Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403044.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_71.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 683 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1058 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--3732 Score: 3160
Period size: 342 Copynumber: 10.9 Consensus size: 340
* * *
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTCTT-GTTAAAACAAACTATAATTGAAT
1 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
65 GCCTACCTTAAGAAACGTGCAGAAAAAAGCATTCATTG-ACAAAAATAGTCCCTTTATAGTCTCC
65 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTA-AGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCC
* * * * * *
129 TATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATGTCAAAATTAATTTTAAGTT
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
194 GAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTACCTTA-GAGAACGTGAA
193 GCATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AACGTGAA
** * * * ** * * *
258 GCGAAAGCCA-TCGATT-AGCACAAAAGTCGATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTAATT
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*
321 ACTTGCTCTAAATGGTTTTATA
319 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * * *
343 CGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
1 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
408 TTTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCGTTGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCA
66 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
* * * * * *
473 TTCTTTCAAAAACCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-C
130 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGC
* * * ** * *
537 AATTTTTTTTACATTTTTAGTTATAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTTAGAAAACAT-ATAG
195 -A-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA-AG
* * * * *
601 AAAAAGCCATTCATTAGGA-AGAAAGGTCCATCTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
257 AAAAAGCCATTCATT--GACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
665 CTCT-CTTTAAATGGTTTTATA
320 CT-TGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
686 ATCTCAA-AATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAGTTGAAT
1 ATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
750 GTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
65 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
* *
815 ATTCATT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * **
879 CATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAACGTCTGCTTTGGGGAACGTGAAGTG
194 CATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAA
* * * * ** * * * *
944 AAAGCCATCCATTGACATAAAAAGTCTACTTATAGCCACTCAAGCCCTCAAAAGCCTTCTAATTT
259 AAAGCCATTCATTGACA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
*
1009 GCTTTAAATTGTTTTATA
323 GCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
1027 AACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAT-AAC
1 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT-TGAAT
* * * * *
1091 GTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGAGCATTCATCGGTAAGAGAAGTTCATTTATAGTCTCT
65 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-GCATTCAT-TGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * * *
1155 CATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
** * * * * * * * *
1220 AAATTTGTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGGCTAGAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAACTTGTA
193 GCATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACGTGAA
* * * ** * *
1284 GAAAAAGTCATTCATTTGGAAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTGTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
256 GAAAAAGCCATTCA-TT-G--ACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** *
1349 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
317 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
1373 ACCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTTT-TATCTTTT-GTTAAGACAGACTATAATTGAA
1 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * * * * * * *
1436 TACCTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAATGTCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC
64 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * ** * * *
1501 CATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-C
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
1565 GAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAAGGTCTACCTAAAGAAAGGTGAAG
193 G-CATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG
* * * *
1630 AAAAAGGCATTTATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTCTGAAAA-CCTTATT
257 AAAAAGCCATTCA-TTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATT
* *
1693 A-TTCACTTTAAATGGTCTTATA
319 ACTT-GCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * * *
1715 ATCTTCA-AATTCATTTTAATTTGAATTCTTTTTATATTTTTGGACAAAATATATTATAATTGAA
1 ATC-TAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * *
1779 TGCTTGTTCCT--AGAAACGAGTAGAAATA-GCTATTCATTGGAAAAAAAAAAGTCTATTTAT-G
64 TG--TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATT-G--TAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
1840 CTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTCTAATCTCATACTTGATTT
123 -TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
** * *
1905 TTGGTTGCATTTTTTTATATTTTT--TATAAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
187 TAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTAGT-TAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
** ** * * *
1968 TATGAAGAAAAAGGTATTCATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATTCCTTTAAAAGC
250 CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* **
2032 CTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATA
313 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
2060 ATCTCCA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTATT-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 ATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * * *
2123 GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
65 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
* * * * *
2188 ATTCCTTCTAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
2252 CATTTTTTTAAAATATTTT-CTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGATATGTGAAG
194 CATTTTTTT-ACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG
* ** *
2316 AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATCA
257 AAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
2380 CTCGCTTTAAATGGTTTCACA
320 CTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2401 ATTTCATAACTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
1 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * ** * * * ** ***
2465 CCTGCATCAAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCGCTTATAGTCTTTTA
66 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
* * * * *
2530 TTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
130 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGC
* * * * *
2594 ATTTTTTTAAAAGTTTTTA-TTAAAGA-AGGCTATAATTGAATGTTTACTTTAGGGAACGTGAAG
195 ATTTTTTT-ACA-TTTTTAGTTAAA-ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG
* * * * ** * *
2657 CAAAAA-CCATCCATT-AGCACAAAAGTCAATTTATAGTCACTAAAGCCTTTAAAAGCCTAATTA
257 -AAAAAGCCATTCATTGA-CAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
2720 CTTGCTCTGAATGGTTTTCTA
320 CTTGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * * *
2741 AGATAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAAA
1 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * *
2806 GTCTGCCTCAAGAAACGTTAA-AAAAGAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACC
65 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-AGGCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* *
2870 CATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGT
128 CATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * * ** * * **
2935 T-CAATTTTTCTTATACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCA-AAAATAT-A
192 TGC-ATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * *
2997 TAGAAAAAGTCATTCATTGGA-AAAAAAGGTCCATCTATAGTCTCTCGTTCTTTCAAAAGCCTTA
255 -AGAAAAAGCCATTCATT-GACAAAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
3061 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
317 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
3085 ATCTCAA-AATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAAT
1 ATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
3149 GTCTACCTCGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGT-TACC
65 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CC
* * * ** *
3212 TATTCTTTTC-AAAGCCTTTTTGGTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
128 CATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
3276 TACATTTTTTTACATTTTTAGTTAACAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGGAACGTGAA
192 TGCATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAA
* * * * * * * ** * * *
3341 GCAAAAGCCATCCATCGATACGAAAAGTCCACTTATAGGCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTCTAA
256 GAAAAAGCCATTCATTGACA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
3406 TTTGCTTTAAATGGTTTTATTA
320 CTTGCTTTAAATGGTTTTA-TA
* * * *
3428 AT-TAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATTC
1 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
3492 TCTACCTCAATAAACATGAAG-AAAAGAGCATTCATCGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC
66 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-GCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
* * *
3556 ATTCC-TCGAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
129 ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
** * * * ** *
3620 TTATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTGCCTTAACAAACGTGTAG
193 GCATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG
* * **
3684 AAAAAGCCATTCATTTGGA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCATTCCT
257 AAAAAGCCATTCA-TT-GACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
3733 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2733, Mismatches: 544, Indels: 226
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 134 0.05
341 679 0.25
342 712 0.26
343 546 0.20
344 166 0.06
345 278 0.10
346 200 0.07
347 16 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGCA
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
AGCCATTCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
TTAAATGGTTTTATA
Found at i:3723 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--3732 Score: 2868
Period size: 171 Copynumber: 21.8 Consensus size: 169
* * *
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTCTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
66 CCTACCTTAAGAAACGTGCAGAAAAAAG-CATTCATT-GACAAAAATAGTCCCTTTATAGTCTC-
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCT
* * *
128 CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTA
128 C-ATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
172 ATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * * * *
237 GTTTACCTT-AGAGAACGTGAAGCGAAAGCCA-TCGATTAGCACAAAAGTCGATTTATAGTCACT
65 GTCTACCTTAAGA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
* ** * * * ** *
300 TAAGCTTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATA
128 CATTC-CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
** * * * * * *
343 CGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * *
408 TTTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCGTTGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCA
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
* * * * * *
473 TTCTTTCAAAAACCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATT
130 TTC-CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
514 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTATAACAGATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * *
579 GCCTGTCTT-AGAAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAGGTCCATCTATAGTCTC
65 GTCTACCTTAAG-AAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* *
642 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
127 TCATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
686 ATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAGTTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
751 TCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* * *
815 ATTCATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATT
129 ATTCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
856 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGCATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAACG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * ** * * * * * *
921 TCTGCTTTGGGGAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATT-GACATAAAAAGTCTACTTATAGCCACTC
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
** * * * ** *
985 AAGCCCTCAAAAGCCTTCTAATTTGCTTTAAATTGTTTTATA
129 -ATTCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1027 AACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAT-AAC
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT-TGAAT
* * * * *
1091 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGAG-CATTCATCGGTAAGAGAAGTTCATTTATAGTCTCT
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
* * *
1155 CATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
128 CATTC-CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1198 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGGCTAGAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * * * * *
1263 G-CTTGCCTTGGGAAACTTGTAGAAAAAGTCATTCATTTGGAAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTG
65 GTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGG---AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
1327 TCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
125 TCTCATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
1373 ACCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTTT-TATCTTTTGTTAAGACAGACTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * * * * * * *
1437 ACCTGCCTCAGGAAACATGTAGAAAATGTCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-TC
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-
* * ** *
1501 CATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAAAGGTTTTATA
128 CATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1544 ATCTCATAATTGATTTTAAG-CGAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAAG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * *
1608 GTCTACCTAAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTTATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* *
1673 ATTCCTCTGAAAA-CCTTATTATTCACTTTAAATGGTCTTATA
129 ATTCCTC--AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * * *
1715 ATCTTCA-AATTCATTTTAATTTGAATTCTTTTTATATTTTTGGACAAAATATATTATAATTGAA
1 ATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * *
1779 TGCTTGTTCC-T-AGAAACGAGTAGAAATAGCTATTCATTGGAAAAAAAAAAGTCTATTTAT-G-
64 TG--TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG---AAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
1840 CTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTCTA
124 CTC-T-CATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * * *
1889 ATCTCATACTTGATTTTTGGTTGCATTTTTTTATATTTTTT-ATAAGAACAGATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA-AACAGACTATAATTGAAT
* ** ** * *
1953 GTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT-TACT
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CT
* *
2017 CATTCCTTTAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATA
128 CATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
2060 ATCTCCA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTATT-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 ATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * *
2123 GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* * * *
2188 ATTCCTTCTAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGATTTTATA
129 ATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2230 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-CATTTTTTTAAAATATTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
2294 ATCTACCTCAAGATATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* * * *
2358 TATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTCACA
129 -ATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
2401 ATTTCATAACTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
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2465 CCTGCATCAAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAAAAAAGTCCGCTTATAGTCTTTTA
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
* * *
2530 TTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATA
130 TTC-CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
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2570 ATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAGTTTTTATTAAAGA-AGGCTATAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTGTTAAA-ACAGACTATAATTGAA
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2634 TGTTTACTTTAGGGAACGTGAAGCAAAAA-CCATCCATTAGCACAAAAGTCAATTTATAGTCACT
64 TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
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2698 AAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTTGCTCTGAATGGTTTTCTA
128 CATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
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2741 AGATAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
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2806 GTCTGCCTCAAGAAACGTTAA-AAAAGAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACC
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
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2870 CATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATT
128 CATTCC-TC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
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2914 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTATACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
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2979 GTCTATATCAA-AAATAT-ATAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAAAAAGGTCCATCTATAGTCTCT
65 GTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCTCT
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3042 CGTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
128 CATTC-CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
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3085 ATCTCAAAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
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3150 TCTACCTCGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGT-TAC-C
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTC
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3212 TATTCTTTTC-AAAGCCTTTTTGGTCACTTTTAATGGTTTTATA
129 -ATTC--CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
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3255 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTTTTAGTTAACAAAAGGCTATAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAA-AACAGACTATAATTGAA
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3319 TGTCTGCCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TCGATACGAAAAGTCCACTTATAGGCAC
64 TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCTC
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3383 TCAAGCCTTTAAAAGCCTTCTAATTTGCTTTAAATGGTTTTATTA
127 TCATTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-TA
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3428 AT-TAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATTC
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
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3492 TCTACCTCAATAAACATGAAGAAAAGAG-CATTCATCGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* *
3556 ATTCCTCGAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTA
129 ATTCCTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
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3598 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTAGAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
3663 TCTGCCTTAACAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCA
66 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
3728 TTCCT
130 TTCCT
3733 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2818, Mismatches: 626, Indels: 234
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
169 42 0.01
170 602 0.21
171 1337 0.47
172 462 0.16
173 165 0.06
174 121 0.04
175 86 0.03
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
TCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
Done.