Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402998.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_665.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25824
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.08, T:0.24
Warning! 9414 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:359 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--1440 Score: 1175
Period size: 170 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
1 GAG
* * * * * *
4 GAAAAAGCCATTTATTGAC-GAGAAAGCTCCATTCT-TAGTCAACCATTCCTTCCAAAGTCTTAT
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAG-TCCATT-TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
67 TACTCGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
64 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAG-
* * *
132 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACTTTAGAAAACATAAA
128 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATAAA
* * * * *
175 GAGAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTA
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * *
240 CTCTTTTTAAATTATTTTGTAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGTTA
66 CTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGTTA
* * * *
305 AAACATATCATAATTGAATGTCTACCACAGGAAATATAAA
131 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATAAA
* ** * * ** *
345 GAAAAAGTCATTCATTGACTAGGAACGTCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAA-TCTTATTA
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
409 CTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
66 CTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTT
* * * * *
474 AAAACATATTAGAATTGATTGTCTACCT-TGAGAAACGTGAA
130 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAACATAAA
* ** * * * *
515 GAAAAAACTGTTCATGGGA--AAAAAAGTCTATTTATA-ACAACCCATTCCTTCAAAAGCCTCAT
1 GAAAAAGCCATTCAT-TGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
577 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAG
64 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAG
* * * * * *
642 TTAGAACA-ACCTATACTTGAATGTCTAACTTAAAAAACATAAA
128 TTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATAAA
* * * *
685 GAAAAAGCTATTCATTG-GTAAGGAAAGTCCATTTATAG-CTACCTATTCCTTCAGAAA-CCTTA
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAA-AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTA
* * * * *
747 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACGTAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTACTTTTT
63 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTA-TATTT
* * * *
812 TAGTTAAAACATATTACAATTGAATATCTGCCTCA-AGAATCATGAAA
125 TAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAACAT-AAA
* *** * * * ** *
859 AAAAAATTTACTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTT
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
924 CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AGATTTTTTTATATTTTTGAT
66 CTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTAG-T
* * *
988 TAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTC-GAAAAACATGAA
129 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACATAAA
* * * * ** *
1029 GAAAAAGGCATTCATT-AGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAACCTTATT
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
1093 GCTCGCTTTAAA-TGGTTTATAATCTCGTAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGT
65 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGT
* * * ** * *
1157 TAAAACATATTAGAATAGATTGTCTGTCTCAGGAAACATGAA
129 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATAAA
* * * * * * *
1199 CAAAAAGCCGTTCATTG-GTAAGCAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ** * * * * *
1263 ACTCGCTTTGAGTGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTTAAATTTTTTG
65 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATA-TTTTAG
* *** * * ** * *
1328 CTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTGCAGCAAAAAAACATGAA
128 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAACATAAA
* * * * *
1372 GTAAAAGCTATTCATAGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
1 GAAAAAGCCATTCATTGACTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1436 ACTCG
65 ACTCG
1441 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1015, Mismatches: 214, Indels: 72
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 134 0.13
170 390 0.38
171 230 0.23
172 60 0.06
173 111 0.11
174 86 0.08
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGTTA
AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATAAA
Found at i:686 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 25--1440 Score: 1331
Period size: 340 Copynumber: 4.1 Consensus size: 340
15 TTATTGACGA
* * ** *
25 GAAAGCTCCATTCT-TAGTCAACCATTCCTTCCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAACTAGTTTTAT
1 GAAAG-TCCATT-TATAGTCACCCATTACTT-CAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
89 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
63 AATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAAT
* * * * * * *
154 GTTTA-CTTTAGAAAACATAAAGAGAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGCCCATTTATAGTCACC
128 GTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAACCGTTCATGGAC-AAAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * ** ** * *
218 CATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATTATTTTGTAACCTCGTAATTGATTTTAAGTT
191 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** *
283 GAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACATA-TCATAATTGAATGTCTACCACAGGAAATATAAAG
256 GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTAACTCAAAAAACATAAAG
*
346 AAAAAGTCATTCATTGACT-AG
320 AAAAAG-CATTCATTGAGTAAG
* * * * * * *
367 GAACGTCTATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAATCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAT
1 GAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* *
432 CTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTGTC
66 CTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTC
* * * * * *
497 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTGTTCATGGGA-AAAAAAGTCTATTTATA-ACAACCCAT
131 TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCGTTCAT-GGACAAAAAAGCCCATTTATAGTC-ACCCAT
* * * * *
560 TCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAA
194 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
625 TATTTTTACATTTTTAGTTAGAACA-ACCTATACTTGAATGTCTAACTTAAAAAACATAAAGAAA
259 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTAACTCAAAAAACATAAAGAAA
689 AAGCTATTCATTG-GTAAG
323 AAGC-ATTCATTGAGTAAG
* *
707 GAAAGTCCATTTATAG-CTACCTATTCCTTCAGAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTACTTCA-AAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
771 ATCACGTAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAA
64 ATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA--TTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAA
* * * * *** * *
836 TATCTGCCTCAAGAATCATGAA-AAAAAAATTTACTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
127 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCGT--TCATGGAC-AAAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * *
900 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAA
189 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
965 TT-AGATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTCGAAAAACATG
254 TTGA-ATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAAAAACATA
1027 AAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAAG
317 AAGAAAAA-GCATTCATTGAGTAAG
* * * ** * *
1051 AAAAATCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAACCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GGTTTATAA
1 GAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTC-AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
1115 TCTCGTAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATAGATTGT
65 TCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGT
** * * * * ** * * * *
1180 CTGTCTCAGGAAACATGAACAAAAAGCCGTTCATTGGTA-AGCAAAGTCTATTTATAGCCACTCA
130 CTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCGTTCA-TGG-ACAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
1244 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAGTGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCA
193 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * *
1309 ATTTGTTTTAAATTTTTTGCTAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTGCAGC-AAAAAAACATGAAG
258 ATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT--AACTCAAAAAACATAAAG
* * *
1373 TAAAAGCTATTCATAG-GCAAG
320 AAAAAGC-ATTCATTGAGTAAG
* * *
1394 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
1 GAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAA-CCTTATTACTCG
1441 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 153, Indels: 73
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 86 0.10
340 269 0.30
341 149 0.17
342 40 0.05
343 142 0.16
344 97 0.11
345 98 0.11
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
GAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTC
TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCGTTCATGGACAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAAAAACATAAAGAAAAAG
CATTCATTGAGTAAG
Found at i:1998 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1652--2022 Score: 404
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
1642 NNNNNNNNNN
* * * * *
1652 TTTATAATCTAGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAACTTAATTG
1 TTTATAATCT-CTAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAACTTAATAG
* * * *
1717 AATTTCTACCTTGAAAAACGTAAAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATATTCT
65 AATGTCGACCTTGAAAAACGTAAAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAATCA
* * *
1782 CTCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTTACTATAAATGGT
130 CCCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTATAAATAGT
* *
1821 TTTATAATCTCTACTTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATA
1 TTTATAATCTCTAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAAA-ACT-TAATA
* * * * * ** * * * *
1886 GAATGTCAGACTTTG-CAAATGTGAAGAAAAAGGT-ATTTGTTGGTGAGAAAACTCCATTTGTAA
64 GAATGTC-GACCTTGAAAAACGT-AAAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAA
* * * * *
1949 TCACCCATTCCTTCTAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATAGT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTATAAATAGT
1991 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAT
1 TTTATAATCTC-TAATTCATTTTAAGTTGAAT
2023 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 31, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 39 0.23
169 13 0.08
170 81 0.49
171 33 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
TTTATAATCTCTAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAACTTAATAGA
ATGTCGACCTTGAAAAACGTAAAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAATCAC
CCATTCCTTCAAAAATCTTATTACTCACTATAAATAGT
Found at i:2792 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2460--3595 Score: 936
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
2450 NNNNNNNNNN
* * * ** * **
2460 GACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGAAAAACATTC
1 GACTATAAATAG-GTTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAAACATTC
* * * * * *
2525 AATTAT-ATCTATTTTAAGAAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGAGTAGGAGATTACA
65 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
2588 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * *
2630 GAC-AGTAAATAGGTTTTCTAGTTAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGCTAGACATTC
1 GACTA-TAAATAGGTTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAAACATTC
* ** * * * *
2694 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTGAAACGATTCAGCCTAAAATTAATTACGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
2759 AAACCATTCAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGT
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGT
* ** * * ** * * *
2801 AACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAAACATTT
1 GACTATAAAT-AGGTTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAAACATTC
* * * * *** * *
2866 AATTATAATCTGTTTTAAC-TAAGAATATAAAAAAAATCAACTCCGAATAAATTATGGGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
2930 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGAT
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * * ** *
2972 -AGCTATAAATGGGCTTTTCTTA-TCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGAC-AAGCA
1 GA-CTATAAATAGG-TTTTC-TAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAG-CTAAACA
*
3034 TTCAATTATAA-CTTGTTTTAATCAAAAAAA--TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
62 TTCAATTATAATC-TGTTTTAA-CAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
3096 TCATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTTGAAGGCATGGGT
125 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATGGGT
* ** *
3143 GACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGGAAACATC
1 GACTATAAATAGG-TTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-CAAGCTAAACATT
* * * * * * *
3207 CAAGTATAAACTATTTTAATGAAAAATATG--AAAACATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTA
64 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
3270 TAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTGGAAGGAATAGGT
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * *
3314 GACTAGAAATGGAGG-TTTCTCA-CCAACAAATGCCTTTTTCTTCACATCTC-CAAAGACT-AAC
1 GACTATAAAT--AGGTTTTCT-AGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAG-CTAAAC
* ** * * * *
3375 ATTCTATTGCAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTA-GAGAT
61 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** *
3438 TATAAAACCATTTAAA-CAAGTAAT-AAGACTTTTGAAGAAATGAGT
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATGGGT
** * * * * * * *
3483 GACTATAAATGAATTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTTCAATG-TAAAAATT
1 GACTATAAAT-AGGTTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GCTAAACATT
* * *
3547 CAATTAT-AGCTTGTTTTAAC-TAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
64 CAATTATAATC-TGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
3596 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 153, Indels: 73
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 155 0.20
170 56 0.07
171 481 0.62
172 73 0.09
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GACTATAAATAGGTTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGT
Found at i:3132 original size:342 final size:334
Alignment explanation
Indices: 2460--3595 Score: 1098
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 334
2450 NNNNNNNNNN
* *
2460 GACTATAAAT-AGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGAAAAACATT
1 GACTATAAATGA-ACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATT
* * ** * *
2524 CAATTAT-ATCTATTTTAAGAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGAGTA-GGAGATTAC
65 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGG-GATTAT
* *
2587 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC-AGTAAATAGGTTTTC-TA
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAAT-GGTGACTA-TAAATGGGTTTTCTTA
* * * *
2650 GTTAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCGAG-CTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
190 -TCAATAAAT-GCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * * * *
2714 AAAAAATGTGAAACGATTCAGCCTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAA
252 AAAAAA--TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAGATTATAAAACCATT-TAAACGAGTAA
2779 TAA-AGCTTTTGAAGGCATGGGT
313 TAAGA-CTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * *
2801 AACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAAACATTT
1 GACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATTC
* * * ***
2866 AATTATAATCTGTTTTAACTAAGAATATAAAAAAAATCAACTCCGAATAAATTATGGGATTATAA
66 AATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGGATTATAA
2931 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGAT-AGCTATAAATGGGCTTTTCTTAT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAGGAATGG-TGA-CTATAAATGGG-TTTTCTTAT
* * * *
2995 CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGACAAGCATTCAATTATAA-CTTGTTTTAATCAA
191 CAATAAAT-GCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGACAAGCATTCAATTATAATC-TGTTTTAA-CAA
* * * *
3059 AAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
253 AAAAATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAGATTATAAAACCATTTAAA-CGAGTAATAA
3124 GACTTTTGAAGGCATGGGT
316 GACTTTTGAAGGCATGGGT
** * **
3143 GACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGGAAACAT
1 GACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGAAAAACAT
* * * * * * *
3206 CCAAGTATAAACTATTTTAATGAAAAATATGAAAACATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTAT
64 TCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGGATTAT
** * * * *
3271 AAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTGGAAGGAATAGGTGACTAGAAATGGAGGTTTCTCA
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAAT-GGTGACTATAAATGG-GTTTTCTTA
* * * * * * ** *
3336 CCAACAAATGCCTTTTTCTTCACATCTCCAAAGACTAA-CATTCTATTGCAGTCTGTTTTAACAA
190 TCAATAAATG-CTTTTTCTTCACATTTCTAGAGAC-AAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
* *
3400 AAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTAGAGATTATAAAACCATTTAAACAAGTAATAAG
253 AAAA-ATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGAGATTATAAAACCATTTAAACGAGTAATAAG
** *
3465 ACTTTTGAAGAAATGAGT
317 ACTTTTGAAGGCATGGGT
* * * * *
3483 GACTATAAATGAATTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACAT-TTT-TCAATGTAAAA-A
1 GACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAA-GAAAAACA
* * * *
3545 TTCAATTAT-AGCTTGTTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
63 TTCAATTATAATC-TATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
3596 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 107, Indels: 63
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 107 0.16
341 106 0.16
342 354 0.54
343 72 0.11
344 16 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (334 bp):
GACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATTC
AATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGGTTTTCTTATCAATA
AATGCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATAA
AACAATTCAACTTAAAATCAATTAGAGATTATAAAACCATTTAAACGAGTAATAAGACTTTTGAA
GGCATGGGT
Found at i:10368 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9965--11030 Score: 984
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
9955 NNNTTCAAAA
*** * * *
9965 CAGACATTCAATTA-CGCCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTAC
1 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** *
10028 GTGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATGGGCGACTATAAAT-GAA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-A
* ** ** * * *
10092 CGTTTCTAGTGAATGAATGGATTGTT-TT-ATGTTTCTCGAGG
129 CTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * * *
10133 AAAACATTCAATTGTAATATGTTTTAAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
10197 GATATTATAAAACCTTTTAGAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGATGGGC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
* * ** * *
10262 TTTTATAGTCAATGAATGGTTTTTTTTTCATGTTTCCCATGG
130 TTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * *
10304 CAGACATTCAATTATAATCTGATTTAGCTACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
10369 AGATTCTAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTATGAAGGAATGGGTGGCTATAAGTAGAAT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
* *** *
10434 TTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TTTAGA
131 TTTC-TAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * * *
10474 CAGACATTCATTTATAACCTGTTTTAACTAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * *
10539 AGATTGCAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGGGACTATAACTAGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
** ** *
10603 TTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGA
130 TTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * * * *
10645 CAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATAT-AACATAAAATCAATTAC
1 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * *
10709 AAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGGC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC
* *** *
10774 TTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTTGCGTTTCCTAAGG
130 TTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * * * *
10816 CATACATTCAATTGTAATCTGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATGAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * ** *
10881 AGATTACAAAACCATTTACAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAAATTCGTGACTATAAATGGACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** *
10946 TGTT-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAAG
131 T-TTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * *
10987 CAGACATTCAAGTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAA
1 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
11031 AAGCTTTAAA
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 164, Indels: 27
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.02
169 110 0.15
170 145 0.20
171 446 0.62
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
TTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
Found at i:10618 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 10163--11030 Score: 920
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 339
10153 GTTTTAAACC
* * * * *
10163 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCTTTTAGAGCGAA-TAAT
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC-AAGTAAT
* * * * ** *
10227 AAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGATGGGCTTTTATAGT-CAATGAATGGTTTTTTTTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA-ATGGACTTTT-T-TTCCAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * *
10291 ATGTTTCCCATGGCAGACATTCAATTATAATCTGATTTAGCTACAAATGTAAAAAAAT-TCAACT
127 ATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAAT-TGATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAT-AACA
* ** * * * * * *
10355 TAAAATGAATTATGAGATTCTAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTAT-GAAGGAATGGGT
190 TAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCAATTAAAACGAATAATAAGGCTT-TCAAAGGAATGAGT
* * * * * *
10419 GGCTATAAGTAGAATTTTCTTA-CCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTT-TTTAGACAGACATT
254 GACTATAAATAGAATTTTC-TAGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACGTTTCCTAAGACAGACATT
* *
10482 CATTTATAACCTGTTTTAACTA
318 CAATTATAACCTGTTTGAACTA
* * *
10504 AAAATATCAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
10569 AGGCTTTTTAAGGAATGGGGGACTATAACTAGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-TGGACTTTT-TTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
* * * * *
10634 ATTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATATAACATAA
129 GTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTGA-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATATAACATAA
* *
10699 AATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
193 AATCAATTACAAGATTATAAAACCAATTAAAACGAATAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACT
** ** * *
10764 ATAAATAGGCTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTTGCGTTTCCTAAGGCATACATTCAATT
258 ATAAATAGAATTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATT
* *
10829 GTAATCTGTTTGAACTA
323 ATAACCTGTTTGAACTA
* * * *
10846 AAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCATTTACAGCGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * ** *
10911 AAGCTTTTGAAGAAATTCGTGACTATAAATGGACTTGTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTT-TTTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
** * * * * *
10976 GTTTTTCAAAGCAGACATTCAAGTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAA
129 GTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATA-ATTGATTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
11031 AAGCTTTAAA
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 85, Indels: 21
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.02
341 240 0.56
342 176 0.41
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATGGACTTTTTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
TTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATTGATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATATAACATAAAAT
CAATTACAAGATTATAAAACCAATTAAAACGAATAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATA
AATAGAATTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATA
ACCTGTTTGAACTA
Found at i:11166 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 10907--11170 Score: 311
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
10897 TACAGCGAGT
10907 AATAAAGCTTTTGAAGAAATTCGTGACTATAAATGGACTTGTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
1 AATAAAGCTTTTGAAGAAATTCGTGACTATAAATGGACTTGTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
* * * * * * *
10972 TCATGTTTTTCAAAGCAGACATTCAAGTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAAGCTT
66 TCACGTGTCTCAAAGCAAACATTCAAGTATAGTATGTTTGAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAGCTT
11037 TAAAGTGAGC
131 TAAAGTGAGC
* * * * **
11047 AATAAGGCTTTTGAA-AGAATTGGTGATTATAAATAGG-CTT-TTATTGCTAATGAATTCCTTTT
1 AATAAAGCTTTTGAAGA-AATTCGTGACTATAAAT-GGACTTGTT-TTGCCAATGAATGACTTTT
* * **
11109 TCTTCACGTGTCTCAAGGCAAACATTCAATTAATA-TATGTTTGAACCAAAAGTGTAAAAAAA
63 TCTTCACGTGTCTCAAAGCAAACATTCAAGT-ATAGTATGTTTGAACCAAAAAAGTAAAAAAA
11171 TTTAACTTAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 17, Indels: 8
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
139 3 0.03
140 95 0.92
141 5 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (140 bp):
AATAAAGCTTTTGAAGAAATTCGTGACTATAAATGGACTTGTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
TCACGTGTCTCAAAGCAAACATTCAAGTATAGTATGTTTGAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAGCTT
TAAAGTGAGC
Found at i:11525 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 11035--11625 Score: 508
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 166
11025 AAAAAAAAGC
* * * * * * *
11035 TTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAA-GAATTGGTGATTATAAATAGGCTTTTATTGCTAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTT-TTTCCAATA
* * * *
11099 AATTCCTTTTTCTTCACGTGTCTCAAGGCAAACATTCAATTAATATA-TGTTTGAACCA-AAAGT
64 AATGCC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT-ATATAGT-TTTG-ACTAGAAA-T
* *
11162 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAATTACAAAACCA
124 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTA-AAAACTA
* * * * * * * *
11206 TTTAAAGTGAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGAACAAGTGACTACAAGTAGACTTTTTTTGTCAATT
1 TTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTAAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTTTTT-CCAATA
* * * * * * * *
11270 AACGGCTTTTTTTCATGTTTCTCAAAGCAAACAATCAATTATAATTTGTTTT-ATTTAGAAATAT
64 AATGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT-A-TAGTTTTGA-CTAGAAATGT
* * *
11334 AAAAAAATATAACTTAAAATCAGTTGTGAAATTATAAAACTA
126 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTA-AAAACTA
* * *
11376 TTTAAAATGAGTAATAAGGCTATTAAAGGAATAGGCGAATATAAATAGACTTTTCTTTCCAATAA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTT-TTTCCAATAA
* * *
11441 ATGCCATTTTCTTCTTGTTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCAGTTTTGACTAGAAATGTA
65 ATGCC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATA-T-AGTTTTGACTAGAAATGTA
* *
11506 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAACTTA
127 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAAAAAC-TA
* * * * * ** * *
11547 TTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGAAATTGATGGCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTT-TTTCCAATAA
*
11612 ATGGCTTTTTCTTC
65 AT-GCCTTTTCTTC
11626 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 73, Indels: 30
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 130 0.39
171 193 0.58
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTTTTTCCAATAAA
TGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATATAGTTTTGACTAGAAATGTAAAAA
AATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAAAAACTA
Found at i:12813 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12540--13297 Score: 593
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
12530 TTCATTGGTA
* * * *
12540 AGAAAATTCTATTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTA-GTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-AAGGTTTTA
* * * * * *
12604 GAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTATAG-CTAAATCATATTATAATTGA
65 TAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TAGATTAAAACATATTATAATTGA
*
12668 ATGTCTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
129 ATGTCTGCC-TGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
* * * * * *
12711 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * *
12776 AATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTTAAAACATATTACAATTGAAT
66 AATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAACATATTATAATTGAAT
* * * *
12841 GTTTACCTCAAGAAACAT-AA-AAAAAATCCATTCATTCACT
131 GTCTGCCT-GAGAAACATGAAGAAAAAA-CCATTCATTGACT
* * * * * *
12881 AGAAATGTTCATTTATAGTCGCCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * * * *
12946 AATCA-CGTAGTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-CATAATTGAA
66 AAT-ATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAACATATTATAATTGAA
** * *
13009 TGTCTGTTTTGAAAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCAGTGACT
130 TGTCTG-CCTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTGACT
* ** * ** **********
13051 AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
* * * *** * * ** *
13115 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTGTTTTTTGGTTAAAACCA-GCTATACTTGA
65 TAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAA-CATATTATAATTGA
* * * * *
13179 ATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATT-AGC-
129 ATGTCTGCC-TGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGA-CT
* * * * * * * *
13221 AAAACAAGTCCATTTATGGTCATCAATTCCTTGAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
*
13286 TAATCTCATAAT
65 TAATATCATAAT
13298 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 113, Indels: 36
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.06
170 212 0.46
171 215 0.47
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
AATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAACATATTATAATTGAAT
GTCTGCCTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
Found at i:15845 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 15550--16166 Score: 497
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 167
15540 GTTTTAAACC
* * * * * * *
15550 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATAATATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * * *
15615 AAACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTATTCATTGAATAGCTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTT-T-TCCAATGAATA-CTTTTTCTTCAT
* * * *
15680 GTTTCCCAA-GACAGACATACAATTATAATCTAATTCACCTT
128 GTTT-CCAAGGAAAG-CATACAATTATAACCTAATTCAACTA
* * * * *
15721 CAAATGCAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATAAAACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
15786 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAATTGGACTTTTGTTGCCAATGAATCACTTTTTCTTTAT
66 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-CCAATGAAT-ACTTTTTCTTCAT
* * * * * *
15851 GCTTTTCAAGGAAAGCATTCGATTATAGCCTATTTTAACTA
128 G-TTTCCAAGGAAAGCATACAATTATAACCTAATTCAACTA
* * * * * *
15892 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAGATGAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
15957 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTGATTATAAATGGACTTGTTTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTTCA
66 AGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTT-TTTT-CCAATGAAT-AC-TTTTTCTTCA
* * * * * * ** * *
16022 TGTTTTTCAAGG-TAGACATTCAAGTATAGCTTGTTTTAACCA
127 TG-TTTCCAAGGAAAG-CATACAATTATAACCTAATTCAACTA
* * * * *
16064 AAAAAGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATTAATTA-AGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAA
1 AAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATGAATTATA-AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** *
16127 TAAGGC-TTTCAAGGGCTTGGGTGACAATAAATGGACTTTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATT-GGTGACTATAAATGGACTTTT
16167 CTAGTCAATN
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 72, Indels: 20
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 240 0.66
172 123 0.34
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCAATGAATACTTTTTCTTCATGTT
TCCAAGGAAAGCATACAATTATAACCTAATTCAACTA
Found at i:16131 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15728--16166 Score: 512
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
15718 CTTCAAATGC
* * *
15728 AAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATA-AAACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTA-AGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
15792 TTGAAGGAATTGGTGACTATAATTGGACTTTTGTTGCCAATGAATCACTTTTTCTTTATGCTTTT
64 TTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATCACTTTTTCTTTATGCTTTT
* * *
15857 CAAGGAAAGCATTCGATTATAGCCTATTTTAACTAAAAATAT
129 CAAGGAAAGCATTCAAGTATAGCCTATTTTAACCAAAAATAT
* * * *
15899 AAAAAAATTCAACTTAAGATGAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAAGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * *
15964 TGAAGGAATTGGTGATTATAAATGGACTTGTT-TTACCAATGAATGGCTTTTTTTTTCATGTTTT
65 TGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTT-TTGTTACCAATGAATCACTTTTTCTTT-ATGCTTT
* * *
16028 TCAAGG-TAGACATTCAAGTATAGCTTGTTTTAACCAAAAA-AGT
128 TCAAGGAAAG-CATTCAAGTATAGCCTATTTTAACCAAAAATA-T
* *
16071 AAAAAAA-TCTAACTTAAAATTAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGC-T
1 AAAAAAATTC-AACTTAAAATGAATTAAGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** *
16134 TTCAAGGGCTTGGGTGACAATAAATGGACTTTT
64 TTGAAGGAATT-GGTGACTATAAATGGACTTTT
16167 CTAGTCAATN
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 32, Indels: 16
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 118 0.52
172 110 0.48
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAAGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATCACTTTTTCTTTATGCTTTTCA
AGGAAAGCATTCAAGTATAGCCTATTTTAACCAAAAATAT
Found at i:17512 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16969--18009 Score: 795
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
16959 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
16969 AAAATTAATTACGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCTTGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
* * ** **********
17033 ACTATAAAT-GGACTTTTCTAGTCACTAAAT-ATCTTTTTCTTCATATTTTTCAANNNNNNNNNN
65 ACTATAAATAGG-CTTTTCTAGTCAATAAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATT
* * * *
17096 CAATTAT-GTCTGTTTTAATCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTT
128 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *** * *
17139 AAAATCAATTACGTGATTACAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCCTAGGCG
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
* * * * * * *
17203 ACTATAAAT-GAACATTTCTAGTTAATAAATGAATTTTT-TT-ATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
65 ACTATAAATAG-GCTTTTCTAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * *
17265 AATTTTAATATGTTTTAAACTAAAATGTAAAAAAATTTC-ACAT
129 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTT
* * * * *
17308 AAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTCCGAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
* *
17373 CTATAAATAGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
66 CTATAAATAGGCTTTTCTAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
* * *** *
17437 TTATAATCTGATTTAGGTACAAATGTAAAAAAATTCAACTT
131 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
17478 AAAATGAATTATGAGATTACAAAA-CTAATTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
* * * * * * **** * *
17542 GCTATAAAT-GGATTTTTCTTA-CCAACAAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTTTGAGACAGACATT
65 ACTATAAATAGG-CTTTTC-TAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATT
* * *
17605 CATTTATAACT-TGTTTTAACCAAAAATATTAAAAAATTCAACTT
128 CAATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
** * *
17649 AAGCTCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCG-AGGAATGGGGG
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * ** * ** * * *
17713 GCTATAACTAGACTTTTCT-TTCCAATGAACGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGGTACACATTT
65 ACTATAAATAGGCTTTTCTAGT-CAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTC
* * *
17777 AATTATAAT-TAGTTTTAACAAAAAATGTAGAAAAATTTAACTT
129 AATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * ** * * *
17820 AAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
* * *
17885 CTATAAATAGGCTTTTCTAG-CTAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCAAAGGCATACATTCA
66 CTATAAATAGGCTTTTCTAGTC-AATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* *
17949 ATTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACAT
130 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
17991 AAAATGAATTATGAGATTA
1 AAAATCAATTATGAGATTA
18010 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 162, Indels: 47
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 19 0.03
169 111 0.16
170 216 0.32
171 331 0.48
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA
CTATAAATAGGCTTTTCTAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:17922 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 17096--18009 Score: 887
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 336
17086 NNNNNNNNNN
* *
17096 CAATTAT-GTCTGTTTTAATCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGTGATTACA
1 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACA
** * * * * * * *
17160 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCCTAGGCGACTATAAATGAACATTTCTAGT
64 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTAGC
* * * * * *
17225 TAATAAATGAATTTTT-TTATGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTTTAATATGTTTTAAACTAAA
128 TAATAAATGACTTTTTCTTATGTTTCTAAAGGCAAACATTC-ATTTTAATATGTTTTAACCAAAA
* *
17289 ATGTAAAAAAATTTC-ACATAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAG
192 ATGTAAAAAAA-TTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAG
* * * * **
17353 GCTTCCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTT
256 GCTTCCGAAGGAATGGGGGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAACGGCTTTTCTTCACATT
17418 TCCCAAGGCAAACATT
321 TCCCAAGGCAAACATT
* ** * * *
17434 CAATTATAATCTGATTTAGGTACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTACA
1 CAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACA
* * * * * * *
17499 AAACTAATTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAA-GAATGGGTGGCTATAAATGGATTTTTCTTA
64 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTC-TA
* * * * ** * *
17563 -CCAACAAATGCCTTTTTCTTAATGTTTTTTGAGACAGACATTCATTTATAACT-TGTTTTAACC
126 GCTAATAAATGACTTTTTCTT-ATGTTTCTAAAGGCAAACATTCATTT-TAA-TATGTTTTAACC
* * * **
17626 AAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAGCTCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGC-AAGTAA
188 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAA-TAA
* * * *
17690 TAAGGCTTTTCG-AGGAATGGGGGGCTATAACTAGACTTTTCT-TTCCAATGAACGGCTTTTTCT
252 TAAGGC-TTCCGAAGGAATGGGGGACTATAAATAGACTTTTCTAGT-CAATGAACGGC-TTTTCT
* ** * *
17753 TCACATTTTCTGAGGTACACATT
314 TCACATTTCCCAAGGCAAACATT
* * * *
17776 TAATTATAAT-TAGTTTTAACAAAAAATGTAGAAAAATTTAACTTAAAATTAATTACGAGATTAT
1 CAATTATAATCT-GTTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAC
** *
17840 AAAA-TCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTA
63 AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTA
* * * *
17904 GCTAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCAAAGGCATACATTCAATTGTAATATGTTTTAACCA
126 GCTAATAAATGACTTTTTCTT-ATGTTTCTAAAGGCAAACATTC-ATTTTAATATGTTTTAACCA
*
17969 AAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATGAATTATGAGATTA
189 AAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTA
18010 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 96, Indels: 42
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.02
339 99 0.22
340 19 0.04
341 128 0.28
342 199 0.44
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTAGCTAA
TAAATGACTTTTTCTTATGTTTCTAAAGGCAAACATTCATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATGT
AAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTC
CGAAGGAATGGGGGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAACGGCTTTTCTTCACATTTCCCA
AGGCAAACATT
Done.