Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403009.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_676.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8229
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.08, T:0.26
Warning! 2605 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1320 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1011--2912 Score: 1968
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 170
1001 NNNNNNNNNN
* * *
1011 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-A
* * * * * * * * *** * *
1076 AG-CATTCCTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATAACCCATACCCTT-AAAATATTTATTTCTTG
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
*
1139 CTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * * * *
1182 TTTTTTACATTTTTCTTTAAAACATACAATAATTGAAAGCCTGCCTCAAGAGAGATGTAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
1247 GCCATTGACT-AGGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
65 GCCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* *
1311 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * *
1353 TTTTTTACATTTTTCTTTATAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATAAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-A
* * * * *
1418 AG-CATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGT
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* * * *
1482 TTTAAATAGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * *
1524 TGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAAGAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGCAA-AAAA
1 TTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAA
* * * * *
1588 AGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGC
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* * *
1653 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTCAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * *
1695 TTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-A
* * * * * * * ** *
1760 AG-AATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTAACCCATACCTTTAAAAGATTTATTGCTCGC
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* * * *
1824 TTAAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTCAG-CAGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AAT
* * * * * *
1866 TGTTTTTATATTTTTCTTTAAAATAGACTATAATTGAAAG-CTTGCCTTAA-AAAAATGTAGAAA
1 T-TTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAA
* * *
1929 AAGCCATTGATTAAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
63 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
* * *
1994 CTTTATATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* ** * *
2037 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGAT-T-GCTTTTGAAAATATGCAGAA
1 TTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATG-TCTACCTTAAG-AAACATGAAGAA
* *
2099 AAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
62 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
* *
2164 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAAT
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * * * * *
2208 TTTTTTACATTTTTGGTTCAAATAGA-TAATAATTAAATATTTACTTTTAA-AAATATGCAGAAG
1 TTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * *
2271 AAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCAATATATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
63 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
* * * **
2336 CTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT
* * * * * *
2380 TTTTTTACATTTTTCTTTATAACAGGCTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAATATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-A
* * *
2445 AG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGC
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* * *
2509 TTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTATAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * ** *
2551 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAGTGTCTTCCTCGAGAAACGTGTAA-AAAA
1 TTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAA
* * * * * * *
2615 AGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACCCGC
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
*
2680 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* *
2722 TTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-A
* * * * * * * **
2787 AG-CATTTATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATAGCCTT-AAAAGATTTATTACTCG
64 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
* * * *
2850 CTTAAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
2893 TTTTTTACATTTTTCTTTAA
1 TTTTTTACATTTTT-TTTAA
2913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1454, Mismatches: 239, Indels: 76
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 56 0.04
171 1197 0.82
172 189 0.13
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
CCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
Found at i:1636 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1011--2906 Score: 2221
Period size: 342 Copynumber: 5.5 Consensus size: 342
1001 NNNNNNNNNN
* *
1011 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
* * * * * * * * * *
1076 AGCATTCCTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATAACCCATACCCTT-AAAATATTTATTTCTTGC
66 AGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCAT-TCCTTCAAAAGACTTATTGCTCGC
* * *
1140 TTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAA
130 TTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAA
* * * * * ** * * * *
1204 CATACAATAATTGAAAGCCTGCCTCAAGAGA-GATGTAGAAAAAGCCATTGACT-AGGAAGAAAA
194 TAGACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACG-TGTAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAAGAAAA
* *
1267 GTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
257 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
1332 ATAATTGATTTTAAGTTGATT
322 ATAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * ** *
1353 TTTTTTACATTTTTCT-TTATAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATAAAGAAAC
1 TTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAC
* * * * *
1417 AAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGT
65 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTGCTCGC
* * * *
1482 TTTAAATAGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
130 TTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
* * *
1547 AGACAAGAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTC
195 AGACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTC
* *
1612 CATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
260 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
1677 ATTAATTTTGAGTTCAAT
325 ATTGATTTTAAGTTCAAT
* *
1695 TTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
* * * * *
1760 AGAATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTACAGTAACCCATACCTTTAAAAGATTTATTGCTCGCT
66 AGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTGCTCGCT
* * * * ** *
1825 TAAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTCAGCAGAATTGTTTTTATATTTTTCT-TTAAAA
131 TAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-TGTTAAAA
* * * ** *
1889 TAGACTATAATTGAAAG-CTTGCCTT-AAAAAAATGTAGAAAAAGCCATTGATT-AAGAAGAAAA
194 TAGACAATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAA-AAGAAAA
* * *
1951 GTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTC
257 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
2016 ATAACTGATTTTAAGTTCAAT
322 ATAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * * * *
2037 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGAT-TGCTTTTGA-AAATATGCAGAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATG-TCTAC-CTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * * *
2099 A-AAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACT
63 ACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTGCT
* * * * * * *
2163 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTCA
127 CGCTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * ** * *
2228 AATAGATAATAATTAAATAT-TTACTTTTAAAAATATGCAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAA-AA
192 AATAGACAATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAAGAA
* * * * * *
2291 AAGTCAATATATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATC
255 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
2356 TCATAATTAATTTTAAGTTGATTT
320 TCATAATTGATTTTAAGTTCA-AT
* * * * *
2380 TTTTTTACATTTTTCT-TTATAACAGGCTATAATTGAATGTCTATC-TCATGAAATATGAAGAAA
1 TTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAA
* *
2443 CAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCG
64 CAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTGCTCG
*
2508 CTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
129 CTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * *
2572 ATAGACTATAATTGAGTGTCTTCCTCGAGAAACGTGTAAAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAG
193 ATAGACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAG
* * * *
2637 TCAATTTATAGTTACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
258 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
2702 TAATTGATTTTAAGTTCAAT
323 TAATTGATTTTAAGTTCAAT
*
2722 TTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
* * * * * *
2787 AGCATTTATTAACAAAAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATAGCCTT-AAAAGATTTATTACTCGC
66 AGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCAT-TCCTTCAAAAGACTTATTGCTCGC
2851 TTAAAATAGTTTTAT-ACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
130 TTAAAATAGTTTTATAAC-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
2907 CTTTAANNNN
Statistics
Matches: 1316, Mismatches: 204, Indels: 68
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 51 0.04
342 928 0.71
343 328 0.25
344 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACA
AGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTGCTCGCT
TAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATA
GACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTCAAT
Found at i:1980 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 1011--2912 Score: 2298
Period size: 513 Copynumber: 3.7 Consensus size: 513
1001 NNNNNNNNNN
* * * *
1011 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATATG-AAGAAAC
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGCAA-AAA-
* * * * * * * *** * **
1075 AAG-CATTCCTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATAACCCATACCCTT-AAAATATTTATTTCTT
64 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACCC
* * *
1138 GCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAG
* * * * ** * * * * * * *
1202 AACATACAATAATTGAAAGCCTGCCTCAAGAGAGATGTAGAAA-AAGCCATTGACT-AGGAAGAA
192 AACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCCATTCATTGA-CAAAAA
* * * * * * *
1265 AAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
256 AAGTCCATTTACAGTAACCCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAATC
*
1330 TCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTCTTTATAACAGACTATAATTGAATGTC
321 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * *
1394 TATCTCAAGAAACATAAAGAAACAAGCATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACATT
386 TATCTCAA-AAAAATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACATT
* *
1459 CCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGTTTTAAATAGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
450 CCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT
* * *
1524 TGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAAGAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
*
1589 GCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCT
66 GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCT
* *
1654 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACA
* * *
1719 GACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAG-AATTCATTGACAAGAAAAGTT
196 GACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTC
* * * * *
1783 CATTTACAGTAACCCATACCTTTAAAAGATTTATTGCTCGCTTAAAATGGTTTCATAATCTCATA
261 CATTTACAGTAACCCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
1848 ATTGATTTTCAGCAGAATTGTTTTTATATTTTTCTTTAAAATAGACTATAATTGAAAG-CT-TGC
326 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAT--
* * * * * * *
1911 CTTAAAAAAATGTAGAAA-AAGCCATTGATTAAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCT
389 CTCAAAAAAATGAAGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACATTCCT
* * * * *
1975 TCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAAT
453 TCAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT
* * * *
2037 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGATTGCTT--TTGA-AAATATGCAGAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATG--T-CTTCCTTGAGAAACATGCAAAA
* * * * *
2099 AAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
63 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCC
* *
2164 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTCA-
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AG
* * * * * * * * * *
2228 AATAGA-TAATAATT-AAATATTTACTTTTAAAAATATGCAG-AAGAAGCCATTCATTGAGAAAA
192 AACAGACT-ATAATTGAAA-GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCCATTCATTGACAAAA
* * * * * * * * * *
2290 AAAGTCAATATATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAAT
255 AAAGTCCATTTACAGTAACCCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAAT
* * * *
2355 CTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTCTTTATAACAGGCTATAATTGAATGT
320 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
2420 CTATCTCATGAAATATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAT
385 CTATCTCA-AAAAAATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACAT
2485 TCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTATA
449 TCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTA-A
2550 T
513 T
* * * * * *
2551 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAGTGTCTTCCTCGAGAAACGTGTAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * *
2616 GTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACCCGCT
66 GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCT
2681 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACA
* * *
2746 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAG-CATTTATTAACAAAAAAAGTC
196 GACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTC
* *
2810 CATTTACAGTAACCCATAGCCTT-AAAAGATTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATACTCTCAT
261 CATTTACAGTAACCCATA-CCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAATCTCAT
2874 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCTTTAA
325 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAA
2913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1166, Mismatches: 193, Indels: 60
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.00
512 22 0.02
513 698 0.60
514 423 0.36
515 17 0.01
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACA
GACTATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTC
CATTTACAGTAACCCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCT
CAAAAAAATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACATTCCTTCA
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Done.