Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397831.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1133.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5318
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 278 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:601 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 424--2575 Score: 791
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 171
414 NNNNNNNNNN
** *
424 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAA-TTTTTTAGAATTTTTCATTAAAACAGAA-TATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTA-AACTTTTCATTAAAACA-AATTATAA
* * * * * * * * *
487 TTAAATGCTTGCCTAGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAATGTCTATTTGCA
64 TTAAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATT-GGAAAAAAAAGTCCATTTACA
* ** *
551 GCCTCCCATTCCTTTAACAA-CCTTATTACTCGCTTTAAAAGATT
128 GCCACCCATTCCTACAA-AAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
* **
595 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAATT
* * * * *
660 GAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTAATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGT
66 AAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGG-AAAAAAAAGTCCATTTACAGC
* *
725 CACCCATTCCTACAAAAGCCTTTTTACTCCCTTTAAATGATT
130 CACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
* * * * * * ** * *
767 TTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATATTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAT-TTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAAT
* * * * * * * * * * * * * * *
832 TGAATGTCAACTTTGAGACACATGAAGAGAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATAGT
65 TAAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACAGC
* * * * * * * *
897 CACTCATGT-TTTCAAAACCCTTATTATTCACTTTAAATGGTT
130 CACCCAT-TCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
********** * * * *
939 TTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAATT
* * ** * * * * * *
1004 GAATGTCTACCTCA-AGAAATGTGAAGAGAAAGGCATTAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 AAATGCCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACAGC
* * ** *
1068 CACCTATTCC-ATCAGAATG-CTTGCTACTCACTTTAAATAG-TT
130 CACCCATTCCTA-CA-AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAA-AGATT
********** * * ** * * * * * * *
1110 TTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGCACATTGTTTGC--TACAATAGATTTTC
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTTAAACT-TTT-CATTAAAACAAATTATA
* * * * * *
1173 ATTGAATGTCTACCTA-AGGAAACATGAAGAAAAAGGCGTTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTA
63 ATTAAATGCCTACCTAGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGA-AAAAAAAGTCCATTTA
* * * * ** * *
1236 TAGTCACTCATTCCT-CAAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
126 CAGCCACCCATTCCTAC-AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
** * * * * *
1282 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTT--ACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAAC-TTTTCA-TTAAAACAAATTATAA
* * * * * * * * * *
1345 TTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATA
64 TTAAATGCCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACA
* * * * * * * * *
1409 GTCATCTATTCATTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGTTT
128 GCCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
* * * *** * *
1453 TTATAATCTGAAAATTAATTTTGTGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTT-AAA-AAATGCTATA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAACTTTTCA-TTAAAACAAAT--TATA
* * * * * ** *
1515 ATTGAATGTCTGTCCTAG-GGAACATGAAGCAAAAGCCA-TACATT-GACATGAAAAGTCTATTT
63 ATTAAATGCCT-ACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTA-ATTGGA-AAAAAAAGTCCATTT
* * ** ** ** * *
1577 ATAGTCC-CTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTT
125 ACAG-CCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
* ** * * * * * ** * * *
1624 TTATAAACAAATAATTGATTGTAAGTTGAAA-TTTTTCACATTTTTTGTTAAAAGAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAAT
* * * * * * ** * * * * * *
1688 TGAATGTCTAACTTGAGAAAC-GGCAAGAAACAGGTACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TAAATGCCTACCTAGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACAG
* * * * * *
1752 TCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
129 CCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
* * * * * * *
1795 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATACTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAATT
* * * * * * * * *
1860 GAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC
66 AAATGCCTACCTAGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACAGC
* * * ** *** * *
1924 CACCTATT-TTGTCAAATTCCTTATTACAAGCTTTAAATGGTT
130 CACCCATTCCT-ACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
* * * * * * ** *
1966 TTATAATCTTATAATT-AATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAAT
* ** * * * ** * * * *
2030 TGAATGTATACCTAGAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TAAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACAGC
* **
2095 CACCCATTCCTTCAAAATG-CTTATTACTTACTTTAAATAG-TT
130 CACCCATTCCTACAAAA-GCCTTATTACTCCCTTTAAA-AGATT
* * * * * * * *
2137 TTGTAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTGT-ACCTTTATGC-TTAAAACAGACTT-T
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTTTAAACTTT-T-CATTAAAACA-AATTAT
* * * * ** * *** * *
2199 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGTTGAAAAAGTCTATTTAT
62 AATTAAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTAC
* * * * ** * *
2264 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTT
127 AGCCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
** * * * *
2309 TTATAAT-TACATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCAGTAAAACAAACTATAAT
1 TTATAATCT-CATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAAT
* * * * * * * * *
2372 TGAATGCCTGCCTCA-AGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTAGG-AAGAAATGTCCATTTATA
65 TAAATGCCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATT-GGAAAAAAAAGTCCATTTACA
* * * * * * * * *
2435 GTCTCCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTACAAGGTT
128 GCCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
* * * * *
2479 TTATAATCTCATAATTGCTTTTAAATTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAACTTTTCA-TTAAAACAAATTATAAT
* * *
2543 TGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG
65 TAAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAG
2576 AAAAAACAGA
Statistics
Matches: 1557, Mismatches: 353, Indels: 142
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 168 0.11
171 862 0.55
172 443 0.28
173 74 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAAACTTTTCATTAAAACAAATTATAATT
AAATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACAGCC
ACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAGATT
Found at i:773 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--2575 Score: 2009
Period size: 343 Copynumber: 7.5 Consensus size: 340
* ** * ***
1 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAATTTCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * ********* * **
66 TGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
66 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTA
* * * * * * * *
131 AAACAAATTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGTTAAGAAA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAA
* ** ********** * *
196 AGTCCATTTATAGTAAC-CTATT-CTTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGATTTTATAAT
194 AGTCTATTTATAGCCACTC-ATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * *
259 TTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTCATATATTTTTGGTTAAAATAGACTT-TAATTGAATG
257 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-AATTATAATTGAATG
* * *
323 TCTACCTTGAGAAATGTAAAG
320 TCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * *
344 AAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATA-CCTTATTA
1 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTA
** ********** * * *
408 CTTGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAGAATTTTTCATT
65 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA-CATTTTTCATT
* * * * *
473 AAAACAGAATATAATTAAATG-CTTGCCTAGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGA
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGA
* ** * * * *
537 AATGTCTATTTGCAGCCTCCCATTCCTTTAACAA-CCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAA
192 AAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTTAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
601 TCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGC
256 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGT
*
666 CTACCTCGAGAAACATGAAG
321 CTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * * *
686 AAAAAGGCATTAATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAGCCTTTTTA
1 AAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * **
751 CTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATATTTTGTACATTTTTGGT
65 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTTTCAT
* * * * * * *
816 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACTTTGAGACACATGAAGAGAAAGCTATTCATTGGCAAGA
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGA
* * * * *
881 AAACT-TCATTTATAGTCACTCATGT--TTTCAAAACCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTAT
192 AAAGTCT-ATTTATAGCCACTCAT-TCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
********** *
943 AATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAAT
254 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAAT
* *
1008 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAG
319 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * * * * * **
1030 AGAAAGGCATTAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCATCAGAATG-CTTGCTA
1 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTA
********** * *
1094 CTCACTTTAAAT-AGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGCACATTGTTTG
65 CTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT-TACATT-TTT-
* * * * * * *
1158 C--TACAATAGATTTTCATTGAATGTCTACCTA-AGGAAACATGAAGAAAAAGGCGTTCATTGAT
125 CATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-G
* * ** * *
1220 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTCAAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
188 AAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
1285 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
253 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* *
1350 TGTCTACCTCAAGAAACGTGATG
318 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * * * *
1373 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCATCTATTCATTCAAAAGCCTTCTTAC
1 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * **
1438 TCACTTTAAATGTTTTTATAATCTGAAAATTAATTTTGTGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTT
66 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTCA-TT
* * * *
1502 AAAA-A-ATGCTATAATTGAATGTCTGTCCTAG-GGAACATGAAGCAAAAGCCATACATT-GACA
129 AAAACAGAT--TATAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-A
** * **
1563 TGAAAAGTCTATTTATAGTCC-CTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
190 -GAAAAGTCTATTTATAG-CCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * * * * *
1627 TAAACAAATAATTGATTGTAAGTTGAAA-TTTTTCACATTTTTTGTTAAAAGAGACTATAATTGA
253 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGA
* *
1691 ATGTCTAACTTGAGAAACG-GCAAG
317 ATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAG
* * * * *
1715 AAACAGGTACTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
1780 TCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTA
66 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTCATTA
* * * *
1845 AAACAGATTATACTTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAA
* ** **
1909 AAGTCCATTTATAGCCAC-CTATT--TTGTCAAATTCCTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATA
193 AAGTCTATTTATAGCCACTC-ATTCCTT-T-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
1971 ATCTTATAATT-AATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAAT
255 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAAT
* *
2035 GTATACCTAGAGAAACGTGAAG
319 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * *
2057 AGAAAGGCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATG-CTTATTA
1 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCCTTATTA
* * * * * *
2121 CTTACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACCTTTATGC
65 CTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT-TACATTT-TTC
* * ** * **
2185 -TTAAAACAGACTT-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGTT
126 ATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAA
* * * *
2248 GAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTAT
190 G-AAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** * *
2313 AAT-TACATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTCAG-TAAAACAAACTATAATTGAA
254 AATCT-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * * *
2376 TGCCTGCCTCAAGAAACGTGTAG
318 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
* * * * *
2399 AAAAAGTCATTCATTAGG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTA
1 AAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
2463 TTCGCTTTACAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTT-AG
65 CTCACTTTA-AATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTCA-
* * * *
2526 TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG
127 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAG
2576 AAAAAACAGA
Statistics
Matches: 1770, Mismatches: 384, Indels: 158
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 8 0.00
341 82 0.05
342 716 0.40
343 738 0.42
344 215 0.12
345 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAG
TCTATTTATAGCCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACC
TCGAGAAACGTGAAG
Found at i:2563 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 4--2575 Score: 2113
Period size: 514 Copynumber: 5.0 Consensus size: 513
1 AAA
* * ** *
4 AAAG-CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAATTTCTTATTACTG
1 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCTTATTACTC
* * * ********** ** *
68 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAA
65 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGCACACTTTTTGCTTAA
* * * * * * *
132 AACA-AATTATAATTGAATATCTACATCGAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATT-GTTAAGAA
130 AACAGACTT-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGATAAGAA
* * * ********** * * *
195 AAGTCCATTTATAGTAACCTATTCTTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGATTTTATAATT
194 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * ** * * *
260 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTCATATATTTTTGGTTAAAATAGACTT-TAATTGAATGT
259 TCATAATTGATTTTACGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGT
** * * * *
324 CTACCTTGAGAAATGT-AAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
322 CTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ** ********** *
388 TTCCTTCAAATA-CCTTATTACTTGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTA
386 TT-TTTCAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * *
452 AA-TTTTTTAGAATTTTTCA-TTAAAACAGAA-TATAATTAAATG-CTTGCCTAGGGAAACATGT
449 AATTTTTTTA-CATTTTT-AGTTAAAATA-AATTATAATTGAATGTC-TACCTAGAGAAACATGA
*
513 AGAA
510 AGAG
* * ** * * * *
517 AAAGCCATTCATTAGG-AAGAAATGTCTATTTGCAGCCTCCCATTCCTTTAACAACCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AAGCTTATTACT
* * * * ** *
581 CGCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACAC-TTTTGGTT
64 CACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGCACACTTTTTGCTT
* * * *
644 AAAACA-AATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTAATTGGCA-AA
128 AAAACAGACTT-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-ATAA
* * * * *
707 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAGCCTTTTTACTCCCTTTAAATGATTTTATA
191 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
772 ATCTCATAATTGATTTT-CAGTTGAATATTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
256 ATCTCATAATTGATTTTAC-GTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * * * * *
836 TGTCAACTTTGAGACACATGAA-GAGAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATAGTCAC
319 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ****
900 TCATGTTTTCAAAACCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNN
383 CCAT-TTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
****** **
965 NNNNNNTTTTTACATTTTT-GATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAATGTGA
447 TAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATGA
1028 AGAG
510 AGAG
* * * * * **
1032 AAAGGCATTAATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCATCAGAATGCTTGCTACTC
1 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCTTATTACTC
**********
1097 ACTTTAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGCACA-TTGTTTGC-T
65 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTGCACACTT-TTTGCTT
* * * * * *
1160 ACAATAGATTTTCATTGAATGTCTACC-TAAGGAAACATGAAGAAAAAGGCGTTCATT-GATAAG
128 AAAACAGACTTTAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGATAAG
* * *
1223 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC-TCAAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
192 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1287 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
256 ATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
1352 TCTACCTCAAGAAACGTG-ATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCATCT
321 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * **
1416 ATTCATTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTGAAAATTAATTTTGTGTTA
385 ATT-TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* *
1481 AATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAA-AAATGCTATAATTGAATGTCTGTCCTAG-GGAACATGAA
449 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAAT--TATAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAACATGAA
1543 GCA-
511 G-AG
* ** * * ** *
1546 AAAGCCATACATTGACATGAAAAGTCTATTTATAGTC-CCTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAG-CTTATTACT
* * * * * *
1610 TACTTTAAATGGTTTTATAAAC-AAATAATTGATTGTAAGTTGAAATTTTT-CACATTTTTTG-T
64 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTGCACACTTTTTGCT
* * * * * * * * *
1672 TAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAAC-GGCAAGAAACAGGTACTCATTAG-CAA
127 TAAAACAGACTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGATAA
* *
1735 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
191 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1800 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATACTTGAAT
256 ATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
1864 GTCTACCTCGAGAAACGTAAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCT
320 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * * *
1929 ATTTTGTCAAATTCCTTATTAC-AAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATT-AATTTAAGTT
385 ATTTT-TCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
1992 GAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTATACCTAGAGAAACGTGAAG
448 -AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAG
2057 AG
512 AG
* * *
2059 AAAGGCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATGCTTATTACTT
1 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCTTATTACTC
* * * *
2124 ACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAC-CTTTATGCTTA
65 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTGCACACTTTTTGCTTA
* * * * *
2188 AAACAGACTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGTTGA-AA
129 AAACAGACTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGATAAGAA
* * * *
2252 AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAAT-
194 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
2316 TACATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTCAG-TAAAACAAACTATAATTGAATGCC
259 T-CATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * *
2380 TGCCTCAAGAAACGTGTA-GAAAAAGTCATTCATTAGG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCCCA
323 TACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
2443 TTCTTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTACAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAATTA
386 TT-TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * *
2507 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
449 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAG
2572 AAAG
1 AAAG
2576 AAAAAACAGA
Statistics
Matches: 1654, Mismatches: 330, Indels: 150
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
512 31 0.02
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514 578 0.35
515 408 0.25
516 65 0.04
517 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCA
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGCACACTTTTTGCTTAAA
ACAGACTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGATAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
CTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
TTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAG
Found at i:2590 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 2528--2626 Score: 189
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2518 ATTTTTAGTT
*
2528 AAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGAA
2578 AAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGA
2627 CATTCATTGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 48 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.11, G:0.14, T:0.21
Consensus pattern (50 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGAA
Found at i:2877 original size:173 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2578--3113 Score: 597
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2568 AGAAAAAGAA
* * ** *
2578 AAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAAAA
1 AAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GTAAAAA
* * * ** **
2643 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAATAGCTTTATTACTCCCTTTAAATATTTTTATAATC
65 AA-TTCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
2708 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATT
128 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTGATT
* * * *
2750 AAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTTGAGATATGTGAAGAGAAAGCCATTCATTAGTAAGA
1 AAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACC-TTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATT-GTAA-A
* * * * *
2815 AAACTTCATTTATTGTTAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTATAAATGGTTTTATAAT
63 AAAATTCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
2880 CTCATAATTGATTTTAATTTGATTTTTTTTATATTTTTGATT
127 CTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGATT
* * * * *
2922 AAAACAGATTGTAATTGAATGTCAATCTCGAGAAATGTGAACAAAAAGGCATTCATTG-ACAAAA
1 AAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGTA-AAAA
*
2986 AATGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
65 AAT-T-CATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
3051 TTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTCATT
127 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATT
** *
3093 AAAACAGGCTATAATTGAATG
1 AAAACAGATTGTAATTGAATG
3114 CTTGTCTCGA
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 49, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 6 0.02
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173 99 0.32
174 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
AAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGTAAAAAA
ATTCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATT
Found at i:3612 original size:171 final size:171
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Indices: 3305--3736 Score: 489
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3295 NNNNNNNNNN
* * *
3305 TTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTGACATTTTTG
1 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
3370 GTGAAAACAGACTACAATTGAATGTCTATCTTGGGGACCATAAAGCAAAAGCAATCTATTGACAC
66 GTTAAAATAGACTACAATTGAATGCCTACCTTAGAGACCATAAAGAAAAAGCAATCTATTGACAA
* **
3435 GAAAAGTCCATTTATTGTCATTGAACCCTT-GAAAAGCCTTA
131 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAACCCTTCG-AAAGCCTTA
* * *
3476 TTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCACATTTCT
1 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTT
* * * *
3541 GGTTAAAATAGACTAC-CTTGAATGCCTACCTTAAGAGA-CGTAAAGGAAAAAGC-ATTTATTGT
65 GGTTAAAATAGACTACAATTGAATGCCTACCTT-AGAGACCATAAA-GAAAAAGCAATCTATTGA
** *
3603 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTCGAAAGCCTTA
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAACCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
3647 TTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTAATTTTAAGGTCAATTATTTTTACATTT
1 TTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTT
* * *
3710 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
63 TTGGTTAAAATAGACTACAATTGAATG
3737 TCAACCTTGA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 33, Indels: 15
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 173 0.79
172 47 0.21
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Consensus pattern (171 bp):
TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTG
GTTAAAATAGACTACAATTGAATGCCTACCTTAGAGACCATAAAGAAAAAGCAATCTATTGACAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAACCCTTCGAAAGCCTTA
Found at i:4685 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3866--5313 Score: 1332
Period size: 172 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
3856 NNNNNNNNNN
* * * *
3866 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTACAAA-ATATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTA-AAACAGATTATAA
* * * ** * ** *
3930 TTGAATGTTTACCTTGGGAAAGGTGAAGAAAAAGAG-AGTCATTGATAAGAAAAG-TCTGTTTAT
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTAT
* * * *
3993 AGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTAACATTAAATGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* *
4037 TTTATAATCTCAAAATTCATTTT-AGTTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATA
* * * * *
4101 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAAAAAAG-TCCTTTAAT
63 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT-AT
** * *
4165 AGTCACTTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGT
* * * *
4209 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTTACTTTTTTGGCTT-AAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-G-TTAAAACAGATTATAA
*
4273 TTAAATGT-TGACCTCGAGAAACATGAA-AAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTAT
64 TTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTAT
* ** * * * * *
4334 GGTTTCTCACTCCTTCAAAAACCTTTTTACTCGCTTTAAATAGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
4378 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACTTTTTATTTAAAATAAATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * * *
4443 TTGAATGTCTACCTCGAGAAATATAAAGAAAAAGGTATTTATTGACCAGAAAACTCCGTTTATAA
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
* * ** * * *
4508 TCACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATCGCTCATTTTAAAAACT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * *
4550 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAACGGATTATAAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAAT
*
4615 TGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* * * * *
4680 CACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACCCAATTTAAATAAT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
4721 TTTACAATCTCATAACTGATTTT-AGATTGATTTTTTTTACATTTTTGATTATAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
4785 TTAAATGTTTACCTTG-GAAA-ATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTAT
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
* * *
4848 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
** * *
4892 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTATTTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTCAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
4957 TTGAATGTCTACCTC-ATCACACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA-TTCTATATAT
64 TTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTAT
* * *
5020 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* **
5064 TTTATAATCTCAAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAAA-AGACAATA
1 TTTATAATCTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTA-AAACAGATTATA
* * * * ** * * *
5128 ATTGAATGTCTACCTCGAGGAACGTAAAGCAAAATCCA-TCTATTGACAAAAAAAGTCCATTTAT
63 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
** ** ** * * *
5192 AGTCACTGAACCCTTGGAAAGCCTTGTTACTTACTTTAAATGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
5236 TTTATAAAT-TAAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTAT-AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
*
5300 TTGAATGCCTACCT
64 TTGAATGTCTACCT
5314 TGAAA
Statistics
Matches: 1046, Mismatches: 195, Indels: 72
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 93 0.09
170 56 0.05
171 418 0.40
172 441 0.42
173 38 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
Found at i:4935 original size:343 final size:336
Alignment explanation
Indices: 3866--5313 Score: 1271
Period size: 343 Copynumber: 4.2 Consensus size: 336
3856 NNNNNNNNNN
* * * *
3866 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTACAAA-ATATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTA-AAACAGATTATAA
* * * ** * ** *
3930 TTGAATGTTTACCTTGGGAAAGGTGAAGAAAAAGAG-AGTCATTGATAAGAAAAGTCTGTTTATA
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * *
3994 GTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTA-CTAACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACCCAA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
*
4058 TT-AGTTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGT-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
192 TTAAG-TT-AATTTTTTTTACATTTTTA-TTATAACA-TATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GA
** * * * *
4121 AACA-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAAAAAAGTCCTTTAATAGTCACTTATTCTTTTAAAA
252 AA-ATTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTT-ATAGTCAC-CATTCTTTCAAAA
*
4185 GCCTTATTACTCGATTTAAATAGT
314 GCCTTATTCCTC-ATTTAAATAGT
* * * *
4209 TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTTACTTTTTTGGCTT-AAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-G-TTAAAACAGATTATAA
* *
4273 TTAAATGT-TGACCTCGAGAAACATGAA-AAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATG
64 TTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
** * * * * ** *
4335 GTTTCTCACTCCTTCAAAAACCTTT-TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
128 GTCACCCATTCCTTC-AAAAGCTTTATTACCCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* *
4399 TTAAGTTAAATTTTTTTATAC-TTTTTATT-TAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAG
192 TTAAGTT-AATTTTTTT-TACATTTTTATTATAACAT--ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-
* * * * * * *
4461 AAATATAAAGAAAAAGGTATTTATTGACCAGAAAACTCCGTTTATAATCACCCATTCTTTCAGAA
252 AAAT-TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAA
* *
4526 GCCTTA-TCGCTCATTTTAAAAACT
314 GCCTTATTC-CTCA-TTTAAATAGT
* * * *
4550 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAACGGATTATAAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAAT
*
4615 TGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
* * * * *
4679 TCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACCCAATTTAAATAATTTTACAATCTCATAACTGATTTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACCCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
* * *
4744 -AGATTGATTTTTTTTACATTTTTGATTATAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAATG
194 AAG-TTAATTTTTTTTACATTTTT-ATTATAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAAT-
* *
4808 TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTT
256 TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCTT
*
4873 ATTCCTCACTTTAAATGGT
319 ATTCCTCA-TTTAAATAGT
** * *
4892 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTATTTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTCAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
4957 TTGAATGTCTACCTC-ATCACACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATTCTATATATA
64 TTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
5021 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTGATT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACCCAATTTAAATAGTTTTATAATCTC-AAAATTGATT
* * * * * ** * * *
5086 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGGAAC
192 TTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTT-ATTATAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAA
* * * *** * * * ** * **
5151 GTAAAGCAAAATCCA-TCTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAACCCTTGGAAAGCC
255 TTGAAGAAAAAGGTATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAGCC
* * * *
5215 TTGTTACTTACTTTAAATGGT
317 TTATTCCTCA-TTTAAATAGT
* * * * * *
5236 TTTATAAAT-TAAAAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTAT-AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
*
5300 TTGAATGCCTACCT
64 TTGAATGTCTACCT
5314 TGAAA
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 160, Indels: 82
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 6 0.01
340 11 0.01
341 236 0.26
342 177 0.20
343 313 0.35
344 152 0.17
345 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACCCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
GTTAATTTTTTTTACATTTTTATTATAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATTGAAG
AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTATAGTCACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTCCTC
ATTTAAATAGT
Done.