Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403040.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_707.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13000
ACGTcount: A:0.22, C:0.07, G:0.07, T:0.22
Warning! 5502 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:6684 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6003--7083 Score: 780
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
5993 NNNNNNNNNN
* * *
6003 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTTATAATTGATTCTAATTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
* * * * * *
6068 TTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGACGAAAA
66 TTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGA-AAAAA
* * **********
6133 ATATTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNG
129 ATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
6175 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTCA-AAGCTCATAATTGATTTTAGTTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
* * **
6239 TGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTA-TATCAAGAAATGTGAAGAAA
66 T-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACATGAA-AAA
* * * * *
6303 AAGATATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATTGTAACTCATG
128 AATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
********** * * * *
6346 CCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTTTATTCC-CATTATT-AGTTTTAAGTTG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA-ACCTCATAATTGA-TTTTAATTTG
* * * * * *
6408 AACTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATGTCTGCCTCAAAAAATAT-AAAGA
63 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAA-A
* * * * * *
6471 AAATGATATCCCTTGGCAAGAGAAGTACATTTACAATCACCCATG
127 AAAT-ATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
** * *
6516 TGTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATATCCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-
* * * ** **
6581 TTTTTTTATAATATTTATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAAAAAA
65 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAA
*
6646 TATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
130 TATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * ********** * *
6687 TCTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNACCTCATAATTGATTTTAGTTTGTAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
* ** *****
6752 TTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACATT-GTGAAACATGNNNNNN
66 TTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCAAGAAACATG-AAAAA
**** * * *
6816 NNNNTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTAACTCATG
128 AATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * * *
6859 CCTTCGAAAGCATTATTACTAGCTTTAAAT-AGTTTTTTAATCTCATAATT-AGTTTGAAGTTGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTAATTTGA
* * * ** **
6922 ACTCTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTGAATGT-TTGTCTCAAGAAACGCGAAGAA
64 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT-TCAAGAAACATGAA-AA
* ** * * ** *
6986 AAAGATATCCGCTAGTAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACGGATA
127 AAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* *
7030 CCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATT
7084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 190, Indels: 53
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.01
170 118 0.17
171 373 0.54
172 187 0.27
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT
TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAT
ATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
Done.