Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397825.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1127.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23367
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 4893 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:619 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--4339 Score: 1726
Period size: 171 Copynumber: 25.3 Consensus size: 169
* * * ** * ** * *
1 TCATAATTGATTCTAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATAGGTTTTAATTAAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
66 GCCTCAAAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAGAAGT-CGGTTTATAGTCACCCATGC
65 ACCTCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACCCATGC
* * * **********
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTC
129 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* ** * *
171 TCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTA-ATATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATA-ATTGAATGTC
* * * ** * * ** ** **
235 TGCCTTAGGGAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTGGATTTATGGTCACTTATG
64 TACCTCA-GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATG
* * * *
300 CCCTCGAAAGCCTTGTTA-TACACTTTAAATAGTTTTACAATC
128 CCTTCGAAAGCCTTCTTACT-CACTTTAAATATTTTTATAATC
* * * * ** * *
342 TTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATAGGATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * * *
407 ATGCTGAGAAACGTGAAGACAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATGC
65 A-CCTCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGC
* *
472 CTTCAAAAGCCTGT-TTACTTACTTTAAATATTTTTATAATC
129 CTTCGAAAGCCT-TCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * **********
513 CCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTATNNNNNNNNNNAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
*
578 CCTCAGTAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATGCC
66 CCTCAG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCC
* **
643 TTCGAAAGCCTTCTTAGTCGTTTTAAATATTTTTATAATC
130 TTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * *
683 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTCTACCTTTTATTACAACATATTATAATT-ACATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGA-ATGTCT
* *
747 ACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGC
65 ACCTC-AGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGC
*
812 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTATTTTTATAATC
129 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * *
853 TCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTATA-CTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
** **************************** *
917 CCTTGGGAAATGTGAAGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTCACCCATGCC
66 CC-TCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCC
* * *
982 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATT
130 TTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * * * * ********** *
1022 TTATGATTGATTTTAACTTGAATTTTCTTATA-TTTTTAGNNNNNNNNNNTAATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* ** ** * * * * *
1086 TGCCTTGGAAAACATAAAGAAAATGATATCCATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
64 TACCTCAG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATG
*** * * * *
1150 GAATCGAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATC
128 CCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATC
********** * * ** ** *
1192 TCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAGGAGATTATAATTGAATGTCTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
1257 CCATGGAGCACA--TGAGGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTACAGTCACCCAA
66 CC-T-CAG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACCCAT
* * **********
1319 GCCTTCGGAAGCCTTCTTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATC
127 GCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * * *
1362 TCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTATTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCT-TTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
** * ** * * * **
1426 TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACATATCCATTGATACGAAAAGT-CTATTTATAATCATTCAT
64 TACCTC-AGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACCCAT
* * * *
1490 GCCTTCGAAAGCTTTATTACTAATTTTAAATATTTTTATAATC
127 GCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * * ** * *
1533 TAATAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGATTTTTGTTATATTCTATAAAAACAT
1 TCATAA----TTGAT--T-T--TAA--G-TTG--A-TT--TTTTT-ATACCTTTTATTAAAACAT
* * * * *
1598 ATTATAATTGACTATCTACCTCATGAAATATGAAGAAAAAGATATCCACTGACAAGAAAAGT-CA
48 ATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-
* *
1662 ATTTATCA-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
111 ATTTA-CAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
************* * * * * * *
1721 TCANNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTTCT-TACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATAC-CTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* ** *** ** * * ** *
1785 TACCTTAGAAAACATGAAGAAAATTTTATCCATTCACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCATTCATA
64 TACCTCAG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATG
* * * * * **
1849 CCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATC
128 CCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
********** * * ** * *
1891 TCATAATTNNNNNNNNNNTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
** * *
1956 ACCAT-ATGACACATGTG--GAAAAAGATATCCATTGTTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCA
65 ACC-TCA-GA-A-ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCA
************** * * *
2017 NNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATA
126 -TGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * ** * * * *
2062 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATATTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * * *
2127 ACCTCGAGAAACGT-AACAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAGAAGT-CGATTTATAGTCACCCAT
65 ACCTC-AGAAATGTGAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACCCAT
* * * * * *****
2190 GCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACNNNN
127 GCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
****** * ** * * *
2233 NNNNNNTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * ** * *
2298 GCCTTAGGGAATATAAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTGGATTTATAGTCACCCATAC
65 ACCTCA-GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGC
* * * *
2363 CGTCGAAAGCCTTGTTACACACTTTAAATA-GTTTATAATC
129 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * * ** * * * * *
2403 TCATAATTGATTTTGACTTGGA-TTTCTTAGTATTTTTTATTAAAATAGAATATAATTGGATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTA-TACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
** * ** * * * * * * *
2467 TATGTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTATATATTTACCCATG
64 TA-CCTCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATG
* * * ***
2532 CCTTCGAAAGCCAGT-TTACAT-GCTTTAAATGTTTTTATANNN
128 CCTTCGAAAGCC-TTCTTAC-TCACTTTAAATATTTTTATAATC
******* * * * **
2574 NNNNNNNTGA-TTCAA--AG-TTTATTT-T---TTTTATTAAAACCGATTATAATTGAATGTCTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
2631 CCTCGGTAAATGTGAAGAAAAGGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCT
66 CCTCAG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCC
* *
2696 TTCGAAAGCCTTCTTACTAACTTTAAATATTTGTATAATC
130 TTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* ** * * * *
2736 TCATAATTGATTTAAACCTGATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
** * * * * * * * *
2800 CCTTGGGAAATGTGAATAAAAATATATCCGTTGACAAGAAGAGTTCGTTTATAGTCACCCATGCC
66 CC-TCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCC
* *
2865 TTAGAAAGCCTGT-TTACTAACTTTAAATATTTTTATAATC
130 TTCGAAAGCCT-TCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* ** ** ** **********
2905 TCATAATTAATTCAAAACTGATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAANNNNNNNNNNTTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
2970 ACCTCAGGAAATATGAAGGAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGC
65 ACCTCA-GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGC
* * *** * *
3035 CTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGTTTTTATAAAC
129 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * * ***
3076 TCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTGTATACTTTTTATTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * *
3141 CCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGAAAGACAAGT-CTATTTATAGTCACCTATAC
66 CC-TCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACCCATGC
* * *****
3205 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTANNNNN
129 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
*********** * * * * *
3246 NNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTCTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * ** * * * * * *
3310 TACCTTGAAAAACATCAAGAAAATGAGATCCATTGGCAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCACCCATG
64 TACC-TCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATG
* *
3374 CCTTC-AGAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATC
128 CCTTCGA-AAGCCTTCTTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATC
* * * ** * * *
3416 TCGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTTAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* ** * ********** * * **
3481 ACCATGA-AACACATGAGGAAANNNNNNNNNNTTGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACATAT
65 ACC-TCAGAA-ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACCCAT
* * * * ** *
3544 GCTTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATC
127 GCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* ** * * *
3587 TCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTACAACAGATTATAACTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
** * * * * ** * *
3652 ACCTCGAGAACCGTGAAGAGAAATATATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATAC
65 ACCTC-AGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGC
* * * * *
3717 CTTCAAAATCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATC
129 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * * * * * ** *
3758 TAAAAATATTTTTATAATCTCATACTTGATTCTAAGTTGATTTTTTAATATTTTATAAAAAC-TA
1 T---CATA-ATTGAT--T-TTA-AGTTGA---T---TT--TTTTAT-ACCTTTTATTAAAACAT-
* * *
3822 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGTAAA
48 ATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACA
* ** * * ** ********
3887 TTTATAGTCACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTNNNNNNNN
112 TTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
** * * * * *
3945 NNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCT-TACATTTTATTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* ** * * * *
4009 ACCTTAGAAAACATGAAGAAAATGATATCTATTGGC-AGGAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATG
65 ACCTCAG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACCCATG
* * * ********** *
4072 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATT
128 CCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* * ** * *
4114 TCATAATTGATTTTCAA-TTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTT-AAGTTG-ATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
** * * *
4178 TACCATGGGACACATGTG-A-ACAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCA
64 TACC-TCAGA-A-ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCA
* *
4241 TGCCTTCGAAAGCTTTCTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATC
126 TGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
* *
4285 CCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACATATTATAAT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAAT
4340 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3123, Mismatches: 904, Indels: 284
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 105 0.03
163 4 0.00
165 2 0.00
166 6 0.00
167 6 0.00
169 382 0.12
170 1122 0.36
171 1175 0.38
172 24 0.01
173 3 0.00
174 4 0.00
175 6 0.00
176 3 0.00
177 3 0.00
178 4 0.00
179 9 0.00
180 5 0.00
181 2 0.00
182 1 0.00
183 7 0.00
184 7 0.00
185 2 0.00
186 5 0.00
187 113 0.04
188 117 0.04
189 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
CCTCAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCCT
TCGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
Found at i:846 original size:340 final size:331
Alignment explanation
Indices: 251--883 Score: 767
Period size: 340 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
241 AGGGAACATA
* ** ** *
251 AAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTGGATTTATGGTCACTTATGCCCTCGAAAGCCTTGT
1 AAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTCT
* * **
316 TATACACTTTAAATAGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTA
66 TATACACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACACCTTTTA
* * * * **
381 TTAAAACATATTATAATAGGATGTCTATGCTGAGAAACGTGAAGACAAAGATATCCATTGGTAAG
131 TTAAAACATATTATAATAGCATGTCTATCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG
* * * * *
446 AAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTGTTTACTTACTTTAAATATTTTTATAA
196 AAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGTTTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
* *
511 TCCCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTATNNNNNNNNNNAAAACATATTATAATTGAATGTC
261 TCCCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTAT----------AAAACATATTATAATTGAATGTC
576 TACCTCAGTAAATGTG
316 TACCTCAGTAAATGTG
* *
592 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCT
1 AAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTCT
** * *
657 TAGT-CGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGT-TTT-CTACCTT
66 TA-TACACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TCTTTAC-ACCTT
* *
718 TTATTACAACATATTATAATTA-CATGTCTA-CCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTG
128 TTATTAAAACATATTATAA-TAGCATGTCTATCCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* *
781 ACAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TCTTACTCACTTTAAGTATTT
191 ACAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGT-TTACTCACTTTAAATATTT
*
845 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTATA
255 TTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTATA
884 CTTTTATTAA
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 34, Indels: 23
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
339 4 0.02
340 148 0.59
341 98 0.39
342 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
AAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTCT
TATACACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACACCTTTTA
TTAAAACATATTATAATAGCATGTCTATCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG
AAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGTTTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
TCCCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTATAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGTA
AATGTG
Found at i:1546 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1522--1558 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
1512 ATTTTAAATA
1522 TTTTTATAATCTAATAATG
1 TTTTTATAATCTAATAATG
*
1541 TTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTTTATAATCTAATAAT
1559 TGATTGTAAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTATAATCTAATAATG
Found at i:1681 original size:188 final size:190
Alignment explanation
Indices: 1357--1721 Score: 495
Period size: 188 Copynumber: 1.9 Consensus size: 190
1347 NNNNNNNNNN
* * *
1357 TAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTTATTAAAACAGATTATAATTAAA
1 TAATCTCATAACTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTATCTATAAAAACAGATTATAATTAAA
* * * * * **
1422 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACATATCCATTGATACGAAAAGTCTATTTATAATCATT
66 TATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACATATCCACTGACAAGAAAAGTCAATTTATAATCACC
* *
1487 CATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTAATTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATGTTTTTA
131 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATGTTTTTA
* * *
1547 TAATCTCATAATTGATTGTAAGTTG-ATTTTTGTTATA-T-TCTATAAAAACATATTATAATTGA
1 TAATCTCATAACTGATTGTAAGTTGAATTTTT-TTATATTATCTATAAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
1609 CTATCTACCTC-ATGAAATATGAAGAAAAAGATATCCACTGACAAGAAAAGTCAATTTATCATCA
65 ATATCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAACATATCCACTGACAAGAAAAGTCAATTTATAATCA
* *
1673 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCT
129 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATATTTTTATAATCT
1722 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 21, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
187 1 0.01
188 116 0.76
189 7 0.05
190 28 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (190 bp):
TAATCTCATAACTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTATCTATAAAAACAGATTATAATTAAA
TATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACATATCCACTGACAAGAAAAGTCAATTTATAATCACC
CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATATTTTTATAATCTAATAATGTTTTTA
Found at i:3919 original size:187 final size:190
Alignment explanation
Indices: 3580--3922 Score: 453
Period size: 187 Copynumber: 1.8 Consensus size: 190
3570 TAAATGGTTG
* * * *
3580 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTACAACAGATTATAACTG
1 TATAATCTCATAACTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTATAAAAACAGATTATAACTG
* * * * * ** *
3645 AATGTCTACCTCGAGAACCGTGAAGAGAAATATATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATGGTCA
66 AATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAAATTTATAGTCA
* *
3710 CTCATACCTTCAAAATCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTAAAAATATTTT
131 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTAAAAATATTTT
*
3770 TATAATCTCAT-ACTTGATTCTAAGTTG-A-TTTTTTA-ATATTTTATAAAAACTA-ATTATAAT
1 TATAATCTCATAAC-TGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTATAAAAAC-AGATTATAAC
* *
3830 TGAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGTAAATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAAATTTATAGT
* **
3895 CACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACT
129 CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
3923 TGCTTTAAAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 20, Indels: 7
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
187 97 0.74
188 8 0.06
189 3 0.02
190 23 0.18
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (190 bp):
TATAATCTCATAACTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTATAAAAACAGATTATAACTG
AATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTAAATTTATAGTCA
CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTAAAAATATTTT
Found at i:4221 original size:698 final size:692
Alignment explanation
Indices: 3060--4338 Score: 1523
Period size: 698 Copynumber: 1.8 Consensus size: 692
3050 TACTTGTTTT
* * *
3060 AAATGTTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTGTATACTTTTTATTAAAATGGAT
1 AAATATTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTGTATAC-TTTTATAAAAATGAAT
* * * * **
3125 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGAAAGACAAGTCTATT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTAAATT
* *******
3190 TATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTANNNNNNNNNNNNNN
130 TATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA-------ATAATTG
** * *
3255 NNTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAAA
188 ATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAAA
* *
3320 AACATCAAGAAAATGAGATCCATTGGCAAGAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGT
253 AACATCAAGAAAATGAGATCCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGT
* * * *
3385 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATT
318 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATGTTTTTACATT
* * **********
3450 TTTTATTAAAAGAGATTATAATTTAATGTCTACCATGAAACACATGAGGAAANNNNNNNNNNTTG
383 TTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAAACACATGAGGAAAAAGATATCCATTG
** * * * * * *
3515 GTAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACATATGCTTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTT
448 ACAAGAAAAGTTC-ATTTACAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTT
* * *
3579 GTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTACAACAGATTATAACT
512 GTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAACT
3644 GAATGTCTACCTCGAGAACCGTGAAGAGAAATATATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATGGTC
576 GAATGTCTACCTCGAGAACCGTGAAGAGAAATATATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATGGTC
3709 ACTCATACCTTCAAAATCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTAA
641 ACTCATACCTTCAAAATCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTAA
* *
3761 AAATATTTTTATAATCTCATACTTGA-TTCTAAGTTGATTTTT-TAATA-TTTTATAAAAACT-A
1 AAATATTTTTATAAACTCATAATTGACTT-TAAGTTGATTTTTGT-ATACTTTTATAAAAA-TGA
*
3822 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGTAAA
63 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTAAA
* * * ***
3887 TTTATAGTCACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTNNNNNNNNNNATAAT
128 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTT-------TTAATAAT
*
3952 TGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA-TTTTATTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-A
186 TGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
4015 GAAAACATGAAGAAAATGATATCTATTGGCAGGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
251 -AAAACATCAAGAAAATGAGATCCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
********** *
4080 AG-CTTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATTTCATAATTGATTTTCAATTGAATGTTTTTA
315 AGTC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATGTTTTTA
** *
4144 CATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCATGGGACACATG-TGAACAAAGATATC
379 CATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAAACACATGAGGAA-AAAGATATC
* *
4208 CATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTCTTACTCGCTTTAAAT
443 CATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAAT
* * * *
4273 ATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACATATTATA
508 AGTTGTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATA
4338 A
573 A
4339 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 85, Indels: 32
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
697 36 0.08
698 264 0.55
699 136 0.28
700 4 0.01
701 39 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (692 bp):
AAATATTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTGTATACTTTTATAAAAATGAATT
ATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTAAATTT
ATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATCAA
GAAAATGAGATCCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTAC
TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATGTTTTTACATTTTTTATTA
AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAAACACATGAGGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAA
AGTTCATTTACAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTGTATAATCC
CATAACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTAC
CTCGAGAACCGTGAAGAGAAATATATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATACCT
TCAAAATCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCTAA
Found at i:4995 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4681--5248 Score: 608
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
4671 NNNNNNNNNN
* *
4681 TGAATGTCTACCTC-AGAAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTG
1 TGAATGTCTACCTCGAG-AAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * ***
4745 TCATCCATGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACNNN
65 TCACCCATACCTTCGAAAACCTTAATACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTA
******* *
4810 NNNNNNNTGTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
130 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
4851 TGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGCATAAAAAGATATCCGTT-GACAAGAAAAGTTCATTTATAG
1 TGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * **********
4915 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTGT-TTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGA-TT
65 TCACCCATACCTTCGAAAACCT-TAATACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTT
*
4978 CAAAGCTT-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
129 -AAAG-TTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * *
5021 TCAATGTCTACCTC-AGAAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTG
1 TGAATGTCTACCTCGAG-AAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
5085 TCACCCATACCTTTGAAAACCTTAATACTCGCTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGACTTT
65 TCACCCATACCTTCGAAAACCTTAATACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTA
*
5150 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAGT
130 AAGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * *
5191 TGAATGTCTACCTCGAGAAATATAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
1 TGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
5249 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 61, Indels: 22
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 312 0.96
171 8 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATACCTTCGAAAACCTTAATACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTAA
AGTTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
Found at i:5815 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5501--6061 Score: 508
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
5491 TGCCAGAAAA
* * *
5501 AACGTGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTC-TTCAAAA
1 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATG-CATTCAAAA
* * * * * ********** *
5564 GCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAA-TGTTTTTAC
65 ACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATATAATAATTAATGTTAAGTTGAATTG-TTTTAT
*
5627 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACCATGGG
129 ATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCATGGG
* * ** * *
5669 ACACATGTAGAAGCAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAA
1 A-ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCATTCAAAA
* * * * * *
5734 ACCTTGTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATATCATAATTAAT-TCTAAGTTGAATTGTGTTAT
65 ACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATATAATAATTAATGT-TAAGTTGAATTGTTTTAT
** *
5798 ATTTTTTATTCAAATAGATTATAATTAAATGTCTGTC-TCGAGA
129 ATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCAT-G-GG
* * *
5841 AACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA-AAGAAG-TCGATTTATAGTCACCCATGCATTCAAA
1 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA-AAGTTC-ATTTATAGTCACCAATGCATTCAAA
* * * * * * *
5904 AACCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTGCAATCTAATAATTGATGTTAACTTGAATTTTTTTAT
64 AACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATATAATAATTAATGTTAAGTTGAATTGTTTTAT
* * * *
5969 ATTTTTTATTAAGAAAGATTATAACTGATTGTCTACCATGGAG
129 ATTTTTTATTAA-ATAGATTATAATTAAATGTCTACCATGG-G
*
6012 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
6062 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 62, Indels: 29
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 25 0.08
170 50 0.16
171 230 0.73
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCATTCAAAAA
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATATAATAATTAATGTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
TTTTTATTAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCATGGG
Found at i:6039 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5411--6061 Score: 808
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
5401 NNNNNNNNNN
* * * * *
5411 AAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAGATTTTTGATTAAAACAAA
1 AAATATTTTTATAATATCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTCTTAGATTTTTGATTAAAACAAA
* * * *
5476 TAATAATTGAATGTCTGCCAGAAAAAACGTGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAGAAAGTCCATT
66 TAATAATTAAATGTCTGCCAGAAAAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAGTCCATT
* * * *******
5541 TATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNN
131 TATAGTCACCCATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAATGGTTTTACAATCTAATAATTGA
*** * * *
5606 NNNTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACCATGGGAC
196 TGTTAACTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCATGGGAC
* ** *
5671 ACATGTAGAAGCAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAAC
261 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAAC
5736 CTTGTTACTTGCTTT
326 CTTGTTACTTGCTTT
* * * * * *
5751 AAATATTTTTATAATATCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTCAAATAGA
1 AAATATTTTTATAATATCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTCTTAGATTTTTGATTAAAACAAA
* * * *
5816 TTATAATTAAATGTCTGTCTC-G-AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAAAGAAGTCG
66 TAATAATTAAATGTCTG-C-CAGAAAAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAA-AAGTCC
*
5879 ATTTATAGTCACCCATG-CATTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTGCAATCTAATA
128 ATTTATAGTCACCCATGTC-TTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTA-ATGGTTTTACAATCTAATA
* * *
5943 ATTGATGTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAGAA-AGATTATAACTGATTGTCTACCA
191 ATTGATGTTAACTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAA-AATAGATTATAACTGAATGTCTACCA
*
6007 TGGAGA-ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
255 TGG-GACACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
6062 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 44, Indels: 12
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 99 0.38
341 48 0.18
342 109 0.42
343 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAATATTTTTATAATATCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTCTTAGATTTTTGATTAAAACAAA
TAATAATTAAATGTCTGCCAGAAAAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAATGGTTTTACAATCTAATAATTGA
TGTTAACTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCATGGGAC
ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAAC
CTTGTTACTTGCTTT
Found at i:7648 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 7392--7883 Score: 391
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 160
7382 TCGAAGTTTA
* * * *
7392 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTACCTCAAGAAATATGAAGAAA
1 ATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATATGAAGAAA
* * *
7457 AATATATCCATTAGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGT-CATCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCT
66 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCCCTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCT
*
7520 CGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTG
129 CGCTTTAAATATTTTTATAATCTC----------TTAAGTTG
* * *
7562 ATTTTTTTATACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAA
1 ATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATATGAAGAAA
* * * * *
7627 AAGATATCGATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTTTCTCG
66 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCG
7692 CTTTAAATATTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTG
131 CTTTAAATATTTTTATAATCTC----------TTAAGTTG
* * * * * * * ** *
7732 AATTTTCTTACATTTTTTTATTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG
1 -ATTTTTTTATA-CTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATATGAAG
* * * * * * * * *
7796 AAAATGATATCCATTGGCATG--AAGTCTATTTATTGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTAC
63 AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGC
* *
7859 TCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTC
128 TCGCTTTAAATATTTTTATAATCTC
7884 GTAAATGATT
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 42, Indels: 10
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 206 0.75
171 13 0.05
172 55 0.20
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
ATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATATGAAGAAA
AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCG
CTTTAAATATTTTTATAATCTCTTAAGTTG
Found at i:7900 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6507--8399 Score: 1197
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 170
6497 NNNNNNNNNN
* * * * *
6507 TTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGATTTTTTTTATA-TTTTTATAAAAACATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* *
6571 TTGAATGTCTACC-TCAAGAAA-GTGAAGCAAAAGATATCCATT-GCTAAGAAAAGTCAATTTAT
66 TTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAG-AAAGTCTATTTAT
* * * *
6633 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACCTTAAATA-
128 AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
6675 TTATTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTCTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATA
1 TT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* ********* *
6740 ATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTTCAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAGTCTATTTAT
* *
6804 AGTCAC-CAATGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATA-
128 AGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********* * * * * *
6846 TTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTCTAAGTTGAATTGTGTTAAATTTTGTTATTAAAATAGATTAT
1 TTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTT-TTATTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
6911 AATTAAATGTGTACC-TCATGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAACATAAGTCGATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTCA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA-AAGTCTATTTA
* * * * * * *
6975 TAGTCACCCATTCCCTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGG
127 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * *
7019 TTTTACAAACTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTCTTACATTTTTTATGAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * **
7084 TTGAATGTCTACC-TCAGAGAACGTGAAAAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTGGATTTATA
66 TTGAATGTCTACCTTCAGA-AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATA
** * * *
7148 GTCACTCATGCCGCCGAAAGCC-TAGTTACACACTTTAAATAG
129 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
7190 TTTTACAATTTCATAATAGAGTTTGAGTTGAA-TTTCATTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTC-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
*** * * * *
7254 ATT-AGATGTCTGTGTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTTGTTTAT
65 ATTGA-ATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTAT
* * * ***********
7318 AGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTGNNNNNNNNNNTTAAAT-G
128 AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
** * *
7360 TTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * ** * *
7425 ATTGAATCTTTACC-TCAAGAAATATGAAGAAAAATATATCCATTAGCAAGAAAAGTGC-ATTTA
65 ATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAGT-CTATTTA
* *
7488 TAGTCA-TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-G
127 TAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********** * * * *
7531 TTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTG-ATTTTTTTATACTTTTTGTTAAAACAGACTATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * *
7595 ATTGAATATCTACC-TCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCGATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTTCA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTAT
* * * * * *
7659 AGTCCCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTTTCTCGCTTTAAATAT
128 AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********** * * *
7702 TTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTTTATTAAAATAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * * * *
7767 ATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGCATG-AAGTCTATTTATTG
65 ATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAG
* *
7831 TCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAG
130 TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
7872 TTTTATAATCTCGTAAATGATTTTAAGTTGAATTCTT-TT-TCATTTTTTA-TAAAATGATATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTTAT-ATTTTTTATTAAAA-CAGATTA
* * * *
7934 TAATTGAACGTCTA-C-TCTGAAACAAAT-AAGGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCTAT
63 TAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAC--GTGAA-GAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAGTCTAT
* * * ****
7996 TTATAGTCAC-CTATGCTTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAANNNN
124 TTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
****** * * *
8043 NNNNNNAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTATT-TTATATATTTTATTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * *
8107 ATTGAATGTCTACCTTCA-AATATGT-AAAAAAGAATATATCCATTTGCTTAA-AAAGTCCATTT
65 ATTGAATGTCTACCTTCAGAA-ACGTGAAGAAA-AAGATATCCATTGGC--AAGAAAGTCTATTT
* * * ** *
8169 ATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATAC
126 ATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
8214 TTTTATAATCTCATAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGTT-TTATTTTATATTT
1 TTTTATAATCTCATAA----TTGAT--T-T--TAA--G-TT-GAA-TT-TTCTTA---TAT-TTT
* * * * * ** * *
8278 TTATAAAAATAAATAATAATTGAATGTCTCCCTTGGGAAACGTGAAGAAAATGATATCCATTAGC
47 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
* * *
8343 AAGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAAT
112 AAGAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
8400 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1335, Mismatches: 317, Indels: 126
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.00
168 10 0.01
169 80 0.06
170 274 0.21
171 636 0.48
172 193 0.14
173 11 0.01
175 3 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
180 3 0.00
182 1 0.00
183 2 0.00
184 2 0.00
185 7 0.01
187 2 0.00
188 50 0.04
189 46 0.03
190 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGT
CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
Found at i:8389 original size:188 final size:189
Alignment explanation
Indices: 8049--8399 Score: 431
Period size: 188 Copynumber: 1.9 Consensus size: 189
8039 NNNNNNNNNN
* * * *
8049 AATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAACTGATTCTAAGTTAAATTATTTTATATATTTTATAAAAACAAATAATAATTGAAT
* *
8114 GTCTACCTTCAAATATGTAAAAAAGAATATATCCATTTGCTTAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
66 GTCTACCTTCAAATACGTAAAAAAGAATATATCCATTAGC-TAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ** *
8179 ATGCATTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATGTTTTTAT
130 ATACATTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATGTTTTTAT
* *** *
8239 AATCTCATAATTGATTCTAAGTTGTTTTATTTTATAT-TTTTATAAAAATAAATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAACTGATTCTAAGTTAAATTATTTTATATATTTTATAAAAACAAATAATAATTGAAT
* ** * *
8303 GTCTCCCTTGGGAA-ACGTGAAGAA-AATGATATCCATTAGC-AAGAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 GTCTACCTT-CAAATACGTAAAAAAGAAT-ATATCCATTAGCTAA-AAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
8365 TCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAAT
128 TCATACATTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAAT
8400 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 23, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
187 2 0.01
188 50 0.37
189 49 0.36
190 34 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (189 bp):
AATCTCATAACTGATTCTAAGTTAAATTATTTTATATATTTTATAAAAACAAATAATAATTGAAT
GTCTACCTTCAAATACGTAAAAAAGAATATATCCATTAGCTAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
TACATTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATGTTTTTAT
Found at i:9835 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9118--9847 Score: 681
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
9108 NNNNNNNNCA
* * * * *
9118 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
9183 ACATTTTTTATTAAA-CAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGATATC
65 ACATTTTTTATTAAATCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* ** * *
9247 CATTGGCAAAAAGAGTGTATTTAGAGTCACCCATGCCGTCG
130 CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * * * * *
9288 AAAGCCTTGTTACATACTTTAAATGGTTTTACAATCTTATCATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTAC-TTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * **
9353 ATATTTTTTTATTAAAAT-TGATTATAATTTAATGTCTACCTTGGGTGACATGAAGAAAAAGATA
65 ACA-TTTTTTATT-AAATCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * *
9417 TCCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCTTCA
128 TCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* ** * * * **
9460 AAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATTTTTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTNN
1 AAAGCCTTATTACTT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
******** * * * * *
9525 NNNNNNNNTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
65 ACATTTTTTATTAAATCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* * * * * *
9590 CATTGGTAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCACCCATACCTTTG
130 CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
********* * *
9631 AAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTAC-TTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** *
9696 ACATTTTTTATTAAATCAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGGGAAGAAAAATATATC
65 ACATTTTTTATTAAATCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* *
9761 CATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCG
130 CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* **
9802 AAAGCCTCATTACTCTCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA
1 AAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
9848 ATTTNNNNNN
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 119, Indels: 15
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 59 0.14
171 250 0.58
172 124 0.29
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTTATTAAATCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
ATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
Found at i:10891 original size:174 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10519--11167 Score: 542
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
10509 NNNNNNNNNN
* * * * * * * ** *
10519 AAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGTTATGTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCTGTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
* * * * * * *
10584 CCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAGATTGTAATTGAATG
66 TCTCATAATTAATTTGAAGCTAAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATG
* * *
10647 TCTACCT-AGGGAAACGTGAAGAAAAATACATCCATTGGCAAG
130 TCTACCTCA--GAAAAGTGAAAAAAAAGACATCCATTGGCAAG
** ** *
10689 AAAACACTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTGT-TTACTCGTTTTAAATGTTTTTAT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAACG-CTGTATTACTCACTTTAAATATTTTTAT
* *
10752 AATCTCATAATTAATTTGAAGCTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGA
64 AATCTCATAATTAATTTGAAGCT-AA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGA
* *
10817 ACGTCTACCTCCAGAAAAGTGAAAAAAAAAGACATCCATTGGTAAG
127 ATGTCTACCT-CAGAAAAGTG-AAAAAAAAGACATCCATTGGCAAG
* * * * *
10863 AAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTCAAACGCTTTATTACTCACTTTAAGTATTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCTGTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
* * * * * * * *
10928 TCTCATATTTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATAT
66 TCTCATAATTAATTTGAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGT
* * * * *
10993 CTGCCTTAGGAAACA-TGAAAAAAATGATATCCATTGCCAAG
131 CTACCTCA-GAAA-AGTGAAAAAAAAGACATCCATTGGCAAG
* ********** *
11034 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAANNNNNNNNNNACTCACTTTAAATGTTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCTGTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
* * * * *
11099 TCTCATAACTAATTTTG-AGCTAATTTTTTTTTA-TTTTTTA-TTAAAACTGATTATAATTGAAT
66 TCTCATAATTAA-TTTGAAGCTAA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAAT
11161 GTCTACC
129 GTCTACC
11168 ATAGGAAACA
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 80, Indels: 30
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 87 0.23
171 100 0.26
172 66 0.17
173 44 0.11
174 86 0.22
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCTGTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAA
TCTCATAATTAATTTGAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGT
CTACCTCAGAAAAGTGAAAAAAAAGACATCCATTGGCAAG
Found at i:11129 original size:345 final size:342
Alignment explanation
Indices: 10519--11167 Score: 772
Period size: 345 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
10509 NNNNNNNNNN
* * * *
10519 AAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGTTATGTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTACAGTAACCCATACCTTCAAAAGTTATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * *
10584 CCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTGTAATTGAATGTC
66 CCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATC
* *
10649 TACCTAGGGAAACGTGAAGAAAAATACATCCATTGGCAAGAAAACACTATTTATAGTCACCCATG
131 TACCTAGGGAAACATGAAGAAAAATACATCCATTGCCAAGAAAACACTATTTATAGTCACCCATG
** *
10714 CCTTCGAAAGCCTGTTTACTCGTTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGCTGAAT
196 CCTTCGAAAGCCTGTTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAACTAATTTGAAGCTGAAT
* *
10779 TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAACGTCTACCTCCAGAAAAGTGAAAAAA
261 TTTTTTTT--ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCCAGAAAAGTGAAAAAA
10844 AAAGACATCCATTGGTAAG
324 AAAGACATCCATTGGTAAG
* * * * * *
10863 AAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTCAAACGCTT-TATTACTCACTTTAAGTATTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTACAGTAACCCATACCTTCAAAAG-TTATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * *
10927 ATCTCATATTTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAAT
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGCTAAAT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAAT
* * **
10991 ATCTGCCTTA-GGAAACATGAA-AAAAATGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
128 ATCTACC-TAGGGAAACATGAAGAAAAAT-ACATCCATTGCCAAGAAAACACTATTTATAGTCAC
* *********
11054 CCATGCCTT-TAANNNNNNNNNNACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAACTAATTTTG-A
191 CCATGCCTTCGAA-AGCCTGTTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAACTAA-TTTGAA
* * *
11117 GCT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACC
254 GCTGAATTTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACC
11168 ATAGGAAACA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 44, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
342 32 0.13
344 98 0.39
345 118 0.46
346 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGTCCATTTACAGTAACCCATACCTTCAAAAGTTATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
CCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATC
TACCTAGGGAAACATGAAGAAAAATACATCCATTGCCAAGAAAACACTATTTATAGTCACCCATG
CCTTCGAAAGCCTGTTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAACTAATTTGAAGCTGAAT
TTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCCAGAAAAGTGAAAAAAAA
AGACATCCATTGGTAAG
Found at i:11892 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11665--11975 Score: 389
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
11655 NNNNNNNNNN
* * *
11665 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCAAAGGTAGACATTCAT
1 CTATAAATAGACCTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCAAGTTTCCAAAGGTAGACA-T-AT
* **
11730 A-TATAATCTGTTTTAATAAAAAAATAT-AAAAAATT-TAACTTAAAATTAATTATGTA-ATTAT
64 AGTATAATCTGTTTTAA-AAAAAAATATAAAAAAATTCAAACTTAAAAGCAATTATG-AGATTAT
**
11791 AAAAGTATTTAAATCTAAAAATAAGGCTTCCGAAGGTATAGGTGA
127 AAAAACATTTAAATCTAAAAATAAGGCTTCCGAAGGTATAGGTGA
* * * * *
11836 CTATAAATGGACCTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTGCTTTAAGTTTCTC-AAGGTAGACATATA
1 CTATAAATAGACCTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCAAGTTTC-CAAAGGTAGACATATA
* * *
11900 GTTATAATCTGTTTTAACAAAAATTGTAAAAAAATTCAAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAA
65 G-TATAATCTGTTTTAAAAAAAAATATAAAAAAATTCAAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAA
11965 AAACATTTAAA
129 AAACATTTAAA
11976 GCGAGTAATA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 16, Indels: 11
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.03
170 8 0.07
171 74 0.63
172 33 0.28
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATAGACCTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCAAGTTTCCAAAGGTAGACATATAG
TATAATCTGTTTTAAAAAAAAATATAAAAAAATTCAAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAA
ACATTTAAATCTAAAAATAAGGCTTCCGAAGGTATAGGTGA
Found at i:12698 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12511--13681 Score: 617
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
12501 NNNNNNNNNN
* * * *
12511 CTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGGATATCATTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
1 CTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * *
12576 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGGAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
65 TTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
12641 ATACTTAAAGTGAGTAATA-AGGCGTTT-GAAGGCATCGG-TTA
130 ACATTTAAAGTGAGTAA-ACAGGC-TTTCGAAGGCAT-GGATAA
* * **********
12682 CTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTNNNNNNNNNNTTCAA
1 CTATAAATA-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * *
12747 TTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAA
65 TTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
**
12812 ACATTTAAAGCAAGTAAACAGGCTTTCGAAGGCATGGATAA
130 ACATTTAAAGTGAGTAAACAGGCTTTCGAAGGCATGGATAA
* * *
12853 TTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCGAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * * * * *
12918 TTGCAATCTGTTTTAATGAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTACAAAA
65 TTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ********** * *
12983 CCATTTAAAGTGAGTANNNNNNNNNNCGAAGGCATGGGTGA
130 ACATTTAAAGTGAGTAAACAGGCTTTCGAAGGCATGGATAA
* * * * * * * *
13024 CTATAAATGGACTTTTTTTACTAATGGATATCTTTTTCTCCACGTTTCTCCAA-GTAGACATTCA
1 CTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCA
* * ** * * * * *
13088 AATATAATCAATTTTAAT-AAAATTATAAAAATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAA
64 ATTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ********* * *
13152 AACATTTAAAGTGAGCAATA-ANNNNNNNNNNA-GCATGGGTGA
129 AACATTTAAAGTGAGTAA-ACA-GGCTTTCGAAGGCATGGATAA
* * * * * * *
13194 CTATAAATGGACTCTTCTTACCAATGGATATTTTTTTGTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
1 CTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
** * * * **********
13259 TTATTATCTTTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAAG-TTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAA
65 TTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** ** * *
13323 ACCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTC-AATGGCATGGGTGA
129 AACATTTAAAGTGAGTAAACAGGCTTTCGAA-GGCATGGATAA
* * * * ** * *
13365 CTACAACTGAAC-TTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCACCTTTCATAAGGTAGACATTCAA
1 CTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* ************ * * * * *
13429 TTATAATCAANNNNNNNNNNAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTGTATAA
65 TTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
13494 CCATTTCAAG-CATGT-AACAAGGGTTTCGACA-GCATAGG-TGA
130 ACATTTAAAGTGA-GTAAAC-AGGCTTTCGA-AGGCAT-GGATAA
* ********** * * *
13535 CTATAAATGGACTTNNNNNNNNNNTAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
1 CTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * * *
13600 TCATAATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAG-TTAAATTCAATTATGAGATTATAAA
65 TTACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
13664 AATATTTAAAGAGAGTAA
129 AACATTTAAAGTGAGTAA
13682 TGAGGNNNNN
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 222, Indels: 47
0.74 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 249 0.33
171 489 0.65
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
CTATAAATAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAT
TACAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
CATTTAAAGTGAGTAAACAGGCTTTCGAAGGCATGGATAA
Found at i:14106 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13810--14855 Score: 1077
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
13800 NNNNNNNNNN
* * * *
13810 AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGCA-TAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * *
13874 ACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGTTAGACATTTA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTGAGGTAGACATTCA
* * *
13939 ATTATAATTTGTTTTAATACAAAATGTAAAACAATTCAACTT
129 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * *
13981 AAAATCAATTATGAGACTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * *
14046 CGATAAATGGACTTTTCTTACAAATGGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAAGTAGACATTAAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTGAGGTAGACATTCAA
** *
14111 TTATAATCAATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
130 TTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
14153 AAAATCAATGATAAGATTGTAAAACCATTTAAAG-TATGCAATAAGGCTTTCGAACGACATGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGGGT
** * * * *
14217 GACTATAAATAAACTTTTATTGGCAATAGATATCTTTTTCTTCATGT-TTCTCGAGGTAGACATA
64 GACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCT-GAGGTAGACATT
* *
14281 CAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAAGTT
127 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
14324 AAAATCAGTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGGGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * *
14389 CTATAAA-GGAACTTTTCTTGTCAAT-GAATATCTTTTTCTTCATG-CTTCATGAGGTTGATATT
66 CTATAAATGG-ACTTTTCTT-ACAATAG-ATATCTTTTTCTTCATGTC-TCCTGAGGTAGACATT
* * * *
14451 CAATTATAATCTATTTTTATAAAGAATGTAAAAAAATTTAACTT
127 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ********** * * *
14495 AAAATTAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * *
14560 CTATAAATAGACTTTTCTTACAAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGAAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTGAGGTAGACATTCAA
* * * ** * *
14625 TTATTATCTATTTAAACCATAAATGT-AAAACATTCAACTT
130 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
14665 AAAATCAATTATGAGATGATAAAAACATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGC
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
14730 CTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATAGATATCTTTTTCCTCATGTGTCC-CATGGCAGACATTCA
66 CTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTGA-GGTAGACATTCA
*
14794 ATTATTAATCTGTTTTAA-AGAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
129 ATTA-TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
14836 AAAATCAATTATGAGATTAT
1 AAAATCAATTATGAGATTAT
14856 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 142, Indels: 42
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 191 0.27
171 377 0.53
172 76 0.11
173 65 0.09
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTACAATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTGAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:14458 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 13810--14855 Score: 1270
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 512
13800 NNNNNNNNNN
* * *
13810 AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGCATAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCATAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGGGA
* * *
13875 CTATAAACGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGTTAGACATTTAA
66 CTATAAACGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGCTTCATGAGTTAGACATTCAA
* * *
13940 TTATAATTTGTTTTAATACAA-AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAA
131 TTATAATCTATTTTAATA-AAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAA
** * * *
14004 AAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTACAA
195 AAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGACGATAAATAGACTTTTCTTACAA
* *
14069 ATGGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAAGTAGACATTAAATTATAATCAATTTTAATA-AAAA
260 ATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAAGAAGACATTAAATTATAATCAA-TTTAA-ACAAAA
* *
14133 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATAAGATTG-TAAAACCATTT-AAA-GTATGCAAT
323 AATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATAAGA-TGATAAAAACATTTAAAACG-A-GCAAC
* *
14195 AAGGCTTTCGAACGACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATTGGCAATAGATATCTTTTTCTTC
384 AAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATTGCCAATAGATATCTTTTTCCTC
* * * * *
14260 ATGTTTCTCGA-GGTAGACATACAATTA-TAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAAG
448 ATGTGTC-CCATGGCAGACATACAATTATTAATCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
14322 TT
511 TT
* **
14324 AAAATCAGTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGGG
1 AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCA-TAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGGG
** * *
14388 ACTATAAA-GGAACTTTTCTTGTCAAT-GAATATCTTTTTCTTCATGCTTCATGAGGTT-GATAT
65 ACTATAAACGG-ACTTTTCTTACCAATAG-ATATCTTTTTCTTCACGCTTCATGA-GTTAGACAT
* * * *
14450 TCAATTATAATCTATTTTTATAAAGAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
127 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAT
********** *
14515 NNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
192 AAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGACGATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * * * * *
14580 CAAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGAAGACATTCAATTATTATCTATTTAAACCAT
257 CAAATAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAAGAAGACATTAAATTATAATCAATTTAAACAAA
* * * * *
14645 AAATGTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAAACATTTAAAACGAGTAACAAG
322 AAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATAAGATGATAAAAACATTTAAAACGAGCAACAAG
* * ** *
14710 GCTTTCGAAGGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATAGATATCTTTTTCCTCATGT
387 GCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATTGCCAATAGATATCTTTTTCCTCATGT
* *
14775 GTCCCATGGCAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAAAGAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
452 GTCCCATGGCAGACATACAATTATTAATCTGTTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
14836 AAAATCAATTATGAGATTAT
1 AAAATCAGTTATGAGATTAT
14856 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 69, Indels: 26
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 67 0.15
512 99 0.22
513 26 0.06
514 254 0.56
515 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCATAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGGGA
CTATAAACGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGCTTCATGAGTTAGACATTCAA
TTATAATCTATTTTAATAAAGAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
AAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGACGATAAATAGACTTTTCTTACAAA
TAGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAAGAAGACATTAAATTATAATCAATTTAAACAAAAAAT
ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATAAGATGATAAAAACATTTAAAACGAGCAACAAGGCTT
TCGAAGACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATTGCCAATAGATATCTTTTTCCTCATGTGTCC
CATGGCAGACATACAATTATTAATCTGTTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:14696 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 13810--14855 Score: 1141
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 339
13800 NNNNNNNNNN
* *
13810 AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-G-TGCATAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGATG--TAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGT
** * * *
13873 GACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGTTAGACATTT
64 GACTATAAATAGACTTTTCTTA-CAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTC
* *
13938 AATTATAATTTGTTTTAATACAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACT-ATA
128 AATTATAATCT-ATTTAATACAAAATGTAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTGATA
* * *
14002 AAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT-A
191 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA
* * * * * *
14066 CAAATGGATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAAGTAGACATTAAATTATAATCAATTTTAATAAA
256 C-AATGAATATCTTTTTCTTCATGTCTCAT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTTAT-AA
*
14131 AAAATATAAAAAAATTCAACTT
318 AAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
14153 AAAATCAATGATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTATGCAATAAGGCTTTCGAACGACATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGATGTAATAAGGCTTTCAAAGGA-ATGGGTG
* * * *
14218 ACTATAAATAAACTTTTATTGGCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGACATAC
65 ACTATAAATAGACTTTTCTT-ACAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAGACATTC
* * * * * * *
14282 AATTATAATCTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAAGTTAAAATCAGTTATGAGATTG-TAA
128 AATTATAATCTATTTAATACAAAATGT-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTGATAA
* * * * *
14346 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGGGACTATAAA-GGAACTTTTCTTGT
192 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGA
* *
14410 CAATGAATATCTTTTTCTTCATG-CTTCATGAGGTTGATATTCAATTATAATCTATTTTTATAAA
256 CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTC-TCAT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTTATAAA
* *
14474 GAATGTAAAAAAATTTAACTT
319 AAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ********** *
14495 AAAATTAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GATGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTG
*
14559 ACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGAAGACATTCA
65 ACTATAAATAGACTTTTCTTAC-AATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCA
*
14624 ATTATTATCTATTTAA-ACCATAAATGTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TGATAA
129 ATTATAATCTATTTAATA-CA-AAATGTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTGATAA
* * * * * *
14687 AAACATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTGTTGCC
192 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC
* * * *
14752 AAT-AGATATCTTTTTCCTCATGTGTCCCAT-GGCAGACATTCAATTATTAATCT-GTTTTA-AA
257 AATGA-ATATCTTTTTCTTCA--TGTCTCATAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTATTTTTATAA
14813 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
318 -AAAATGTAAAAAAATTCAACTT
14836 AAAATCAATTATGAGATTAT
1 AAAATCAATTATGAGATTAT
14856 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 95, Indels: 48
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.01
341 231 0.39
342 77 0.13
343 194 0.33
344 74 0.13
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGATGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGA
CTATAAATAGACTTTTCTTACAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTATTTAATACAAAATGTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTGATAAAAAC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATG
AATATCTTTTTCTTCATGTCTCATAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTTATAAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTT
Found at i:15347 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15012--15364 Score: 428
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
15002 NNNNNNNNNN
* * *
15012 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAATAAAGCTTTT
1 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAATAAAGATTTC
* * * *
15077 GAAGGCATGGACGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATATCTATTCTTCACATTTCTCGA
66 AAAGGCATGGACGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATATATATTCTTCACATTTCTCGA
* * * *
15142 GGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTTATAAAAATATAA
131 GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATAT-A
* * *
15182 AAAAAATTAACTTAGAATCAATTATGAGATTATACAAATATTTAAAATG-GA-T-AATAAAGATT
1 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT-AAA-GCGAGTAAATAAAGATT
* * * * **
15244 TCAAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCTAATGGATATAT-TTTTTCATGTTTCT
64 TCAAAGGCATGGA-CGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATATATATTCTTCACATTTCT
*
15307 CGATATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATA
128 CGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATA
15350 AAAAAATTCAACTTA
1 AAAAAATT-AACTTA
15365 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 21, Indels: 11
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 50 0.32
169 61 0.39
170 40 0.25
171 5 0.03
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAATAAAGATTTC
AAAGGCATGGACGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGGATATATATTCTTCACATTTCTCGA
GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATA
Found at i:15738 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15714--15750 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
15704 CTTAGAATCA
*
15714 ATTATGTGATTATAAAAAC
1 ATTATGAGATTATAAAAAC
15733 ATTATGAGATTATAAAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAA
15751 TATTTAAAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
ATTATGAGATTATAAAAAC
Found at i:15887 original size:187 final size:186
Alignment explanation
Indices: 15546--15886 Score: 431
Period size: 187 Copynumber: 1.8 Consensus size: 186
15536 CTTAAAATCA
** * * *
15546 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC-AGTAATAAAGATTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAA
* * * *
15611 TGGACTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATT
65 TAGACTTTCGTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATT
* * *
15676 TTTTTTATAACAATATAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATTATGTGATTATAAAAAC
130 ATTTTAATAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATTATGTGATTATAAAAAC
*
15733 ATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGC-GTAATAAAGATTTCGAAGGCAT-GAGTAACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAAACATTT-AAA-GCAGTAATAAAGATTTCGAAGGCATAG-GTAACTATA
* * *
15796 AATAGACTTTTCGTGCCAATGGATAT-ATTTT-TTCATGTTT-ATCGAGATAGACATTCAATTAT
63 AATAGAC-TTTCGTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCCT-AAGATAGACATTCAATTAT
15858 AATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
126 AAT-TATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAA
15887 TTCANNNNNN
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 13
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
185 1 0.01
186 28 0.21
187 66 0.50
188 34 0.26
189 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (186 bp):
ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAGTAATAAAGATTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAAT
AGACTTTCGTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATTA
TTTTAATAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATTATGTGATTATAAAAAC
Found at i:16374 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16057--16466 Score: 464
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
16047 NNNNNNNNNN
* *
16057 TACAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAACAGATTATAATTGA
1 TACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA-AAATTATAATTGA
* * * *
16122 ATGTCTGCGTCGAGAAACATAAAGAAACATATATCAATTGGGAAAAAAAGTCTATTTATACTCAC
65 ATGCCTGCGTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCAATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATACTCAC
** * **
16187 CCATGTCGTAAAAAGCCTTGTTACAT-GCTTTAAATAGTTT
130 CCATCCCGTAAAAAGCCTTATTAC-TCGCTACAAATAGTTT
* * *
16227 TACAATCTTATCATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAATTAATTATAATTG
1 TACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA--AATTATAATTG
* * * * * *
16292 AATGCCTGCCTTG-GAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
64 AATGCCTGCGTCGAG-AAACATAAAGAAAAAGATATCAATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATACTC
** * * *
16356 ACTTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTACAAATATTTT
128 ACCCATCCCGTAAAAAGCCTTATTACTCGCTACAAATAGTTT
* * * * * *
16398 TATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTTCATGTTTTGTTAAAACAGATAATAATTG
1 TACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-A-ATTATAATTG
16463 AATG
64 AATG
16467 TCTTAAAGTC
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 35, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 50 0.25
171 149 0.75
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAATTATAATTGAA
TGCCTGCGTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCAATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATACTCACC
CATCCCGTAAAAAGCCTTATTACTCGCTACAAATAGTTT
Found at i:17096 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16757--17486 Score: 639
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
16747 NNNNNNNNTA
* * *
16757 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTGAAAGTGAGTAAT
1 AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAT
********** *
16822 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCA
* * * * *
16887 TATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT
130 -ATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* * *
16927 GAAAGATGAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTGAAGCGAGTAA
1 AAAAAAT-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
16992 TAAGGTTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAACAGATATCTTTTTATTC
64 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTC
*
17056 AAGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCAATTTTAAT
129 AA-TTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* * * ** *
17097 GAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATGAT-ATGATTGTAAAACCATTTAAAGC-ATA
1 --AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAATATTTAAAGCGA-G
* * * * * * *
17160 TAACAAGGC-TTTCAACGGTATGTGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATTGATATCTTTTT
61 TAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTT
* * * *
17224 CTT-TATGTTTCTCCAA-GCAGACATTCAATTATAACCT-GTTTAAT
125 CTTCAAT-TTT-T-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* ********** * *
17268 AAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAANNNNNNNNNNGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA
* * *
17333 TAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTC
64 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTC
** *
17398 -ATGCTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTTAT
129 AATTTTTCA--AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
*
17439 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
1 -AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
17487 CAATTTNNNN
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 94, Indels: 49
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 2 0.00
169 10 0.02
170 186 0.42
171 178 0.40
172 57 0.13
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCAA
TTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
Found at i:17123 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16755--17486 Score: 690
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
16745 NNNNNNNNNN
* * *
16755 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTGAAAGTGAGTA
1 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTA
********** *
16820 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTT
* * * * *
16885 CATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA
131 CA-ATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * *
16926 TGAAAGATGA-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTGAAGCGAGT
1 TAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGT
* * * * *
16990 AATAAGGTTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAACAGATATCTTTTTAT
65 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCT
*
17054 TCAAGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCAATTTTAA
130 TCAA-TTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * **
17096 TGAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATGAT-ATGATTGTAAAACCATTTAAAGC-AT
1 T-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAATATTTAAAGCGA-
* * * * * * * *
17159 ATAACAAGGC-TTTCAACGGTATGTGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATTGATATCTTTT
63 GTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTT
* * * *
17223 TCTT-TATGTTTCTCCAA-GCAGACATTCAATTATAACCT-GTTTAA
127 TCTTCAAT-TTT-T-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * ********** * *
17267 TAAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAANNNNNNNNNNGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTA
* * *
17332 ATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTT
** *
17397 C-ATGCTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTTA
131 CAATTTTTCA--AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
*
17438 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
1 TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
17487 CAATTTNNNN
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 98, Indels: 38
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 1 0.00
169 3 0.01
170 184 0.41
171 208 0.47
172 43 0.10
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTT
CAATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
Found at i:19476 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18951--19700 Score: 848
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
18941 NNNNNNNNNN
* * *
18951 ACTATAAAT-AGAC-TTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCTAGGTAGACATTC
* * * * *
19014 AATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAGAAAAGTAAACTTAAAATCAGTTATGAGATTAAAA
65 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAA-AAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
* *
19079 AAACATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
129 AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
*********** * *
19121 ACTATAAATGNNNNNNNNNNGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTTCGAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCTAGGTAGACATTCA
* * *
19186 ATTATAATCTATTTTAAT-AAAAGTATAAAAAAATCAA-TGTAAAGTCAATTATGAGATTACAAA
66 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAACT-TAAAATCAATTATGAGATTACAAA
* *
19249 AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTG
130 AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
* * * * * * * *
19290 ATTATAAATGAACTTTTTTTACTAATGGATATCTTTTTCTTTACAGTTCCCCAGGTAGGCATTCA
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCTAGGTAGACATTCA
* ** *
19355 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATAAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
* * * *
19420 AATATATAAAGCAAGTAA-ACAAGCTTTCGAAGGCATGGGTG
130 AATATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
* * * * * *
19461 ACTATAAACGAACTTTTCTTAGCAACGGATATCCTTTTATTCACA-TTTCCTACGGTAGATATTC
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCTA-GGTAGACATTC
* * * * *
19525 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAGTATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATCAAGAGATTACAAA
65 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
* *
19590 AATATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTG
130 AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
* * *
19631 ACTGTAAATGGAGTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTAT-CTAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTT-TCCTAGGTAGACATTC
19695 AATTAT
65 AATTAT
19701 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 88, Indels: 22
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 128 0.27
170 149 0.31
171 201 0.42
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTTCCTAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
ATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
Found at i:20642 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20350--20665 Score: 413
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
20340 NNNNNNNNNN
* *
20350 ATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAGATTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAGATTTTT
* * * * * * *
20415 AGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGCA
66 AGTCAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCATGGAAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATCGGAA
*
20480 AG-AAAGTCTATTTATAGTCAGCCATGCTTTCAAAAGCCTT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATGCTTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
20520 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAGA-TTTT
** * *
20585 TA-TCAAATGAGATTATAATTGAATATCTACCAT-GAAAGAAATGAGGAAAAAGATATCCATCGG
65 TAGTCAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCATGGAAA-AAATGAAGAAAAAGATATCCATCGG
20648 AAAGAAAAGTCCATTTAT
129 AAAGAAAAGTCCATTTAT
20666 TGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.03
170 101 0.82
171 18 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAGATTTTT
AGTCAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCATGGAAAAAATGAAGAAAAAGATATCCATCGGAA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATGCTTTCAAAAGCCTT
Found at i:22141 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21451--23367 Score: 1374
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 170
21441 NNNNNNNNNN
* * * * * *
21451 TTTAAATGGTTTTATAACCTCGTAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TCAAAT
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTATATTTTTTATTAAAAT
* * * * * *
21515 GAGATTATAATTAAATATCTACC--ACGAAA-GAAATGAGGAAAAAGATATCCATCGGCAAAAAA
65 -AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG---TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* ** * * * * *
21577 AGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGTCTTGTTGCTCGC
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* ********** * * * *
21622 TTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATATTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTCTTATATTTTTTATTAAAAT
* ********** *
21687 ATATTATAATTNNNNNNNNNNCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAATG-TATCCATTGTCACA-AAAA
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAA-GATATCCATTGGCA-AGAAAA
* *********
21749 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTNNNNNNNNNN
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCAC
* * * * *
21793 TTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGATATTTTTTATA-TTTTTATAAAAAC
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTCTTATATTTTTTATTAAAAT
* * *
21857 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAA-GTGAAGAAAAAGATATCAACTT-GTAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCA-TTGGCAAGAAAAGT
* * * *
21920 CAATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACGCAC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
21962 TTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTCATACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTATATTTTTTATTAAAAT
* * * * * *
22027 AGATAAT-AGTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAATGATATCCATTAGTAAGAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
22091 CATTTATAATCACCAATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* ********** * * *
22132 TTTAAATATTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTCTAAGTTGAATTGTGC-TACATTTTTTATGAAAA
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T-CTTATATTTTTTATTAAAA
* * ** * * * *
22196 TAGATTATAATTAAATGTCT-GCTTCATTAAACGTAAAGAAAAAGATATTCAATGGCAAGATAAG
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * **
22260 TCGATTTATAGTCACCAATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTTGC
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
22303 TTTAAGTGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTATATTTTTTATTAAAATA
* * * * * * * * *
22368 GTTTATAATTGAATGTCTGCC-TCGAAGAACATAAAGAAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTG
66 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
22432 GATTTATAGTCACCCATACCGTCGAAAGCCTTATTACACAC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
22473 TTTAAATAG-TTTTACAATCTTATAATAGATTTTGAGTTGAATTTCATTATATTTTTTATTAAAA
1 TTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTC-TTATATTTTTTATTAAAA
* * * *
22537 TAGATTATAATTGGATGTCTA--TGTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAA
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * **********
22600 GTCCGTTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTNNNNNNNNNN
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
** * * *
22644 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTATATTTTTTATTAAAAT
* * * * ** * * * * *
22709 AAATTATAATTGAATCTCTATCTCAAAAAATGT-AGAGAAGAAGATATTCATTAGCAAGGAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
22773 GCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
22815 TTTAAATGTTTTCATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGATTTTTTTATACTTTTTATTAAAATA
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTATATTTTTTATTAAAATA
* * * *
22880 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAGAAGATATCGATTGGCAAGAAAAGTCC
66 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
22945 ATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATAACTCAC
131 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
********** *
22985 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTATATTTTTTATTAAAAT
* * * * * *
23050 AGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAG-AAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* ***
23114 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTNNN
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
******* * * * * * **
23155 NNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAGC
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TCTTATATTTTTTATTAAAAT
* * * *
23220 AGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GGAACACATGAGGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA-ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
23284 CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTGTTACTCTC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
*
23326 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
Statistics
Matches: 1352, Mismatches: 353, Indels: 82
0.76 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 123 0.09
170 567 0.42
171 641 0.47
172 12 0.01
173 5 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTATATTTTTTATTAAAATA
GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
Found at i:22513 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 21793--23367 Score: 1372
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 342
21783 NNNNNNNNNN
* * * * *
21793 TTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGATATT-TTTTATA-TTTTTATAAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTCTACATTTTTTATTAAAA
* *
21856 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAA-GTGAAGAAAAAGATA-TCAACTT-GTAAGAAAA
65 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC-A-TTGGCAAGAAAA
* ** * *
21918 GTCAATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATATTTTTATAATCTC
128 GTCGATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTC
** * * * *
21983 ATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTCATACATTTTTTGTTAAAATAGATAAT-AGTGAATGTCTGC
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGC
* * * * * * * *
22047 CT-TAGGAAACGTGAAGAAAATGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCC
257 CTCGAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
22111 TTTGAAAGCCTTGTTACTCGC
322 TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* ********** * * *
22132 TTTAAATATTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTCTAAGTTGAATTGTGCTACATTTTTTATGAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTTTTATTAAAAT
* * * ** * * *
22197 AGATTATAATTAAATGTCTGCTTCATTAAACGTAAAGAAAAAGATATTCAATGGCAAGATAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * * *
22262 GATTTATAGTCACCAATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTACAATCTCATA
131 GATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATA
* * *
22327 ATTGATTTTAACTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGCCTCG
196 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCG
* * * ** * *
22392 AAG-AACATAAAGAAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTGGATTTATAGTCACCCATACCGTCG
261 AAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* *
22456 AAAGCCTTATTACACAC
326 AAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
22473 TTTAAATAGTTTTACAATCTTATAATAGATTTTGAGTTGAA-T-TTCATTATATTTTTTATTAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTC--TACATTTTTTATTAAA
* ** * * *
22536 ATAGATTATAATTGGATGTCTATGTC-GAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAA
64 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
* * * **********
22600 GTCCG-TTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGTTTTTATAATCT
128 GT-CGATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCT
** * * * * *
22664 CATAATTGATTCAAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATCTCTA
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTG
* * ** * * * * * *
22729 TCTC-AAAAAATGTAGAGAAGAAGATATTCATTAGCAAGGAAAGTGCATTTATAGTCATCCATGC
256 CCTCGAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
*
22793 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
321 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
22815 TTTAAAT-GTTTTCATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTG-ATTTTTTTATACTTTTTATTAAAA
1 TTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTTTTATTAAAA
* *
22878 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAGAAGATA-TCGATTGGCAAGAAAAG
65 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAG
* * * *
22942 TCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
129 TCGATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
********** * * *
23007 TAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTGCC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * *
23072 TTG-GGAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
258 TCGAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
***
23135 TCGAAAGCCTTATTACTNNN
323 TCGAAAGCCTTATTACTCGC
******** * * * **
23155 NNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAGC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTTTTATTAAAAT
* * * *
23220 AGATTATAATTGAATGTCTA-C-CATGGAACACATGAGGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GGAA-ACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
23283 TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTGTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TCGATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
23348 TAATTGATTTTAAGTTGAAT
194 TAATTGATTTTAAGTTGAAT
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 242, Indels: 50
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 38 0.04
340 134 0.14
341 651 0.67
342 140 0.14
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTTTTATTAAAAT
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
GATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCG
AAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
AAAGCCTTATTACTCGC
Done.