Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403021.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_689.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4862
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Warning! 202 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1239 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1592 Score: 632
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
* * ** * * * *
1 TTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGCCT-AAATAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAGATTAT
* * * * * * * *
64 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
65 AATTGAATG-CCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTC-ATTTAT
* ********** *
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGC-TTTAAATGG
128 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CATTTAAATAG
* ** * * * * *
172 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGC-TTCACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * **
236 ATTCAATTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGGCAATAATTGGCTA-AAAAGTCCATTTATAG
66 ATTGAATGCCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGT-CATTTATAG
** * * * *
300 TCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGC-TTTAGATGG
130 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-CCATTTAAATAG
* ** * * * ** *
341 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTAT-TTGTACATTTTTTATTAAAATAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTCAATT-TCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
** * ** * * *
405 AATTGAATGTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GACAAGAAAAGTTTAGTTA
65 AATTGAATG-CCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGA-AAGAAAAG-TCATTTA
* * * * * *
469 TAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACT-TACTTCAAATGG
127 TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCA-TTTAAATAG
* * ** * * * * * *
513 TTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAT-CTGAA-TTCTTTATGCATTTTTTTGTCAAAAGAGATT
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTT-ATGTTCAATTTCTTT-TACA-TTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * ** ** * * * * *
576 ATAATTAAATGTCTACCTTGAGAATTGTGAAGAAAAGGGTATTCATTCGCATGAAAAGTCCATTT
63 ATAATTGAATG-CCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGT-CATTT
* * * * * *
641 ATAGTCACACATCCCTT-AAAAGCCTTATTAC-ACACTTCAAATTG
126 ATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCA-TTTAAATAG
* ** * * * * * *
685 TTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTT-TTTTATATTTTTGATTAGAATAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
**** ***
749 ATTGAATGTTTGCTTTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGATGTTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTAT
66 ATTGAATGCCAAC--TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTC-ATTTAT
* * * * *
813 AGTGACTCATTCATTCAAAAGTCTTATTACT-CACTTTAAATGG
128 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCA-TTTAAATAG
* * * ** * * * ***
856 TTTCATAATCTCAAAACTGATTTTAAGCTC-ATTT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATNNN
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTCAATTTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
******* * * * * * * * *
919 NNNNNNNTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGGCCTTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTAT
65 AATTGAATG-CCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAG-TCATTTAT
* * ***
984 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGC-TTTAAANNN
128 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CATTTAAATAG
******************** * * *
1027 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * *
1091 ATTGAATGCCAACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATGGGTATGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGCCAAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTC-ATTTATA
*
1156 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTCCATTTAAATAG
129 GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCATTTAAATAG
********* * *
1198 TTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNA-GTT-AGATTT-TTTTACATTTTTGGCTT-CAATAGATT
1 TTTTATAATCTCATA-ATTCCTTTTATGTTCA-ATTTCTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAGATT
* ** * * * *
1259 ATAATTGAATACCTGCCTCATGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTACACTT
63 ATAATTGAATGCC-AACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGT-CATTT
* * **
1324 ATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCATTATTACT-CACTTTAAACGG
126 ATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCA-TTTAAATAG
* * * **
1369 TTTTATTATTTCCA-AATTCCTTTTATGTTCATTTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAAAAT
1 TTTTATAATCT-CATAATTCCTTTTATGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
** * * * * *
1433 AATTGAATGTTTATCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAGGCATTCATTGCAAAGAAAAGTCCATTAA
65 AATTGAATG-CCAACTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGT-CATTTA
* *
1498 TAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCTC-TTTAAATAG
127 TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-CATTTAAATAG
* * *
1542 TTTTATAATCTCATAATTTCTTTGAAG-TCAAATTT-TTTTACATTTTTGGTT
1 TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTC-AATTTCTTTTACATTTTTGGTT
1593 GAAANNNNNN
Statistics
Matches: 1075, Mismatches: 291, Indels: 109
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 74 0.07
170 156 0.15
171 466 0.43
172 205 0.19
173 172 0.16
174 1 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTCCTTTTATGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATGCCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCATTTATAGT
CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCCATTTAAATAG
Found at i:2297 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1864--4339 Score: 2255
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 171
1854 NNNNNNNNNN
* * * *
1864 GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA-TCTATTATTCAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTATT-AAACAGACTAT
* * * * *
1928 AATTGATTGGT-TTCC-TGAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTATAATT
65 AATTGAAT-GTCTACCTTG-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * *
1991 GTAGTCAACCATTCCTTC-AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATG
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * *
2034 ATTTTTATTATGTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTGTTT-CGCTTTTTTTGTTAAAACAGAC
1 -GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTAC-ATTTTTTTATT-AAACAGAC
* * ** * *
2098 TATAATTGAATGTGTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGTCTAG-AAAGTCTATT
62 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * *
2162 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGACTA-TCCGCTTTAAGTG
127 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATG
* * **
2207 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTTATTAAACAGTTTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTATTAAACAGACTATA
* * * *** * *
2272 ATTGAATTTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAATCATTCATAAGAAAAGTCCACTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
**
2337 GTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATG
131 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATG
* * * * * * * *
2378 ATTTTATAATCTCATAATTGATATTAGGTTTAATATTTCTACA--TTTTTAGTTAGAAAAGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-TTA-AACAGACTA
* * *
2441 TAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACGTGAAGGAAAAA-GTATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATT
64 TAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
*
2503 TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
127 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * *
2548 GTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTAGTTA--AAATAGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTT-TTTATTAAACAGACTA
* ** * * * *
2611 AAATTGAATGTCTACCTCAAGAGATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGT-TCATTT
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTT
**
2675 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
2719 GTTTTATAATCACATAATTAATTTGAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTCATTAAAATAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTATT-AAACAGACTAT
* * ** * * *
2783 AATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAA-TCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTT
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTT
* * *
2846 ATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
2890 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATCTTTCTTTA--AAACATACAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTT-TTTATTAAACAGACTA
* * * * * * * *
2953 TAATTGATTGTCTTCCTTGAGAGACATGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTG
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
3018 TACTCAACCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCACTTGAAATG
129 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
3061 ATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTACGTTCAATTTTGCTTTACA--TTTTTAGTTAAAACAGAC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT--TTTACATTTTTTTA-TT-AAACAGAC
* * * * * *
3124 TATAATTGAATGTCTACCTACGA-AAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAATCTTT
62 TATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
**
3188 TTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
126 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * **** *
3234 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAATGTTGAA-ATTTTTACATTTTTGGCCTAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTTTATTAAACAGACTAT
* * * * * * *
3298 AATCGAGTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
*
3363 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATG
129 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * *
3406 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTCAGA-TTTTTGATTAGAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTATTA-AACAGACTAT
* * ** * * *
3470 AATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACGGGAAGAAAAAGGTGTTCATTAGCGAGAAAAGTCCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
3534 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATA
129 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
3577 GTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGT-TAAAATAGAATAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TATTAAACAGACTAT
* * * * * * *
3641 AATTGAAAGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGTAAAAGGAATTCATTAGCGAGAAAAGTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* *
3705 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCACTTTAAATG
129 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
3748 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTGGAA-TTTTTTACATTTTTCGTTA--AAACGGACTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT--TTATTAAACAGACTA
* * * * * *
3810 TAATTGAATCTCTACC-TCATGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTTGCAAGAAAAGTCCATTT
64 TAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* *
3874 ATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * ** *
3918 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTACA-TTTTTGGTTAGAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTATTA-AACAGACTAT
* * * * * **
3982 GATTAAATGTTTGCCTTAAGAAA-GATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
4045 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTGTTGCTCGCTTTAAAAG
129 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
4088 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTCAGTAAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-TTAAACAGACTAT
* ** * * * * * * *
4152 AATTGAATGCCTGTC-TCATG-AACATGTAGAAAAAGCCTTTCATTTTG-AAGAAAAGTCCATTT
65 AATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * *** * *
4214 ATAGTCTCCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAGTA
128 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * *
4258 GTTTTATCATCTCA-AATTTAATTTTATGTTCAATTTTTTT-TATATTTTTACTTAAAATAGATT
1 GTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-TT-AAACAGACT
*
4321 ATAATTAAATGTCTACCTT
63 ATAATTGAATGTCTACCTT
4340 AACTTTAAAT
Statistics
Matches: 1880, Mismatches: 351, Indels: 147
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 44 0.02
170 532 0.28
171 867 0.46
172 214 0.11
173 205 0.11
174 15 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTATTAAACAGACTATA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
Found at i:2618 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1864--4341 Score: 2492
Period size: 341 Copynumber: 7.2 Consensus size: 340
1854 NNNNNNNNNN
* * * *
1864 GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATCTATTA-TTCAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
1928 AATTGATTGGT-TTCCTGAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTATAATTG
64 AATTGAAT-GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * *
1992 TAGTCAACCATTCCTTC-AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGATTTTTATTATGTCAAAATTGA
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
2056 TTTTATGTTCAATTTTGTTTCGCTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTT-GA
192 TTTTAAGTT-AAATTT-TTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-
* *** * * * *
2120 AAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTGTCTAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
253 GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
* * *
2184 AGCCTGACTA-TCCGCTTTAAGTG
318 AGCCTTATTACT-CGCTTTAAATG
* * *
2207 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTT--TTATTAAACAGTTTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTA--AAACAGATTA
* * * * *** * *
2270 TAATTGAATTTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAATCATTCATAAGAAAAGTCCACTTA
63 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
** *
2335 TAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
2399 TATTAGGTTTAATATTTCTACATTTTTAGTTAGAAA-AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
192 TTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTA-AAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
2463 AACGTGAAGGAAAAA-GTATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
255 AACGTGAA-GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
*
2526 GCCTTATTACTCACTTTAAATG
319 GCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
2548 GTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
2612 AATTGAATGTCTACCTCAAGAGATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGT-TCATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTA
** * *
2676 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTAAT
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
2741 TTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAA
193 TTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* * ** * *
2805 ACATGTAGAAAAATCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAG
256 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
*
2869 CCTTATTACTCTCTTTAAATG
320 CCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * **
2890 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATCTTTCTTTAAAACATACAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * *
2955 ATTGATTGTCTTCCTTGAGAGACATGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTGTA
65 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * * *
3020 CTCAACCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCACTTGAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTT
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
3085 TACGTTCAATTTTGCTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TACGAAA
195 TAAGTT-AAATTT--TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTA-GGAA
* * * * * ** * **
3149 ATGTGAAGAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAATCTTTTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGC
256 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGC
*
3214 CTTATTACTCACTTTAAATG
321 CTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
3234 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAATGTTGAAATTTTTACATTTTTGGCCT-AAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTAT
* * * * * * * *
3298 AATCGAGTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
*
3363 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
3428 TTTAAGTTAAATTGTTTCAGATTTTT-GATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAA
193 TTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* * * * *
3492 ACGGGAAGAAAAAGGTGTTCATTAGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
256 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
3557 CTTTTTACTCTCTTTAAATA
321 CTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
3577 GTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
3642 ATTGAAAGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGTAAAAGGAATTCATTAGCGAGAAAAGTCTATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* *
3706 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * * * *
3771 TTGAGTGGAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAACGGACTATAATTGAATCTCTACCTCATGAAACG
194 TTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACG
* *
3836 TGAAGAAAAAGGTATTTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCT
259 TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCT
3900 TATTACTCGCTTTAAATG
323 TATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
3918 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATG
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * **
3983 ATTAAATGTTTGCCTTAAGAAA-GATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
4046 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTGTTGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
4111 TTACGTTGAATGTTTTTATATTTTTCAG-TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGTCTCATG-AA
194 TTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * * *
4174 CATGTAGAAAAAGCCT-TTCATTTTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTCCAAAAG
257 CGTGAAGAAAAAG-GTATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
4237 CCTTATTACTTGGTTTAAGTA
320 CCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * *
4258 GTTTTATCATCTCA-AATTTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTACTTAAAATAGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
*
4322 TAATTAAATGTCTACCTTAA
63 TAATTGAATGTCTACCTTAA
4342 CTTTAAATAG
Statistics
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GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTG
AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATG
Found at i:4413 original size:93 final size:93
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4240 TATTACTTGG
* *
4250 TTTAAGTAGTTTTATCATCTCAAATTTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTACTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATCATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTACTTAAAA
*
4315 TAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAC
66 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAC
* * **
4343 TTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATCATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTACTTAAAA
* *
4408 CAGATTATCATTGAATGTCTAC
66 CAGATTATAATTAAATGTCTAC
4430 AGTAAGAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (93 bp):
TTTAAATAGTTTTATCATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTACTTAAAA
CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAC
Found at i:4631 original size:171 final size:172
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4332 TCTACCTTAA
* * * *
4342 CTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTT-AA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TCAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** * * * *
4406 AACAGATTATCATTGAATGTCTACAGTAAGAAACATGAAGAGAAGTTCATTCATTGAG-AAGAAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAGGTCATTCATTG-GTAAGAAA
*
4470 AGTCGATTTATAGTCTTCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-
129 AGTCGATTTATAGTCATCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACT-TG
* ** *
4514 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTCTTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAA
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* **
4579 ACAGACTAT-GTTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGTAAGAAAA
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* *
4642 GTCTATTTATAGTCATCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTG
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* * * ** *
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* *
4749 A-TGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
66 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
4775 GGGAACGTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAGGTCATTCATTGGTAAGAAAAG
TCGATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTG
Found at i:4731 original size:436 final size:433
Alignment explanation
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3899 TTATTACTCG
* * * *
3909 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAGAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** *
3974 CAGATTATGATTAAATGTTTGCCTTAAGAAAGATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAGTC
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* * * *
4039 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTGTTGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
131 GATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
* ** * *
4104 ATTGATTTTACGTTGAATGTTTTTATATTTTTCAGTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGTCTC
196 ATTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGACTC
* *
4169 ATGAACATGTAGAAAAAGCCTTTCATTTTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTCCAA
261 ATGAAAATGTAGAAAAAGCCTTTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTCCAA
* * * * * *
4234 AAGCCTTATTACTTGGTTTAAGTAGTTTTATCATCTCAAATTTAATTTTATGTTCAATTTTTTTT
326 AAGCCTTATTACTTGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
4299 ATATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAA
391 ATATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAA
* * * *
4342 CTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAA-TTATTTTACATTTTTGGTTAAA
* * *
4407 ACAGATTATCATTGAATGTCTACAGTAAGAAACATGAAG-AGAAGTTCATTCATTGAG-AAGAAA
65 ACAGATTATCATTAAATGTCTACAGTAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTG-GCAAG-AA
** * *
4470 AGTCGATTTATAGTCTTCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA-GTTTTATAATC
127 AGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATC
** * * * *
4534 TCATAATTTCTTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTGC-TTAAAAACAGACTAT-GTTGAATGT
191 TCATAATTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTT-CAGT-AAAACAGACTATAATTGAATGC
* * *
4597 CT-AC-CTTGAGAAATGTAAAGAAAAAG-GTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
254 CTGACTCATGA-AAATGT--AGAAAAAGCCT-TTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-T
* ** * * *
4658 -CCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAG
313 CCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAG
*
4722 TTGAATTTTT
378 TTCAATTTTT
4732 CACATTTTTG
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 54, Indels: 23
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
433 46 0.14
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Consensus pattern (433 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATCATTAAATGTCTACAGTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAGTC
GATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGACTC
ATGAAAATGTAGAAAAAGCCTTTCATTGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTCCAA
AAGCCTTATTACTTGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
ATATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAA
Done.