Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403042.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_709.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6816
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.08, T:0.26
Warning! 2270 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2396 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2071--2831 Score: 646
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
2061 TTTCAATTTG
* * * * * * *
2071 AAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGCTTTTTTAATCTCATGATT-AGTTTTAAGTTGTAA-TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG-AACTTTT
** * * *
2134 TTATATTTATTATTAAAACTTATTATAATTGTATGT-TCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT
64 TTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCT-ACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATAT
*********** * * *
2198 ATCTNNNNNNNNNNAAA-TTTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCA
128 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
2242 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAACCTCATAGTTGATTTT-AGTTTGAAGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAACTTTTT
* * * * **
2306 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGTATGTCTGCCTCAAGAAACAAGAAGAAAAATATAT
65 TATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATATAT
* * *
2371 CCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATGACTTCA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * **********
2412 AAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT
* * * * *
2477 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
66 ATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATATATC
* * * * *
2542 TATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATTGTAACTCATGCCTTCG
131 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
2583 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTGT-TAATCTAATAATT-AGTTTTAAGTTAAACTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTT-TATAACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTT
* ** *
2645 TTTATATTTATTAGTAAAACAGATTATTCTTGTATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-
63 TTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-TA
* * * *
2709 TATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTCCG
127 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
2754 AAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATG-TTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT
2818 ATATTTATTATTAA
66 ATATTTATTATTAA
2832 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 103, Indels: 33
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 187 0.40
171 276 0.59
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT
ATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATATATC
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
Found at i:2820 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2070--2831 Score: 773
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
2060 ATTTCAATTT
* * * *
2070 GAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGCTTTTTTAATCTCATGATTAGTTTTAAGTTGTAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTT-AAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AATTTTT
** * * *
2135 TATATTTATTATTAAAACTTATTATAATTGTATGTTCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
64 TATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
********** * * * *
2200 CTNNNNNNNNNNAAATTTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
129 CTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
2265 TGATTTTATAACCTCATAGTTGATTTTAGTTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTA
194 TGATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAGTTTAAACTTTTTTATATTTATTAGTAAAACAGATTA
* * * *
2330 TAATTGTATGTCTGCCTCAAGAAACAAGAAGAAAAATATATCCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTA
259 TAATTGTATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAATATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTA
*
2395 TAGTCACCATGACTTC
324 TAGTCACCATGACTCC
* * * * * * *********
2411 AAAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTGAATTTTT
* *
2476 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCAACATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
64 TATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTC-ACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * * *
2540 TCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTAACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
128 TCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
2605 AT-AGTTTGT-TAATCTAATAATT-AGTTTTAAG-TTAAACTTTTTTATATTTATTAGTAAAACA
193 ATGA-TTT-TATAACCTAATAATTGA-TTTT-AGTTTAAACTTTTTTATATTTATTAGTAAAACA
** * * **
2666 GATTATTCTTGTATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-TATCCATTAGCAAGAAAAGTC
254 GATTATAATTGTATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAA-TATATCCATTAGCAAGAAAAGTC
*
2730 TATTTATAGTCACCGATGCCTCC
318 TATTTATAGTCACC-ATGACTCC
2753 GAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATG-TTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTT
2817 TATATTTATTATTAA
64 TATATTTATTATTAA
2832 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 82, Indels: 20
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 291 0.88
342 34 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
GAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATGATTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTA
TATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCT
ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
ATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAGTTTAAACTTTTTTATATTTATTAGTAAAACAGATTATA
ATTGTATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAATATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACCATGACTCC
Found at i:3686 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3400--4255 Score: 843
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 171
3390 NNNNNNNNNN
*
3400 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACCTA-TTATAAT
1 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAA-CAAGTTATAAT
* * * * * * **
3464 TAAATGTCTACCTCGTGAAACATGTAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATCCATAGT
65 TGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
3529 CACCTATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCCTTAAATAATT
130 CACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
** * * * *
3571 TTATAACCTCATAATTGATCATAAGTTAAATATTTTTATAATTTTTATTAAAACATGGTATAATT
1 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAAGTTATAATT
* * * * *
3636 AAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
66 GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
3701 ATCTATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
131 ACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
********** * * *
3742 TTNNNNNNNNNNAATT-AGTTTTAAGTTGAA-CTTTTTATATTTTTTATTGAAAC-AGATTATAA
1 TTATAACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAAG-TTATAA
* * * * *
3804 TTGAATGTTTGTCTCGAAAAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * **********
3868 CCACCCATGCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGATT
129 TCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * *
3911 TTATAACCTCATAATTGATTTTTATTTGAATTTCTTTTAT-ATATTTTATTAAAACAAATTATAA
1 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATAAT-TTTTATTAAAACAAGTTATAA
* * * *
3975 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCAATTTTATA
64 TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTTATA
* * *
4040 ATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-TTT
128 GTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * *
4083 TTTTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAACTTTTTTGT-ATTTGTTATTAAAA-AAGATTATA
1 TTATAACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTT-TTATTAAAACAAG-TTATA
* * *
4145 ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGT-
63 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
4209 GCTCATCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
128 G-TCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
4254 TT
1 TT
4256 GTAATCTTGT
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 121, Indels: 30
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 71 0.13
170 101 0.18
171 295 0.54
172 49 0.09
173 33 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAAGTTATAATT
GAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
Found at i:4101 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3407--4249 Score: 881
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 341
3397 NNNTTATAAC
* * ** *
3407 CTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACCTATTATAATTAAATGT
1 CTCATAATTAG-TTTTAAGTTGAA-CTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * ** * *
3471 CTACCTCGTGAAACATGTAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATCCATAGTCACCTAT
64 CTGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT
*
3536 GCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCCTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATCATAAGTTAAA
129 GCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCCTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATCATAAGTTAAA
** **
3601 TATTTTTATAATTTTTATTAAAACATGGTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
194 TATTTTTATAATTTTTATTAAAACAAAGTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
3666 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCTATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCAC
259 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
*****
3731 TTTAAATGGTTTTNNNNN
324 TTTAAATGGTTTTTTAAT
***** * *
3749 NNNNNAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTATATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 CTCATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* *
3814 GTCTCGAAAAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGC
66 GCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGC
********** * * ** * * * *
3878 CTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTTATTTGAATT
131 CTTCAAAAGTCTTATTACTCGCCTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATCATAAGTTAAATA
* * * *
3943 TCTTTTAT-ATATTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
196 T-TTTTATAAT-TTTTATTAAAACAAAGTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* *
4007 AGATATCTATTGGTAAGAAAAG-TCAATTTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
259 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTTC-A-TTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
4071 GCTTTAAAT-TTTTTTTAAT
322 ACTTTAAATGGTTTTTTAAT
* * *
4090 CTCATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTGTATTTGTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTC
1 CTCATAATTAGTTTTAAGTTGAAC-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
4155 TGCCTC-AAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGT-GCTCATCTA
65 TGCCTCGAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACCCA
* * * *
4218 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
128 TGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCCTTAAAT
4250 GGTTTTGTAA
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 92, Indels: 17
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 86 0.22
341 150 0.38
342 113 0.28
343 51 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
CTCATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
GCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGC
CTTCAAAAGTCTTATTACTCGCCTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATCATAAGTTAAATA
TTTTTATAATTTTTATTAAAACAAAGTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
ATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTTTAAT
Found at i:5366 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5189--5535 Score: 374
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
5179 NNNNNNAACT
5189 AATTATGAGATTA-AAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAAA-TATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATA
* * * * * *
5253 AATAG-ACTTTTCTTGGCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTTAGTTAT
65 AAT-GTACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGACATTTAATTAT
* * **
5317 AATCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTTTACTTAAAATC
129 AATCTATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ********** * * * **
5360 AATTATGAGGTTATAAAAATATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAA
* * * *
5425 ATGTACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTATATTTTTTGAAGCAGACATTTAATTATAA
66 ATGTACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGACATTTAATTATAA
* *
5490 TCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATC
131 TCTATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
5531 AATTA
1 AATTA
5536 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 32, Indels: 4
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 136 0.96
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAA
ATGTACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGACATTTAATTATAA
TCTATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Done.