CTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGCATTC-AATTATAGTCTGTTTTA
* * ** *
20051 ATGAAAAATGTAAGACAATCCAACCAAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
315 ATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
20116 AATAAGGCTTTTGGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTATCAATGAATGCCTTTTT
380 AATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGCATTTTT
* * * * * *
20179 CTTCACATTTATTAAGGTAGAAATTTAATTA-AAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATT
443 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTG-TTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATT
20243 CAAC
505 CAAC
* *
20247 TTAAAATCACATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCGTTTTGAACGAATGGG
1 TTAAAATCA-ATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAG
* * * *
20311 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTCTTATGGTAGAGATT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTA-GGTAGACATT
* * * *
20376 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAAGTATGAGATTAC
127 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
20440 AAAACCTTTTGAAGTGGGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGACACTTTAAATGGACTTTTCTTG
191 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
20505 CTAATGAATGAAC-TTTCTACAAGTTTTTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAA
256 CCAATGAATG-GCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAA
* * * *
20569 AAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAA
320 AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
20634 GGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTTTTTTTCAATGAATGCATTTTTCTTCAC
385 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCAC
* * * * * *
20699 GTTTCTGAAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTAAGCCAGAAATGTAAAAAAATTCAAT
449 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * ** * *
20760 TTAAAATCAAGTATGAGATCATAAAACCTTTTGAAGAAAGCAACAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-
1 TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * *
20823 GACATAATAAATGGACTTTTCCT-CTCAATGAATGGCTTTTTGTGCACGTTTCTCGATGCA-AGC
65 GAC-T-ATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGTAGA-C
* * * * * * *
20886 ATTCAATTAT-ATATGTTTTAA-TGAAAAATGTAAGACAA-TCTAACCTAAATTCAGTTATGAGA
124 ATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
20948 TTGTAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATTG-GTGACTGTAAATAGACTTT
187 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGAC-TT
* * *
21012 TTCTAT--CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTC-TAGAGG-TAGACATTCAATTAAAGTCTA
250 TTCT-TGCCAATGAATGGC--TTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTG
** * *
21072 TTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
310 TTTTAATGAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * **
21137 GTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAAGTTT-TTGCACCAATGGAGG
374 GCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG--TCAAT-GAAT
* * * * * * * * ** * *
21200 GC-CTTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAA
435 GCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTAACAAAAAATGTAAA
*
21264 AAAATACAAC
499 AAAATTCAAC
* * * **
21274 TTAAAATTAACTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GA
1 TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-
* * *
21338 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTAACGTTTCTTAAGGTAAACATT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATT
* * * * * * * *
21403 CAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATTAGTTTATG
127 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** ** * * * *
21468 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACCTTTCGTGC
192 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
21533 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT-TCTTCCATAAGGCAAACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAA
257 CAATGAATGGCTTTT-CTT--CATGT-TT-CTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT-AA
** * * * * * * *
21596 CCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGATTATAGAACCTTTTAAAGAGAGTA
316 TGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** **
21661 ACAA-GCTTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACATTTC-TACCTAATGAATGGTTTTTTC
381 ATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCATTTTTC
* * * * * ** * *
21724 TTCACGTTTC-CTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTGT-ATGAAAAATGTAAGACAATTCA
444 TTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
21787 AC
507 AC
* * *
21789 CTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
1 TTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * *
21854 GACTGTAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTA
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATTC
* *
21919 AATTA-AAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
128 AATTATAA-TCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *** ** * * * * *
21983 AAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAATATTTTGAAAAAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTGTCG
191 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
22048 CCGATGAATGCCTTTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
256 CCAATGAATGGC----TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * * * *
22112 T-AAAAATGTAAAAAAATTC-ACTGTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGTGGGT
316 TGAAAAATGTAAAACAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * ** *
22175 AACAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAT-ACTATAAATGGACGTTTCTTCCCAAAGAATGGC--TTTT
380 AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCATTTTT
* * * * * * * * * * * * *
22237 CTACATGTTTCCCGATGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGATAAACAATGCAAGAAAATTCA
443 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
22302 AC
507 AC
* * * * *
22304 TTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTT-AACTCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * * * * *
22368 TGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGTAGACATT
* * ** * *
22433 TAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAAGTATGAGTTTATA
127 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
22498 AAACC-TTTGTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATAAGACACTATAAATAGACTTTTCTTT
192 AAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
22562 CCATTGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCATGG-TAGACACTT-AATTATAGTCTGTTTTAATG
256 CCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAG-CA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
** * * *
22625 AAAAATGT-AAGGAATTCTAACCTAAAATCAGTTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
318 AAAAATGTAAAACAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* *
22689 TAAGGCTTTTGGAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTGTCAATGAATGCCTTTTTCT
382 TAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGCATTTTTCT
* * * *
22752 TCACATTTACT-AAGGTAGACATTTAATTA-AAGTCTGTTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTC
445 TCACGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTG-TTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTC
22815 AAC
506 AAC
* *
22818 TTAAAATCACATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGGATAAG
1 TTAAAATCA-ATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAG
* * * * *
22882 CGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT-TTCACATTTCTTGAGGTAGACATT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATT
* * * *
22946 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATAATT-AATTTAAAATCAAGTATCAGATTAT
127 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
23010 -AAACCTTTTTGAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAAACACTATAAATGGACTTTTCTT
191 AAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
23074 GCTAATGAATGAACTTTTCTACACGATTT-TTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTATATTTTGATG
255 GCCAATGAATG-GCTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
* * *
23138 AAAAATGTAAAA-ACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
318 AAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
23202 TAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGTATTTTTCTTC
382 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTC
* * * * * * * *
23267 ATGTTTCTCAAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTTACCTAGAAATTTAAAAAAATTCAAT
447 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * ** * *
23330 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
1 TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * * * * *** *
23395 CACAATAAATTGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCTCGACACAGTCATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAGGTAGACATTC
* * * * * * *
23460 AATTATAATATGTTTTAA-TGAAAAATGTAAGACAA-TCTAACCTAAATTCAGTTATGAGATTAT
128 AATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
23523 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTCTGATGGAAT-AGGTGACTATAAATGGA-GTTT-T
191 AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * *
23585 TGCACCAATGGATGGTTTTTTCTTCACATTCCCTAAGGC-AGACATTCGATTATAGTCTTTTTTA
254 TG--CCAATGAATGG-CTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * * *
23649 ACT-AAAAATATAAAACAATAT-AACTTAAAATCAACTT-TCAGACTATAAAACGATTTAAAGAG
315 A-TGAAAAATGTAAAACAAT-TCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
23711 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATTCTTTTT
377 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTT
* * * * * *
23776 TCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATGAGAAAATTC
442 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
*
23841 AAT
506 AAC
* * * ** ** ** *
23844 TTAAATTCAATTATTAG-TGTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAG
1 TTAAAATCAATT-TGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * * * * ** *
23908 TAACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTCCTCCACAACGTAGA
64 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTT--T-C-TTAGGTAGA
** * * *
23972 CATTCAA-TATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACAATTCAATTTAAAACCAATTATGA
123 CATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
24035 GATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGATTGAGAGACTATAAATGGACAT
185 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTT
** * * * * * * *
24100 TTCTACCCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGGCGTTCGATTATAGTCTGTTGT
250 TTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * *
24165 AATAAAAAATGTAAGACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
314 AATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
** * * * ** *
24230 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTGTAAAT-GATATTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTT
379 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTT
* * * *
24294 CTGCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA-AAGTATGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAAATT
443 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTG-TTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATT
24358 CAAC
505 CAAC
* * *
24362 TTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCACTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAG
* * *
24426 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATT
* * * * ** *
24491 CAATGATAATCTTTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTATAATTGAGTATGAGATTAT
127 CAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
24555 AAAA-TATTTTGAAGTGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGACACTATAAATAGACTTTTCTT
191 AAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * * *
24619 -CTCAATGAATAGCTTTTTCAACATGTTT-TCCAAGGCAAGCATACAATTATAGTCTGTTTTGAC
255 GC-CAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
* * * *
24682 AAAAAATGTAAAATAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
317 GAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * *
24747 TAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAAACGACTCTTCTTGTCTATGAATGCATTTTTCTTG
382 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTC
* * * * * *
24812 ATGTTTCTCGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAAC
447 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * * *
24876 TTAAAATCAATTTTGAAATTATATAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGAG
1 TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * ** * * * * ** *
24941 TGACTATAAATAGAGTTTTCGAG-TGAATGGATGGCTTTTGCCTCACGTTCCCCAACGTAGACAT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTT-TCTTAGGTAGACAT
* * ** * * * * *
25005 TCGATTAGAGCCTTTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTTAAATTAACTT-TGAGACTA
126 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTA
* * *
25068 TAAAACCATTTGAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTGTT-
190 TAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTT-TTC
* * * * ** * *
25131 TTGCCAATAAATGTCTTTTTGTTTATGTTTCCCAAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA
253 TTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * * * * *
25195 CT-AAAAATGTGAAAA-AATTCAACTCAAAGTTAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAG
316 -TGAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** ** * * *
25258 TAATAAGACTTTCT-AAGGCTTCAGTCATTATAAATGGACTTTTCGTG-CTAATGAATGGC-TTT
379 TAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAAT-GCATTT
* * * * * * ** * *
25320 TGCTTGACATTCTTCCTTAAGGCAGACATTCAAGTATAGCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAA
441 TTCTTCAC-GT-TT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-AACAAAAAATGT--AAAA
* *
25385 AAATTCTAT
500 AAATTCAAC
* * *
25394 TTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAGTGA
1 TTAAAATC-AATT-TGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * *
25457 GAGATTATAAATGGACATTTT-TTCCTAATGAATGGCTTTTT-TTACACATTTCTTGAGGCAGAC
63 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTCTT-CACGTTTCTT-AGGTAGAC
* * * * * * * *
25520 ATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATGTAGAACAATCCAACCTAAAATTAGTTATGAAAT
124 ATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * *
25584 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGACTGATTGTAAATGGACTTTTG
188 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * * * * *
25649 C-TACCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAAACGTTCAATTAAAGTCTGTTTTAA
252 CTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
** * * * ** * * * *
25713 CAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGGTATAAAACTATTTATAGTGAGC
316 TGAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
25778 AACAA-GCATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTC
380 AATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTC
* *
25841 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATAAG-AAAAAAATTC
444 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-AAC-AAAAA-ATGTAAAAAAATTC
*
25905 AAT
506 AAC
* * * * * *
25908 TTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAG-CAGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
** * * * * * * * * * * *
25972 ACACGATAAATGGGCTTTTCCTACTAATGAATGAATGTTTCTACATGTTTTTTGAGGCAGGCATT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACATT
* * * * * *
26037 CAATTATAGTTTATTTTGA-TGAAAATTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATGAT
127 CAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
26101 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
191 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * *
26166 TCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTGC-A-TATTCAATTATAATCTGTTTTAGA-
256 CCAATGAATG-GCTTTTCTTCATGTTTCTTAA-G-GCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA-AT
* * * * * *
26228 AAAAAAT-TAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA-CATTTTGAAGCAAGT
317 GAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
26291 AACAAGCCTTTTGAAGGAATAAGG-CACAATAAATGGACTTTTCTTCTCTATGAATG-ACTTTTT
380 AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCA-TTTTT
* * * * * * * ** * *
26354 CTACACGTTTC-C-TGATACAAGCATTCAATTATAGTATATTTGAATGAAAAATGTAAGACAA-T
443 CTTCACGTTTCTCAAGGTA-GA-CATTCAATTATAATCTGTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATT
26416 CTAAC
505 C-AAC
* * ** * ** ** ** *
26421 CTAAATTCTGTTATGAGATTATAAAATCATTTTCAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATCAGT
1 TTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * *
26486 GACTGTAAATAGACTTTTTTTAAG-AAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTT--GCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGTAGACAT
* * * *
26550 TCAATTA-AAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
126 TCAATTATAA-TCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
26614 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGCAATGGGTA-ATTATAAATGGAGTTTT
189 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * ** * * * *
26678 -TGGGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTCCCCAAGG-TAGACATTCAATTAGAGCCTTTTTT
252 CT-TGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * * * *
26741 AA-GTAAAATTTAAAAAAATACAACTTAAAATCAACTT-TGAGACTATAAAACTATTTAAAGAGA
314 AATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
26804 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGTCA-TTT
378 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-CATTTT
* * * * *
26868 TCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTC
442 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
*
26933 AAT
506 AAC
* * * * * ** * **
26936 TTGAATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTAAGGCTTCG-G
1 TTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAG
* * * * * *
27000 TGACTATAAATGGACTTTTCGTTCCT-ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCCACAAGGCAGA
64 TGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCTAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCT----TAGGTAGA
* * * *
27064 CATTCAATTATAGT-TTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AATTTAAAA-CTAATTATGAG
123 CATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* * ** * *
27126 ATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGATTTTTGAAGGAATAAGAGA-TAATAAATAGACAT
186 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT-ATAAATGGAC-T
** * * * *
27190 TTT-TACCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGCCTGTTG
249 TTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
27254 TAATGAAAAATGTAAGACAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
313 TAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * ** * *
27319 GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTA
378 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTT
* ** * * ** *
27384 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTA-AAGTCTGTCTTAACCAAAATAT-CCAAAGAATT
443 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TCTGT-TTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT
*
27447 TAAC
505 CAAC
* * * *
27451 TTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGCAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGG
1 TTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAG
* * * * * **
27515 TGACTATAAATGAACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCCTGATATAGACATTC
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTT-CTTAGGTAGACATTC
* * * *
27580 AATTATAATTTGTTTTGA-TGAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
128 AATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
27644 AAATCATTTA
192 AAACCATTTA
27654 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5880, Mismatches: 1224, Indels: 613
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 101 0.02
512 334 0.06
513 890 0.15
514 1917 0.33
515 1243 0.21
516 369 0.06
517 480 0.08
518 366 0.06
519 171 0.03
520 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
TTAAAATCAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
GAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTC
AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
Found at i:28178 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 27784--28368 Score: 560
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
27774 NNNNATAGAC
*
27784 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTT--CAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
27849 GTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAATTTAAAATCAAG-TATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGC
63 TTAA-TAAAAATATAAGC-AATTCAACTTAAAATC-AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
27913 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGACT
125 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT
* * * * * ** *
27956 TTTCCTTTCATTGAATGGCATTTTTTACATGTTTCCCGAGACA-AGCATTTAATTATAATCTGTT
1 TTTTC-TTCAATGAAT-GCCTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTT
* *
28020 TTAATGAAAAATATAAGGCAATCCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
63 TTAAT-AAAAATATAA-GCAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
28085 AGTAATAAGGCTTTTGGAA-GAATGGGTGACTAGAAATGGACT
126 AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT
* * * * *
28127 TTTTCTATCAATGAGTGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTGA-AGTCTGTT
1 TTTTCT-TCAATGAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATT-ATAATCTGTT
* * * *
28191 TTAACAAAAAATGTACAAAG-AATTCAACTTCAAATCACATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAA
63 TTAA-TAAAAA--TA-TAAGCAATTCAACTTAAAATCA-GTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
28254 GTGAGAAATAA-GCTTTTGAAGGAATGCGCGACTATAAATGGAC-
123 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT
* * *
28297 TTTTCTTGCCAAT-AA-ACCTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTTCTT--CAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
*
28360 TAACAAAAA
64 TAATAAAAA
28369 ATGTAAAANN
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 50, Indels: 45
0.78 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.02
168 37 0.11
169 8 0.02
170 22 0.06
171 199 0.58
172 62 0.18
173 7 0.02
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TTTTCTTCAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ATAAAAATATAAGCAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT
Found at i:32957 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 32318--37006 Score: 3141
Period size: 171 Copynumber: 27.4 Consensus size: 168
32308 NNNNNNNNNN
* * * *
32318 TTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCATTTTTCTTCATATTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC--TTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * * * * *
32382 CTAAAGGTGGATATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAAAAATTTAAAAAAAATCAATTTAAAATC
63 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * ** *
32447 AAGTATGAGATTACAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * * * * * *
32489 TTTGAAGGAATGTGACACAATAAATGGATTTTTCTTCCCAATTAATGGCTTTTTCTACACGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * * * *
32554 -CTGACGCATG-CATTCAATTATAGTATATCTTAA-TGAAAAATGCAAGACAATAT-AACCTAAA
64 TC-AAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAAT-TCAACTTAAA
* * * **
32615 TTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCT
124 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
32660 TTGGAAGGAATTGGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTACTAATGAATGCCTTCTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATGAATGGCTT-TTCTTCATGTTTC
* * * * * * *
32725 TCGAGATAAACATTCAATTAAAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTTAACTTAAAATT
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATC
* * *
32790 AATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAAAGCT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCT
* * * * * * * *
32833 TTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATGGAGTTTTTGGGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTCC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTC
* * * * * *
32898 CCAAGGTAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATACAACTTAAAATCA
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
32963 ACTT-TGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
128 A-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * * * * *
33004 TTTGAAGGAATGGATGACTATAAACAGATTTTTCTTGTCAATGAATGTCATTTTCTTTACGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC
* * * * ** * * *
33069 TCAAGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAAGAAAAAATGTGAAAAAATTCAATTTATATTCA
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** *
33134 ATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** ** ** * * ** *
33175 TTCCAAGGCTTCAGTGAGTATAAATGAACATTTCATGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTT--
* * * * * * * *
33240 TCCACAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAATAAAAATGAATTTAAA
62 T-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGT-AA-AAAATTCAACTTAAA
* * * *
33305 A-CAAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAACAAGGTT
124 ATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * ** * **
33350 TTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTTCTTCACATTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * *
33415 -CTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTGTAA-TGAGAAATGTAAGACAATTCAACCTAAAA
64 TC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAA
* * ** *
33477 TTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCT
125 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
33521 TTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * * * *
33586 -CTGATGCAAACATTCAATTGTAAT-TTGTTTTGA-TGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAA
64 TC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAA
*
33648 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
125 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** * * * *
33692 TTCAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * **
33757 CGAGGTAGACAGTT-AATTATAAT-TTTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATTCAGTTTAAAATCA
65 CAAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** *
33820 AGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * ** * * *
33861 TTTGAGGGAATGGGACACTATAAATGAACTTTTTT-TTATTGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTCTT-CATGTTTCT
* * * ** * *
33925 CAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAGGCAATCCAACCTAAAATCA
65 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCA
* ** *
33989 GTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *** * * * *
34030 TTTGGAA-GAATGGGTAACTATAAA---A-TCAGTT----ATGAGTGCCTTTTTTTTCACGTTTC
1 TTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC
** * * * * * *
34086 TTGAGGTAGACATTTAATCAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTCAAATC
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATC
* *
34151 ACATT-TGAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCT
127 A-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * *
34192 TTTGAAGGAATGGGTGAATATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAA--CCTTATT-TTTATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGCTT-TTCTTCATGTTTC
* * * * *
34254 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AATTTAAAATC
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
34318 AAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCGGGTAACAAGGCT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * * * * ** *
34360 TTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGGACTTATCTCCCAATTAATGGCTTTTTCCACACGTTTAC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-C
* * * ** * * * *
34425 TGATGCT-GGTATTTAATTATATAGTCTTTTTTTA-TGAAAATTAGAAAAAAATTCAACTTAAAA
64 TCAAGGTAGACATTCAA-T-TATAGTCTTTTTTAACT-AAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAA
34488 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
125 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
*
34532 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC--TTTTCTTCATGTTT
* ** * * * * *
34596 CTCAAGGTAAACATTTGATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGAGTTAAACTTAAAAT
63 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAAT
* * * *
34661 CAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCT
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCT
* * * * * **
34705 TTTGAAGGAATGGGTGACTATATATGGAGTTTTTGAGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CATTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTC
* * * * *
34769 CCTAAGGTAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
64 TC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** *
34834 AGCTT-TAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-
127 A-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * *
34875 TTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC
** * * * * *
34940 TTGAGGCAAACATTCAATTAGAGT-TTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTC
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTT-TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
35004 AATTATTAGTTTATGAAACTATTTAAAGTAAGTAATAGGGCT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** ** * * * *
35046 TTTCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTTGACAATGGATGGCTTTTGATTCATGTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC--TTTTTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTT-
* * * * * * * *
35111 CTCCCCAAGGCAAACATTAAATTATAG-CCTTTTTACACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAAGTTA
62 -T-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTA-ACTAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTA
* * * *
35175 AAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTCAATAACAAGGCT
122 AAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * ** * *
35222 TTTGAAGAAACGAGAGACTATGAATAGATATTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTTACATGTTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTCTT-CATGTTTC
* ** ** * * * * *
35287 TAAAGACAGGTATTGAATGATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAGACAA-TCTAACCTAAAAT
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTC-AACTTAAAAT
* * *
35350 CAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
35393 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTT-CACTAATGAATGTCTTTTTCTTTATATTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGC-C-AATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT
* * * *
35457 TTCAAGGTAGACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAAGC-CAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAA
63 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAA
*
35521 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTT
125 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-T
* * * ***
35565 TTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCATTTTCTTCGCATTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * * *
35630 TTAAGATA-AGCATTCAATTATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAGCAAA-TCAATTTAAAATC
64 TCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATC
* **
35693 AAGTATGAGATTATAAAACTTTTTGAAACG-G-GTAATAAGGCT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA-GTGAGTAATAAGGCT
** * *
35735 TTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGAACTTTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTT-AT-ATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCC-AATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
35797 TCAAGGTA-AGCAATCAATTATAATCTATTTTGA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
64 TCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
** *
35860 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCA
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * *
35903 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGGTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATG-GCTTTTCTTCATGTTTC
** * * * * *
35968 TTGAGGTGGACATTC-ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATC
64 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATC
* *
36032 AAATT-TGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCT
127 -AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCT
* ** * *
36075 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-GTTTTCACATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGC--CAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTT
* * * * * * *
36139 CCCAAGGTAGACATTCGATTACAGCCTTTTCTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAGTC
63 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* * * * * ** *
36204 AATTATTAGTTTATGAAATCATTTGAAGCAAGTAATAGGGCT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** ** * * * *
36246 TTCT-AAGGCTTCAGCGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTACTTTATGTTT
1 TT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATG-TT
* * * * *
36310 CTCTCTAAGGCAGACATTCAATTATA-TCCTTTTTAAACTAAAAATATAAAAAAAAATTTTAATT
62 -TCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGT-CTTTTTTAACTAAAAATGT---AAAAAA-TTCAACT
* * * * *
36374 TAAAACCAATTATAAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
120 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * *
36423 TTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTTT-CTAATGAATGGGCTTTT-TTACACAT-
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTT---CATG
* * * * *
36485 TTTCT-AAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAGA-GTAAGACAATCCAACCT
60 TTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAACT-AAAA-ATGTAA-AAAATTCAACTT
*
36546 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
121 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * ** *
36594 TTTAAAGGAATGAGG-GAC-ACTAAATGGAGTTTTCCTATCAATGAATGCCTTGTTCTTCATGTT
1 TTTGAAGGAATG-GGTGACTA-TAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGCTT-TTCTTCATGTT
** * * * * *
36657 TCTTGAGGTAGAAATTCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAACA
62 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAA
* *
36722 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAA-GCAT
125 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-T
**
36766 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGGC--TTTTCTTCATGTTT
* * * *
36830 CTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCATTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAATTTAAAAT
63 CTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
36894 CTAGTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAACAAGGTT
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** * * * *
36937 TTTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGATTTTTTTACTCAATGAATAGCTTTCTCTACATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGC-CAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTC
*
37002 CCAAG
64 TCAAG
37007 ACAAGCATAC
Statistics
Matches: 3538, Mismatches: 780, Indels: 400
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 68 0.02
163 51 0.01
164 2 0.00
165 4 0.00
166 6 0.00
167 109 0.03
168 198 0.06
169 208 0.06
170 328 0.09
171 1111 0.31
172 771 0.22
173 247 0.07
174 119 0.03
175 144 0.04
176 78 0.02
177 77 0.02
178 11 0.00
179 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCTC
AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
Found at i:33485 original size:861 final size:854
Alignment explanation
Indices: 32416--33963 Score: 1962
Period size: 861 Copynumber: 1.8 Consensus size: 854
32406 TATGTTTTAG
* * *
32416 CCAAAAATTTAAAAAAAATCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTACAAAACCTTTTGAAGCAAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTACAAAACCTTTTAAAACAAGTA
* ** * ** *
32481 ACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGACACAATAAATGGATTTTTCTTCCCAATTAATGGCTTTTTCTA
66 ACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGACACAATAAATAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTTCTA
* *
32546 CACGTTTCCTGACGCATGCATTCAATTATAGTATATCTTAATGAAAAATGCAAGACAATATAACC
131 CACATTTCCTGACGCAAGCATTCAATTATAGTATATCTTAATGAAAAATGCAAGACAATATAACC
* *
32611 TAAATTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATTGGTG
196 TAAATTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTG
** * * * *
32676 ACTGTAAAT-AGACTTTTTTTACTAATGAATGCCTTCTTCTTCATGTTT-CTCGA-GATAAACAT
261 ACTGTAAATGA-ACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTCTTCTTAACGTTTCCT-GATG-CAAACAT
* * * *
32738 TCAATT-AAAGTCTATTTTAACT-AAAAATGTACAAAGAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGAT
323 TCAATTGAAA-TCTATTTTAA-TGAAAAATATA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
32801 TATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATGGAGTTTT
385 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAAGCTTTCAAAGGAATGAGTAACAATAAATAGACTTTT
* * * *
32866 -TGGGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTCCCCAAGGTAGACA-TTCGATTAGAGCCTTTTTT
449 CT-GGCCAATGAATGCCTTTT-CTTCATATTCCCCAAGGTAGACAGTT-AATTAGA-ACTTTTTT
* * *
32929 AACTAAAAATTTTAAAAAATACAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAG-AGA
510 AACTAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAACTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCA-A
* * *
32993 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAACAG-A-TTTTTCTTGTCAATGAATGTCAT
574 GTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-CACTATAAA-AGAACTTTTT-TT-T-AATGAATGGC-T
*
33055 TTTCTTTAC-GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAA-GAAAAAATGTGAAAAA
633 TTT-TTTACAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAATGAAAAAATGTGAAAAA
33118 ATTCAATTTATATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCCAAGG
697 ATTCAATTTATATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCCAAGG
33183 CTTCAGTGAGTATAAATGAACATTTCATGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCTCCACAAG
762 CTTCAGTGAGTATAAATGAACATTTCATGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCTCCACAAG
33248 GCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAAA
827 GCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAAA
* * * **
33276 CCAAAAATGTAAATAAAAATGAATTTAAAA-CAAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAATGAG
1 CCAAAAATGTAAA-AAAAATCAATTTAAAATC-AAGTATGAGATTACAAAACCTTTTAAAACAAG
* *
33340 TAACAAGGTTTTTGAAGGAATAG-GAGACAATAAATAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTT
64 TAACAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGACACAATAAATAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTT
* * * * * *
33404 CTTCACATTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGT-TGTAATGAGAAATGTAAGACAAT-T
128 CTACACATTTCCTGACGCAAGCATTCAATTATAGTATATCT-TAATGAAAAATGCAAGACAATAT
* *
33467 CAACCTAAAATT-AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAA
192 -AACCT-AAATTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAA
*
33531 TGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCCTGATGCAAA
255 TGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTCTTCTTAACGTTTCCTGATGCAAA
* * * *
33596 CATTCAATTGTAATTTGTTTTGATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
320 CATTCAATTGAAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
33661 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTC
385 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGAATGAGTAACAATAAATAGACTTTTC
* * * * * * * * *
33726 TTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTTAATTATAATTTTTTTAAGTA
450 TGGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATATTCCCCAAGGTAGACAGTTAATTAGAACTTTTTTAACTA
* ** * * * *
33791 AAAATATAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACA
515 AAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAACTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACA
* * *
33856 AGGCTTTTGAGGGAATGGGACACTATAAATGAACTTTTTTTTATTGAATGGCTTTTTTTACATGT
580 AGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAAAGAACTTTTTTTTAATGAATGGCTTTTTTTACA-GT
* * *
33921 TTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
644 TTCCCAAGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAATGAAAAA
33964 TGTAAGGCAA
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 86, Indels: 44
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
853 5 0.01
854 4 0.01
855 42 0.07
856 8 0.01
857 88 0.15
858 32 0.05
859 49 0.08
860 68 0.12
861 274 0.47
862 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (854 bp):
CCAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTACAAAACCTTTTAAAACAAGTA
ACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGACACAATAAATAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTTCTA
CACATTTCCTGACGCAAGCATTCAATTATAGTATATCTTAATGAAAAATGCAAGACAATATAACC
TAAATTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTG
ACTGTAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTCTTCTTAACGTTTCCTGATGCAAACATTCA
ATTGAAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGAATGAGTAACAATAAATAGACTTTTCTGGCCA
ATGAATGCCTTTTCTTCATATTCCCCAAGGTAGACAGTTAATTAGAACTTTTTTAACTAAAAATA
TAAAAAAATACAACTTAAAATCAACTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGACACTATAAAAGAACTTTTTTTTAATGAATGGCTTTTTTTACAGTTTCCCAA
GGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAATGAAAAAATGTGAAAAAATTCAATTTATATTCAATT
ATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGAGTATAAATGA
ACATTTCATGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCTCCACAAGGCAGACATTCAATTATAGC
CTTTTTAAA
Found at i:33500 original size:346 final size:342
Alignment explanation
Indices: 32869--33862 Score: 796
Period size: 346 Copynumber: 2.9 Consensus size: 342
32859 GAGTTTTTGG
* * * * *
32869 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTCCCCAAGGTAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTA
1 GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTAGAGCCTTTTTAAACCA
** * *
32934 AAAATTTTAAAAAATACAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
66 AAAATTAAAAAAAATACAACTTAAAATCAAATTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAACA
* ** *** * * *
32999 AGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAACAGATTTTTCTTGTCAATGAATGTCATTTTCTTTAC
131 AGGCTTTTGAAGGAATGGATGACAATAAACAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTTCTTCAC
* * * * * *
33064 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAAGAAAAAATGTGAAAAAATTCAATTTAT
196 ATTTCTCAAGGCAAACATTCAATGATAATCTGTTGTAAGAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTAAA
* * * *
33129 ATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGAGT
261 ATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGAGT
33194 ATAAATGAACATTTCAT
326 ATAAATGAACATTTCAT
*
33211 GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCTCCACAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAAA
1 GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATT-C-CC-CAAGGCAGACATTCAATTAGAGCCTTTTTAAA
* * * *
33276 CCAAAAATGTAAATAAAAAT-GAATTTAAAA-CAAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAA-ATG
63 CCAAAAAT-TAAA-AAAAATACAACTTAAAATCAAATT-TGAGACTATAAAACCATTTAAAGA-G
* *
33338 AGTAACAAGGTTTTTGAAGGAATAGGA-GACAATAAATAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATT
124 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACAATAAACAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATT
* * * * * *
33402 TTCTTCACATTTC-CTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTGTAATG-AGAAATGT-AAGACA
188 TTCTTCACATTTCTC-AAGGCAAACATTCAATGATAATCTGTTGTAA-GAAAAAATGTGAA-AAA
* * **
33464 ATTCAACCTAAAATT-AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAG
250 ATTCAA-CTAAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAG
** ** * * * *
33528 GAATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCCT
314 GCTTCAGTGAGTATAAATGAACATTTCAT
* * * * ** * ** * * ** ** *
33557 ACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCCTGATGCAAACATTCAATT-GTA-ATTTGTTTTGAT
1 GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTAG-AGCCTT-TTTAAAC
* ** * *
33620 GAAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
64 CAAAAATTA-AAAAAAATACAACTTAAAATCAAATT-TGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAGT
* ** * * * ** * * *
33683 AATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTT
127 AACAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACAATAAACAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTTCT
** * * * * * * * * *
33747 TCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTT-AATTATAAT-TTTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATTCAG
192 TCACATTTCTCAAGGCAAACA-TTCAATGATAATCTGTTGTAAGAAAAAATGTGAAAAAATTCA-
** * * * *
33810 TTTAAAA-TCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCTTT
255 ACTAAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
33863 TGAGGGAATG
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 105, Indels: 52
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 62 0.12
341 41 0.08
342 114 0.22
343 26 0.05
344 4 0.01
345 44 0.08
346 214 0.41
347 15 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCCCAAGGCAGACATTCAATTAGAGCCTTTTTAAACCA
AAAATTAAAAAAAATACAACTTAAAATCAAATTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAACA
AGGCTTTTGAAGGAATGGATGACAATAAACAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTTCTTCAC
ATTTCTCAAGGCAAACATTCAATGATAATCTGTTGTAAGAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTAAA
ATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGAGT
ATAAATGAACATTTCAT
Found at i:34801 original size:343 final size:336
Alignment explanation
Indices: 32426--37006 Score: 2749
Period size: 343 Copynumber: 13.4 Consensus size: 336
32416 CCAAAAATTT
* * * * * * * *
32426 AAAAAAAATCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTACAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * * * *
32491 TGAAGGAATGTGACACAATAAATGGATTTTTCTTCCCAATTAATGGCTTTTTCTACACGTTTC-C
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * ** * * * * ** * * * * *
32555 TGACGCATGCATTCAATTATAGTATATCTTAATGAAAAATGCAAGACAATAT-AACCTAAATTCA
131 -AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCA
* * * ** * * *
32619 GTTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATTGGTGACTGTAAA
194 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
32684 TAGACTTTTTTTACTAATGAATGCCTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTAAAGT
259 TGGAC--TTTTTAC-AATGAATGGCTT-TTCTTCACGTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAGT
* *
32749 CTATTTTAACTAAAAATGTA-
319 CT-TTTTTA-TGAAAAT-TAG
* * * * * * * *
32769 CAAAGAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTT
* * * * * * * * * *
32834 TTAAAGGAATGAGTAACTATAAATGGAGTTTT-TGGGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTCC
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * ** * * * * *
32898 CCAAGGTAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATACAACTTAAAATCA
129 TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
32963 ACTT-TGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAA
194 A-TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
** * * * * * * *
33027 ACAGATTTTTCTTGTCAATGAATGTCATTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATGATAA
258 ATGGA-CTTT-TT-ACAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAG
* *
33092 TCTGTTTTAAGAAAAAATGT-G
318 TCTTTTTTATG--AAAAT-TAG
* * * * * * * *
33113 -AAAAAATTCAATTTATATTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** ** ** * * * * * * *
33177 CCAAGGCTTCAGTGAGTATAAATGAACATTTCATGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATATTCCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT--T-
* * * ** * * *
33242 CACAAGGCAGACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAATAAAAATGAATTTAAAA
128 CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
33306 -CAAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAATGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGAATAGGAGACA
191 TC-AATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * *
33369 ATAAATAGACATTTCTACCCAACGAATGGCATTTTCTTCACATTTCCTGAGGCAAGCATTCAATT
254 ATAAATGGAC-TTTTTA--CAATGAATGGC-TTTTCTTCAC-GTTCCTAAGGTAAACATTCAATT
* *
33434 ATAGTCTGTTGTAATGAGAAA-T-G
314 ATAGTCT-TTTTTATGA-AAATTAG
* * * * * * *
33457 TAAGACAATTCAACCTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
33522 TTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTC-
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * ** * *
33586 CTGATGCAAACATTCAATTGTAATTTGTTTTGATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
130 C-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * ** *
33651 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACAATAAA
194 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * * *
33716 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTT-AATTATAAT
259 TGGAC-TTT-TT-ACAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAAACA-TTCAATTATAGT
* * *
33780 -TTTTTTAAGTAAAAATAT
319 CTTTTTTATG-AAAATTAG
** * * * * *
33798 AAAAAAATTCAGTTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCAAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * ** * * *
33863 TGAGGGAATGGGACACTATAAATGAACTTTT-TT-TTATTGAATGGCTTTTT-TTACATGTTTCC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATGTTTCT
* * ** *** * * *
33925 CAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAGGCAATCCAACCTAAAATCAG
130 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * *
33990 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGGAA-GAATGGGTAACTATAAA
195 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAA
** * * * * * * * * *
34054 ---A-TCAGTT---ATGAGTGCCTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATCAAAGTCT
259 TGGACT-TTTTACAATGAATGGC-TTTTCTTCACG-TTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
* **
34112 GTTTTAACAAAAAATGTA-
321 -TTTTTA-TGAAAAT-TAG
* * * * * *
34130 CAAAGAATTCAACTTCAAATCACATT-TGAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
34193 TTGAAGGAATGGGTGAATATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAA--CCTTATTT-TT-ATGTTTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTC
* * *
34254 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AATTTAAAATC
129 TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * **
34318 AAGTATGAGATTATAAAACCT-TTTGAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATA
193 AATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
** * ** * * * *** *
34382 AATGGACTTATCTCCCAATTAATGGCTTTTTCCACACGTTTACTGATGCT-GGTATTTAATTATA
257 AATGGACTT-T-TTACAATGAATGGC-TTTTCTTCACG-TTCCT-AAGGTAAACATTCAA-T-TA
34446 TAGTCTTTTTTTATGAAAATTAG
315 TAGTC-TTTTTTATGAAAATTAG
*
34469 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
34534 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
** * * *
34599 AAGGTAAACATTTGATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAA
131 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
34664 TTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATATA
195 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * *
34729 TGGAGTTTTTGAGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGGTAAACATTCAATTAGAGC
259 TGGACTTTTT-A-C-AATGAATGGCTTTT-CTTCACGTT-CCTAAGGTAAACATTCAATTATAGT
*
34794 CTTTTTTAACTAAAAATCT--
319 CTTTTTT-A-TGAAAAT-TAG
* * ** *
34813 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAGCTT-TAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-T
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
34876 TTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
** * * * * * *
34941 TGAGGCAAACATTCAATTAGAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
130 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * ** **
35006 TTATTAGTTTATGAAACTATTTAAAGTAAGTAATAGGGCTTTTCAAGGCTTCAGTGACTATAAAT
195 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
35071 GAACTTTTTTTTGACAATGGATGGCTTTTGATTCATGTTCCTCCCCAAGGCAAACATTAAATTAT
260 GGAC---TTTTT-ACAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTCCT----AAGGTAAACATTCAATTAT
* * **
35136 AGCCTTTTTACACCAAAAATGTA-
316 AGTCTTTTT-TA-TGAAAAT-TAG
* * * * *
35159 AAAAAAATTAAAGTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTC-AATAACAAGGCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * * *
35222 TTTGAAGAAACGAGAGACTATGAATAGA-TATTTTTTCCCAATGAATG-ATTTTTTTTACATGTT
64 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CATGTT
* * ** *** * * * * ** * * *
35285 TTTAAAGACAGGTATTGAATGATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAGACAA-TCTAACCTAAAA
127 TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAA
* *
35349 TCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
191 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * ** ** * *
35414 AAATGGACTTTTTTCACTAATGAATGTCTTTTTCTTTATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAA
256 AAATGGAC-TTTTT-AC-AATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTAT
* *
35479 AGTCTGTTTTAAGCCAAAATGTA-
316 AGTCTTTTTTATG--AAAAT-TAG
* * * *
35502 CAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
* * * ***
35566 TTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCATTTTCTTCGCATTTCT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * ** * ** *
35631 TAAGATAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAGCAAA-TCAATTTAAAATCAA
130 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * **
35695 GTATGAGATTATAAAACTTTTTGAAACG-G-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTATAA
195 TTATGAGATTATAAAACTATTT-AAA-GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * * *
35758 ATGAACTTTTCTTCCTAATGAATGGCTTTT-AT-ATGTTTCTCAAGGTAAGCAATCAATTATAAT
258 ATGGAC-TTT-TTAC-AATGAATGGCTTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAGT
* *
35821 CTATTTTGATGAAAAAT-G
319 CT-TTTTTATGAAAATTAG
* *
35839 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCAT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
35904 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGGTTCT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
** ** * * * *
35969 TGAGGTGGACATTC-ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCA
130 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATC-
* * *
36033 AATT-TGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
193 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * * *
36097 AATGGAGTTTTCACATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTAGACATTCGATTACA
257 AATGGACTTTT--TA-CAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTT-CCTAAGGTAAACATTCAATTATA
* * *
36162 GCCTTTTCTAACT-AAAAAT-G
317 GTCTTTT-TTA-TGAAAATTAG
* * * * * * * * * *
36182 TAAAACAATTCAGCTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAATCATTTGAAGCAAGTAATAGGGCTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** ** * * * * * *
36247 TCT-AAGGCTTCAGCGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTACTTTATGTTTC
65 T-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TT-
* * * * * *
36311 TCTCTAAGGCAGACATTCAATTAT-ATCCT-TTTTAAACTAAAAATATAAAAAAAAATTTTAATT
127 TCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAAT-CTGTTTT-AACCAAAAATGT--AAAAAAA-TTCAACT
* * * * * * *
36374 TAAAACCAATTATAAGATTGTAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGA
186 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * *
36438 GACTATAAATGGACATTTCTTTCTAATGAATGGGCTTTT-TTACACATTTTCTAAGGCAAGCATT
250 GACTATAAATGGAC-TTT-TTAC-AATGAAT-GGCTTTTCTT-CAC-GTTCCTAAGGTAAACATT
* *
36502 CAATTATAGTCTATTTTAATGAAAA-GAG
309 CAATTATAGTCT-TTTTTATGAAAATTAG
* * * *
36530 TAAGACAATCCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * ** *
36595 TTAAAGGAATGAGG-GAC-ACTAAATGGAGTTTTCCTATCAATGAATGCCTTGTTCTTCATGTTT
65 TTGAAGGAATG-GGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
** * * *
36658 CTTGAGGTAGAA-ATTCAATTA-AAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAC
128 CTCAAGGTA-AACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAA
* * *
36721 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGGTGACT
190 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACT
** * * *
36785 ATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
254 ATAAATGGAC-TTT-TT-ACAATGAATGGC--TTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAAACATTCAAT
* ** *
36849 TATTA-TCATTTTTAACCAAAAAT-G
313 TA-TAGTC-TTTTTTATGAAAATTAG
* * * * * * * * * * * *
36873 TAAAAACATTTAATTTAAAATCTAGTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAACAAGGTTT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * *
36938 TTGAAGGAATGGGACACTATAAATGGA-TTTTTTTACTCAATGAATAG-CTTTCTCTACATGTTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTT
*
37001 CCCAAG
128 CTCAAG
37007 ACAAGCATAC
Statistics
Matches: 3304, Mismatches: 752, Indels: 364
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 13 0.00
330 127 0.04
331 43 0.01
332 59 0.02
333 14 0.00
334 1 0.00
335 2 0.00
337 30 0.01
338 286 0.09
339 133 0.04
340 194 0.06
341 63 0.02
342 321 0.10
343 783 0.24
344 340 0.10
345 170 0.05
346 322 0.10
347 181 0.05
348 164 0.05
349 56 0.02
350 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
GACTTTTTACAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTT
ATGAAAATTAG
Found at i:35359 original size:861 final size:841
Alignment explanation
Indices: 32746--36961 Score: 2666
Period size: 861 Copynumber: 4.9 Consensus size: 841
32736 ATTCAATTAA
* * *
32746 AGTCTATTTTAACT-AAAAATGTACAAAGAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACC
1 AGTCTATTTTAA-TGAAAAATGTA-AAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
32810 TTTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATGGAGTTTT-TGGGCCAA
63 ATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAA
* * * * * ** * ** * *
32874 TGGATGGC-TTTTGCTTCATATTCCCCAAGGTAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAA
126 TGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * * * * * * *
32938 TTTTAAAA-AATACAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
190 TATAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAG
* ** * * * *
33002 CTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAACAGATTTTTCTTGTCAATGAATGTCATTTTCTTTACGTT
255 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTT-TTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACATT
* * * * * * * *
33067 -TCTCAAGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAAGAAAAAATGTGAA-AAAATTCAATTTATA
317 CCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAATAT-AAGAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * ** ** * *
33130 TTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCA-ATTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGAGT
379 ATCAGTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTT-GAA-GAATGGGTAACT
* * * ** * ** * *
33194 ATAAATGAACATTTCATGCCAATGAATGGCTTTTGCTT-CATATTCCTCCACAAGGCAGACATTC
440 ATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTACGT-TT-CT---TGAGGTAAACATTC
* * * * * * *
33258 AATTATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAATAAAAATGAATTTAAAACAAATTATGAGATTAT
499 AATTAAAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGT-AA-AAAATTCAACTTAAATC-AATTATGAGATTAT
* * * * * * * * *
33322 AAAACCT-TTTAAAATGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATAGACATTTCTA
560 -AAA-CTATTTAAAGTAAGTAA-TAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TT
*** * * ** ** * * ** * *
33386 CCCAACGAATG-GCATT-TTCTTCACATTTCCTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTGTAAT
620 CTTGAC-AATGAACCTTATT-TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTAAATTATAACCTGTTTTAAC
* * * * ** * *
33449 GAGAAATGT-AAGACAATTCAACCTAAAAT-TAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAG
683 CAAAAATGTAAAAAAAATT-AAGTTAAAATCAAG-TATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAA-
* * * * * ** * * * *
33511 TGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAAT-GAACTTTTCCTACCAATGAATGCCTTTTT
745 TAACAAGGCTTTTGAAGAAACGAGACACTATAAATAGAA-TTAT-CTCCCAATGAATGACTTTTT
* * * * *** *
33575 CTTA-ACGTTTCCTGATGCAAACATTCAATT-G-T
808 C-CACACGTTTACTAAAGCAGGTATTGAATTAGAT
* * * * *
33607 AATTTGTTTTGATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 AGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* ** *
33672 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
65 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * **
33737 TGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTTAATTATAAT-TTTTTTAAGTAAAAATATAA
130 TGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
** * * * ** * *
33800 AAA-AATTCAGTTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCT-TTTGAAGCAAGTAACAAGGCTTT
195 AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT
* ** * * * * *
33863 TGAGGGAATGGGACACTATAAATGAACTTTTTTTTATTGAATGGCTTTT-TTTACATGTTTCCC-
259 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCACA---TTCCCT
* * * ** * *
33926 AAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAGGCAATCCAACCTAAAATCAGT
321 AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGT
*
33991 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGTTTTTGGAAGAATGGGTAACTATAAA-
385 T-TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGG-CTTT-GAAGAATGGGTAACTATAAAT
* ** * * * *
34054 -A----TC-AG-TTATGAGTGCCTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATCAAAGTCT
446 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTT-ACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAGTCT
* *
34112 GTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTCAAATCACATT-TGAAATTATAAAATCATTTA
510 GTTTTAACAAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTT-AAATCA-ATTATGAGATTATAAACT-ATTTA
* * * * *
34176 AAGTGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAGTGGAC-TTTTCTTGCCAATGAACCT
570 AAGTAAGTAATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGACAATGAACCT
* * * * * * *
34240 TATTTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
635 TATTTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTAAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
* * ** *
34305 TTAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTGAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAA
700 TTAAGTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTTGAAGAAA
* * * * * * * *
34370 TGAGACACTATAAATGGACTTATCTCCCAATTAATGGCTTTTTCCACACGTTTACTGATGCTGGT
765 CGAGACACTATAAATAGAATTATCTCCCAATGAATGACTTTTTCCACACGTTTACTAAAGCAGGT
* *
34435 ATTTAATTATAT
830 ATTGAATTAGAT
* * *
34447 AGTCTTTTTTTATGAAAATTAG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 AGTCTATTTTAATGAAAAAT-GTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
34511 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
64 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
* *
34576 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTGATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
129 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
* * *
34641 AAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTT
194 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAAGCTT
* * * *
34706 TTGAAGGAATGGGTGACTATATATGGAGTTTTTGAGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCC
258 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTG-TC-AATGAATGGCTTTT-CTTCACATTCCC
* * * * *
34771 TAAGGTAAACATTCAATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAG
320 TAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAG
* ** * *
34836 CTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATG
384 -TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAG-AATGGGTAACTATAAAT-
* * *
34901 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTAGAGTTT
446 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAGTCT
* * *
34966 GTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACTATTTAAA
510 GTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT-AAACTATTTAAA
* ** ** * * **
35031 GTAAGTAATAGGGCTTTTCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTTGACAATGGATGGC
572 GTAAGTAATA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGACAAT-GA-ACC
*
35096 TT-TTGATTCATGTTCCTCCCCAAGGCAAACATTAAATTATAGCCT-TTTTACACCAAAAATGTA
634 TTATT--TTCATGTT--T-CCCAAGGCAAACATTAAATTATAACCTGTTTTA-ACCAAAAATGTA
*
35159 AAAAAAATTAAAGTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTC-AATAACAAGGCT
693 AAAAAAATT-AAGTTAAAATC-AAGTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAG-CGAATAACAAGGCT
* * * * * ** *
35222 TTTGAAGAAACGAGAGACTATGAATAGATATTTTTTCCCAATGAATGATTTTTTTTACATGTTT-
755 TTTGAAGAAACGAGACACTATAAATAGA-ATTATCTCCCAATGAATGACTTTTTCCACACGTTTA
*
35286 TTAAAGACAGGTATTGAA-T-GAT
819 CTAAAG-CAGGTATTGAATTAGAT
* * * * *
35308 AGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAGACAATCTAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTAT
1 AGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* *
35373 TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-CACTAATG
65 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-C-AATG
* * * *
35436 AATG-TCTTTTTCTTTATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA-AAGTCTGTTTTAAGCC-AAAA
128 AATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAA-TCTGTTTTAA-CCAAAAA
* * *
35498 TGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAG
190 TATAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAG
* * *
35562 CTTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCATTTTCTTCGCAT
255 C-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACAT
* * * * * * *
35627 TTCTTAAGATAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAGCAAA-TCAATTTAAAA
316 TCCCTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTT-AATAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAA
* **
35691 TCAAGTATGAGATTATAAAACTTTTTGAAACG-G-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-ACAC
380 TC-AGTTTGAGATTATAAAACCATTT-AAA-GAGAGTAATAAGGC-TTTGAA-GAATGGGTA-AC
* * * ** * *
35753 TATAAATGAACTTTTCTT-CCTAATGAATGGC--TTTTATATGTTTCTCAAGGTAAGCAATCAAT
439 TATAAATG-ACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAT
* * **
35815 TATAA-TCTATTTTGATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
502 TA-AAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT-AAA
* * * *
35879 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCA
563 CTATTTAAAGTAAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGACA
* * * * *** *** * ** *
35943 ATGAATGCGTTTTTCTTCACGGTTCTTGAGGTGGACATT-CATTATAATATGTTTTAACTAAAAA
627 ATGAA--CCTTATT-TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTAAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAA
* * * * * * * * * * *
36007 TGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAAATTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAA
689 TGTAAAAAAAATT-AAGTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAATAA-CAAG
* * * ** * * * * * * * * ** *
36072 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCACATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
752 GCTTTTGAAGAAACGAGACACTATAAATAGAATTATCTC-CCAATGAATGACTTTTTCCACACGT
** * * * ** *
36137 TCCCCAAGGTAGACATTCG-ATT--AC
816 TTACTAAAGCAGGTATT-GAATTAGAT
* * * * * * * *
36161 AGCCT-TTTCTAACT-AAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAATC
1 AGTCTATTT-TAA-TGAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * ** ** * * *
36224 ATTTGAAGCAAGTAATAGGGCTTTCT-AAGGCTTCAGCGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT
63 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
36288 GGATGGC-TTTTACTTTATGTTTCTCTCTAAGGCAGACATTCAATTAT-ATCCT-TTTTAAACTA
127 GAAT-GCTTTTTTCTTCATG-TT-TCTC-AAGGTAGACATTTAATTATAAT-CTGTTTT-AACCA
* * * * * * * *
36350 AAAATATAAAAAAAAATTTTAATTTAAAACCAATTATAAGATTGTAAAACCT-TTTAAAGCGAGT
186 AAAATAT-AAAAAGAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGT
* * * *
36414 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACATTTCTT-TCTAATGAATGGGCTTTT-
248 AATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGTC-AATGAAT-GGCTTTTC
** * * * * * *
36477 TTACACATTTTCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAGAGTAAGACAATCCA
309 TT-CACATTCCCTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAATA-TAAGAAAATTCA
* * * *
36542 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA
372 ACTTAAAATCAGTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTGAA-GAATG-
* * * ** * * *
36607 GG-GAC-ACTAAATGGAGTTTTCCTATCAATGAATGCCTTGTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAA
433 GGTAACTA-TAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTTTTACGTTTCTTGAGGTA-AA
* * *
36670 -ATTCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAACATCAATTTTGAGA
494 CATTCAATTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAA-ATCAATTATGAGA
* * * *
36734 TTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGCATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT
556 TTAT-AAACTATTTAAAGTAAGTAATAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * * * * *
36798 TCTTGTTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCAT-TTTT
619 TCTTGACAATGAA--CCTTATT-TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTAAATTA-TAACCTGTTTT
* * * * * * * *
36862 AACCAAAAATGTAAAAACATTTAATTTAAAATCTAGTATAAGACTATAAAA-CTATTTAAAGTGG
680 AACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAGTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGA
* * * * *
36926 GTAACAAGGTTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAAT
744 ATAACAAGGCTTTTGAAGAAACGAGACACTATAAAT
36962 GGATTTTTTT
Statistics
Matches: 2678, Mismatches: 525, Indels: 303
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
837 1 0.00
838 42 0.02
839 112 0.04
840 140 0.05
841 31 0.01
842 54 0.02
843 97 0.04
844 48 0.02
845 23 0.01
846 109 0.04
847 6 0.00
848 10 0.00
852 80 0.03
853 212 0.08
854 106 0.04
855 131 0.05
856 61 0.02
857 222 0.08
858 171 0.06
859 170 0.06
860 192 0.07
861 286 0.11
862 154 0.06
863 189 0.07
864 27 0.01
865 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (841 bp):
AGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
AAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCACATTCCCTAAGGT
AAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGTTTGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAGAATGGGTAACTATAAATGACTTTTCTT
GCCAATGAATGCCTTTTTTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAACAAA
AAATGTAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAACTATTTAAAGTAAGTAATAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTTGACAATGAACCTTATTTTCATGTTTCCC
AAGGCAAACATTAAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAGTTAAAATCAAG
TATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTTGAAGAAACGAGACACTATAAATA
GAATTATCTCCCAATGAATGACTTTTTCCACACGTTTACTAAAGCAGGTATTGAATTAGAT
Found at i:37657 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 37216--37658 Score: 437
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 168
37206 TCTCGAGGTG
*
37216 AAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-A-TTAAACTTAAAATCAATTTT-A
* * * * * *
37281 AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGT
63 GATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAA-AAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGT
* * * *
37346 TTTTGAGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGCA
126 TTTTGACCCAATGAAAGCCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGCA
* * * * * * *
37389 AAAATTCGATTAGAGCCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAATTAACTTTGAG
1 AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTTTAG
* * * *
37453 ACTATAAAACTATTTGAAAAGC-GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTT
64 ATTATAAAACCATTT--AAAGCAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGA-GT
* *
37517 TTTTG-CCCAATGAAAGCCTTTTTCTTTACAT-TTCCC-AAGGTA
126 TTTTGACCCAATGAAAGCCTTTTGC-TT-CATGTTCCCTAAGGCA
* * * * *
37559 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAGTGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAG
1 AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTAG
* *
37624 TTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAAAAAGGCTTT
37659 CTTAAGCTTC
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 41, Indels: 24
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 64 0.29
171 103 0.47
172 23 0.11
173 23 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTTTTG
ACCCAATGAAAGCCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGCA
Found at i:37886 original size:346 final size:343
Alignment explanation
Indices: 37219--37896 Score: 744
Period size: 346 Copynumber: 2.0 Consensus size: 343
37209 CGAGGTGAAA
37219 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAAAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAAAT
** ** * *
37284 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATCAGTCACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
37349 TGAGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGCAAAAATTCGATTAGAGCCTTTTTAAC
131 CGAGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCATCTTCCCTAAGGCAAAAATTCAATTAAAGCCTTTTAAAC
* * * * *
37414 TAAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAATTAACTTTGAGACTATAAAACTATTTGAAAAGCGTAA
196 CAAAAATGTAAAAAAATATAACATAAAACTAACTTTAAGACTATAAAACTATTTGAAAAGAGTAA
* * * **
37479 TAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTGCCCAATGAAAGCCTTTTTCTTT
261 CAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTTTGCCCAATGAAAGCCTTTTTCTAC
37544 ACATTTCCCAAGGTAGAC
326 ACATTTCCCAAGGTAGAC
* * * * *
37562 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAGTGTGAAAAA-A-TTCAACTTAAAGTCAATTATT-AG
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATT-TTGAA
* * * * **
37624 TTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAA-AAAGGCTTTCTTAA-GCTTCAGTCACTATAAATGGACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAAGCTTT-TGAAGGAATCAGTCACTATAAATGGACT
* * * * * * *
37687 TTTCGTGCTAATGGATGGCTTTTGTTTGACATTCTTCCCTAAGGCAGACATTTAATTATAATCCT
128 TTTCGAGCTAATGAATGGCTTTTGCTT--CA-TCTTCCCTAAGGCAAAAATTCAATTA-AAGCCT
** *
37752 TTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATATAATTTAAAACTAA-TTATAAGATTATAAAATCT-TTT-
189 TTTAAACCAAAAATGT-AAAAAAATATAACATAAAACTAACTT-TAAGACTATAAAA-CTATTTG
* * * * * *
37814 AAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGA-TATTTTTTCCTAATGAAT
251 AAA-AGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACT-TTTTTGCCCAATGAAA
*
37878 GGCTTTTTCTACACATTTC
314 GCCTTTTTCTACACATTTC
37897 TTGAGGCAGG
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 49, Indels: 21
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 48 0.18
342 42 0.15
343 35 0.13
344 26 0.09
345 24 0.09
346 97 0.35
347 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAAAT
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATCAGTCACTATAAATGGACTTTT
CGAGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCATCTTCCCTAAGGCAAAAATTCAATTAAAGCCTTTTAAAC
CAAAAATGTAAAAAAATATAACATAAAACTAACTTTAAGACTATAAAACTATTTGAAAAGAGTAA
CAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTTTGCCCAATGAAAGCCTTTTTCTAC
ACATTTCCCAAGGTAGAC
Found at i:38870 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38468--42622 Score: 1982
Period size: 171 Copynumber: 24.3 Consensus size: 171
38458 NNNNNNNNNN
* ** * *
38468 ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * * *
38533 ATAATATATTTTAA-TCAAAAATGT-AAAAGAGTCAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAG
66 ATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAA
* * * *
38596 CCATTTGAAGGGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACC
129 CCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *** * * * * ** **
38640 ATAAATGGAGTTTTCGCACCAATGGATGGCTTTTGCTTTACG-TTCGTCAAGGTAGACATTTGAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC-TTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
38704 TAGAGCCAT-TTTTAACTAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAA
65 TATAGTC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAA
* **
38768 CCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACT
129 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
*
38811 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
38876 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAGTCAA-TTATTAGTTTATGAAAC
66 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAAC
* * ** ** *
38940 CATTTAAAGCA-TGTAATAAGGCTTTTTAAGGCTTCAGTCACT
130 CATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * * * * * *
38982 ATAAATGGACTTTTCGTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTGACGTTCCTCCCTAAGGCAGACATTTA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTT--T-CTTGAGGTAGACATTCA
* * * * *
39047 ATTATAGCCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAAT-AATTTAAAA-CTACTTATGAGATTATA
63 ATTATAGTCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATA
** * * ** *
39109 AAACGTTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACT
126 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * ** * * *** *
39155 ATAAATAGACATTTT-TTCCCAATGAATGGTTTTTTCTGTATGTTACCCAAGGCA-AGCATTCAA
1 ATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAA
* * * * * *
39218 TTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAGACAATCCAACATAAAATC-AGTTATGAGATTATAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAA
* * *
39281 AACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTGACT
127 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
39326 GTAAATGAACTTTTGC-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATG-TTCTTGAGGTAGATATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * *
39389 TAAAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
65 TATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAA
* ** * *
39454 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGTATTTTCAAGGAACGGGTGACT
129 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * *
39497 ATAAATGGACTTTTCTTACCAGTGAATGCCTTCTTCTTCT-TGTTTCTCGAAGTAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
39561 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA
65 TATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAA
* * * *** **
39625 CTATTTGAAGCAG-TTGGCAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACAAC-
129 CCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACT
* * ** * * *
39668 ATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATTAATGGCC-TTTTCTACACGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * *
39731 TTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATATATAAAAATTCAA-TTTAAATCAA-TTATGAGATTATAAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAA
* * * * *
39794 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGATGACT
128 ACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * *
39838 ATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTGGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
39903 AT-GATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAGTCAAACTTAAAATCAAATTTGAAATTATAAAA
66 ATAG-TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAA
* * *
39967 CCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT
129 CCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * * * * * *
40011 ATAAATGGAGTTTT-TGCGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGCAAACATTCGA
1 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * * *
40074 TTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTTTGAGACTATAAAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAA
* * * * *
40139 CCAATCAAAGAAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
129 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
*
40182 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC-TGATGGTCA-ACATTGAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGA-GGT-AGACATTCAA
* * * * * * * *
40245 TTACAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAA-TTATTAGTTTATGAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAA
* * * ** **
40309 ACCATTT-AAG-CAGTAAGATA-GCTTTCTAAAGGCTTCAGTGACT
128 ACCATTTAAAGAGAGTAATA-AGGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACT
** * * * * * * * ***
40352 CATAAATGGACTATTTAGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAGGGTTCCT-CCCT----A-TC
1 -ATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT--TATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
* * *
40411 AATTATAG-CTTTTTTAAACCAAAAATGTGAAAAAAATTC-ACTTTAAAACCAA-TTATGAGATT
62 AATTATAGTCTGTTTT-AACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAACTT-TGAGATT
* * * *
40473 AAAAAACCTTTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACA
123 ATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * ** * * *
40522 ATAAATGGATTTTTCTTACCAAT-ACATGCCTTTTTCTTTACATTTC-TCATGGTAAATATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAA
* * * * * * * * * *
40585 CTATAGTCTGCTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAGTCAA-TTGTTAGTTTATGAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAA
** ** *
40649 ACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCGGTGACT
128 ACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** * * * *** *
40693 ATAAATGG--GTGGCTT-----T---TG-C---TTCATGT-TCTTCCCCAAGGCAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC-TTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
40743 TATAG-CTTTTTTAAACCCAAAAA-GGAAAAAAATT-AATTTAAAACCAA-TTATGAGATTATAA
65 TATAGTCTGTTTT-AA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAA
* * * *
40804 AACCTTTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT
127 AACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * ** * * *
40849 ATAAATGG-GTATTTCTTCCCAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCTTGGGGCA-AGCATTCAA
1 ATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAA
* * * ***********
40912 TTATAGTCTGTTTTGA-TGAAAAATGTAAAACAATTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 TTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAA-AAATTCA---------------ACTTAAAATCA
************************* * *
40976 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACT
112 ACTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * **
41036 ATAAATGGACTTTT-TCTGCTAAAGAAT-CCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * *
41099 TTAAAGTCTGTTTCAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAA-TTGTGAGATTATAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAA
* ******************
41163 AACCATTTAAAGTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGTGACT
127 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
41208 ATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * * *
41273 ATAATCTGTTTTAACCAACAATGTAAAAAAGTTTAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACC
66 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACC
* * * **
41338 ATTTAAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGAACG-CT
131 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-GTGACT
* ** * * *
41379 ATAAATGGACTTTTGTT-CTCAATGAATGGCC-TTTTCTACATGTTTCCT-ACGGCAGCCATTCA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGA-GGTAGACATTCA
* * * * *********
41441 ATTATAGTATGTTTTGA-TGAAAAATGTAAACAAATTCAACATAAAATCAA-TTATNNNNNNNNN
63 ATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATA
* * * * * *
41504 NAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGGCT
126 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * ** * * *
41550 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTC-TCATGGTGGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAAT
* * ********* * * *
41614 TATAATCTGTTTTAACCAAAANNNNNNNNNNAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAA
65 TATAGTCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAA
* * *
41679 CCATTTAAAGTA-AGTAATAAAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGATT
129 CCATTTAAAG-AGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * ** * * * ** *
41723 GTAAATGGA-GTTT-TTGCCTCAAT-AGATGGCTTTTGGTTCACGTTCCTCAAGGTAGACATTCG
1 ATAAATGGACTTTTCTTG-C-CAATGA-ATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
* ********* * * * *
41785 ATTAGAG-CNNNNNNNNNNTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTTTGAGACTACAA
63 ATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAA
* * **
41849 AACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACT
127 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
** * * * *
41894 ATAAATTAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTATCGAGGTAGACATTGAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
41959 ATAGTC-GATTTTAA-TCAAAACTGTGAAAAAAGTCAACTTAAAGTCAA-TTATTAGTTTATGAA
66 ATAGTCTG-TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAA
** ** ** **
42021 ACCATTTAAAGCA-AAAAATAAGGCTTTCCAAGGCTTTAGTGACT
128 ACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * *** *
42065 ATAAATAGACTTTT-TATGCCAATGGATG-CTTTTGCATCATG-TTCCCAAGG-CGAACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAA
* * * * *
42126 TTATAGCCT-TGTTAAACCAAAAATAGAAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAA-TTATGAGATTAT
64 TTATAGTCTGT-TTTAACTAAAAAT-G-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTAT
* * * * **
42188 AAAACCTTTTAAAGAGGGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGACACT
125 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * ** * **
42235 ATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTT-TACATATTTCTCAAGGTA-AGCATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAA
* * * * * *
42297 TTATAGTCTATTTTAA-TGACAAATGTAAGACAATTAAACTTAAAATC-AGTTATGAGATTATAA
64 TTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAA
********** * *
42360 ANNNNNNNNNNGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATT
127 AACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** * ** * * *
42405 GTAAATAAACTTTTCCT-ATAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * **********
42469 AAAGTCTGGTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAAC
66 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAAC
* * * *
42534 CATTTAAAGTGAATAATAA-GCATTTTGAAGGAATAGGTCACT
130 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *
42576 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT
42623 CAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 2948, Mismatches: 847, Indels: 376
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
156 69 0.02
157 31 0.01
158 14 0.00
160 1 0.00
161 2 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 6 0.00
167 8 0.00
168 41 0.01
169 125 0.04
170 476 0.16
171 1244 0.42
172 497 0.17
173 270 0.09
174 53 0.02
175 1 0.00
186 2 0.00
187 99 0.03
188 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
ATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
Found at i:40359 original size:856 final size:856
Alignment explanation
Indices: 38468--40882 Score: 1883
Period size: 856 Copynumber: 2.8 Consensus size: 856
38458 NNNNNNNNNN
** * *
38468 ATAAATGAACTTTT-CTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGACATTCAAT
1 ATAAATGAACTTTTGC-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATG-TTCTTGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
38532 TATAA-TATATTTTAA-TCAAAAATGT--AAAAGAGTCAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATA
64 TA-AAGTCTATTTTAACT-AAAAATCTACAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * ** * * * * * * *
38593 AAGCCATTTGAAGGGAGTAATAAAAGCT-TT-TGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGAGTTTTCG
126 AAACCATTTAAAGTCAGT-A-AGAAG-TATTCTAAAGGAACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** * **
38656 CACCAATGGATGGCTT-TTGCTT-TACG-TTCGTC-AAGGTAGACATTTGATTAGAGCCAT-TTT
188 TACCAGTGAATGCCTTCTT-CTTCT-TGTTTC-TCGAA-GTAGACATTCAATTATAATC-TGTTT
* * * * * * * * *
38716 TAACTAAAAATATGAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAACTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAAAG
248 TAACAAAAAATGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTT--GAAG
*** ** ** *
38780 -AG-TAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
310 CAGTTGGCAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACAAC-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
** * * *
38842 TTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAA
374 TTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAA
* * * * * ** *
38907 TTTAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTTTAAGGC
439 TTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTCGAAGGA
* * *
38972 TTCAGTCACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTGACGTTCCTCCCTAAGG
504 TGCAGTCACTATAAATGGACTTTTCGTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTGACGTT-CTCCCTAAGG
* * * *
39037 CAGACATTTAATTATAGCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATAATTTAAAACTACTTATGA
568 CAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATAACTTAAAACAAATTATGA
* ** * *
39102 GATTATAAAACGTTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACAT
633 AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACAT
* * * * * *
39167 TTTTTCCCAATGAATGGTTTTTTCTGTATGTTACCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTT
698 TTTTGCCCAATGAATGGCTTTTGCTGTATGTTACCCAAGGCAAACATTCAATTAGAGCCTATTTT
* * * * * ** * ** *
39232 AATGAAAAATGTAAGACAATCCAACATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAG
763 AATGAAAAATGTAAAAAAATCCAACATAAAATAACTTATGAGACTATAAAACCAATCAAAGAAAA
* *
39297 TAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTGACT
828 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
* *
39326 GTAAATGAACTTTTGCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTCTTGAGGTAGATATTCAATTA
1 ATAAATGAACTTTTGCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
* *
39391 AAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
66 AAGTCTATTTTAACTAAAAATCTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * *
39456 ATTTAAAGTGAGTAATAAGTATTTTCAAGGAACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTG
131 ATTTAAAGTCAGTAAGAAGTATTCTAAAGGAACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTG
39521 AATGCCTTCTTCTTCTTGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
196 AATGCCTTCTTCTTCTTGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
39586 AAAAAAATATAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCAGTTGGCAAGGCTTT
261 AAAAAAATATAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCAGTTGGCAAGGCTTT
*
39651 TGAAGGAATGGGACAACATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATTAATGGCC-TTTTCTACACGTTTC
326 TGAAGGAATGGGACAACATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTACACGTTTC
* * ** *
39714 CTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATAT-ATAAAAATTCAATTTAAA-TC
389 CTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGA-AAAAATTCAACTTAAAGTC
* * *
39777 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGA-TGACTAT
453 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAAGCTTTCGAAGG-ATGCAGTCACTAT
* * * * * **
39840 AAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAT-GCATTTTTCTTTACGTT-TCTC-GAGGTGGACATTCAAT
516 AAATGGACTTTTCGTGCAAATGAATGGC-TTTTGCTTGACGTTCTCCCTAAGGCAGACATTCAAT
* * *
39902 TAT-GATCTGTTTT-AGCCAAAAATGTAAAAAAAGTCAAACTTAAAATCAAATT-TGAAATTATA
580 TATAG-CCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAAT--AACTTAAAA-CAAATTATGAAATTATA
* * * *
39964 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-GTTTTTGC
640 AAACCATTTAAAGTGAGTAA-AAAAGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACATTTTTGC
* *
40028 GCCAAT-AGATGGCTTTTGCT-TCATGTT-CCCTAAGGCAAACATTCGATTAGAGCCTTTTTTAA
704 -CCAATGA-ATGGCTTTTGCTGT-ATGTTACCC-AAGGCAAACATTCAATTAGAGCCTATTTTAA
* *
40090 CT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTT-TGAGACTATAAAACCAATCAAAGAAAA
765 -TGAAAAATGTAAAAAAATCCAACATAAAA-TAACTTATGAGACTATAAAACCAATCAAAGAAAA
40153 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
828 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
* * *
40182 ATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTT-TCTGATGGTCA-ACATTGA
1 ATAAATGAACTTTTGC-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTCT-TGA-GGT-AGACATTCA
* * * *
40244 ATTACAA-TCTGTTTTAACTAAAAATCTA-AAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATT-AGTTTAT
62 ATTA-AAGTCTATTTTAACTAAAAATCTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTAT
* **
40306 GAAACCATTT-AAG-CAGTAAGATAGCT-TTCTAAAGGCTTC-AGTGACTCATAAATGGACTATT
125 AAAACCATTTAAAGTCAGTAAGA-AG-TATTCTAAAGG-AACGAGTGACT-ATAAATGGACT-TT
** * * * * ** * * * * *
40367 TAGTGCCAATGGATGGCTT-TTGCTTCACAGGGTTC-C----T--CCCTATCAATTAT-AGCTTT
185 TCTTACCAGTGAATGCCTTCTT-CTT--CTTGTTTCTCGAAGTAGACAT-TCAATTATAATCTGT
* * * * *
40423 TTTAAACCAAAAATGTGAAAAAAAT-TCACTTTAAAACCAATTATGAGATTAAAAAACCT-TTTA
246 TTT-AACAAAAAATGT-AAAAAAATAT-AATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA-CTATTT-
* *** * * * *
40486 AAATG-AG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACAATAAATGGATTTTTCTTACCAAT-AC
306 GAA-GCAGTTGGCAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACAAC-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-
** * * * * * * *
40547 ATGCCTTTTTCTTTACATTT-CTCATGGTAAATATTCAACTATAGTCTGCTTTAACCAAAAATAT
368 ATGCCTTTTTCTACACGTTTCCTGA-GGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * * * *
40611 GAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTGTTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
432 GAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTT
* * * * * * *
40676 CCAAGGCTTCGGTGACTAT-AA---A----T-G-G-----G--TGGCTTTTGCTTCATGTTCTTC
497 CGAAGGATGCAGTCACTATAAATGGACTTTTCGTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTGACGTTC-TC
* * * * * *
40724 CCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCTTTTTTAAACCCAAAAA-GGAAAAAAATTAATTTAAAACC
561 CCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAAA-CCAAAAATGTAAAAAAAATAACTTAAAACA
* * ** * * *
40788 AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
625 AATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAA
* ** *
40853 ATGGGTATTTCTT-CCCAATGAATGACTTTT
690 ATAGACATTT-TTGCCCAATGAATGGCTTTT
40883 TCTACACGTT
Statistics
Matches: 1271, Mismatches: 211, Indels: 170
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
838 61 0.05
839 41 0.03
840 10 0.01
841 27 0.02
842 8 0.01
845 1 0.00
847 1 0.00
851 1 0.00
852 10 0.01
853 65 0.05
854 154 0.12
855 130 0.10
856 340 0.27
857 315 0.25
858 95 0.07
859 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (856 bp):
ATAAATGAACTTTTGCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
AAGTCTATTTTAACTAAAAATCTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTCAGTAAGAAGTATTCTAAAGGAACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAGTG
AATGCCTTCTTCTTCTTGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
AAAAAAATATAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCAGTTGGCAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGACAACATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTCCT
GAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTCGAAGGATGCAGTCACTATAAATG
GACTTTTCGTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTGACGTTCTCCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGC
CTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAATAACTTAAAACAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA
AGTGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACATTTTTGCCCAATGAATGGC
TTTTGCTGTATGTTACCCAAGGCAAACATTCAATTAGAGCCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
ATCCAACATAAAATAACTTATGAGACTATAAAACCAATCAAAGAAAATAATAAGGCTTTTGAAGG
AATAGGTGACT
Found at i:45824 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 45104--45972 Score: 985
Period size: 343 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
45094 GAAGGAATGG
* * * * *
45104 GTGACTATAAATGGAGTTTTCGGGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTCCCCAAGGTGAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCAAAGG-G-ACAT
** * * * *
45169 TTGATTAGAGCCTTTTCTAACT-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTT-
64 TCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA-TTA
* * *
45231 CAAAA-CTATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACCATAAATGGACTTTTC
128 TAAAACCT-TTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTC
**********
45294 TTACCAATGNNNNNNNNNNTCTTTACGTTTCTAAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
191 TTACCAATGAATATCATTTTCTTTACGTTTCTAAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * **********
45359 TAAAAAGGTGAAAAAATTCAAGTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGANNNNNNNNNNAGCAAGTAA
256 TAAAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATTAGTTTATGAACCAATTTAAAGCAAGTAA
*
45424 TAAGGCTTTCCAAGGCTGAA
321 TAAGGCTTTCCAAGACTGAA
* * * *
45444 GTGACTATAAATAGACTTTTTGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTCCCTAAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCAAAGG--GACAT
* * *
45509 TCAATCATAACCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTA
64 TCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
45574 TAAAACCTTTTAAATCGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCT
128 TAAAACCTTTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCT
** * * * *
45638 TGTCAATGAATATCATTTTCTTTATGTTTTTGAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
192 TACCAATGAATATCATTTTCTTTACGTTTCTAAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
* *
45703 AAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAGCCAATTATTAGTTTATGAACCAATTTAAAGCAAGTAAT
257 AAAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATTAGTTTATGAACCAATTTAAAGCAAGTAAT
* **
45768 AAGGCTTTTCAAGACTTCA
322 AAGGCTTTCCAAGACTGAA
*
45787 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGTGGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCCCAAAG-GGACAT
* * * * *
45852 TCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGGAAGAAAATTCAATTTAAAATTAATTACGAGATTAT
64 TCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
45917 AAAACTTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA
129 AAAACCTTTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
45973 TATTTTTGTA
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 77, Indels: 19
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 70 0.16
341 8 0.02
342 81 0.18
343 270 0.61
344 11 0.02
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (340 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCAAAGGGACATTC
AATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCTTTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATATCATTTTCTTTACGTTTCTAAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
AGGTGAAAAAATTCAACTTAAAGCCAATTATTAGTTTATGAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGG
CTTTCCAAGACTGAA
Found at i:45971 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 45072--45972 Score: 597
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
45062 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
45072 AAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCGGGCCAATGGAT
1 AAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGAT
* * * * * * ** * *
45137 GGCTTTCGCTTCACGTTCCCCAAGGTGAACATTTGATTAGAGCCTTTTCTAACT-AAAATGT-AA
65 GGCTTTTGCTTAATGTTTCCCAAAGTGGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTGAA
* * *
45200 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTT-CAAAAC-TATTT
130 AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACAT-TTT
* * * * * ** **
45242 AAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGNNN
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATG-GA
******* * * * ** * * *
45306 NNNNNNNT-CTTTACGTTT-CTAAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAGGTG
64 TGGCTTTTGCTTAATGTTTCCCAAA-GTGGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTG
* * * * * ********
45369 AAAAAATTCAAGTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGANNNNNNNN
128 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTT
** * ** * * * *
45413 NNAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGG-CTGAAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTGCCAATGGAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGAT
* * *
45477 GGCTTTTGCTTAATG-TTCCCTAAG-GCAGACATTCAATCATAACCTTTTTTAACTAAAAATGTA
65 GGCTTTTGCTTAATGTTTCCCAAAGTG--GACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGT-
* * *
45540 AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCTTTT
127 GAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTT
* * * * * *
45585 AAATCGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCGTGTCAATGGAT
** * *** * ** * *
45649 ATCATTTT-CTTTATGTTTTTGAAGGTACACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTGA
65 GGC-TTTTGCTTAATGTTTCCCAAAGTGGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTGA
* * ** * * * * *
45713 AAAAATTTAACTTAAAGCCAATTATTAGTTTATGAACCAATTT
129 AAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTT
* * * *
45756 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAA-GACTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGAT
* *
45820 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGTGGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATG-GAA
65 GGCTTTTGCTTAATGTTTCCCAAAGTGGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTGAA
* * *
45884 GAAAATTCAATTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTTTTT
130 -AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTT
* *
45927 AAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
45973 TATTTTTGTA
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 171, Indels: 47
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 72 0.13
170 32 0.06
171 302 0.56
172 117 0.22
173 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGGATG
GCTTTTGCTTAATGTTTCCCAAAGTGGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTGAAA
AAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTT
Found at i:46105 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 46079--46126 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
46069 GTAACAAGTA
*
46079 AAAAGAATATTTT-GAAAT
1 AAAATAATATTTTAGAAAT
*
46097 AAAATAATATTTTATAAAT
1 AAAATAATATTTTAGAAAT
*
46116 AAAATATTATT
1 AAAATAATATT
46127 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.46
19 14 0.54
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATATTTTAGAAAT
Found at i:48543 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 48230--52878 Score: 3717
Period size: 171 Copynumber: 27.1 Consensus size: 170
48220 GTTGTTACAA
* * * * ** * * *
48230 TTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCCCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
** * * * * * *
48295 TAATGAAAAATGCAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATATAAAGTGA
66 TAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
48360 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
48401 TTTCCTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAAAGTCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
48466 CAACCAAAAATGTACAAAGAATTCCACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
66 TAACCAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* *
48531 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
** *
48573 TTTCTTGTGAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTT-TTGAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * **
48637 TTAACCAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATT-AGTTTATGAAACTGTTTAAAGT
65 TTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * ** ** **
48701 AAGTAATAAGACTTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * ** * * ** * *
48744 TTTCATGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCACG-TCCCCAAGGCAGGCATTCAACCATAGCCTTTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
48808 TAACCATAAATGTAAAAAAAAAT-AATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTG
66 TAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * **
48872 AGTAATAAAGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAAA
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** *
48914 TTTCTT-CTCAATGAATAG-CTTTTTCTACACATTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCCG
1 TTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTG
** * * * *
48976 TTTTAATGAAAAATATAGAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
63 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
49041 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAAAT-GACT
127 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGACT
* * *
49085 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTGGACATTCAATTAAAGTCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
49150 TAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTG
66 TAACCAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
49215 AGTAATAA-GCATTTTTAAGGAGTGGTTGACTATAAATAGACT
129 AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
49257 TTTCTTGCCAATCAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
49322 TAACCAAAAATGTAAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAATCATTTAAAGTG
66 TAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * *
49387 AGTAATAAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGAGT
129 AGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * * * * ** * * ** * * *
49430 TTTC-AACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAAACATTTGATTAGAGCCTTTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * *
49494 TAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTGAAAATCAATTTTGAGACTACAAAACCATTTAAAGAG
66 TAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * **** *
49559 AATAATAACGCTTTTGAAGGAAT-ACAAACCATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
49600 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * **
49665 TAACCAAAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATT-AGTTTATGAAACCATTTAAAGCA
66 TAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
49729 AGTAATAAGGCTTTTCAAGG-CTGAAGTGACTATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * * *
49771 TTT-TGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTCCCTAATGCAAACATTCAATCATAGCCT-TT
1 TTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
** *
49834 TTAAACC-AAAATGTAAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCTTTTAAA
65 TT-AACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * **
49897 GTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACCATAAATATACT
126 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
49942 TTTCTTACTAACGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTGAAGCTAGACATTCAATTACAGTATATTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * **
50007 TAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATT-AGTTTATGAAACCATTTAAAGCA
66 TAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** ** ** **
50071 AGTAATAACTCTTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * *
50113 TTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTCCCTAAGGTAGACATTCTATCATAGCCTTTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * * * *
50178 TAGCTAAAAAGGTTACAAAAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCG
66 TAACCAAAAATG-TA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * ** * * *
50243 AGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGTAACCATAAATGGGCT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
50285 TTTCCTGCCAATGAATG-C-TTTTCTTTACGTTTCTAAAGGTAGACATACAATTATAGTCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * * **
50348 CAACCAAAAATGTGAAAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTTTTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCA
66 TAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** ** * * *
50413 AGTAATAAGGCTTTTCAAGGTTTTAGTTACTACAAATGGACA
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * ** * *
50455 TTTCATGCCAATGCATGGCTTTTGCTTCACATTCCCTAAGACAGACATTCAATCT-TA-ACATTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT-TATAGTC-TGT
* * * **
50518 TTTAACC-AAAATGTAAAAAACATTTAATTTAAAATCAATTATT-ACATTATAAAACTTTTTAAA
64 TTTAACCAAAAATGT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
50581 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACA
126 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
50626 TTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGTTTCTCAAGGTAGGCAATCAATTATAGTCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
** * * * *
50690 TTAATGAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTG
65 TTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
50755 AGTAATAAGGATTTTGAAGAAATCGGTGACCATAAATGAACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * *
50797 TTGT-TTGTCAATGAATGCCTTTTTTTTCATTTTTTTTAAGGTGGACATTCCATTAAAGTCTGTT
1 TT-TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* *
50861 TTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
65 TTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * **
50926 GAGAAATAA-GCATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACT
128 GAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
50969 TTTTTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTGGACATTCAATTAAAGTCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
51034 TAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTG
66 TAACCAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
51099 AGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
129 AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
51141 TTTCTTACCAATGAAT-ACTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTATTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * ** *
51205 TAACCAAAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGA
66 TAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* ** *
51270 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGCACT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
51311 TTTTTTTCCTAATGAATAG-CTATTTCTACATGTTTCCTGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGT
1 TTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * ** * * * * *
51375 GTTGATGAAAAACGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGT
64 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
51440 GAGAAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTAGAAACGAACT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* *** * * * * * *
51483 TTTCTTGTCGGCGAATGCATTTTTCTTCACATTGCTCT-AGGTGGACATTCAATTATAATCTATT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * *
51547 TTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAATCATTCAAAGT
65 TTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* ** *
51612 GAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAATGGAGT
128 GAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * * * * * * * *
51656 TTTCGGGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCT-TTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
51720 TAAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
66 T-AACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
51785 AATAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * **
51827 TTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGCTAGACAATGAATTATAGTCAATTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * **
51892 TAACCAAAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATT-AGTTTATGAAACCATTTAAAGCA
66 TAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** **
51956 AGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * ** * * * * * *
51998 TTTCGTACTAATGGATAG-CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACTTTCAATCATAGCCTTTT
1 TTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * ** *
52062 TTAACCAAAAATATAAAAAATTTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACTTTTTAAAGCG
65 TTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
52127 AGTAATAAGGCCTTTGAAGGAGTGAGAGACTATAAATAGACA
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
52169 TTTCTTCCCAATGAATAG-CTTTTTCTAT-ATGTTTC-TAGAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTG
1 TTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCT-TCACGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* **** * ******
52231 TGTTGTTGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATNNNNNN
63 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
******** * *
52296 NNNNNNNNAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
127 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* *** * **********
52340 TTTCTTACCAATGAATATATTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTNNNNNNNNNNT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
52405 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAAACTTAAAATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTG
66 TAACCAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
52470 AGTAATAAAAGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGAGT
129 AGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * * * * * ** * * * * *
52513 TTTCGGGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCATGGTAGACATTCGATTAGAGCCTTTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTT
** * ********** *
52578 TTAATTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGAG
65 TTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
52643 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TCATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACT
* * * * * *
52685 TTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTACG-CAATCAATTATAATCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * * *
52749 TTAACTAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTAAATTG
65 TTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** *
52814 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTATAAATAGACT
129 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
*
52856 TTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
52879 TCACACGTTT
Statistics
Matches: 3526, Mismatches: 858, Indels: 189
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
170 460 0.13
171 1620 0.46
172 1180 0.33
173 238 0.07
174 21 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
TAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
Found at i:52889 original size:857 final size:852
Alignment explanation
Indices: 48237--52882 Score: 2956
Period size: 857 Copynumber: 5.4 Consensus size: 852
48227 CAATTTCTTC
* * * * * * * * *
48237 CCAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCCCAAGGCAGGCATTCAATTATAG-TTTGTTTTAA-TG
1 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCTT-TTTAAACT-
* * * * * * * *
48300 AAAAATGCAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATATAAAGTGAGTAAT
64 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
** *
48365 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCA
129 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-ATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * *
48430 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTA-AAGTCTGTTTCAACCAAAAATGTACAAAGAATTCCACT
193 TGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACT
* * * *
48494 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTG
255 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** * *** * *
48559 ACCATAAATGGACTTTTCTTGTGAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTTTGAAGGTAGACATTCA
320 ACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATG-C-TTTT-TTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* ** * * * * * * * * *
48624 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATG-A
381 ATCATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTA-GAA
* ** * * ** * ** * * *
48688 AACTGTTTAAAGTAAGTAATAA-GACTTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACT-TTTCATG
445 AACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGAATGAGACACTATAAATGCACTATTTCTTC
* ** * * * ** * * ** * * * * **
48751 CCAATGGACGGCT-TTTGCTTCACG-TCCCCAAGGCAGGCATTCAACCATAGCCTTTTTTAACCA
509 CCAATGAATAGCTATTT-CTACATGTTTCCTGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTGATGA
* * * * * * * * *
48814 TAAATGTAAAAAAAAAT-AATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAAT
573 AAAACGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGAAAT
* * * * * * * * *
48878 AAAGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAA-ATTTCTT-CTCAATGAATAGC-TTTTTCT
637 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAGAAA-AGAACTTTTCTTAC-CAACGAATA-CATTTTTCT
* * * * ** * * * *
48940 ACACATTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCCGTTTTAA-TGAAAAATATAGAAA-CATTC
699 TCACATTGCTCTAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAGAATTA
* * * * * * * *
49002 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAAT
762 AACTTAAAATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGAAAT
* * * **
49066 GGGTGACCATAAAAT-GACTTTTCTTG
827 AGGTGACTAT-AAATGGAGTTTTCGGG
* * * ** * ** ** * * * *
49092 CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTGGACATTCAATTAAAGTCTGTTTT-AACAA
1 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCT-TTTTAAACTA
* * * * *
49156 AAAATGTACAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
65 AAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * * * * * * *
49221 AA-GCATTTTTAAGGAGTGGTTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGCCTTTTTGTTC
129 AAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGAC-ATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTC
** * * * *
49285 ATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAATTAAACT
192 ATGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAA-AATTCAACT
* * * * **
49350 TAAAATCAATTTTGAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAATCTTTTGAAGGAATGGGT
255 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * ** * * * **
49415 GAATATAAATGGAGTTTTCAACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAAACATTTG
319 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGAAT-GCTTTT--TTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* * * * * * * * * * * * * *
49480 ATTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTGAAAATCAATTTTGAGACTACAA
381 ATCATAACCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAATATTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTAGAA
** * * * * * * * * *
49545 AACCATTTAAAGAGAATAATAACGCTTTTGAAGGAAT-ACAAACCATAAATGGACT-TTTCTTGC
445 AACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGCACTATTTCTTCC
* * ** * * * * **
49608 CAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTT-CTAAAGGTAA-ACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCA
510 CAATGAATAGCTATTTCTACATGTTTCCT-GAGG-AAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTGATGA
* * * * ** * * ** *
49671 AAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
573 AAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGAAATA
* * * * * * * * * * *
49736 AGGCTTTTCAAGG-CTGAAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGATGGC-TTTTGCTT
638 AGGCTTTTAAAGGAATG-GGTGACTAGAAAAGAACTTTTCT-TACCAACGAAT-ACATTTTTCTT
* * * * * * * ** * * *
49798 TACGTT-CCCTAATGCAAACATTCAATCATAGCCT-TTTTAAAC-CAAAATGTAAAAAAAATTCA
700 CACATTGCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAAAGAATTAA
* ** * * * * * *
49860 A-TTCAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTGAT-AAGGCTTTTGAAGGAAT
763 ACTT-AAAATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGAAAT
* * ** * ***
49923 AAGTGACCATAAATATACTTTTCTTA
827 AGGTGACTATAAATGGAGTTTTCGGG
* * * * * * * * ** * * **
49949 CTAACGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTGAA-GCTAGACATTCAATTACAGTATATTTT-AACT
1 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGC-AGACATTCGATTAGAGCCT-TTTTAAACT
* * * *
50012 AAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATT-AGTTTATGAAACCATTTAAAGCA-AGTA
64 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTA
** ** ** ** ** * * * *
50075 ATAACTCTTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTACTT
127 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-ATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * * ** * * * *
50140 CACGTTCCCTAAGGTAGACATTCTATCATAGCCTTTTTTAGCTAAAAAGGTTACAAAAATTCAAT
191 CATGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TA-AAAAATTCAAC
* * * * **
50205 TTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGT
254 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * ** * * *
50270 AACCATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGCTTTTCTTTACGTTTCTAAAGGTAGACATACAA
319 GACTATAAATAGACTTTT-CTTCCAATGAATGCTTTT-TTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
* ** * * * * * * * * * * *
50335 TTATAGTCTGTTTCAACCAAAAATGTGAAAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTTTTAGTTTATG-A
382 TCATAACCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAATATTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTA-GAA
** * * * ** * ** * * * *
50399 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGTTTTAGTTACTACAAATGGAC-ATTTCATGC
445 AACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGCACTATTTCTTCC
* * * ** * * * * * *
50463 CAATGCATGGCT-TTTGCTTCACATTCCCT-AAGACAGACATTCAATCT-TA-ACAT-TTTTTAA
510 CAATGAATAGCTATTT-CTACATGTTTCCTGAGGA-AGACATTCAAT-TATAGTC-TGTGTTGAT
** * * * * * * ** * * *
50523 CCAAAATGTAAAAAACATTTAATTTAAAATCAATTATTACATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTA
571 GAAAAACGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGAA
* * * * * * * * * *
50588 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACATTTCTTCCCAATGAATGGC-TTTTT-T
635 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAGAAAAGAACTTTTCTTACCAACGAAT-ACATTTTTCT
* * * * * * * *
50651 T-ACATGTTTCTCAAGGTAGGCAATCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAA-CATT
699 TCACA--TTGCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAGAATT
* * * * * * *
50713 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTC-AAGTGAGTAAT-AAGGATTTTGAAGAA
761 AAACTTAAAATAAATTTTGAAATTATAAAACCA-TTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGAA
* * * * **
50776 ATCGGTGACCATAAATGAACTTTGT-TTG
825 ATAGGTGACTATAAATGGAGTTT-TCGGG
* * * ** ** **** ** * * *
50804 TCAATGAATGCCTTTTTTTTCATTTTTTTTAAGGTGGACATTCCATTAAAGTCTGTTTT-AACTA
1 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCT-TTTTAAACTA
* * *
50868 AAAATGTACAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAAT
65 AAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* ** * *
50933 AA-GCATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
129 AAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGAC-ATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * *
50997 ATGTTTTTTGAGGTGGACATTCAATTA-AAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAC
192 ATGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAAC
* *
51061 TTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGG
254 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGG
* * * *
51124 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTACACATT
317 GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGC--TTTTTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATT
* * * *
51189 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTATA
379 CAATCATAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTAGA
* * *
51254 AAACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGCACTTTTTTTTC
444 AAACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGCACTATTTCTTC
*
51319 CTAATGAATAGCTATTTCTACATGTTTCCTGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTGATGAA
509 CCAATGAATAGCTATTTCTACATGTTTCCTGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTGATGAA
* *
51384 AAACGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGTGAGAAATAA
574 AAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGAAATAA
* * ** ** *
51449 GGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTAGAAACGAACTTTTCTTGTCGGCGAATGCATTTTTCTTCACA
639 GGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAGAAAAGAACTTTTCTTACCAACGAATACATTTTTCTTCACA
*
51514 TTGCTCTAGGTGGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTAAACTTAA
704 TTGCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTAAACTTAA
* * * *
51579 AATCAATTTTGAAATTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATATGTGAC
769 AATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGAAATAGGTGAC
51644 TATAAATGGAGTTTTCGGG
834 TATAAATGGAGTTTTCGGG
** * *
51663 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTAAACTAA
1 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTAAACTAA
* * *
51728 AAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAA
66 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
* *
51793 GACTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTATG
131 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
* * * * ** * *
51858 TTTCTTAAGCTAGACAATGAATTATAGTCAATTTTAACCAAAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAA
195 TTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * ** * ** **
51923 GTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTTAGTGACTA
259 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * *
51988 TAAATGGACTTTTCGTACTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACTTTCAATCA
324 TAAATAGACTTTTC-TTCCAATGAAT-GCTTTT--TTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATCA
* * * *
52053 TAGCCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACT
385 TAACCTATTTTAACCAAAAATATAAAAATA-TTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACT
* *
52117 TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAGTGAGAGACTATAAATAG-AC-ATTTCTTCCCAA
449 TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGACACTATAAAT-GCACTATTTCTTCCCAA
* * * * * *
52180 TGAATAGCTTTTTCTATATGTTT-CTAGAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTGTTGTTGAAAAA
513 TGAATAGCTATTTCTACATGTTTCCT-GAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTGATGAAAAA
* * **************
52244 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATNNNNNNNNNNNNNNAAGGC
577 CGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGAAATAAGGC
* * * * *
52309 TTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATATATTTTTTTTCACGTT
642 TTTTAAAGGAATGGGTGACTAGAAA-AGAACTTTTCTTACCAACGAATACATTTTTCTTCACATT
* **********
52373 TCT-TAAGGTAGACATTCAATTNNNNNNNNNNTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTTAAACTTAA
706 GCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAA-TTAAACTTAA
* *
52436 AATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
769 AATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGAAATAGGTGAC
52501 TATAAATGGAGTTTTCGGG
834 TATAAATGGAGTTTTCGGG
* * * * *
52520 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCATGGTAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTTTAATTA
1 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCC-TTTTTAAACTA
* **********
52585 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGAGAGTAATA
65 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * *
52650 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATCATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCAC
130 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * *
52715 ATTTCTTGAGGTACG-CAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAATTTA
194 GTTTCTTGAGGTA-GACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTA
* * **
52779 AAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACAC
257 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
52844 TATAAATAGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTTCAC
322 TATAAATAGACTTTTCTTCCAATGAAT-GCTTTTTTCAC
52883 ACGTTTCTCA
Statistics
Matches: 3024, Mismatches: 662, Indels: 210
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
853 3 0.00
854 123 0.04
855 395 0.13
856 813 0.27
857 1010 0.33
858 587 0.19
859 93 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (852 bp):
CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAAGGCAGACATTCGATTAGAGCCTTTTTAAACTAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
TTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
AATAGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATCATAACCT
ATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTTTTTAAA
GCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGCACTATTTCTTCCCAATGAATAGC
TATTTCTACATGTTTCCTGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTGTTGATGAAAAACGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGTGAGAAATAAGGCTTTTAAAGG
AATGGGTGACTAGAAAAGAACTTTTCTTACCAACGAATACATTTTTCTTCACATTGCTCTAGGTA
GACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTAAACTTAAAATAAATTTTGA
AATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATGGAGT
TTTCGGG
Found at i:54575 original size:682 final size:682
Alignment explanation
Indices: 53686--56020 Score: 2029
Period size: 682 Copynumber: 3.4 Consensus size: 682
53676 TCATAGCCGT
* * * * * * * * *
53686 TTTTAACCAAACATGTAAAAAAAATCAA-TTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * ** *
53750 ATGTGTAATAAGGC-TTTTGAAA-GAATAGAAGATTATAAATGGACATTTCTTCCCAATGAATGG
66 ATGAGTAATAA-GCATTTT-AAAGGAATGGGTGA-TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGC
* * * * * ** * *
53813 CTTTTTGTACATGTTTTTTCA-G-ACAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATTTAGA
128 CTTTTTCTTCAT-ATTTCTCAGGTA-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
53876 AGAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAATGCTTTTAA
191 AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
* *
53941 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
256 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAG
*
54006 GT-GAACATTCAATTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTATAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
321 GTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTATAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
*
54070 TTGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
383 ATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * *
54134 ACTTTTCTTG-CACTGAATGCCTTTTTTCACATTTCTCGA-GTA-AGCATTCAATTATAATCTGT
447 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTCACATTGCTCGAGGTAGA-CATTCAATTAAAATCTGT
* * * * * * *
54196 TTTAACTAGAAATGCAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAG
511 TTTAACTAAAAATGCAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATAAAATTATAAAACCATTCAAAG
* ** *
54261 TGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATAGAACACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGCCT
576 TGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATAGAACACTATAAATGAACTTTTCGGCCCAATGAATGCAT
* * *** ** * *
54325 TTTTC-TCTATGTTTCTTGAGGTGGACGTTCAATTAAAGTCTG
641 TTTGCTTC-ATGTTCCCCAAGGTACACATTCAATTAAAGCCTG
** * * * *
54367 TTTTAACAAAAAATATGCGAAGAATTCAACTT-AAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
*
54431 AATGAGTAATAAGCATTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCACTGAATGCC
65 AATGAGTAATAAGCATTTTAAAGGAATGGGTGA-TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCC
*
54496 TTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
129 TTTTTCTTCATATTTCTC-AGGTAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * *
54560 AATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
193 AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
** * * * * * * **
54625 GAATGGGACACTATCAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACACTTTTCTTGAGGT
258 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGT
* * **
54690 AGGCATTCAATTATAGTCTGTGTTGATGAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
323 AGACATTCAATTATAGTCTGT-TTTAAAAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
54755 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-AACA--GAC-
387 GATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-ATGGACT
* * * *
54816 TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTTTCACGTTGCTTGAGGTGGACATTCAATTAAAATCTGTTTT
450 TTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTTCACATTGCTCGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTT
* * *
54881 AACTAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAATCATTCAAAGTGA
514 AACTAAAAATGCAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATAAAATTATAAAACCATTCAAAGTGA
** * * * * *
54946 GTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGAGTTTTCGGGCCAATGGATGGATTTT
579 GTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATAGAACACTATAAATGAACTTTTCGGCCCAATGAATGCATTTT
** * *
55011 GCTTCATGTTCCCCAAGGTACACATTTGATTAGAGCCTT
644 GCTTCATGTTCCCCAAGGTACACATTCAATTAAAGCCTG
* * * * *
55050 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAATCAATTTTAAAATTATAAAACCATTCAAA
1 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
55115 GA-GAATAATAAG-ACTTTTAAAGGAATGGGTGATCATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGC
66 -ATGAGTAATAAGCA-TTTTAAAGGAATGGGTGAT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGC
* * * * * *
55178 CTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGT-AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAGGTGAAA
128 CTTTTTCTTCATATTTC-TCAGGTAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * ** **
55242 AAATTCAACTTAAAGTCAATTATCCA-ATTATGAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCA
192 AAATTCAATTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
** ** * * ** ** * * *
55306 AGGCTTTAGTGACTATAAATGGATTTTTCGTGCCAATTGATGGCTTTTGCTTCACATTTCGCAAG
256 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAG
* * * * * * *
55371 GTAGACTTTCAATCATAGCCTTTTTTAAACAAAATGTAAACAAAATTCAATTTAAAATCAATTAT
321 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATGTATA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * * * *
55436 GAGATTACAAAACCTTTTAAAGCAAATACA-AAGGCTTTTGAAGCAATAGGTAACCATAAATGGA
385 GAGATTA-TAAACCATTTAAAGTGAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
55500 CTTTT-TTGACCAATGAATGCCTTTTTCATTACGTTTCACAAGGTCGACATTTAATTATAGTCTG
448 CTTTTCTTG-CCAATGAATGCCTTTTT--TCACATTGCTCGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTG
* ** * * * * ** * *
55564 TTTTAACAAAAAAAT--TTAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAACCATTTAA
510 TTTTAAC-TAAAAATGCAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATAAAATTATAAAACCATTCAA
** * ** ** ** * * * *
55627 AGCAAGTAAT-AAGGCTTTCCAAGGCTTCAG-TGACTATAAATGGACCTTTCATG-CCAATGGAT
574 AGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAAT-AGAACACTATAAATGAACTTTTC-GGCCCAATGAAT
** * * * * * * *
55689 GGGTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGATATTCGATCATAGCCTT
637 GCATTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTACACATTCAATTAAAGCCTG
* * * * *
55735 TTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTTAA-TTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACC-TTGTA
1 TTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTAAACTTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT-TA
** * * **** * * *
55798 AAGCGAATAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAAAAGACTTTAAATGGACATTTTTTTCTCAATGAAT
64 AAATGAGTAATAA-GCATTTTAAAGGAATGGGTGA-TATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAAT
* * ** * * ** * **
55862 GGCTTTTTTTTACACGTTTCTCA-ATGCAGGGATTCAATTATAGTATGTTTTAA-TGAAAATGTA
126 GCCTTTTTCTT-CATATTTCTCAGGT-AAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* ** * * *
55925 CAAAAATTCAACCTAAAATCATTTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
189 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* *
55990 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTC
254 AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
56021 GAGCCAACGG
Statistics
Matches: 1351, Mismatches: 254, Indels: 93
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 7 0.01
680 12 0.01
681 69 0.05
682 421 0.31
683 412 0.30
684 11 0.01
685 167 0.12
686 184 0.14
687 62 0.05
688 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (682 bp):
TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
ATGAGTAATAAGCATTTTAAAGGAATGGGTGATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTT
TTTCTTCATATTTCTCAGGTAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGCCTTTTTTCACATTGCTCGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAA
AATGCAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATAAAATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAA
AAGCTTTTGAAGGAATAGAACACTATAAATGAACTTTTCGGCCCAATGAATGCATTTTGCTTCAT
GTTCCCCAAGGTACACATTCAATTAAAGCCTG
Found at i:55245 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 53162--56141 Score: 2253
Period size: 171 Copynumber: 17.4 Consensus size: 171
53152 NNNNNNNNNN
* * * *
53162 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAATAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAA
1 TTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * **
53226 AACTATTTAAAATGAGCAATAAAAGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCAGGC
64 AACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
53291 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCGA
128 CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * ********** *
53335 TTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * ** * *
53400 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGGATGAATGGGTGACCGTAAATGCACTTTTCTTACCAA
66 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
53465 TGAATGCCTTTTT-TGTTACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAA
131 TGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * * * * *
53506 TTATATTCT-ATTTAACTAAAAATATGAAAAAACTCCACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ********** ** * ** * * **
53570 CTATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCCAAGCG-TTCAGCGACTATAAATAGAC-TTT-TTGTAT
66 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CC
* * * * * * * ** *
53632 AGATGGATGGCTTTTACTTTATGTTCCCCAAGACAGACTTTCAA
129 A-ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * *
53676 TCATAG-CCGTTTTTAACCAAACATGTAAAAAAAATCAATTTAAAACCAATTATGAGATTATAAA
1 TTATAGTCTG-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * ** * * *
53740 ACCTTTTAAAATGTGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGAAGATTATAAATGGACATTTCTTCCCA
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * **
53805 ATGAATGGCTTTTTGTACATGTTTTTTC-AGACAGACATTCAA
130 ATGAATGCCTTTTTCTTCACG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* ** * * *
53847 TTATAGTATGTTTTAATGAAAAATTTAGAAGAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * **
53911 ACCATTTAAATTGAGTAATAATGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* *
53976 ATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-GAACATTCAA
130 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG-ACATTCAA
* * *
54018 TTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTATAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
54082 ACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-C
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
54145 ACTGAATGCC-TTTT-TTCACATTTCTCGA-GTA-AGCATTCAA
129 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAA
* * * * * *
54185 TTATAATCTGTTTTAACTAGAAATGCAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *** * *
54250 ACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAACACTATAAATGAACTTTTCTTCCCA
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* ** * *
54315 ATGAATGCCTTTTTC-TCTATGTTTCTTGAGGTGGACGTTCAA
130 ATGAATGCCTTTTTCTTC-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * ** * * * *
54357 TTAAAGTCTGTTTTAACAAAAAATATGCGAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
54422 ACCATTTAAAATGAGTAATAA-GCATTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** *
54486 ACTGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTA-AGCATTCAA
129 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAA
* * * *
54529 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * *
54594 CCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGACACTATCAATAGACTTTTCTT-CTCA
66 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CA
* * ** *
54658 ATGAATAG-CTTTTTCTACACTTTTCTTGAGGTAGGCATTCAA
130 ATGAAT-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * ** *
54700 TTATAGTCTGTGTTGATGAAAAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
54765 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-AACA--GAC-TTTCTTGCCA
66 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTTGCCA
* * ** *
54826 ATGAATGCATTTTT-TTCACGTTGCTTGAGGTGGACATTCAA
130 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
54867 TTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * **
54932 ATCATTCAAAGTGAGTAATAAAAGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGAGTTTTCGGGCC
65 ACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * * * * * **
54997 AATGGATGGATTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTACACATTTGA
129 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * *
55040 TTAGAGCCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAATCAATTTTAAAATTATAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
55105 ACCATTCAAAGAGAATAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGA-TCATAAATGGACTTTTTTTGTC
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * *
55169 AATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
129 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * *
55212 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATCCA-ATTATGAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAA
* ** ** ** ** * *
55276 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGATTTTTCGTGCCA
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * *
55341 ATTG-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCGCAAGGTAGACTTTCAA
130 A-TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * *
55383 TCATAGCCTTTTTTAA-ACAAAATGTAAACAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * * *
55447 ACCTTTTAAAGCAAATACA-AAGGCTTTTGAAGCAATAGGTAACCATAAATGGACTTTT-TTGAC
65 ACCATTTAAAGTGAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-C
* * *
55510 CAATGAATGCCTTTTTCATT-ACGTTTCACAAGGTCGACATTTAA
128 CAATGAATGCCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
55554 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGTTTATGAA
1 TTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** ** ** ** * *
55618 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACCTTTCATGCCA
65 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* ** * * * * * * *
55683 ATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAGATATTCGA
130 ATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * *
55725 TCATAGCCTTTTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * **** * *
55790 ACC-TTGTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAGACTTTAAATGGACATTTT-TTTC
65 ACCATT-TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGC
* * * * **
55853 TCAATGAATGGCTTTTTTTTACACGTTTCTCAATGCAGGGATTCAA
128 -CAATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* ** * * * *
55899 TTATAGTATGTTTTAA-TGAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCATTTATGAGATTATTAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * **
55963 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCGAGCCAA
66 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * * * * *
56028 CGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAA-GCAAACAATCGA
131 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
56068 TTAGAGCCT-TTTGAA-ATAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
1 TTATAGTCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
56131 ATCATTTAAAG
65 ACCATTTAAAG
56142 AGAATATTAN
Statistics
Matches: 2196, Mismatches: 538, Indels: 150
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 103 0.05
168 144 0.07
169 111 0.05
170 158 0.07
171 976 0.44
172 542 0.25
173 131 0.06
174 30 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
Found at i:55465 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 55441--55481 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
55431 ATTATGAGAT
55441 TACAAAACCTTTTAAAGCAAA
1 TACAAAACCTTTTAAAGCAAA
** *
55462 TACAAAGGCTTTTGAAGCAA
1 TACAAAACCTTTTAAAGCAA
55482 TAGGTAACCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.17, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
TACAAAACCTTTTAAAGCAAA
Found at i:59597 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 59572--59619 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
59562 AATCAATTTT
59572 GAGAATATAAAACCATTTAAA
1 GAGAATATAAAACC-TTTAAA
*
59593 GAGAATAATAAGACCTTTAAA
1 GAGAAT-ATAAAACCTTTAAA
59614 G-GAATA
1 GAGAATA
59620 GGTGACAATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.04
20 4 0.16
21 13 0.52
22 7 0.28
ACGTcount: A:0.54, C:0.08, G:0.15, T:0.23
Consensus pattern (20 bp):
GAGAATATAAAACCTTTAAA
Found at i:61507 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 61482--61520 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
61472 NNNATAAAAC
*
61482 CTTTTAAAGCGAGTAAAAAGG
1 CTTTTAAAG-GAATAAAAAGG
*
61503 CTTTTGAAGGAATAAAAA
1 CTTTTAAAGGAATAAAAA
61521 ACTTTAAATG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.50
21 8 0.50
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
CTTTTAAAGGAATAAAAAGG
Found at i:70567 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 70521--70610 Score: 137
Period size: 35 Copynumber: 2.6 Consensus size: 35
70511 NNNNNNNNNN
70521 ACCTTCAACAATGGTTTTTCAAAGGCTCAACCACA
1 ACCTTCAACAATGGTTTTTCAAAGGCTCAACCACA
* * *
70556 ACCTTTAACAATGGCTTTTT-AGAGGCTCAGCCACA
1 ACCTTCAACAATGG-TTTTTCAAAGGCTCAACCACA
70591 ACCTTCAACAATGGTTTTTC
1 ACCTTCAACAATGGTTTTTC
70611 TCGGGATNNN
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 4
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.10
35 39 0.80
36 5 0.10
ACGTcount: A:0.30, C:0.27, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
ACCTTCAACAATGGTTTTTCAAAGGCTCAACCACA
Found at i:74190 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 73901--74228 Score: 324
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
73891 TATAAAACCT
** **
73901 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCTAATG
1 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGAGAGACTATAAACAGACTTTTCTTCCTAATG
* * ** ** * ** *
73966 AATGCCTTTTTCTATATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATCGCCTGTTTTAATGAAAAATGT
66 AATACCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGCCAGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAATGC
74031 AAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCA
131 AAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGA----------CCA
*
74072 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATTG-GTGACTATAAACAGACTTTTCTTACC-AA
1 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAA-TGAGAGACTATAAACAGACTTTTCTT-CCTAA
* * * *
74134 TGAATACCTTTTTTCT-CATGTTTCTCGAGCCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAG
64 TGAATACC-TTTTTCTACATGTTTCCCAAGCCAGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAA
*
74198 TGCAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATG
128 TGCAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATG
74229 CGATTATAAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 75 0.56
171 58 0.44
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAATGAGAGACTATAAACAGACTTTTCTTCCTAATG
AATACCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGCCAGACATTCAATTATAACATGTTTTAACCAAAAATGC
AAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGACCA
Found at i:74263 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 73777--74319 Score: 554
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
73767 NNNNNNNNNN
* *
73777 ACTTTTCTTGCCACTGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACACTTC-ATTA-AAGTC
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC-TCATGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAA-TC
* * *
73840 TGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCTTTTA
63 TGTTTTAACCAAAAATG--TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*
73905 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGG
126 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATTG-GTGACTATAAATGG
* * * ***
73950 ACTTTTCTT-CCTAATGAATGCCTTTTTCTATATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATCGCCT
1 ACTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCT-CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
** * **********
74014 GTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTAAAG
64 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** **
74079 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAACAG
129 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGG
* * ** *
74120 ACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTTCTCATGTTTCTCGAGCCAGACATTCAATTATAATATG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATACC-TTTTTCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
74185 TTTTAACCAAAAGTGCAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAACCACTTAAAG
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
74250 TGAGTAGTAAGGCTTTTGGAGGGATGGGTGACTATAAATGG
129 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGG
* *
74291 ACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT
74320 TCANNNNNNN
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 66, Indels: 19
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 82 0.28
171 148 0.50
172 6 0.02
173 60 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACTATAAATGG
Found at i:85186 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 84890--86190 Score: 1269
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
84880 ATATCTAACA
* * * * * * *
84890 TTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTATAT-ATGTTTCCCGAGGCAAACATTTAATTATAGTCTAT
1 TTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
*** ** * * * *
84953 TTTAGTAAAAAATACAAAACAATTCAAATTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
64 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
85018 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACT
129 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
* * *
85061 TTTCCTCTCAATGAATAG-CTTTTTCTAT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATAATAGTCTGT
1 TTTCTTCTCAATGAAT-GCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
** * * * * * *
85124 TTTAATGAAAAACGTAGAAAAACT-ACACTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
64 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
85188 CGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACT
128 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
* * *
85232 TTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
85297 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGA
66 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* *
85362 GTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACT
131 GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** * * * * *
85403 TTTCTTCCCAATGAATGACATTTTCTACAAATTTGTCGAGGAAAACATTCAATAATAGTCTTTTT
1 TTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTT
** * * * * * * *
85468 TTAAAGAAAGATGCAAAAAAAATCATCTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACGATTTAAGGTG
65 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
85533 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCGACAATAAATGGACT
130 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * *
85575 TTTCTTGC-CAACGAGTGCCTTTTTCTTCATGTGTCTTTAGGTAGACATTCAATTATTGTGTGTT
1 TTTCTT-CTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * * * **
85639 TTCACTAAAAATGTAAAAGCCAGTTCAA-TTGAAAATCATTTGTGAGATTATTAAATTATTTAAA
65 TTAACCAAAAATGTAAAA--AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
85703 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACT
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
** * * *
85748 TTTCTT-TCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATT
1 TTTCTTCT-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* *
85811 TTAACCAAAAAAAGTAAAAAACAATT--ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
65 TTAACC-AAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * *
85874 GTGAGTAACCAGGCTTTTAAAGGAATTA-GCGACTATAAATAGAAT
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
85919 TTTTTTCCCCCAATGAAAGCCTATTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATCCAATTATAATATGT
1 TTTCTT--CTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * * *
85984 TTTAA-CAAAAATTGAAGAAAAAATTCAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
64 TTTAACCAAAAA-TGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
86048 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACA
127 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * *
86093 TTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAACGTAAACATTCAATTTTAGTCTGTTT
1 TTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* *
86158 TAACCAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
66 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
86191 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 192, Indels: 56
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 428 0.47
172 247 0.27
173 113 0.12
174 118 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACT
Found at i:86176 original size:345 final size:337
Alignment explanation
Indices: 84890--86190 Score: 1283
Period size: 345 Copynumber: 3.8 Consensus size: 337
84880 ATATCTAACA
* * * * * * * * * *
84890 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TATATATGTTTCCCGAGGCAAACATTTAATTATAGTCTATT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCT-T-CATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATATGTT
* * *
84954 TTAGTA-AAAAAT-ACAAAACAATTCAAATTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTA--ACAAAAATGA-AAAAAAATTCAAA-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
85017 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCCTCTCAATGAATAGCTT
125 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATA-CTT
* ** **
85082 TTTCTAT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAACGTAGAAAAA
189 TTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATAATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAA
* * * * * *
85146 CTA-CACTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG
252 CAATCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
*
85210 AATAGGTGACTATAAATGAACT
317 AATAGGCGACTATAAATGAA-T
* * *
85232 TTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TCTTCATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
* *
85297 TAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAATTAAAGTG
65 TAA-CAAAAATGA-AAAAAAATTCAA-ATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
85361 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGACATTT
127 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-ACTTTT
* ** * * * * ** * **
85426 TCTACAAATTTGTCGAGGAAAACATTCAATAATAGTCTTTTTTTAAAGAAAGATGCAAAAAA-AA
191 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATAATAGTC-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACAA
* * *
85490 TCATCTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACGATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
255 TCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* *
85555 TAGGCGACAATAAATGGACT
319 TAGGCGACTATAAAT-GAAT
* * * * ** *
85575 TTTCTTGCCAACGAGTGCCTTTTTCTTCATGTGTCTTTAGGTAGACATTCAATTATTGTGTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
* ** * * * ** *
85640 TCACTAAAAATGTAAAAGCCAGTTCAATTGAAAATC-ATTTGTGAGATTATTAAATTATTTAAAA
65 TAAC-AAAAATG-AAAA-AAAATTCAAAT-AAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * **
85704 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATTTTT
125 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATACTT
** ** * * *
85768 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAAAGTAAAAAAC
189 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATAATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAC
* * ** *
85833 AATTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACCAGGCTTTTAAAGGA
253 AATCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
85898 ATTA-GCGACTATAAATAGAAT
318 A-TAGGCGACTATAAAT-GAAT
* * * * *
85919 TTTTTTCCCCCAATGAAAGCCTATTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATCCAATTATAATATGT
1 TTTCTT--GCCAATGAATGCCT-TTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
*
85984 TTTAACAAAAATTGAAGAAAAAATTCAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
63 TTTAACAAAAA-TGAA-AAAAAATTCAA-ATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
86049 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATACCTT
125 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATA-CTT
* * ** *
86114 TTTCTTCATGTTTCTTAACGTAAACATTCAATTTTAGTCTGTTTTAACCAAATATATAAAAAA-A
189 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATAATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACA
*
86178 TTCAACTTAAAAT
254 ATC-ACTTAAAAT
86191 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 794, Mismatches: 133, Indels: 61
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 1 0.00
342 199 0.25
343 156 0.20
344 127 0.16
345 201 0.25
346 109 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
AACAAAAATGAAAAAAAATTCAAATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
ATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATACTTTTTCTTC
ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATAATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACAATCACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGCGA
CTATAAATGAAT
Done.