Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402976.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_64.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8199
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 1983 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1459 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1021--1881 Score: 610
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
1011 NNNCTTGAAT
* * * *
1021 TTTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGGGGAGAAAAA
1 TTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
1086 GATATCAGTTGGTAAGAAAAGTTTAATTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGCT
64 GATATCA-TTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
1151 TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTTAATA
128 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATA
* * * *
1193 TTTTTACA-TTTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGACTTGAGAAACGTGCAGAAAAAG
1 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT-ACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
1257 ATAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATG-CTTACGGAAGTCTTATTACTCGCT
65 AT-ATCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *******
1321 TTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNN
128 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATA
*** * * ** *
1363 NNNTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATATGAAAAAAAAG
1 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * *
1428 ATATTCATTGGCAAGAAAGGTCTACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGTTT
65 ATA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
1493 TAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATT
129 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATA
* * * * ** *
1534 TTTTTACATTTTTGAGTAAAATAGATAATAATTGAAT-TTTTGTTGCGCAAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * * ********** *
1598 CCAT-TCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGGT
65 --ATATCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
1662 TTAAATGATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATA
128 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATA
* * * * **********
1704 GTTTTGA-ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACNNNNNNNNNNA
1 -TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTAC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
1768 GATATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATG-CTTCGAAAGCCTTGTTAGTCGT
64 GATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
1832 TTTAAAT-ATTTTCATAATCTCATAA-TAGATTTGAAG-TGAA-A
127 TTTAAATGATTTT-ATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTTAATA
1873 TTTTTATAT
1 TTTTTATAT
1882 ATTTNNNNNN
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 141, Indels: 45
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 11 0.02
170 259 0.49
171 234 0.44
172 18 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGA
TATCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATA
Found at i:1717 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1026--1746 Score: 757
Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340
1016 TGAATTTTTG
* * * * * *
1026 TATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGGGGAGAAAAAGATAT
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAAAAAAAGATAT
* * ** * *
1091 CAGTTGGTAAGAAAAGTTTAATTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAA
66 CAGTTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
1156 AGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTTAATATTTTTACATTTTTATTAGAACAGATTAT
131 AGGTTTTATAATCTCAAAAATAATTTAAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTAAAACAGATAAT
* * *
1221 AATTGAATGTTTGACTTGAGAAACGTGCAGAAAAAGATAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
196 AATTGAATGTTTGA-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** *
1286 AGTCACCTATGCTTACGGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTGATT
260 AGTCACCCATGCTTACGGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATTGATT
**********
1351 TTAAGNNNNNNNNNNT
325 TTAAGTTAAATAGTTT
* * * *
1367 TATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATATGAAAAAAAAGATAT
1 TATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAAAAAAAGATA-
* * * *
1432 TCA-TTGGCAAGAAAGGTCTACTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGTTTTAA
65 TCAGTTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAA
* * *
1496 ATA-GTTTTATAATCTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAGTAAAATAGAT
130 A-AGGTTTTATAATCTCAAAAATAATTTAAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-AGTAAAACAGAT
* * * ** * *
1560 AATAATTGAATTTTTG-TTGCGCAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATT
193 AATAATTGAATGTTTGATTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGACAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ********** *
1624 TATTGTCACCCATGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATTG
257 TATAGTCACCCATGCTTACGGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATTG
1689 ATTTTAAGTTAAATAGTTT
322 ATTTTAAGTTAAATAGTTT
* *
1708 TGA-ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
1 T-ATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC
1747 ATTGAGAAAC
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 68, Indels: 10
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 275 0.90
342 28 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGGAAAAAAAAGATAT
CAGTTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAA
AGGTTTTATAATCTCAAAAATAATTTAAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTAAAACAGATAAT
AATTGAATGTTTGATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATGCTTACGGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAACCTCATAATTGATTT
TAAGTTAAATAGTTT
Found at i:2854 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2567--2900 Score: 427
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
2557 NNNNNNNAAT
* * * * * * * **
2567 CATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGCCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATAGAATTTCCTTGCCAAT
* *
2632 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCGTGAGGTAGGTATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
66 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCGTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA
2697 TAAAGAA-ATTAAACTTAAAACCAATTATGAGATTACACAAC
131 TAAA-AATATTAAACTTAAAACCAATTATGAGATTACACAAC
* * *
2738 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGTATGAGTGACCATAAATAGACTTTCCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATAGAATTTCCTTGCCAAT
** * * ** * **
2803 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGATATTGAATTATTATCTATTTTTGCCAACTATA
66 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCGTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA
* *
2868 TAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
131 TAAAAATATTAAACTTAAAACCAATTATGAGAT
2901 CATAAAAACA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 25, Indels: 2
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 135 0.99
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATAGAATTTCCTTGCCAAT
GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCGTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA
TAAAAATATTAAACTTAAAACCAATTATGAGATTACACAAC
Found at i:5108 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4204--5287 Score: 663
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
4194 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
4204 AGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGGGGAGAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTT
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * ** ********** * *
4269 TAATTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
66 CATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* *
4334 ATTAG-CTTTAAGTTTAATATTTTT-ACATTTTT-GTTAAAAC
131 A-TAGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTGACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * **********
4374 AGATTATAGTTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAACCATNNNNNNNNNNAGTC
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
* ** * *
4439 CATTTATAGTCACCCATGCTTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATA
66 CATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * *
4504 ATTA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAAC
131 A-TAGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAC
* ** * * * *
4545 AGATAATAATTGAATGCCTATATCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
4610 TACTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTAG
66 CATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAT
*
4674 AA-ATGATTTTAAGTTGAAATTTTTT-ACATTTTCGAG-TAAAAC
130 AATA-GATTTTAAGTT-AAATTTTTTGACATTTTTG-GTTAAAAC
*** * * ** * *
4716 AGATAATAATTGAAT-T-TTTGTTGTGCAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAGGAAAAGT
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT
* ** * *** *
4779 CCATTTATAGTCAGCCATGCATTTGAAAGCTTTATTACTTGGTTTAAATGATTTTATAACCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * ** *
4844 AATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTG-TATTTTTAATTAAAAT
130 AATAGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTGACATTTTTGGTTAAAAC
**********
4886 AGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGANNNNNNNNNNATCCATT-GTCAAGAAAAG
1 AGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGT-AAGAAAAG
* * *
4949 TCCATTTATAGTCACCCAATGC-TTCAAAAGCCTTGTTAGTCGCTTTAAAT-ATTTTCATAATCT
64 TCCATTTATAGTCACCC-ATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT-ATAATCT
* * * *
5012 CATAATAGATTTGAAGTTAAATTTTTGGATATTTTTGGTTGAAAC
127 CATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
5057 GGATAATAGTTGAATGTTTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAACT
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT
* ********** * *** * *
5121 CCATTTATAGTCATCNNNNNNNNNNAAAGCCTTTTTACTTGTTTTTAATGTTTTTATAATCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * ** * *
5186 AATGGATTTTAAGCTGAATTTTTTTTCTTTTTTAGTTAAAAC
130 AATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
5228 AGATAATAAATGAATGTC-AGCTTTGGGAAGCATGAAGGAAAAGATATACATTGGCAAGAA
1 AGATAATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
5288 TTGTCCATCT
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 191, Indels: 55
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.02
170 252 0.36
171 405 0.58
172 24 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
ATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAC
Found at i:6069 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5735--7281 Score: 983
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 169
5725 NNNNNNNNNN
* * *
5735 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAAT
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
5800 GTATACCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCT
65 GTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * **********
5865 ATGCCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGATTTTAT
129 ACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* *
5906 AACCTCCTAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
5971 GTTTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAGGATATCCATTGGCATA-AAAAGTCAATTTATAATCACC
65 GTCTACTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
6035 CACGCCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
128 CACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * *****************
6077 AATCTCATAATTGACTTTAAGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
6142 G-CTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCTTTGGCATGAAAAGTCTACTTATAGTCACC
65 GTC-TA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*** * * * *
6206 CTTACCTTTAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTAT
128 CACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * ** * * * * *
6248 AATCTCATAAATGATTCAAAGTTGAA-TTTTTCATATTTTTAGGTGAAACAGATAATAATTGATT
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * ** * ** * *
6312 GTTTACCTTGACAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTATCAACAAAAGTCCTTTTATAGTCACCC
65 GTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
6376 ATCG--TACAAAAGCCTTATTTCCCGA-TTTAAATAATTTTAT
129 A-CGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGATTTTAT
* * * *
6416 AACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATG
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
6481 TCTACCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAGATATCTATTGGGAAGTAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
66 TCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * ** * **
6546 TACCTTCAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTNN
130 CGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
******** ** *
6586 NNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATG
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
6651 TCTACCTCG-GCAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTATAA-TCCATTTATAGTCACC
66 TCTA-CTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
6714 CTCGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTAT
128 CACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * * * * *
6756 AATCTCATAATTGAGTTTAAGTAGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAA
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** * * *
6821 TGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATACATTGGCAAGAATGGACCATCTATTGTCACC
64 TGTCT-ACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
6886 CACGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTAT
128 CACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAT
* ********** * ***
6928 AATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGCTAAAACAG------ATTGAAT
1 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * ** *
6987 ATCTACCTTGGGAAACGTGAATAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAATTTCCATTTATAGTCACCT
65 GTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ********** *
7052 ATGCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNACTTTAAATGTTTTTAT
129 ACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * * *
7093 AATCTCATAATTGAGTTTGAA-TTGAATTTTTGTACGT-TTTTTATTAAAATAGATAATAATTGA
1 AACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTA--TATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * *
7156 ATGTCTGCCTCAAGAAATATGTATG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCA
63 ATGTCT-ACTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
7220 CCCATGACTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGTTTTTAT
126 CCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* *
7264 AATCTTATAATTGATTTT
1 AACCTCATAATTGATTTT
7282 TTATTAAAAC
Statistics
Matches: 1033, Mismatches: 306, Indels: 75
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 112 0.11
166 4 0.00
168 83 0.08
169 79 0.08
170 213 0.21
171 411 0.40
172 130 0.13
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAC
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
Found at i:6609 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 6423--6919 Score: 378
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 160
6413 TATAACCTTA
**
6423 TAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
6488 TGAG-AAACCTAAAGAAAAAGATA-TCTATTGGGAAGTA-AAGTCTATTTATAGTCACCCAT-AC
66 CG-GCAAACATAAAGAAAAAGATATTC-ATTGGCAAGTATAA-TCCATTTATAGTCACCC-TCAC
**
6549 CTTCAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
127 CTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
6583 TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
1 T----------AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGA
*
6648 ATGTCTACCTCGGCAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTATAATCCATTTATAGTCAC
56 ATGTCTACCTCGGCAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTATAATCCATTTATAGTCAC
* * **
6713 CCTCGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCT
121 CCTCACCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTT-AA-A---TGGT--T-T
* * ** * * * *
6761 CATAATTGAGTTTAAGTAGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
1 --TAATTGATTTTAAGTTGA-AATTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * * *
6826 GCCTAGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATACATTGGCAAGAATGGA-CCATCTATTGTCACCCAC
62 ACCTCG-GCAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTAT-AATCCATTTATAGTCACCCTC
*
6889 GCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTTTAAAT
125 ACCTTCAAAAGAC-TTATTACTCACTTTAAAT
6920 ATTTTTATAA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 32, Indels: 51
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
167 1 0.00
169 2 0.01
170 142 0.51
171 23 0.08
172 100 0.36
173 2 0.01
175 2 0.01
177 1 0.00
178 1 0.00
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
CGGCAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTATAATCCATTTATAGTCACCCTCACCTTC
AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Found at i:6610 original size:338 final size:339
Alignment explanation
Indices: 6120--6934 Score: 813
Period size: 338 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
6110 NNNNNNNNNN
* * *
6120 TTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCTTTGGCAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA-TCTTTGGCAA
* * *
6184 GAAAAGTCTACTTATAGTCACCCTTACCTTTAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
64 GAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
6249 ATCTCATAAATGATTCAAAGTTGAATTTTTCAT-ATTTTTAGGTGAAACAGATAATAATTGATTG
129 ATCTCATAAATGATTCAAAGTTGAATTTTT-ATCATTTTTA-GTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * * * *
6313 TTTACCTTGACAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTATCAA-CAAAAGTCCTTTTATAGTCACCC
192 TCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGCAAAA-TCCATTTATAGTCACCC
* * * *
6376 ATCG-TACAAAAGCCTTATTTCCCGA-TTTAAATAATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTT
256 -TCGCTACAAAAGCCTTATTACCC-ACTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTA
* *
6439 GA-AATTTTTTA-TTTTTTTA
319 GATAATTTTTTACATTTTTGA
* * * *
6458 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAGATATCTATTGGGAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCT-TTGGCAAG
* * ** ***
6523 TAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGAC-TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTNNN
65 AAAAGTCTACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
******* * ** * * * *
6587 NNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGT
129 ATCTCATAAATGATTCAAAGTTGAATTTTTAT-CATTTTTAGTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * * * *
6652 CTACCTCGGCAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGTATAATCCATTTATAGTCACCCTC
193 CTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGCAAAATCCATTTATAGTCACCCTC
* * * *
6717 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTAGAT
258 G-CTACAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTAGAT
** *
6782 TTTTTTTTACATTTTTGG
322 AATTTTTTACATTTTTGA
* * * * *
6800 TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATACATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT-CTTTGGCAAG
** * * * ** **
6865 AATGGACCA-TCTATTGTCACCCACGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATA
65 AAAAGTCTACT-TATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
6929 ATCTCA
129 ATCTCA
6935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 85, Indels: 26
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.01
338 164 0.44
339 41 0.11
340 54 0.14
341 9 0.02
342 104 0.28
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTTTGGCAAGA
AAAGTCTACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAAATGATTCAAAGTTGAATTTTTATCATTTTTAGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA
CCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGCAAAATCCATTTATAGTCACCCTCGCT
ACAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTAGATAATT
TTTTACATTTTTGA
Done.