Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403032.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_70.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12537
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.29
Warning! 3061 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:299 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 5--598 Score: 678
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 167
1 CTCG
* * * *
5 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACCCATACTTTCGG
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGA
* * * * *
70 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTGTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTA
* *
135 TCTTTTTTTTAAAATAGATTATAATTAAATGCCTACCTC
130 TATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTAAATG-CTACCTC
* * * * *
174 AAGAAACATGAAGAAACAGATATCCGTTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCG
1 -AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
* * *
239 AAAGCCTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
* * * *
304 ATATTTTTATTT-AAACAGATTGTAATTGAATGTTGACCTTG
129 ATATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTAAATGCT-ACC-TC
* * * *
345 AGAAA-AGTGAA-AAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTTG
1 AGAAACA-TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
* * * * *
408 GAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTAATAATAGACTTTAAGCTGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTT
473 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTTAATAT-CTACCTC
129 ATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAA-TTAA-ATGCTACCTC
* * * **
514 AGAAAACAT-AGAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ATCCATTGGCTT
1 AG-AAACATGA-AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTT
577 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
63 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
599 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 56, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 114 0.32
170 170 0.48
171 66 0.19
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAT
ATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTAAATGCTACCTC
Found at i:1116 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 782--1338 Score: 701
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
772 NNNNNNNNTG
* * * *
782 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTTAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* ** * * *
847 AACATTAAGAAAAAGATATCCATTGGTAACCAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTT-GAAA
66 AACA-TAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGACTTTCGAAA
*
911 GCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTACAATCTTATAATTA
130 GCCTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTACAATCTTATAATTA
* * * * * * *
953 ATATTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATTTTCCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * *
1018 AACATAAGGAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAAAATCACCCAT-ACTTTCAAAAG
66 AACATAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGACTTTCGAAAG
* * * * *
1082 CCTTATTATTTGCTTTTAATATTTTTATAATCTTATAATTG
131 CCTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTACAATCTTATAATTA
* * *
1123 ATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * * *
1188 AACGTAAAGAAAAAGATATCTACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAGTCATGAC-TTCGAAA
66 AACAT-AAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGACTTTCGAAA
* *
1252 GCCTTATTACTCG-TTTTGAATAGTTTTACAGT-TTCATAATTC
130 GCCTTATTACTCGCTTTT-AATAGTTTTACAATCTT-ATAATTA
*
1294 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
1339 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 53, Indels: 10
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 146 0.45
171 176 0.54
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
AACATAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGACTTTCGAAAG
CCTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTACAATCTTATAATTA
Found at i:3127 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2951--3297 Score: 511
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
2941 NNNNNNNNNN
*
2951 TTTTCTTCACGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAGAA
1 TTTTCTTCACGTTTC-CGAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AA-AA
* *
3014 AAAT-AACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAG
63 AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTCGAAG
*
3078 GTATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATATCT
128 GTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATATCT
* * * *
3121 TTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATTCTAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAT
1 TTTTCTTCACGTTTCCGAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
* ** *
3186 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGGTA
66 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTCGAAGGTA
* * *
3251 TGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCT
131 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATATCT
3291 TTTTCTT
1 TTTTCTT
3298 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 15, Indels: 6
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.05
170 143 0.90
171 8 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTCACGTTTCCGAAGGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTCGAAGGTA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATATCT
Found at i:7655 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6989--8568 Score: 1400
Period size: 170 Copynumber: 9.3 Consensus size: 169
6979 NNNNNNNNNC
* * *
6989 ATCTTTTTCTT-AGCGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAACTATAA
1 ATCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TGTAA
* * * * ** *
7053 AAACATTTAATTTAAAACCGATTACGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTG
64 AAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** * * * *** *
7118 AAGGCATAAGTGATTACAAATGGACTTTTCTTGTGAATGAAT
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
** * * * * * *
7160 GGCTTCTTCTTCATGTTTCCCGAGGAAGACATTCAATTACAATAC-GTTTCAATAAAAAATATAA
1 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAAT-AAAAATGT-A
* * * * * * * *
7224 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-TTAAAACTAGTCAAAGCGAGTGATAAGACTTTC
63 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** **
7288 GAAGGTATGGCTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCTGACAGAT
127 GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * * *
7331 ATCTTTTTC-TCTATGTTTC-CTGA-TTCAGAGATTCAATTATTATCTATTTCAACCAAAAATGT
1 ATCTTTTTCTTC-ATGTTTCTC-GAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
********* * * * *
7393 AAAAAAANNNNNNNNNNAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGATTAGTAAGGCTT
62 -AAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
7458 CTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGACATTTCTTACCAATGGAT
125 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * *
7503 ATCTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATGA
1 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT--AAAAATGT-A
* * *
7568 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTG
63 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
7633 AAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * * *
7675 ATCCTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGTAAACATTTAATTATTATCTGTTTGAATCAAAAATGTAA
1 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAA
* * *
7739 AAAACTTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTG
64 AAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
7804 AAGGCTTGTGCGACAATAAATATACTTTTCTTGCTAATGGAT
128 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * * *
7846 ATCTTTTTTTTCATG-TTCTGGAGGCAGACATTCAATCATTATCTGTTTTAAGTAAAAGTGTAAA
1 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAA
* * * * * *
7910 ATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAAACATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTAA
65 A-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *** * * ** *
7975 AGTCATCAATGACTATAAATCGACATTTCTTGTCAATGAAT
129 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * *
8016 ATCCTTTTT-TTAATGTTTTTAGAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT---AA---AAA
1 AT-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAA
* * * *
8074 AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAA
65 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
8138 AGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGAT
129 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* *
8179 ATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAA
1 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGT-AAA
* * * * *
8244 AAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCGTTCGAA
65 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
8309 GGTATTGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTATCAATGGAT
130 GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * * *
8349 ATCTTTTTCTTCATATTT-TCAGAGTTAGATATTAAATTATAATATGTTTGAATAAAAATGTAAA
1 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGT-AA
* * * *
8413 AAAATTTGACTTAAAATCTACTATGAGAATT-TAAAAACATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTC
64 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAAACATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTT
* *
8476 GAAGGCATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGAT
127 GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * *
8519 ATC-TTTTCTTTATATTTCTCGAGGAAGACATTTAATTATAATCTGTTTTA
1 ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
8569 TGATATTATA
Statistics
Matches: 1139, Mismatches: 232, Indels: 78
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 11 0.01
163 122 0.11
164 4 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
169 39 0.03
170 382 0.34
171 317 0.28
172 239 0.21
173 22 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAA
AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT
Found at i:8243 original size:333 final size:334
Alignment explanation
Indices: 7410--9286 Score: 1214
Period size: 333 Copynumber: 5.7 Consensus size: 334
7400 NNNNNNNNNN
* * * * *
7410 AAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGATTAGTAAGGCTTCTGAAGGCATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * *
7475 TGTAAATGGACATTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAGATATTTAAT
66 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* *
7540 TATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
131 TATAATCTGTTTTAAT--AAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * *
7605 ATATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
193 ACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAA
* * * ** * *
7670 TGGATATCCTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTAAACATTTAATTATTATCTGTTTGAATCAAA-A
258 TGGATATCCTTTTTTTCATGTTT-TTAGAGGTTGACATTAAATTATAATCTGTTT--AT-AAATA
7733 ATGTAAAAAACTTAAACTTA
319 A---AAAAAAC-TAAACTTA
* * * * * *
7753 AAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGTGCGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * *
7818 AATAAATATACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTTTTCATG-TTCTGGAGGCAGACATTCAAT
66 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * * * * *
7882 CATTATCTGTTTTAAGTAAAAGTGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAAA
131 TATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* ** * * *
7947 CATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTAAAGTCATCAATGACTATAAATCGACATTTCTTGTCAAT
194 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * * *
8012 GAATATCCTTTTTTTAATGTTTTTAGAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTT-T-AATAAAAAA
259 GGATATCCTTTTTTTCATGTTTTTAGAGGTTGACATTAAATTATAATCTGTTTATAAATAAAAAA
*
8075 AACTCAACTTA
324 AACTAAACTTA
* *
8086 AAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGTATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGA
* *
8150 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAG
65 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
*
8215 TTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 TTATAATCTGTTTTAATAAAAATGT-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
** * * *
8280 CATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCGTTCGAAGGT-ATTGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTATCA
194 CATTTAAAG-TGAGTAATAAGGC-TTTTAAAGTCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
* * * *
8343 ATGGATAT-CTTTTTCTTCATATTTTCAGA-GTTAGATATTAAATTATAATATGTTTGAATAAAA
257 ATGGATATCCTTTTT-TTCATGTTTTTAGAGGTT-GACATTAAATTATAATCTGTTT--AT--AA
* * **
8406 ATGTAAAAAAATTTGACTTA
316 AT-AAAAAAAACTAAACTTA
* * *
8426 AAATCTACTATGAGAATT-TAAAAACATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCATGGAT
1 AAATCAATTATGAG-ATTATAAAAACATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTCT-GAAGGCATGGGT
* * ** * *
8488 GACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATC-TTTTCTTTATATTTCTCGAGGAAGACATTT
63 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
* * * * * * * * * *
8552 AATTATAATCTGTTTT-AT-GATAT-TATAAAAA-T-A-TTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTTA
128 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATC-AATTATGA-GATTATAA
** * * * * * ** *
8611 AAGGATGGGT-AACT-A-TAA-ATGGACTTTT---GT--T---T-CCAATGGATA-TCTTTT-TT
191 AAACAT--TTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTAAAGTCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* *** * ** * * ** * ** *
8661 -TC-AT-G-TTTCC---TGAGCAAGACATTTA-A--TT-ATAATCTATTTTAA---G-AAAGAAA
253 ATCAATGGATATCCTTTTTTTCATG-TTTTTAGAGGTTGACATTAAATTATAATCTGTTTATAAA
* *
8711 TGAAAACAAA-TCAACTTA
317 T-AAAAAAAACTAAACTTA
* * ** * * * * *
8729 AAATTAATTATGAGATTGTAAAATTATTCAAAGCGAGTAATAAGTCTT-TCGAAAGCATGAGAGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-GAAGGCATGGGTGA
** * * * *
8793 CTATAAACGGACTTTTCTTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACA-ACTA
65 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTC-A
* * * *
8857 ATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTGTAAA
129 ATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * ** ** * * * **
8921 ACCATTTAATGCAAGTAATGAA-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAAT-GAACTTTTCTTGC
192 AACATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTAAAGTCATCGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTAT
** * * * * *
8984 CAATGGATAT-CTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTTTTAATAAA
255 CAATGGATATCCTTTTT-TTCATGTTTTTAGAGGTTGACATTAAATTATAATCTG-TTT-ATAAA
* * *
9048 -AATGTAAAAAAATTAACTGA
317 TAA---AAAAAACTAAACTTA
* * * *
9068 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGTATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-GAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
9132 CTATAAGT-GAATTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGATAGACATTAA
65 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCA
* * * * * * *
9195 ATTATAATTTATTTGAATTAAAAATATAAAAAAATTCAGAC-TAAAATCTATTATGAGATTTTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATT-A-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
9259 AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
191 AAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
9287 CTAAGNNNNN
Statistics
Matches: 1180, Mismatches: 267, Indels: 178
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
302 3 0.00
303 85 0.07
304 45 0.04
306 4 0.00
307 8 0.01
308 1 0.00
309 11 0.01
310 14 0.01
311 7 0.01
312 11 0.01
313 1 0.00
314 2 0.00
315 4 0.00
316 4 0.00
318 3 0.00
319 7 0.01
320 7 0.01
321 4 0.00
322 3 0.00
323 7 0.01
324 7 0.01
325 3 0.00
327 3 0.00
328 4 0.00
329 2 0.00
330 1 0.00
331 8 0.01
332 25 0.02
333 219 0.19
334 66 0.06
335 10 0.01
336 5 0.00
337 10 0.01
338 63 0.05
339 171 0.14
340 99 0.08
341 134 0.11
342 30 0.03
343 89 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (334 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGG
ATATCCTTTTTTTCATGTTTTTAGAGGTTGACATTAAATTATAATCTGTTTATAAATAAAAAAAA
CTAAACTTA
Found at i:8680 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 8444--8701 Score: 344
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
8434 TATGAGAATT
* *
8444 TAAAAACATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTT
1 TAAAAACATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATAACTATAAATAAACTTTTCTT
* *
8509 ACCAATGGATATCTTTTCTTTATATTTCTCGAGGAAGACATTTAATTATAATCTGTTTTATGATA
66 ACCAATGGATATCTTTTCTTTATATTTCTCGAGCAAGACATTTAATTATAATCTATTTTATGATA
8574 TTA
131 TTA
* * * ** *
8577 TAAAAATATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTTAAAGG-ATGGGTAACTATAAATGGACTTTTG
1 TAAAAACATTTAAAG-GAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGGATAACTATAAATAAACTTTTC
* *
8640 TTTCCAATGGATATCTTTT-TTTCATGTTTC-CTGAGCAAGACATTTAATTATAATCTATTTTA
64 TTACCAATGGATATCTTTTCTTT-ATATTTCTC-GAGCAAGACATTTAATTATAATCTATTTTA
8702 AGAAAGAAAT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 12, Indels: 8
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
132 4 0.04
133 95 0.87
134 10 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (133 bp):
TAAAAACATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATAACTATAAATAAACTTTTCTT
ACCAATGGATATCTTTTCTTTATATTTCTCGAGCAAGACATTTAATTATAATCTATTTTATGATA
TTA
Found at i:8899 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8566--9287 Score: 698
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
8556 ATAATCTGTT
* * * ** *
8566 TTATGATATTATAAAAATATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTTAAAGGATGGGTA-ACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGG-AGACTATAAA
* ** * * ** *
8630 TGGACTTTTGTTTCCAATGGATATCTTTTT-TTCATGTTTCCTGAGCAAGACATTTAATTATAAT
65 TGGACTTTTCTTAGCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAAT
* * * *
8694 CTATTTTAAGAAAGAAATGA-AAACAAATCAACTTAAAATTAA
130 CTTTTTTAATAAA-AAAT-ATAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
8736 TTATGAGATTGTAAAATTATTCAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAAGCATGAGAGACTATAAAC
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGAGACTATAAAT
* *
8801 GGACTTTTCTTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAACTAATTATAAT-
66 GGACTTTTCTTAGCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAATC
*
8865 TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
131 TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
8906 TTATGAAATTGTAAAACCATTTAATGCAAGTAATGAA-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAA
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAAGCATGGGAGACTATAAA
* * * * *
8970 TGAACTTTTCTT-GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTTAAGTATAA
65 TGGACTTTTCTTAG-CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAA
* * * *
9034 TCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTAACTGAAAATCAA
129 TCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
9075 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAGT
1 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGAGACTATAAAT
* * * *
9140 -GAATTTTCTTA-CTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCAGAGATAGAC-ATTAAATTATA
66 GGACTTTTCTTAGC-AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACAATT-AATTATA
* * *
9201 AT-TTATTTGAATTAAAAATATAAAAAAATTCAGAC-TAAAATCTA
128 ATCTT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCA-ACTTAAAATCAA
*
9245 TTATGAGATTTTTAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
1 TTATGAGA-TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
9288 TAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 73, Indels: 34
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 56 0.12
169 95 0.21
170 259 0.56
171 47 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGAGACTATAAAT
GGACTTTTCTTAGCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACAATTAATTATAATC
TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
Found at i:8989 original size:473 final size:474
Alignment explanation
Indices: 8093--9042 Score: 1222
Period size: 473 Copynumber: 2.0 Consensus size: 474
8083 TTAAAATCAA
* * *
8093 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGTATGGGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTCTAAAGGTATGGGTAACTATAAAT
** *
8158 AGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATC
66 AGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCAAGACATTCAATTATAATC
* * * *
8223 TGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
131 TATTTTAAAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAA
* * * * ** * *
8288 GCTAGTAATAAGGCGTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTATCAATGGATATCT
196 GCGAGTAATAAGGCGTTCGAAAGCATTGGAGACTATAAACAGACTTTTCTTAGCAATGAATATCT
* * * * *
8353 TTTTCTTCATATTTTCAGAGTTAGATATTAAATTATAATATGTTTGAATAAAAATGTAAAAAAAT
261 TTTTCTTCACATTTTCAGAGGTAGAAACTAAATTATAATATGTTTGAATAAAAATATAAAAAAAT
* * *
8418 TTGACTTAAAATCTACTATGAGAATTTAAAAACATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
326 TTAACTTAAAATCAACTATGAGAATTTAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* *
8483 TGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATC-TTTTCTTTATATTTCTCGAGGAAGA
391 TGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGAAGA
*
8547 CATTTAATTATAATCTGTT
456 CATTTAAGTATAATCTGTT
* *
8566 TTATGATATTATAAAAATATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTTAAAGG-ATGGGTAACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAATAATAAGGC-TTCTAAAGGTATGGGTAACTATAAA
* * * *
8630 TGGACTTTTGTT-TCCAATGGATATCTTTTT-TTCATGTTTC-CTGAGCAAGACATTTAATTATA
65 TAGACTTTTCTTAT-CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGCAAGACATTCAATTATA
* * * **
8692 ATCTATTTTAAGAAAGAAATG-AAAACAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAATTAT
128 ATCTATTTTAA-AAA-AAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
8756 TCAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAAGCA-TGAGAGACTATAAACGGACTTTTCTTAGCAATGA
191 TCAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCGAAAGCATTG-GAGACTATAAACAGACTTTTCTTAGCAATGA
* * * *
8820 ATATCTTTTTCTTCAC-GTTTCTTGAGGTAGACAACT-AATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATA
255 ATATCTTTTTCTTCACATTTTC-AGAGGTAGA-AACTAAATTATAATATGTTTGAAT-AAAAATA
* * *
8882 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-AATTGTAAAACCATTTAATGCAAGTAATGAA-GC
317 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATGAGAATT-TAAAAACATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGC
* * * *
8945 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTT
380 TTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTT
*
9010 CTCGAGGTAGACATTTAAGTATAATCTGTT
445 CTCGAGGAAGACATTTAAGTATAATCTGTT
9040 TTA
1 TTA
9043 ATAAAAATGT
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 55, Indels: 23
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
471 1 0.00
472 53 0.13
473 296 0.72
474 60 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (474 bp):
TTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTCTAAAGGTATGGGTAACTATAAAT
AGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCAAGACATTCAATTATAATC
TATTTTAAAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAA
GCGAGTAATAAGGCGTTCGAAAGCATTGGAGACTATAAACAGACTTTTCTTAGCAATGAATATCT
TTTTCTTCACATTTTCAGAGGTAGAAACTAAATTATAATATGTTTGAATAAAAATATAAAAAAAT
TTAACTTAAAATCAACTATGAGAATTTAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
TGGATGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGAAGA
CATTTAAGTATAATCTGTT
Found at i:10277 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9963--10307 Score: 394
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
9953 NNTTAAATGG
* ** * * *
9963 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTTATATTTTATTAAAATAGATTATAATT
1 TTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAATTTTTTACATATTTTATTAAAACAGATAATAACT
** * * * *
10028 GAATGTTAACCTTTGGAAACGTTAAAAAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAATGTCGATTTATAGT
66 GAACATTAACCTTTGGAAACATAAAAAAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTCGATTTATAGT
* *
10093 CATCGATGCCTTCAAAAACCTTATTGCTCACTTTAAATAT
131 CATCGAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAT
* *
10133 TTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACAT-TTTTATTTAAAACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTT-AATT-TTTTACATATTTTA-TTAAAACAGATAATA
* *
10197 ACTGAACATCTAA-C-TTGGGAACATAAAAAAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTT
63 ACTGAACAT-TAACCTTTGGAAACATAAAAAAAAAAGATATCCATTGAG-AAGAAAAGTCGATTT
* * ** *
10259 CTAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGT
126 ATAGTCA-TCGAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAT
10304 TTTT
1 TTTT
10308 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 23, Indels: 11
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 28 0.19
171 87 0.60
172 28 0.19
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAATTTTTTACATATTTTATTAAAACAGATAATAACT
GAACATTAACCTTTGGAAACATAAAAAAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTCGATTTATAGT
CATCGAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAT
Found at i:11838 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10937--11896 Score: 725
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
10927 NNNNNNNTAG
* **
10937 TCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTT
1 TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * **
11001 GAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAA
* * * *
11066 AAGTCTATATATAATCATCC-ATGCCTTCGAAAGGCTTATTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
11108 TCGCTTTGAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTGTTTTATATTTTTTATTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * * ** * * * * *
11173 AAACATACTGTAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTCACACGACA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAA
*
11238 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGGCCTTATTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAA-GCCTTATTAC
********** * *
11279 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * *
11344 AAACAGATTATAATTGAATGTGTATCTTGAGAAACGTGAA-AAAAA-AAATCCCTTGGTAAGAAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAA
*
11407 AGTCCATTTGTAGTCACCAATG-CTATCGAAAGCCTTATTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACCAATGCCT-TCGAAAGCCTTATTAC
* * ********** * *
11448 TCACTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTAACATTTTGTATTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * *
11512 AAATAGATTATAATTGCATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATACATTGATAAAAAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAA
* *
11577 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
****************************
11618 TCGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * *
11683 AAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCAC-TGGAAATGTGAAGAAAAAGGTATCCTTTGATAAGAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-C-CTTGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAG-A
* * *
11747 AAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCATCAAAAGCCTTATTAA
128 AAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
** *
11790 TCATTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-ACTTTTTTATT
1 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATT
* *
11853 AAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAA
11897 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 171, Indels: 32
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 55 0.09
169 67 0.11
170 88 0.15
171 336 0.56
172 55 0.09
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
Done.