Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397832.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1134.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5182
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.12, T:0.32
Warning! 784 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1202 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 824--3208 Score: 2074
Period size: 172 Copynumber: 13.9 Consensus size: 171
814 NNNNNNNNNN
*
824 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGA-GAACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAA-ATGAACTTTTC
* * * *** * * * * * *
888 TTGCCAATGAATACCTTTTTTTTCATCTTTCCCAAGGCAGACACTCAATTATTATTTATTCTAGC
64 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * * * *
953 CTAAAACGTA-AAA-AAGTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
129 CAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * *
995 ATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTTGACTGTAAATGAACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGAACTTTTCT
** * * * *
1060 TGCCAATGAATGCAATTTTCTTTATGTTTTTAAAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTCTAACT
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
* *
1125 AAAAATGTACAAAGAAATCAAACTTAAATCAATTTTGAAATT
130 AAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* *
1167 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTACAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * * * * *
1232 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTGCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAG
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT-TTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * * *
1296 GAGAAATGTA-AAAAAATTC-AACTTAAAATTAATTATG-GTATT
129 CAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTT-AAATCAATTTTGAG-ATT
* * * *
1338 ATAAAATCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGAGACCATAAAT-AGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTT
* * * * * * * * * * * *
1401 CTTACTAGTGAATACTTTTTTCATCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAA
63 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * * *
1466 TCAAAAATATACAAAGAGTTCAAATTTAAATCAATTTTGATATG
128 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
1510 ATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGATTATAAAT-AGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * * * * * * *
1574 TTGCCAATGAATGCCTGTTTCTTCAT-ATTTCACGAGCTAGATATTCAATTATAATATGTT-TAG
64 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTA-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
** **
1637 TTAAAAA--TACAAAGAATTCAAGTTTAAATCAATTTTGAGATT
128 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * * * ** * *
1679 GTAAAACTACTCAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* ** * * *
1744 TGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCACATTTCTT-AAGGTTGACATTCAAATATAATCAGTTCTAAC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * *
1808 CAAAAATATACAATGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAAATT
129 CAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * * *
1851 ATAAAACTC-TTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGGCTATAAAAGGACATTTC
1 ATAAAAC-CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * * * * * * * *
1915 TTTCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATATGTCTCAAA-ATAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAA
64 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT-TTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * *
1979 CCAAAAATGTAGAAAAAATTTAAATTTAAATTAATTTTGAGATT
128 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
2023 ATAAAATCATTTAAATTGAGTAATAAGG-TTTCTAAAGGAATGGGTCACTATAAAT-AGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTT
*** *
2086 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTTA-ACATTTAATTATAATCTGTTCTA
63 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTA
* * *
2150 ACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAAT
127 ACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * *
2195 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTAAAAAT-AGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTC
* * * * * * *
2259 TTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAA
64 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * *
2323 CCATAAATGTACAAAGAATTTAAATTTAAACCAATTTCGAGATT
128 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
*
2367 ATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTAGAA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATG-GTGACTATAAATGAACTTTT
* * * * * * * *
2430 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTAAG-TTTTAGAGCTAGACATTCAATTATATTATGTTCTTA
63 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * ** *
2494 CCAAAAATGCAAAAAG-ATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAGT
128 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTT-AAATCAATTTTGAGATT
* * *
2538 ATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGA-GAACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAA-ATGAACTTTTC
* * * *** * * * *
2602 TTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATCTTTCCCAAGGTAGACACTCAATTATTATTTTTTCTAAC
64 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * * *
2667 AAAAAACAT-TA-AAA-ACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
129 -CAAAA-ATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
2709 ATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * *
2774 TGCTAATGAATGCATTTTTCTTCAT-TTTTTCGAAGGTTGACATTTAATTATAATCTGTTC-AAC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTT-AAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* *
2837 CTAAAAATGTACAAAGAATTTAAACTTAAATCGATTTTGAGATT
129 C-AAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
* * *
2881 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATTGTTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * * * * * * * *
2946 GGTCAATGAATGCCTTTCTCTTTACGTTTCTTGAA-GTAGATATTCAATTATAGTCTCTTTTAAG
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * *
3010 GACAAATGTA-AACA-AATTC-AACTTAAAATCAATTATG-GCATT
129 CAAAAATGTACAA-AGAATTCAAACTT-AAATCAATTTTGAG-ATT
* ** * *
3052 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * ** * * * * *
3117 TTCCAGTGAACACTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAA-GTGGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTT-AAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* *
3181 CAAAAATGTGCAAAGAATTCAAAATTAA
129 CAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAA
3209 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1795, Mismatches: 351, Indels: 135
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 129 0.07
170 58 0.03
171 633 0.35
172 928 0.52
173 43 0.02
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCA
AAAATGTACAAAGAATTCAAACTTAAATCAATTTTGAGATT
Found at i:1450 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 824--3208 Score: 2291
Period size: 343 Copynumber: 7.0 Consensus size: 341
814 NNNNNNNNNN
* *
824 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGA-GAACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-ATGGACTTTTC
* * * * * *
888 TTGCCAATGAATACCTTTTT-TTTCATC-TTTC-CCAAGGCAGACACTCAATTATTA-TTTATTC
65 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT-A-CGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTT
* * * *
949 T-AGCCTAAAACGTAAAAAAGTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAA-A
126 TAAG-C-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGA
* * * * **
1011 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCAAT
188 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * * * * *
1076 TTTCTTTATGTTTTTAAAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAATGTACAAAGAA
251 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAA
*
1141 ATCAAACTTAAATCAATTTTGAAATT
316 TTCAAACTTAAATCAATTTTGAAATT
* *
1167 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTACAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
1232 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTGCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGG
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGC
*
1297 AGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG-GTATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAA
131 A-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAA
* * * * * * * * *
1361 TAAGGCTTTTGAAGGTATAGGAGACCATAAATAGACTTTTCTTACTAGTGAATACTTTTTTCATC
194 TAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
* * * * * * * *
1426 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAATCAAAAATATACAAAGAGTTCAAAT
258 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAC
* *
1491 TTAAATCAATTTTGATATG
323 TTAAATCAATTTTGAAATT
* * * * * *
1510 ATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGATTATAAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * *
1575 TGCCAATGAATGCCTGTTTCTTCATATTTCACG-AGCTAGATATTCAATTATA--ATATGTTT-A
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTAT-TTTAA
* * * * * * * * * *
1636 GTTAAAA-ATACAAAGAATTCAAGTTTAAATCAATTTTGAGATTGTAAAA-CTACTCAAAGCGAG
129 G-CAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGAGAG
* *
1699 TAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTC
191 TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC
** * * * * * *
1764 TTCACATTTCTTAAGGTTGACATTCAAATATAATCAGTTCTAACCAAAAATATACAATGAATTCA
255 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCA
*
1829 AATTTAAATCAATTTTGAAATT
320 AACTTAAATCAATTTTGAAATT
* * * * * * *
1851 ATAAAACTC-TTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGGCTATAAAAGGACATTTC
1 ATAAAAC-CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** * * * * *
1915 TTTCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATATGTCTCAAAATAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAAC
65 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAG
* * * * * **
1980 CAAAAATGTAGAAAAAATTTAAATTTAAATTAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTA
130 C-AAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTA
* * * *
2045 ATAAGG-TTTCTAAAGGAATGGGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
193 ATAAGGCTTT-TGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT
* * *
2109 TCATGTTTCCCAAGGTTA-ACATTTAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATACAAAGAATTCA
256 TCATGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCA
*
2173 AATTTAAATCAATTTTGAGAA-T
320 AACTTAAATCAATTTTGA-AATT
* * * *
2195 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTAAAAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
2260 TACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAAC
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAG
* * * * * *
2324 CATAAATGTACAAAGAATTTAAATTTAAACCAATT-TCGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGT
130 CA-AAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGT
2388 AATAAGGCTTTTAGAA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC
192 AATAAGGCTTTT-GAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC
* * * * * * * * *
2452 TTTAAGTTT-T-AGAGCTAGACATTCAATTATATTATGTTCTTACCAAAAATGCAAAAAG-ATTT
255 TTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTC
* * *
2514 GAACTTAAAATCAATTTTGAGAGT
319 AAACTT-AAATCAATTTTGAAATT
* * * *
2538 ATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGA-GAACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-ATGGACTTTTC
* * * * * *
2602 TTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATC-TTTC-CCAAGGTAGACACTCAATTATTA-T-TTTTTC
65 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA-CGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTT-
** * * * * * *
2663 TAA-CAAAAAACATTAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTG
126 TAAGC--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAG
* * * *
2727 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCATTTT
189 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * *
2792 TCTTCAT-TTTTTCGAAGGTTGACATTTAATTATAATCTGTTC-AACCTAAAAATGTACAAAGAA
253 TCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC-AAAAATGTACAAAGAA
* * *
2855 TTTAAACTTAAATCGATTTTGAGATT
316 TTCAAACTTAAATCAATTTTGAAATT
* * *
2881 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATTGTTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
2946 GGTCAATGAATGCCTTTCTCTTTACGTTTCTTGAAGTAGATATTCAATTATAGTCTCTTTTAAGG
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGC
* *
3011 ACAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
131 A-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAA
* * * * *
3075 TAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAGTGAACACTTTTTTCTTC
194 TAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
* * * * * * * *
3140 ATGTTTTTCAAAGTGGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAATTCAAAA
258 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAC
3205 TTAA
323 TTAA
3209 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 287, Indels: 130
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.00
341 271 0.16
342 142 0.08
343 830 0.49
344 435 0.26
345 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGC
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATG
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTTA
AATCAATTTTGAAATT
Found at i:4062 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3697--5134 Score: 1617
Period size: 172 Copynumber: 8.4 Consensus size: 172
3687 NNNNNNNNNN
* * * *
3697 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * ** * * *
3762 TTCCTGTTTCTTGAGGTTAA-ATTCAATTATAGTCTGTTGTAATAAAAAACATACAAAAAATTGA
66 TTCATGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCA
* * *
3826 AATTTAAATCAATTTTGGGATTATAAAATTTTTTAAAGTGAG
131 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
*
3868 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * *
3933 TTCATGTTTCTTGAGGTTAATATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATATACAACGAATTCA
66 TTCATGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCA
* * *
3998 AATTTAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACTACTTAAAGCGAG
131 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * *
4040 TAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * ** * * * *
4105 TTCATATTTCTTAAGGTTGATATTCAAATATAATCAATTCTAACCAAAAATGTACAATGAAGTCA
66 TTCATGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCA
4170 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
131 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * *
4212 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGTATTGCCTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATGCCTTTTT
* * * * * * * *
4277 ATTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAACCTGTTTTAGCTAAAAATGTA-ATAA-AATT
65 CTTCATGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACA-AAGAATT
* * * *
4340 CAAATTAAAATCAATTATG-GCATTATTAAACCATTTAAAGCT-AG
129 CAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACTATTTAAAG-TGAG
* * * * * * * *
4384 TAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGA-TGTAAATGGGCTTTTCATGCTAATAAATACCTTTTG
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
** * * * *
4448 CTTCACATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAGAATTC
65 CTTCATGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTC
* *
4513 AAATTTAAATCAATTTTGATATTATGAAACTATTTAAAGTGAG
130 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * *
4556 TAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGATG-CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATAAATGCTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * * * * *
4620 CTTCATATGTCTCAAGG-TAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATTTGCAAAGAATT
65 CTTCATGTTTCTTAAGGTTA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATT
* * * *
4684 CAAATTCAAATTAATTTTAAGATTATAAAA-TCATTTAAACTGAG
129 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAG
* * * * * *
4728 TAATAAGGCTTCT-AACGAAATGGGTCACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATTAATGTC-TTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
** *
4791 CTTCATGTTTCCCAAGGTTAACATTTAATTATAATCT-TTTCTAACCAAAAATATACAAAGAATT
65 CTTCATGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATATACAAAGAATT
* *
4855 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAG
129 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * ** *
4899 TAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTAGAAATGGACCTTTT-TTATCAATGAATGCTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * *
4963 CTTCATGTTTCTTAAGG-TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTGCAAAGAATT
65 CTTCATGTTTCTTAAGGTTA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATT
* * * *
5027 TAAATTTAAATCAATTTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
129 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * *
5071 TAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
5135 GTTTAAGTTT
Statistics
Matches: 1071, Mismatches: 171, Indels: 49
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 279 0.26
172 729 0.68
173 60 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
TTCATGTTTCTTAAGGTTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCA
AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
Done.