Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403045.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_710.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10403
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.09, T:0.24
Warning! 3589 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2913 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2621--3675 Score: 949
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 173
2611 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2621 AAAACAGATTACAATTGAATGTCATCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
2686 AATTTCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATC
66 AACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * *
2751 TCAAAATGGATTCT-AATTTGAATTTTTTGTAAATTTTT-GATT
131 TCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAG-TT
* * * * * * *
2793 AAAACAGATTACAATTGAATGTTAACCTCGAGAAATGTGACGAAAAAAATATCCATTGGTAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
* ** *
2858 AACTTCATTTATAGTCATTCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
66 AACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * *
2923 TAAAAATTGA-TTTAAATTTTAATTCTTTGTAAATTTTTAGTT
131 TCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTT
* * * * **
2965 AAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAA-GATGAAGAAAAAGGCATTCATTATCAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACG-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
3029 AAAGC-CCAGTTATAGCCACCCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTGCTTAATTTAAATTGGTTTATA
65 AAA-CTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * **
3092 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTCAAATATTTTT-T-CATTTTTAGTT
128 ATCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAAT-TTTTTGTACATTTTTAGTT
* * * * *** *
3137 AAAACATG-TTATAATTGAATGTTTAGCTCGAGAAACATCAACG-AAAAGGTGTTCAATGGCAAG
1 AAAACA-GATTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACGTGAA-GAAAAAGACATTCATTGGCAAG
** * * * * ** * *
3200 ACTAGTCCTTTTATAATCGCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
64 AAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* *
3265 TCTAAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTT
129 TCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTT
* * * *
3309 AAAACAGACTATATTTGAATGTCT-ACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGT-TAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * *
3373 AAACTCCATTTAT-GATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTACAA
65 AAACTCCATTTATAG-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** * * * *
3437 CCTCATAATTGATTTT-AGGTTGAATATTTTG-ACCTTTCTGGTT
129 TCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTT
* * ** * * * * * *
3480 AGAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGGATATTCATTGGTAAAAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGG-CAAGA
* * * * * *
3545 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAGAAGCCTCATTACTCAATTTAAAT-GCCTTTATAA
65 AAACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAA
* * *
3609 TCTCAAAATTGATTTT-AACTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTT
129 TCTCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTT
**
3653 AAGAA-AGGCTATAATTGAATGTT
1 AA-AACAGATTATAATTGAATGTT
3676 TTCCTTGGGG
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 151, Indels: 49
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 77 0.11
172 569 0.80
173 51 0.07
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
AACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
TCAAAATTGATTTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTAGTT
Found at i:3589 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2621--3674 Score: 1120
Period size: 344 Copynumber: 3.1 Consensus size: 342
2611 NNNNNNNNNN
* * * *
2621 AAAACAGATTACAATTGAATGTCATCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTCA-CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
2686 AATTTCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATC
65 AACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** * * * *
2751 TCAAAATGGATTCTAATTTGAATTTTTTGTAAATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAATGTT
130 TCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
** * * ** * * * *
2816 AACCTCGAGAAATGTGACGAAAAAAATATCCATTGGTAAGAAAACTTCATTTATAGTCATTCATT
194 TGCCTCGAGAAACGTAACGAAAAGGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * *
2881 CTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTTAAT
259 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAAT
*
2946 TCTTTGTAAATTTTTAGTT
324 TCTTTGTACATTTTTAGTT
* * * **
2965 AAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAA-GATGAAGAAAAAGGCATTCATTATCAAGA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTC-ACCTCGAGAAACG-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
3029 AAAGC-CCAGTTATAGCCACCCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTGCTTAATTTAAATTGG-TTTAT
64 AAA-CTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTAT
* ** *
3091 AATCTCATAATTGATTTT-GAGTTCAAATATTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATG-TTATAATTG
126 AATCTCATAATTGATTTTAG-GTT-GAATATTTTGACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTG
* * * * ** * *
3154 AATGTTTAG-CTCGAGAAACATCAACGAAAAGG-TGTTCAATGGCAAGACTAGTCCTTTTATAAT
188 AATGTTT-GCCTCGAGAAACGT-AACGAAAAGGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
3217 CGCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAA
251 CACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAA
3282 ATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTT
316 ATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTT
* * * *
3309 AAAACAGACTATATTTGAATGTCTACCTCGACAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTC-ACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
3374 AACTCCATTTAT-GATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTACAAC
65 AACTCCATTTATAG-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
3438 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTGACCTTTCTGGTTAGAGCAGATTATAATTGAATGTT
129 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * *
3503 TGCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGGATATTCATTGGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
194 TGCCTCGAGAAACGTAACGAAAAGGATATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * ** * * *
3568 TTTTTCAGAAGCCTCATTACTCAATTTAAATGCCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAA
258 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAA
* * *
3633 TTTTTTTTACATTTTTGGTT
323 TTCTTTGTACATTTTTAGTT
*
3653 AAGAA-AGGCTATAATTGAATGT
1 AA-AACAGACTATAATTGAATGT
3675 TTTCCTTGGG
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 111, Indels: 42
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
342 11 0.02
343 65 0.11
344 474 0.82
345 28 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AAAACAGACTATAATTGAATGTCACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
ACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
CCTCGAGAAACGTAACGAAAAGGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCT
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTC
TTTGTACATTTTTAGTT
Found at i:3608 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 2705--3676 Score: 1158
Period size: 516 Copynumber: 1.9 Consensus size: 516
2695 TATAGTCACC
* * *
2705 TATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCAAAATGGATTCTAATTT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTAAAAATGGATTCTAATTT
* * * * *
2770 GAATTTTTTGTAAATTTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAATGTTAACCTCGAGAAATGTGACG
66 GAATTCTTTGTAAATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGAATGTTAACCTCGACAAACGTGAAG
* * * * ** *
2835 AAAAAAATATCCATTGGTAAGAAAACTTCATTTATAGTCATTCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTAC
131 AAAAAAACATCCATTGGCAACAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
2900 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTTAATTCTTTGTAAATTTTTAGTT
196 CCACTTTAAATAGTTTTACAACCTAAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTCTAGTT
* * * *
2965 AAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAAGATGAAGAAAAAGGCATTCATTATCAAGAA
261 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAAGATAAAGAAAAAGGCATTCATTATAAAAAA
* * * *
3030 AAGCCCAGTTATAGCCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTGCTTAATTTAAATTGGTTTATAATC
326 AAGCCCAGTTATAGCCACCCATTTCTTTAAAAGCCTCATTACTCAATTTAAATTGCTTTATAATC
* * * * *
3095 TCATAATTGATTTTGAGTTCAAATATTTTTT-CATTTTTAGTTAA-AACATGTTATAATTGAATG
391 TCAAAATTGATTTTAACTT-AAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAGAA-AGGCTATAATTGAATG
3158 TTTAGCTCGAGAAACATCAACGAAAAGGTGTTCAATGGCAAGACTAGTCCTTTTATAATCGCT
454 TTTAGCTCGAGAAACATCAACGAAAAGGTGTTCAATGGCAAGACTAGTCCTTTTATAATCGCT
* * *
3221 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATT-TAAATT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTAAAAATGGATTCT-AATT
* * *
3285 TGAATTCTTTGTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATATTTGAATGTCT-ACCTCGACAAACGTG
65 TGAATTCTTTGTAAATTTTTGA-TTAAAACAGACTACAATTGAATGT-TAACCTCGACAAACGTG
* *
3348 AAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAACTCCATTTAT-GATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
128 AAGAAAAAAACATCCATTGGCAACAAAACTCCATTTATAG-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
* * * * * **
3412 TTACCCACTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATAT-TTTG-ACCTTTC
192 TTACCCACTTTAAATAGTTTTACAACCTAAAAATTGATTTAAAGTTGAAT-TCTTTGTAAATTTC
* * * *** ** *
3475 TGGTTAGAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACG-TAAAG-AAAAGGATATTCATTG
256 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAA-GATAAAGAAAAAGG-CATTCATT-
* * * * *
3538 GTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTT-TTTCAGAAGCCTCATTACTCAATTTAAA-TGC
318 ATAAAAAAAAGCCCAGTTATAGCCACCCATTTCTTT-AAAAGCCTCATTACTCAATTTAAATTG-
* * *
3601 CTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAAAGGCTATA
381 CTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTAAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAGAAAGGCTATA
3666 ATTGAATGTTT
446 ATTGAATGTTT
3677 TCCTTGGGGA
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 66, Indels: 24
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
514 6 0.02
515 63 0.17
516 305 0.81
517 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (516 bp):
TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTAAAAATGGATTCTAATTT
GAATTCTTTGTAAATTTTTGATTAAAACAGACTACAATTGAATGTTAACCTCGACAAACGTGAAG
AAAAAAACATCCATTGGCAACAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
CCACTTTAAATAGTTTTACAACCTAAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTCTAGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAAGATAAAGAAAAAGGCATTCATTATAAAAAA
AAGCCCAGTTATAGCCACCCATTTCTTTAAAAGCCTCATTACTCAATTTAAATTGCTTTATAATC
TCAAAATTGATTTTAACTTAAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAGAAAGGCTATAATTGAATGTT
TAGCTCGAGAAACATCAACGAAAAGGTGTTCAATGGCAAGACTAGTCCTTTTATAATCGCT
Found at i:4263 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4083--4702 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
4073 NNNNNNNNNN
* * * * *
4083 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTT-AAATAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGG
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTGTCTTGGGG
* * * * **********
4147 AACATAAAGCAAAAGCCAACCATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGNNNNNNNNNN
66 AACATGAAGAAAAAGCCAACCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGTCTTCTAAAG
*
4212 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATCAACTAATAATTG
131 CCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATCAACTAATAATTG
* * * ** * *
4253 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGT-TAACCTCGAG
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCT-GTCTTGGG
* * * *
4317 AAACATGAAGAAAAAAG-CAATCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGTCTTCTA
65 GAACATGAAG-AAAAAGCCAACCATTGGCAAA-AAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGTCTTCTA
* * * * *
4380 AAGCCTCATTACTAGCTTTAAACGATTTTA-CAA-TGCCATAATTG
128 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATCAACT--AATAATTG
* * * * * * * * * *
4424 ATTTTATGTTAAATATTTTCACATTTTTGGTT-AAAGAGATTATAATTGAACGTCTGTCTTAGAG
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTGTCTTGGGG
** * **********
4488 AACATGAAGAAAAAGCCAACCATTAACACAAAAAGTCCATTTATGGTCACTNNNNNNNNNNAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGCCAACCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGTCTTCTAAAG
* *
4553 TCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATGAACTAATAATTG
131 CCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATCAACTAATAATTG
* *
4594 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTC-GATCTTGTG
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTG-TCTTGGG
* * * * *
4658 AAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCC-TTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
65 GAACATGAAG-AAAAAGCCA-ACCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
4703 AGTAACCCAT
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 94, Indels: 29
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 151 0.44
171 169 0.50
172 14 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTGTCTTGGGG
AACATGAAGAAAAAGCCAACCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGTCTTCTAAAG
CCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATCAACTAATAATTG
Found at i:4423 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4246--4856 Score: 432
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
4236 TTATCAACTA
* * *
4246 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGT-TAA
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTGA
**
4310 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGTC
66 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACC
* *
4375 TTCTAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAACGATTTTACAATGCC
131 TT-AAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAATGATTTTACAAT-CC
* * * * * * * * * *
4417 ATAATTGATTTTATGTTAAATATTTTCACATTTTTGGTT-AAAGAGATTATAATTGAACGTCTGT
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTGA
* * * * ***
4481 CTTAGAG-AACATGAAG-AAAAAGCCAACCATT--AACACAAAAAGTCCATTTATGGTCACTNNN
66 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CAATCATTGGAA-A-GAAAAGTCCATTTATGGTCAC-CCA
******* * * * * * *
4542 NNNNNNNAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATGAA-CTA
127 TACCTTAAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAATGATTTTA-CAATC-C
4587 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTC-GA
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTGA
* * * * * * * * * *
4651 TCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCCTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATACC
66 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACC
******** * * *
4716 TTAAAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACC
131 TTAAAA--GCCTCATTACTAGCTTTAAATGATTTTACAAT-CC
* * * * * *
4759 ATAATCGATTTTAAGGTGATTTTTTTTACCTTTTT-CGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT-
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTG
* * * *
4822 ACCTCGATAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGG
65 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGG
4857 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 94, Indels: 35
0.72 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 8 0.02
170 120 0.37
171 91 0.28
172 105 0.32
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTGA
CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACC
TTAAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAATGATTTTACAATCC
Found at i:4588 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 3945--4721 Score: 847
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 335
3935 NNNNNNNNTC
* * ** *
3945 AAACAGACTAGAATT-ACATGTAAACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAATTATTTATTGGCAAGAA
1 AAACAAACTAGAATTGA-ATGTAAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
4009 AAGTCTATTCATGGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATN
65 AAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAACGATTTTACAATG
********* * * * *
4074 NNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTG
130 CCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTCACATTTTTGGTTAAAGAGACTATAATTGAACGTCTG
* * * ** *
4139 TCTTGGGGAACATAAAGCAAAAGCCAACCATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGNN
195 TCTTAGAGAACATAAAGAAAAAGCCAACCATTAACACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG--
**** * *
4204 NNNNNNNNCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATCAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
258 ----AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATCAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
*
4269 TTTTACATTTTTTCTTA
319 TTTTACATTTTTGCTTA
* * * *
4286 AAACAAACTAGAATTGAATGTTAACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAATCATTGGAAAGAAA
1 AAACAAACTAGAATTGAATGTAAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
** *
4351 AGTCCATTTATGGTCACCCATGTCTTCTAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAACGATTTTACAATGC
66 AGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAACGATTTTACAATGC
* *
4416 CATAATTGATTTTATGTTAAATATTTTCACATTTTTGGTTAAAGAGATTATAATTGAACGTCTGT
131 CATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTCACATTTTTGGTTAAAGAGACTATAATTGAACGTCTGT
* * *
4481 CTTAGAGAACATGAAGAAAAAGCCAACCATTAACACAAAAAGTCCATTTATGGTCACTNNNNNNN
196 CTTAGAGAACATAAAGAAAAAGCCAACCATTAACACAAAAAGTCCATTTATAGTCACT------C
*** * *
4546 NNNAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATGAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
255 AAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATCAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
4611 TTTACATTTTTGCTTA
320 TTTACATTTTTGCTTA
** * * * *
4627 AAACAAACTAGAATTGAATGTCGATCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCCTTGGCAAGAAA
1 AAACAAACTAGAATTGAATGTAAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
4692 AGTTCATTTATAGTAACCCATACCTT-AAAA
66 AGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAA
4722 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 70, Indels: 15
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
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341 355 0.99
342 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (335 bp):
AAACAAACTAGAATTGAATGTAAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTAGCTTTAAACGATTTTACAATGC
CATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTCACATTTTTGGTTAAAGAGACTATAATTGAACGTCTGT
CTTAGAGAACATAAAGAAAAAGCCAACCATTAACACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAAA
GCCTTATTACTTGCTTTAAATGATCTTATCAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
TTTTTGCTTA
Found at i:7627 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7088--9444 Score: 2007
Period size: 172 Copynumber: 13.7 Consensus size: 170
7078 NNNNNNNNNN
* * * *
7088 TTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAA-ATGACTATA
1 TTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATA
** * * * **********
7151 ATTGAATGTCTACCTGGAGAAA-ATAAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAANNNNNNNNNNTTTAT
63 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT-GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
7215 AGTCACCAATTCCTTTAAGAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * ********
7259 TTTATAATCCCAAAATTGA-TTTAAATNNNNNNNNNNTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT--TGAATTTTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
*
7323 ATTGAATG-CTAACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTAT
63 ATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
7387 AGTAACTCATTCTTTCAAAATCCTTCTTACTCACTTTAAAGGGT
127 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
********** * * *
7431 TTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAACTTTTTGACCTTTTAGGTTAGAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * ******
7496 TGAATGTTTACCTTGAGAAACCT-ATAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNN
65 TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
**** * * ** *
7560 NNNNCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGC
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * ** *
7602 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGCTCAAAA-AGGCTAAAAT
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGACATTTTTGG-TTAAAACAGATTATAAT
* ** * * * *
7666 TGAATCTCTACCTTGGGGAGCTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAG-CTCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAG
* * * *
7730 TCGCCCATTCCTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
7772 TTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
7837 TTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * **
7902 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *** * *
7944 TTTAT-AT-TGCAATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGAAAAAAATAGACTATA
1 TTTATAATCT-CAA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
8007 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAGTATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
63 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
8072 GTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * *
8115 TTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTAAATTTTTTCTACA-TTTTAGTTCAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-GACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * *
8179 TTGAATGTCAACCTTAAGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
8244 TCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * *
8286 TTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTCAAATTCTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATT-TTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
8351 TTGAATGTCTAACTCAACAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAT
64 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
8416 TCACCCATTCCATT-AAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGT
129 TCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
8458 TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAACTTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * ** * * *
8523 TTGAAT-TCAATCTCAAGAGACGCGAAGAAAAATACATTCATTAGTAAGAAAAGTCGATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
8587 TCACCCATACATTCAAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGT
129 TCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * * *
8630 ATTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGACTATAAT
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
** ** *
8695 TGAATGTCTACCTGGAGAAACGAAAAGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
8760 CACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
8801 TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
8866 TTGAATAT-TAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCTTTTATA
64 TTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
8930 GTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *
8973 TTTATAATCTCATAATTTGATTTTAGGTTGAACTTTTAGACCTTTTTGGTTAGAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
9038 TTGCATGTCTGCCTTGAA-AAACCTGTAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
9102 GTCACCCATAT-CTTCAAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGT
128 GTCACCCAT-TCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * * * *
9146 TTTATTATAC-CATAATTGATTTTTAGTTGCATTTGTTTACACTTTTAGTTAAAACTGACTATAA
1 TTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* ** ** ** * *
9210 TTGAATGTTTATATCGAGAAACGAAAAGAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAG
64 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *********** *
9275 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNNTTAAAAGGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
9317 TTTATAATCTCAAAATTGA-TTGAGATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTGAATT-TTT-GACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * *
9381 ATTGAATGT-TAACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
63 ATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
9445 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1734, Mismatches: 400, Indels: 103
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 141 0.08
171 622 0.36
172 898 0.52
173 69 0.04
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
Found at i:8133 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 7297--9444 Score: 1970
Period size: 343 Copynumber: 6.3 Consensus size: 342
7287 NNNNNNNNTG
* * * * *
7297 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTAACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
1 TACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCA
* * * * *
7361 TTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTAACTCATT-CTTTCAAAATCCTTCTTACTCACTTTA
65 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** ********** * * * *
7425 AAGGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAACTT-TTTG-AC-CTTTTAGGTTAGAACA
129 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTA-GTTAAAACA
* ** * *
7487 GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACCT-ATAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
192 GATTATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
********** * * ** * *
7551 CATNNNNNNNNNNCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAA
256 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATA
7616 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
320 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** ** *
7638 TACATTTTTGGCTCAAAA-AGGCTAAAATTGAATCTCTACCTTGGGGAGCT-TGAAGAAAAAGGC
1 TACATTTTT-GATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAATGTAAAGAAAAAGGC
* * *
7701 ATTCATTGACAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTTAAAATCCTTATTACTCACTTT
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
7765 AAATAGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGTACATTTTTGGTTAAAACAG
128 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * *
7830 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTTATTAGCAAAAAAAGTCCA
193 ATTATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * **
7895 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAT-TGCAATAA
258 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATCT-C-ATAA
* *
7959 TTGATTTGAAATTGAATTTTTT
321 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
7981 TACATTTTTGAAAAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAGTAT
1 TACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCAT
* * * * * *
8046 TTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
8111 TAGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTAAATTTTTTCTACA-TTTTAGTTCAAACAGATT
131 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * *
8175 ATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
196 ATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
8240 ATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAA
261 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-TCTCATAATTGA
* *
8305 TTTTAAGTTCAAATTCTTT
325 TTTTAAGTT-GAATTTTTT
* * * * * * ** * *
8324 TACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTCAACAAACATGAAGAAAAAAGCAT
1 TACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCAT
* * * *
8389 TCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATATTCACCCATTCCATTAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
8454 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAACTT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACATAT
131 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * ** * * *
8518 TATAATTGAAT-TCAATCTCAAGAGACGCGAAGAAAAATACATTCATTAGTAAGAAAAGTCGATT
195 TATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
8582 TATAGTCACCCATACATTCAAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCCCATAATT
260 TATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATT
* *
8647 GATTTTAAGTTAAATGTTTT
323 GATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** * * *
8667 TACATTTTT-AGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACGAAAAGAACAAGGCA
1 TACATTTTTGA-TAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCA
*
8731 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
65 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
8796 AT-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGA
130 ATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * *
8860 TTATAATTGAATATTAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCTT
194 TTATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
8925 TTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
259 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAA-T
* * *
8990 TGATTTTAGGTTGAACTTTTA
322 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
9011 GACCTTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGCATGTCTGCCTTGAA-AAACCTGT--AGAAAAAGG
1 TACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAA--TGTAAAGAAAAAGG
* * * *
9073 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAT-CTTCAAAAAGCCTTATTGCTCGCT
63 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACT
* * ** * * *
9137 TTAAATAGTTTTATTATAC-CATAATTGATTTTTAGTTGCATT-TGTT-TACACTTTTAGTTAAA
126 TTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT-TTGTACATTTTTAGTTAAA
* * * ** * ** *
9199 ACTGACTATAATTGAATGTTTATATCGAGAAACGAAAAGAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
189 ACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *********** *
9264 TCCATTCATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNNTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
254 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCA
* * * *
9329 AAATTGA-TTGAGATTTGAATTCTTTA
318 TAATTGATTTTA-AGTTGAATT-TTTT
* * * ** *
9355 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TAACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
1 TACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCA
* * *
9419 TTTATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
65 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
9445 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1487, Mismatches: 278, Indels: 81
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.00
341 120 0.08
342 282 0.19
343 598 0.40
344 425 0.29
345 55 0.04
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTT
Done.