Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403034.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_701.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6208
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.31
Warning! 549 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:443 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29--446 Score: 441
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
19 AATTTAAGTT
29 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATGATTCAAAGTGAGTAA-AAGGGCTTATCAAGGTATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-GATTCAAAGTGAGTAATAA-GGCTT-TCAAGGTATGGGTG
* * ** * *
93 ACTATAAGTGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATAGTCA
63 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAGACAGTCA
* * *
158 AATATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAGGTTAATTA
128 AATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGATCAATTA
* * * * *
200 AAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCACGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-GATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGTATGGGTGA
* * * *
265 CCATAAATGGAC-TTTCTTATCAATGTATGGCTTTTACTTCACAT-TTTC-CAAAGTAGACATTC
64 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTT--CATGTTTCTCAAAGCAGACAGTC
** * * *
327 AAATATGGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-ATCCATCTT
127 AAATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGATCAAT-TA
* * * ** * *
370 CAAATTAATTATGAGATTATAAAAGAATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTCA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAG-ATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGTATGGGTGA
435 CTATAAATGGAC
64 CTATAAATGGAC
447 ATCTCTTGCT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 38, Indels: 13
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 128 0.63
171 67 0.33
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAAGATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGTATGGGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAGACAGTCAAAT
ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGATCAATTA
Found at i:2745 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2442--2825 Score: 456
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
2432 NNNNNNNNAG
* * ** * * *
2442 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGCTTAATAAGACTTTCGAAGACTTCAG
1 CTTAAAATTAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGACTTTCAAAGACTTAAG
*
2507 TGATAATAAATGGACTTTTCTTATTAATGCATGGCTTTTGCTTTACATTTACTGAGGCAGACATT
65 TGATAATAAATGGACTTTTCTTATTAATGCATAGCTTTTGCTTTACATTTACTGAGGCAGACATT
* *
2572 CAAATATAATTTTTTTTAACAAAAAAATACAAAAAAATTAAA
130 CAAATATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATACAAAAAAATTAAA
* * * *
2614 CTTAAAATTAATAAGGAGATTATAAATCCATTTAAAACGAGTAAGAAGGCTTTCAAA-AGCTTAA
1 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGCGAGTAAGAAGACTTTCAAAGA-CTTAA
*
2678 GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTT-TTCAATGGATAGCTTTTGC-TT-CATGTTACTAGAGGCTA
64 GTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTATT-AATGCATAGCTTTTGCTTTACAT-TTACT-GAGGC-A
* * * *
2739 -ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAA
124 GACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTAAA
*
2785 CTTAAAACTAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAG
1 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGCGAG
2826 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 23, Indels: 17
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 65 0.36
172 111 0.61
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGACTTTCAAAGACTTAAGT
GATAATAAATGGACTTTTCTTATTAATGCATAGCTTTTGCTTTACATTTACTGAGGCAGACATTC
AAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTAAA
Found at i:3313 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2983--6208 Score: 2566
Period size: 170 Copynumber: 18.9 Consensus size: 169
2973 AACTATAAAA
* * * *
2983 CAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAA-GACTTTCGAAGACT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GGAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGCT
* * * * * * * *
3047 TGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCTCCATGTTTCCCAGGGTAAA
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA
* * * *
3112 TAGTCAAATATAATTTATTTTAATC-AAAATATGAAAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAATT
* * * *
3153 CAATTTAAAACCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGATTTCGAAGGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* ** * * * * *
3218 GAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGACGCAGAC
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * *
3283 ATTC-AGTATCATATATTTTAATCGAAAATATAAAAAAATT
130 ATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAATT
* * * * ** * * * **
3323 TAACTTAAATTCAAGTATGAGACTATAAAATAATTTTAAGTGAATAAT-ATGACTTTTAAAGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGCT
* * * * * **
3387 TGAATGACTATAAATGGACTTATCTT-ACTAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTCC-ATAGGCA
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGCA
* * * * * *
3450 GACATTTAAATATATTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
127 GACATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATATGAAAAAATT
* * * * * * *
3494 CAACTTAAAATCAATAATGACAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
3559 AAATGGCTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGTTTTTGCCTT-ACGTTTCCCAAGGCAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCTAAGGCAGA
* * * * *
3623 TAGTCAAACATAATATGTTTTAACTAAAATGTGAAAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
* * * *
3664 CAGCTTAAAGTCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTG
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * * * *
3729 GAGTGACTACAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGC-TCATGTTTCC-ATAGGTAAA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGA
* * *
3792 CATTTAAATATAATATGTTTTAAACAAAAAGATAAAAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTT-AACAAAAATATGAAAAAATT
* * * * * * **
3834 CAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGATTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * ** * * * * *
3899 GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGATTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGCCAGAT
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * ** * *
3964 AGTCAAATATAATCTATTTTAACCGAAATGTAAAAAAATT
130 ATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
* *
4004 CAATTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCT
1 CAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCT
* * * ** * * * * *
4068 TGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCATACGCTTTACGTTTTCTAATGTAGA
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA
** * * * *
4133 CATTCAGTTATCATATATTATAACAAAAAATATAAAAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATATGAAAAAATT
** * * * * ** * * *
4175 TGACTTACATTCAAGTATGAGAATATAAAATAATTTAAAGCGAATAAT-ATGACTTTTGAAGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGCT
* * * * * *
4239 TGAATGACTATAAATAGACTTATCTT-ACTAATGGATGGCTTTTACTT--TGCATTTCC-ATAGC
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATG--TTTCCTA-AGG
* * * *
4300 CAGACATTTAAATAT-A-CTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAACAAT
125 CAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATG-AAAAA-ATT
* * * **
4344 CAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * * ** **
4409 AAGTGGCTATAAGTGGACATTTT-TTGTCAATGGATGTTTTTTGCCTT-ATGTTTCCCGAGGCAG
65 GAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCTAAGGCAG
* * *
4472 AC-TATCAAATATAATATGTTTTAGCTAAAATGTG-AAAAATT
128 ACAT-TCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
* * * *
4513 CAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAAGATTTCAAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * * *
4578 GAGTGACAATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATAGTTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTAGAT
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * *
4643 AGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAATGTGAAAAAATT
130 ATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
* *
4683 CAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGATTTCAAAGGCT
1 CAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCT
* ** * * * * * * *
4747 TGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTATCCATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTCCCAATGCAGA
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA
*** * * *
4812 CATTCGGTTATCATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATAT-GAAAAAATT
* * * * * * * * * * *
4855 TAACTTAAATTCAAGTATGAGACTATAAAACAATTTGAAGTGAATAATATGGCTTTTGAAGGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * ** * * * *
4920 GAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCGTTTACTTTACATCTTT-AT-AGGCAG
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCCTAAGGCAG
* * * * *
4983 GCATTTAAATATATTCTGCTTTAACTAAAAATAT-AAAACAATT
128 ACATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATATGAAAA-AATT
* * * * * * *
5026 CACCTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
5091 GAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTTACCTT-ACGTTTCCCAAGGCAAA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCTAAGGCAGA
* * * * *
5155 TAGTCAAATATAATATGTTTTGACTAAAATATGATAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
* * * *
5196 CAACTTAAAGTCAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGATTTCGAAAGCTA
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCT-
* * * * *
5261 CG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT-CTATAAGCAA
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGCAG
*
5324 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
128 ACATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAATT
* * * *
5367 TAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * ** *
5432 GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGATTTTTGCCTCATGTTT-CTCAAGGCAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGA
* * * *
5496 TAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAATATGAAAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
* * * * * *
5537 CAATTTAAAA-CTAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAGTAAGGATTTCAAAAGCT
1 CAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCT
* * *
5601 TGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCCTGTTTCC-AGACGCAG
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGCAG
** ** * * *
5665 ACATTCAGTTAGCATATATTTTAACTGAAAATATAAAAAAATT
128 ACATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATATGAAAAAATT
* * * * * * * * * *
5708 CAATTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATATA-GCTTTTGAAGGCC
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATA-AGGATTTCGAAGGCT
* * ** * **
5772 TGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCC-ATAGGCAG
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGCAG
* * * * *
5836 ACACTT-AAATATATTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
128 ACA-TTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAATT
* * * * * * *
5879 TATCTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
5944 GAGTGGCTATAAATGGAATTCTCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCCTT-ACGTTTCCTAAGGCAGG
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCTAAGGCAGA
* * *
6008 CAGTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAATGTGAAAAAATT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
* * * * * *
6049 CAACCTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACTATTTAAAGGAAGTAATAAGGATTTCGAAAGCTA
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGG-AGTAATAAGGATTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
6114 CAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATAGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCATAA-GCAAA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-TAAGGCAGA
**
6178 CATTTGAATATAATATGTTTTAACCAAAAAT
129 CATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAAT
Statistics
Matches: 2418, Mismatches: 554, Indels: 167
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 18 0.01
169 300 0.12
170 1114 0.46
171 835 0.35
172 142 0.06
173 3 0.00
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA
TTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATT
Found at i:3662 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2983--6208 Score: 2622
Period size: 341 Copynumber: 9.5 Consensus size: 342
2973 AACTATAAAA
* * * * *
2983 CAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGACTTTCGAAGACTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTT
* * ** * * * *
3048 GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGTTTTTGCTCCATGTTTCCCA-GGGTAA
66 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-CCATAGGCAG
* * * * * * * * *
3111 ATAGTCAAATATAATTTATTTTAA-TCAAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATGATGAGA
130 ACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
* * **
3175 TTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGATTTCGAAGGTTTGAGTGACAATAAATAAACTTT
195 TTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *** * * * * *
3239 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTTGACGCAGACATTC-AGTATCATATATTTT
259 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCAAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTT
* *
3302 AATCGAAAATATAAAAAAATT
323 AA-CTAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ** * * * * **
3323 TAACTTAAATTCAAGTATGAGACTATAAAATAATTTTAAGTGAATAATATGACTTTTAAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTT
* * * *
3388 GAATGACTATAAATGGACTTATCTTACT-AATGGATGGCTTTTACTTTACATTTCCATAGGCAGA
66 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAGA
* * * * *
3452 CATTTAAATATATTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGACAG
131 CATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * * * * *
3517 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGTTTAAATGGCTATAAATGGACTTTTA
196 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
3582 TTGTCAATGAATGGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGATAGTCAAACATAATATGTTTTAAC
261 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAAC
*
3647 TAAAATGTGAAAAAATT
326 TAAAATGTAAAAAAATT
* * *
3664 CAGCTTAAAGTCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGC
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAA-GACTTTCGAAGGC
* * * * * * * *
3727 TGGAGTGACTACAAGTGGACTTTTCTT-GTCAATGGATGACTTTTGC-TCATGTTTCCATAGGTA
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCA
* * * *
3790 AACATTTAAATATAATATGTTTTAAAC-AAAAA-GATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATG
129 GACATTCAAATATAATATATTTT-AACTAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* * * *
3853 AGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGATTTGAGTGGCTATAAATGGAC
192 AGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * *
3917 TTTTCTTATCAATGGATGATTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGCCAGATAGTCAAATATAATCTATT
256 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTT
**
3982 TTAACCGAAATGTAAAAAAATT
321 TTAACTAAAATGTAAAAAAATT
* * *
4004 CAATTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGC
1 CAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTCGAAGGC
* * * ** * * *
4067 TTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCATACGCTTTACGTTTTC-TAATGT
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCAT-AGGC
** * * * * ** * *
4130 AGACATTCAGTTATCATATATTATAACAAAAAATATAAAAAAATTTGACTTACATTCAAGT-ATG
128 AGACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAATG
* ** * * * * * * *
4194 AGAATATAAAATAATTTAAAGCGAATAATATGACTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATAGACT
192 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * *
4259 TATCTT-ACTAATGGATGGCTTTTACTTTGCATTT-CCATAGCCAGACATTTAAATAT-A-CTGT
257 TTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AGGCAGACAGTCAAATATAATATGT
*
4320 TTTAACCAAAAATGTAAAAACAA-T
320 TTTAA-CTAAAATGTAAAAA-AATT
* * * **
4344 CAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTT
* * * * ** * * **
4409 AAGTGGCTATAAGTGGACATTTT-TT-GTCAATGGATGTTTTTTGCCTTATGTTTCCCGAGGCAG
66 GAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAG
* * * * *
4472 AC-TATCAAATATAATATGTTTTAGCT-AAAATGT-GAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAG
130 ACAT-TCAAATATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG
* * * * * * * *
4534 ATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAAGATTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGAACTTT
194 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
4599 TCTTATCAATGGATAGTTTTTGCATCACGTTTCCCAAGGTAGATAGTCAAATATAATCTGTTTTA
259 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTA
* *
4664 ACCAAAATGTGAAAAAATT
324 ACTAAAATGTAAAAAAATT
* *
4683 CAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGA-TTTCAAAGGC
1 CAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTCGAAGGC
* ** * * *
4746 TTGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTA-TCCATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTCCCA-ATGC
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-CCATAGGC
*** * * * *
4809 AGACATTCGGTTATCATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAATTCAAGT-AT
128 AGACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAAT
* * * * * * * *
4873 GAGACTATAAAACAATTTGAAGTGAATAATATGGCTTTTGAAGGTTTGAATGACTATAAATGGAC
191 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * * * * * *
4938 TTATCTTACCAATGGATGGCGTTTACTTTACATCTT--TATAGGCAGGCATTTAAATATATTCTG
256 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGT-TTCCCA-AGGCAGACAGTCAAATATAATATG
* * *
5001 CTTTAACTAAAAATATAAAACAATT
319 TTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATT
* * * * ** * *
5026 CACCTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
5091 GAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTT-GTTAATGGATGGTTTTTACCTTACGTTTCCCA-AGGCAA
66 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-CCATAGGCAG
* * * * * * *
5154 ATAGTCAAATATAATATGTTTTGACTAAAATATG--ATAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
130 ACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG
* * * * * **
5217 TTTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGATTTCGAAAGCTACG-GTGACTATAAATGGACTT
194 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
5281 TTCTTGTCAATGGATGACTTTTG-CTTCACGTTT-CTATAAGCAAACATTCAAATATAATATGTT
258 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCA-AGGCAGACAGTCAAATATAATATGTT
* *
5344 TTAACCAAAAATATAAAAAAATT
321 TTAA-CTAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
5367 TAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTT
* ** * * *
5432 GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGATTTTTGCCTCATGTTTCTCA-AGGCAG
66 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTC-CATAGGCAG
* * * * * * * *
5495 ATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAATATG--AAAAAATTCAATTTAAAA-CTAATTATAA
130 ACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATAATGA
* * * * * * * *
5557 GATTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAGTAAGGATTTCAAAAGCTTGAGTGACAATAAATGGACTT
193 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** ** *
5622 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCCTGTTT-CCAGACGCAGACATTCAGTTAGCATATATT
258 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTAC-GTTTCCCA-AGGCAGACAGTCAAATATAATATGTT
*
5685 TTAACTGAAAATATAAAAAAATT
321 TTAACT-AAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * * * *
5708 CAATTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATATAG-CTTTTGAAGGCC
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGACTTTCGAAGGCT
* * *
5772 TGAATGACTATAAATGGACTTATCTTAC-CAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCCATAGGCAG
65 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAG
* * * * * *
5836 ACACTT-AAATATATTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTATCTTAAAATTAATAATGAG
130 ACA-TTCAAATATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG
* * * * *
5900 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGAATTC
194 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
5965 TCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCTAAGGCAGGCAGTCAAATATAATATGTTTTA
259 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTA
*
6030 ACTAAAATGTGAAAAAATT
324 ACTAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
6049 CAACCTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACTATTTAAAG-GAAGTAATAAGGA-TTTCGAAAGC
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAA-GACTTTCGAAGGC
** ** * * * * *
6112 TACAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTGTTAATAGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCATAAGCA
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCA
* ** * *
6176 AACATTTGAATATAATATGTTTTAACCAAAAAT
129 GACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAAAT
Statistics
Matches: 2309, Mismatches: 498, Indels: 157
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 112 0.05
339 154 0.07
340 575 0.25
341 1039 0.45
342 276 0.12
343 149 0.06
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTT
GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAGA
CATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAAC
TAAAATGTAAAAAAATT
Done.