Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403003.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_670.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8965
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.11, T:0.31
Warning! 1491 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:576 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 24--607 Score: 404
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 160
14 TCTCAATGTC
* * * * * *
24 GACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTTAGA
1 GACATTCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** *** *
89 TTATAAAATAATTTAAAGCGAG-TAATNNNNNNNNNNAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTT
66 TTATAAAATAATTTAAA-AAAGCT--T-------TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT
* * * * *
153 TCTTGCCATTAAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTGAGGT
121 TCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTTGAGAT
* * **
193 AGACATTTAATTACT-GTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTATGA
1 -GACATTCAATTA-TAGTCTGTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
257 GATTATAAAATAATTTAAAANNNNNNNNNNAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTT
64 GATTATAAAATAATTTAAAA---------AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
** * **
322 TTCTTTCCAATGAATGTGTTTTTCTTCACGTTTCTCCAAGA-
120 TTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCT-TGAGAT
* * * * * *
363 GAAATTCAATTATAG-CATTTTTTAGCTGAAAATACAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATG
1 GACATTCAATTATAGTC--TGTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
427 AGATTATAAAATAATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAATTGAACT
63 AGATTATAAAATAATTTAA---------AAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT
* *
492 TTTGTTTCCACTGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGAT
119 TTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGAT
* * *
534 CGACATTCAATTATAGTCTGTATTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGA
1 -GACATTCAATTATAGTCTGT-TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
599 GTTTATAAA
64 GATTATAAA
608 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 59, Indels: 59
0.73 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 11 0.03
170 138 0.42
171 144 0.44
172 24 0.07
173 1 0.00
177 1 0.00
178 2 0.01
179 1 0.00
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
GACATTCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAATAATTTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAAT
GAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTGAGAT
Found at i:1179 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 830--1312 Score: 543
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
820 NNNNNNNNNN
* * *** * *
830 GGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAGA
1 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTCTCA-GTAGA
* * * * * * *
894 CATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAGAA--GAAAAAAAA-TCATCTTAAAATCGATTATGAC
65 AATTCAATTATAGTCTGTTTTAGC-AAAAAAGTGAAAAAAAATTCAT-TTAAAATCAATTATGAG
* ** *
956 ATTATAAAACAATTTAAAATAAGTAATAAGTCTTTTAAATGAAT
128 ATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGTAATTTAAAGGAAT
* * * * * * *
1000 GAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTTTTTTTCTTCACGATTCTCTCAGTAAAA
1 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTCTCAGTAGAA
1065 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGC-AAAAAGTGAAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAATTATGAGAT
66 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAAGTGAAAAAAAATTCA-TTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
1129 TATAAAACAATTTAAACCGAGTAATAAAG-AATTTGAAGGAAT
130 TATAAAACAATTTAAAACAAGTAAT-AAGTAATTTAAAGGAAT
*
1171 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAAGAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTC-CAAGTAGA
1 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTCTC-AGTAGA
* *
1235 AATTCAATTATACTCTGTTTTAGTCAAAAAAGT--AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAG
65 AATTCAATTATAGTCTGTTTTAG-CAAAAAAGTGAAAAAAAATTC-ATTTAAAATCAATTATGAG
*
1298 ATTATAAAATAATTT
128 ATTATAAAACAATTT
1313 CAAGCGACTA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 36, Indels: 19
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
170 79 0.30
171 171 0.64
172 6 0.02
173 7 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTCTCAGTAGAA
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAAGTGAAAAAAAATTCATTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGTAATTTAAAGGAAT
Found at i:2132 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1386--2135 Score: 635
Period size: 170 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
1376 GCATTCAATT
* * * * *
1386 ACAATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTATTTTCCTCA
1 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCA
* * * * * * *
1451 CTGAATAGTTTTTTTTACATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCATAAA
66 ATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTTGAGGCA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA
* * * ***
1515 TATAAAAACATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATNNN
130 TATAAAAA-AGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
******* * * * * *
1556 NNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAAGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCA
1 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCA
* * ** * *
1621 ATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTC-TGAAAGTAAACATTCAATTATTGTATGTTTTAACAAAAA
66 ATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTTG--AGGCAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
* ********* *
1684 ATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAA
129 ATATA-AAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
1726 ATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTCTCA
1 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCA
* **********
1791 ATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTTAAGGCAAGCANNNNNNNNNNGTCTGTTTTAATC-AAAA
66 ATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTTGAGGCAA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAA
* *
1855 ATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAA
129 ATATAAAAAAG-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ********** *
1897 ACAATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTCTCA
1 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCA
* * *
1962 ATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTTTTGAGGTATATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA
66 ATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTTGAGGCA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA
*
2027 TATAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAA
130 TATAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
2067 ACAATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCA
1 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCA
2132 ATGA
66 ATGA
2136 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 133, Indels: 22
0.74 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 30 0.07
170 233 0.53
171 168 0.39
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTCA
ATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTTGAGGCAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
ATAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
Found at i:3922 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 3055--4228 Score: 644
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 167
3045 NNNNNNNNNN
* * * *
3055 TTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGA
* * * * * *
3120 ATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTGTTGTCAGTTATAACTAAAAATGTG
65 ATG-CTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTC-ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-
* * *
3185 TAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGAG-TATATAAAACTA-
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAA-TAC
*********************** * *
3226 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGACTTTTCTTGCCAACGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGA
* * * *
3291 ATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GTAGAA-ATTCAATTATAGTATGATTTAGCTAAAAAA-
65 ATGC-TTTTTTTTCACGTTTCTC-AAGGTA-AACATTC-ATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAAT
* * *
3353 GTAAAAAAATTCAACTTCAAATCGATTATGAGATTATAAAATAA
125 GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAC
* * *
3397 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGA
* * *** * ***********
3462 ATACCTTTTTTTTCACTTTTCTTGCGGTAGACATTCAATTATAGTCTANNNNNNNNNNAAATGTA
65 AT-GCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTC-ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-
* * * * *
3527 AAAAAATTTAACTT-AAATTAATTATAAGTTTATAAAA-CC
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAC
* * * * * * *********
3566 ATTTTAAGCAAGTAATAAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACNNNNNNNNNNAATG
1 -TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTCCAATG
* * *** * * *
3631 AATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGGGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATTT
64 AAT-GCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTC-ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
* ******
3695 CAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATANNNNNN
127 ---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAC
**** * * *
3738 NNNNAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGA
* * *
3803 ATGCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCGATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAAATGTAA
65 ATGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTC-ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
* *********
3868 AAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNA-
129 AAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAATAC
* * * * *
3908 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACGATAAATAGACTTTTCTTCACAACGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTC-CAATGA
* * * * * * * *
3973 ATGCACTTTTCTTCACATTTCTTTAA-GTAAAAATTCACTTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATAT
65 ATGC-TTTTTTTTCACGTTTC-TCAAGGTAAACATTCA-TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
* *
4037 AAAAGAATTCAACTTCAAGTCAATTATGAGATTATAAAATAC
127 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAC
* * *
4079 TTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTCCAATGA
** * *
4144 A-GAACTTTTTTGGCACGTTTCTCAAGATAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
65 ATG--CTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTC-ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
*
4208 TAAAAATTCAACTTAAAATCA
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCA
4229 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 236, Indels: 65
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 8 0.01
170 254 0.35
171 447 0.61
172 20 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGAA
TGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAC
Found at i:5402 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4358--5829 Score: 664
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
4348 NNNNNTGGAC
* * * * * *
4358 TTTTT-TTCTCAATGAATAG-TTTTGTTTACACGTTTTTCATGGTAAGCATTCAATTATAGTCTG
1 TTTTTCTTCTTAATGAATAGCTTTT-TTTACACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTA
* * * * * * * *
4421 TTTTAATCTAAAATTTTAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAACCAATTTAAAG
65 TTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAA
*********
4486 CGAGTAATAAGGCTTTT-AAANNNNNNNNNNACTATAAATAGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * ** * * **
4528 CTTTTCTTAC-CAATGAAT-GATTTTTTTTTCATGTTTCTTAAGGAAAACATTTGATTATAGTCT
1 TTTTTCTT-CTTAATGAATAG-CTTTTTTTACACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * * * *
4591 GTCTTAGCCAAAGATGTAAATAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATATTTTAGA
64 ATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
* * * ********
4656 GCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTANNNNNNNN
128 ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA
** * * * * * *
4699 NNTTTCTTGC-CAACGAAT-GCATTTTTCTT-CACGTTTCTCCAA-CTGAATATTCAATTATAGT
1 TTTTTCTT-CTTAATGAATAGC-TTTTT-TTACACATTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAGT
* * * ********** * * *
4760 CTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATNNNNNNNNNNATCAATTATGAAATTATAAAACAATATC
62 CTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* * * **
4825 AAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGGACGACTATAAATAGA
126 AAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * *
4870 CTTTT-TTCTCAATGAGTAG-ATTTTTTACACGTTT-TACGAGGCAAACATTCAATTATAGTCT-
1 TTTTTCTTCTTAATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTA
* * * **********
4931 GTTTAA-AAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNN
65 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAA
* * *
4994 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAGC
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-AGA
* * * * * * *
5037 TTTTT-TCCTCAATGAAT-GATTTTTTTTACACGTTTCT-AGAGG-AAGGCATTCGATTACAGTC
1 TTTTTCTTCTTAATGAATAG-CTTTTTTTACACATTTCTCA-AGGTAA-ACATTCAATTATAGTC
********* * *
5098 T-TTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAATTTAACTTAAAATAAATT-TTAGGATTA-ATAAACAATTT
63 TATTTTAACC-AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATA-AAACAATTT
* * *******
5160 AAAACGAGTAATTAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTGACTATNNNNNNN
125 AAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGA
*** * * * *** *
5206 NNNTTCTTAC-CAATAAATACCTTTTTTT-CTTGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTA
1 TTTTTCTT-CTTAATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTA
* * ***
5269 TTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAACAATTTANNN
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAA
******* *
5334 NNNNNNNTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGAGTATAAATAGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * *
5376 CTTTTCTTCTTAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCTAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAT
1 TTTTTCTTCTTAATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTAT
** * * ********** * *
5441 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAATAATTTAAAAT
66 TTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAC
* * *
5506 GAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
130 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA
* * * ** *
5547 TTTTTTTTCTTAATGAATA-ATTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGT
1 TTTTTCTTCTTAATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTAT
* * * ** *
5611 TTTAACCATAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACTGTTTAAAGC
66 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAC
*
5676 GAGTAATAAGACTTTT-AAAGAAATGGGTGACTATAAATAGA
130 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATAGA
* * ** * * *
5717 TTTTTCTTGC-TAATGAAT-GCCTTTTTT-CATATTTCTTGAGGTAAACATGCAATTGTTGTCTA
1 TTTTTCTT-CTTAATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTA
* * *
5779 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
5830 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 310, Indels: 88
0.70 0.23 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 65 0.07
167 24 0.03
168 72 0.08
169 116 0.12
170 307 0.32
171 346 0.36
172 19 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCTTAATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTAT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACG
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGA
Found at i:5871 original size:168 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4797--5890 Score: 477
Period size: 170 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
4787 NNNNNNNNNN
** * * * **
4797 ATCAATTATGAA-ATTATAAAACAATATCAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGGACGACT
1 ATCAATTAT-AAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * *
4861 ATAAATAGACTTTT-TT-CTCAATGAGTAGA-TTTTTTACACGTTT-TACGAGGCAAACATTCAA
65 ATAAATAGATTTTTCTTGCTTAATGAATA-ACTTTTTTACACATTTCTA-AAGGTAAACATGCAA
* * *
4922 TTATAGTCT-GTTTAA-AAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAA
128 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
* ***********
4963 ATCAATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
1 ATCAATTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * ** * * * * *
5028 TAAAT-GAGCTTTT-TTCCTCAATGAATGATTTTTTTTACACGTTTCTAGAGG-AAGGCATTCGA
66 TAAATAGA-TTTTTCTTGCTTAATGAAT-AACTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAA-ACATGCAA
* ********* *
5090 TTACAGTCT-TTTTAACCNNNNNNNNNNAAA-AATTTAACTTAAA
128 TTATAGTCTATTTTAACC-AAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
* * * ** * * * *
5133 ATAAATTTTAGGATTA-ATAAACAATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACT
1 ATCAATTATAAGATTATA-AAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
********** * * * * * *** * *
5197 ATNNNNNNNNNNTTCTTAC-CAATAAATACCTTTTTTTCTTGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
65 ATAAATAGATTTTTCTTGCTTAATGAATAACTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAAACATGCAATT
* *
5261 ATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACATTTAACTTAAA
130 ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGA-ATTCAACTTAAA
* * * ** ********** * *
5303 ATTAATTATGAGTTTATAAAACAATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGAGTA
1 ATCAATTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * ** * * *
5368 TAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCTAGGCAAGCATTCAATT
66 TAAATAGATTTTTCTTGCTTAATGAATAAC-TTTTTTACACATTTCTAAAGGTAAACATGCAATT
** * * * ****
5432 ATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTNNNN
130 ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
****** * * ** *
5474 NNNNNNTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACT
1 ATCAATTATAAGATTATAAAACT-GTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * ** *
5538 ATAAATGGATTTTT-TTTCTTAATGAATAATTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAGGCATTCAATT
65 ATAAATAGATTTTTCTTGCTTAATGAATAACTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAAACATGCAATT
* * *
5602 ATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAA
130 ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
* ** * * *
5644 ATCAATTTTGGGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGAAATGGGTGACTA
1 ATCAATTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
** * ** *
5709 TAAATAGATTTTTCTTGC-TAATGAATGCCTTTTTT-CATATTTCTTGAGGTAAACATGCAATTG
66 TAAATAGATTTTTCTTGCTTAATGAATAACTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAAACATGCAATTA
* *
5772 TTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAA
131 TAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
********** *
5812 ATCAATTATAAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTA
1 ATCAATTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
*
5877 TAAATAGACTTTTC
66 TAAATAGATTTTTC
5891 CTCTCATGGT
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 220, Indels: 46
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 60 0.09
167 11 0.02
168 111 0.16
169 82 0.12
170 281 0.41
171 135 0.20
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATCAATTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
TAAATAGATTTTTCTTGCTTAATGAATAACTTTTTTACACATTTCTAAAGGTAAACATGCAATTA
TAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
Found at i:6314 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5904--7565 Score: 863
Period size: 170 Copynumber: 9.8 Consensus size: 168
5894 TCATGGTAAG
* * * * * *
5904 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGAT
********** * * * *
5969 TATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTT
65 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * *
6034 TTCGCAATGAATGATTTTTTTATACAT-TTT-TAAAGATAGG
130 TTC-TAATGAATGCTTTTTTT-T-CATGTTTCTTGAGGTAGA
* ** * **********
6074 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAANNNNNNNNNNGAT
1 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * *
6139 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTAAAAGAATGTGTGACTATAAATAGATTTTTC
65 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
6204 TTCCTAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAAA
130 TT-CTAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* * * *
6245 CATTCAATTATTGTTTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGAT
** * **********
6309 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTNNNNNNNNNNGGACTTTTC
65 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *
6374 TTCTCAATGAATAGC-TTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAGG
130 TTCT-AATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* * * * *
6414 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTAAATTAAAATCAATTTTGAGATT
1 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
**********
6479 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
6544 TACCAATGATTGCATTTTTGTTCATGTTTCCTGAGGTAGA
131 T-CTAATGAATGC-TTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* ** * **
6584 CATTCAATTATTATCTGTTTTAATTAAAAATGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGNN
1 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGAT
******** * * * *
6647 NNNNNNNNAATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTTGAAA-AAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
********* * * *
6711 CNNNNNNNNNNATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTTAAGGTAGG
129 C-TTCTAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* ********** * *
6753 TATTCAATTATAT-TCTGTTTTAANNNNNNNNNNAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGA
1 CATTCAATTAT-TGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * **********
6817 TTATAAAATAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTT
64 TTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** *
6882 TTTCTCAATGAATGATTTTTTTTACACATTT-ATGAAGGTAGGA
129 CTTCT-AATGAATGCTTTTTTTT-CATGTTTCTTG-AGGTA-GA
* * * *
6925 -ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGCAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTTTGAGAT
1 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * * ** *
6989 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGTCGTTTAAAAGAATGGGTGACTCTAAATAAAATTTTC
65 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
7054 TTGTTAATGGATGTCTTTTTTTTCATGTTTGTCGAGGTA-A
130 TT-CTAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
********* * * * * *
7094 NNNNNNNNNNATTGTCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGT
1 -CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGA
** * * * *
7158 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAAGGGACTTTT
64 TTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** *
7223 CTTCTCAACGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCAAGG-CGA
129 CTTCT-AATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* * * *
7264 GCATTGAATTATAGT-TTTTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAAATTAACATAAAATCAATTTTGAGA
1 -CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* **********
7327 TTATAAAATAATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATNNNNNNNNNNNN
64 TTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT--AAATGGACTT
***** * * * *
7392 NNNNNC-AATGATTGCCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGGTAGA
127 TTCTTCTAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
** * * * * *
7434 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATCTAAAGAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAG
1 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * * * *
7499 TATAAAATAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
7564 TT
130 TT
7566 GCCAACAAAT
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 378, Indels: 89
0.70 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 324 0.30
170 420 0.39
171 302 0.28
172 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCTAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
Done.