Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403024.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_692.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3091
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Warning! 207 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:871 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 573--2761 Score: 1973
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 171
563 NNNNNNNNNN
* * *
573 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTT
* * * *
638 TTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTA-CTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTT
65 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTT
*
702 GGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCT
129 GGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
745 TCTTACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
* * * *
810 TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCA-TTGG
66 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTTGG
* ****
874 AAAGAAAAGTCTTTTTATAGTGTGTCATTCCTTCAAAAGCCT
131 -AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
916 TATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAAGTTTTTTTACATTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATT-
* * * * * * * *
981 TCT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTT
64 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTT
* *
1045 GCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
129 GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
1088 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
** * ** * ** *
1152 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAATGT-ATAGAAAAACCCATTTATTT
66 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAATATGA-AGAAAAAAGCATTCATTT
* * * * * *
1215 GG-AGGAAAGTCCATTCATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
129 GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
1257 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTT
* * * *
1322 TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGA-AAACATGAAGAAAAATA-CATTCA-TT
65 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAA-AGCATTCATTT
* * *
1384 GGCAATG-AAAGTCTATTTATTGTCACCAATTTCTTCAAAAGCCT
129 GG-AA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
1428 TATTACTCACTTTAAATGATTTGATAATCTCAAAATT-AATTTAGGTTCAATTTTTTTACTTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
* * * * ** * * * * *
1492 TAGTTAGACCAGATTATAATTGAATGTCTAAATTGAGAAACATAAAGAAAAAGGGCATTTATTAT
66 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAA-AGCATTCATT-T
* * *
1557 -TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--CTTGTCATTTCAAAAGCCT
129 GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-TC-CTTCAAAAGCCT
* * * * *
1599 TATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAGATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
** * * ** * * * * *
1664 TCATGAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGGCTCAAGAAACAT-ATA-ATAAAAG-ATATTAATT
66 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGA-AGAAAAAAGCAT-TCATTT
***
1726 GAGAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCT
129 G-GAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
1770 AATTACTCGCTTTAAGTGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATCTCTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTT
* * * * * * *
1835 TTTGCTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAAAGGTATTCATTA
65 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAA-GCATTCATTT
** *
1899 CCAAGAAAAGTCTATTTAT-GTTCACCAATTCCTTCAAAAGCCT
129 GGAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
1942 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
2006 TGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGG
66 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTTGG
* * *
2071 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCC
131 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
2112 TATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
** * *
2177 TTATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGAAATATGAAG-AAAAAGCCATTCA-TT
66 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAG-CATTCATTT
* * * * *
2239 GAGAAGGAAAGTCCATTTACAGTCTCCCATTCCTTCAATAGCCT
129 G-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* ** * * *
2283 TATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTT
* * ** * ** *
2348 TTAG-AAAAACAGACTATAGA-TGAATG-CTTGTCTCT-AGAAATGTTTA-AAAAAAGCCATTCG
65 TTGGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTC-TACCT-TAAGAAATATGAAGAAAAAAG-CATTCA
* * * * * *
2408 TTGGGACGAAAAGTCTATTTGTAGTCTCCCCTTCCTTCAAAAGCTT
126 TTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
** * *
2454 TATTACTCGCTTTAAAT-AATTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTTTACATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTT-TTTTACATT
* * * * ** * * *
2518 TTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAGTGTCTGCCTTGGGGAATATGAAG-CAAAAGCCATCCATT
64 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAG-CATTCATT
* * * * ** ** * *
2582 AGCATGAAATA-TCCATTTATAGTCATTCAAGCATTCGAAAGCCT
128 TGGAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * * *
2626 TATTGCTCGCTTTAAATGGTGTTATAAACACATAATTAATTTTTAGTTGATTTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
* * * * ** *
2691 TGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTGGCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTC-TTTGG
66 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTTGG
2755 CAAGAAA
131 -AAGAAA
2762 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1647, Mismatches: 310, Indels: 121
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 124 0.08
170 301 0.18
171 713 0.43
172 468 0.28
173 39 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT
TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTTGG
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
Found at i:2479 original size:854 final size:852
Alignment explanation
Indices: 573--2507 Score: 2358
Period size: 854 Copynumber: 2.3 Consensus size: 852
563 NNNNNNNNNN
* *
573 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTT-TACATT
1 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTATA-TTT
* * * * * *
637 TTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTT
64 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAATTCGAGAAATGTTAA-AAAAAAGCATTCATTA
* * *
702 GGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-TCTTCTTACTCGATTTAAATGGT
128 GGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * ** *
765 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAAT
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTTTCATGAAAACAAACTATAAT
* * *
830 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTTTTTATAGT
255 TGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTAATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * *
895 GTGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
320 CTGTCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
960 GGTTCAAGTTTTTTTACATTATCTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTAAGAAACAT
385 AGTTCAAGTTCTTTTACATTATCTGCTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTAAGAAACAT
** * *
1025 AAAGAAAAAGGTATTCATTTGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
450 AAAGAAAAAGGTATTCATTACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
1090 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCA
515 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCA
* *** * * *
1155 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAATGTATAGAAAAACCCATTTATTTGGAGG
580 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAATGTATAGAAAAACCCATTCATTAGGAGA
*
1220 AAAGTCCATTCATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
645 AAAGTCCATTCATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
* *
1285 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
710 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * **
1350 CTTCCTTGAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAATGAAAGTCTATTTATTGTCACCAATT
775 CTTCCTTGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTACAGTCACCAATT
*
1415 TCTTCAAAAGCCT
840 CCTTCAAAAGCCT
* * * *
1428 TATTACTCACTTTAAATGATTTGATAATCTCAAAATT-AATTTAGGTTCAATTTTTT-TACTTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATA-TTTT
* * * ** *
1491 TTAGTTAGACCAGATTATAATTGAATGTCTAAATT-GAGAAA-CATAAAGAAAAAGGGCATTTAT
65 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-AATTCGAGAAATGTTAAA-AAAAA--GCATTCAT
** * * * * *
1554 TATTAAGAAAAGTCTATTTATAG--TCACTTGTCATTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATG
126 TAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCAT-TC-CTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
*
1617 GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAGATTTTTCATGAAAACAAACTATA
189 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAGATTTTTCATGAAAACAAACTATA
** * *
1682 ATTGAATGTCTGGCTCAAGAAACAT-ATA-ATAAAAGATATTAATT-GAGAAGAAAAGTGC-ATT
253 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGA-AGAAAAAAG-TATTAATTGGA-AAGAAAAGT-CTATT
* * *
1743 TATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAGTGGCTTTATAATCTCATAATTG
314 TATAGTCTGTCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTG
* * *
1808 ATTTTAAGTTCAA-TCTCTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAA-TAGAATGTCTACCTTA
379 ATTTTAAGTTCAAGT-TCTTTTACATTATCTGCTAAAACAGATTATAATTA-AATATCTACCTTA
1871 AGAAACATGAAA-AAAAAGGTATTCATTACCAAGAAAAGTCTATTTAT-GTTCACCAATTCCTTC
442 AGAAACAT-AAAGAAAAAGGTATTCATTACCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCAATTCCTTC
* *
1934 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTT-AGTTCAATTTTTT
505 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT
* ** * * * **
1998 TATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG-TCTACGTCAAGAAATGTGA-AGAAAAAGGC
569 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTCAAGAAATGT-ATAGAAAAACCC
* * *
2061 ATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTA
632 ATTCATTAGG-AGAAAAGTCCATTCATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTA
*
2126 AGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGA
696 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTTATTAAAACAGA
* * *
2190 CTATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGGAAAGTCC
761 CTATAATTGAATGTCTT-CCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGGAAAGTCC
* * *
2253 ATTTACAGTCTCCCATTCCTTCAATAGCCT
823 ATTTACAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
2283 TATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTATATTTT
* ** * * *
2348 TTAG-AAAAACAGACTATAGA-TGAATG-CTTGTCTCTAGAAATGTTTAAAAAAAGCCATTCGTT
65 TTAGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTAAT-TCGAGAAATGTTAAAAAAAAG-CATTCATT
* * * * **
2410 GGGACGAAAAGTCTATTTGTAGTCTCCCCTTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-AAT
127 AGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
2474 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
2508 CTTTTACATT
Statistics
Matches: 915, Mismatches: 131, Indels: 70
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
851 1 0.00
852 10 0.01
853 66 0.07
854 499 0.55
855 276 0.30
856 40 0.04
857 21 0.02
858 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (852 bp):
TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATATTTTT
TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAATTCGAGAAATGTTAAAAAAAAGCATTCATTAGGA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTCATGAAAACAAACTATAATTGAATG
TCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTAATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTGTCA
TTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA
AGTTCTTTTACATTATCTGCTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTAAGAAACATAAAGAA
AAAGGTATTCATTACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAA
CAGACTATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAATGTATAGAAAAACCCATTCATTAGGAGAAAAGTC
CATTCATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCT
TGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTACAGTCACCAATTCCTTCA
AAAGCCT
Done.