Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403043.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_71.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21018
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 4533 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2758 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2710--2811 Score: 195
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
2700 AAAAATGTAG
2710 GAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACCAAA
1 GAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACCAAA
*
2753 GAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACCATA
1 GAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACCAAA
2796 GAAAAATTAAACTTAA
1 GAAAAATTAAACTTAA
2812 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 58 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.09, G:0.05, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
GAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATAATAAAACCAAA
Found at i:5503 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5030--6604 Score: 1144
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 169
5020 CATGTTTATC
* * * * * * * * *
5030 AAGGCAGACTTTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAACGTTTAACTTAAAATCTAT
1 AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** * * * ** * *
5095 TATTAGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGCAGTAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATG
* ** * *** *
5160 GACTTTTCGTGCCAAT-AGATCACGTTCGGTTCACGTTCCCT
129 GACTTTTCTTGCCAATGA-ATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
* * * * *
5201 AAGGCAAACATTCAATTACAGCCTT-TTTTAACTAAAAATTTTAAAAAACAATCCAACTTAGAAT
1 AAGGCAAACATTCAATTATAG-TTTGTTTTAA-TAAAAA-TGT-AAAAAC-ATTCAACTTAAAAT
* * * * *
5265 AAATTTTGACATTATAAAACTATTTATAGTG-GACAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTAT
61 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTAT
* * * *
5329 AAATGAATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
124 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
* ** *
5375 GAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
** *
5440 TATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGAGTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAGACTATAAAT
* * * * *
5504 GGACCTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTAT-AAGTTTTCT
128 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCT-TCACGTTTCCT
** ** * * * * *
5546 AAAACAAGTATTAAATTATAATCTGCTTTTACA-AAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCA
1 AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTG-TTTTA-ATAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCA
* * *
5610 ATTTTGAGATAATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
63 ATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAA
* * *
5674 ATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-CT
126 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
* * * * * * *
5717 CAA-GCTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTGAACCATAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATT
1 -AAGGC-AAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
5780 AATTATTAGATTATAAAA-TGATTTAGAGTAAGAAATACA-GCTTTCGAAGGTTTAA-GTA-ACT
62 AATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGG---AATGGAGACT
* * * * *
5841 ATAAATGAACTTTTCGTGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCT
122 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
* * * * *
5889 AAGGCAAACATTCAATTATAGCCTT-TTTTAGCTAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCG
1 AAGGCAAACATTCAATTATAG-TTTGTTTTA-ATAAAAA-TGTAAAAACATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
5953 ATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAA
* * *
6018 TGGACTTTTTTTGACAATGAAT-TCTTTTTTTTTCACGTTTCCT
127 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCCT
* * ** * * *
6061 GAGGTAGGCATTCATTTATAATTTTTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
6126 TATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAGTG
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAGACTATAAATG
* *
6191 GACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTT-CT
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
* * * * *
6231 CGAGGCAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * ** * *
6296 TTATTAGGTTATAAAACTATTTTGAGCTG-GTGATTAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAA
* * * * ** * * *
6360 TTGACTTTT-GTGCCAATGGATGGCTATCGT-TTCATGTTACGT
127 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT-TTTTCTTCACGTTTCCT
* * * * *
6402 AAGGTAAACATTTAATTATAGCCTT-TTTTAACTAAAAATTTTAAAACAATTCAACTTAAAATCA
1 AAGGCAAACATTCAATTATAG-TTTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
6466 GTTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGATAGC-ATAA
63 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGA-CTATAA
* * * *
6530 GTGGATTTTTTTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
126 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
**
6574 AAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA
1 AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA
6605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 243, Indels: 113
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 65 0.06
171 578 0.52
172 319 0.29
173 20 0.02
174 119 0.11
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCT
Found at i:5735 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 5040--6575 Score: 1053
Period size: 343 Copynumber: 4.5 Consensus size: 343
5030 AAGGCAGACT
* * ** * * * * * *
5040 TTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAATGTAAAAACGTTTAACTTAAAATCTATTATTAGCTTA
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* ** * ** ** *
5105 TAAAA-CTATTTAGAGCAAGCAG-TAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 TAAAATC-ATTTAAAGTGAG-AGATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *** * ** * * * *
5168 GTGCCAAT-AGAT-CACGTTCGGTTCACGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTACAGCCTTTTTTA
129 TTACCAATGA-ATGC-CTTTTTCTTCAAGTTCCCTAAAACAAACATTAAATTATAACCTCTTTTA
* * * ** * * *
5231 ACTAAAAATTTTAAAAAACAATCCAACTTAGAATAAATTTTGACATTATAAAACTATTTATAGTG
192 GCTAAAAAATGT-AAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * *
5296 -GACAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAATTTTTTTTGCTAATGAATGTCTTT
255 AG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTT
* *
5360 TTCTTCACGTTTCCTGAGGC-AGGCA
319 TTCTTCACGTTT-CTCAAGCTAGGCA
* *
5385 TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * *
5450 TAAAATCATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGAGTATAAATGGACCTTTCTT
66 TAAAATCATTTAAAGTGAGAGATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** ** *
5515 CCCAATGAATGCCTTTTTCTAT-AAGTTTTCTAAAACAAGTATTAAATTATAATCTGCTTTTA-C
131 ACCAATGAATGCCTTTTTCT-TCAAGTTCCCTAAAACAAACATTAAATTATAACCT-CTTTTAGC
* *
5578 -AAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAA-TCATTTAAAGTGAG
194 TAAAAAATGTAA-AAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAG
* * * *
5641 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTC
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * *
5706 TTCACATTTCTCAAGCTAGACT
322 TTCACGTTTCTCAAGCTAGGCA
* * ** * * *
5728 TTCAATTATAGTCTGTTTGAACCATAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATT
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * * * * *
5792 ATAAAATGATTTAGAGTAAGAAATACA-GCTTTCGAAGGTTTAA-GT-A-ACTATAAATGAACTT
65 ATAAAATCATTTAAAGTGAGAGATA-AGGCTTTTGAAGG---AATGTGAGACTATAAATGGACTT
* * * * * ** * * *
5853 TTCGTGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTT
126 TTCTTACCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCAAGTTCCCTAAAACAAACATTAAATTATAACCTCTTT
* * * * *
5917 TAGCTAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGCG
190 TAGCTAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * *
5982 AGTAATATGACTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATTCTTTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * *
6047 TTTTCACGTTTC-CTGAGGTAGGCA
320 TCTTCACGTTTCTC-AAGCTAGGCA
* * *
6071 TTCATTTATAATTTTTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
1 TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * * *
6136 TAAAA-CTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCT
66 TAAAATC-ATTTAAAGTGAGAGATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * *** * *
6200 TACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTT-TCTCGAGGCAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAAC
130 TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTCCCT-AAAACAAACATTAAATTATAACCTCTTTTAGC
* * * ** **
6264 -CATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGGTTATAAAACTATTTTGAGCTG-G
194 TAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTGACATTATAAAACTATTTAAAG-TGAG
* * * ** * * * * * * **
6326 TGATTAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATTGAC-TTTTGTGCCAATGGATGGCTATCGT
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCT-TTTT
* * * **
6390 -TTCATGTTACGT-AAGGTAAACA
321 CTTCACGTTTC-TCAAGCTAGGCA
* * * * * * * *
6412 TTTAATTATAGCCTT-TTTTAACT-AAAAATTTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTTTGACA
1 TTCAATTATAG-TTTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* * * * * *
6475 TTATAAAACCATTTAAAGTTAGTA-ATAAGGCTTTTGAAAGAATAG-GATAGC-ATAAGTGGATT
63 TTATAAAATCATTTAAAGTGAG-AGATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGAGA-CTATAAATGGACT
* * * * * *
6537 TTTTTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAA
125 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTCCCTAA
6576 GGCAGGCATT
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 207, Indels: 87
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 56 0.06
342 201 0.21
343 502 0.53
344 30 0.03
345 140 0.15
346 11 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
TAAAATCATTTAAAGTGAGAGATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTCCCTAAAACAAACATTAAATTATAACCTCTTTTAGCTA
AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
CGTTTCTCAAGCTAGGCA
Found at i:6124 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 5362--6604 Score: 1433
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 514
5352 ATGTCTTTTT
* * ** * * *
5362 CTTCACGTTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATAG-TTTGTTTTAA-TGAAAAA-TGTAAAAACAT
1 CTTCACGTTACCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTT-TTTTAACT-AAAAATTTTAAAAAAAT
* * * * * * ** * *
5424 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTGAAGGAA
64 TCAACTTAAAATCAGTTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAA
* * * ** * * * **
5489 T-GTGAGAGTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTAT-AAGTTTTCTAAAACA
129 TAG-GAGAGCATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATGTCTTTTTCT-TCACGTTTCCTAAGGCA
* * * * *
5552 AGTATTAAATTATAATCTGCTTTTACA--AAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT
192 GGCATTCAATTATAATTTG-TTTTA-ATGAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * *
5615 GAGATAATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
255 AAGATAATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * *
5679 CTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGCTAGACTTTCAATTATAGTCTG
319 CTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGC-AAACTTTCAATTATAGTCTG
* *
5743 TTTGAACCATAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAA-TGATTTAGA
383 TTTGAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACT-ATTTAGA
*
5807 G-TAAG-AAATACAGCTTTCGAAGGTTTAAGTAACTATAAA-TGAACTTTTCGTGCCAATAGATG
447 GCT-AGTAAATA-AGCTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATTG-ACTTTT-GTGCCAATAGATG
* *
5869 GCTTTTG
508 GCTATCG
* *
5876 CTTCACGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAGCTAAAAATTTTAAAAAAATTC
1 CTTCACGTTACCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTC
* *
5941 AACTTAAAATC-GATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTT-AAAGGAA
66 AACTTAAAATCAG-TTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAA-GAA
* * *
6004 TAGGAGA-CTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAAT-TCTTTTTTTTTCACGTTTCCTGAGGTA
129 TAGGAGAGC-ATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * * *
6067 GGCATTCATTTATAATTTTTTTTAATGAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATAA
192 GGCATTCAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAA
* * *
6131 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTT
257 GATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * *
6196 TTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTT
322 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAAACTTTCAATTATAGTCTGTTTG
* * *
6261 AACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGGTTATAAAACTATTTTGAGCTGG
387 AACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAGAGCTAG
* * * * *
6326 TGATTAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATTGACTTTTGTGCCAATGGATGGCTATCG
452 TAAATAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATTGACTTTTGTGCCAATAGATGGCTATCG
* * * * * *
6389 TTTCATGTTACGTAAGGTAAACATTTAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAACAATTC
1 CTTCACGTTACCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTC
** *
6454 AACTTAAAATCAGTTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATA
66 AACTTAAAATCAGTTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATA
* * * * *
6519 GGATAGCATAAGTGGATTTTTTTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGGCA
131 GGAGAGCATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGGCA
*
6584 TTCAATTATAGTTTGTTTTAA
196 TTCAATTATAATTTGTTTTAA
6605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 94, Indels: 43
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
513 199 0.32
514 276 0.45
515 138 0.22
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (514 bp):
CTTCACGTTACCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAGTTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATA
GGAGAGCATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGGCA
TTCAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATA
ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAAACTTTCAATTATAGTCTGTTTGAACC
ATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAGAGCTAGTAAA
TAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATTGACTTTTGTGCCAATAGATGGCTATCG
Found at i:7025 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6735--7351 Score: 500
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
6725 NNNNNNNNNT
* * * * * * *
6735 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTGTAATCTGTCTCAACTAAAAATTTTAAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGT-AAAAA
* * * * *
6800 CAATTGAACTTAAAATCAATTTTAAGATTGTAAAACCGTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTAAA
64 CAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
*
6865 GGTATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATGCC
129 GGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCC
* * *
6908 TTCTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-
1 TT-TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC
* * **********
6972 AATTCAACTTAAATTCAATTTTGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGNNNNNNNNNN
65 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * *
7037 GAATGAATGACTATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAATACC
130 GAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCC
* * **
7079 TTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTCTT-ATTAAAAATGTAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAA
* ********** * * *
7142 -ACTTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTA-AAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
64 CAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * *
7205 AGGAATGAGAGACTATGAATAGACTTTTC-T-CCAAATGAATGGCT
128 AGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC-AATGAAT-GCC
* ** ** *
7249 TTTTCTGCATATTTCTCAAGACA-ATCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C-AAAATGTAAAAAG
1 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC
* * *
7311 AATTCAAATTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAATCATTTA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
7352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 93, Indels: 28
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 13 0.04
169 37 0.11
170 148 0.44
171 87 0.26
172 6 0.02
173 4 0.01
174 44 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACA
ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
AATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCC
Found at i:11304 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 10585--11991 Score: 1031
Period size: 344 Copynumber: 4.1 Consensus size: 342
10575 ATGGCTTTCG
* * * * *
10585 CTTCACG-TTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTT-TTTTAGCCAAAAATTTTAAAAAAAT
1 CTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACTTTCAATTATAG-TTTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAAT
* * * * * * * **
10648 TCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATATGGCTTTTAAAGGAA
63 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGAA
* * ** * * * * *** * * *
10713 TAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATTCTTTTTTTTTCATGTTTCCTG-AGGTAG
128 TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGAATGCCTATCGCTTCACG-TTACTGAAGGTAA
* * * * * * * *
10777 GCATTCATTTATAA-TTTTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAG
192 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
10840 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATCAGTGGACTTT
257 ATTATAAAACTATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAGTGGACTTT
10905 TCTTACCAATGAATATCTTTTT
321 TCTTACCAATGAATATCTTTTT
* * * * *
10927 CTTCATGTTTGTCGAGGTAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATTC
1 CTTCACGTTTCTCAAGGCAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTC
* * * * * * *
10992 GACTTAAAATCAATTATTAGGTTATAAAACTATTTAGAGCTG-GTGATTAGGCTTTCGAA-GACT
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTGATAAGGCTTTCGAAGGA-A
* * * *
11055 TAAGTGACTATAAATTGAC-TTTCGTGTCAATGGATGGCTATCGCTTCATGTTAC-GTAAGGTAA
128 TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGAATGCCTATCGCTTCACGTTACTG-AAGGTAA
*
11118 ACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGA
192 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAACTAAAAA-TTTTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGA
* *
11183 CATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTG-AGAGAATAGGAT-AGC-ATAAGTGGA
256 GATTATAAAACTATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAAT-GGATGA-CTATAAGTGGA
* * *
11245 -TTTTTTTGGCCAATGGATATCTTTTT
317 CTTTTCTT-ACCAATGAATATCTTTTT
** * ** *
11271 CTTCACGTTTC-CTAAGGCAGGCATTT-GATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATT
1 CTTCACGTTTCTC-AAGGCAAAC-TTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* *
11334 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAAT
64 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGAAT
** * * ** * * *
11399 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTGGAGGTAGAC
129 AAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGAATGCCTATCGCTTCACGTTACTGAAGGTAAAC
* * * * * * * *
11464 ATTCAATTGTAATCTGTCTCAGCCAAAAATTTTAAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
194 ATTCAATTATAACCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAA-AA-TCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * * * *
11529 ATTGTAAAACTGTTTAAAGTGGCTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-GAGTGACTATAAATGAACTT
257 ATTATAAAACTATTTAAAGTAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAGTGGACTT
* *
11593 TTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
320 TTCTTACCAATGAATATCTTTTT
* * * * * * * * *
11616 CTTCATGTTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATTTTAAAAAACAA
1 CTTCACGTTTCTCA-AGGCAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAA-TGT-AAAAA-AA
* * * * * * * * * ** *
11680 TTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAATCGTTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTAAAGGT
62 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGA
* * * * * ** * *
11745 ATGAGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-ATTTTCTTCACTTTTCTTG-AGGT
127 ATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGAATGCCTA-TCGCTTCACGTTAC-TGAAGGT
* * ** * * * *
11808 AGACATTCAATTATGATATGTGTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
190 AAACATTCAATTATAACCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTG
********** * * * *
11872 AGATTATAANNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGAATGACTATAAATAGA-T
255 AGATTATAAAACTATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAGTGGACT
* *
11936 TTTTTTACCAATGAATA-CCTTTT
319 TTTCTTACCAATGAATATCTTTTT
* * *
11959 CTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATA
1 CTTCACGTTTCTCAAGGCAAACTTTCAATTATA
11992 ATCTNNNNNN
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 176, Indels: 77
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 3 0.00
341 42 0.05
342 114 0.13
343 138 0.16
344 211 0.25
345 178 0.21
346 13 0.02
347 13 0.02
348 135 0.16
349 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
CTTCACGTTTCTCAAGGCAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGAATAA
GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGTCAATGAATGCCTATCGCTTCACGTTACTGAAGGTAAACAT
TCAATTATAACCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
TAAAACTATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAGTGGACTTTTCTTA
CCAATGAATATCTTTTT
Found at i:11547 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10519--11995 Score: 1183
Period size: 174 Copynumber: 8.6 Consensus size: 171
10509 ATTTAGAGCA
* ** ** * * **
10519 AGTAATACGGCTTTTGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-AGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATACCTTT
** * * * * * ** * * *
10583 CGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAGCCAAAAATTTTAAAAAAAT
65 TTCTTCATGTT-TCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAAAAT
*
10648 TCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTG
129 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * * * * * *
10691 AATAATATGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATTCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * * * *
10756 TTTTCATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCATTTATAAT-TTTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATT
66 TCTTCATGTTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAAAATT
* * *
10819 CAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
130 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * *
10861 AGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATCAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * * * *
10926 TCTTCATGTTTGTCGAGGTAAACTTTCAATTATAGTTTGTTTTAACCATAAA-TGTAAAAAAAAT
66 TCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGT-AAAAAAAT
* * *
10990 TCGACTTAAAATCAATTATT-AGGTTATAAAACTATTTAGAGCTG
129 TCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TG
* * * * ** * * * * ** *
11034 -GTGATTAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATTGAC-TTTCGTGTCAATGGATGGCTAT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
** * * * ** * * *
11096 CGCTTCATGTTACGTAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTTAAAAAAA
65 TTCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TTGTAAAAAAA
* * * *
11161 ATCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTT
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * * *
11205 AGTAATAAGGCTTTTG-AGAGAATAGGAT-AGC-ATAAGTGGA-TTTTTTTGGCCAATGGATATC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAAT-GGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATACC
* * * * ** * * **
11266 TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGGCATTTGATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAA-TGTAAAAA
62 TTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAA
* * * * *
11330 TATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG
126 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * *
11376 AGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * * * *
11441 TCTTCACGTTTCTGGAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTCTCAGCCAAAAATTTTAAAAAACAA
66 TCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGT-AAAAA-AA
* * *
11506 TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACTGTTTAAAGTG
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * * *
11550 -GCTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
1 AG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
* * *
11614 TTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATTTTAAAAAACA
65 TTCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGT-AAAAA-A
* * * *
11679 ATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAA-TCGTTTAAAGTG
127 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTG
* * * * * * * *
11724 GGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* * * *
11789 TCTTCACT-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGATATGTGTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAAT
66 TCTTCA-TGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAAAAT
**********
11852 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAANNNNNNNNNNAGTG
129 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* ** * * *
11895 AGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGAATGACTATAAATAGA-TTTTTTTACCAATGAATACC-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
* ** *
11958 TCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
66 TCTTCATGTTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
11996 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 216, Indels: 77
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.03
170 156 0.15
171 266 0.25
172 228 0.22
173 67 0.06
174 299 0.28
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTT
TCTTCATGTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
Found at i:12980 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 12546--14131 Score: 982
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 168
12536 NNNNNNAAGC
* * * * * *
12546 GAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGT-GAACTTTTCTTACCAATGAAT-ATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-AC-TTT-TTGCCAATG-ATGA-CT
* * * * * *
12609 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTATAAATGTAAAACAA
61 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
12674 TTCAACTTAAAATTAATAATT-AGCTTATAAAACTATTTAGAGTT
126 TTCAACTTAAAATCAAT-TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG-T
** * * ** * * * * * ** * *
12718 G-GTGGTTAGGCTTTGGAAGGCTTAAGTGACTGTAAATCGACTTTCGTGTGAATGGATGGCTTTC
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTT-TTGCCAAT-GATGACTTTT
* ********** * ** *
12782 GCTTCNNNNNNNNNNAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATT
64 TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATT
* * * *
12847 TAATTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGT
128 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * * * *
12888 GAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGAGAGTATAAGTGGACTTTTTGCCAATGGATGTCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATAGACTTTTTGCCAAT-GATGACTTTT
* * * * **********
12952 TCTTCACGTTTCTTAAGGCAGCCATTCAATTATAGT-TTGTTTTAACAAAAAATNNNNNNNNNNT
64 TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
13016 CAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATTATTTAAAGT
128 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * *
13057 GAGTGATAAGGCTTATGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTG-CTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAC-TTT-TTGCCAATGA-TGAC-TT
* * * *
13121 TTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC-TTTTTGACTAAAAATTTAAAAAAAC
62 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGT--AAAAA-
* * * **********
13185 AATTGC-ATTTAAAATCAATTTTAAGATTGTANNNNNNNNNNAAGT
124 AATT-CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * * * * * *
13230 GGGTAATAAGGCTTTTAAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAC-TTT-TTGCCAA-TGATGACTTT
* * * * * *
13295 TTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATT
63 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
*
13360 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGT
128 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * * ** *
13401 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGATATTTTTCCCAATGAACACCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA-CTTTTTGCCAATGATGACTTTTT
* * * * *
13466 CTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCGATTATAATCTGTTCTT-ATTAAAAATAG-AAAAAACT
65 CTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAAT
* * * * * *
13528 ACAACCTAATATCAATTATGAGATTAGAGAACTATTTAAAGT
127 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* *
13570 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCATTCAAATGAATGACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTT--TGCCAATG-ATGACTTT
** * * ** * *
13635 TTCCACATGTTTCTCAAGACA-AGCATT-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATGTAAAAGGAA
63 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAA
* * *
13697 TTCAAATTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
126 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * *
13740 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTATTCCCAATGAAAT-ACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAC-TTT-TTGCCAATG--ATGACTT
* ** * * ** * * * ** *
13804 TTTCTACATATGTCCTGTGATA-AGTATTCAATTATAATCTGTTTTGTCTAAAAATGTAAAAGGA
62 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AA
* *
13868 ATTCAAATTAAAATCAA-TTTGAAGATTATAAAACCATTTAAAGT
125 ATTCAACTTAAAATCAATTTTG-AGATTATAAAACTATTTAAAGT
* ** * * * *
13912 GAGTAATAAAGCTTTT-ACAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGAGACTATAAATAGAC-TTT-TTGCCAATG-ATGACTT
* * * * * * * *
13976 TTTCTTTACCTTTCTCAAGATAGACCTTCAATTAT-ATTTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAA
62 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
14040 TTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT-TTTAAAAGC
126 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTT-AAAGT
* *
14083 GAGTGATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGAGACTATAAATGGACTTTT
1 GA--G-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTT
14132 CTTTCAAATG
Statistics
Matches: 1086, Mismatches: 278, Indels: 100
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 207 0.19
170 256 0.24
171 301 0.28
172 149 0.14
173 117 0.11
174 48 0.04
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTTGCCAATGATGACTTTTTC
TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
Found at i:13552 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12797--14131 Score: 858
Period size: 169 Copynumber: 7.8 Consensus size: 169
12787 NNNNNNNNNN
* ** * * * * *
12797 AGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAA-
* * * * * * *
12862 TTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGAGAGTATAAGT
64 TTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAAT
* * *** * *
12926 GGAC-TTT-TTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTT-A
128 AGACTTTTATTCCCAAT-GAACACCTTTTCTTCATGTTT-TTCA
* * * * * **********
12967 AGGCAGCCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
13032 ATGAGTTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTATGAAGGAATGAGTGACTATAAATAG
66 -TGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
* * *** * * * *
13097 ACTTTTCTTGCCAATGAGTGCTTTTTTTTTCACGTTTCTT-G
130 ACTTTTATTCCCAATGAACAC-CTTTTCTTCATGTTT-TTCA
* * * *
13138 AGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTGACTAAAAATTTAAAAAAACAATTGC-ATTTAAAATC
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT---AAAAGAATT-CAACTTAAAATC
* ** ********** * * * * *
13201 AATTTTAAGATTGTANNNNNNNNNNAAGTGGGTAATAAGGCTTTTAAAAGTATGAGTGACTATAA
62 AA-TTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
* * * * ** * **
13266 ATGGACTTTTCTTGCCAATTAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTTTG
126 ATAGACTTTTATTCCCAATGAACACC-TTTTCTTCATGTTTTTCA
* *
13311 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAA-T
* *
13376 TTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAG
65 TTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
13441 A-TATTT-TTCCCAATGAACACCTTTTCTTCATGTTTTTCA
130 ACT-TTTATTCCCAATGAACACCTTTTCTTCATGTTTTTCA
* * * * *
13480 AGGTAGACATTCGATTATAATCTGTTCTT-ATTAAAAATAG-AAAA-AACTACAACCTAATATCA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACTAAAAAT-GTAAAAGAA-TTCAACTTAAAATCA
* *
13542 ATTATGAGATTAGAGAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
63 ATT-TGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
* * * ** *
13607 TAGACTTTTCATT-CAAATGAATGACTTTTTCCACATGTTTCTCA
127 TAGACTTTT-ATTCCCAATGAA-CACCTTTTCTTCATGTTTTTCA
** *
13651 AGACA-AGCATT-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATGTAAAAGGAATTCAAATTAAAATCAA
1 AGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-GAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
13713 TTTGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAAT
64 TTT-GAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
* * * * * * *
13778 GGACTTTTATTCCCAATGAAATACTTTTTCTACA--TATGTCC
128 AGACTTTTATTCCCAATG-AACACCTTTTCTTCATGTTTTTCA
* * ** *
13819 TGTGATA-AGTATTCAATTATAATCTGTTTTGTCTAAAAATGTAAAAGGAATTCAAATTAAAATC
1 AG-G-TAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-GAATTCAACTTAAAATC
* * * ** * *
13883 AATTTGAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT-ACAAAAATGGGTGACTATA
62 AATTTG-AGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGAGAGACTATA
* * * ** * ** *
13947 AATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTTACCTTTCTCA
125 AATAGACTTTTATTCCCAATGAACACC-TTTTCTTCATGTTTTTCA
* * * * * * * *
13993 AGATAGACCTTCAATTATATTTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
14058 ATAAGATTATAAAACT-TTTAAAAGCGAGTGATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGAGACTATAA
66 -TGAGATTACAAAACTATTT-AAAGTGA--G-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
*
14122 ATGGACTTTT
126 ATAGACTTTT
14132 CTTTCAAATG
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
TGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGA
CTTTTATTCCCAATGAACACCTTTTCTTCATGTTTTTCA
Found at i:16403 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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16095 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16105 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTCATTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
** * * * * * * * *
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* ** *
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* * * *
16276 TAAAAGGTTTTATATTTTCATAATTGATTTTAACTCT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * ** *
16340 GATTATAATTGAAGGTTTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATCCATTTGCAAGAAAAGTCC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
* *
16405 ATTTATAGTCACTCATTCC-TCTAAAAGCTTTATTACTCACTT
130 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
16447 TAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCCTTTTACATTTTTAGA-CAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GATTAAAA
* * * * * * * *
16510 CAGATTATAATTGAATGGT-TGTCAT-GGGAAATATGTAGAAAAA-GTATTTCATTGGGAAGAAA
63 CAGATTATAATTGAAT-GTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTTGCAAGAAA
* *
16572 AGTCTATTTATGGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
125 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
16619 TAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGA-CAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GATTAAAA
** ** * * * *
16682 CAGATTATAATTGAATG-CT-TGTC-ATGGGACATG-TGTAGAAAA-GTATT-TTATTGAGAAGA
63 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAG-A-AAAAGGCATTCAT-TTG-CAAGA
* *
16741 AAAGTCCATTTATGGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
123 AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
16790 TAAATAGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAAATTCAATTCCTTTTACA-TTTTGATTAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAAC
** * ** * *
16853 AGATTATAATTGAATG-CTTGTCTTGAGAAATGTGCAA-AAAAA-GCTATTCATTTGGATGAAAA
64 AGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGC-ATTCATTTGCAAGAAAA
* * * * *
16915 GTCTATTTATAGTCCCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTT
126 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
16961 TAAATGATTCTCTAATCTCATAATTGATATTAGGTTGAAGTTTTTCACATTTTTGA-TAAGAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA-AACA
* ** * * * * * * *
17025 GATTATAATTGAATGACTACCT-TTGAAA-ATGTGAGGAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAATC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
* * *
17088 TATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTT
129 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
17131 TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA
* ** * * * * *
17195 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAGAAAGACATTCATTGGTATGAAAAGTCC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
* * * *
17260 ATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTT
130 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
17302 TAAACAGG-TTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-CAATTTTTGGTTAAAAC
1 TAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAAC
* * * * *
17365 AAATTATAGTTGAATGTCTACGTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
* * * * *
17430 CATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTT
129 CATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
17473 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * *
17538 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAG-GAAAGGACACTCATTGGCAAAAAAAGTTC
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGG-CATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
* * *
17602 ACTTATAGTCTC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAATCACTT
130 ATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
17644 TAAATGGTTTCATACTGTCCA-AAGTGGTTTTAAATTGAATTTTTTTAAAAATTTTT-AGTTAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ACATTTTTGA-TTAAA
* ** ********** * ** * ** *
17707 AAAGGCTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGGAACATGAAGTGAAAGCCA-TC-TATTGGTACAAAA
62 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT-TTGCAAGAAAA
* * ** * * * ** *
17770 GTCTATTTATAGTCAT-TTAAGCTTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTC
126 GTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ********** ** * *
17816 TAAATGGTTTTATAAGCTAANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTACGGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * ** * * * * *
17881 ACTATAATTGAAAGTCTTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGATAAGGAAAGTTC
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCC
* * * * *
17945 ACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTT
130 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********** *
17987 TAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC-G
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * *
18051 AATTATACA-TGAATGCCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTAT-CAA-ACAAAG
66 -ATTATA-ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-TGCAAGA-AAAG
* * *
18113 TCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTT
127 TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
18158 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACA
** * * * * * ** * * * * * *
18223 GGCTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGGGAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTACGAAAAATC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
* * * * ** * * **
18287 TATTTACAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTT
129 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
18330 TAAATAGTTTGT-TAAGCTAATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACA--TTTGCAGTTAAAA
1 TAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-A-TTAAAA
* * * * * * * *
18392 CAGACTATAATTAAAAGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAATGACATTCA-GTGACAAGAAAAG
63 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAG
* * *
18456 TCCATTTATAGTCATC-AATTCCTTCAAAAGCGTTAATACTCACTT
127 TCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * ** *
18501 TAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTCTTACATTTTTGGCTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * *
18566 GATTATAATTTAGTGCCTATCTC-AGAAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATTGTG-AAG-AAAG
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATT-TGCAAGAAAAG
* **
18627 CTCCATTTATTA-TCT-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTT
127 -TCCATTTA-TAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
18673 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACTTTTTTCATTAAAATAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * *
18736 ACTATAATTGAATGTTTACCTC-AGGAAACATGAAGAATAAGGCATTCA-TTGACAAAAAAAATT
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTC
* * *
18799 CTTTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCCCACTT
129 CATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
18842 TAAATGGTTTTATAATGTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTT-AGTTAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGA-TTAAAAC
** * * ** * * * * * * *
18906 AGGCTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGGTACCTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGT
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGT
* * * * ** * * ** *
18970 TCATTTATAATCACTTAAACTTTCATAAGCCTTATTACTTGCTC
128 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
19014 TAAATGGTTTTAT-ATGCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTATGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
** * * * * **
19078 GACAATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTT
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
* * *
19143 ATTTATCGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTT
130 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
19185 TAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTT-ATTTCAAAC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * * * * *
19249 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAATAT-ATAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAGGT
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGT
* * * *
19313 CCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTT
128 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
19357 TAAATGGTTTTATAATCTAAAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTT-AGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA
* * ** * * *
19420 GATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGATAAGAAAAGTT
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTC
* * *
19484 TATTTATAGTCATC-CATTCCCTT-AAAATCCTTGTTACTCACTT
129 CATTTATAGTC-TCTCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
19527 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGTATTTTTCTACATTTTTGATTAAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT-AAAACA
* * ** * * * ** * *
19592 GGTTATAATTGAACGTCTGGCTTGGGGAACATGAAGCGAAA-GC-TATCTATTGGCACGAAAAGT
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT-TC-ATTTGCAAGAAAAGT
* * ** * * *
19655 CCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT-CTAATTAGCTT
128 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTT
* * * * * * *
19699 TAAATGCTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTTAGTTTAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA
* ** * * * *
19764 GACTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGATGCAAAAA-GCATTGATCTGCAAGAGAAGTC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
* * **
19828 TATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
129 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * *
19871 TAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACA-
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * * * * * *
19935 AGCTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGTAA-AGAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAATC
66 A-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
* * *
19999 CATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTN
129 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********* * *** * ** ** *
20042 NNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAACGTTTTAAATCCTTG-TTAAGGCAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * ** * *
20105 ACTATAATTGAATGCCTGCTTTGGGAAACATTTAGAAAATA-CCATTCATTTGAAAGAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
* * * *
20169 ATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATCACTCACTT
130 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
20211 TAAAAGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTT-AGATTAAATGTTTTTACATTTTTTG-TTCAGAC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAAC
* ** * * * * *
20274 AGACTATAATTGAATGTCTGTCTCAATAAACATGTAGAAAACGCCATTCATTT----G-AAAGTC
64 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
20334 TATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTCTTATCACTCGCTT
129 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
** * * * * * *
20377 TAAAAAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTCACTTTTTTTAAATTTTTGATTAAATCAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* ** * *
20442 ATTATAATTGAAGGTCTACCTCGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTCCAAAAAAAGTCCA
66 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCA
20507 TTTATAGT-TAC-CTATTCC-TCTAAAAGCCTTATTACTCACTT
131 TTTATAGTCT-CTC-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTT
******** * * *
20548 TAAATGGTNNNNNNNNNNC-CA-AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTCCATTTTTAGA-CAAA
1 TAAATGGT--TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GATTAAA
* ** * * * * * *
20610 ACGGATTATAATTGAATG-CT-TGTCATGGGAAATATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAA
62 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC--GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAA
* * * *
20673 AGTCCATTTATGGTATCCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
125 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
20720 TAAATGG-TTTATAA-C-CACTAAATTGATTTTAATTTGAATTTCTTTTACA-TTTTGGTTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCA-T-AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAA
* ** * * ** * * * * *
20781 CATATTATAATTGAATG-CTTGTCTTGACAAATGTGCAGAACAAGCCATTCATTTGGATGAAAAG
63 CAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAG
**********
20845 TCCATTTATAGTCTCTCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCACTT
127 TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* ** * * * *
20890 TAAATGGTTCTCCAATCTCAT-ATTGATATTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTAAGAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA-AACA
* ** ** * * * *
20953 GATTATAATTGAAAGTCTAGTTTAATAAACATGAAGAAAGAA-GCACTCATTGGTAAGAAAAGTC
65 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
21017 AA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
Found at i:16595 original size:343 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 14.2 Consensus size: 341
16095 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16105 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACA
** * * * * * * *
16169 GGCTAAAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAACGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCC
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
* ** * * *
16234 ATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTCATAA
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
16299 TTGATTTTAACTCT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTTTACCTC
194 TTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* ** *
16363 AAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC-TCT
258 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-
*
16427 AAAAGCTTTATTACTCACTT
322 AAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * **
16447 TAAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTTTTACATTTTTAGACAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * *
16512 GATTATAATTGAATGGTTGTCATGGGAAATATGTAGAAAAAGTATTTCATTGGGAAGAAAAGTCT
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGTA-TTCATTGGGAAGAAAAGTCC
* *
16577 ATTTATGGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-A
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATA
* * **
16641 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGA-CAAAACAGATTATAATTGAATG-CT-TG
193 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * * * *
16703 TC-ATGGGACATG-TGTAGAAAA-GTATT-TTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCCAT
256 TCGA-GAAACATGAAG-A-AAAAGGCATTCAT-TTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
16764 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
316 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
16790 TAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAAATTCAATTCCTTTTACATTTTGA-TTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * ** * * * * *
16854 GATTATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCATTTGGATGAAAAGTCT
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
* * * ** * * *
16919 ATTTATAGTCCCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTCTCTAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
16984 TTGATATTAGGTTGAAGTTTTTCACATTTTTGA-TAAGAACAGATTATAATTGAATGACTACCT-
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * * * * * * * *
17047 TTGAAA-ATGTGAGGAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
258 GAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
*
17111 AAAAGCCTTATTACTCATTT
322 AAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
17131 TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
** *** ** * * * * *
17196 ATTATAATTGAAT-GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAGAAAGACATTCATTGGTATGAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGGT-TGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
17260 ATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACAGG-TTTACAATCTCAAA
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
17324 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-CAATTTTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAATGTCTACGT
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
17388 CGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCTTT
257 CGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTT
* * *
17452 CAAAAGCTTTATCACTCGCTT
321 CAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
17473 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACA
* * *** * * * * * * * *
17537 AATTATAATTGAAT-GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGGAAAGGACACTCATTGGCAAAAAAAGTT
65 GATTATAATTGAATGGT-TGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTC
* * * * * * *
17601 CACTTATAGTCTC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTCATACTGTCCA
128 CATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CA
* * * * * ** ***
17665 -AAGTGGTTTTAAATTGAATTTTTTTAAAAATTTTT-AGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGNNN
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
******* * ** * ** * * * * **
17728 NNNNNNNGGAACATGAAGTGAAAGCCA-TC-TATTGGTACAAAAGTCTATTTATAGTCATTTAAG
253 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * ** *
17791 CTTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTC
317 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* ********* ***
17816 TAAATGGTTTTATAAGCT-AANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTACGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * * * ** * *
17880 TACTATAATTGAA-AGTCTTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGGAAAGTT
65 GATTATAATTGAATGGT-TGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTC
* * * * **********
17944 CACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATA
128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
18009 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC-GAATTATACA-TGAATGCCTGCC
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG-ATTATA-ATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
18072 TTGGGAAACATAAAGAAAAATGAATTCATTAT-CAA-ACAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCC
256 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-TGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* *
18135 TTTAAAAGCCTTATTACTCATTT
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
18158 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACA
** * * * * ** * * * * *
18223 GGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGG-AACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTACGAAAAATC
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTT-GGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTC
* * * * ** * * * * * *
18287 TATTTACAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTGT-TAAGCTAAT
128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCAT
* * * * * *
18351 AATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACA--TTTGCAGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTGC
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
18414 CTTGAGAAACATGAAGAAAATGACATTCA-GTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAATTC
255 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTC
* *
18477 CTTCAAAAGCGTTAATACTCACTT
318 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
18501 TAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTCTTACATTTTTGGCTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * ** * ** * * * *
18566 GATTATAATTTAGTGCCTATCTCAGAAAACATATAGAAAAAGGCATTCATTGTGAAG-AAAGCTC
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAA-GTATTCATTGGGAAGAAAAG-TC
* *
18630 CATTTATTA-TCT-TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
128 CATTTA-TAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
18693 TAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACTTTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGAATGTTTACC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
18756 TC-AGGAAACATGAAGAATAAGGCATTCA-TTGACAAAAAAAATTCTTTTATAGTCTC-CTATTC
256 TCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTC
* *
18818 CTTCAAAAGCCTTATTTCCCACTT
318 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
18842 TAAATGGTTTTATAATGTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTAGTTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACA
** * ** * * * * * * *
18907 GGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGG-TACCT-TAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGT
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTT-GGGAAACATGT-AGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGT
* * * * ** * * * * *
18970 TCATTTATAATCACTTAAACTTTCATAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTAT-ATGCTAA
127 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
* * * * ** *
19034 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * ** *
19099 TCGAGAAACGTGAAGTAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATCGTCACTCATTCCTT
256 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
*
19164 CAAAAGCCTTATCACTCACTT
321 CAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
19185 TAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTTATTTCAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * * *
19250 GATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAATATATAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAGGTCC
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGT-ATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
* * * * *
19315 ATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAA
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
19380 TT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTT-AGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTC
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* ** * * **
19443 AAGAAAGGTGAAGAAAAAAGCATTCA-TTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCA-TCCATTCCCT
258 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATT-CCT
* *
19506 T-AAAATCCTTGTTACTCACTT
320 TCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
19527 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGTATTTTTCTACATTTTT-GATTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TT-AAAAC
* * * * * ** * *
19591 AGGTTATAATTGAA-CGTCTGGCTTGGGGAACATGAAGCGAAAGCTA-TCTATTGGCACGAAAAG
64 AGATTATAATTGAATGGT-TGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTC-ATTGGGAAGAAAAG
* * ** * * * * * * *
19654 TCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTCTAATTAGCTTTAAATGCTTTTATAAGCTAA
126 TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * **
19719 TAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTTAGTTTAAATAGACTATAATTGAACATCTAC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
19784 CTCGAGAAACATGATGCAAAAA-GCATTGATCTGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCC
255 CTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
**
19848 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * *
19871 TAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACA
* * * * * * * *
19935 -AGCTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGTA-AAGAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAAT
65 GA-TTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAA-AAAGT-ATTCATTGGGAAGAAAAGT
* * * **********
19998 CCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCAT
127 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *** * ** ** * * * * *
20063 AATTGATTTTAGGTT-AAACGTTTTAAATCCTTG-TTAAGGCATACTATAATTGAATGCCTGCTT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * * *
20126 TGGGAAACATTTAGAAAATA-CCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ATCCCATTCCT
257 CGAGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCT
* *
20189 TCAAAAGTCTTATCACTCACTT
320 TCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * *
20211 TAAAAGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTT-AGATTAAATGTTTTTACATTTTTTGTTCAGACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* **** * * *
20275 GACTATAATTGAAT-GTCTGTCTCAATAAACATGTAGAAAACGCCATTCATT----TG-AAAGTC
65 GATTATAATTGAATGGT-TGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-TATTCATTGGGAAGAAAAGTC
* * * * * **
20334 TATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTCTTATCACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATA
128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
20399 AATGATTTTAAGTTCACTTTTTTTAAATTTTTGATTAAATCATATTATAATTGAAGGTCTACCTC
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * * *
20464 GAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTAC-CTATTCC-TC
258 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTC
20527 TAAAAGCCTTATTACTCACTT
322 -AAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * * ** *
20548 TAAATGGTNNNNNNNNNNCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTCCATTTTTAGACAAAACG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * *
20613 GATTATAATTGAATGCTTGTCATGGGAAATATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
65 GATTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGT-ATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
* * * * *
20678 ATTTATGGTATCCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAA-C-CACTA
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-T-
* * * **
20740 AATTGATTTTAATTTGAATTTCTTTTACA-TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG-CTTGT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TAC
* * ** * * * * * * **
20803 CTTGACAAATGTGCAGAACAAGCCATTCATTTGGATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCNN
255 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
********
20868 NNNNNNNNCTTATTACTCACTT
320 TCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* ** * * * *
20890 TAAATGGTTCTCCAATCTC-ATATTGATATTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAGAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AACA
20953 GATTATAATTGAA
65 GATTATAATTGAA
20966 AGTCTAGTTT
Statistics
Matches: 3495, Mismatches: 878, Indels: 294
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 64 0.02
336 17 0.00
337 110 0.03
338 56 0.02
339 10 0.00
340 221 0.06
341 614 0.18
342 914 0.26
343 1257 0.36
344 222 0.06
345 10 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGGTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTT
Found at i:19075 original size:684 final size:676
Alignment explanation
Indices: 16105--19866 Score: 2465
Period size: 685 Copynumber: 5.5 Consensus size: 676
16095 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
16105 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTT-T-ATATTTTTCATTAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTATAAAATTTTT-GTTAAAAA
* * * * * * * *
16168 AGGCTAAAATTGAATGCTTGCCTT-GGGAAACATGTAG-AAAACGCCATTCATTTGAAAGAAAAG
64 AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGG-AACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGGCACGAAAAG
* * ** ** * * *** *
16231 TCCATTTATAGTC-TTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTC
127 TTCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTA
* * * * * *
16295 ATAATTGATTTTAACTCT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTTTA
190 ATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACA--TTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTA
* ** * * *
16359 CCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
252 CCTCGAGAAACATGAAGCAAAA-GCATTCA--TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCATTC
* * * * * * *
16423 C-TCTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAAT
313 CTTC-AAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
* ** * * * * *
16487 -TCCTT-TTACATTTTTAGAC-AAAACAGATTATAATTGAATGGTTGTCAT-GGGAAATATGTAG
377 GT--TTCTTACATTTTTAG-CTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCT-ACCTCGAGAAACATATAG
* * ** * *
16548 AAAAA-GTATTTCATTGGGAAGAAAAG-TCTATTTATGGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
438 AAAAAGGCA-TTCATTGGGAAG-AAAGCTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATC
* * *
16611 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTACATTTTT-
501 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTACTTTTTTC
** * ** * * * * *
16674 AGACAAAACAGATTATAATTGAATG-CT-TGTCATGG-GACATG-TGTAGAAAAGTATTTTATTG
562 A-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GGAAACATGAAG-AAAAAAGCA-TTCATTG
* * * * * *
16735 AGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
623 ACAAAAAAAGTTCTTTTATAGTCTCCTATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
16790 TAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAAATTCAATTCCTTT-T-ACA-TTTTGATTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTATAAAATTTTTG-TTAAAA
* ** * * * ** * * *
16852 TAGATTATAATTGAATGCTTGTCTT-GAGAA-ATGTGCAA-AAAAAGCTATTCATTTGG-ATGAA
63 AAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACA--TG-AAGCGAAAGCCATCCA-TTGGCACGAA
* ** ** * *** * * * *
16913 AAG-TCTATTTATAGTCCCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTCTCTAAT
124 AAGTTC-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAG
* * * * * * * * * * *
16977 CTCATAATTGATATTAGGTTGAAGTTTTTCACATTTTTGATAAGAACAGATTATAATTGAATGAC
187 CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTGGTTAA-AACAGACTATAATTAAAAGTC
** * * * ** * *
17042 TACCT-TTGAAA-ATGTGAGGAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAGTCACTCAT
250 TACCTCGAGAAACATG-AAGCAAAA-GCATTCA-TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCAT
* * * * *
17105 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGA
311 TCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGA-TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * * **
17169 AT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGA-AGA
375 ATGTTTCTTACATTTTTAGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACAT-ATAGA
* * * * * * * * * *
17232 GAAAGACATTCATTGGTATGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTAC
439 AAAAGGCATTCATTGGGAAG-AAAGCTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCAC
* * * * * * * * **
17296 CCACTTTAAACAGG-TTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTCAATTTTTGGTT
503 TCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTAC-TTTTTTCATT
* * * *
17360 AAAACAAATTATAGTTGAATGTCTACGTC-GAGAAACATGAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAG
565 AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGACAAA
* * * * * * *
17423 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTT
628 AAAAGTTCTTTTATAGTCTCCTATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
17473 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTT-GTTAAAA-A
** * * * * * **
17537 A-ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAG-GAAAGGACA-CTCATTGGCAAAAAAAG
64 AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAGCGAAA-GCCATC-CATTGGCACGAAAAG
* * * ** * * ** * *
17599 TTCACTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTCATACTG-TC
127 TTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA-AGCT-
* * * * * * * * * * **
17663 CA-AAGTGGTTTTAAATTGAATTTTTTTAAAAATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGNN
189 AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ACA--TTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTC
******** * ** ** * * *
17727 NNNNNNNNGGAACATGAAGTGAAAGCCA-TCTATTG-GTACAAAAGTCTATTTATAGTCATTTAA
250 TACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAG-CATTC-A-TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCAT
* * * ** * * * * ********* *
17790 GCTTTCGAAAGCC-TAATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCT-AANNNNNNNNNNTAAGTTG
311 TCCTTCAAAAGCCTTAA-TACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTC
* *** * * * * * * ** *
17853 AAT-TTTTTTACATTTACGGTTAAAACATACTATAATTGAAAGTCTTTCTTGAGAAACATGA-AG
374 AATGTTTCTTACATTTTTAGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACAT-ATAG
* ** * * * *
17916 AAAAAGACATTCATTGATAAGGAAAG-TTCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCA
438 AAAAAGGCATTCATTGGGAA-GAAAGCTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCA
********** *
17980 CTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT
502 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACTTTTTTCATT
* * * ** * * *
18045 AAAACGAATTATACA-TGAATGCCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAATGAATTCATT-ATCAAA
565 AAAACAAATTATA-ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGA-CAAA
* * * * *
18108 CAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTT
628 AAAAGTTCTTTTATAGTCTCCTATTCC-TTAAAAGCCTTATTACTCACTT
*
18158 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTT-GTTAAAAAA
* * *
18223 GGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTACGAAAA-ATC
65 GGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTTC
* * *
18287 TATTTACAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTGT-TAAGCTAAT
130 -ATTTATAGTCACTTAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT-TATAAGCTAAT
* * *
18351 AATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACATTTGCAGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTGCCT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTG--GTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTACCT
* *
18416 TGAGAAACATGAAG-AAAATGACATTCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCCTT
255 CGAGAAACATGAAGCAAAA-G-CATTCA-TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATC-ATTCCTT
*
18480 CAAAAGCGTTAATACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTT
316 CAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTT
* * * *
18545 CTTACATTTTTGGCTAAAAAAGATTATAATTTAGTGCCTATCTC-AGAAAACATATAGAAAAAGG
381 CTTACATTTTTAGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAG-AAACATATAGAAAAAGG
* * * * *
18609 CATTCATTGTGAAGAAAGCTCCATTTATTATCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTT
445 CATTCATTGGGAAGAAAGCTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTT
* *
18674 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACTTTTTTCATTAAAATAAACT
510 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACTTTTTTCATTAAAACAAATT
* * * *
18739 ATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAATAAGGCATTCATTGACAAAAAAAATTCTTTT
575 ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTTCTTTT
* *
18804 ATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCCCACTT
640 ATAGTCTCCTATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTT
*
18842 TAAATGGTTTTATAATGTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTAGTTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTT-GTTAAAAAA
* * * * *
18907 GGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGTACCTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTTC
65 GGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTTC
* * * * *
18972 ATTTATAATCACTTAAACTTTCATAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATATGCTAATAA
130 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCA-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTAATAA
* * *
19037 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCTCG
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T-TGGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTACCTCG
* * * * *
19102 AGAAACGTGAAGTAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATCGTCACTCATTCCTTCAA
257 AGAAACATGAAGCAAAA-GCATTCATGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCATTCCTTCAA
* * *
19167 AAGCCTT-ATCACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTCT
319 AAGCCTTAAT-ACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTCT
** * * ** * * *
19231 TACATTTTTATTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAATATATAGAAAAAGTCAT
383 TACATTTTTAGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATATAGAAAAAGGCAT
* * *
19296 TCATTGGGAAGAAAGGTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
448 TCATTGGGAAGAAAGCTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAA
* * * *
19361 TGGTTTTATAATCTAAAAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTT--TTATAATTTTAGTTAAAACAGAT
513 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACTT-T--TTTCA-TTAAAACAAAT
* * ** * *
19423 TATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTT-TAT
574 TATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTTCT-T
* *
19487 TTATAGTCATCC-ATTCCCTTAAAATCCTTGTTACTCACTT
638 TTATAGTC-TCCTATT-CCTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
19527 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGTATTTTTCT-ACATTTTTGATTAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTG-TT-AAAAA
* * * * * * * *
19591 AGGTTATAATTGAACGTCTGGCTTGGGGAACATGAAGCGAAAGCTATCTATTGGCACGAAAAGTC
64 AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTT
* * * * *
19656 CATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT-CTAATTAGCTTTAAATGCTTTTATAAGCTAAT
129 CATTTATAGTCACTTAAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAAGCTAAT
* * * * *
19720 AATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTTAGTTTAAATAGACTATAATTGAACA-TCTAC
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA---TTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AAAAGTCTAC
* * *
19784 CTCGAGAAACATGATGCAAAAAGCATTGATCTG-CAAGAGAAGTCTATTTATAGTC-TCTTATTC
253 CTCGAGAAACATGAAGC-AAAAGCATTCA--TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATC--ATTC
*
19847 CTTCAAAAGCCTTATTACTC
313 CTTCAAAAGCCTTAATACTC
19867 GTTTTAANNN
Statistics
Matches: 2451, Mismatches: 509, Indels: 233
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
680 3 0.00
681 10 0.00
682 51 0.02
683 363 0.15
684 745 0.30
685 863 0.35
686 398 0.16
687 16 0.01
688 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (676 bp):
TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTGTTAAAAAAG
GCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTTCA
TTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTACCTCGAGAA
ACATGAAGCAAAAGCATTCATGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCATTCCTTCAAAAGCCTT
AATACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTCTTACATTTT
TAGCTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATATAGAAAAAGGCATTCATTGGG
AAGAAAGCTCCATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACTTTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATG
TCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTTCTTTTATAGTCTCCTA
TTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
Found at i:20490 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 20162--20551 Score: 403
Period size: 166 Copynumber: 2.3 Consensus size: 166
20152 ATTTGAAAGA
*
20162 AAAGTCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATCACTCACTTTAAAAGGTTTTAAAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATCACTCACTTTAAAAAGTTTTAAAAT
* * * *
20227 CTCATAATTGATTTTAGATTAAATGTTTTTACATTTTTTGTTCAGACAGACTATAATTGAATGTC
66 CTCATAAATGATTTTAGATTAAATGTTTTTACAATTTTTGTTCAAACAGACTATAATTGAAGGTC
** * * *
20292 TGTCTCAATAAACATGTAGAAAACGCCATTCATTTG
131 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * *
20328 AAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTCTTATCACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATCACTCACTTTAAAAAGTTTTAAAAT
* * * * *
20393 CTCATAAATGATTTTA-AGTTCACTTTTTTTA-AATTTTTGATT-AAATCATATTATAATTGAAG
66 CTCATAAATGATTTTAGA-TTAAATGTTTTTACAATTTTTG-TTCAAA-CAGACTATAATTGAAG
* ** * *
20455 GTCTACCTCGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTCCAAAA
128 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTT-----G
* * *
20499 AAAGTCCATTTATAGT-TACCTATTCC-TCTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 AAAGTCCATTTATAGTAT-CCCATTCCTTC-AAAAGTCTTATCACTCACTTTAAA
20552 TGGTNNNNNN
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 31, Indels: 15
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 10 0.05
166 128 0.70
170 3 0.02
171 42 0.23
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
AAAGTCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATCACTCACTTTAAAAAGTTTTAAAAT
CTCATAAATGATTTTAGATTAAATGTTTTTACAATTTTTGTTCAAACAGACTATAATTGAAGGTC
TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG
Done.