Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403038.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_705.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24854
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.27
Warning! 5353 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2044 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1755--2129 Score: 429
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
1745 NNNNNNNNNN
* *
1755 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGA-TTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAATCTATAAT
1 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATAATCTATAAT
* * * * * * *
1818 TGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTA-TAG
65 TAAATGACTAACTTGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTTATTA-
* *
1882 TCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTT
129 TCACTCAAGCTATTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGATT
* * *
1926 TATATTCTCATAATTCATTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAAT-ATGTTATAAT
1 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATAAT-CTATAAT
* * * ***
1990 TAAATGACTAAC-TGAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTTGTTAGAGAAAAAAGTCCATTTATTA
65 TAAATGACTAACTTG-GAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTTATTA
* * * *
2054 TTACTTAAGCTATTGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATT
129 TCACTCAAGCTATTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGATT
*
2098 TGT-TCTCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATT
1 TATAT-TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT
2130 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 27, Indels: 12
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 30 0.18
172 134 0.79
173 6 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATAATCTATAATT
AAATGACTAACTTGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTTATTATC
ACTCAAGCTATTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGATT
Found at i:3145 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2758--3145 Score: 412
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
2748 TCTACCCTTG
* * * *
2758 GAAACATAAAGCAAAAGCCATCTAT-TGGAGAGAAAAGTCCATTTA-TATTCACTGAAGCCTTTG
1 GAAACATGAAGC-AAAGCCATCGATAGGGA-AGAAAAGTCCATTTATTATTCACTGAAGCCATTG
* * * * *
2821 AAAGCTTCACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
64 AAACCTTCACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTT
* * * **
2886 ACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTGACTTGG
129 ACATTTATGGTTAAAATATGCTAAAATTGAATGACTGACTTAA
* * * * * *
2929 GAAACGTGAATCAGAAGCCATTCGTTAGAGCA-AAAAGTCCATTTATTA-TCACTTAAGCCATTG
1 GAAACATGAAGCA-AAGCCA-TCGATAGGGAAGAAAAGTCCATTTATTATTCACTGAAGCCATTG
* *
2992 AACACCTT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-TCTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAA-TTG
64 AA-ACCTTCACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAT-TCTCATAATTGATTTGAAGTT-GAATTTG
* *
3054 TTTACATTTATGGTTAAAATATGCTAAAATTGAATGCCTGCCTTAA
126 TTTACATTTATGGTTAAAATATGCTAAAATTGAATGACTGACTTAA
* * *
3100 GAAATATGAAGCAAAGGCCATCGATAGGGAAGAAAACTGCATTTAT
1 GAAACATGAAGCAAA-GCCATCGATAGGGAAGAAAAGTCCATTTAT
3146 AGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 32, Indels: 18
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.07
171 150 0.85
172 13 0.07
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGCAAAGCCATCGATAGGGAAGAAAAGTCCATTTATTATTCACTGAAGCCATTGAA
ACCTTCACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTTAC
ATTTATGGTTAAAATATGCTAAAATTGAATGACTGACTTAA
Found at i:5472 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5008--6305 Score: 1121
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
4998 NNNNNGAGAC
* * * * *
5008 AGACATTCAATTATATCATTTTTTAAC-CAAAATGGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAAT-TATTAC
1 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * *
5070 GAAAATATAAAAGCTTTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTAAG-CAGCTATAAATGCA
64 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATGGA
* * * ** ** * *
5134 CTTTTGTCCCCT-ATGCATGGCTTTTAATTCATATTTCTTGAGGCA
128 CTTTTCT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-A
* * * *
5179 A-ACATTCAATTTTAGCATATTTTAACCATAAATGT--AAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATG
* * * *
5241 AGAGA-ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCAATGGCTTAAGTGA-TAATAAATGGA
65 AGA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGA
* * * * **
5304 CTTTTTTCTCTAATGAATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTGAGTT
128 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGA
** * * ** *
5348 ATTCATTCAATTATAACATACTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTCGAATCAATTATTA
1 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
5413 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAGTT
66 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
5478 TTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGT
131 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGA
* * *
5519 AGACATTCAATTATAGA-TTTTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACCTAAAATCAATTA
1 AGACATTCAATTATA-ACATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTA
* * * **
5581 TGATAATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACAGA
63 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
5646 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTCCTTCACATTT-TTCATGGC
128 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGA
** * * * * * *
5690 AGACATTCAATTATGGCATATGTTAAAC-AAAAATGTAGAACAATCCAACTTAAAACCAATTCTG
1 AGACATTCAATTATAACATAT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
5754 AGAATATCAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCCT-ACATGACAATGAATAGAC
65 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGAC
* * * * *
5818 TTTCCTCACAAATGGATGGCTTGTCCTTCACGTTTCCTAAGGA
129 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGA
* * * *
5861 AAACATTCAATTAGAACATATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTGAAA-CTAATTATG
1 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATG
* * * *
5925 AGAATATTAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGTTTTCAAAGGCTT-ACGTGACTATAAATGGAC
65 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGAC
* * * * *
5989 TTTGCTCTCAAATGGATGGCTTTTACTTCATGTGTCCTAA-GA
129 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGA
* * * * * * * *
6031 CAGGCATTCAATTATATCATATTTTAA-TCGAAAATATAAAAAAGTCCAACTTAAAATTAATTAC
1 -AGACATTCAATTATAACATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
6095 AAAAATAAAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGGCTATAAATGCAC
64 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
6160 TTTTCTCCCTCATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TTCAAGGA
129 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGA
* * * * *
6203 AGACATTCAATT-TCAACATATTTTAACCATAAATATAAAAAAATCCAATTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTAT-AACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
6267 AGAGA-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
65 AGA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
6306 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 181, Indels: 66
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 18 0.02
170 149 0.16
171 721 0.79
172 20 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGA
Found at i:5979 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 5004--6305 Score: 1502
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 506
4994 NNNNNNNNNG
* *
5004 AGACAGACATTCAATTATATCATTTTTTAA-CCAAAATGGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTATT
1 AGACAGACATTCAATTATATCATTTTTTAATCAAAAAT-GTAAAAAAATCTAACTTAAAATAATT
* * * * *
5068 ACGAAAATATAAAAGCTTTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGCAGCTATAAATGC
65 ACGAAAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGGA-CTATAAATGC
* * * * *
5133 ACTTTTGTCCCCTATGCATGGCTTTTAATTCATATTTCTTGAGGCAAACATTCAATTTTAGCATA
129 ACTTTTCT-CCCTATGGATGGCTTTTACTTCATATTT-TTCAGGCAGACATTCAA-TTTAGCATA
* *
5198 TTTTAACCATAAATGTAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAGAATAAAATCATTTAAAGC
191 TTTTAACCATAAATGTAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAGAATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * ** * * *
5263 GAGTAATAAGGCATTCAATGGCTTAAGTGATAATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGAATGGCTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCCTAAGTGACAATAAATAGACTTTCCTCACAAATGAATGGCTTG
* * * ** ** * *
5328 TGCTTTACGTTTCCTGAGTTATTCATTCAATTATAACATACTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATT
320 TCCTTCACGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAGAACATACTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
5393 CAACTTCGAATCAATTATTAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTT
385 CAACTTCGAAACAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
* * * * * *
5458 GAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCA
450 GAGTGACTATAAATGGACTTTGCTCTCAAATGGATGGCTTTTACTTCATGTGTCCCA
** * *
5515 AGGTAGACATTCAATTATA-GATTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACCTAAAATCAAT
1 AGACAGACATTCAATTATATCA-TTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-AAT
* * * * * * *
5579 TATGATAATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACA
64 TACGAAAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-GACTATAAA-T
* * * *
5644 G-ACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTCCTTCACATTTTTCATGGCAGACATTCAATTATGGCA
127 GCACTTTTCTCCCT-ATGGATGGCTTTTACTTCATATTTTTCA-GGCAGACATTCAATT-TAGCA
* * * * * * *
5708 TATGTTAAACAAAAATGTAGAACAATCCAACTTAAAACCAATTCTGAGA-ATATCAAACCATATA
189 TATTTTAACCATAAATGTA-AA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAGA-ATAAAACCATTTA
* *
5772 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCCTACA-TGACAATGAATAGACTTTCCTCACAAATGGATG
251 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCCTA-AGTGACAATAAATAGACTTTCCTCACAAATGAATG
* *
5836 GCTTGTCCTTCACGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAGAACATATTTTAACTAAAAATGTAAGA
315 GCTTGTCCTTCACGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAGAACATACTTTAACTAAAAATGTAAAA
* *
5901 AAATTCAACTT-GAAACTAATTATGAGAATATTAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGTTTTCAA
380 AAATTCAACTTCGAAAC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAA
*
5965 AGGCTT-ACGTGACTATAAATGGACTTTGCTCTCAAATGGATGGCTTTTACTTCATGTGTCCTA
444 AGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTGCTCTCAAATGGATGGCTTTTACTTCATGTGTCCCA
* * * * * *
6028 AGACAGGCATTCAATTATATCATATTTTAATCGAAAATATAAAAAAGTCCAACTTAAAATTAATT
1 AGACAGACATTCAATTATATCATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATT
* * *
6093 ACAAAAATAAAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGGCTATAAATGC
65 ACGAAAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-GACTATAAATGC
* * * * *
6158 ACTTTTCTCCCTCATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTTCAAGGAAGACATTCAATTTCAACATA
129 ACTTTTCTCCCT-ATGGATGGCTTTTACTTCATATTTTTC-AGGCAGACATTCAATTT-AGCATA
* * *
6223 TTTTAACCATAAATATAAAAAAATCCAATTTAAAATCAATTATGAGAGAATAAAACTATTTAAAG
191 TTTTAACCATAAATGT--AAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAGAATAAAACCATTTAAAG
6288 CGAGTAATAAGGCTTTCA
254 CGAGTAATAAGGCTTTCA
6306 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 114, Indels: 42
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 54 0.08
512 125 0.19
513 465 0.71
514 9 0.01
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (506 bp):
AGACAGACATTCAATTATATCATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATAATTA
CGAAAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGGACTATAAATGCAC
TTTTCTCCCTATGGATGGCTTTTACTTCATATTTTTCAGGCAGACATTCAATTTAGCATATTTTA
ACCATAAATGTAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAGAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAAGCCTAAGTGACAATAAATAGACTTTCCTCACAAATGAATGGCTTGTCCTTC
ACGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTAGAACATACTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
CGAAACAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
CTATAAATGGACTTTGCTCTCAAATGGATGGCTTTTACTTCATGTGTCCCA
Found at i:7428 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7224--7959 Score: 594
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
7214 NNNNNNNTTT
* * *
7224 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGACTTGAAGTTAGATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTCTTTT
* * * * * *
7289 ACATTTTTTGTCAAAATATATTATAATTGAATCTTTACCTTGA-GAAACGTGACATAAAAGCTAT
66 ACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTCAGGAAAC-TGA-ACAAAAGCTAT
7353 CCATCAGGGAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCAAGCCTTTG
129 CCATCAGGGAGAAAAGTTCATTTATAA-CACTCAAGCCTTTG
* * * * *
7395 AAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTAAAGTTGGA-TCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTCTTTT
* * * *
7459 AACATTTTT-GT-GAAATATGCTATAATTGAATGTCTA-TTTCAGGAAATCT-AAGGCAAAA-TT
66 -ACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTCAGGAAA-CTGAA--CAAAAGCT
** * * * *
7519 ATCCA-CTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAACCCTCCACGCTTTTG
127 ATCCATC-AGGGAGAAAAGTTCATTTATAACACT-CAAGCCTTTG
* * * ** *
7563 AAAGCTTTACTACCCATTTTAAATGGTTTTATTTTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATT-TTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTCTTT-
* * * *
7627 AAAATTTTTGGTTC-AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
65 TACATTTTTGG-TCAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTCAGGAAAC-TGAA-CAAAAGCT
* *
7690 ATCCAT--GGGAAAGAAAAG-TCTATTTATAGCCACTAAAGCCTTTG
127 ATCCATCAGGG--AGAAAAGTTC-ATTTATA-ACACTCAAGCCTTTG
* * * * *
7734 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATATTCCCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTCTTTT
* * *** * *
7799 ATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAACAAAATTTCTACC-TC-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
66 ACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTCAG-GAAAC-TGAA-CAAAAGCTA
* * ** * **
7862 TCCATTAGAGCTAAATG-TCTACTTATAGTAACA--CAAATCTTTG
128 TCCATCAGGGAGAAAAGTTC-A-TT-TA-TAACACTCAAGCCTTTG
* *
7905 AAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-TCTCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT-TCTCATAATTGATTTTAAGTT
7960 GGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 79, Indels: 60
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 95 0.21
169 33 0.07
170 51 0.11
171 256 0.56
172 8 0.02
173 6 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTCTTTT
ACATTTTTGGTCAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTCAGGAAACTGAACAAAAGCTATCC
ATCAGGGAGAAAAGTTCATTTATAACACTCAAGCCTTTG
Found at i:13261 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12743--13263 Score: 607
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
12733 ATAGATGGCT
* * * *** *
12743 TTTGCATCATGTTTCTCGAGGT-CGACATTTAATTACAATATATTTTGGTTAAAAATAAAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAC-ACATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * **
12807 ATCCAACTTGAAATCAATTATGAGAATATAAAAGCACCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAA
65 ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * **
12872 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGATT
130 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCACTCTAATGGATGACG
* * * ** * * * *
12914 TTTACTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGA-ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTTAATTATA-ATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * *
12978 ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAGA-ATAAAACCATGTAAAGCGACTAATAAGACTTTCAAAG
65 ATCTAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * *
13042 GCTTGTGTTACTATAAATAGACTTTTCACTCTAATGGATGATG
129 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCACTCTAATGGATGACG
*
13085 TTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTACATATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
1 TTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
13150 TCTAATTTAAAATTAATTATGAGAATATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGC
66 TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * *
13215 TTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCGCTCTAATGGATGGCG
131 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCACTCTAATGGATGACG
13256 TTTGCTTC
1 TTTGCTTC
13264 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 55, Indels: 10
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 286 0.99
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
TCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCACTCTAATGGATGACG
Found at i:14538 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 13906--24597 Score: 9580
Period size: 342 Copynumber: 31.2 Consensus size: 339
13896 TAAAAGGCTT
* * * * * * *
13906 GACATTCAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATGTTAAACAATTCAACTTGAAATCAATTATGA-
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * *
13970 AAGAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCTGTTACTGTAAATTGACTT
66 AA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGCTT
* * * * ** * * * *
14035 TTCACTCTAATAGATGGATTTTGCTTCACATTTATTGAGGTAGATACTCACTTATAACATATTTT
129 TTC-TTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * ** * * *
14100 AACCACAAATGTAAAACAATTCATGTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTAAAAGTGAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
14165 TAATAAGCCTTTCAAAGGCTTAAATGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCATAGATGGCTTTTGC
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGC
* *
14230 ATCACGTTTCTTAAGGCT
322 TTCACGTTTCTTAAGGCA
* * ** * * *
14248 GACATTAAATTATAGA-GTATTTTAACCTGAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAA
1 GACATTCAATTATA-ACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** *
14312 GAATATAAAACCGTTTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGCTTG-GTAATAAATGGCTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGCTT
* * * * * * * ***
14376 TTCTTGCGAATGGATGGTTTTTGCATCATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATGGTATATTTT
129 TTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * *
14441 AACCAAAAATGCAAAACAAATCCTACTTTAAATCAAATATGAGAATATAAAACCATTTAATAG-T
193 AACCAAAAATGTAAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAA-AGCG
* * * **
14505 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGACAGCTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* * * *
14570 CCTTCACGTTTCCTATGGAA
320 GCTTCACGTTTCTTAAGGCA
** * *
14590 GACATTCAATTATGGCATATTTTCAA-CAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATGA
1 GACATTCAATTATAACATATTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
14654 GAATATAATATCATTTAGAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTATAAATAGACTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTT
* * * * * *
14719 TTCTTGTCAATGAATAGCTTTT-CTTTCACGTTTCCTCAGGTAGATATTCAATTATAATATATTT
129 TTCTTCT-AATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTT
* ***************************
14783 TAACTAAAAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
192 TAACCAAAAATG--------------------------TAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTA
***********************************************
14848 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATAGA
231 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GA
* * * *
14913 CTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTCATGGTA
295 CTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTT-AAGGCA
* * ** ** *
14958 AACAATCAATTATAACATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAGTTCCAACTTAAAACCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
15023 AATATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTT
** * * *
15088 TCTCTCCCATAGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAGGCTA-ACATTCAATTATAGA-ATATTT
130 TCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATA-ACATATTT
** * * * ** *
15151 TAACCTGAAATGTAAAAAATTCCAACTT-AAATCAATTATAAGAATATAAAACCGTTTAAAATGT
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
15215 GCAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGCGTG-GTAATAAATGGCTTTTCT-TGCGAATGGATGGCTTTT
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTT
* *
15278 GCTTCA--TTATTTTGAGGCA
320 GCTTCACGTT-TCTTAAGGCA
* ** * * **
15297 AACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGCAAAACAAAAT-CATATTTCGAATCAATTAT
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG-TAAA-AAAATCCA-ACTTAAAATCAATTAT
* * *
15361 GAGGATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGAC
63 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-C
* * * * * * * * ***
15426 TTTTTTCTCTAATGGATAGCTTTTCCTTCACGTTTCCCATGGCAGAAATTCAGTTATGGTATATT
127 TTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATT
* * * *
15491 TTAAACAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCG
191 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
15556 AGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGCCGTGACTATAAATAGACTTTCCTCAT-CAATGGATGGC-T
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAAT-GACTTTTCTC-TCCAATGGATGGCTT
* *
15619 TTGCCTTCACGTTT-TATGATGCA
318 TTG-CTTCACGTTTCT-TAAGGCA
* * * * *
15642 GACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTGAAA-CAAACTATGA
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGA
* * * * * *
15706 TAATACAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTATAAATAGACTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTT
* * * * *
15771 TTCTCCATAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGATATTCAATTATATCATATTTT
129 TTCTTC-TAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * * * * *
15836 AACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTAATTATGA-AA-AAAAAATCTTTTAAAGTGAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * *
15899 TTATAAGGCTTTCAAAGGCTTTAACGACTATAAATGCACTTTTCTC-CACTATAGATGGCTTTTG
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTC-CAATGGATGGCTTTTG
* * *** *
15963 CTTCATGTTGCCCGAGGTA
321 CTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * *
15982 GACATTCAATT-TGAACATATTTTAACCATAAATAT-AAAGAATCCAACGTAAAATCAATTATGA
1 GACATTCAATTAT-AACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
16045 GAGA-ATAAAACCAATCAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGA-TAATAAATGGAC
65 GA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGG-C
* * * * * * * * * *
16108 TTTTTTCTCTAACGAATGGTTTTTGTTTCATGTTTTCTGA-GTCAGTCATTCATTTATAACATAT
127 TTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGT-AGACATTCAATTATAACATAT
* * *
16172 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTCAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGC
190 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* *
16237 GAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * *
16302 TGCTTTACGTTT-TCCAAGGTA
319 TGCTTCACGTTTCT-TAAGGCA
* * **
16323 GACATTCAATTATAGA-ATATTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCGTG
1 GACATTCAATTATA-ACATA-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* *
16387 AGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACT
64 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCT
* * * * * *
16452 TTTCTCTGTAATAGATGGCTTTTGCATCACGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAACATAGT
128 TTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATT
* * * * * * *
16516 TTGACTAAAAATGTAAAAGAATCCAACTTCAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCA
191 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* *
16581 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* *
16646 TCTTCACGTTT-TCTATGGCA
320 GCTTCACGTTTCT-TAAGGCA
*** ** * * * * *
16666 GACATTCAATTATGGTATATTTTAAGGAAAAATATGAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATGAT
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
16731 AATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAATGGCTTGCA-TGACTATAAATGGACTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGG-CTT
* * * * * *
16795 TTCTGACCAATGGATGGCTTTTCCTTCACATTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATCACATTTTT
129 TTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGTAGACATTCAATTATAACATATTT
* * * **
16859 TAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATAAATTTTGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGA
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
16923 TTAATAAAGCTTTCAAAGGCTT-ACGTGACTATAAATGCACTTTCCTCACTAATGGATGGCTTTT
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* ** * *
16987 GCTTTACGTTTCCCATGACA
320 GCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * **
17007 AACATTCAATTATATCATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAAATCTC-ACTTAAAATTAATTACA
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATC-CAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * ** *
17071 AAAATAAAAAATC-TTTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAACGACTATAAAT-ACA
64 AGAATATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGC-
* * *
17134 GTTTTCTCCCCT-ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTTTAACATA
127 -TTTTCT--TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATA
* * * * *
17198 TTTTAACCATAAATAT-AAAAAATCCAACGTAAAATCAATTATGAGAGA-ACAAAACTATTTAAA
189 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
17261 GCAAGTAATAAGCCTTTCAATGGCTTGAGTGA-TAATAAGTGAACTTTTCTCTCTAATGCATGGC
253 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGC
* **
17325 TTTTGCTTCACGTTTCCCT-AGTTA
316 TTTTGCTTCACGTTT-CTTAAGGCA
* * * * *
17349 GTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATCTAACTTCAAATAAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * **
17414 AATATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATGAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTAAATATAAATAAACTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTT
* * * * *
17479 TCTCTCCAATCGATGGCTTCTGCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGA-ATATTTT
130 TCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATA-ACATATTTT
* *
17543 AACCCAAAATGTAAAAAAATCCAAC-TAAAATCAATTATGAGAGA-ATAAAAACATTTAAAGCGA
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * *
17606 CTAATAAGGCTTTTTAAAGGCTTGAGTGGTTATAAATAGACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTT
257 GTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* * *
17671 GCTTCATGTTTCTCAAGGTA
320 GCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * ** *
17691 AATATTTAAGCATAACATATTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA-CAAATTATGA
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGA
* * *
17755 GAATATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTT
* * * * * **
17820 TTCTCTATAAT-GATTGGCTTTTGTGTTC-CGTTTCTTGAGGCT-GAAATTCAATTATAGTATAT
129 TTCT-TCTAATGGA-TGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATAACATAT
* * * * *
17882 TTGAACCAAAATTGTAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAAAAAATAAAACCATTTAAAGC
190 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
17947 GACTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTTGTTACTATAAATAGACTTTTCACTCAAATAGATGGCTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * *
18012 TGCTTCATGTTTCTTGAGGTA
319 TGCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * * *
18033 GATACTGAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATTATTTATGA
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
** *
18098 GAATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCCTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTT
* * * * * * * * *
18163 TTCGCTCTAATGGATGGATTTTACTTTACATTT-CTCGAGGCAGACAATCAAATATAACATATTT
129 TTC-TTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTT
** * * *
18227 TAACCAAAAAACT-AAAAGATCCAACTTAAAACCAATTAAGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
18291 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGCAGTTTTTTCCCCTATGGATGACTTTTG
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
*
18356 CTTCATGTTTGC-TAAGGCA
321 CTTCACGTTT-CTTAAGGCA
* * * * *
18375 AACATTCAATTGTAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAACCCAACTTAAAATCAATTATAAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
18440 AGA-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACT
66 A-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CT
* * * * *
18504 TTTC-TCTAAAACGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTGAGTTAGTCATTCAATTATAACATATT
128 TTTCTTCT--AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATT
* * * * *
18568 TTAACCAGAAATGTAAAAAATTCTAAGTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-CT
191 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-
* * *
18632 GAGTAATAAGGCTTCCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * *
18697 TGCTTTACGTTTCTCAA-GTA
319 TGCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * *
18717 AACATTCAATTATAGA-ATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTCAAAATCAATTTTGA
1 GACATTCAATTATA-ACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
18781 GAGA-ATAAAACTATTTAAGGCGAGTAAT-AGGACTCTCAAAGGC-TGAAGTGACTATTAATAGC
65 GA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGC
* * * *
18843 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATT
127 TTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATT
* ** * *
18908 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAGTTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAACG
191 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
18973 AGTAATAAGACTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGA-GTTTCT-TGCCCATGGATGGCTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTT
* *
19036 TGCTTCACGTTTCGTAAGCCA
319 TGCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * *
19057 AAAAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAGCTTCAACTTAAAATCAATTATG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA--TCCAACTTAAAATCAATTATG
* * *** * * * *
19120 AGAATATAAAACTATTTAAAGCTAGCCGTAAGTCTTTCAAAGGCTTAAGTAACTATAAATAGCTT
64 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTT
* ** * * ** *
19185 TTCTTACCAATGGATCACTTTTGCTTCACGTTTCTTATGACATACATTCAATTATAACATATTTT
129 TTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * *
19250 AACC-AAAATGGTAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGAATAGAAAATCATTTAAAGCAA
193 AACCAAAAAT-GTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * *
19314 ATAAAAAGGGTTCCAAAAGCTTAAGGGACTACAAATGTACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTTTTG
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
* * *
19379 CTTCATGTTTCTTGAGACA
321 CTTCACGTTTCTTAAGGCA
* ** * * *
19398 GACAATCAATTATAATGTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGTG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
19463 AATATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGATTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
* * * * * * * * *
19527 CTTGCTAATGCATGGCTCTTGCTTTAAGTTTCCTGAGGCAGTCATTTAATTATAACATATTTGAA
131 CTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
* * * * ** * *
19592 CTGATAATTTTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATAATTTCAACCGAGT
195 C-CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * ** * *
19657 AATAAGGCTTTTAAAAGATTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAACAGAAGGTTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
19722 TTACGTTTCCTGAGGTA
323 TCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * *
19739 GACATTCAATTAAAACATATTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATCAAAATTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * **
19804 AATATTAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCAAAGGCTTGAGTGACTCTAAATGAATTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
** * * ** * * *
19869 CTTGCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCC-CAGCCAAAAAATCAATTATAACATATTTTA
131 CTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * *
19933 A-TAAAAA-ATAAAAAAAGCTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATGAAACCATTTAAAGCGA
194 ACCAAAAATGTAAAAAAA--TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
19996 GTAATAAGGCTTTGAAAGGGTTAAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCCAATAGATGGCTTTTG
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTG
*
20060 CTTCATGTTTCTTAAGGCA
321 CTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * *
20079 CACATTTAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
20144 GAATATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAAGGGACTATAAATGTACTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTT
* ** * **
20209 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGACAGACAATCAATTATAATTTATTT
129 TTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGTAGACATTCAATTATAACATATTT
* * * * * **
20273 GAACAAAAAAAGAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATTTGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * ** *
20338 GTAATAAGGCTTTCAAACGATTAAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCTAATGCATGGCCCTCG
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTG
* *
20402 CTTCAGGTTTCTTGAGGCA
321 CTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * *
20421 GTCATTCAACTATAACATATTTTAATCAAAAATTTTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * ** *
20486 AATATAAAACAATATCAACCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAACTTGAGTGACTGTAAATGGACTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTT
* * * * * * *
20551 TCTCTCTAACGGAAGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTGAGGTAGACAATCAATTAAAACATATTTCA
130 TCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * *
20616 ATCAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACGATTTAAAGCGAGT
194 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
20681 AATAAGGCTTTCAAAGGCTAGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTCTCCAACGGATGGCTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
* **
20746 TCATGTTTCCCAAGGCA
323 TCACGTTTCTTAAGGCA
* * * *
20763 GACATTCAATTATAATATATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAATCCAGCTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
20828 AATATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTT
* * * * * *
20893 TCTCTCTAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTT-CTAAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTC
130 TCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTT
*
20957 CA-CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
21021 TAATAAGGCTTCCAAAGGCTTAAGTGACTATAAACGGA-TATTTCTCTCCAAGGGATGCCTTTTG
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGACT-TTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
* *
21085 CTTCACATTTCCTAAGGCA
321 CTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * *
21104 AACATTCAATTATAACATATTTCAACCATAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
21169 AATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GCTTT
* * * * ** * *
21234 TCTCTCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGCCAGACATTCAATTATAACGTATTTCA
130 TCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * *
21299 ACCAAAAAAGTTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGT
194 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
21364 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCCCCAGTGGATGGGTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
*
21429 TTACGTTT-TCTAAGGCA
323 TCACGTTTCT-TAAGGCA
* * * * * *
21446 GACATTCAATTATTACTTATTGTAATCTAAAATGTAAAAAAATCCAACTCAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
21511 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAAGCTTTCAAAGGCTTGATTGACTATAAATAGACTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTT
* * * ** *
21576 TCTATCTAATGGATGGTTTTTGTTTCACGTTTCCTGAGGTA-ACCATTCAATTGCAACATATTGT
130 TCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAACATATTTT
* * * *
21640 AACTAAAAATGTAAAAAAACCCAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTCAAGCGAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * * * * *
21705 TAGTAAGGCTTTCAAAGATTTGAGTGACTATAAGTAGATTTTTATCTCTAATGAATGGCTTTTAC
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
21770 TTCACGTTT-TCCATGGAA
322 TTCACGTTTCT-TAAGGCA
** ** * *
21788 GACATTCAATTGCAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATAA
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
21853 GAATATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGG-CT
* * * *
21917 TTTCTCTCTCATGGATAGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTT
128 TTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTT
* *
21982 TATCCAAAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTG
192 TAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
22047 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTGCAATGGCTGGCTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* **
22112 GCTTCATGTTTCTTAAATCA
320 GCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * *
22132 -ATCATTCAATTATAACATATTTTAACTATAAATGTAAAATAAATCCAACGTAAAATCAATTCT-
1 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* *
22195 AGGAATATAAAACTATTTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
64 A-GAATATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-
* * * * ***
22259 CTTTTCTCTCAAATGGATGGCTTTAGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATGGGATAT
126 CTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATAT
* * * * *
22324 TTTAACC-AAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTATAGA
190 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * *
22388 GAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCTCCAATGGATGGCTTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * * ** *
22453 TACTTTATGTTTCAAAAGGTA
319 TGCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * * * * * * * *
22474 GACGTTCAATTGTAGCATATTCTAAACAAAAATCTCAAAAATTCTAACTTAAAATCAATAATGGG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
22539 AATATACAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGTTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
* * * * **
22604 CTTAGC-AATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTATATGATATTTT
131 CTT--CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAACATATTTT
* * * * * *
22667 AGCCCAAAATGTAAAAAAATCCTACTTAAAATCAATTATGAGAAGATAAAACCATTGAATGCGAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
22732 CAATAACGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGCTCTAATGGTTGGCTTTTG
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT-CTCCAATGGATGGCTTTTG
*
22796 CTTCACATTTCTTGAA-GCA
321 CTTCACGTTTCTT-AAGGCA
* * * * * **
22815 GACCA-TCAATTATAACATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAATTCCAGCTGAAAATCTGTTATGA
1 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
22879 GAATATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGCTTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTT
* * * * * * *
22944 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAATTATAAGATATTTTA
130 TCTTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTA
** * * *
23009 AATAAAAATGTGAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGAGT
194 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
23074 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATCGACTTTT-TGCTCTAATGGATGGCTTTTGC
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT-CTCCAATGGATGGCTTTTGC
*
23138 TTCACGTCTCTTGAA-GCA
322 TTCACGTTTCTT-AAGGCA
* * * **
23156 GACCA-TCAATTATAACATATTTTAGA-CAAAAATGTAAAAAATTCTAACTGAAAATCTGTTATG
1 GA-CATTCAATTATAACATATTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
23219 AGAATATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTCTGAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGCTT
64 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTT
* * * **
23284 TTCTTAGC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGTGAAG-CATTCAATTATAAGGTATT
129 TTCTT--CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAG-GTAGACATTCAATTATAACATATT
* * *
23347 TTAACTAAAAAATGTAAAAAAA-CCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAG
191 TTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATCC-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * **
23411 TGAATAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGTGCTTTTCTCTCCGTTGGATGGCTT
254 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTT
* * * **
23476 TAGCTTCATGTTTCTCAAGATA
318 TTGCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * ** ** *
23498 AACAATCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAGTAT
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
23563 GAGAACATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATATATCGTC
63 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGC
* * * * *
23628 TTTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTTACGTTTCCAAAGGTAGACATTCAATTACAGCATATT
127 TTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATT
* * * * *
23693 TTAACCAAAAATCTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAATCATTTAAAG-G
191 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
23757 TAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAACTTTTCT-TGCTAATGGAT-G----
256 -AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTT
* * *
23816 -GCTTCATGTTTCCTGAGGCA
319 TGCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * *
23836 -ACCATTTAATTATAAAATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
1 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
23900 GAATGTAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGATTGAGTGACTATAAATGGCTTT
65 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTT
* * ** * * * * * *
23965 TCTTGCTAATGCATGGCTCTCACTTTAGGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAATATGTTTTA
130 TCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * ** *
24030 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATCAAAT-ATATTATGAGAATATAAAACTGTTTAAATCGAG
194 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA-ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
** *
24094 TAATAACGATTTTC-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGACTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTG
258 TAATAA-GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTG
* ** *
24157 CTTTACGTTTCCCAAGGTA
321 CTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * * * *
24176 GACTTTCCATTATGACATATTTTCACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACATCAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * ** * *
24241 AATATAAAAGCATTTAAATTGAGTAAAAAGGATTTCAAAGGCTTTTGTGACTATGAATGGCCTTT
66 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
* * ** * * * *
24306 CTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGCCAAAAAATCAATTATAATATATTTTAA
131 CTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
** * * * *
24371 CCAAAAATGTAAAAACTTCCATCTTAAAATAAATTATGAGAACATAAAGCCATTTAAAGCG-GCT
195 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG-T
* * * * *
24435 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGTCTTTTCT-TGTCAAAGGATAGCTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCT
* *
24499 TCATGTTTCCTAAGGCA
323 TCACGTTTCTTAAGGCA
* * * * * ***
24516 GATATTCAATAATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAACAATCCTGTTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
24581 AATATAAAACCATTTAA
66 AATATAAAACCATTTAA
24598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 8422, Mismatches: 1665, Indels: 528
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 2 0.00
334 146 0.02
335 81 0.01
337 1 0.00
338 57 0.01
339 246 0.03
340 1054 0.13
341 2395 0.28
342 2640 0.31
343 985 0.12
344 331 0.04
345 205 0.02
346 58 0.01
347 1 0.00
367 4 0.00
368 211 0.03
369 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (339 bp):
GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTT
CTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
CGTTTCTTAAGGCA
Found at i:16333 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 14895--24597 Score: 9513
Period size: 341 Copynumber: 28.4 Consensus size: 342
14885 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
14895 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTCATGGTAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA
* ** ** *
14960 CAATCAATTATAACATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAGTTCCAACTTAAAACCAATTATGAGAA
66 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* * *
15025 TATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTC
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * *
15090 TCTCCCATAGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAGGCTA-ACATTCAATTATAGA-ATATTTTA
196 TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTC-AGACATTCAATTATA-ACATATTTTA
** * * * ** * *
15153 ACCTGAAATGTAAAAAATTCCAACTT-AAATCAATTATAAGAATATAAAACCGTTTAAAATGTGC
259 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
*
15217 AATAAGGTTTTCAAAGGCT
324 AATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * ***
15236 TGCGTG-GTAATAAATGG-CTTTTCT-TGCGAATGGATGGCTTTTGCTTCA--TTATTTTGAGGC
1 TGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT-TTCCAAGGC
* ** * * **
15296 AAACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGCAAAACAAAAT-CATATTTCGAATCAATTA
63 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG-TAAA-AAAATCCA-ACTTAAAATCAATTA
* * *
15360 TGAGGATATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGA
125 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * ***
15425 CTTTTTTCTCTAATGGATAGCTTTTCCTTCACGTTTCCCATGGCAGAAATTCAGTTATGGTATAT
190 CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATAT
* * * *
15490 TTTAAACAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGC
255 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
*
15555 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGACT
320 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *** *
15578 TGCCGTGACTATAAATAGACTTTCCTCAT-CAATGGATGGC-TTTGCCTTCACGTTTTATGATGC
1 TG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTC-TCCAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTTTCCAAGGC
* * * * *
15641 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTGAAA-CAAACTATG
63 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATG
* * * * * *
15705 ATAATACAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTATAAATAGACT
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
15770 TTTCTC-CATAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGAT-AGATATTCAATTATATCATAT
192 TTTCTCTC-TAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAG-TCAGACATTCAATTATAACATAT
* * * * * * * *
15833 TTTAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTAATTATGA-AA-AAAAAATCTTTTAAAGT
255 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
*
15896 GAGTTATAAGGCTTTCAAAGGCT
320 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* ** * * * * ** * *
15919 TTAACGACTATAAATGCACTTTTCTC-CACTATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTGCCCGAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAG
* * * *
15983 ACATTCAATT-TGAACATATTTTAACCATAAATAT-AAAGAATCCAACGTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTAT-AACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
16046 AGA-ATAAAACCAATCAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGA-TAATAAATGGACT
129 A-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACT
* * * * * * * * * *
16109 TTTTTCTCTAACGAATGGTTTTTGTTTCATGTTTTCTGAGTCAGTCATTCATTTATAACATATTT
192 TTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTT
* * *
16174 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTCAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGA
257 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
*
16239 GTAATAAAGCTTTCAAAGGCT
322 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * *
16260 TGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTCCAAGGTAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA
* * **
16325 CATTCAATTATAGA-ATATTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCGTGAG
66 CATTCAATTATA-ACATA-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
16389 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
16454 TCTCTGTAATAGATGGCTTTTGCATCACGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAACATAGTTT
194 TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * * * * *
16518 GACTAAAAATGTAAAAGAATCCAACTTCAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAG
258 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
16583 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
323 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
16603 TGAATGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTATGGCAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA
*** ** * * * * *
16668 CATTCAATTATGGTATATTTTAAGGAAAAATATGAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATGATAA
66 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* * *
16733 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAATGGCTTGCA-TGACTATAAATGGACTTTT
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * *
16797 CTGACCAATGGATGGCTTTTCCTTCACATTT-CTAGAGGT-AGACATTCAATTATCACATTTTTT
195 CTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-A-GTCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * ** *
16860 AACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATAAATTTTGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAT
258 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
16924 TAATAAAGCTTTCAAAGGCT
323 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * * * *
16944 T-ACGTGACTATAAATGCACTTTCCTCACTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCCATGACAA
1 TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAG
* * * **
17008 ACATTCAATTATATCATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAAATCTC-ACTTAAAATTAATTACAA
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATC-CAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * ** ** *
17072 AAATAAAAAATC-TTTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAACGACTATAAATACAGT
128 GAATATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
17136 TTTCTCCCCT-ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGT-AGACATTCAATTTTAACATAT
192 TTTCT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA-GTCAGACATTCAATTATAACATAT
* * * * *
17199 TTTAACCATAAATAT-AAAAAATCCAACGTAAAATCAATTATGAGAGA-ACAAAACTATTTAAAG
255 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAAG
* * *
17262 CAAGTAATAAGCCTTTCAATGGCT
319 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * **
17286 TGAGTGA-TAATAAGTGAACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGTTAG
1 TGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAG
* * * * *
17350 TCATTCAATTATAACATATTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATCTAACTTCAAATAAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * **
17415 ATATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATGAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTAAATATAAATAAACTTTT
130 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
17480 CTCTCCAATCGATGGCTTCTGCTTTATGTTTCCTAAGGT-AGACATTCAATTATAGA-ATATTTT
195 CTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA-GTCAGACATTCAATTATA-ACATATTTT
* *
17543 AACCCAAAATGTAAAAAAATCCAAC-TAAAATCAATTATGAGAGA-ATAAAAACATTTAAAGCGA
258 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
17606 CTAATAAGGCTTTTTAAAGGCT
322 GTAATAAGGC-TTTCAAAGGCT
** * * * * * *
17628 TGAGTGGTTATAAATAGACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTCAAGGTAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCAG
* * ** *
17692 ATATTTAAGCATAACATATTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA-CAAATTATGAG
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* * *
17756 AATATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * **
17821 TCTCTATAAT-GATTGGCTTTTGTGTTC-CGTTTCTTGAGGCTGAAATTCAATTATAGTATATTT
194 TCTCTCTAATGGA-TGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTT
* * * * *
17884 GAACCAAAATTGTAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAAAAAATAAAACCATTTAAAGCGA
257 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
*
17949 CTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
322 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
** * * * * * * ** *
17970 TTTGTTACTATAAATAGACTTTTCACTCAAATAGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTGAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCAG
* * * * * *
18034 ATACTGAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATTATTTATGAG
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * *
18099 AATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCCTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * *
18164 TCGCTCTAATGGATGGATTTTACTTTACATTT-CTCGAGGCAGACAATCAAATATAACATATTTT
194 TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTT
** * * *
18228 AACCAAAAAACT-AAAAGATCCAACTTAAAACCAATTAAGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
258 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
18292 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
323 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * * * * *
18312 TGAGTGACTATAAATGCAGTTTTTTCCCCTATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTGCTAAGGCAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA
* * * *
18377 CATTCAATTGTAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAACCCAACTTAAAATCAATTATAAGAG
66 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA-
* *
18442 A-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTT
130 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * *
18506 TCTCTAAAACGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTGAGTTAGTCATTCAATTATAACATATTTTA
194 TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * * *
18571 ACCAGAAATGTAAAAAATTCTAAGTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-CTGAG
259 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC-GAG
* *
18635 TAATAAGGCTTCCAAAGACT
323 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
18655 TGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACG-TTTCTCAA-GTAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCAG
* * *
18718 ACATTCAATTATAGA-ATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTCAAAATCAATTTTGAG
65 ACATTCAATTATA-ACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
18782 AGA-ATAAAACTATTTAAGGCGAGTAAT-AGGACTCTCAAAGGC-TGAAGTGACTATTAATAG-C
129 A-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGAC
* * * *
18843 TTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCTTAAGGT-AGACATTCAATTATAACATA
191 TTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA-GTCAGACATTCAATTATAACATA
* ** * *
18906 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAGTTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAA
254 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
* *
18971 CGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCT
319 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
18995 TGAGTGACTATAAATGGA-GTTTCT-TGCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCGTAAGCCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCA
* * * *
19057 AAAAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAGCTTCAACTTAAAATCAATTATG
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA--TCCAACTTAAAATCAATTATG
* * *** * * * *
19120 AGAATATAAAACTATTTAAAGCTAGCCGTAAGTCTTTCAAAGGCTTAAGTAACTATAAATAG-CT
127 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * *
19184 TTTCT-TACCAATGGATCACTTTTGCTTCACGTTTCTTATGACATACATTCAATTATAACATATT
192 TTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATT
* * * *
19248 TTAACC-AAAATGGTAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGAGAATAGAAAATCATTTAAAGC
256 TTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
19312 AAATAAAAAGGGTTCCAAAAGCT
320 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * ** *
19335 TAAGGGACTACAAATGTACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTGAGACAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCAG
* ** * * *
19399 ACAATCAATTATAATGTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGTGA
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
19464 ATATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGATTGAGTGACTATAAATGG-CTTTT
130 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
19527 CT-TGCTAATGCATGGCTCTTGCTTTAAGTTTCCTGAGGCAGTCATTTAATTATAACATATTTGA
195 CTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * * * ** * *
19591 ACTGATAATTTTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATAATTTCAACCGAG
259 AC-CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
19656 TAATAAGGCTTTTAAAAGAT
323 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * ** * * * * *
19676 TGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAACAGAAGGTTTTTGCTTTACG-TTTCCTGAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGCAG
* * * * *
19740 ACATTCAATTAAAACATATTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATCAAAATTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
19805 ATATTAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCAAAGGCTTGAGTGACTCTAAAT-GAATTTT
130 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * * *
19869 CT-TGCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCC-CAGCCAAAAAATCAATTATAACATATTTT
195 CTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * *
19932 AA-TAAAAA-ATAAAAAAAGCTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATGAAACCATTTAAAGCG
258 AACCAAAAATGTAAAAAAA--TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* *
19995 AGTAATAAGGCTTTGAAAGGGT
321 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
20017 TAAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCA
* * *
20079 CACATTTAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
20144 GAATATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAAGGGACTATAAATGTACTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * **
20209 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGACAGACAATCAATTATAATTTATTT
193 TTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGTCAGACATTCAATTATAACATATTT
* * * * * **
20273 GAACAAAAAAAGAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATTTGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
257 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
20338 GTAATAAGGCTTTCAAACGAT
322 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * ** * * **
20359 TAAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGCTAATGCATGGCCCTCGCTTCA-GGTTTCTTGAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCA
* * * * *
20421 GTCATTCAACTATAACATATTTTAATCAAAAATTTTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * ** *
20486 AATATAAAACAATATCAACCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAACTTGAGTGACTGTAAATGGACTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
20551 TCTCTCTAACGGAAGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTGAGGT-AGACAATCAATTAAAACATATTTC
194 TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* * * *
20615 AATCAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACGATTTAAAGCGAG
258 AACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
20680 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
323 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
20700 AGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTCTCCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA
* * * *
20765 CATTCAATTATAATATATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAATCCAGCTTAAAATCAATTATGAGAA
66 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* * * *
20830 TATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTC
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * **
20895 TCTCTAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTT-CTAAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTCCA
196 TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA
20959 -CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
260 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
*
21023 ATAAGGCTTCCAAAGGCT
325 ATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
21041 TAAGTGACTATAAACGGA-TATTTCTCTCCAAGGGATGCCTTTTGCTTCAC-ATTTCCTAAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGCA
* * * * *
21104 AACATTCAATTATAACATATTTCAACCATAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
21169 AATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTT
129 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
21234 TCTCTCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGCCAGACATTCAATTATAACGTATTTCA
194 TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
* * *
21299 ACCAAAAAAGTTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGT
259 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
21364 AATAAGGCTTTCAAAGGCT
324 AATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * *
21383 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCCCCAGTGGATGGGTTTTGCTTTACGTTTTCTAAGGCAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA
* * * * * *
21448 CATTCAATTATTACTTATTGTAATCTAAAATGTAAAAAAATCCAACTCAAAATCAATTATGAGAA
66 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* * * * *
21513 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAAGCTTTCAAAGGCTTGATTGACTATAAATAGACTTTTC
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** *
21578 TATCTAATGGATGGTTTTTGTTTCACGTTTCCTGAGGT-A-ACCATTCAATTGCAACATATTGTA
196 TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGTCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTA
* * * *
21641 ACTAAAAATGTAAAAAAACCCAACTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTCAAGCGAGT
259 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* **
21706 AGTAAGGCTTTCAAAGATT
324 AATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * * * *
21725 TGAGTGACTATAAGTAGATTTTTATCTCTAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTTCCATGGAAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAGA
** ** * *
21790 CATTCAATTGCAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATAAGA
66 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
21855 ATATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTT
130 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTT
* * * *
21919 TCTCTCTCATGGATAGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGGT-AGACATTCAATTATAACATATTTT
194 TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA-GTCAGACATTCAATTATAACATATTTT
* *
21983 ATCCAAAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA
258 AACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
*
22048 GTAATAAGGCTTTCAAAGGTT
322 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * **
22069 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTGCAATGGCTGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAATCA-
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCAG
* * * *
22132 ATCATTCAATTATAACATATTTTAACTATAAATGTAAAATAAATCCAACGTAAAATCAATTCT-A
65 A-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
22196 GGAATATAAAACTATTTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
128 -GAATATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ***
22260 TTTTCTCTCAAATGGATGGCTTTAGCTTCACGTTTCCCAAGGT-AGACATTTAATTATGGGATAT
191 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA-GTCAGACATTCAATTATAACATAT
* * * * *
22324 TTTAACC-AAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTATAGA
255 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* *
22388 GAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCT
320 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * *
22411 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTTATG-TTTCAAAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCAG
* * * * * * * * * * *
22475 ACGTTCAATTGTAGCATATTCTAAACAAAAATCTCAAAAATTCTAACTTAAAATCAATAATGGGA
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
22540 ATATACAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-GTTTT
130 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * **
22604 CT-TAGC-AATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCA-AGCATTCAATTATATGATATTT
195 CTCT--CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGA-CATTCAATTATAACATATTT
* * * * * *
22666 TAGCCCAAAATGTAAAAAAATCCTACTTAAAATCAATTATGAGAAGATAAAACCATTGAATGCGA
257 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
22731 GCAATAACGCTTTCAAAGGTT
322 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * **
22752 TGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGCTCTAATGGTTGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAA-GCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCCAAGGCA
* * * * * **
22815 GACCA-TCAATTATAACATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAATTCCAGCTGAAAATCTGTTATGA
64 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
22879 GAATATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGG-CTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * *
22943 TTCT-TGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAATTATAAGATATTT
193 TTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTT
** * * *
23007 TAAATAAAAATGTGAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAATGCGA
257 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
23072 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
322 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
23093 TAAGTGACTATAAATCGACTTTT-TGCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTCTCTT-GAA-GC
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-T-TTCCAAGGC
* * * **
23155 AGACCA-TCAATTATAACATATTTTAGA-CAAAAATGTAAAAAATTCTAACTGAAAATCTGTTAT
63 AGA-CATTCAATTATAACATATTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
23218 GAGAATATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTCTGAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-C
126 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * **
23282 TTTTCT-TAGC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGTGA-AGCATTCAATTATAAGGT
191 TTTTCTCT--CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGA-CATTCAATTATAACAT
* * *
23344 ATTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAA-CCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTA
253 ATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATCC-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
* * * *
23408 AAGTGAATAGTAAGACTTTCAAAGGCT
316 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* ** * * **
23435 TGAGTGACTGTAAATGTG-CTTTTCTCTCCGTTGGATGGCTTTAGCTTCATG-TTTCTCAAGATA
1 TGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-CAAGGCA
* * ** ** *
23498 AACAATCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAGTAT
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
23563 GAGAACATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATATATCGTC
126 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
23628 TTTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTTACGTTTCCAAAGGT-AGACATTCAATTACAGCATAT
191 TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA-GTCAGACATTCAATTATAACATAT
* * * * *
23692 TTTAACCAAAAATCTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAATCATTTAAAG-
255 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* *
23756 GTAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCT
320 G-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
23780 TGAGTGACTATAAAT-AACTTTTCT-TGCTAATGGAT-G-----GCTTCATG-TTTCCTGAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGCA
* * * *
23836 -ACCATTTAATTATAAAATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
64 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
23900 GAATGTAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGATTGAGTGACTATAAATGG-CTT
128 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * * * * *
23964 TTCT-TGCTAATGCATGGCTCTCACTTTAGGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAATATGTTT
193 TTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTT
* * * ** *
24028 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATCAAAT-ATATTATGAGAATATAAAACTGTTTAAATCG
257 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA-ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
**
24092 AGTAATAACGATTTTC-AAGGCT
321 AGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCT
* * * *
24114 TGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAG
* * * * * * *
24177 ACTTTCCATTATGACATATTTTCACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACATCAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * ** * *
24242 ATATAAAAGCATTTAAATTGAGTAAAAAGGATTTCAAAGGCTTTTGTGACTATGAATGG-CCTTT
130 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
24306 CT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGCCAAAAAATCAATTATAATATATTTTA
195 CTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTTA
** * * * *
24370 ACCAAAAATGTAAAAACTTCCATCTTAAAATAAATTATGAGAACATAAAGCCATTTAAAGCG-GC
259 ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG-
24434 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
323 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * *
24454 TAAGTGACTATAAAT-GTCTTTTCT-TGTCAAAGGATAGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGCA
* * * * * ***
24516 GATATTCAATAATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAACAATCCTGTTTAAAATCAATTATGAG
64 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
24581 AATATAAAACCATTTAA
129 AATATAAAACCATTTAA
24598 NNNNNNNNNN
Statistics
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TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGTCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAGGCT
Found at i:23197 original size:170 final size:169
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14885 NNNNNNNNNN
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* *
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* ** * * * *
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** * *
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* ** * * *
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* * * * * *
15236 TGCGTG-GTAATAAATGGC-TTTTCTTGCGAATGGATGGCTTTTGCTTCA--TTATTTTGAGGCA
1 TGAGTGACT-ATAAATGACTTTTTC-T-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT-TCTTGAAGCA
* ** * * **
15297 AACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGCAAAACAAAAT-CATATTTCGAATCAATTAT
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG-TAAA-AAAATCCA-ACTTAAAATCAATTAT
* *
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124 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
15407 TGAGTAACTATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGGATAGCTTTTCCTTCACGTTTCCCATG--GCA
1 TGAGTGACTATAAAT-GAC-TTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT--CTTGAAGCA
* * *** * * *
15470 GAAATTCAGTTATGGTATATTTTAAACAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATGAG
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
15535 AATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * *
15578 TGCCGTGACTATAAATAGAC-TTTCCTCATCAATGGATGGC-TTTGCCTTCACGTTT-TATGATG
1 TG-AGTGACTATAAAT-GACTTTTTCTC-T-AATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTTCT-TGAAG
* * * * *
15640 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTGAAA-CAAACTAT
60 CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTAT
* * * *
15704 GATAATACAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
124 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* ** *
15750 TGCGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTCCATAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CCAAGATA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTTTCT-C-TAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-CA
* * * * * *
15813 GATATTCAATTATATCATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATTAATTATGA-
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
15877 AA-AAAAAATCTTTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTCAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* ** * * * * ** * *
15919 TTAACGACTATAAATGCAC-TTTTCTCCACTATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTGCCCGAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATG-ACTTTTTCTCTA--ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAG
* * * *
15983 ACATTCAATT-TGAACATATTTTAACCATAAATAT-AAAGAATCCAACGTAAAATCAATTATGAG
63 ACATTCAATTAT-AACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
16046 AGA-ATAAAACCAATCAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAATGGCT
127 A-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * *
16089 TAAGTGA-TAATAAATGGACTTTTTTCTCTAACGAATGGTTTTTGTTTCATGTTT-TCTG-AGTC
1 TGAGTGACT-ATAAAT-GAC-TTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-TGAAG-C
* * * *
16151 AGTCATTCATTTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTCAAATCAATTATGA
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* *
16216 AAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCT
126 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * ** *
16260 TGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-TCCAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * **
16324 ACATTCAATTATAGA-ATATTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCGTGA
63 ACATTCAATTATA-ACATA-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
*
16388 GAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
126 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
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1 TGAGTGACTATAAATG-ACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * * * * *
16496 ACATTCAATTATAACATAGTTTGACTAAAAATGTAAAAGAATCCAACTTCAAATTAATTATGAGA
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* *
16561 ATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* *
16603 TGAATGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTATG--GCA
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*** ** * * * * *
16666 GACATTCAATTATGGTATATTTTAAGGAAAAATATGAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATGAT
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
16731 AATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAATGGCT
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* * * * * *
16774 TGCA-TGACTATAAATGGAC-TTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTCCTTCACATTTCTAGAGGTA
1 TG-AGTGACTATAAAT-GACTTTTTCT--CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCA
* * * *
16837 GACATTCAATTATCACATTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATAAATTTTGAG
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
16901 AGTATAAAATTATTTAAAGCGATTAATAAAGCTTTCAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
16944 T-ACGTGACTATAAATGCACTTTCCTCACTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCCATG-A-C
1 TGA-GTGACTATAAATG-ACTTT-TTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT--CTTGAAGC
* * * * *
17006 AAACATTCAATTATATCATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAAATCTC-ACTTAAAATTAATTAC
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* * * * * *
17070 AAAAATAAAAAATC-TTTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTT
124 GAGAATATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
** * * * *
17116 TGAACGACTATAAAT-ACAGTTTTCTCCCCT-ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGT
1 TGAGTGACTATAAATGAC--TTTT-T-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GC
* * * *
17178 AGACATTCAATTTTAACATATTTTAACCATAAATAT-AAAAAATCCAACGTAAAATCAATTATGA
61 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
17242 GAGA-ACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCAATGGCT
126 GA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
17286 TGAGTGA-TAATAAGTGAACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT--AGTT
1 TGAGTGACT-ATAAATG-ACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTTGAAG-C
* * * * *
17348 AGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATCTAACTTCAAATAAATTATGA
61 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
17413 GAATATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATGAGGGTTTCAAAGGCT
126 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * * * * *
17457 TGAGTAAATATAAATAAACTTTTCTCTCCAATCGATGGCTTCTGCTTTATGTTTCCT-AAGGTAG
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*
17521 ACATTCAATTATAGA-ATATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATCCAAC-TAAAATCAATTATGAG
63 ACATTCAATTATA-ACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
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** * * * * *
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1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * ** *
17692 ATATTTAAGCATAACATATTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA-CAAATTATGAG
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* *
17756 AATATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
17799 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTATAAT-GATTGGCTTTTGTGTTC-CGTTTCTTGAGGCT
1 TGAGTGACTATAAATG-ACTTTT-TCTCTAATGGA-TGGCTTTTG-CTTCACGTTTCTTGAAGCA
* ** * * * *
17862 GAAATTCAATTATAGTATATTTGAACCAAAATTGTAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAA
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
17927 AAAATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
** * * * * * * *
17970 TTTGTTACTATAAATAGACTTTTCACTCAAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
* * * * * *
18035 TACTGAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATTATTTATGAGA
64 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** *
18100 ATATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * * *
18142 TGAGTGACTATAAATGGCCTTTTCGCTCTAATGGATGGATTTTACTTTACATTTCTCGAGGCAGA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
* * ** * * *
18207 CAATCAAATATAACATATTTTAACCAAAAAACT-AAAAGATCCAACTTAAAACCAATTAAGAGAA
64 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
18271 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
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* * * *
18312 TGAGTGACTATAAATGCAGTTTTTTCCCCT-ATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTGC-T-AAGGC
1 TGAGTGACTATAAATG-A-CTTTTT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTTGAA-GC
* * * * *
18374 AAACATTCAATTGTAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAACCCAACTTAAAATCAATTATAA
61 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
*
18439 GAGA-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCT
126 GA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCT
* * * * *
18484 TGAGTGACAATAAATGGAC-TTTTCTCTAAAACGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTG-AGTTA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTTTCTCT--AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-CA
* * * * * *
18547 GTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAGAAATGTAAAAAATTCTAAGTTCAAATCAATTATGAG
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
18612 AATATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGACT
127 AATATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
18655 TGAGTGACTATAAATAGA-TTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTC-TCAAGTAA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTTTCTCT--AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAG
* * *
18718 ACATTCAATTATAGA-ATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTCAAAATCAATTTTGAG
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* * *
18782 AGA-ATAAAACTATTTAAGGCGAGTAAT-AGGACTCTCAAAGGC-
127 A-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCT
* * * * *
18824 TGAAGTGACTATTAAT-AGC-TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCTT-AAGGT
1 TG-AGTGACTATAAATGA-CTTTTTC-T-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GC
* **
18886 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAGTTTAAAATCAATTATGA
61 AGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
18951 GAATATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCT
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* * *
18995 TGAGTGACTATAAATGGAGTTTCTTGC-C-CATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCGT-AAGCCA
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* * * *
19057 AAAAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAGCTTCAACTTAAAATCAATTATG
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA--TCCAACTTAAAATCAATTATG
* * *** *
19120 AGAATATAAAACTATTTAAAGCTAGCCGTAAGTCTTTCAAAGGCT
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* * * ** *
19165 TAAGTAACTATAAAT-AGC-TTTTCTTACCAATGGATCACTTTTGCTTCACGTTTCTT-ATGACA
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* * *
19227 TACATTCAATTATAACATATTTTAACC-AAAATGGTAAAAAAATCTAGCTTAAAATCAATTATGA
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* * * * * * * *
19291 GAATAGAAAATCATTTAAAGCAAATAAAAAGGGTTCCAAAAGCT
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* * * * * *
19335 TAAGGGACTACAAATGTACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTG-AGACAG
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* ** * * *
19399 ACAATCAATTATAATGTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGTGA
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* *
19464 ATATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGAT
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* * * * * * * *
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* * * * * *
19569 CATTTAATTATAACATATTTGAACTGATAATTTTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
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** * * * * *
19634 ATATAAAATAATTTCAACCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAT
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
19806 TATTAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTCAAAGGCT
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* * ** * *** *
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* * * *
19910 AAAATCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAA-ATAAAAAAAGCTCCAACTTAAAATCAATTATGA
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* * *
19973 GAATATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGGT
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* * * * * *
20017 TAAGTGACTATAAATGGC-TTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCAC
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* *
20080 ACATTTAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
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* * *
20145 AATATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAAGCT
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* * * *
20188 TAAGGGACTATAAATGTACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTAG-AGACAG
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* ** * * * * * **
20252 ACAATCAATTATAATTTATTTGAACAAAAAAAGAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATTTGA
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* *
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128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * ** * * * *
20359 TAAGTGACTATAAATGGC-TTTTCTTGCTAATGCATGGCCCTCGCTTCAGGTTTCTTGAGGCAGT
1 TGAGTGACTATAAATGACTTTTTC-T-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
* * * *
20423 CATTCAACTATAACATATTTTAATCAAAAATTTTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
64 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* * * * * * **
20488 TATAAAACAATATCAACCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAACT
129 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * *
20529 TGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTCTAACGGAAGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTGAGGTAGA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
* * * * * *
20594 CAATCAATTAAAACATATTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCTATTATGAGAA
64 CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
*
20659 TATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
129 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * **
20700 AGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTCTCCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CCAAGGCAG
1 TGAGTGACTATAAA-TGACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * * *
20764 ACATTCAATTATAATATATTTCAGCCAAAAATGTAAAAAAATCCAGCTTAAAATCAATTATGAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
20829 ATATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
20871 TAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTC-TAAAGGCAA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* **
20935 ACATTCAATTATAATATATTTCCA-CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
20999 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * *
21041 TAAGTGACTATAAACGGA-TATTTCTCTCCAAGGGATGCCTTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCA
1 TGAGTGACTATAAA-TGACT-TTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCA
* * * * *
21104 AACATTCAATTATAACATATTTCAACCATAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATGAG
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
21169 AATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
21212 TAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCTG-AGCCAG
1 TGAGTGACTATAAATG-ACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-CAG
* * * *
21276 ACATTCAATTATAACGTATTTCAACCAAAAAAGTTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
21341 ATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
21383 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCCCCAGTGGATGGGTTTTGCTTTACGTTT-TCT-AAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATG-ACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-TGAA-GCA
* * * * * *
21446 GACATTCAATTATTACTTATTGTAATCTAAAATGTAAAAAAATCCAACTCAAAATCAATTATGAG
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
21511 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAAGCTTTCAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * *
21554 TGATTGACTATAAATAGACTTTTCTATCTAATGGATGGTTTTTGTTTCACGTTTCCTGAGGTA-A
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
** * * * *
21618 CCATTCAATTGCAACATATTGTAACTAAAAATGTAAAAAAACCCAACTCAAAATCAATTATGAGA
64 -CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
21683 ATATAAAACCATTTCAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGATT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * *
21725 TGAGTGACTATAAGTAGATTTTTATCTCTAATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTTCCATG--GAA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTT-CTTGAAGCA
** ** * *
21788 GACATTCAATTGCAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATCCAACTTAAAACCAATTATAA
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
21853 GAATATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCT
126 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * ** *
21897 TGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGATAGCTTTTGCTTCACGTCTC-CCAAGGTA
1 TGAGTGACT-ATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCA
*
21960 GACATTCAATTATAACATATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
22025 GAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTT
126 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
22069 TGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTCTGCAATGGCTGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAATCA-
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTTTCTCT--AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAG
* * * *
22132 ATCATTCAATTATAACATATTTTAACTATAAATGTAAAATAAATCCAACGTAAAATCAATTCT-A
63 A-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
22196 GGAATATAAAACTATTTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCT
126 -GAATATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * ** *
22241 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCAAATGGATGGCTTTAGCTTCACGTTTC-CCAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* *** * *
22305 ACATTTAATTATGGGATATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
22369 ATATAAAACTATTTATAGAGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * ** *
22411 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTTATGTTTC-AAAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAAT-GAC-TTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * * * * * * * * * *
22475 ACGTTCAATTGTAGCATATTCTAAACAAAAATCTCAAAAATTCTAACTTAAAATCAATAATGGGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
22540 ATATACAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
** * * * *
22582 TGAGTGACTATAAATG-GGTTTTCT-TAGCAATGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCA
1 TGAGTGACTATAAATGACTTTTTCTCT---AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCA
** * * *
22644 -AGCATTCAATTATATGATATTTTAGCCCAAAATGTAAAAAAATCCTACTTAAAATCAATTATGA
62 GA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
22708 GAAGATAAAACCATTGAATGCGAGCAATAACGCTTTCAAAGGTT
126 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* *
22752 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGCTCTAATGGTTGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAAGCAGA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTTT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
* * * * * **
22817 CCA-TCAATTATAACATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAATTCCAGCTGAAAATCTGTTATGAGA
64 -CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
22881 ATATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * ** *
22923 TGAGTGATTATAAATGGC-TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCAAGTTTC-CCAAGGAAG
1 TGAGTGACTATAAATGACTTTTTC-TCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * ** * *
22986 GCATTCAATTATAAGATATTTTAAATAAAAATGTGAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
23051 ATATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* *
23093 TAAGTGACTATAAATCGACTTTTTGCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTCTCTTGAAGCAGA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTTT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
* * * **
23158 CCA-TCAATTATAACATATTTTAGA-CAAAAATGTAAAAAATTCTAACTGAAAATCTGTTATGAG
64 -CATTCAATTATAACATATTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
23221 AATATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTCTGAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* ** *
23264 TGAGTGACTATAAAT-AGC-TTTTCT-TAGCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CCAAG-T
1 TGAGTGACTATAAATGA-CTTTTTCTCT---AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCA
** * *
23324 GAAGCATTCAATTATAAGGTATTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAA-CCTAACTTAAAATTAATTA
62 G-A-CATTCAATTATAACATATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATCC-AACTTAAAATCAATTA
* * * * *
23388 TGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAATAGTAAGACTTTCAAAGGCT
123 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * *** * * * * *
23435 TGAGTGACTGTAAATGTGCTTTTCTCTCCGTTGGATGGCTTTAGCTTCATGTTTC-TCAAGATAA
1 TGAGTGACTATAAATG-ACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-CAG
* ** ** *
23499 ACAATCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAGTATG
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
* *
23564 AGAACATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
125 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * ** *
23609 TGAGTGACTATATATCGTCTTTTCTCTCTAATGGATGACTTTTGCTTTACGTTTC-CAAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * * * * *
23673 ACATTCAATTACAGCATATTTTAACCAAAAATCTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTATAAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
23738 ATATAAAATCATTTAAAG-GTAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
23780 TGAGTGACTATAAATAAC-TTTTCTTGCTAATGGAT-G-----GCTTCATGTTTCCTGAGGCA-A
1 TGAGTGACTATAAATGACTTTTTC-T-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
* * * *
23837 CCATTTAATTATAAAATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
64 -CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
23902 ATGTAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGAT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * ** * * *
23944 TGAGTGACTATAAATGGC-TTTTCTTGCTAATGCATGGCTCTCACTTTAGGTTTCCT-AAGGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGACTTTTTC-T-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * * * * *
24007 TCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATCAAAT-ATATTATGAG
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA-ATTATGAG
** * **
24071 AATATAAAACTGTTTAAATCGAGTAATAACGATTTTC-AAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCT
* * * ** *
24114 TGGGTGACTATAAATGAC-TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTC-CCAAGGTAG
1 TGAGTGACTATAAATGACTTTTTC-T-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * * * * * *
24177 ACTTTCCATTATGACATATTTTCACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACATCAAATCAATTATGAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
24242 ATATAAAAGCATTTAAATTGAGTAAAAAGGATTTCAAAGGCT
128 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
** * * **
24284 TTTGTGACTATGAATGGCCTTTCTTGC-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CCAAGCCA
1 TGAGTGACTATAAAT-GACTTT-TT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAG-CA
* * * * ** * *
24346 AAAAATCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACTTCCATCTTAAAATAAATTATGAG
62 GACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
24411 AACATAAAGCCATTTAAAGCG-GCTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
127 AATATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * * * *
24454 TAAGTGACTATAAATGTC-TTTTCTTGTCAAAGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAG
1 TGAGTGACTATAAATGACTTTTTC-TCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAG
* * * * * ***
24517 ATATTCAATAATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAACAATCCTGTTTAAAATCAATTATGAGA
63 ACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
24582 ATATAAAACCATTTAA
128 ATATAAAACCATTTAA
24598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7834, Mismatches: 1373, Indels: 651
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 134 0.02
165 3 0.00
166 2 0.00
167 13 0.00
168 107 0.01
169 299 0.04
170 2489 0.32
171 3156 0.40
172 1374 0.18
173 92 0.01
174 160 0.02
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TGAGTGACTATAAATGACTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAGACA
TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
Done.