Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403062.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_727.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20004
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.10, T:0.25
Warning! 5885 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:511 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 210--2205 Score: 2151
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 169
200 NNNNNNNNNN
* * *
210 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAA-TGACTTTTTTTCTTGTTTC-
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTTTTTTTCATGTTTCT
* * * *
273 CTAAGGAAAAGATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAGAATCA
65 C-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
*
338 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* *
380 TTGAAGGCCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTGGTCTTTTTTAATGTTTC
1 TTGAAGG-CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGT-TTTTTTCATGTTTC
* ** ** * * * * * *
444 TTAAGCCAAACATTCAATTGCAATTTATTTTAGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAATATCA
64 TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
509 ATTTTGCGATTATACAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
*
551 TTGAAGGCTTGGGTGACTCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG-ATTGGGTTTTTCTTCATGCTT
1 TTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATT-GGTTTTT-TTCATGTTT
* * * * * * *
615 CTCGAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACAAAAAATGTAAATAATTCAACTTATAATCA
63 CTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
680 ATTATGATATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGGCTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* *
722 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG-TTTTCTTGCCAGTGAA-TGCTTTTTTTTCATGTTTGC
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTTTTTTTCATGTTT-C
* * * *
785 -CAAGGAAAACATTCAATTGTAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTA
64 TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
849 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGACTAATAAGGCTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * *
891 TTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGGCTTTTATTGGCAGTGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTTT
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTT-TTCATGTTTCT
* * * * *
956 CAAGGTAAACGTTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAATAATTCAACTTAAAATCAA
65 CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* * *
1021 TTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGTGTAATAAGGCTC
129 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * *
1062 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAA-TGGCTATTTCTTCAAGTTTC
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-T-TTTTTTCATGTTTC
* * * *
1126 -CAATGGAAAACATTCAATTATTATCTATCTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATC
64 TCAA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATC
* *
1190 AATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1233 TTGATGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAGTGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTT-
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTT-TTCATGTTTC
* * ** * ** *
1296 TATAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGCATTATCCAAAAATAAAAAAAAAATTTAACTTAAAAT
64 T-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT--GTAAAAAATTCAACTTAAAAT
1361 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTAT
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT-T
* *
1406 TT-AAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTCTTTCTTCA-GTTTT
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-T-TTTTTTCATG-TTT
* * * * * * * **
1468 CCCATGGAAAACATTCACTTATATTCTGTTCTAACTAAAAATATAAAACAATTCTGCTTAAAATC
63 CTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* * *
1533 AATTTTGAGTTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
1576 TTGAAAGCTTGGATGACAATAAAAGGG-GTTTCTTGCCAATGAATCT-GTTTTTCTACATGTTTC
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGGTTTTT-TTCATGTTTC
* * * *
1639 -CAAAGGTAATCATTCAATTATAATTTGTTTTAACC-AAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATC
64 TC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ** *
1702 AATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTT
127 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
1745 TTCAAGGCTTGGGTGACTAAAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATAAATGGGTTTCTCTTCATGCTTA
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-CAATGAATTGGTTT-TTTTCATGTTTC
* * * **
1809 TCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAACTTCCAATCA
64 TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* **
1874 ATTATGAGATTATAAAACTATTTATTGAGAGTAATAAGGCTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1916 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACAAATGAATGGGTTTCTCTTCATGCTTT-
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTT-TTTTCATG-TTTC
* * *
1980 TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAACAAACTCAACTTAAAAT
64 TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAA-AAATTCAACTTAAAAT
* *
2045 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
2089 TCGAAGGCTAGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGCTTCT
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTT-TTCATGTTTCT
* * * * * * *
2154 CAAGGCAAATATTTAATTACAGTCTGTTTTACCCAACAATGTAATAAAATTC
65 CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTC
2206 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1533, Mismatches: 239, Indels: 107
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 43 0.03
169 185 0.12
170 201 0.13
171 741 0.48
172 213 0.14
173 149 0.10
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTTTCATGTTTCTC
AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
Found at i:1226 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 210--2205 Score: 2308
Period size: 511 Copynumber: 3.9 Consensus size: 508
200 NNNNNNNNNN
* * *
210 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTT-TTCTTGTTTCC
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * *
274 TAAGGAAAAGATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAGAATCAA
66 -AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
339 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCCTTG-GTGACTATAAA
130 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGAGTGACTATAAA
* * ** **
403 TGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTGGTCTTTT-TTAATGTTTCTT-AAGCCAAACATTCAATTGCA
194 TGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGT-TTTTCTTAATGTTT-TTCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * * * * *
466 ATTTATTTTAGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAATATCAATTTTGCGATTATACAACCATT
257 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* *
531 TAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAT
321 TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * *
596 TGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACAAAAAATGTAA
385 T-GGTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATATAA
* * ** * *
661 ATAATTCAACTTATAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGGCTT
448 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* *
722 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG-TTTTCTTGCCAGTGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTGC
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-C
* * * *
785 CAAGGAAAACATTCAATTGTAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA
65 CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
850 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAAT
130 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * *
915 GGGCTTTTATTGGCAGTGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGGTAAACGTTCAATTATAATC
195 GGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
* *
980 TATTTTAACTAAAAATCTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAA
260 TATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
1045 AGAGTGTAATAAGGCTCTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGC
324 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-
* * * *
1110 TATTTCTTCAAGTTTCCAATGGAAAACATTCAATTATTATCTATCTTAACCAAAAATATAAAAAT
388 TTTTTCTTCATGTTTCCAA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATATAAAAA-
*
1175 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
451 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
1233 TTGATGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCTAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTA
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTC
* * ** * ** *
1298 TAAGGAAAATATTCAATTATAATCTGCATTATCCAAAAATAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
65 CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
1363 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTT-AAGGCTTGGGTGGCTATAA
129 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * *
1427 ATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCA-GTTTTCCCATGGAAAACATTCACTTATA
193 ATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTT-TCAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * ** * * *
1491 TTCTGTTCTAACTAAAAATATAAAACAATTCTGCTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTATT
257 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
1556 TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGATGACAATAAAAGGG-GTTTCTTGCCAATGAAT
321 TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * *
1620 CTGTTTTTCTACATGTTTCCAAAGGTAATCATTCAATTATAATTTGTTTTAACC-AAAATAGAAA
386 -GGTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATA-TAA
** *
1684 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTT
448 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1745 TTCAAGGCTTGGGTGACTAAAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATAAATGGGTTTCTCTTCATGCTTA
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TT-
* * * * **
1809 T-CGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAACTTCCAATC
63 TCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* **
1873 AATTATGAGATTATAAAACTATTTATTGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAA
128 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * *
1938 ATGGGCTTTTCTTACAAATGAATGGGTTTCTCTTCATGCTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
193 ATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
* * *
2003 TCTGTTTTAAGC-AAAAATGTAAAAACAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
258 TCTATTTTAA-CTAAAAATGT--AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
2067 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
319 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * * *
2132 ATTGGTTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAATATTTAATTACAGTCTGTTTTACCCAACAATGTA
384 A-TGGTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATATA
2197 ATAAAATTC
447 A-AAAATTC
2206 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1254, Mismatches: 199, Indels: 59
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.00
510 94 0.07
511 482 0.38
512 193 0.15
513 182 0.15
514 283 0.23
515 16 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTT
TTCTTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATATAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
Found at i:1827 original size:854 final size:850
Alignment explanation
Indices: 210--2162 Score: 2421
Period size: 854 Copynumber: 2.3 Consensus size: 850
200 NNNNNNNNNN
* * * * *
210 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTTTCTTGTTTCCT
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGACAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCC-
* * * *
275 AAGGAAAAGATTCAATT-TTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAGAATCAA
65 AAGGAAAACATTCAATTATT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
*
339 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCCTT-GGTGACTATAAA
129 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTAGGTGACTATAAA
* * * *
403 TGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTGGTCTTTT-TTAATGTTTCTTAAGCCAAACATTCAATTGCAA
193 T-GGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGT-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGCAAAACATTCAATTACAA
* ** * ** * * * * * *
467 TTTATTTTAGCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAATATCAATTTTGCGATTATACAACCATTT
256 TCTACATTAGCCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
532 AAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGATT
321 AAAGAGAGTAATAAGGTATTTGAAGGCTTGGGTGACTCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * *
597 GGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACAAAAAATGTAAA
386 GGCTCTTTCTTCATGCTTCTCCAGGAAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACAAAAAATATAAA
* *
662 TAATTCAACTTATAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGGCTTTTGAA
451 CAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
727 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTCTTGCCAGTGAATGCTTTTTTTTCATGTTTGCCAAGGAA
516 AGCTTGGATGACAATAAAAGGGGTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTACATGTTTGCCAAGGAA
* *
792 AACATTCAATTGTAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
581 AACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
857 ATTATAAAACCATTTAAAGAGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGGCTTT
646 ATTATAAAACCATTTAAAGAGACTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAATGACTAAAAATGGGCTTT
* * * * * * * *
922 TATTGGCAGTGAATGGGTTTTTCTTAATGTTTTTCAAGGTAAACGTTCAATTATAATCTATTTTA
711 TATTCGCAATAAATGGGTTTCTCTTAATGCTTATCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
* *
987 ACTAAAAATCTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGTGT
776 ACTAAAAATCTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGT
1052 AATAAGGCTC
841 AATAAGGCTC
* *
1062 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCAAGTTTCC
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGACAATGAATGGCT-TTTCTTCATGTTTCC
* * *
1127 AATGGAAAACATTCAATTATTATCTATCTTAACCAAAAATATAAAA-ATATTCAACTTAAAATCA
65 AA-GGAAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCA
* * *
1191 ATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGATGGCTTAGGTGACTATAAA
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAA
* * * * *
1256 TAGGCTTTTCTTGCTAGTGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTT-TATAAGGAAAATATTCAATTATA
193 T-GGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGCAAAACATTCAATTACA
* * *
1319 ATCTGCATTATCCAAAAATAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
255 ATCTACATTAGCCAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*
1384 TTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTT-AAGGCTTGGGTGGCT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG
319 TTAAAGAGAGTAATAAGG-TATTTGAAGGCTTGGGTGACTCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG
* ** * *
1447 AATGGCTCTTTCTTCA-G-TTTTCCCATGGAAAACATTCACTTATATTCTGT-TCTAACTAAAAA
383 AATGGCTCTTTCTTCATGCTTCT-CCA-GGAAAACATTCAAGTATAATCTGTGT-TAACAAAAAA
** * * * *
1509 TATAAAACAATTCTGCTTAAAATCAATTTTGAGT-TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGG
445 TAT-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-TATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGG
1573 CTTTTGAAAGCTTGGATGACAATAAAAGGGGTTTCTTGCCAATGAAT-CTGTTTTTCTACATGTT
508 CTTTTGAAAGCTTGGATGACAATAAAAGGGGTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTT-TACATGTT
* * *
1637 T-CCAAAGGTAATCATTCAATTATAATTTGTTTTAACC-AAAATAG-AAAAAAATTCAACTTAAA
571 TGCC-AAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAA
* ** * * **
1699 ATCAATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTCAAGGCTTGGGTGACTA
634 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGACTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAATGACTA
* * * *
1764 AAAATGGGCTTTTCTTCTCAATAAATGGGTTTCTCTTCATGCTTATCGAGGAAAACATTCAATTA
699 AAAATGGGCTTTTATTCGCAATAAATGGGTTTCTCTTAATGCTTATCAAGGAAAACATTCAATTA
* * * ** *
1829 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAACTTCCAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
764 TAATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** *
1894 TTTATTGAGAGTAATAAGGCTT
829 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTC
* * *
1916 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACAAATGAATGGGTTTCTCTTCATGCTTT
1 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGAC-AATGAATGGCTTT-TCTTCATG-TTT
* * * * *
1980 TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAACAAACTCAACTTAAAAT
63 CCAAGGAAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAC-AATTCAACTTAAAAT
* * * *
2045 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TAGGGTGTCTAT
126 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTA-GGTGACTAT
* *
2109 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAA
190 AAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAA-GCAAA
2163 TATTTAATTA
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 131, Indels: 55
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
851 3 0.00
852 64 0.07
853 247 0.26
854 458 0.49
855 57 0.06
856 102 0.11
857 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (850 bp):
TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGACAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCA
AGGAAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGG
CTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCAAAACATTCAATTACAATCTAC
ATTAGCCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
GAGTAATAAGGTATTTGAAGGCTTGGGTGACTCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTC
TTTCTTCATGCTTCTCCAGGAAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACAAAAAATATAAACAATT
CAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTT
GGATGACAATAAAAGGGGTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTACATGTTTGCCAAGGAAAACAT
TCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGAGACTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAATGACTAAAAATGGGCTTTTATTC
GCAATAAATGGGTTTCTCTTAATGCTTATCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
AAATCTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
GGCTC
Found at i:2721 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2544--2867 Score: 342
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
2534 AAGGGTTTTC
* * * *
2544 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTCCAATGAATGGGTTTTTCTTCGTGTTTCTGAA
1 AAGGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAA
* * *
2609 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAACTCACTTTAAAATCAATTA
66 GCCAAACATTCAATTACAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAACTCAATTTAAAATCAATTA
*
2674 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAANNNNNNNNNNG
131 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAA----------G
** *
2715 AAGGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTTGTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
1 AAGGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAA
* * * * * * * * * * *
2780 GCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCTAATAATGTAATAAAATTTAATTTAAAATCAATTT
66 GCCAAACATTCAATTACAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAACTCAATTTAAAATCAATTA
* *
2845 TGTGGTTATAAAACCATTTAAAG
131 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG
2868 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 24, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 129 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
AAGGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAA
GCCAAACATTCAATTACAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAACTCAATTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAG
Found at i:4079 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3658--4543 Score: 960
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
3648 AATCAACTCG
* * * * * *
3658 AAATCAATTACGAGAATATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * *
3723 TATAAATGGGCTATTTC-TGCCAATGAATGGCTCTTTCTTTAGGTTT-TGCATGGAAAACATTCA
66 TATAAATGGGCT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGAAAACATTCA
*
3786 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-GCAACTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAAACGCAACTTA
* * * * * *
3828 AATTCGATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGATTAATAAGGGTTTTCAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * *
3893 TATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
66 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAT
* * *
3958 TATCATCTGTTTCAACCAAAAGTATAAAAAAACGCACCTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAAACGCAACTTA
* * *
3999 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
** * ** **
4064 TATAAATTTGCTTTTCTTGGCAATGAATTGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCCAAATGTTCAA
66 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAA
* * * * * * * *** *
4128 TTACAGTCTGTTTTAGCTAACAGTGTAATAAAATTTAATTTA
130 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAAACGCAACTTA
* * *
4170 AAATCAATTTTGTGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
** *
4235 TATAAATGGGCTTTTCTTGTGAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGAAAACATTCAAT
66 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAT
* *** * **
4299 TGTAATCTGTTTTATGGAAGAATGTA-AAAATATTG-AACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAA-AA-GTATAAAAAAACGCAACTTA
* * * **
4340 ACATCAATTATCAGATCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTATGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * *
4405 TATCAATTGGCTTTTCTGGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAAACATTCAAT
66 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAT
* * * * **
4470 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAACAACTAAACTTA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAAACGCAACTTA
* * *
4511 AAATCAATT-TTAAACCTATAAAACCATTTAAAG
1 AAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAG
4544 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 112, Indels: 21
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 274 0.46
171 309 0.52
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAAACGCAACTTA
Found at i:4294 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3658--4543 Score: 994
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
3648 AATCAACTCG
* * * * * * *
3658 AAATCAATTACGAGAATATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
* * * * * * *
3723 TATAAATGGGCTATTTCTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTTAGGTTT-TGCATGGAAAACATTCAA
66 TATAAATTGGCT-TTTCTGGCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGCAAAACATTCAA
* * *
3787 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGCAACTTAAATTCGATTATGAGGTTATAAAAC
129 TTACAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAC
* *
3852 CATTTAAAGAGATTAATAAGGGTTTTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAAT
194 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAAT
* * * *
3917 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATCATCTGTTTCAACCAA-AA-G
259 GAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAGAATG
*
3980 TATAAAAAAACGCACCTTA
324 TA-AAAAAAACG-AACTTA
* *
3999 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
* * **
4064 TATAAATTTGCTTTTCTTGGCAATGAATTGG-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCCAAATGTTCAA
66 TATAAATTGGCTTTTC-TGGCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCAAAACATTCAA
* * * * * * *** * * *
4128 TTACAGTCTGTTTTAGCTAACAGTGTAATAAAATTTAATTTAAAATCAATTTTGTGGTTATAAAA
129 TTACAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAAAGCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
* *
4193 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGT-GA
193 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-TCCA
* * ***
4257 ATGAATGGATTTTTCTTCACGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTATGGAAGAA
257 ATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAGAA
* **
4321 TGTAAAAATATTGAACTTA
322 TGTAAAAAAAACGAACTTA
* * * *
4340 ACATCAATTATCAGATCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTATGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
* * * **
4405 TATCAATTGGCTTTTCTGGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAAACATTCAAT
66 TATAAATTGGCTTTTCTGG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCAAAACATTCAAT
* * * * * * ***
4470 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAACAA-CTAAACTTAAAATCAATTTTAAACCTATAAAA
130 TACAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGC--AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
4534 CCATTTAAAG
193 CCATTTAAAG
4544 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 81, Indels: 22
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 13 0.03
341 316 0.70
342 120 0.26
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
TATAAATTGGCTTTTCTGGCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCAAAACATTCAATT
ACAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCA
TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGA
ATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAGAATGTA
AAAAAAACGAACTTA
Found at i:5110 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4721--6363 Score: 1773
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
4711 NNNNAATGTG
* *** *
4721 TTTTTCTTCAT-TTTTCTGAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCGTCAAAAATATAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTC--AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * *
4785 AATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAATA-CATTTAAACAGAGTAATAAGG-TTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
4848 GCTTGGGTGACTATACATTGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGG
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * *
4890 TTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TCAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
*
4954 AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ** *
5018 GGTTTGAGTGACTATAAATAGGCTACTCTTGCCAAAGAATGGC
128 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * *
5061 TCTTTCTTCAAGTTTTGCATGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
5126 A-TCAACTTAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTGAAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
*
5190 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGAG-
130 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GC
* * * * *
5231 TTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACCAAGAATGTAAAATA
1 TTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-A
* * *
5296 GA-TCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
5360 GCTTGGGTGTCTATAAATGAGCTTTTCTCGCCAATTAAT-GT
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * *
5401 TTTATTCTTCATG-TTTCTATAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTGACCGAAAATAG-AAA
1 TTT-TTCTTCATGTTTTC-A-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAA
* * *
5464 ACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTTTGA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
5529 AGGCTTGGGTGACTTTAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
127 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * ** * * *
5573 TTTCTCTTAATGATACTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAATA
1 TTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
5638 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** *
5703 CTTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAATGGC
130 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* *
5744 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAA-ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-TAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAA
* ** * * * *
5806 AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAGAAGGCTTTCGAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
5871 GGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGT
128 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * ** * *
5914 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAATATTCAATTATAATCTCTTTTAATTAAAAATGTGAAACA
1 TTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * ** * * * *
5979 ATTAAACTTAACATCAATT-TTA-ATGCTATAAAACTGTTTAAAAAGAGTGATAAGACATTTGAA
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT--TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* *** *
6042 GGCTTAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTTCCAATGAAT-GC
128 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* ** * **
6084 GTTTTTCTTCACT-TTTCCAAAAATAAATATTCAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAAT-TGAAA
1 -TTTTTCTTCA-TGTTTTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
* * * * **
6147 AAAACTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
6212 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTACCAATAAATGGG
127 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* *
6256 TTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GACAAACATTCAATTACT-GTCTG-TTTAAGCCAAAAATGTAAT
1 TTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGA-AAACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAA
* * * *
6318 AAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGTGGTTATAAAACCATTTAAAG
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
6364 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 205, Indels: 80
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 116 0.09
170 293 0.24
171 768 0.63
172 44 0.04
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCATGTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC
Found at i:5816 original size:512 final size:502
Alignment explanation
Indices: 4715--6363 Score: 1846
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 502
4705 NNNNNNNNNN
* * ***
4715 AATGTGTTTTTCTTCATTTTTCTGAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCGTCAAAAA-TA
1 AATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTA
* * * *
4779 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAATACATTTAAACAGAGTAATAAGG-TTT
64 -AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
4843 TGAAGGCTTGGGTGACTATACATTGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCA
128 TGAAGGCTTGGGTGACTATA-AATGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * *
4908 AAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTCAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAT
191 AAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
4973 TATGAGATTATAAAACCTTCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATA
255 T-TGAGATTATAAAACCTT-TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
** * * * *
5038 GGCTACTCTTGCCAAAGAATGGCTCTTTCTTCAA-GTTTTGCATGGAAAACATTCAATTATAATC
318 GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGT-TTTCTTCAATGTTCT-CAAGGAAAACATTCAATTATAATC
* * *
5102 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA
381 TATTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
5167 GAGAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATG
445 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATG
* * * * *
5225 AATGAGTTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACCAAGAATGT
1 AATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-T
* * *
5290 -AAAATAGATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
63 AAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* *
5354 TTGAAGGCTTGGGTGTCTATAAATGAGCTTTTCTCGCCAATTAAT-GTTTTATTCTTCATGTTTC
127 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTCGCCAATGAATGGTTTT-TTCTTCATGTTTC
* * *
5418 TATAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTGACCGAAAATAGAAAACAATTCAACTTAAAATCA
190 TA-AGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GAAAACAATTCAACTTAAAATCA
* *
5483 ATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTTTAAA
253 ATT-TGAGATTATAAAACC-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
*
5548 TGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTCTT-AATGATACTCAAGGAAAACATTCAATTATAA
316 TGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT-TCTTCAATG-TTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAA
* * * *
5612 TCTATGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
379 TCTATTTTAACCAAAAAT-TAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* **
5677 ACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATG
442 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATG
*
5738 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTAA
1 AATGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTAA
** * * *
5802 AAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAGAAGGCTTT
65 AAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* *
5867 CGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTC
128 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTCGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCT-
* ** * * *
5932 AAGGCAAATATTCAATTATAATCTCTTTTAATTAAAAATGTGAAACAATTAAACTTAACATCAAT
191 AAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
5997 TTTA-ATGCTATAAAACTGTTTAAAAAGAGTGATAAGACATTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT
255 TTGAGAT--TATAAAAC-CTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
*** * * * * ** *
6061 GAAATTTTCTTTCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACTTTTC-CAAAAATAAATATTCAATTATAAT
317 GGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTTTTCTTCAATGTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAAT
* ** *
6125 CTGTTTTGGCCAAAAATTGAAAAAAACTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
380 CTATTTTAACCAAAAATT-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * ** * *
6190 AAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTACCAATA
443 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATG
** *
6250 AATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTACT-GTCTG-TTTAAGCCAAAAAT
1 AAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GTAACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAA-CCAAAAAT
* * * * * *
6313 GT-AATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGTGGTTATAAAACCATTTAAAG
62 -TAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAG
6364 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 136, Indels: 67
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 86 0.09
511 76 0.08
512 601 0.62
513 177 0.18
514 26 0.03
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (502 bp):
AATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTAAA
AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGCTTGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTCGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGC
AAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGA
TTATAAAACCTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
TTGCCAATGAATGGGTTTTCTTCAATGTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
AAAAATTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATG
Found at i:6042 original size:683 final size:677
Alignment explanation
Indices: 4715--6363 Score: 2072
Period size: 683 Copynumber: 2.4 Consensus size: 677
4705 NNNNNNNNNN
* * *
4715 AATGTGTTTTTCTTCATTTTTCTGAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCGTCAAAAATAT
1 AATGT-TTTTTCTTCA-TTTTCT-AAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTT-GCCAAAAATAG
* * *
4780 AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAATA-CATTTAAACAGAGTAATAAGG-TTT
62 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * *
4843 TGAAGGCTTGGGTGACTATACATTGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC-C
127 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* *
4907 AAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TCAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
192 -AAGGAAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCA
* *
4971 ATTATGAGATTATAAAACCT-TCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAA
253 ATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * *
5035 ATAGGCTACTCTTGCCAAAGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTTTGCATGGAAAACATTCAATTATAA
317 ATAGACTACTCTTACCAAAGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTTTGCAAGGAAAACATTCAATTATAA
* * * *
5100 TCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
382 TCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTA
* * * * *
5165 AAGAGAGTAAGAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGA
447 AAGAGAATAAGAAGGCTTTCGAAAGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTCGCCAATGAATGA
* * *
5230 GTTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTGTGTTAACCAAGAATGTAAAAT
512 GTTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTCTGTTAACCAAAAATGTAAAAC
* * * *
5295 AGATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
577 AGATAAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAGACATTTGAAG
* * ** *
5360 GCTTGGGTGTCTATAAATGAGCTTTTCTCGCCAATT
642 GCTTAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTCGCCAATG
*
5396 AATGTTTTATTCTTCATGTTTCTATAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTGACCGAAAATAG
1 AATGTTTT-TTCTTCAT-TTTCTA-AGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTG-CCAAAAATAG
* * *
5461 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTT
62 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
5526 TGAAGGCTTGGGTGACTTTAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTCTTAATGATACTC
127 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
5591 AAGGAAAACATTCAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAAT
192 AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT-TTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAATCAAT
* *
5656 TATGAGATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-
255 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATA
** * * * *
5720 GCACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGG-TAA-ATTCAATTATAAT
320 G-ACTACTCTTACCAAAGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTT-TGCAAGGAAAACATTCAATTATAAT
5782 CTATTTTAACCAAAAATTAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTT
383 CTATTTTAACCAAAAA-TAAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTT
* *
5847 AAAGCGAATAAGAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTCGCCAATGAATG
446 AAAGAGAATAAGAAGGCTTTCGAAAGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTCGCCAATGAATG
* * * * ** *
5912 -GTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAATATTCAATTATAATCTCTTTTAATTAAAAATGTGAA
511 AG-TTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTCTGTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
5976 ACA-ATTAAACTT-AACATCAATT-TTA-ATGCTATAAAA-CTGTTTAAAAAGAGTGATAAGACA
575 ACAGA-TAAACTTCAA-ATCAATTATGAGAT--TATAAAATC-ATTTAAAAAGAGTAATAAGACA
**
6036 TTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTTCCAATG
635 TTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAAATTTTCTCGCCAATG
* * ** *
6079 AATGCGTTTTTCTTCACTTTTCCAAAAATAAATATTCAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATTG
1 AATG-TTTTTTCTTCA-TTTT-CTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTT-GCCAAAAATAG
* * * *
6144 AAAAAAACTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT
62 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
** * * *
6209 CAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTACCAATAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
127 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
*
6274 AA-GACAAACATTCAATTACT-GTCTGTTTAAGCCAAAAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCA
192 AAGGA-AAACATTCAATTA-TAATCTGTTTAA-CCAAAAATGTAA-AAAATTCAATTTAAAATCA
* * * *
6337 ATTTTGTGGTTATAAAACCATTTAAAG
253 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
6364 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 103, Indels: 56
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 6 0.01
681 116 0.14
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683 650 0.78
684 13 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (677 bp):
AATGTTTTTTCTTCATTTTCTAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTGCCAAAAATAGAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
AAAACATTCAATTATAATCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTAC
TCTTACCAAAGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTTTGCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
ACCAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAATA
AGAAGGCTTTCGAAAGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTCGCCAATGAATGAGTTTTTCTT
CATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTCTGTTAACCAAAAATGTAAAACAGATAAACT
TCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAGACATTTGAAGGCTTAGGTG
ACTATAAATGAAATTTTCTCGCCAATG
Found at i:7207 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6464--7534 Score: 1253
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
6454 NNNNNNNNNN
* *
6464 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTCA-CACTCTCT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCTCT
* * *
6528 TTAAATGGTTTTATAACCTCAT-AATCGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAAC
** * * *
6592 AGATTATAATTGAATGTTTTCCATGT-AAAACTTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAATAGC
129 AGATTATAATT-AATGTTTTCC-T-TAAAAAAATGAAGAAA-AACCATTCATTAGCAAGAAAAGC
* * * * *
6656 CCATTTATATTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAT
190 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAA
* * * * *
6721 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATTAAATGTTTG
255 AATTGATTTTAAGTT---TAG-TTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
* *
6785 CCTTGGGAAACATGAAGAGAAAC
316 CCTTGAGAAACATGAAGAGAAAA
* * *
6808 CCATTCACTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGGC-TTATTACTCTGT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA-GCTTTATTACTCTCT
* * * *
6872 TTAAATGGTATTATAATGTCATAAATGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCGAAAACA
65 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACA
* * *
6937 GATTATAATT-ATGTTTACCTTCAAAAAAATGAAGAAAAACACATTCACTAGAAAGAAAAGCCCA
130 GATTATAATTAATGTTTTCCTT-AAAAAAATGAAGAAAAAC-CATTCATTAGCAAGAAAAGCCCA
* * * * ** *
7001 TTTATAG-CTGCCCAAGTCATCAAATGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGGCTTAAAA
193 TTTATAGTC-ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAA
* *
7065 TTGATTTTAAGTTTAGTTGTTTCACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTG
257 TTGATTTTAAGTTTAGTT-TTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
*
7130 AGAAAACATGAAGAGAAAG
321 AG-AAACATGAAGAGAAAA
*
7149 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTT
* * * * * *
7214 TAAATGGTTTTATGATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTT-CCTTAAAACA
66 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGC-TAAAACA
* * ** *
7278 GATTACAATTGAATGTTTTCCTTGAAAATGTGAAGAACAATCCATTCATTCA-CAAGAAAAGCCC
130 GATTATAATT-AATGTTTTCCTTAAAAAAATGAAGAA-AAACCATTCATT-AGCAAGAAAAGCCC
*
7342 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCACAAAA
192 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAA
* * * * * * * * ** *
7407 TTGATTTTAAATTGAATTTTATTACATTGTTAGCTAAAACAGACTGTAATTGAACATTTGGCTTG
257 TTGATTTTAAGTTTAGTTTT-TCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* *
7472 AGAAACGTAAAGA-AAAA
321 AGAAACATGAAGAGAAAA
*
7489 CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
1 CC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
7535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 87, Indels: 41
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 6 0.01
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342 238 0.38
343 17 0.03
344 118 0.19
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAG
ATTATAATTAATGTTTTCCTTAAAAAAATGAAGAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGA
TTTTAAGTTTAGTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA
CATGAAGAGAAAA
Found at i:12374 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 12193--12520 Score: 345
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
12183 TTACTCTCTT
* *
12193 TAAATGGTTTTAGAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAG
1 TAAAAGGTTTTAGAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * * *
12257 ATTATAATTGAATGTCTT-CCGTGCAAAACCTAAAGAAAGAGCAATTCATTGGCAAGAATAGCCC
65 ATTATAATTAAATGT-TTGCCGTGCAAAACATAAAGAAAAACCAACTCACTAGCAAGAAAAGCCC
12321 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCGTA
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCGTA
* ** *
12353 TNNNNNNNNNNAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTGCATTTTTA
1 T----------AAAAGGTTTTAGAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT-CATTTTTA
* ** * *
12418 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGTGAAACATGAAGAAAAACCCACTCACTAGCAA
55 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCGTGCAAAACATAAAGAAAAACCAACTCACTAGCAA
*
12483 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAGGCCTTCAAAAGCC
120 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
12521 TTATTACTCT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 20, Indels: 15
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 1 0.01
170 41 0.30
171 92 0.68
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
TAAAAGGTTTTAGAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTAAATGTTTGCCGTGCAAAACATAAAGAAAAACCAACTCACTAGCAAGAAAAGCCCAT
TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCGTA
Found at i:16302 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15507--17921 Score: 2294
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 170
15497 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
15507 TGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * **********
15572 AACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
66 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * *
15637 AAGGCTCTTGATGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
130 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * *
15678 TACCAGTGAAT-GAGTTTGTCTTTATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
1 TGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* ** **********
15742 TAAACAA--AAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGAGTAA
65 TAAA-AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
* * * * * *
15805 TAACGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACCATAAATGGTCTTTTAT
129 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * *
15847 TGCCAATGAATGGCTCTTTCTTCAGGTTTCCCATGG-AGAACATTCACTTATAATCTGTTTTAAC
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * ********* *
15911 TAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TNNNNNNNNNNAAACTATTTAAAGAGAGTA
65 TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
*
15975 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAAGGG--TTTCT
128 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AAATGGGCTTTTCT
* * * * *
16017 GGCCAATGAATGTG-TTTTTCTTTATG-TTCCCAAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
1 TGCCAATGAATG-GATTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* **********
16080 CTAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGAGAGTA
64 CTAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* ** *
16145 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGACCTATTCT
128 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * *
16188 TACCAATGAATGGATTTCTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACT
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * **
16253 AAAAATCTAAAATAATTCAACTTCAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACGGAGAGTAAT
66 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* *
16318 AAGGCTTTTAAAGAG-TTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
130 AAGGCTTTTGAAG-GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * *
16359 TACCAATGAAT-GAGTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATACTCAATTATAATCTATTTTAAC
1 TGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
16423 CATAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
65 TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
** * *
16488 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGTCTATAAATGGGCTTTTCT
129 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * ** * * * * *
16530 TGCCAATGAAT-TAGTTTTTCTTCACGCTTCTTGAGGCAAATATTGAATTACAGTCTGTTTTAGC
1 TGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
16594 CAACAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGCAG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
65 TAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
*
16658 AT-AGGCTTTTGAAGGCTGGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
128 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * **
16700 TGGCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGAAAACATGAAGATTATAATCTGTTTTAA
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
16764 CCAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGAAAGAGAGTA
64 CTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* * * *
16829 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTAACTACAAATGGGCTTTTCG
128 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * ** *
16872 TGCCAATGAATATG-TTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAAC
1 TGCCAATGAAT-GGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * * * * **
16936 AAAAAATATGAAACAGTTAAACTTAAAATCGATTTTCAGGCTATAAAATCC-TTTAAAGAGAGTA
65 TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGAGAGTA
* *
17000 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTGTAAATGGGCTTTTCT
128 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * *
17043 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTT-TCCATGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
17107 TAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAAGCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
65 TAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
*
17172 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
129 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * ** *
17214 TGCCAAGGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTC-ATGTATATTCTGTTTTAA-
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAAC
* * * *
17277 TAAAAAATGTAAAAACCATTCAGCTTCAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGCA-AG
65 T-AAAAATGTAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAG
*
17341 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
126 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * * *
17386 TTCCAATGAATATG-TTTTTTTTCATGTTTC-CAAGGAAAAAACTCAATTATAAGCTGTTTTAAC
1 TGCCAATGAAT-GGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
17449 CAAATATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGGGTAA
65 TAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
* * * * *
17514 TAAGG-GTTTCAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGTGCTTTTCCT
129 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-CT
* * * *
17556 T-CCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACC
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
17620 AAAAATATACAAAAACTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ACGAGTAA
66 AAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAA
*
17684 TAAGGCTTTTGAATGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
129 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * ** * ** * * * * *
17726 TGCCAATGAATTGATTTTTGTTTACATTTCTCAAGCCAAATGTTCAATTACAGTTTGTTATAGCT
1 TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * *
17791 AAAAATGTAAGAAAATTTAATTTAAAATCAATTTTGTGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
66 AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
*
17856 AAGGCTTTTGCAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
130 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* *
17897 AT-CTAGTGAATGTG-TTTTTCTTCAT
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17922 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1868, Mismatches: 315, Indels: 122
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 191 0.10
170 369 0.20
171 1095 0.59
172 205 0.11
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
Done.