Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403010.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_677.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30410
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.12, T:0.28
Warning! 6017 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:322 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 69--363 Score: 419
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
59 TTATAATCCG
* * * *
69 ATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTGC
1 ATAATTGATTTTAACTTGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * *
134 CTTGGGAAACATGAAGAAACACCCATTCATTGATAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
66 CTAGAGAAAAATGAAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
199 TCAAAAGACTTATTACCTC
131 TCAAAAGACTTATTACCTC
** * * *
218 ATAATTGATTTTATGTTGAATCTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTC
1 ATAATTGATTTTAACTTGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* *
283 CTAGAGAAAAATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
66 CTAGAGAAAAATGAAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* *
348 TTAAAAGCCTTATTAC
131 TCAAAAGACTTATTAC
364 TCTCTTTAAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 19, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
149 127 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (149 bp):
ATAATTGATTTTAACTTGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
CTAGAGAAAAATGAAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
TCAAAAGACTTATTACCTC
Found at i:3286 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2655--3975 Score: 1145
Period size: 170 Copynumber: 7.7 Consensus size: 169
2645 NNNNNNNAGC
* * * * **
2655 GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAAAGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * *
2720 GTT-TTCATATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC-TATTTTAACGAAAAATGTAAAAACC
66 -TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCGT-TTTT-ACTAAAAAT-TAAAAA-A
* * * *
2783 ATTCAGCTTAAAATC-ATTTATG-GGACTACAAAACCAATTAAA-A
126 ATTCAACTTAAAATCAATTT-TGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGA
* * * * * * * *
2826 CGAATAAGAAGACTTTTCAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCGT
1 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * * * * * *
2891 TTTCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTCAATTATAATCCG-TTTCATCCAAAAACGTAAGAAAG
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-CGTTTTTA-CTAAAAA-TTAAAAAAA
* *
2955 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAACA
127 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGA
* ** *
2998 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATAACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * *
3062 TTCTTCA-GCTTTAC-CGAGGAAAACATTCAAGTATAATC-TATTTTAACTAAAAATTAAAACAA
66 TTCTTCATG-TTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCGT-TTTT-ACTAAAAATTAAAA-AA
* * *
3124 ATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGGCTATAAAACCATTTCAAGA
126 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGA
** * *
3168 GAGTAATAATTCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGC-T
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTT
* * *
3232 TTTCTTCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATCGTTTTTACTTAAAAATGTAAAAAAAC
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCGTTTTTAC-TAAAAAT-TAAAAAAAT
** * *
3297 TCAACTTAAAATCAATTTTGATATTGTAAAACCA-TTGAAGA
128 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGA
** * * * *
3338 CGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTCTTCTTGCTAATGAATTAATT
1 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * * *
3403 TTTCCTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACC
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCGT-TTTTACT-AAAAAT-TAAAAA-A
* ** ** *
3467 ATTCAGCTTAAAATCAA-TTACAGGATTGCAAAACTATTTAAA-A
126 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGA
* ** * * * * * *
3510 GAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAATTAGACTTTTCTTGCCAATAAAAGACTT
1 G-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * * * * *
3575 TTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAATAATCAATTACAATATGTTTTCACATAAAACA-T-AAAAAA
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT-CGTTTTTAC-TAAAA-ATTAAAAAAA
* * * * * * *
3638 TTTAATTTAAAATCAATTATCAGGTTTTAAAAGCATTTAAAGT
127 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGA
* * *
3681 GAGTAATAAGGCTTTTGATGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * * * * ** *
3746 TT-TCACACGTTTTTC-AGGTAAACATTCAATTCTAA-CATGTTTTAACTAAAAAAGAAAGAAAG
66 TTCT-TCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC--GTTTTTACTAAAAATTAAA-AAAA
* *
3808 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGA
127 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGA
** ** * *
3851 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGAAGGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * *
3916 TTCTTTC-TTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
66 TTC-TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC-GTTTTTACTAAAAAT-TAAAA
3976 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 928, Mismatches: 175, Indels: 93
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 5 0.01
169 31 0.03
170 336 0.36
171 316 0.34
172 223 0.24
173 13 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCGTTTTTACTAAAAATTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGA
Found at i:3818 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2655--3975 Score: 1298
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 511
2645 NNNNNNNAGC
* * * * * * *
2655 GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAAAGG-GTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGGACTT
* ** ** * * * * *
2719 TGTTTTCATATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-GAAAAATGTAAAAACC
66 T-TCTTCACGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATC-GTTTTAACTTAAAAAAGTAAAAA-A
* * * * * * * * * * *
2783 ATTCAGCTTAAAATCATTTATGGGACTACAAAACCAATTAAA-ACGAATAAGAAGACTTTTC-AA
128 ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGC-TTACGAA
* * * * * *
2846 GGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGCGTTTTCTTCATGTTTCCCAATG
191 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * *
2911 CAAACATTCAATTATAATCCG-TTTCATCCAAAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
256 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * *
2975 GAGGTTATAAAACCATTTAAACAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATGGGCT
319 CAGGTTACAAAACCATTTAAACAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATAGACT
* * * * *
3040 TTTCTTGAAAATGAATAACTTTTTCTTCAGCTTTACCGAGGAAAACATTCAAGTATAATCTATTT
384 TTTCTTGAAAATGAAAAACTTTTTCTTCAGCTTTACCAAGGAAAACAATCAAGTACAATATATTT
* * * *
3105 TAACTAAAAATTAAAACAAATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGGCTATAAAACCATTTCAAGA
449 TAACTAAAAATTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGCTATAAAACCATTTAAAGA
** * * *
3168 GAGTAATAATTCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGGACTT
* * *
3233 TTCTTCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATCGTTTTTACTTAAAAATGTAAAAAAACT
66 TTCTTCACGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATCGTTTTAACTTAAAAAAGTAAAAAAACT
* * * *
3298 CAACTTAAAATCAATTTTGATATTGTAAAACCA-TTGAAGACGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCT
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTACGAAGGCT
* *** * *
3362 TGGGTGACTATAAATGGGCTCTTCTTGCTAATGAATTAATTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGAAAA
195 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAA
* *
3427 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACCATTCAGCTTAAAATCAATTA-CAGG
260 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATCAGG
* * * *
3491 ATTGCAAAACTATTTAAA-AGAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAATTAGACTT
323 -TTACAAAACCATTTAAACA-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-TAGACTT
** * * * * *
3555 TTCTTGCCAAT-AAAAGACTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGCAAATAATCAATTACAATATGTT
385 TTCTTGAAAATGAAAA-ACTTTTTCTTCA-GCTTTACCAAGGAAAACAATCAAGTACAATATATT
* * * * * *
3618 TTCACATAAAACA-T-AAA-AAATTTAATTTAAAATCAATTATCAGGTTTTAAAAGCATTTAAAG
448 TTAAC-TAAAA-ATTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGCTATAAAACCATTTAAAG
*
3680 T
511 A
*
3681 GAGTAATAAGGCTTTTGATGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAAT-GACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGGACTT
** * *
3745 TT-TTCACACGTTTTTC-AGGTAAACATTCAATTCTAA-CATGTTTTAAC-TAAAAAAG-AAAGA
66 TTCTT--CACGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATC--GTTTTAACTTAAAAAAGTAAA-A
** * * **
3805 AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
126 AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTACGAA
** * * *
3870 GGCTTGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTT-ATCAATGAAGGGCTTTTTCTTTC-TTTTTCTCAA
191 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAA
* *
3933 GGCAAACATTCAATTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
254 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
3976 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 119, Indels: 45
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 17 0.03
512 299 0.45
513 283 0.42
514 60 0.09
515 7 0.01
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGGACTT
TTCTTCACGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATCGTTTTAACTTAAAAAAGTAAAAAAACT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCTT
GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGTTA
CAAAACCATTTAAACAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATAGACTTTTCTTG
AAAATGAAAAACTTTTTCTTCAGCTTTACCAAGGAAAACAATCAAGTACAATATATTTTAACTAA
AAATTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGGCTATAAAACCATTTAAAGA
Found at i:4879 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4525--4887 Score: 379
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
4515 AATGAATGGG
* * * * *
4525 TTTTTCTTCATGTTTAACGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
** * * * *
4590 CTCAACTCAAAATCAATTTTGATATTGTAAAACCATTTAACACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
66 CTCAACTCAAAATCAATTCAGAGATTGTAAAACCATTTAACAAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGA
* * * * * * **
4655 TTGGGTGACTATAAATGGGCTCTTCTTGCTAATGAATTAA
131 ATGGGTAACTATAAATAGACTCTTCTTGCCAATAAAAGAA
* *
4695 TTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATGTAAAAAC
1 TTTTTCTTCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-
* * * * * **
4760 CATTCAGCTTAAAATCAATTACAG-GATTGTAAAACTATTTAA-AAGAAGTAGCAAGGCTTTTGA
65 -ACTCAACTCAAAATCAATT-CAGAGATTGTAAAACCATTTAACAAG-AGTAACAAGGCTTTCAA
* * * *
4823 AGGAATGGGTAACTGTAATTAGACTTTTCTTGCCAATAAAAGAC
127 AGGAATGGGTAACTATAAATAGACTCTTCTTGCCAATAAAAGAA
*
4867 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
1 TTTTTCTTCATGTTTCACAAG
4888 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 34, Indels: 6
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 57 0.37
171 2 0.01
172 95 0.61
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
CTCAACTCAAAATCAATTCAGAGATTGTAAAACCATTTAACAAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGA
ATGGGTAACTATAAATAGACTCTTCTTGCCAATAAAAGAA
Found at i:7400 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6696--8197 Score: 1340
Period size: 172 Copynumber: 8.8 Consensus size: 170
6686 NNNNNNAAGA
* *
6696 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATAAG-T
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACCAATGAAT-GGCT
* * *
6759 TTTTCTTCATGTTTCTCAACGCAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAC
64 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAA-
* *
6824 ATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAG-
127 ATTCAACTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * * ** * *
6867 GAAATAGTAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGGTT
1 G-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * ** *
6932 TTTCTTCACGTTTCCCAAGATAAACATTCAATTATAAT-TGTTTT--CTCATAAAATATAAAAAA
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A-AAAATGTAAAAAA
* * * *
6994 TTCAAATAAAAATCAAGAATA-AGG-TTATAAAACCATTTAAAGC
128 TTCAACTTAAAAT-AA-ATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
7037 GGGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCGTACCAATGAATGACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
* ** * * * * * *
7102 TTCCTCACATTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGC-AAAAACGTAAGAAAGT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAA-AAAAT
* * * *
7166 TCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTAGAAAATCATTTAAAGA
129 TCAACTTAAAATAAATTATG-GGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
7208 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTTACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAGTGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
* ** *
7273 TTCTTCATGTTTTTGGAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACCAT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA--AT
* * * * *
7338 TTAGCTTAAAATAAAATATGGGATTACAAAACTATTTAAAGC
129 TCAACTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
7380 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
* * * ** * * *
7445 TT-TCTCATGTTTCACTAGGAAAACCCTCATTTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
66 TTCT-TCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAA
* * * **
7509 CTAAACTTAAAATCAATTATGCAATTATAAAACCATTTAAAGC
128 TTCAACTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** * **
7552 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAACTGGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
* * * * * * *
7617 TGCTTTC-GGTTTATCAACGAAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
66 TTC-TTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * * * *
7681 TAAACTTAAAATCAATTTTAAGG-CTATAAAATCATTTAAAAC
129 TCAACTTAAAATAAATTAT-GGGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
7723 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGATGACTATAAATGGGCTTTT-TCATCAATAAAT-GCATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGC-TT
* * * * * *
7786 TTTCTTCATG-TTCCCAGGGTAAACATTCAATTCTAATCTGTTTTCACTAAAAATGTGAAAACAT
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT
* *
7850 TCAAGC-CAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-
129 TCAA-CTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCATTT-AAAGC
* * * *
7892 GAGTAATACA-GCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATAGG-T
1 GAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAAT-GGCT
* *
7955 TTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAACAATGTAAAGAA
64 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAA-AA
* * * * ** *
8020 ATTCAACTTTAAATCAATTTTAT-GG-CTATAAAATC-TATTAGTGA
127 ATTCAACTTAAAAT-AA-ATTATGGGATTATAAAACCAT-TTAAAGC
* *** ** *
8064 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGAATGACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
* *
8129 TTCTTCATTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT
8194 CAAC
130 CAAC
8198 CTANNNNNNN
Statistics
Matches: 1069, Mismatches: 217, Indels: 90
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 223 0.21
170 67 0.06
171 291 0.27
172 471 0.44
173 6 0.01
174 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTC
AACTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:8003 original size:684 final size:684
Alignment explanation
Indices: 6696--8191 Score: 1584
Period size: 684 Copynumber: 2.2 Consensus size: 684
6686 NNNNNNAAGA
* *
6696 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATAAGTTT
1 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATAAGTTT
* * ** * * * *
6761 TTCTTCATGTTTCTCAACGCAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAACAT
66 TTCTTCATGTTTCACAACGAAAACCCTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAC
* ** * *
6826 TCAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGGAAATAGTAAGGCTTTCGAAGGAA
131 TAAACTTAAAATCAATTATGCAATTACAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGAA
** * * * * * *
6891 TGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGATAAA
196 TAAGTGACTATAACTGGACTTTTCTCGCCAATAAATGGCTTTTGCTTCACGTTTACCAAGATAAA
* *
6956 CATTCAATTATAATTGTTTTCTCATAAAATATAAAAAATTCAAATAAAAATCAAGAATAAGGTTA
261 CATTCAATTATAACTGTTTTCTCATAAAATATAAAAAATTCAAATAAAAATCAAGAATAAGGCTA
* ** * * *
7021 TAAAACCATTTAAAGCGGGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCGT
326 TAAAACCATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTCGATGACTATAAATGGGCTTTTCG-
* ** *
7086 ACCAATGAATGACTTTTTCCTCACATTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGCA
390 ACCAATAAATGACTTTTTCCTCACATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCA
* * * *
7151 AAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAGAAAATCATTTAAAGAAAGTAATA
455 AAAACGTAAGAAAGTTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGAAAGTAATA
* * * *
7216 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTTACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAGTGGTTTTTTCTTCAT
520 AGGCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCAT
** *
7281 GTTTTTGGAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAAAACCATTTAGCTT
585 GTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAACAATGTAAAAACCATTTAGCTT
7345 AAAATAAAATATGGGATTACAAAACTATTTAAAGC
650 AAAATAAAATATGGGATTACAAAACTATTTAAAGC
** **
7380 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGAA-TATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGGGTT
1 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGT-AACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATAAGTT
* * * *
7444 TTT-TCTCATGTTTCACTAGGAAAACCCTCATTTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
65 TTTCT-TCATGTTTCACAACGAAAACCCTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
7508 ACTAAACTTAAAATCAATTATGCAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-G
129 ACTAAACTTAAAATCAATTATGCAATTACAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * *
7572 ACTTAAGTGACTATAACTGGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGCTTTTGCTTTC-GGTTTATCAACG
194 A-ATAAGTGACTATAACTGGACTTTTCTCGCCAATAAATGGCTTTTGC-TTCACGTTTACCAA-G
* *
7636 A-AAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACT-A-AAAATATAAAAAAATT-AAACTTAAAATCAAT
256 ATAAACATTCAATTATAA-CTGTTTT--CTCATAAAATAT-AAAAAATTCAAA-TAAAAATCAAG
** * * * *
7697 TTTAAGGCTATAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGATGACTATAAATG
316 AATAAGGCTATAAAACCATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTCGATGACTATAAATG
* * * * *
7762 GGCTTTTTC-ATCAATAAATG-CATTTTT-CT-TCATGTTCCCAGGGTAAACATTCAATTCTAAT
381 GGC-TTTTCGACCAATAAATGAC-TTTTTCCTCACAT-TTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAAT
* * * *
7823 CTGTTTTCA-CTAAAAATGTGAA-AACA-TTCAAGC-CAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCA
443 CTATTTTAAGC-AAAAACGT-AAGAA-AGTTCAA-CTCAAAATAAATTATGAGATTAGAAAACCA
* * *
7884 TTTAAA-AGGAGTAATACA-GCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT
504 TTTAAAGA-AAGTAATA-AGGCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAAT
*
7947 GAATAGG-TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAACAA
567 GAAT-GGTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAACAA
* * * ** * * ** *
8011 TGTAAAGAA--ATTCAACTTTAAATCAATTTTAT-GGCTATA-AAATCTA-TTAGTGA
631 TGTAAA-AACCATTTAGCTTAAAAT-AA-AATATGGGAT-TACAAAACTATTTAAAGC
* * * * *** * * *
8064 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATGAATGACTTT
1 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATAAGTTT
* * * * ** * * *
8129 TTCTTCATTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAA
66 TTCTTCATGTTTCACAACGAAAACCCTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
8192 TTCAACCTAN
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 113, Indels: 54
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
683 9 0.01
684 512 0.76
685 64 0.10
686 80 0.12
687 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (684 bp):
GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATAAGTTT
TTCTTCATGTTTCACAACGAAAACCCTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAC
TAAACTTAAAATCAATTATGCAATTACAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGAA
TAAGTGACTATAACTGGACTTTTCTCGCCAATAAATGGCTTTTGCTTCACGTTTACCAAGATAAA
CATTCAATTATAACTGTTTTCTCATAAAATATAAAAAATTCAAATAAAAATCAAGAATAAGGCTA
TAAAACCATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTCGATGACTATAAATGGGCTTTTCGA
CCAATAAATGACTTTTTCCTCACATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAA
AAACGTAAGAAAGTTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAA
GGCTTTTGAAAGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATG
TTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAACAATGTAAAAACCATTTAGCTTA
AAATAAAATATGGGATTACAAAACTATTTAAAGC
Found at i:8096 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 6692--8193 Score: 1526
Period size: 512 Copynumber: 2.9 Consensus size: 505
6682 NNNNNNNNNN
* *
6692 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGC-TTTTCTTGACAATGAAT-
1 AAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTTCAT--CAATGAATG
** * *
6755 AAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAACGCAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAA
64 AA-TTTTTCTTCATG-TTCTCAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TAA
* * * *
6820 AAACATTCAA-CTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGGAAATAGTAAGGCTTTC
126 AAACATTCAAGCTTAAAATAAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGG-AGTAATAA-GCTTTT
** * * * * * *
6884 GAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTG-TCAATAAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCCC
189 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCT-AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCAC
* * *
6948 AA-GATAAACATTCAATTATAAT-TGTTTT--CTCATAAAATATAAAAAATTCAAATAAAAATCA
253 AAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A-AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC-
* * * * * * * *
7009 AGAATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGGGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTGACTGTAAA
314 A-ATTATGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAA
* * *
7074 TGGGCTTTTCGTACCAATGAATGACTTTTTCCTCACATTTTTCAAGGAAAACATTCAATTAT-AG
378 TGGGCTTTTC-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTATCAAGGAAAACATTCAATTATAAG
* * * * * * *
7138 TCTATTTTAAGCAAAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAGAAAATCATTT
442 -CTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGGCTAGAAAATCATTT
7203 A
505 A
* * * * *
7204 AAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTTACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAGTGG
1 AAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTT-TCATCAATGAATGA
* * ** *
7269 TTTTTTCTTCATGTTTTTGGAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
65 ATTTTTCTTCATGTTCTCAG-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * *
7334 CCATT-TAGCTTAAAATAAAATATGGGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA
129 -CATTCAAGCTTAAAATAAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAG-CTTTTGA
* * * *
7398 AGGCTTGAGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGGGTTTTT-TCTCATGTTTCACTA
191 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTCT-TCATGTTTCACAA
** * * * * *
7462 GGAAAACCCTCATTTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATT
255 GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** *
7527 AT-GCAATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAACT
318 ATGGC---TATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * ** *
7590 GGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGCTTTTGCTTTC-GGTTTATCAACGAAAACATTCAATTATAAG
379 GGGCTTTTCT-GCCAATGAATGACTTTTTC-TTCACATTTATCAAGGAAAACATTCAATTATAAG
* * *
7654 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAATCATTTA
442 CTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGGCTAGAAAATCATTTA
* * * * *
7719 AA-ACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGATGACTATAAATGGGCTTTTTCATCAATAAATGC
1 AAGA-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTTCATCAATGAATGA
* * * * *
7783 ATTTTTCTTCATGTTCCCAGGGTAAACATTCAATTCTAATCTGTTTTCACTAAAAATGTGAAAAC
65 ATTTTTCTTCATGTTCTCAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAC
* * * *
7848 ATTCAAGC-CAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGGAGTAATACAGCTTTTGAAA
130 ATTCAAGCTTAAAATAAATTATGGGATTACAAAACCATTT-AAAGGAGTAATA-AGCTTTTGAAG
* * ** *
7912 GCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGC
193 GCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGA
* *
7977 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAACAATGTAAAGAAATTCAACTTTAAATCAATTTTA
258 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA--TTA
* ** ***
8042 TGGCTATAAAATC-TATTAGTGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAAA
319 TGGCTATAAAACCAT-TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* ** * * *
8106 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
383 TTTTC-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTATCAAGGAAAACATTCAATTATAAGCTGTT
*
8171 TTAACCAAAAATGTGAAAAAATT
447 TTAA-CAAAAATGTAAAAAAATT
8194 CAACCTANNN
Statistics
Matches: 810, Mismatches: 141, Indels: 78
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
511 20 0.02
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513 76 0.09
514 34 0.04
515 210 0.26
516 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
AAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTTCATCAATGAATGAA
TTTTTCTTCATGTTCTCAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACA
TTCAAGCTTAAAATAAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGGAGTAATAAGCTTTTGAAGGCT
TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGAAAA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCTAT
AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGC
CAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTATCAAGGAAAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACAAAA
ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGGCTAGAAAATCATTTA
Found at i:8779 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8487--10298 Score: 1520
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
8477 NNNNNNNNNN
* * * *
8487 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCACCTTAAAATCATTTATG-
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA--ACTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
8551 GGACTATAAAA-TCATTTAAAACA-AGTAAGAAGACTTTTCAAGGCTTGGGTCACTATAAATGGG
64 GG-TTATAAAACT-ATTT-AAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * *
8614 CTCTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGCA
126 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* * ** *
8659 AACATTCAATTATAATCTATTTTATCCAAAAACATAAGAAAGCTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
8724 GTTGTAAAACTATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT-AATGGGCTTT
65 GTTATAAAACTATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
** * ** *
8788 TCTTGAAAATTAATAACTTTTTCTTCA-GCTTTACCAAGGAA
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGAA
* * * * * *
8829 AACAGTCAAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAACTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
8894 GGCTATAAAA-TCATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGGCT
64 GGTTATAAAACT-ATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * *
8958 TTTCTTGCGAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCACGAGGAA
128 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* * * * * *
9001 AACATTCAATTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAACTCAGCTTAAAATCAATTTTGAT
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
9066 ATTGTAAAACCATTT-AACACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTC
65 GTTATAAAACTATTTAAACA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * *
9130 TTCTTGCTAATAAAT-TCATTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAA
129 TTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* ** * *
9172 AACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAAACAATTACG-
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAC--TCAACTTAAAATCAATTATGA
** * ** * * * * *
9236 GGATTGCAAAACTATTTAAA-AGAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAATTAGAC
64 GG-TTATAAAACTATTTAAACAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * *
9300 TTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCA
127 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* * * * * * * *
9344 AACAATCAATTACAATCTATTTTCA-CATAAAACGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
9408 GTTATAAAAGTATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGATGGATTGGGTGACTATAAATGGGTTT
65 GTTATAAAACTATTTAAA-CAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * ** *
9472 TTCGTGTCAATGAATGCCTTTTT-TCACACGTTTTTCAAGGTA
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCCCAAGGAA
* * ** *
9514 AACATTCAATTGTAA-CATGTTTTAACCAAAGAA-GCAAGAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATG
1 AACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAA-AATGTAA-AAAACTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
9577 AGGTTATAAAA-TCATTTAAAGAAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
63 AGGTTATAAAACT-ATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * **** *
9641 TTTTCTTACCAATGAGTGGTTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTA
127 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* * * *
9685 AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCAGCTTAAAATCAATTATG-
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA--ACTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * *
9749 GGATTACAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAATATAAATAGGCT
64 GG-TTATAAAACTATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * *
9814 TTTCTTTCCAATGGATGGGTATTTCCTTCATGTTTCTCTAGGAA
128 TTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
** * * *
9858 AACCCTCATTTATAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGC
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATG-
* * * ** * *
9923 A-ATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTACTAAGGCTTTTG-AGGACTTAAGTGACTATAACTGAG
63 AGGTTATAAAACTATTTAAA-CAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGGGTGACTATAAATGGG
* *
9985 C-TTTCGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTC-GGTTTACCAAGGAA
126 CTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCCAAGGAA
* * * * * *
10030 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTAAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
10095 GCTACAAAA-TCATTTAAAGC-GAGCAATAAGGCTTCTGAGGGCTTCGTTGACTATAAATGGGCT
65 GTTATAAAACT-ATTTAAA-CAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-
* * * *
10158 TTTTCAT--CAATTAATGGATTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGGTA
127 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAA-GGAA
* * ** * * *
10200 AACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAGTTGAAGTTAAAATAAATTATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
10265 ATTATAAAACCATTTAAA-AGGAGTAATACGGCTT
65 GTTATAAAACTATTTAAACA-GAGTAATAAGGCTT
10299 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1321, Mismatches: 261, Indels: 118
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 311 0.24
171 479 0.36
172 377 0.29
173 139 0.11
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
TTATAAAACTATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
Found at i:9460 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 8487--10298 Score: 1711
Period size: 513 Copynumber: 3.5 Consensus size: 506
8477 NNNNNNNNNN
* ** *
8487 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCACCTTAAAATC-ATTTATG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT-TG
* * * *
8551 GGACTATAAAATCATTTAAAACAAGTAAGAAGACTTTTC-AAGGCTTGGGTCACTATAAATGGGC
64 AGACTATAAAATCATTT-AAACGAGTAATAAGAC-TTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * *
8615 TCTTCTTGCCAATAAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTCAATTATAATCTAT
127 TCTTCTTGCCAATAAAT-GCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
* * ** * *
8679 TTTATCCAAAAACATAAGAAAGC--TCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTGTAAAACTATTTAA
191 TTTAACTAAAAATGTAA-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGATTGCAAAACTATTTAA
* * * ** * *
8741 ACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAATGGGCTTTTCTTGAAAATTAATAACT
254 A-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATGA-GTGACTATAATAGGCTTTTCTTGCCAATAAATGACT
* * * *
8806 TTTTCTTCA-GCTTTACC-AAGGAAAACAGTCAAGTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATATAAAA
317 TTTTCTTCATG-TTT-CCTAAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACAT-AAAATGTAAAA
* * * * * *
8868 CAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGA
379 -AAATTAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-
* * * *
8933 AGGTTTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCGAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCACGAG
441 AGGATTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-ACAAG
8998 GAA
504 GAA
* * * * *
9001 AACATTCAATTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAACTCAGCTTAAAATCAATTTTGAT
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * *
9066 ATTGTAAAACCATTTAACACGAGTAATAATG-CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTC
66 ACTATAAAATCATTTAA-ACGAGTAATAA-GACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTC
* * * * *
9130 TTCTTGCTAATAAATTCATTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTT
129 TTCTTGCCAATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
9195 AA-TAAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAAACAATTACGGGATTGCAAAACTATTTAAAAGA
194 AACT-AAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGCAAAACTATTTAAAAG-
* * *
9259 AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAATTAGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTT
257 AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGAGTGACTATAA-TAGGCTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTT
* * * * *
9324 TCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAATCAATTACAATCTATTTTCACATAAAACGT-AAAAAATTT
320 TCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACATAAAATGTAAAAAAATTA
*
9388 AACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGATTG
385 AACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-GGATTA
* * * * * * *
9453 GGTGACTATAAATGGGTTTTTCGTGTCAATGAATGCCTTTTT-TCACACGTTTTTCAAGGTA
448 AGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCT-TCACG-TTTACAAGGAA
* * * * * *
9514 AACATTCAATTGTAA-CATGTTTTAACCAAAGAA-GCAAGAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATG
1 AACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAA-AATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
** *
9577 AGGTTATAAAATCATTTAAA-GAAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
64 AGACTATAAAATCATTTAAACG--AGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * * ** * ** *
9641 TTTTCTTACCAATGAGTGGTTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTT
127 TCTTCTTGCCAATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
9706 TTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACTATTTAAAGG
192 TTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGCAAAACTATTTAAA-A
* * * * ** **
9771 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAATATAAATAGGCTTTTCTTTCCAATGGATGGGTAT
256 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGAGTGACTAT-AATAGGCTTTTCTTGCCAATAAATGACT-T
* ** *
9836 TTCCTTCATGTTTCTCT-AGGAAAACCCTCATTTATAATC-AGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAA
318 TTTCTTCATGTTTC-CTAAGGAAAACAATCAATTATAATCTA-TTTTAA-CATAAAATGT-AAAA
* * * * *
9898 AAACTAAACTTAAAATCAATTATGCA-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAAGGCTTTTGA
379 AAATTAAACTTAAAATCAATTAT-CAGGTTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
9962 GGACTTAAGTGACTATAACTGAGC-TTTCGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTC-GGTTTACCA
442 GGA-TTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TTG-CAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTA-CA
10025 AGGAA
502 AGGAA
* * *
10030 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTAA
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * * * *
10094 GGCTACAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGC-TTCTGAGGGCTTCGTTGACTATAAATGGGCT
65 GACTATAAAATCATTTAAA-CGAGTAATAAGACTTTC-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * *
10158 -TT-TT-CATCAATTAATGGATTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGGTAAACATTCAATTCTAATCTG
128 CTTCTTGC--CAATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * ** *
10219 TTTTAACTAAAAATGTGAAAAA-GTTGAAGTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
190 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGCAAAACTATTTAAA
*
10283 AGGAGTAATACGGCTT
255 A-GAGTAATAAGGCTT
10299 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 176, Indels: 100
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
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517 4 0.00
518 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
ACTATAAAATCATTTAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTCTT
CTTGCCAATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CTAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTGCAAAACTATTTAAAAGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGATGAGTGACTATAATAGGCTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCA
TGTTTCCTAAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACATAAAATGTAAAAAAATTAAACTTA
AAATCAATTATCAGGTTATAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGATTAAGTGACTA
TAAATGGGCTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTACAAGGAA
Found at i:10944 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10545--11086 Score: 427
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
10535 NNNNNNNNNG
* * * *
10545 TTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AATTGGCTTTTCTTGCCAACAAATG-GTTTTTTCTTCATGT-TT
1 TTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATAAATGAG-TTTTTCTTCATGTATT
* * * * ** * *
10607 CTCAAGGCTAACATTCGATTATAATCTGTTTTATTAAAAAATGTAAAAAAACTT-AACTCAAAAT
65 ATCAACG-TAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAA--TAAAAAAAATTAAACTAAAAAT
* * ** ********** * *
10671 CAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAA-GACTT
127 CAATTTTAAGGCTACAAAACAGTTTAAAGAGAGCAATAACG-CTT
* * *
10715 TTGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGGGCTTTACTTGCCAATAAATTAGTTTTTCTTCATGT-TTA
1 TTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATAAATGAGTTTTTCTTCATGTATTA
*
10779 TCAACGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTAAACCT-AAAAT
66 TCAACGT-AACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAAAATTAAA-CTAAAAAT
* *
10843 CAGTTTTAAGGCTACAAAACCA-TTTAAAGAGGGCAATAACG-TT
127 CAATTTTAAGGCTACAAAA-CAGTTTAAAGAGAGCAATAACGCTT
* * * * * ***
10886 TTCGAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGGCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTNNN
1 TT-GAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATAAATGAGTTTTTCTTCATGTATT
******* *
10951 NNNNNNNTAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTAAACTAAAAATCAA
65 ATCAACGTAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTAAACTAAAAATCAA
* * *
11016 TTTTAAGGCTATAAAACAGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
130 TTTTAAGGCTACAAAACAGTTTAAAGAGAGCAATAACGCTT
* *
11057 TTGAATGTTTAGGTGACTATAAATGGGCTT
1 TTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTT
11087 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 55, Indels: 28
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 98 0.32
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173 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATAAATGAGTTTTTCTTCATGTATTA
TCAACGTAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTAAACTAAAAATCAAT
TTTAAGGCTACAAAACAGTTTAAAGAGAGCAATAACGCTT
Found at i:12655 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11997--12928 Score: 959
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
11987 NNTTTGATGA
* * *
11997 ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGCCAATGAATGACTTTTTC--CATACATTTTCCAAGG
1 ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCAT--GTTTTCCAAGG
* * * * * * *
12060 CAAACATTCAATTGTAACATGTTTTAACTAAAAAAGCAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATG
63 AAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
12125 AGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
127 AGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
12168 CTTGGGTGACTATAAGTGAGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCA
1 ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAA
*
12233 AACATAT-AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAATACATTCAGCTTAAAATCAATTATG
65 AACAT-TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * **
12297 -GGATTACAAAACTATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGCTTTCAAAGG
127 AGG-TTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
12340 AATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGTTTTTTCTTAATG-TTTCCTAA-GA
1 ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGA
* * * * **
12403 CAAACATTCAATTACAATCTATTTTCA-CATAAAATGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACA
64 -AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* *
12466 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
127 AGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
12509 ATTGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTACCAATGAATGACTTTTT-TCTCATGTTTTCCAAGGA
1 ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCT-TCATGTTTTCCAAGGA
* * * *
12573 AAACATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAACGTAAGAAAGTTGAACTTAAAATCAATTATGA
64 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
12638 GGTTATAAAACCATTTAAAAAGAATAATAAGACTTTTGACGG
128 GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
12680 CTTCGGTGACTATAATTGGACTATTATTGCCAATGAACTGGTTTTTCTTCATGTTTAT-CAAGGC
1 ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGA
* * * * * *
12744 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGGAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAA
64 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
12809 GGCTATACAACCATTTAAAGAGGGTAATAAGGCTTTTGAAGG
128 GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** *
12851 CTTGAGTGACTATAAATAGGCTTTTATTGGGAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAA
1 ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAA
12916 AACATTCAATTAT
65 AACATTCAATTAT
12929 TATCTGTNNN
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 104, Indels: 56
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 122 0.19
170 17 0.03
171 354 0.56
172 132 0.21
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAA
ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
Found at i:15371 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15044--15457 Score: 482
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
15034 NNNNNNNNNN
*
15044 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATCTT-AAAAC
1 TTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAAC
* * * * * *
15108 ATTAAACTTAAAATCCATTTTAAGGCTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
64 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * *
15173 CTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATAGG-T
129 AATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAAT-GGCT
* *
15215 TTTTCTTCATGTGTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAC
1 TTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTT-AAAAAC
* * *
15280 ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGGAT-TACGAAACCATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGCTTTCGA
64 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGATATA--AAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTCAA
* *
15342 AGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCT
126 AGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCT
* * * * *
15387 TTTTCTTCACGTTTCCTAAGTCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTCA-CATAAAATGTAAAAA-
1 TTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATTTAAAAAC
15450 ATTCAACT
64 ATTCAACT
15458 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 25, Indels: 19
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.06
171 65 0.31
172 131 0.63
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAACAT
TCAACTTAAAATCAATTATAAGGATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAA
TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCT
Found at i:16509 original size:148 final size:149
Alignment explanation
Indices: 16238--16534 Score: 481
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
16228 TTTAAAAAGA
16238 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
* * *
16303 CTTCATTTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAGGTGAAAAA-ATTCA
66 CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAGGTGAAAAACATTCA
16367 ACATAAAATCAATTATGAG
131 ACATAAAATCAATTATGAG
* ** *
16386 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
*
16451 CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTC
66 CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAAGGTGAAAAACATTC
**
16515 AAGTTAAAATCAATTATGAG
130 AACATAAAATCAATTATGAG
16535 ATTATAAAAC
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 10, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
148 108 0.79
149 29 0.21
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (149 bp):
GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAGGTGAAAAACATTCA
ACATAAAATCAATTATGAG
Found at i:16874 original size:491 final size:490
Alignment explanation
Indices: 15913--16883 Score: 1278
Period size: 491 Copynumber: 2.0 Consensus size: 490
15903 NNNNNNNGAG
* * *
15913 GGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCATCAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGTTTCCCAGGGT
1 GGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCATCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGA
* * *
15978 AAACATTCAATTCTACTATGTTTTAACTATAAATGTGAAAAAATTCAAGTTAAAAAAAATTATGA
66 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAAGTTAAAAAAAATTATGA
* *
16043 GATTATAAAACCATTTAAAAGGAGTAACACGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAACAGGCTT
131 GATTATAAAACCATTTAAAAGAAGTAACAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAACAGGCTT
*
16108 TTCTTGCAAATGAATAGGTTTTTCCCCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTT
196 TTCTTGCAAATGAATAGGTTTTTCCCCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTT
* * * *
16173 AACAAAAAAATGTAAAGAAATTAAACTTCAAATCAATTTTATGTCTATAAAATCATTTAAAAAGA
261 AACAAAAAAATGTAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTTTATGACTACAAAACCATTTAAAAAGA
* * * * * *
16238 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
326 GTAAGAAGACTTTTCAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTT
* * * * *
16303 CTTCATTTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAGGTGAAAAAATTCAA
391 CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACAAAAACGTGAAAAAATTCAA
16368 CATAAAATCAATTATGAGGTAATAAGGCTTTTGAA
456 CATAAAATCAATTATGAGGTAATAAGGCTTTTGAA
* *
16403 GGCTTGGGTGACTATAAATGGG-TTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
1 GGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTTC--ATCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
**
16467 GAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTA
64 GAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAA-ATTCAAGTTAAAAAAAATTA
* * * *
16531 TGAGATTATAAAACTATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAG
128 TGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-AAGTAACAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAACAG
* * ** *
16595 GCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTGTT-TTCATG-TTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
192 GCTTTTCTTGCAAATGAATAGGTTT-TTCCCCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATAT
* * * *
16658 ATTTTAAC-TAAAAATGTAAA-AACCATTCAGCTTAAAATC-A-TTTATGGGACTGCAAAACCAT
256 ATTTTAACAAAAAAATGTAAAGAA--ATTAAACTTAAAATCAATTTTAT--GACTACAAAACCAT
* * * * **
16719 TTAAAATGAGTAAGAATACTTTTCAAGGCTTGGGTGACTTTAAATGGGTTTTTCTTGCCAATAAA
317 TTAAAAAGAGTAAGAAGACTTTTCAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAA
* * *
16784 TAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTCAATTATAATCTATTTCATGCAAAAACGT-A
382 TAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTCA-ACAAAAACGTGA
* * * * *
16848 AGAAAGTTCAACTTAAAGTTAATTATGAGGTTATAA
446 A-AAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGGTAATAA
16884 AACCATTTAA
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 55, Indels: 21
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
488 7 0.02
489 18 0.04
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491 200 0.48
492 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (490 bp):
GGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTTCATCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGA
AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAAGTTAAAAAAAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAAGAAGTAACAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAACAGGCTT
TTCTTGCAAATGAATAGGTTTTTCCCCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTT
AACAAAAAAATGTAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTTTATGACTACAAAACCATTTAAAAAGA
GTAAGAAGACTTTTCAAGGCTTGGCTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTT
CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACAAAAACGTGAAAAAATTCAA
CATAAAATCAATTATGAGGTAATAAGGCTTTTGAA
Found at i:16987 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16386--16990 Score: 681
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
16376 CAATTATGAG
* * * * *
16386 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT
* *
16451 CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCA
66 CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCA
* * *
16516 AGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-A
131 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA-CAGA
* * *
16557 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTGT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT-T
* *
16622 T-TTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATT
65 TCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-CATT
* * * **
16685 CAGCTTAAAATCATTTATG-GGACTGCAAAACCATTTAAA-ATGA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTTAAACA-GA
* ** * * * * *
16728 GTAAGAATACTTTTCAAGGCTTGGGTGACTTTAAATGGGTTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT
* * * * * *
16793 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTCAATTATAATCTATTTCATGC-AAAAACGTAAGAAA-GTT
66 CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACTAAAAATGTAA-AAACATT
* *
16856 CAACTTAAAGTTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAACAGA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAACAGA
* * *
16899 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAT-AATAGGCTTTTCTT-CAAAATGAATAACTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGC-CAATGAATAGCTTTT
* **
16962 TCTTCA-GCTTTACCGTGGAAAACATTCAA
65 TCTTCATG-TTTCCCAAGGAAAACATTCAA
16991 CTTAAAGTCA
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 56, Indels: 27
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 93 0.25
171 222 0.61
172 43 0.12
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTT
CTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAACAGA
Found at i:17220 original size:644 final size:643
Alignment explanation
Indices: 16388--17585 Score: 1615
Period size: 644 Copynumber: 1.9 Consensus size: 643
16378 ATTATGAGGT
* * * * * *
16388 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTGCT
* * * * *
16453 TCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAAG
66 TCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAAC
* *
16518 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
131 TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
* *** * **
16583 GACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTGT-TTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATT
196 GACTATAAATAGGCTTTTCTGGCTAATGAATAAATTT-TCCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATT
* * *
16646 CAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAACCATTCAGCTTAAAATCATTTATGGGACTG
260 CAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTACGGGACTG
* ** * * **
16710 CAAAACCATTTAAAATG-AGTAAGAATACTTTTCAAGGCTTGGGTGACTTTAAATGGGTTTTTCT
324 CAAAACCATTTAAAA-GAAGTAAGAAGACTTTTCAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCT
* * *
16774 TGCCAATAAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTCAATTATAATCT-ATTTCAT
388 TGCCAATAAATGA-CTTTTTCTTCATG--TCCCAAGGCAAACATTCAATTACAATATGATTTCA-
* * * * *
16837 GCA-AAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAAGTTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA-CAGAG
449 -CATAAAACGT-AGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAGTTATAAAACCATTTAAAGC-GAG
*
16900 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAT-AATAGGCTTTTCTTCAAAATGAATAACTTTTTC
511 TAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTCAAAATGAATAACTTTTTC
16964 TTCAGCTTTACCGTGGAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGGCTATAAAACCATGAAAGAG
576 TTCAGCTTTACCGTGGAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGGCTATAAAACCATGAAAGAG
17029 AGA
641 AGA
* *
17032 AATAAGTCTTTTGAAAGTTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTGCT
1 AATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTGCT
* * * * * * *
17097 TCATGTTTCACGAGGTAAATATTTAAATATAATTTGTTTTAATTAAAATTGTAAAAAAACTCAAC
66 TCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAAC
* * * * *
17162 TCAAAATTAATT-TCGATATTGTAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
131 TCAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
*
17226 TGACTATAAATGGGCTTTTCTGGCTAATGAATAAATTTTCCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATT
195 TGACTATAAATAGGCTTTTCTGGCTAATGAATAAATTTTCCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATT
* *
17291 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTACGGGATTG
260 CAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTACGGGACTG
* * * * *
17356 CAAAACTATTTAAAAGAAGTAGGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAATTAGACTTTTCTT
324 CAAAACCATTTAAAAGAAGTAAGAAGACTTTTCAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTT
*
17421 GCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTCACATAA
389 GCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAATATGATTTCACATAA
* *
17486 AACGTAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAGTTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
454 AACGTAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
17551 CTTTTGATGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
519 CTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGGCTTTT
17586 TGTGTCAATG
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 67, Indels: 22
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
643 75 0.16
644 251 0.53
645 36 0.08
646 113 0.24
647 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (643 bp):
AATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTGCT
TCATGTTTCACAAGGAAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAAC
TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
GACTATAAATAGGCTTTTCTGGCTAATGAATAAATTTTCCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATTC
AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTACGGGACTGCA
AAACCATTTAAAAGAAGTAAGAAGACTTTTCAAGGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGC
CAATAAATGACTTTTTCTTCATGTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAATATGATTTCACATAAAA
CGTAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTCAAAATGAATAACTTTTTCTTCAGCTTTA
CCGTGGAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGGCTATAAAACCATGAAAGAGAGA
Found at i:17327 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16980--20190 Score: 2870
Period size: 171 Copynumber: 18.8 Consensus size: 169
16970 TTTACCGTGG
* * * * * *
16980 AAAACATTCAACTTAAAGTCAATTTTGAGGCTATAAAACCA-TGAAAGAGAGAAATAAGTCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
17044 GAAAGTTTGAGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTGCTTCATGTTTCACG
65 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * * ** *
17109 AGGTAAATATTTAAATATAATTTGTTTTAATTAAAATTGT
130 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * ** * * *
17149 AAAAAAACTCAACTCAAAATTAATTTCGATATTGTAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT-GAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * *** *
17214 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGGCTAATGAATAAATTTTCCTTCATGTTTCTC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
** *
17279 AAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGT
* * ** * **
17321 AAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTACG-GGATTGCAAAACTATTTAAA-AGAAGTAGGAAGGC
1 -AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGC
** * * * * * **
17384 TTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAATTAGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATG--T
61 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
17447 CCCAAGGCAAACATTCAATTACAATATGTTTTCACATAAAACGT
126 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * * *
17491 AGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAAGTTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * ** * * *
17556 GATGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-TGTGTCAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTTTC
65 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * **
17620 AAGGTAAACATTCAATTGTAA-CATGTTTTAACCAAAAAA-CC
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAA-CAAAAAATGT
* *
17661 AAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
17726 TGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTGGTTTTCCTTCATGTTTCTC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
17791 AAGG-AAAGCATTAAATTATAATCCGTTTTAATAAAAAATGT
129 AAGGCAAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
** * * * *
17832 AAAATACATTCCGCTTAAAATCAATTATG-GGATTACAAAACCATTTAAA-ACAAGTAGTTAGG-
1 AAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGC
* ** * * *** * * *
17894 TTTTCAAAGGAATGGGTGAGTATAATTTCACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTAATGTT
61 TTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT
* * *
17959 TCCCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTGACATAAAAA-GT
125 TCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGT
* ** * *
18004 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGGTTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ***
18069 AAAGGATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTACCAATGAATAACTTTTT-TCTCATGTTT-TC
65 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCT-TCATGTTTCTC
* * *
18132 TAAGGCAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAACGT
129 -AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * *
18174 AAGAAAGTTCAACTTAAAACCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
18239 TGAAGGCTTGGGTGACTATAATTAGGCTATTCTTACCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
18304 AAGGTAAATATTTAATTATAAACTGTTTTAACTAAAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * * *
18345 AAAAATATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATACAACCATTTAAATAGGGTAATAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
*
18410 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
18475 AAGG-AAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATCT
129 AAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * ** * *
18516 AAAAACATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACTGTTGAAAGAGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* **
18581 TGAAGGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* *
18646 AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* *
18687 AATAAACATTCAACTTAAAATTAATTATG-GGATTATAAAACCATTTACAAGA-AGTAGTAAGGC
1 AA-AAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGG-TTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGC
* ** * * * * *
18750 TTTCGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGGTT
61 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
18815 C-CTAAGGCAAACATTCAATTAT-ATTTCGTTTTCACATAAAATGC
126 CTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATGT
** * * * * *
18859 AAAAAATTCAAC-TAGAAATCAAGAATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGGGCAATAAGGCATT
1 AAAAAATTCAACTTA-AAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** *
18923 TAAAGGATTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCGTACCAATGAATGACTTTTTCCTCACAT-TTTC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTT-CT-TCATGTTTC
* *
18987 -CAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAACA--T
127 TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-ATGT
* *
19029 ACAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * * *
19094 CGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * *
19159 AAGGCAAGCATTCAATTACATTCTGTTTTCACATAAAATGA
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* ** * *
19200 AAAAAATTCAACTAAAAATCAAGAATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAG-GCAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** *
19264 TAAAGGATTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCGTACCAATGAATGACTTTTTCCTCACAT-TTTC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTT-CT-TCATGTTTC
* * * * *
19328 -CAAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGT
127 TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * ** *
19370 ACGAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAATTATTTTAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * *
19435 TGAAAGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGGGTGGTTTTTTCTTCATGTTTCTT
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
19500 GAGGCAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* ** * * *
19541 AAAAATCATTCAGCTTAAAATCGTTTATG-GGACTACAAAACCATTTAAA-ATGAGTAACAAGGC
1 AAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGC
* * * * *
19604 TTTTAAAGGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTGCTTGCTAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTT
61 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
19669 CTTAGGGCAAACATTCCATTATAATCTGTTTTAA-ACAAAAATAT
126 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGT
* * * * * * *
19713 AAAAACTTTAAACCTAAAATCAATATTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGGGTAATAAGGCTTC
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT-TTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
** * * *
19778 CAAAGGCTTAGGTGACTAGAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * *
19843 TAGGCAAACATGCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAGGC
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * ** * * *
19884 AAAAACACTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATTAAATTATTTAAGGGGAGTAATAAGGCATT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* ** * ** *
19948 CGAAGGCTTACGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCAC
64 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
** * *
20013 AAGAAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
** * * * *
20054 AAAAAAACCCAACTTAAAATCATTTTTGAGAG-TACAAAACCATTTAAAAAGAGTTATAAGGCTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTTGAG-GTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * ** *
20118 TTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGAGCTTTTCTTGTGAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCC
63 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT
20183 CAAGGCAA
128 CAAGGCAA
20191 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2457, Mismatches: 500, Indels: 167
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 89 0.04
169 29 0.01
170 587 0.24
171 1228 0.50
172 422 0.17
173 101 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
Found at i:21036 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20623--21274 Score: 486
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
20613 NNNNNNGGGT
* ** * * * * *
20623 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCTA-AGGCAAACATT
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTAC-AGAGGAAAACATT
* * * * * * * * **
20687 CAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAACATTAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA-GT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCTAT
** * * **********
20752 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGANNNNNNNNNN
128 AAAACCATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTAAACGCTTAGAC
* * * *
20795 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGAGAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTTTCAG-GGAAAACATT
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTACAGAGGAAAACATT
* * * * **********
20859 TAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGGCTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAA-AAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCTATA
* * ** **
20924 AAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTAGGT
129 AAACCATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTAAACGCTTAGAC
* * * *
20966 GGCTAT-AATGGGCTTGTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAACATTC
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTACAGAGGAAAACATTC
* *
21030 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAATAAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCTATA
66 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCTATA
* * *
21095 AAACCATTTAAAGAGAATAATAAGTCTTTTAAACGCTTCGAC
129 AAACCATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTAAACGCTTAGAC
** * * *
21137 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGC-TTTTCTTCATGTTTTA-TGAGGCAAACAT
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGAAAATGAAT-GGCTTTTTCTTCAAG-TTTACAGAGGAAAACAT
* * * * * **
21200 TCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCTATA
*
21265 AAACTATTTA
129 AAACCATTTA
21275 CCGTAAGTAA
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 95, Indels: 20
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 107 0.28
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172 135 0.36
173 10 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTACAGAGGAAAACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCTATAAA
ACCATTTAAACAGAATAATAAGGCTTTTAAACGCTTAGAC
Found at i:21093 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20620--22456 Score: 694
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 171
20610 NNNNNNNNNG
* * * * * *
20620 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTT-CCTAAGGCAAAC
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACC-GAGGAAAAC
* * * * * * * *
20684 ATTCAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAACATTAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAC
* *******
20749 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGANNNNNNN
129 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
*** * ** * * *
20792 NNNGACTATAAATGGGCTTTTCTTGAGAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTTTCAG-GGAAAAC
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCA-AGTTTACCGAGGAAAAC
* * * ** * * ********** *
20856 ATTTAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGGCT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACT
* **
20921 ATAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTA
130 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
* * *
20963 GGTGGCTAT-AATGGGCTTGTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAACA
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAACA
* * *
21027 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAATAAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACT
* * * *
21092 ATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGTCTTTTAAACGCTTC
130 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
** * * * * *
21134 GACGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGC-TTTTCTTCATGTTTTA-TGAGGCAAA
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAAT-GACTTTTTCTTCAAG-TTTACCGAGGAAAA
* * * * * *
21197 CATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAC
* ** * * * *
21261 TATAAAACTATTTACCGTA-AGTAATAAGACTTTCGAAGGGTT-
129 TATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
* * * ** * * ** * *
21303 GAGTGAATATAAATGAGCTTTTCTT-AGGAATGAATGTGTCTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAA
1 G-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAA
* * * * * * * * *
21367 TATTCAATTATAGTCTGTTTTACCTAAATATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATC-ATTTATGGG
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTT-TGAG
********** * *
21431 ACTANNNNNNNNNNTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTT
127 ACTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
* * * * * * * * *
21476 GGTGACAATAAACGGGCTTTTCTT-ACCAATAAACGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAATGCAAAC
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAAC
* * ** * * * * **
21540 ATTCAATTATAATTTTTTTTAA-ACAAAAACGTAAGAAAGTTCCACTTAAAATCAATTATGAGGT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAC
* * *******
21604 TAAAAAACCATTT--A-A-A--CATAAGGCTTTTG-NNNNNNN
129 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
*********************** * * *
21640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCAGGTTTACCAAGGAAAACA
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAACA
* * **
21705 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACT
*********** * * *
21770 ATAAAACCGNNNNNNNNNNGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTG
130 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
* ** * * * * *
21812 GGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTG-CTAATGAATGGGTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAAC
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGAC-AATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAAC
* ********** * * * *
21876 ATTCAATTATAATCTATTTTAACNNNNNNNNNNAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACT
* * * *
21941 ATAAAACCATTTGAAGACAGTAATAAGGCTATTAAACGCTTA
130 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
** * * * *
21983 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CGAATGAATGTGTCTTTCTTCATGTTT-CCAAAGGTAAA
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGAC-AATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACC-GAGGAAAA
********** * * *
22046 CANNNNNNNNNNATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-G
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAC
* * *
22110 T-TAAAACCATTTAAAGCA-AGTTATAAGACTTTTGAA-GACTTG
129 TATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAACG-CTTA
* * ************** *
22152 GGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCATTGAATGNNNNNNNNNNNNNNTTTACCAAGGAAAACA
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAACA
* * * **
22216 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAATGTTGAGGT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAC
* * * * * * *
22280 TATAAAACTATTTAAAGAGAATAAAAAGGCTTTTAAAGGCCTG
129 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
* * ********** * * *
22323 GGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGNNNNNNNNNNTCTTCATGTTT-CTTGAGGCAAAC
1 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTAC-CGAGGAAAAC
* * * *
22387 ACTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAC
22451 TATAAA
129 TATAAA
22457 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1200, Mismatches: 419, Indels: 93
0.70 0.24 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 62 0.05
165 44 0.04
167 1 0.00
168 49 0.04
169 78 0.06
170 219 0.18
171 371 0.31
172 364 0.30
173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTACCGAGGAAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTA
TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTA
Found at i:21205 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20623--21422 Score: 556
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
20613 NNNNNNGGGT
* * * ** * *
20623 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCAAACATTC
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTATGAGGAAAACATTC
* * * * * * * *
20688 AATTTTAATATGTTTTAACTAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAACATTAATTATGAGATTATA
66 AATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATA
* **********
20753 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGANNNNNNNNNN
130 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTAGAC
* ** * *
20795 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGAGAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTT-TCAGGGAAAACATT
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTATGA-GGAAAACATT
* * * ** * * ********** *
20859 TAATTATAATCTGTTTTATCCAAAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGGCTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATA
* ** **
20924 AAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTAGGT
130 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTAGAC
* * * * *
20966 GGCTAT-AATGGGCTTGTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCAAG-TTTACCGAGGAAAACATT
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTA-TGAGGAAAACATT
* * *
21029 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAATAAAACAAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGGCTAT
65 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTAT
* * * *
21094 AAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGTCTTTTAAACGCTTCGAC
129 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTAGAC
* * *
21137 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGC-TTTTCTTCATGTTTTATGAGGCAAACATT
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTTATGAGGAAAACATT
* * * * * *
21201 CAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATA
* ** * * * * *
21265 AAACTATTTACCGTA-AGTAATAAGACTTTCGAAGGGTT-GAGT
130 AAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTAGA-C
* * * ** * * * *
21307 GAATATAAATGAGCTTTTCTT-AGGAATGAATGTGTCTTTCTTCATGTTTT-TCAAGGTAAATAT
1 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTAT-GAGGAAAACAT
* * * * * * *
21370 TCAATTATAGTCTGTTTTACCTAAATATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
21423 TTTATGGGAC
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 126, Indels: 28
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 198 0.41
171 130 0.27
172 147 0.30
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTATGAGGAAAACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAA
AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTAGAC
Found at i:23323 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23026--23358 Score: 382
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
23016 NNNNNNNCTT
** * *
23026 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTTATAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGA
* * ** * * ** *
23091 CTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAAGGAATGGTTTTTTATTCAGGTTTTCTAAGGAAAACATTCAA
66 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAGGAATGCATTTGTATTCACGTTCCCAAAGGAAAACATTCAA
** *
23156 TTATATTCTATTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTC
131 TTATAACCTATTTGAAACAAAAATA-AAAAAAATTCAACTC
* * * * *
23197 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAG-TATTGAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTG
1 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTTA-TAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTG
* * * *
23261 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA-TAACTTCATTTGTCTTCACGTTCCCAAAGGTAAACATTC
65 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAGGAA-TGCATTTGTATTCACGTTCCCAAAGGAAAACATTC
* *
23325 AATTATAACCTGTTTGAACCAAAAATAAAAAAAA
129 AATTATAACCTATTTGAAACAAAAATAAAAAAAA
23359 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 27, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.08
171 122 0.92
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGA
CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAGGAATGCATTTGTATTCACGTTCCCAAAGGAAAACATTCAA
TTATAACCTATTTGAAACAAAAATAAAAAAAATTCAACTC
Found at i:24168 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23860--24694 Score: 888
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
23850 NNNNNNNNTA
* * * * **
23860 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAAGATTCAATTATAATATGTTTTAATTAA
1 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * *
23925 AAACATAAGAAA-GTTCTACTTAAAATCAATTATGAGGT-TATAAAACCATTTAAA-CAGAGTAA
66 AAA-ATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT--GGTATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAA
* * *
23987 TAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGAATATAAATGGGTTTTTCTTG
127 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * * *
24031 TCAATTG-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAAGATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
1 CCAA-TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
24095 AAAAAGAAAAAATCATTC-ACTTTTAAATCAATTATGGTACTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
65 AAAAATAAAAAA-CATTCAAC-TTAAAATCAATTATGGTA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
24159 TAGGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTATAAATGAGCTCTTT-TTG
127 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TTTCTTG
* * *
24203 CCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCA
1 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
24267 AAAATATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-GTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
65 AAAA-ATA-AAAA-ACATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
24331 ATAACGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATTAATGGACTTTTCCTG
126 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* *
24376 CCAACGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAA
1 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* *** *
24440 AAAATTTTAAAAAAC--TCAACTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
66 AAAA---TAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGGTA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
24503 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATGAATGGGCTTTGCTTG
127 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * *
24547 CCAATGAATTGGTTTTTCTTAATGTTTCTCAAGGCAAACATT-TATATATAATCTGTTTTAACCA
1 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAACCA
* * * * * *
24611 AAAATGTAAAAAACCTT-ATCTTAAAATCAGTTATGAG-ATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAA
65 AAAA-ATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*
24674 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGGG
127 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGG
24695 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 69, Indels: 56
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 37 0.07
171 241 0.43
172 142 0.25
173 113 0.20
174 30 0.05
175 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
AAAATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGGTATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
Found at i:26551 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26243--26575 Score: 420
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
26233 NNNCTTCACA
* * *
26243 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTGAAGTTTAGTTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCTATAAATGATTTGAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
26308 ATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTAGCCTCGAGAAACATAAAGAGAAACCCATTCG
66 ATTTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTAGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAACACATTCA
*
26373 TTGGCAAGTAAAG-TCCATTAATAGTCACCCATGCCATCAAC
131 TTGGCAAGAAAAGCT-CATTAATAGTCACCCATGCCATCAAC
* * * * *
26414 AGCCTTGTTAGTCTCTTTAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCT-ATAAATGATTTGAAGTTGAATTT-TTTT
* ** * * * *
26478 ATATTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTTG-GGAACATGAAGAAAAACACAT
64 ACATTTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTAGCC-TCGAGAAACATAAAGAAAAACACAT
*
26542 TCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCA
128 TCATTGGCAAGAAAAGCTCATTAATAGTCACCCA
26576 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 21, Indels: 7
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 47 0.34
172 84 0.61
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCTATAAATGATTTGAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTAGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAACACATTCA
TTGGCAAGAAAAGCTCATTAATAGTCACCCATGCCATCAAC
Found at i:26947 original size:149 final size:136
Alignment explanation
Indices: 26701--26985 Score: 367
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 136
26691 GCTCATTTAT
* *
26701 AGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAGAGT
1 AGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTCACAGT
* *
26766 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAAGATGAAGAAAAACCCATTCATTG
66 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-G-AAACATGAAG-AAAACCCATTCATTG
26831 ACAAGAAAA
128 ACAAGAAAA
*
26840 NNNNNNNNNNAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGGTTTTAAGATGAATT
1 ----------AGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGATGAATT
* *
26905 TTTTCACATTTTTGGTTAAGACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAACATGAAGAAAACCCA
56 TTTTCACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAACATGAAGAAAACCCA
*
26970 TTCAATGA-AA-AAAA
121 TTCATTGACAAGAAAA
26984 AG
1 AG
26986 CCCATTTATA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 8, Indels: 15
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
134 2 0.02
144 4 0.03
145 2 0.02
146 15 0.12
147 9 0.07
148 1 0.01
149 95 0.74
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (136 bp):
AGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTCACAGT
TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAACATGAAGAAAACCCATTCATTGACA
AGAAAA
Found at i:28895 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 28357--29378 Score: 625
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 167
28347 NNNNNNNNNN
* * * *
28357 GTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
1 GTTTACCTTAGAAAACAT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * **
28422 AAGCCTTTAAAAGCCTTATTAC-CATCTTTAAATCG-TTGTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGT
65 AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAAT-GATTTTATA-CCTTGTAATTGATTTTAAGT
* * *
28485 TTAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
127 TGAAT-TTTTTACATTTTT-GTGAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
28528 GTTTGCCTT-GATAAACATGAAGAAAAA-CCAATTCA-TCG-ATGATAAGAGCCCAATTATAGTC
1 GTTTACCTTAGA-AAACAT-AAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGA-AA-AGCCCATTTATAGTC
** * * ** * *****
28589 ACTTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATGATTGNNNNNNN
61 ACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTAT-ACCTTGTAATTG--ATTTT
******** * * *
28654 NNNNNNNNTTCTTTT--GTTTTTGAGTAAAATAGATTATAATTGAAT
123 AAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGTG-AAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
28699 GTTTACCTTGGAAAACATGAGAAAAAAGTCATTTATTAGTATGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
1 GTTTACCTTAGAAAACATAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* *
28764 AATCCTTTAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAAT-AGTTTTATGACCTTGTAATTGATTTTAAGTT
65 AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGA-TTTTAT-ACCTTGTAATTGATTTTAAGTT
* *
28828 GACTTTTTTACATTTTATGTGAAAACAGATTGTAATTGAAT
128 GAATTTTTTACATTTT-TGTGAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * * ***
28869 GTTCACCTTAGGAAAAGTTAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAACGATAGTCACCC
1 GTTTACCTTA-GAAAACATAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * * ********** *
28934 ATTCTTTCGAAAGCCTTACTACT-TCCTTTAAAT-AGTTTTGNNNNNNNNNNATTGATTTTAAGC
65 AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGA-TTTT-ATACCTTGTAATTGATTTTAAGT
* *
28997 TGAATGTATTTTACATTTTCGGTTAAAACAGATTATAATT-AATT
127 TGAAT-T-TTTTACATTTT-TGTGAAAACAGATTATAATTGAA-T
* * * *
29041 GTTTGCCTTTAG-AAATATGAAGGAAAA-CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAN
1 GTTTACC-TTAGAAAACAT-AAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
********* *
29104 NNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGT
63 CCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTAT-ACCTTGTAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
29169 TGAACTTTCTTACGTTTTTGGTTAAAGTATG-TTACAATTGAAT
127 TGAA-TTTTTTACATTTTT-GTGAAAACA-GATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
29212 GTTTGCCTTAGAAAACATATGGAAAAAGTCATTCATTTGTACGCAAAGCCCATTTATAGTCACCA
1 GTTTACCTTAGAAAACATA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * *
29277 AATCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAACTTGATAATTGATTTTAAGTTG
65 AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATACCTTG-TAATTGATTTTAAGTTG
*
29342 AATTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAGATTGTAATTG
129 AATTTTTTACA-TTTTTGTGAAAACAGATTATAATTG
29379 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 163, Indels: 85
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 7 0.01
170 153 0.24
171 341 0.53
172 126 0.20
173 15 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (167 bp):
GTTTACCTTAGAAAACATAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTACATTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAAT
Found at i:30239 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 29937--30274 Score: 399
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
29927 NNTTTTACAT
* * * *
29937 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGCATGTTTTCCTAGGAAAATATGAAGAGAAACCCATTCATT
1 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * ***********
30002 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAACCTTAAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTT
66 AGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACTTAAACCGTAAAAAGCCTTATTACCCTCTCTAAATAGTT
30067 TTATAGC-CTTAAAATTGATTTTAAATTTAATATTTTTTA
131 TTATA-CTCTTAAAATTGATTTTAAATTTAAT-TTTTTTA
* *
30106 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTTAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
1 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
** *** *
30171 AGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACTTAAGTCGTCGGAAGCCTTATTACCCTCTCTAAATGGTT
66 AGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACTTAAACCGTAAAAAGCCTTATTACCCTCTCTAAATAGTT
**
30236 TTATACTCTTAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTA
131 TTATACTCTTAAAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTA
30274 T
1 T
30275 ATTTTTGGTT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 28, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.06
169 131 0.94
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
AGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACTTAAACCGTAAAAAGCCTTATTACCCTCTCTAAATAGTT
TTATACTCTTAAAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTA
Found at i:30386 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29587--30410 Score: 665
Period size: 170 Copynumber: 4.8 Consensus size: 169
29577 AAGCTGAATG
* * * * *
29587 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
** *
29652 CCAATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAAACTTATTACTCGCC
66 CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CT
* *
29716 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAGT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
********** *
29757 TTTTTTATATTTTT-AGTTAANNNNNNNNNNAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
29821 ACTAATTCACTGGAAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-CCTTATTACTCGC
65 ACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-C
* * ********
29885 TTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNN
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
** * * * * * *
29927 NNTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGCATGTTTTCCTAG-GAAAATATGAAGAGAA
1 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAA
* * * ** **
29991 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAACCTTAAAAAGCCTTATTACTNNN
65 ACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CC
******** ** * *
30056 NNNNNNNAGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAATTTAAT
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* *
30098 ATTTTT-TA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTTAATGTTTGCCTTG-GAAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
30160 ACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATATATAGTCACTTAAGTCGTCGGAAGCCTTATTAC-CCT
65 ACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCT
* * *
30224 CTCTAAATGGTTTTATACTCTTAAAATTGATTTTAGGTTTAAT
129 -T-TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* **********
30267 TTTTTTATATTTTTGGTTANNNNNNNNNNTAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
30332 CTAATTCGTTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACT
66 CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-CT
30397 TTAAATGGTTTTAT
129 TTAAATGGTTTTAT
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 134, Indels: 29
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 139 0.28
170 195 0.39
171 165 0.33
172 4 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
Done.