Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397828.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_113.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 8351 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2057 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1748--3672 Score: 1620
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1738 NNNNNNNNNA
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** * * * *
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*
1878 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCAT
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* * * * *
1919 T-AAACAAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATGTTGAGAAAGCCATTTATTTGGAAG
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* * * *
1983 AAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATAT-CTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATAGTTTTGTA
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*
2047 ATCTCATAATTG-TATTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTCAT
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* * * * *
2091 TAAAATATACTATAATTGAATG-CTTGCCTT-GGAAAACATGTAGAAAAAGCCA-TTCTTTGGCA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAG-AAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGG-A
* * *
2153 AGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CTTTTTAAATGGCTTTA
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAC--TTTAAATGGTTTTA
* * ** * **
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* * ** * * *
2262 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATTTGAAGAAAAAAG-CACTCA-TTGGCAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAG-AAAAAGCCATTTATTTGG-AA
* * *
2325 GAAAAGTCCATTTATAGTCT-TCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTAT
* **
2389 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * * * *
2433 TAAAACAGACTAGACTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTTATTTGCAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAG-AAAAAGCCATTTATTTGGAAG
* * ** *
2497 AAAAGTCCTTTTAT-GTCTGTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGA-TTTAAATGTTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-ACTTTAAATGGTTTTATA
** * * *
2560 ATCTCGCAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTCTACATTTTTCGT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT
** ** * * * * * *
2603 TAAAACAGACGGTACA-CAAATTTTTACCTCAAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTAGAAC
1 TAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAG
*
2667 AAAAGTCCATTAATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATA
* * **
2731 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTGGT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT
* **
2773 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAATG-CATTTA-TT-GATG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAGAAAAA-GCCATTTATTTGGA--
* * * * * **
2835 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTAAAATCATTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTAT
* * **
2900 TATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * ** * * * * *
2944 TAAAACAAACCATAATTGAACATCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCGC--TCA-TTGCCA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAG-AAAAAGC-CATTTATTTG-GA
3006 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTAT
*
3071 -ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTACATTTCTT-AT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT-TTCAT
* *
3115 TAAAACAG--TCTAATTGAATG-CTTGCCTTAAGAAACATGTA-AAGAAAGCCATTTATTTGGAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGTAGAA-AAAGCCATTTATTTGGAA
* * * * * * *
3176 GAAAAGTCAAGTTACAGT-TTTCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTATCCTTAAATGGTTTTGT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTAT
*
3240 AATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTTAT
127 AATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCAT
* * ** * ** * * *
3285 TAAAACAGTCTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAGATGTGTAGAAAAAGCCA-TCATTAGCAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAG
* * * * * *
3348 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTCCTTGCTTCAAATGATTTTTTAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
3412 TCTCATAATTGATTTCAAGTTG-ATTTTTTACACATTTTTCAT
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTCAT
* * * ** * ** * * *
3454 TAAAACAAACTATAATTTAGTACCTATCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCA-TTGATAAG
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTG-GAAG
* ********************
3518 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAA
*
3583 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGC-T
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTCAT
* * * *
3625 TAAAACATACCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAGAAAAA
3673 AGAATTCATT
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 252, Indels: 136
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 15 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAT
Found at i:2673 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1748--3672 Score: 1672
Period size: 341 Copynumber: 5.6 Consensus size: 339
1738 NNNNNNNNNA
* * * * ** *
1748 TAAAACAAACTATAATTGAACGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTACCAAGT
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTTGCAAGA
* * * *
1813 AAAGTTTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTA-TTCACTTTAAATCGTTTTATAA
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* *
1877 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCATT-AAACAAGACTATAATTGAATG
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATG
* * * * * * * * * *
1941 CCTGCCTTAGGAAACATGTTGAGAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCA
193 TCTACCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCA-TCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CA
* *
2006 TAT-CTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCCTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGT
256 T-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGT
* *
2068 TAAATTTTTTTTACATTTTTCAT
318 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * *
2091 TAAAATATACTATAATTGAATG-CTTGCCTT-GGAAAACATGTAG-AAAAAGCCATTCT-TTGGC
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAAG-CATT-TATTTGC
* * *
2152 AAGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGCTTTA
62 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TATTTAAATGGTTTTA
* * ** * * *
2217 TAATCTTATAACTGATTTTAAG-TGAATTGTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGA
126 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * *
2281 ATGTCTACCTCAAGAAATTTGAAGAAAAAAG-CACTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
190 ATGTCTACCTCAAGAAATATGTAG-AAAAAGCCA-TCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
2344 TTCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
252 -TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
2409 GTTGAATTTGTTTACATTTTTGGT
316 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * *
2433 TAAAACAGACTAGACTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTTGCAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTTGCAAGA
* ** *
2498 AAAGTCCT-TTTAT-GTCTGTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGTTTTTATAA
66 AAAGT-CTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ATTTAAATGGTTTTATAA
** * * ** ** *
2561 TCTCGCAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTCTACATTTTTCGTTAAAACAGACGGTACA-CAAATT
129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATG
* * * * * *
2625 TTTACCTCAAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTAGAACAAAAGTCCATTAATAGTCTCCTA
193 TCTACCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCA-TCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-A
* *
2690 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGA
256 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
2755 ATTTTTTTA-TTTTTTGGT
321 ATTTTTTTACATTTTTGAT
* * *
2773 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAATGCATTTA-TTG-ATGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTTGCA--A
* * * * * ** *
2836 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTAAAATCATTTTATT
64 GAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-TTTAAATGGTTTTATA
* * * * **
2901 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAACA
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ***
2966 TCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCGC-TCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
193 TCTACCTCAAGAAATATGTAG-AAAAAGC-CATCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-C
* *
3030 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTATGTTG
255 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
3094 AATTTTTTTTACATTTCTT-AT
320 AA-TTTTTTTACATTT-TTGAT
* * * * *
3115 TAAAACAG--TCTAATTGAATG-CTTGCCTTAAGAAACATGTA-AAGAAAGCCATTTATTTGGAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTTATTTGCAA
* * * * * *
3176 GAAAAGTCAAGTTACAGT-TTTCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TATCCTTAAATGGTTTTG
64 GAAAAGTCTATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAT--TTAAATGGTTTTA
** *
3239 TAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCTATAATTG
126 TAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTG
* *** * *
3303 AATG-CTTGCCTTGGGAGATGTGTAGAAAAAGCCATCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
189 AATGTC-TACCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCATCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * *
3366 TCCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTCCTTGCTTCAAAT-GATTTTTTAATCTCATAATTGATTTCA
252 T-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
3429 AGTTG-ATTTTTTACACATTTTTCAT
315 AGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGAT
* * * ** * ** * * *
3454 TAAAACAAACTATAATTTAGTACCTATCTCGAGAAACATGTA-AAAAAAGCCATTCA-TTGATAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTTATTTG-CAA
* * ********************
3517 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATA
64 GAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTATTTAAATGGTTTTATA
* * *
3582 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTT-GCTTAAAACATACCATAATTGAAT
128 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCG-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
* *
3646 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
192 GTCTACCTCAAGAAATATGTAGAAAAA
3673 AGAATTCATT
Statistics
Matches: 1279, Mismatches: 239, Indels: 131
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 11 0.01
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340 325 0.25
341 513 0.40
342 117 0.09
343 248 0.19
344 12 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
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TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
ACCTCAAGAAATATGTAGAAAAAGCCATCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTGAT
Found at i:4806 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4300--7769 Score: 2836
Period size: 171 Copynumber: 20.3 Consensus size: 170
4290 NNNNNNNNNN
* * *
4300 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTT-AGTTAAAACAAACCATAATTGAATG-TCTACC-T
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTT
* * * * *
4362 CGAGAAACATGAAGAACAAAGCATTCATT-GCTAAAAAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCTT
64 AGA-AAACATGTAGAA-AAAGCATTCATTGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
********** **
4426 TCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAAGGGTTTTATAATCTCATAAT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
4472 TCATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATAATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTA
** * * * ********** *
4536 -AGAAATGTGTAGAGAAAGCCATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATACCTTC
65 GA-AAACATGTAGAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * ** *
4599 AAAAGCCTTATTACTAGCGTTAAATAAATTTGTAATCTCATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * **
4643 TG-TATTTACGTTGAATTGTTTTTACAGTTTTCATTAAAATAGACTATAATTAAATGCTTGTCTT
1 TGAT-TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTT
* * * **
4707 AGAAAACATGCAGAAAAAGTCATTCATTGGCAATAAAAGTACATTTATAGTCTCTCATTCAATCA
64 AGAAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * *
4772 AAA-CTTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
4814 TGATTTTAAATTGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTGCCTGCCTTAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG
** * *** * * *
4879 AAAATGTGTGGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAA
66 AAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
*
4944 AGCCTTATTACT-GACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
130 AGCCTTATTACTCG-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
** * * *
4985 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACGTTT-AGTTAAAACAAACCATAATTGAAT-ATCTACC-T
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTT
* * *
5047 CGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
64 AGA-AAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * *
5111 TCAAAAGCCATGTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
5157 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTAAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG
* * * *** * * *
5222 GAAACATGTAGAGAAAGTCATTTATTTAAAAGAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAA
66 AAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * *
5287 AGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * **
5328 T-ATATTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGTC-TA
1 TGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTA
* * * * * * * *
5391 GGGAAACACGTAGAAAAAATCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCTCCCATTCTTTCA
65 -GAAAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* *
5456 AAA-CCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
5498 TGATGTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTTAGTGCCTACCTCA-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG
* **
5561 AGAAACATGTAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-TCTATTCCTTCA
66 A-AAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCA
* *
5625 AAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
5668 TGATTTTTAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG
* ** * * * ** *
5733 GAAACATGTAGAAAAAGCCATTTTTTAG-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTTAGACTTTCAAA
66 AAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * * * *
5797 AGTCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTGTAATATCATAAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
5838 TG-TATTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGGTTGCCTT
1 TGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTT
** ** * * * *
5902 AGGTAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATCGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTAC-CATTCTTTC
64 AGAAAACATGTAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTC
*
5966 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAC
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
6010 TGAATTTAAGTTGAATTCTTTTACAGTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTT
** * * *
6073 AAGAAATGA-GAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
64 -AGAAAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* *
6137 AAAAACCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * *
6181 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTTTAATTGAATG-TCTACC-TC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTA
* * * * * * * **
6244 GAGAAACATGAAAAAGAAAGCATTCATTTGTAAGAAAGGTTCATTTAT-GTCTGTCATTCCTTTG
65 GA-AAACATGTAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
*
6308 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
6351 TGATTTTAAGTTG-ATATTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTGTACA-CGAATGCCTACC-
1 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATA-ATTGAATGCTTACCT
* * * * * *
6412 TCGAAAA-ATGTGTAGAAAAACTCATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCTTATTCC
63 TAGAAAACA--TGTAGAAAAA-GCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCC
** * * *
6475 TTCAAAAGCCTTATCGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
124 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
6522 TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACTTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTA-CTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTT
* * ** * * * * * * *
6585 TGAGAAACGTAAAAAAAAATACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
64 AGA-AAACATGTAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * *
6650 AAATGCCTTATTGCTCACTTTAAATCA-TTTTATTATCTCATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * * *
6694 TGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACACTTTTGTTTAAATCAAACCATAATTGAACG-TCTACCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTT-
* * * * **
6758 AGAAAA-GTGAAGAAACAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTTTTCA
64 AGAAAACATGTAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* *
6822 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * *
6865 TGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGCTTGCCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG
* * * * * *
6928 GAAACATGTAGAGAAAGCCATTTCTTTGG-AAGAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTCAA
66 AAAACATGTAGAAAAAG-CA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * * *
6992 AAGCCTTCTTACTAGCCTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* *
7034 TG-TATTAAAGTTGAATTTGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACC
1 TGAT-TTTAAGTTGAA--T-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACC
* * * * * *
7098 TCA-AGAAACATGTAGACAAAGCCTTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCGTTCCTT
62 TTAGA-AAACATGTAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
* * * * * * * *
7162 TAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAATTGGTTTTTTAATTTCATAAC
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
7207 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTT-AGCTAAAACAAACTATAATT-AA-ACATCTACCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGC-T-TACCT
* * *
7269 T-GACAA-ATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GC----CAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTCCT
63 TAGAAAACATGT--AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * *
7327 TCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCAT-AT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * * *
7372 TTATATTTAAGTTAAATTTTTTTTGTATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTATCTC
1 TGAT-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTT
* * *** * * * * *
7437 AGAAAACATATAGAAAAAATCATTCATTAATAAAAAAAGTTCATTTATAGTTTCTCATTCTTTTA
64 AGAAAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * *
7502 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAAC
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * * *
7545 TGATTTTAAGTTGATTTTTTTTGCAGTTTTGGTTAAAACAAACTATAGTTGAATG-TCTATC-TC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTA
* * * *
7608 GAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-TCTATTCCTTC
65 GA-AAACATGTAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTC
* * * *
7672 AAAA-TCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTGTATAATCTCATGAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
7715 TAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTT-AGTTCAAACAGACTATAATTGAATG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
7770 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2656, Mismatches: 526, Indels: 234
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 68 0.03
167 42 0.02
168 26 0.01
169 231 0.09
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173 96 0.04
174 60 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAG
AAAACATGTAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:9417 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8959--9438 Score: 441
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
8949 NNNNNNNNNT
** * * * *
8959 ATTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTAATTAATATAGGCTATAATTGAATGCTTG-TCTCAGG
1 ATTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-TTGACCTCAAG
* * ** * *
9023 GAACATGTGGAAAAAGCCATTCATTGGC-AGAAAAAGTCTATTTATAGTCT-TTCATTTCTTCAA
65 AAATATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTT-ATTCCTTCAA
* * * * * *
9086 AAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGA
127 AAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAACTAA
* * * * * *
9131 TTTTAAGTT-AAGTTTTTTTTACAATTTTGGTTGAAAGAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAA
1 ATTTAAGTTGAA-TTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT-TGACCTCAA
* * * * **********
9194 CAAATGTGAATAGAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCTCTTATTCCTTCAAA
64 GAAATATGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAA
* * * *
9259 AACCTTATTATTGACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATTATTAA
128 AACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAACTAA
*
9303 ATTTAAGTTGAA-TTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTTGACCTCAAGA
1 ATTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTGACCTCAAGA
* *
9367 AATATGAAGAAAAATGCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAA
66 AATATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAA
9432 CCTTATT
130 CCTTATT
9439 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 64, Indels: 19
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 98 0.42
172 121 0.51
173 11 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTGACCTCAAGA
AATATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAAC
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAACTAA
Found at i:10547 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10169--11703 Score: 1411
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 169
10159 NNNNNNNNNN
* * * * *
10169 TTAAATCGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACACTTTGGGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACA
* * * * ** ** *
10234 AACCATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-AAATATTCATTACCAAGAAAATT
65 GACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TT-ATT-GGAAGAAAAGT
* *
10298 CTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
127 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
10341 TTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTGTTCATT-AAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGATTAAAAC-
* * * ** ** * *
10405 AGACTATATTTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTTGAGAAAGCCATTTATTTGGAAAAAAAGTC
64 AGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA-TTGGAAGAAAAGTC
* * *
10470 CATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACT-ACCC
128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CT
* * *
10512 TTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAG-TGACATTTTTTTTACATTTTTCATTAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGA-A-TTTTTTTACA-TTTTGATTAAA
* * * * * * *
10575 ACAGACTATAATTGAATGCTTGCTTTGGGAAACATGTAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG-AAAG
62 ACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGG-AAGAAAAG
* ** *
10639 TCCATTTATAGTCT-TCCATTCTTTCAAAAATCTTATTACTCGCT
126 TCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
10683 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTA-ATTTTGGTTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTGATTAAAA
* * * *
10747 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATC-TGAAGAAAAAAG-CAGTCATTGGCAAGAAAA
63 CAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAA-CATGAAG-AAAAAGCCATTTATTGG-AAGAAAA
* * * *
10810 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAACTTTATTACTCGCT
125 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
10855 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTGGTTAAAACAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAG
* * * * * *
10920 ACTAGAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
66 ACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTTATT-GGAAGAAAAGTCC
* * * * *
10984 CTTTAT-GTCTGTCATTCTTTCGAAAGCCCTATTACTTCA-T
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACT
*** * ** * * *
11024 TTAAATGGTTTTATAATCTTGCAATTGATTGTAAGTCAAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAACA
* * * ** * *
11089 GACTGTACA-AGAATGCCTACCTTAAGAAACGCGTAGAAAAA-CTCATTTATTTGGAACAAAAGT
65 GACTATA-ATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTTA-TTGGAAGAAAAGT
*
11152 CCATTAATAGTCTCAT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
127 CCATTTATAGTCTC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
11195 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTGATTAAAACA
* * * * * **
11260 TACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAATACATTTATT-GACGAGAAAAGTC
65 GACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGA--AGAAAAGTC
* * *
11324 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
** * * *
11366 TTAAATCATTTTATTATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACA
* *** * ** *
11431 -AATCATAATTGAACATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAG-CATTTATTGCTAAGAAAAGT
65 GACT-ATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTTATTG-GAAGAAAAGT
* * *
11494 CCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCGTTATTACTCAAT
127 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
11537 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTCTCATTCAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TGATTAAAACA
* * * * * *
11602 GACTATAATTGAATGCTTGCCATGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCT
65 GACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA-TTGGAAGAAAAGTCC
* *
11667 GTTTATAGTCT-TCAATACCTTCAAAAGTCC-TATTACT
129 ATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACT
11704 AGTCTTAAAT
Statistics
Matches: 1115, Mismatches: 198, Indels: 101
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 82 0.07
170 151 0.14
171 618 0.55
172 245 0.22
173 19 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAG
ACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
Found at i:12863 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12578--14167 Score: 1428
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
12568 NNNNNNNNNN
* * *
12578 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATT
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
12642 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGATTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTTGAG
65 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* *
12707 AAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGCTAAAAAAAGTTCATT
130 AAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGC-AAAAAAAGTTCATT
* * *
12749 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * *
12814 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTT-AG
66 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-
* * ** * *
12877 GAAACGTGTAGAGAAAGCCATTTATTTAG-AAGAAAAG-TCTATT
129 GAAACGTGAAGAAAAAAACATTCA-TT-GCAAAAAAAGTTC-ATT
* * * * * * *
12920 TACAGTCTCTCGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAACTGGTTTTGTAATCTCATAATTG
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* **
12985 -TATTTAAGTTGAATTTTTTTAATATTTTTTCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATG-CTTACCT
66 AT-TTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA-TTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTC-TACCT
* * * * * ** * *
13047 TGGGTAATGTGTAGAACAAGCCATTCGTTTGACAAGAAAAG-TCAATT
126 TGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTC-ATTG-CAAAAAAAGTTC-ATT
* *
13094 TATAGTCTAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-T
1 TATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
13157 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTTGAG
65 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
** * * *
13222 AAATTTGAA-AAAAAAGCATTCATTGGTAGAAAAAGTTCATT
130 AAACGTGAAGAAAAAAACATTCATT-GCAAAAAAAGTTCATT
* * ** * * * **
13263 TATAGTGTC-CTAATCCTTCAAAAATCTTAGTACTTGGTTTAAATAATTTTATAATCTC--AATT
1 TATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
13325 GATTTTCAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
65 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
*
13390 AAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTTGCAAAAAAAGTCCATT
130 AAACGTGAAGAAAAAAACATTCA-TTGCAAAAAAAGTTCATT
* *
13432 TAT-GTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
13496 ATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATACA-CGAATGTCTGCCTT-AG
66 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTTGA-
* ** * * * *
13559 GAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATT
129 GAAACGTGAAGAAAAAAACATTCA-TTGCAAAAAAAGTTCATT
* * * * ** * * *
13602 AATAGT-TTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATCTTTTTATTATCCCAAAATT
1 TATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
13666 GATTTTATGTTCAATTTTTTTTAACATTTTTGATTAAAATAGACTATAGTTCAATGTCTACCTCA
65 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * *
13731 AGAAATATGATG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATT
128 AGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATT-GCAAAAAAAGTTC-ATT
** * * * *
13774 TATAGTCTCTTGTTCCTTCAAATGCCTTATTACTAGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
13839 ATTTTAAGTTCAATTTTTGTTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTTTAGTTAAATGTCTACATCGA
66 ATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
*
13904 GAAACGTG-AGAAAAAAGACATTCATTGGCTAAAAAAA-TACATT
129 GAAACGTGAAGAAAAAA-ACATTCATT-GC-AAAAAAAGTTCATT
* * ****
13947 TATAGTCT-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATNNNN
1 TATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
****** * * * *
14011 NNNNNNAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCGACCTCGAG
65 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
** * * *
14076 AAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
130 AAACGTGAAGAAAAAAACATTCATT-GCAAAAAAAGTTCATT
* * * * * *
14118 TAGAGTCTCCCATTCCTTAAAAAACCTCATTACTCGCTTTTAATAGGTTT
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTT
14168 GTAATCTTTN
Statistics
Matches: 1162, Mismatches: 209, Indels: 95
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 110 0.09
169 88 0.08
170 125 0.11
171 407 0.35
172 166 0.14
173 190 0.16
174 73 0.06
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGCAAAAAAAGTTCATT
Found at i:14038 original size:343 final size:334
Alignment explanation
Indices: 12587--14167 Score: 1319
Period size: 343 Copynumber: 4.6 Consensus size: 334
12577 NTATAGTCAC
* ** *
12587 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAG
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCG-CTTTAAATAATTTTATAA--TC-TCATTGATTTTAAG
* * * * * * *
12651 TTGAATTTTTTTACACTTTTGATTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
62 TTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAA
** * * *
12716 GAAAAAAATATTCATT-GCTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTAATT
127 GAAAAAAGCATTCATTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-AAAGCCTTATT
* * *
12780 ACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-A
190 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGG
* * * * * * *
12844 TTAAAAAAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGAAACGTGTAG-AGAAAGCCATTTATTTAG-
254 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACATGA-GAAACGTG-AGAAAAAAG-CATTCA-TTGGT
* *
12906 AAGAAAAGT-CTATTTACAGTCT
314 AA-AAAAGTAC-ATTTATAGTTT
* * * * * * ** *
12928 CTCGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAACTGGTTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAA
1 C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTC---ATTGAT-TTTAA
* * ** * * *
12992 GTTGAATTTTTTTAATATTTTTTCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATG-CTTACCTTGGGTAAT
61 GTTGAATTTGTTT-ACA-TTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAAT
* * * * * *
13055 GTGTAG-AACAAGCCATTCGTTTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTAC-CATTCCTTCAAAAG
122 ATGAAGAAAAAAG-CATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTC-AAAG
* *
13118 CCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TA
183 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-
* * ** *
13181 GTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAATTTGAAAAAAAAGCATTCATT
247 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-ATGAGAAACGTGAGAAAAAAGCATTCATT
* *
13246 GGTAGAAAAAGTTCATTTATAGTGT
311 GGTA-AAAAAGTACATTTATAGTTT
* ** * * * * *
13271 CCTAATCCTTCAAAAATCTTAGTACTTGGTTTAAATAATTTTATAATCTCAATTGATTTTCAGTT
1 CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTC-ATTGATTTTAAGTT
* * **
13336 GAATTTGTTTACATTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
64 GAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGA
* * *
13401 AAAAAACATTCATTTGCAAAAAAAGTCCATTTAT-GTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT
129 AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACT
* * *
13465 CGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAA
193 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAA
* * * * ** *
13530 AACAGACTATACA-CGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATTTGG-AAGAA
258 AACAGACTATA-ATTGAATGTCTACATGA-GAAACGTG-AGAAAAAAGCATTCA-TTGGTAA-AA
* *
13593 AAGTCCATTAATAGTTTT
318 AAGTACATTTATAG-TTT
* * ** * * *
13611 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATT-GCTCACTTTAAATCTTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATG
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG-TCGCTTTAAATAATTTTATAATCTC---ATTGATTTTAAG
* * * * * * *
13675 TTCAATTTTTTTTAACATTTTTGATTAAAATAGACTATAGTTCAATGTCTACCTCAAGAAATATG
62 TTGAA-TTTGTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATG
* * * **
13740 ATG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTGTTCCTTCAAATGCCTTAT
125 AAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA-GCCTTAT
* * * *
13804 TACTAGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTGTTTACTTTTTT
189 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTTACTTTTTT
* * * * *
13869 GGTTAAAACATATTTTAGTTAAATGTCTACATCGAGAAACGTGAGAAAAAAGACATTCATTGGCT
252 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT-GAGAAACGTGAGAAAAAAG-CATTCATTGG-T
*
13934 AAAAAAATACATTTATAGTCTT
314 AAAAAAGTACATTTATAGT-TT
** * *******
13956 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATNNNNNNNNNNAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCAT---TGATTTTAAGT
* *
14021 TGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAAATATGAAG
63 TGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAG
* * * * *
14086 AAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCTCCCATTCCTTAAAAAACCTCATTAC
128 AAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-CAAAGCCTTATTAC
*
14151 TCGCTTTTAATAGGTTT
192 TCGCTTTAAAT-GGTTT
14168 GTAATCTTTN
Statistics
Matches: 1000, Mismatches: 182, Indels: 112
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
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344 185 0.19
345 185 0.19
346 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (334 bp):
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATTGATTTTAAGTTGA
ATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAA
AAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACATGAGAAACGTGAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAGTACAT
TTATAGTTT
Found at i:14559 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14278--15245 Score: 585
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 169
14268 GACTATAATT
* * *
14278 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAACAAAG-TATTCATTTGCAAGAAAAGTCCA-T-ATATG
1 GAATGTCTACCTAG-GAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATA-G
* * *
14340 TCTCTCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTT
63 TCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
14405 AAGTTGATGTTTTATACATTTTTGATTAAAACAAACTGTACAC
127 AAGTTGATCTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTGTACAC
* * *
14448 GAATGCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
1 GAATGTCTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
* * ** * * *
14513 TTCGATTCCTTTAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTTT-A
65 -TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
14577 GTTGAACTTTTTTACTTTTTTGCTTAAAACAAATTATA-ATT
129 GTTGATCTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTGTACA-C
* * * * ** * *
14618 GATTGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAATCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GTC
1 GAATGTCTACCTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
* * ********** *
14682 TCCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTTAA
65 T-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
14747 GTTGATTTTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTGTACAC
129 GTTGA--TCTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAAATTGTACAC
* * * *
14790 GAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTTGGAAA-AAAAGTCCATTAATAG
1 GAATGTCTA-CCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTT-GAAAGAAAAGTCCATTAATAG
* ********** *
14854 TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAANNNNNNNNNNAATCTTATAATTGATTTT
63 TCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
14919 AAGTTGAAT-TTTTTTA-TTTTTTGGTTAACAC-AGTCTATA-AT
127 AAGTTG-ATCTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAAT-TGTACAC
* * * * ** * * *
14960 TACATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAATTCATTTA-TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAG
1 GA-ATGTCTACCTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGA-AAGAAAAGTCCATTAATAG
*
15024 TCACCCATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTCAC----------TTTA-AA--TCATAATTGATTT
63 TC-TCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *** *
15075 TAAGTTGAAT-TTTTTTACACTTTTGTTTAAATCAAACCATA-ATT
126 TAAGTTG-ATCTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTGTACA-C
* * * * * * *
15119 GAATGTCTAGCTCAAGAAACTTGGAGAAAAAAG-CATTCA-TTGCCAAGAAAATTCCATTTATAG
1 GAATGTCTACCT-AGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTTG-AAAGAAAAGTCCATTAATAG
* * * *
15182 TCTTCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
63 TC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTT
15246 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 124, Indels: 93
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
157 30 0.05
158 83 0.13
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175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GAATGTCTACCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATAGTCT
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGATCTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTGTACAC
Found at i:14977 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 14252--15245 Score: 895
Period size: 343 Copynumber: 3.0 Consensus size: 339
14242 NNNNNNNNNN
* * *
14252 ATTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAACAAAGT-ATT
1 ATTTTTTGGTTAAAACAGTCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA-AAAATCATT
* * * * *
14315 CATTTGCAAGAAAAGTCCATATATGTCTCTCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATG
65 CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
14380 GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATGTTTTATACATTTTTGATTAAAACAAACTGTA
130 GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATGTTTTATACATTTTTGATTAAAACAAACTGTA
* *
14445 CACGAATGCCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATA
195 CACGAATGCCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATA
* * **
14510 GTCTTCGATTCCTTTAAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTT
260 GTCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTT
14575 TAGTTGAACTTTTTT
325 TAGTTGAACTTTTTT
* * * *
14590 ACTTTTTTGCTTAAAACAAAT-TATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAATCAT
1 A-TTTTTTGGTTAAAAC-AGTCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCAT
* *
14654 TCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
64 TCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
********** * * * * *
14719 ANNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGAT
129 AGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--TGTTTTATACATTTTTGA-TTAAAACAAAC
* * **
14783 TGTACACGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTTGGAAA-AAAAGTCCA
191 TGTACACGAATGCCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTA-TTT-GAAAGAAAAGTCCA
* * ********** * * *
14847 TTAATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAANNNNNNNNNNAATCTTATAAT
254 TTAATAGTCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAAC
*
14912 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
319 TGATTTT-AGTTGAACTTTTTT
* * *
14934 ATTTTTTGGTTAACACAGTCTATAATT-ACATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAATTCATT
1 ATTTTTTGGTTAAAACAGTCTATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATT
* * * *
14998 TA-TTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTCAC-----
65 CATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTAT-GTCTCCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
15056 -----TTTA-AA--TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACACTTTTGTTTAAATCAAAC
127 ATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATGTTTTATACATTTTTGATTAAAACAAAC
** * * * * * * ** * * *
15112 CATA-ATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACTTGGAGAAAAAAGCATTCA-TTGCCAAGAAAATTCCA
191 TGTACA-CGAATGCCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTG-AAAGAAAAGTCCA
* * * * *
15175 TTTATAGTCTTCC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAA
254 TTAATAGTC-TCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAA
*
15239 TTGATTT
318 CTGATTT
15246 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 109, Indels: 52
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 4 0.01
328 61 0.12
329 56 0.11
330 1 0.00
331 19 0.04
332 1 0.00
338 1 0.00
339 10 0.02
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344 46 0.09
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTTTGGTTAAAACAGTCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTC
ATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
ATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATGTTTTATACATTTTTGATTAAAACAAACTGTAC
ACGAATGCCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTAATAG
TCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTTT
AGTTGAACTTTTTT
Found at i:15137 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 14907--15216 Score: 365
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
14897 NNNNAATCTT
** ** *
14907 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGGTTAACACAGTCTATAATTACATGTCTACC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACTTTTGGTTAACACAAACCATAATTACATGTCTACC
** ** * * *
14972 TTGAGAAACGTAAAGAAAAATTCATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
66 TCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
15037 CAAATA-CCTTATTACTCACTTTAAATC
131 CAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATC
*
15064 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGTTTAA-ATCAAACCATAATTGA-ATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ACTTTTGGTTAACA-CAAACCATAATT-ACATGTCT
* * ** * * ** *
15127 AGCTCAAGAAACTTGGAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAATTCCATTTATAGTCTTCCATTT
63 ACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
15192 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
15217 CAATGGTTTT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 22, Indels: 7
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
157 30 0.24
158 96 0.76
159 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (157 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACTTTTGGTTAACACAAACCATAATTACATGTCTACC
TCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATC
Found at i:15613 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15323--15958 Score: 585
Period size: 172 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
15313 NNNNNNNNNN
* *
15323 TGTAGAGAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTATCTCATACCTTCAAAAGCTTT
1 TGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTT
* ** * * *
15388 ATTACCAGTCTTAAATATTTTTGTAATTTCATAATTA-ATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTT
66 ATTACCAGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTATA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
15452 TCATTAAAACAGATAATAATTGAATGCATGCCCTGGGAAACA
130 TCATTAAAACAGATAATAATTGAATGCATGCCCTGGGAAACA
* * *
15494 TGTAGAGAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCTCTTATACCTTCAAAAGCTTT
1 TGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTT
* * *
15559 ATTACCAGCCTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTATATTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTT
66 ATTACCAGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTATATTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * ** * * * **
15624 TTATTAAAATAGACT-ATAATTGGTTGCCTAG-CTTGAGAAATG
130 TCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGCAT-GCCCTGGGAAACA
* * * * ** *
15666 TCTAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAAAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATATGTTTAAAAG-TCT
1 TGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCT-T
* ********** *
15730 TATTACTAGCCTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTATATTTAAGTTGAATTTGTTTTACAGTT
65 TATTACCAGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTATATTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT
* * **
15795 TTCATTAAAAC-GA-ACTATAATTGAATACTTGCCCCAGGAAACA
129 TTCATTAAAACAGATA--ATAATTGAATGCATGCCCTGGGAAACA
* * * * ** *
15838 CGTAGAAAAAGCC-TTCA-TTGGCAAGAAAAATCCA-TTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCT
1 TGTAGAAAAAGCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTT
* *
15900 TATTACTTA--CTTCAAATGGTTTTATAATTTCATAACTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 TATTAC-CAGCCTT-AAATGGTTTTATAATTTCATAA-TTATATTTAAGTTGAATTTTTTTA
15959 TACTTTTGGT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 76, Indels: 32
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
170 57 0.15
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172 180 0.48
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTT
ATTACCAGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTATATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
CATTAAAACAGATAATAATTGAATGCATGCCCTGGGAAACA
Found at i:17374 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16681--19587 Score: 1892
Period size: 171 Copynumber: 17.0 Consensus size: 170
16671 NNNNNNNNAT
* * * * *
16681 TGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTCTCGTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCACCTC-G
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCCCAG
* * * * * *
16744 AGAAACATGGAG-AAAAAGCTATTCATTAGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
65 -GAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * ** * * *
16808 AAATCTTTATTACTCACTATAAATGGTTTGATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * **
16851 TGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACACTTTTGGA-TAAAATAAACTCTGATTGAATGTCTACCTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCCCA
* * * ** * *
16914 AGAAACTTAAAGAAAAAAGCATTCATTACCTACG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCA
64 GGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
** * ********** *
16978 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTANNNNNNNNNNAT
128 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * *
17021 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAATACAGACTATAATTGATTGCCTAGCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCCCAG
* * * * * * * *
17086 GAAACGTGTAG-AAAAAGCCATTTATTTGGAAAAAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTCA
65 GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * * *
17150 AAAGTCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * *
17193 TG-TATTTAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAACTGAATGTTTGCCCC
1 TGAT-TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCCC
* * * * *
17257 AGGAAACACGTAG-AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTTTCAATT-CTTC
63 AGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTC
* *
17320 AAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATTTCATAAC
127 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * **
17364 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACTGTAATTGAACGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCCCAG-
* * * *
17429 GAAACACGAAGAAAAAAACATTCATT-GCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTACTTCAA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
** *
17493 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
129 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * *
17535 TG-TATTTAAGTT-ATATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGATTG-CATGGC
1 TGAT-TTTAAGTTGA-A-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-CC
*** ** * *** * *
17597 TTGGGAAACATTTAG-GAAAAGCCATTCATTAATAAGAACAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCT
61 CCAGGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* ** *
17661 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCTTGTAGC
125 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * ** * **
17707 TGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATAATTTTGGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-CACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTC-CCCAG
* * * *
17771 ACAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTCAT-ATTCCTTTA
65 -GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATTCCTTCA
* *
17835 AAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
128 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * *
17878 TGATTTAAAGTTGAATTTGTTTATATTTTT-AGCTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCCCAG
* * *
17942 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GTCTCTCATTCCTTCGA
65 -GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * * *
18006 AAGCGTTATTA-TTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCTTAAA
129 AAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * * ***
18048 TGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTGCATTTTTGGTTAATACAGACTGTACA-CGAATGCCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCT-CCCCA
* ** ** * *
18112 GGAAACATGTAGAAAAACCCATTTTTTTGG-AAGAAAAGTCCGTTAATAGTCTC-CTATTCCTTC
64 GGAAACATGAAGAAAAAAGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTC
*
18175 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
127 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * * * *
18219 CGATTTTACGTTGAATTTTCTTACAGTTTTGGTTAAAACAAACTTTAATTGAATGTCTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCCCAG
* * * *
18284 GAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCGT-AATCTTTCGA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATTCCTTC-A
* * * *
18348 AAA-TCTTAGTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * * *
18390 TGATTTTCAGTTGAATTTGTTTACTTTTTTGGTTCAAACAGACTGTAATTGAATATCTACCTC-G
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCCCAG
* * * * * * * * *
18454 AGAAACGTGAAGGAAAAAGTATTCTTTTGAAAAAAAAGTCCATTTAT-GTGTCTCATTCCTTCGA
65 -GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* ** *******
18518 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCNNNNNNN
129 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
*** * * * * * * **
18560 NNNTTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATACA-CGAATGTCTGCCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCT-CCCCA
* * * ** * *
18624 GAAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTAATAGTCT-TCTATTCCTTC
64 GGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTC
********************* *
18687 AAAAGCCTTATTAC-T-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * **
18730 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATCT-AATGTCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT-TGAATGTCTCCCCAG
* * * * * * *
18794 AGAAACATGAAGAAAAATA-AATTTATTGACAAGAAAAATCAATTTATAGTCACTCATTCCTTTA
65 -GAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * ** ** * * *
18858 AAAGTCTTATTTCTCACTTTAAATCTTTTTATTATCTCAAAAT
128 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* ** * * * *
18901 TAATTTTTTGTTCAATTTTTATTAACA-TTTTGATTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTAGCTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TT-ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCCC
* * * ** * * *
18965 AAGAAATATGAGGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATTGTCTCCCGTTCCTTCA
63 AGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * *
19029 AATGCCTTATTA-TTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * * * * ** *
19072 TAATTTTAAGTTCAATTGTTTT---TTGTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACATCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCCCAG
* * * * *
19134 GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAATGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCTCCCATTCCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * * * *
19199 AACCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
130 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * * * *
19240 TCATTTTAAATTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTCTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-C-CCCA
* * * *
19305 -GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAATCCATTTATA-TCTCCCATTCCTTCGA
64 GGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* ********** *
19368 AAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAAT
129 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
* * * ** * * **
19410 TGATTTTAAGTTG-ATGTTTTATATATTTTTGGTTAAAACAGACCGTACA-TAAATGGCTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCT-CCCC
* * * ** * * *
19473 AGAAAACAAGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTAATAGTCTC-CGATTCGTT
63 AGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTT
* **
19536 TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
126 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
19581 TGATTTT
1 TGATTTT
19588 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2127, Mismatches: 526, Indels: 167
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 46 0.02
168 89 0.04
169 42 0.02
170 651 0.31
171 974 0.46
172 264 0.12
173 61 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCCCAGG
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
Found at i:18302 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 16679--19587 Score: 2412
Period size: 512 Copynumber: 5.7 Consensus size: 510
16669 NNNNNNNNNN
* * * * *
16679 ATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTCTCGTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAGTGTC-ACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * **
16742 CGAGAAACATGGAG-AAAAAGCTATTCATTAGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
65 CGAGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCATATTCCTT
* * * * * *
16806 CAAAATCTTTATTACTCACTATAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTT-T
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
* * * * * * * *
16870 TTACACTTTTGGATAAAATAAACTCTGATTGAATGTCTACCTGAAGAAACTTAAAGAAAAAAGCA
194 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTG-AGAAACATGAAGAAAAAAGCA
** * * *
16935 TTCATTACCTACG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
258 TTCATTTGC-AAGAAAAGTCCATTTAT-GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********* * * ** *
16999 AATGGCTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAATACAGAC
321 AATGGCTTTA-TAATCTCTAAATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * * * * *
17064 TATAATTGATTGCCTAGCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAAAAAAAGTCTAT
385 TATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
17129 TTACAGTCT-CTCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
449 TTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
17191 ATTG-TATTTAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAACTGAATGTTTGCC
1 ATTGAT-TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
17255 -CCAGGAAACACGTAG-AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTTTCA-ATT-
64 TCGA-GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTC--TCATATTC
* * * *
17316 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT
126 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
17381 TTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACTGTAATTGAACGTCTACCTTGAGAAACACGAAGAAAAAA
191 TGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAA
* * * *
17446 ACATTCA-TTGCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
255 GCATTCATTTGC-AAGAAAAGTCCATTTAT-GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * **
17510 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTT-ATATTTTTTTTACATTTTTCATTAAA
318 TTAAATGGCTTTATAATCTC-TAAATGAT-TTTAAGTTGA-A-GTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** * * * * * * *** *
17573 ACAGACTATAATTGATTGCATGGCTTGGGAAACATTTAGGAAAAGCCATTCATTAATAAGAACAG
379 ACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAG
* * **
17638 TCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCTTG
444 TCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
17703 TA
509 TA
** * * * * * *
17705 GCTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATAATTTTGGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTCCACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
17770 GACAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTCATATTCCTTTA
66 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCA
* * *
17835 AAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTAAAGTTGAATTTGTTT
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT
* * * * *
17900 ATATTTTTAGCTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
196 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * *
17965 CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCGTTATTATTCGCTTTAAATG
260 CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
18030 GCTTTATAATCTCTTAAATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTGCATTTTTGGTTAATACAGACTGTA
325 GCTTTATAATCTC-TAAATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
18095 CA-CGAATGCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAACCCATTTTTTTGGAAGAAAAGTCCGTTAAT
389 -ATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTAT
*
18159 AGTCTCCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
453 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * *
18217 ACCGATTTTACGTTGAATTTTCTTACAGTTTTGGTTAAAACAAACTTTAATTGAATGTCTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * *
18282 AAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCGTAATCTTTCG
66 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCATATTCCTTC-
* * * * *
18347 AAAA-TCTTAGTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTGTT
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
* * * * * * *
18411 TACTTTTTTGGTTCAAACAGACTGTAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGTAT
195 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * *
18476 TCTTTTGAAAAAAAAGTCCATTTATGTGTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
259 TCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ********* * * *
18541 GACTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGCTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
324 GGCTTTATAATC-TCTAAATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
18606 ACA-CGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTAA
388 A-ATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTA
* *********************
18670 TAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA
452 TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
18728 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATCT-AATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAAT-TGAATGTCTACCT
* * * * * *
18792 TGAGAAACATGAAGAAAAATA-AATTTATTGACAAGAAAAATCAATTTATAGTCAC-TCATTCCT
65 CGAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCAT-ATTCCT
* * * * ** * * * ** * *
18855 TTAAAAGTCTTATTTCTCACTTTAAATCTTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTTTGTTCAATTTT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTG
* * * * * *
18920 TATTAACA-TTTTGATTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAGGAAAAAA
193 T-TT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAA
* ** * * * * *
18984 -CATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATTGTCTCCCGTTCCTTCAAATGCCTTATTATTAGCTT
255 GCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTA-TGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
19048 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAA-TTGTTTT---TTGTTGGTTAAAACA
319 TAAATGGCTTTATAATCTCTAAA-TGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * * ** * * *
19109 TATTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA-ATGACAAGAAAAGTC
382 GACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAGTC
* * * * * * *
19173 CATTTAGAGTCTCCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTGTAATCTCATA
446 CATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
19238 ATTCATTTTAAATTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** *
19303 TAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAATCCATTTATA-TCTCCCATTCCTTCG
66 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCA
**********
19367 AAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATGTT-TT
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTGTT
* ** * * * * * **
19430 ATATATTTTTGGTTAAAACAGACCGTACA-TAAATGGCTACCTTAGAAAACAAGTAGAAAAACCC
195 -TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTGAG-AAACATGAAGAAAAAAGC
* * * * * *
19494 ATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTC-CGATTCGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
257 ATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
19558 AAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT
320 AAATGGCTTTATAATCTC-TAAATGATTTT
19588 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1925, Mismatches: 418, Indels: 111
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
507 5 0.00
508 48 0.02
509 214 0.11
510 109 0.06
511 181 0.09
512 658 0.34
513 236 0.12
514 398 0.21
515 76 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTC
GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
ATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
CTTTATAATCTCTAAATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
Found at i:20952 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 20649--21472 Score: 670
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 172
20639 NNNNNNNNNN
* * * * *
20649 CTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGT-A-AAAAGAGCTACTCATTGGC-AAGAAAAGTC
1 CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAT-TAAGAAAAAAGC-ATTCATTGTCAAAGAAAAGTC
* *
20711 CATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 CATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
20775 ATTGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * * *
20818 CTATAATTGAGTG-CTTACCTCGAGAAATGTGT-A-TAAAAAGTCATTCA-T-T-AATATGAAAA
1 CTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAATAT-TAAGAAAAAAG-CATTCATTGTCAA-A-GAAAA
* * * * *
20877 GCCCATTTATAGTCACACATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
61 GTCCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
20942 ATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGT-TT-AAATCAAA
126 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAAT-AGA
** *
20989 CCGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAAAAAAGTCCA
1 CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAGAAAAGTCCA
* * *
21054 TTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAAT
66 TTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
21119 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAATAGG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGA
* * * *** *** ** ** * ** *
21161 CTATTATTGAAAGCCTGGTTTGGGAAACGTGT-AGAAAAAATTATTTATT-TGGAAGAAAAGTTC
1 CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAT-TAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAGAAAAGTCC
** * * * * * *
21224 ATTTATAGTCTTGCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
21289 TTG-TATTTAA-TTTAATTTTTTTTTACATTTTTCT-CTAAAATAGA
130 TTGAT-TTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTT-TATTAAAATAGA
* * * * *
21333 CTATCATTGAAT-TCTTGCCTCAATAAATGCA-T-AG-AAAAAGCCTTCATTGGC-AAGAAAAGT
1 CTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAAT--ATTAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAGAAAAGT
* * * * * * * * * * *
21393 CCACTTATAGTCCCTCATTCCTTGAAAAGGCTTATCACTTGCTTCAAATAGTTTTATAATTTTAT
63 CCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
21458 AACTGATTTTAAGTT
128 AATTGATTTTAAGTT
21473 AAAACAAACT
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 109, Indels: 57
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 2 0.00
169 66 0.13
170 59 0.11
171 197 0.38
172 181 0.35
173 8 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
Found at i:21414 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 20651--21474 Score: 842
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
20641 NNNNNNNNCT
* * * *
20651 ATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGT-A-AAAAGAGCTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAT-TAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
20714 TTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
* * ** *
20778 GATTTTAAGTTATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAGTGCTTACCTCGAGA
129 GATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAAAGCCTACCTCGAGA
* * * * * * *
20843 AATGTGTATAAAAAGTCATTCATTAATATGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTTAAAAG
194 AACGTGTAGAAAAAATCATTCATTAAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAG
* * * *
20908 CCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAG
259 CCTTATCACTAGCCTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAG
* *
20973 TTTTGTTTAAATCAAACC
324 TTTTCTTAAAATCAAACC
* * *
20991 GTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAAAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATT
* * *
21056 TATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTG
65 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTG
* * *** * *
21121 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAATAGGCTATTATTGAAAGCCTGGTTTGGG
130 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAAAGCCTACCTCGAG
* * ** ** ***
21185 AAACGTGTAGAAAAAATTATTTATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTGCATACCTTCAAAA
193 AAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTAAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAA
* * ** *
21250 GCCTTGTTACTAGCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAA-TTTAATTTTTTTTT
258 GCCTTATCACTAGCCTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA--TTTTTTT
* * *
21313 ACATTTTTCTCTAAAAT-AGACT
320 ACAGTTTTCT-TAAAATCAAACC
* * * *
21335 ATCATTGAAT-TCTTGCCTCAATAAATGCA-T-AG-AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAAT--ATTAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * * * *
21396 CTTATAGTCCCTCATTCCTTGAAAAGGCTTATCACTTGCTTCAAATAGTTTTATAATTTTATAAC
63 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAAT
21461 TGATTTTAAGTTAA
128 TGATTTTAAGTTAA
21475 AACAAACTGT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 75, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 34 0.09
341 43 0.11
342 127 0.32
343 144 0.36
344 40 0.10
345 6 0.02
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGA
TTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAAAGCCTACCTCGAGAAA
CGTGTAGAAAAAATCATTCATTAAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCC
TTATCACTAGCCTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTT
TTCTTAAAATCAAACC
Found at i:22358 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21876--22877 Score: 970
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
21866 NNNNNNNNNN
* * * * *
21876 AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAACTTTAGTACT
1 AAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAATCCTTATTACT
* * * *
21941 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTGATTCA
66 CGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* ** *
22006 AACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAA-AAATGTGA-AG
131 AACAAACTATAATTGAATGCCTACCTC-AAGAAACGT-ATAG
* * * *
22046 AAAAAAGTATTCATTTGA-AAGAAAAGTCCACTTAT-GTCTCTCATTCCTTCGAAAGT-CTTATT
1 -AAAAAGCATTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC-AAAATCCTTATT
* * * * ** * *
22108 ACTCACTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATTGTTTCCATATTTTTCA
63 ACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGA
* * * * *
22172 TTACAACAGACTATAATTGAGTGCCTGCCTCAAGAAACGTTTAG
127 TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTATAG
* * * *
22216 AAAAAGCTATTCATTGATATGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTAC
1 AAAAAGC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAATCCTTATTAC
* * * *
22281 TCGCTATAAATAG-TTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACACTTTTGGTT
65 TCGCTTTAAATAGCTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * *
22345 AAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATAAAG
129 AAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCA-AGAAACGTATAG
* * * *
22387 AAAAAAGCATTCATTGCCTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAACC-TATTA
1 -AAAAAGCATTCATTG-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAATCCTTATTA
* * * *
22451 CTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
64 CTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * ** *
22516 AAAACAGACTATAATTGATTGCCTGGCTCAAGAAACGTGTAG
129 AAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTATAG
* * * * * *
22558 AAAAAGCCATTTATTTGA-AAAACAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGT-CTTAT
1 AAAAAG-CATTCA-TTGATAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA-TCCTTAT
* * * *
22621 TACTAGCCTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT
62 TACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
* * * *
22685 CATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTATCCT-AGGAAACATATAG
125 GATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTA-CCTCAAGAAACGTATAG
* * * * * * *
22731 AAAAACCCTTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAATCCTTATTACT
* * * * * * * *
22796 TGCTTCAAAT-GATTTTATAATTTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTA
66 CGCTTTAAATAG-CTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
*
22860 AAACAAACTGTAATTGAA
130 AAACAAACTATAATTGAA
22878 CGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 127, Indels: 57
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.02
170 170 0.25
171 332 0.49
172 104 0.15
173 53 0.08
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAATCCTTATTACT
CGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
AACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTATAG
Found at i:22833 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 21876--22876 Score: 1126
Period size: 343 Copynumber: 2.9 Consensus size: 338
21866 NNNNNNNNNN
* * * *
21876 AAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAACTTTAGTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAATC-TTATTAC
* * * * *
21940 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTGATTC
64 TCGCCTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * * * *
22005 AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-CGAAAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTTGAAAGAA
129 AAACAAACTATAATTGAATG-TTACCTAGGAAACATAT--AGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAA
* * * *
22069 AAGTCCACTTAT-GTCTCTCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTC-AATGGCTTTATAAT
191 AAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTCAAATGGCTTTATAAT
** *
22132 CTCATAATTAATTTTAAGTTG-ATTGTTTCCATATTTTTCATTACAACAGACTATAATTGAGTGC
255 CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTGC
*
22196 CTGCCTCAAGAAACGTTTAG
319 CTGCCTCAAGAAACGTGTAG
* ** * * *
22216 AAAAAGCTATTCATTGATATGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAT-CTTATTAC
* * *
22281 TCG-CTATAAATAG-TTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACACTTTTGGT
64 TCGCCT-TAAATAGTTTTG-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * *
22344 TAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCTAA-
127 TAAAACAAACTATAATTGAATGT-TACCTAG-GAAACATATAGAAAAAAGCATTCATTG-GTAAG
* * * *
22408 AAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAACC-TATTACTCACTTTAAATGGCTTTATA
189 AAAAA-TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGCTTTATA
* * *
22472 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGATTG
253 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTG
*
22537 CCTGGCTCAAGAAACGTGTAG
318 CCTGCCTCAAGAAACGTGTAG
* * * *
22558 AAAAAGCCATTTATTTGA-AAAACAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGTCTTATT
1 AAAAAGCCATTCA-TTGATAAAA-AAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAA-TCTTATT
* *
22622 ACTAGCCTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTC
62 ACTCGCCTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* *
22686 ATTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTATCCTAGGAAACATATAG-AAAAACCCTTCATTGGTAA
125 ATTAAAACAAACTATAATTGAATG-TTA-CCTAGGAAACATATAGAAAAAAGCATTCATTGGTAA
* ** **
22750 GAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGATTTTATA
188 GAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGCTTTATA
* * * * ** * *
22815 ATTTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACTGTAATTGA
253 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
22877 ACGTNNNNNN
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 80, Indels: 47
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 11 0.02
341 141 0.25
342 155 0.28
343 189 0.34
344 54 0.10
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAATCTTATTACTC
GCCTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
ACAAACTATAATTGAATGTTACCTAGGAAACATATAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAATC
CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGCTTTATAATCTCATA
ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTGCCTGCCTC
AAGAAACGTGTAG
Found at i:22847 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 21876--22877 Score: 1266
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 512
21866 NNNNNNNNNN
* * * * *
21876 AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAACTTTAGTACT
1 AAAAAGCATTCATTGCTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAACTCTAGTACT
* * *
21941 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTGATTCA
66 CACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTGATTAA
** * * *
22006 AACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTTGAAAGAAAA
131 AACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTTGAAAAAAAA
* * * * * *
22071 GTCCACTTATGTCTCTCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTCAATGGCTTTATAATCTCA
196 GTCCACTTAAGTCTCTCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACCTTAAATAGCTTTATAATCTCA
* * * *
22136 TAATTAATTTTAAGTTGATTGTTTCCATATTTTTCATTACAACAGACTATAATTGAGTGCCTGCC
261 TAATTAATTTTAAGTTGATTGTTTCCACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCC
* * * * * *
22201 TCAAGAAACGTTTAGAAAAAGCTATTCATTGATATGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTTCTT
326 TCAAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTTCTT
* * *
22266 CAAAATCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTT
391 CAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTGATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAAGTTTT
22331 TTACACTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGA
456 TTACACTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGA
*
22388 AAAAAGCATTCATTGCCTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAAC-CTATTAC
1 AAAAAGCATTCATTG-CTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAACTCTAGTAC
* * * * *
22452 TCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
65 TCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTGATTA
* ** * *
22517 AAACAGACTATAATTGATTGCCTGGCTC-AAGAAACGTGTAG-AAAAAGCCATTTATTTGAAAAA
130 AAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCGAA-AAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTTGAAAAA
* * * *
22580 CAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGTCTTATTACT-AGCCTTAAATAGTTTTGTA
193 -AAAGTCCACTTA-AGTCTCTCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCA-CCTTAAATAGCTTTATA
* * **
22644 ATCTCATAATT-GTATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAA
255 ATCTCATAATTAAT-TTTAAGTTG-ATTGTTTCCACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAA
* * * * * *
22708 TGCTTATCCT-AGGAAACATATAGAAAAA-CCCTTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCTC
318 TGCCT-GCCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC
* * * *
22771 TCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT-TCAAAT-GATTTTATAATTTCATAACTAATTTTAA
382 CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTAT-AAATAG-TTTGATAATCTCATAACTAATTTTAA
* * *
22834 GTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACTGTAATTGAA
445 GTTGAAGTTTTTTACACTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAA
22878 CGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 64, Indels: 20
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 8 0.02
512 120 0.29
513 51 0.12
514 181 0.44
515 52 0.13
516 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
AAAAAGCATTCATTGCTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAACTCTAGTACT
CACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTGATTAA
AACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTTGAAAAAAAA
GTCCACTTAAGTCTCTCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACCTTAAATAGCTTTATAATCTCA
TAATTAATTTTAAGTTGATTGTTTCCACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCC
TCAAGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTTCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTGATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAAGTTTT
TTACACTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGA
Found at i:27601 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27383--28023 Score: 394
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
27373 NNNNAAAGTG
* * *
27383 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAA-AAATGGCTTT
1 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATAAATAGCTTT
**** * *
27447 TTTTACATGTTTCCCAAGGCA-AGCATTCAATTATTGT-TTGTTTTAATAAAAAATGTAGAGAAA
65 CACAACATGTTTCCCAAGGCAGA-CATTCAATTATAGTCTTG-TTTAATAAAAAATGTA-AAAAA
27510 ATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAGCCT
127 ATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAGCCT
* * * * *
27555 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGAGACTGTAAATAGTCTTTTCTTTCAAATAAATAGCTTTC
1 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATAGCTTTC
* * * * *
27620 ACAACATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTTGTTTAGTGAACAATGTAAAAAAATTT
66 ACAACATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *********
27685 AATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCANNNNNNNNN
131 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAGCCT
* * * ** * * * **
27726 NGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGGATA-TAATAAATAGACTTTTCTT-GATAATGAATATTTT
1 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGAGACT-ATAAATAGACTTTTCTTCCA-AATAAATAGCTT
** ** * ** * * ** *
27789 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATGGT-TTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAA
64 TCACAACATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
27853 TTCATCCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTTAAAG--T
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT-AAGCCT
** * * * *
27896 GAGTAATAAGGA-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAACTAGACTTTTCTTGTC-AATAAATGATT
1 -AGTAATAA-GACTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATAAAT-A-G
* * * * * *
27959 TTTTC-CTCACA--TTGCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAATAAAAAATGTTAA
61 CTTTCAC-AACATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTTG-TTTAATAAAAAATGTAAA
28020 AAAA
124 AAAA
28024 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 90, Indels: 35
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 245 0.68
172 101 0.28
173 11 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATAGCTTTC
ACAACATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAGCCT
Done.