Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403068.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_733.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 59330
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.12, T:0.31
Warning! 8871 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1444 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5--1893 Score: 1669
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 171
1 TTAG
* * * ** * *
5 TTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATCGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAACTCATTCATTGACAA
* * * ** * * ** *
69 GAAAAGTCCATTTACAGTCACTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTA
65 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *********
134 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTANNNNNNNNN
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * *
176 NTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACT-ATTCATTGATAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACTCATTCATTGACAA
* * * ** * *
240 TAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
304 AATCTCACAACTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTATATTTTTTTA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGA
* * * * * * * * *
348 TTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATTAAAAAAAACACATTTATTTG-CAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCA-TTGACAA
* * * **
412 GAAAAGCCCATTTATGGTC-CCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACC
65 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
476 ACCTCAAAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACT-TTTTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGA
* * * * * * * * *
518 TTAAAACATATTGTGATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAAGAAAAGCT-ATTGATTG-CTA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-GAAGAAAAACTCATTCATTGAC-A
* * * * * *
581 AGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
64 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
645 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGCA-TTTATTATAGTTTTGG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * * *
688 TTAAAACAGATTCTAATTGAATGTTTACCTT-AGGACACGTGAA-AAAAAATGTATTCATTTG-C
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAACT-CATTCA-TTGAC
* * * * *
750 AAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTCTA
63 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
815 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * * ** * * *
859 TTAAAACAGACTATAACTAAATTTTTTTCTTGAAAAACGTGAAGCAAAA-TCCATTCATTGACAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACT-CATTCATTGACAA
* * * *
923 CAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTAT
* * **
987 AATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTACGTTTTT-A
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * *
1029 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATAAAGAAAAACTCATTCATTGACAA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAA
* ** * * * ** * * *
1094 CAAAATTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATG
65 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
1159 ATCTCATAACTGATTTTAGGCTGAATTGTTTTACATTTTTCA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * *** * * *
1201 TTTAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTGTTGGGAAACATTAAGAAAAACTCATTCATTGACAGG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAG
* * * *
1266 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTTATA
66 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATA
* * * *
1331 ATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTGTTTTATATTTTCGA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * * *
1373 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGTCATCCATT-ACAAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAA-
* * * * * * * * *
1437 AAAAAGTCCACTTATAGTCA-CTCAAGCTTTTGAAAGACTTATTATTCATTTTAAATAGTTTTAT
65 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
1501 AATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGC
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGA
* * * * * * *
1545 TTAAAACATATTGTGATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAATAACTCATTCATTGATAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAG
* * * *
1610 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAA
66 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
1675 TATCATAACTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
*
1716 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGACA
* * * **
1779 ACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTTA
64 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTA
* *
1844 TAATCCCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTT-A
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
1887 GTTAAAA
1 -TTAAAA
1894 TATATTATTA
Statistics
Matches: 1394, Mismatches: 287, Indels: 73
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 9 0.01
170 191 0.14
171 791 0.57
172 390 0.28
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAG
AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
Found at i:2692 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2357--3013 Score: 687
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
2347 TTTTGAAACA
* * * * *
2357 GAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGA-
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
2421 TTTT-TTATGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATA
65 TTTTGTTGT-CTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATG
** * * *
2485 TTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTAT
129 TTTTAACCAAAAATGT-AACAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
2528 GAGATTATTAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTA-TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGA
* ** * *
2593 CTTTTGTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGCCAAACATTCAATTATAATCTG
64 CTTTTGTTGTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATG
* * *
2657 TTTTAACTAAAAATGTAACAAAGTTGAACTTAAAATCAGTTAT
129 TTTTAACCAAAAATGTAACAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * * * *
2700 GATATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGGTCAGGTGACTATAAATGGGC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
2765 TTTTCTTGTC-AATAAATGGGTTTTGCTTCATGTTTCCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATATG
65 TTTTGTTGTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATG
*
2829 TTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
129 TTTTAACCAAAAATGT--AACAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
2873 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAAGCTTTTGAAGACATGGCTGACTATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATGGAC
* ** *
2938 TTTTGTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TAAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGT
65 TTTTGTTGTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGT
3001 TTTAACCAAAAAT
130 TTTAACCAAAAAT
3014 CAATTATGAG
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 75, Indels: 22
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 125 0.31
172 168 0.42
173 98 0.25
174 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACT
TTTGTTGTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTT
TTAACCAAAAATGTAACAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
Found at i:3140 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 2856--3144 Score: 379
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
2846 AAACAAATTC
* * *
2856 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAAGCTTTTGAAGACATG
1 AACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGTAACAAAGCTTTCGAAGACATG
* * * *
2921 GCTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTAAAGGCAAACAT
66 GCTAACTATAAATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGGATTTTACTTCACGTTTTAAAGGAAAACAT
2986 TCAATTATAATTTGTTTT
131 TCAATTATAATTTGTTTT
* * * *
3004 AACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTGAAA-TCGAGTAA-TAAGACTTTCGAAGGCA
1 AACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGT-AAGTAACAAAG-CTTTCGAAGACA
* * * *
3067 TGGGTAACTATAAATGGGCTTTTGTTG-TCAATGAATGGATTTTACTTCACGTTTTTCAAGGAAA
64 TGGCTAACTATAAATAGACTTTTGTTGCT-AATGAATGGATTTTACTTCACG-TTTTAAAGGAAA
3131 ACATT-AATTATAAT
127 ACATTCAATTATAAT
3145 CCGTTCTAAT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 15, Indels: 8
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
147 5 0.04
148 102 0.84
149 15 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (148 bp):
AACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGTAACAAAGCTTTCGAAGACATG
GCTAACTATAAATAGACTTTTGTTGCTAATGAATGGATTTTACTTCACGTTTTAAAGGAAAACAT
TCAATTATAATTTGTTTT
Found at i:3289 original size:318 final size:322
Alignment explanation
Indices: 2688--3330 Score: 777
Period size: 318 Copynumber: 2.0 Consensus size: 322
2678 AGTTGAACTT
* * * * *
2688 AAAATCAGTTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGGTCAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTCTCGAAGGGTCAGGTAA
* * * *
2753 CTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGGGTTTTGCTTCATGTTTCCCCAAGGTAAACATTCA
66 CTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGGATTTTACTTCACGTTTCCCCAAGGAAAACATTCA
* *
2818 ATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
131 ATTACAATACGTTCTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
2883 AACCATTTAAAGTAAGTAACAAAGCTTTTGAAGACATGGCTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCT
196 AACCATTTAAAGAAAGTAACAAAGCTTTCGAAGACATGGCTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCA
* * * *
2948 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TAAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
261 AATGAATGACTTTTTATTCACGTTTCTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTAACCA
* * * *
3009 AAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTGAAATCGAGTAATAAGACTTTCGAA-GG-CATGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTCTCGAAGGGTCA--GGT
* * **
3072 AACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGGATTTTACTTCACGTTT-TTCAAGGAAAACATT
64 AACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGGATTTTACTTCACGTTTCCCCAAGGAAAACATT
* * * *
3136 -AATTATAATCCGTTCTAA-TAAAAAGTGTAAAA-AAATTTAA-CTAAAAATCAATTATGAGATT
129 CAATTACAATACGTTCTAACCAAAAA-TGTAAAACAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
3197 ATAAAGCCATTTAAA-AACAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-
192 ATAAAACCATTTAAAGAA-AGTAACAAAGCTTTCGAAGACATGGCTGACTATAAATAGACTTTTG
* * *
3260 TCTGCAAATGAAT-ACATTTTTATTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGGTTTA
256 T-TGCAAATGAATGAC-TTTTTATTCACGTTTCTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTA
3324 ACCA
319 ACCA
3328 AAA
1 AAA
3331 CTATAAAATA
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 41, Indels: 18
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
317 5 0.02
318 105 0.38
319 57 0.21
320 14 0.05
321 92 0.34
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (322 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTCTCGAAGGGTCAGGTAA
CTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGGATTTTACTTCACGTTTCCCCAAGGAAAACATTCA
ATTACAATACGTTCTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGAAAGTAACAAAGCTTTCGAAGACATGGCTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCA
AATGAATGACTTTTTATTCACGTTTCTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTAACCA
Found at i:3290 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3001--3483 Score: 505
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
2991 TATAATTTGT
* * *
3001 TTTAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCA-TTGAAATCGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
1 TTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAATC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ** *
3065 CATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGGATTTTACTTCACGTTTTTCAAGGAA
65 CATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATACATTTTACTTCACGTTTCTCAAGGAA
* * *
3130 AACATT-AATTATAATC-CGTTCTAATAAAAAGTGTAAAAAAA
130 AACATTCAATTATAATCTCGTT-TAACAAAAACTAT-AAAAAA
*
3171 TTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAAACAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAATCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
*
3236 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-TCTG-CAAATGAATACATTTTTA-TTCACGTTTCTCAAGG
66 ATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGT-TGTC-AATGAATACA-TTTTACTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * *
3298 TAAACATTCAATTATTATCTGGTTTAACCAAAACTATAAAATA
128 AAAACATTCAATTATAATCTCGTTTAACAAAAACTATAAAAAA
* * * * * * * *
3341 TTCAACCT-AAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGG
1 TTTAA-CTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAATCAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ** * * * * * * *
3405 CATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTATGAATCAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
65 CATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAAT-ACATTTTACTTCACGTTTCTCAAGGA
* *
3469 AGACAGTCAATTATA
129 AAACATTCAATTATA
3484 TTATGCTTTA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 38, Indels: 22
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 222 0.84
171 33 0.12
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAATCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
ATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATACATTTTACTTCACGTTTCTCAAGGAAA
ACATTCAATTATAATCTCGTTTAACAAAAACTATAAAAAA
Found at i:3936 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3594--5580 Score: 1397
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 169
3584 NNNNNNNNNN
* * ** * *
3594 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
3659 TTGGTTTTAGGATGTATTTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAAATTATAATTG-ATTTTCTATCT
66 TTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TACCT
**
3723 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAACAAAAGCCC
129 TGAGAAACATGAAG-AAAA-CCATTCATTTGCAACAAAAGCCC
* * * * * * *
3766 ATTTATTGTCACTCATGCCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATCTAATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
3831 CTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTATC-TC
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
*
3895 AGGAAACATAAAGACAAACTCATTCATTTGCATA-AAAAGCCC
131 A-GAAACATGAAGA-AAAC-CATTCATTTGCA-ACAAAAGCCC
* * * * * *
3937 ATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *** * * * * *
4002 TTGATTTTAGGACAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATAAATTATAATTGACTATTTACCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * * *
4067 AGAAACGTGAAGTAACAGCCATTGA-TTGATAAGAAGAGCCC
131 AGAAACATGAAG-AA-AACCATTCATTTG-CAACAAAAGCCC
* * * * * * * *
4108 ATTTATAGCCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATCA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
4173 TTGATTTTAGGTTAAATTTGTTCATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
*
4238 -GAAA-ATGTGAAGAAAAACTCATTCATTTGCAACAAAAGCTC
131 AGAAACA--TGAAG-AAAAC-CATTCATTTGCAACAAAAGCCC
* * * ** *
4279 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTCTAAATAATTTTATAATATCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * ** *
4344 CTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTGTAATTGAATATCTGTCAT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * **
4408 GGGAAACATGAAGGTAAACACATTCATTTGCAGGAAAAGCCC
130 GAGAAACATGAA-GAAAAC-CATTCATTTGCAACAAAAGCCC
* * * *
4450 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * * *
4515 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
4580 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCA-TTGACAACAAAAGCCC
131 AGAAACATGAAG-AAAA-CCATTCATTTG-CAACAAAAGCCC
* * ** *
4621 ATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4686 TTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATGTTTAGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * *
4751 AGAAACGTAAAGAAAAGTCATTCA-TTGACAACAAAAGTCC
131 AGAAACATGAAGAAAA-CCATTCATTTG-CAACAAAAGCCC
* ** * * * ** *
4791 ATTTATAATCACCCATTTCTTTAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTA-GGT-T--GA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
** * * ** * *
4852 ATT--TTTT---TT-ATATTTTTGATTA-AAATATA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAA----
65 ATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT--TTACATTTTTAGTTAAAACAG-AT-TATA-ATTGAATGTT
* * * * ** * * *
4905 AAACAT--G--A-A-GCA-AAAGTCATCCATTAGCATA-AAAAGTCC
124 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAACCATTCATTTGCA-ACAAAAGCCC
* * * ** * * *
4944 ACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
5009 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACGGATTATAATTAAATGTCT-GCT
66 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * *
5073 TTAGAAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCTC
129 TGAGAAACA-TGAAG-AAAA-CCATTCATTTGCAACAAAAG-CCC
* ** * **
5118 -TTTATAGTCACTCAT-TTTCTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
5181 ATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAAATTAAAATTGATTGTCTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * **
5246 GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTA-TTGACAAGAAAAGCTG
130 GAGAAACATGAAG-AAAA-CCATTCATTTG-CAACAAAAGCCC
** * * *
5288 ATTTATAGTCACTTATGCCTTCAATAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-A
* * * * * *
5353 ATT-ATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTGCCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* ** ** * **
5417 -AGAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTTATAGGACAAGCTA
130 GAG-AAACATGAAG-AAAA-CCATTCATTTGCAACAAAAGCCC
* * * * *
5459 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATATTCGCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
5524 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAACATTTTCAATTAAAATATATTGTAATTGAATGT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
5581 CTAANNNNNN
Statistics
Matches: 1423, Mismatches: 322, Indels: 141
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
152 7 0.00
153 52 0.04
154 7 0.00
155 1 0.00
156 4 0.00
157 1 0.00
158 4 0.00
159 1 0.00
160 4 0.00
161 13 0.01
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168 1 0.00
169 1 0.00
170 98 0.07
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173 80 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
AGAAACATGAAGAAAACCATTCATTTGCAACAAAAGCCC
Found at i:4650 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 3594--5545 Score: 1927
Period size: 513 Copynumber: 3.8 Consensus size: 513
3584 NNNNNNNNNN
* * ** * *
3594 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
* * * * * * *
3659 TTGGTTTTAGGATGT-ATTTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAAATTATAATTGATTTTCTATCT
66 TTGATTTTAAG-T-TAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCT
* * * * *
3723 TGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTAACAACAAAAGCCCATTTATTGTCACTCATGCCAT
129 TGAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGACAACAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * * * *
3787 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATCTAATAACTAATTTTATGTTGAATTTTT
193 CAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * * * *
3852 TTACATTTTTCG-TTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTATCTCAGGAAACATAAAGACAAACTC
258 TTACATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAACTC
* *
3916 ATTCATTTGCATAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
322 ATTCATTTGCAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
* * * *** * * * * *
3981 AATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGACAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATAAAT
387 AATGGCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * * * * * *
4046 TATAATTGACTATTTACCTTGAGAAACGTGAAGTAACAGCCATTGATTGATAAGAAGAGCCC
452 TATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCC
* * * * * * * *
4108 ATTTATAGCCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATCA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
* * * * * * * * *
4173 TTGATTTTAGGTTAAATTTGTTCATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTG
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTG
*
4238 -GAAA-ATGTGAAGAAAAACTCATTCATTTG-CAACAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
131 AGAAACA--TGAAGAAAAACTCATTCA-TTGACAACAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * ** *
4300 CAAAAGCCTTATTACTCGGTCTAAATAATTTTATAATATCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTG
193 CAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * ** * * * ** *
4365 TTACATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATATCTGTCATGGGAAACATGAAGGTAAACACA
258 TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAACTCA
*
4430 TTCATTTGCAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
323 TTCATTTGCAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
* * *
4495 ATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTGTATTTTTGGTTAAAACAGATT
388 ATGGCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATT
* *
4560 ATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCC
453 ATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCC
* * * * *
4621 ATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
* * * * *
4686 TTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATGTTTAGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTG
* * * * ** *
4751 AGAAACGTAAAG-AAAAGTCATTCATTGACAACAAAAG-TCCATTTATAATCACCCATTTCTTTA
131 AGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAACAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
*
4814 AAAGCGTTATTACTCG--C---------TT-T-A-A--AT---TGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
195 AAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTT
* * * * *
4860 TATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAAACATGAAGCAAAAGTCA
259 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAAACATGAAGAAAAACTCA
* * * * * * * *
4924 TCCATTAGCATAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGAC-TTATTACTCACTTTA
323 TTCATTTGCAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG-CTTTATTACTCGCTTTA
* * *
4988 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACGG
387 AATGGCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
5053 ATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGA-AAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTC
450 ATTATAATTGAATGTTTGC-CTAGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAG-C
*
5116 TC
512 CC
* ** * * *
5118 -TTTATAGTCACTCAT-TTTCTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
* * * * *
5181 ATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAAATTAAAATTGATTGTCTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTT
* * * * **
5246 GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGCTGATTTATAGTCACTTATGCCTTCA
130 GAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAACAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * * *
5311 ATAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATTATTTTAGGTTGAATGTTTTT
195 AAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * * *
5376 ACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATATGAAGAAAAACCCATT
260 ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAACTCATT
** * * ** *
5441 CATTTATAGGACAAGCTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
325 CATTTGCAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
** * *
5506 GGCTTTATATTCGCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
390 GGCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
5546 AACATTTTCA
Statistics
Matches: 1171, Mismatches: 225, Indels: 85
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
493 14 0.01
494 141 0.12
495 2 0.00
496 187 0.16
497 59 0.05
498 2 0.00
499 1 0.00
500 1 0.00
501 2 0.00
508 2 0.00
509 1 0.00
510 2 0.00
511 5 0.00
512 60 0.05
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515 137 0.12
516 15 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTG
AGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAACAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAACTCATTC
ATTTGCAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
GCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCC
Found at i:5334 original size:838 final size:835
Alignment explanation
Indices: 4000--5583 Score: 1871
Period size: 838 Copynumber: 1.9 Consensus size: 835
3990 ACAACCTCAT
* *
4000 AATTGATTTTAGGACAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATAAATTATAATTGACTATTTACCT
1 AATTGATTTTAGGACAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATAAATTATAATTGAATATCTACCT
* * * * ** *
4065 TGAGAAACGTGAAGTAACAGCCATTGATTGATAAGAAGAGCCCATTTATAGCCACTCATACCTTC
66 TGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAGAGCCCACTTATAGCCACTCATACCTTC
* * * * * *
4130 AAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATCATTGATTTTAGGTTAAATTTGTT
131 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTT
* * * * * * * *
4195 CATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGGAAAATGTGAAGAAAAACTCAT
196 CATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGAAAAAGTGAAGAAAAACGCAT
* * * *
4260 TCATTTGCAACAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTCTAAA
261 TCACTGGCAAAAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAA
* * * * * *
4325 TAATTTTATAATATCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACATTTTTTATTAAAACAGATTG
326 TAATTTTACAATATCATAACTGATTGTAAATTGAATTTTGTTACATTATTGATTAAAACAAATTA
* ** * ** *
4390 TAATTGAATATCTGTCATGGGAAACATGAAGGTAAACACATTCATTTGCAGGAAAAGCCCATTTA
391 AAATTGAATATCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTA
* *
4455 TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT-AATTGA
456 TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAAATT-A
** * *
4519 TTTTAAGTTGAAT-TTTTCTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGAG
520 TTTTAAGTTGAATGTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-
* * * *
4582 AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAA
583 AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCATCGAAA
* * *
4647 GCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT-AC
648 GCCTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAAC
*
4711 ATGTTT-AGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGTCATTCA
712 AT-TTTCAAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGTCATTCA
4775 TTGACAACAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTTAAAAGCGTTATTACTCGCTTTA
776 TTGACAACAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTTAAAAGCGTTATTACTCGCTTTA
** * * * * *
4835 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
1 AATTGATTTTAGG-ACAAATTTTTTTACATTTTTAG-TCAAAATAAATTATAATTGAATATCTAC
* * *
4899 CTTGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATAA-AA-AGTCCACTTATAGTCACTCA-AG
64 CTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-ATAAGAAGAGCCCACTTATAGCCACTCATA-
** *
4961 CCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
126 CCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-
* * * * * *
5026 TTTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACGGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAAAGTGAAGAAA
189 ATTTGTTCATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGAAAAAGTGAAGAAA
* * *** *
5091 AAGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCTC-TTTATAGTCACTC-ATTTTCTCAAAAGCCTTATTCCT
254 AACGCATTCACTGGCAAAAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * * * * *
5154 CGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTAA
317 CGCTCTAAATAATTTTACAATATCATAACTGATTGTAAATTGAATTTTGTTACATTATTGATTAA
* * * ** *
5219 AACAAATTAAAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTA-TTGACAAGAAA
382 AACAAATTAAAATTGAATATCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTTG-CAAGAAA
** ** * * *
5283 AGCTGATTTATAGTCACTTATGCCTTC-AATAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
446 AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATC
*
5347 TCATAAATTATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCT
510 TCATAAATTATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCT
* * * ** * *
5412 GCCTTAGAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTTATAGGACAAGCTAATTTATAGTCACCCAAGC
575 GCCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGC
* ** * *
5477 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATATTCGCATAATTGATTTTAAGTTTAATT
640 CATCGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * *
5542 TTTTAACATTTTCAATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTA
705 TTTTAACATTTTCAAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
5584 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 118, Indels: 29
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
835 15 0.02
836 132 0.21
837 20 0.03
838 433 0.70
839 15 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (835 bp):
AATTGATTTTAGGACAAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATAAATTATAATTGAATATCTACCT
TGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAGAGCCCACTTATAGCCACTCATACCTTC
AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTT
CATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGAAAAAGTGAAGAAAAACGCAT
TCACTGGCAAAAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAA
TAATTTTACAATATCATAACTGATTGTAAATTGAATTTTGTTACATTATTGATTAAAACAAATTA
AAATTGAATATCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTA
TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAAATTAT
TTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAA
CATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCATCGAAAGCC
TTATTACTCAATTTAAATGGCTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTT
TCAAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAGTCATTCATTGAC
AACAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTTAAAAGCGTTATTACTCGCTTTA
Found at i:6363 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6067--7933 Score: 1506
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 170
6057 TTTTTATACT
* * * * * * *
6067 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAA-TCAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATATTT-CCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * *
6131 ATATAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
6196 GCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTC
129 GCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * *
6238 AATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCACTAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
** * * * * *
6303 ATGTATCAAAATTCAACTCAAAATCAGTTTTGATATTATAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
6368 CTTGCGATGGCTTAGGTTACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC
130 CTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * * *
6409 AATAAATGGGTTTTTCTTCATATTTCCCGATGTAAACATTCAATCACAATATGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATATTT-CCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* **
6474 ATGTAAAAAAAATTCAAC-CTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAA
65 ATGT-AAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
6538 GGCTTTTGAAGACAT-GGCTGAATATAAATAGACTTTTGTTG-C
128 GGCTTTCGAAGGCTTAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * *
6580 TAGTAAATGGC-TTTGTCTTCATGTTTTTCAGGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
1 -AATGAATGGCTTTTG-CTTCAT-ATTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * * * * *
6644 AAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAAAC-ATTGAAATCAAGTAATA
63 AAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
6708 AGGTTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTC
127 AGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * *
6752 AATGAATGGATTTTGCTTCACGATTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-TAAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCA-TATTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * *
6816 AGTGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 A-TGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
6881 GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTG-C
129 GCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
** * * ** * * * * * * *
6922 AAATGAATGTATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTATTATTTGGTTTAACCAAA
1 -AATGAATGGCTTTTGCTTCATATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * * *
6987 ACTAT-ACAAAATTCAAC-CTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAT
64 AATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
7050 GACTTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGATTTTTCTTGTC
128 GGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * * * *
7093 AATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTTATGGCAGACAGTCAATTATATTATGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * ** * *
7158 ATGTAAAAAAAGTCATC-CTAAAATCAATTATGAGGTTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
7222 GCTTTCGAA-GATTTGAGTGACTATAAATGGGCTCTTCCT-AC
129 GCTTTCGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
7263 AAATGAATGAG-TTTTTCTTAATATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
1 -AATGAATG-GCTTTTGCTTCATATTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* *** * *
7327 AAATTTAAAAAAATTTTGC-CTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATA
63 AAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
7391 AGGCTTTTGAAGG-TGTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT-
127 AGGCTTTCGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * *
7434 AATTGAATGACTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTATTTTAACCAAA
1 AA-TGAATGGCTTTTGCTTCATATTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
7499 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAC
64 AATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-
** ** *
7564 GG-TTT-TTAGG-AAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 GGCTTTCGAAGGCTTA-G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
7606 AATGAATGCCTCTTT-CTTCACTCTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAG
1 AATGAATGGCT-TTTGCTTCA-TATTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-
** * * * *
7670 AATATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
63 AA-ATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
7735 AGTCTTTCAAAGGCTT-GAGTGATTAT-AGTGAACTTTT-TATG-C
127 AGGCTTTCGAAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC
* * * * * * *
7777 TAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAA
1 -AATGAATGGCTTTTGCTTCATA-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AA
* * * * *
7841 AAATGT-AAAATATTCAAGTTAAAATTAATTAT-ACGATTA-AAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
63 AAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAAT
7903 AAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT
126 AAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT
7934 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1364, Mismatches: 278, Indels: 109
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 65 0.05
170 163 0.12
171 803 0.59
172 253 0.19
173 72 0.05
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATGAATGGCTTTTGCTTCATATTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
Found at i:7246 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 6072--7933 Score: 1788
Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 507
6062 ATACTAATGG
** * * * * * *
6072 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAA-TCAAAATATA
1 ATGGCTTTT-CTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA
* * * **
6136 AAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
6201 CAAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTC-AATGAATGGCTTTTGCTTTATG--TT
129 CAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAAATGAATGACTTTTGCTTCACGATTT
* * * **
6262 TCACTAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATCAAAATTCAACTCAAAAT
193 TCA--AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AAAAT
* * * * * * * *
6327 CAGTTTTGATATTATAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTGCGATGGCTTAGGTTACTATA
254 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATA
* * * * * * *
6392 AATGGGCTTTTCTTGTC-AATAAATGGGTTTTTCTTCATATTTCCCGATGTAAACATTCAATCAC
319 AATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAAT-GATTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTAT
* * *
6456 AATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTA
382 AATTTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTA
** * * * * * *
6521 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGCTGAATATAAATAGACTTTTGTTGCTAGTAA
445 TTTAAAGCGAGTAAT-AGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATAA
** * * * *
6586 ATGGCTTTGTCTTCATGTTT-TTCAGGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT
1 ATGGCTTT-TCTTCACATTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * * * *
6650 AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAAACATTGAAATCAAGTAATAAGGTTTT
64 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
6715 CGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTC-AATGAATGGA-TTTTGCTTCACGATTT
129 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAAATGAAT-GACTTTTGCTTCACGATTT
* *
6778 TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCA
193 TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACT-AAAATCA
* * * *
6843 ATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
256 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAA
* ** * *
6908 TGGGCTTTTCCTGCAAATGAATGTATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTATTAT
321 TGGGCTTTTCTTGCAAATGAATG-ATTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAT
* * * *
6973 TTGGTTTAACCAAAACTATACAAAATTCAACCTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
385 TTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * *
7038 AGCGAGTAATATGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGATTTTTCTTGTCAATCA
450 AGCGAGTAATA-GACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATAA
* * * * * *
7098 ATGGCTTTTCCTTCACATTTCTTATGGCAGACAGTCAATTATATTATGTTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTT-CTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA
* * * * * *
7163 AAAAAAGTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTC
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* ** * * ** * * * ** *
7228 GAAGATTTGAGTGACTATAAATGGGCTCTTCCT-ACAAATGAATGAGTTTTTCTT-AATATTTCC
130 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAAATGAATGACTTTTGCTTCACGATTTTC
* * *** *
7291 TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAAATTTTGCCTAAAATCAG
195 -AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTAAAATCAA
* * *
7356 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TGTAAGTGACTATAAA
257 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TAGGTGACTATAAA
** * * * *
7420 TGGGCTTTTCTTATAATTGAATGACTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAAT
321 TGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGA-TTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
7485 TTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTA
385 TTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * *
7550 AAGCGAGTAATA-ACGGTTTT-TAGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
449 AAGCGAGTAATAGAC--TTTTGAAGG-CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATAA
* * * *
7611 ATGCCTCTTTCTTCACTCTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACTAAGAATAT
1 ATGGCT-TTTCTTCAC-ATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AA-AT
* ** * *
7675 AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCT
62 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
7740 TTCAAAGGCTTGAGTGATTAT-AGTGAACTTTT-TATG-CTAATGGATGACTTTTACTTCAC-AT
127 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTGT-TGTCAAATGAATGACTTTTGCTTCACGAT
* * * * * *
7801 TTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAATATTCAAGTTAAAA
191 TTT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAA
* *
7865 TTAATTAT-ACGATTA-AAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACT
253 TCAATTATGA-GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACT
7928 ATAAAT
316 ATAAAT
7934 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 206, Indels: 77
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 15 0.01
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514 347 0.31
515 114 0.10
516 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (507 bp):
ATGGCTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAAATGAATGACTTTTGCTTCACGATTTTCA
AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGC
TTTTCTTGCAAATGAATGATTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTT
TAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
TAATAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAATAA
Found at i:8612 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8289--9205 Score: 827
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
8279 TAATGGAGCC
* * ** * * * * *
8289 AAGTCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGACTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATGATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * ** *
8354 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAGATTCTTAGTTAAAACGGATCATAATTGAATGT
66 TCATAACTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * *
8419 CTGCTTTGGAAAGAA--TAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
129 CTGCCTT-GAAA-AATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
** * *
8462 AAGTCCATTTATAGTCAATCAT-TCTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
8526 GTCATAACTGATTTT-TGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTC
65 CTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* *
8590 TACCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
130 TGCCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* *
8632 AA-TCCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
8696 CTCATAACTGATTTTAGGATGAATTTTTTGAAATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTCAATGTT
65 CTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * *
8761 TGCCTTGAGAACCAT-T-AAGAAAAA-CTTATTCATTTGCAGGAA
130 TGCCTTGA-AA-AATGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
8803 AAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * * *
8868 TCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTGTT-ATTGACACATATTATAATTGAATCTT
66 TCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTT-TTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * ***
8932 TGCCTTGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATTTATTGACATCTA
130 TGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* ** * * * *
8974 AAG-CTCATTTATAGTCACCCAGGCCTTTGAAA-CCTTTATTACTCGATTTCAATAGTTTTATAT
1 AAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
9037 TATAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATG
64 TCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA-TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* * ** * *
9102 CCTGCTTTGAAAAACATGAAGAAAAATCC-TCTCATTGGCAACAA
128 TCTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAA
* * *
9146 AAGTCTA-TTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
9206 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 118, Indels: 48
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 6 0.01
170 138 0.23
171 318 0.53
172 73 0.12
173 64 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
GCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
Found at i:10614 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9904--11855 Score: 1514
Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 172
9894 CATCCCAACA
* * * *
9904 TCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACC-TGAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAT-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
9968 AT-GATTTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTTAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAACA-AA
65 ATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAG
* * * *
10031 TTATAATTCAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCT-T
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAA-ACTAT
* * * * * *
10075 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTTACC-TAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAT-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
10139 ATTATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATTAT
65 A-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAA-CAT
* * * * * *
10203 A-TTATAATTAAATCTCGACCTTGGGAAACGTGAAG-CAAAAGTAAT
127 AGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACT-AT
* * * ** * * *
10248 CCA-TCAGCATA-AAAAGTCCACATATAGTCATTCA-AGCCTTTGAAAGACTTATTAC-CTACTT
1 TCATTGA-CA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTT
* * * * * *
10309 TAAATGGCTTTATAATCCCACAATTGATTTTAA-TTTAATTTTTTTTTATATTTTTAGTAAAAAC
62 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
* * **
10373 ATA-TTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAGAGTAAAGAAAGAGGC-AT
125 ATAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CGTGAAGAAA-AAACTAT
* * ** *
10420 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATTTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
10484 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACA-AGT
65 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAGT
*
10548 TATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTAT
130 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTAT
* * * * *
10591 TCATCGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCGTTACTACTCACTTTAA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* ** *
10655 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTAGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACATA-
65 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACATAG
* * * *
10718 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACT-AT
* * * *
10762 TCATTTG-CAGGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCA-AACCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTA
1 TCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ** * * * ** * *
10825 AATGGTTTTCCAACCTCATAATTGACTTTAGGACGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAA-ATAG
64 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAG
* * * * *
10888 ATTATAATTG-ATCATCTTCCTTGAGAAATGTGAA-AGAAAAGCAAT
129 -TTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAAACTAT
* * * * *
10933 TGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTTATC-TATGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCATA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
10996 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTCAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTT-AAACAGA-T
65 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAGT
* * * * * *
11058 TATAATTGAAAGTTTACCTCGAGAAACGT-AAAAAAAAACCCAA
130 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-CTAT
* * * * * * * *
11101 GCATTTG-CAGGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTCTA
1 TCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
11164 AATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATAGTT-AAA-ATAG
64 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAG
* * * * * * * * *
11227 ATTATATTTAAATGGT-TGCCTTAAAAAACGTAAAGCAAAATCCAT
129 -TTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTAT
* * * *
11272 TCATTGACAACAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATA-CCCTCGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTC
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTA
* * * *
11335 AATGGTTTTATAATCTC---A--G-----AA--TG----TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-
64 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAG
* * * * * *
11383 TTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTAT
* * * * * *
11427 TCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-ATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
11491 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-
65 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAG
* * * *
11555 TTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-AAAAAACTCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACT-AT
* * *
11599 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACC-TGAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAT-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * ** * *
11663 ATAGTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTTTCTTCAAACAGA-
65 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACATAG
* * * * * * *
11727 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATAAAGAGAAAGCCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTAT
* * *
11771 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-TAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAT-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
11835 ATTATTTTTATAATCTCATAA
65 A-TAGTTTTATAATCTCATAA
11856 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1428, Mismatches: 265, Indels: 174
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 4 0.00
155 116 0.08
156 3 0.00
157 2 0.00
158 1 0.00
159 2 0.00
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161 2 0.00
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TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCATAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATAGTT
ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACTAT
Found at i:11498 original size:155 final size:156
Alignment explanation
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11193 AAGTTGAACT
* * * * * * * *
11203 TTTTTATATTTATAGTTAAAATAGATTATATTTAAATGGTTGCCTTAAAAAACGTAAAGCAAAAT
1 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTGCCTTGAAAAACATAAAGCAAAAG
* * * *
11268 CCATTCATTGACAACAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATACCCTCGAAAGCCTTATTACTCGATT
65 CCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
11333 TCAATGGTTTTATAATCTCA-GAA-TG
130 TAAATAGTTTTATAATCTCATGAATTG
* * *
11358 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAACATGAAGCAAAAG
1 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTGAAAAACATAAAGCAAAAG
* * *
11423 CCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
65 CCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
11488 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTG
130 TAAATAGTTTTATAATCTC------------A---TGAATTG
* * * **
11530 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAA--AAAA
1 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCTTGAAAAACAT-AAAGCAAAA
* * * * * * *
11593 ACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCTGA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
64 GC-CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
11657 CTTTTAATAGTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTTG
127 CTTTAAATAGTTTTAT-A-ATC-TCA-TG-----AA-TTG
* ** * **
11697 AATTTTGTTATATTTTTTTCTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATAAAG-
1 ---TTT-TTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTGAAAAACATAAAGC
* *
11761 AGAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTAC
60 A-AAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
*
11826 TCGCTTTAAATTATTTTTATAATCTCAT
124 TCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAT
11854 AANNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
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TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCTTGAAAAACATAAAGCAAAAGC
CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATGAATTG
Found at i:12464 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11956--14886 Score: 2482
Period size: 171 Copynumber: 17.2 Consensus size: 170
11946 NNNNNNNNNN
* ** * * * ** *
11956 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTGTTTTACATTTCTAATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * *
12021 ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATA-TGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGACAACAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAG
* * *** *
12084 TCCAGTTATAGTCACCCATATTTTC-AAATGCCTTATTACTCGC
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** * * ** *
12127 TTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* ** * * * * *
12191 ATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGAT-AAGTAAAAGTCATCCATTAGCATA-AAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAAG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAAG
** * * * * * * *
12254 TTCACTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGACTTATTACTCAT
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*
12297 TTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA-AAA
* * * * *
12362 C-GATTAAAATTGAATGTCTACTTTGGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGC
* * * * * *
12426 CCATTTATTGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGC
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** * * * *
12468 TTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTGTAAGCTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
12533 AAATTAAAATTGATTGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAACAGCCATTC-TTTGACATGAAAATC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGC
* ** * **
12597 CAATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * **
12639 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * ** * *
12704 AGATTACAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-TGAAGACGAA-CTCATTCATTTGTAGGAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAA-AGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTTGCAAGAAAAG
* * * * *
12767 CCCATCTATAGTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCCC
128 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
12810 TTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGATGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
12875 AGATTTTAATT-AACTGTCTGCCTT-AAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTGA-TTGATAAAAAAA
66 AGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAA-AAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG--CAAGAAA
* ** * *
12937 AGCCCATTTATAGTCATCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
126 AGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
** * * ** **
12982 AGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGGTTG-ATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * *
13045 AAATTATAATTGATTGTTTGCCTTGTGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAAAAAAAAC
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* * **
13110 CCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
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* * * *
13152 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * ** *
13216 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGGAGAAAAAGTAATTCA-TTGACAACAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAG
* * * *
13279 CCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGC
128 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * *
13322 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATCAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * **
13387 CAGATTATAAATGAATGTTTACCTTGAAAAA--CATA-AAAAACCCGTTCA-TTGATAACTAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAG
** *
13448 CCCATTTATAGTCACTAATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-
128 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-AC
* * ** * *
13491 TTTCAATGGTTTTTTGAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGGTTTTACT-GTTTTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
13554 ACAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAG
*
13619 CCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGA-
128 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-AC
* * *
13662 TTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTAAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
13727 A-ATTTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAACAAAAGT
66 AGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGC
* * * * *
13791 CTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* *
13833 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAGGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * *
13896 ACATATTGTAATTGAATGT-TACCTAGGGAAACGTAAAG-AAAA-CTCATTCATTAGTAAGAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAAAGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTTGCAAGAAAA
* ** * * *
13958 GCCAATTTATAGTCACTTGA-GCCTTCGGAAGCCTTATTAATCTC
127 GCCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * *
14002 TTTTAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTGTAAGTTGAATTTTGTTACT-TTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAA
* * * * ***
14066 GAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTAATAAGAAAAGC
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGC
* *
14131 CCATTTATAG-CTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
14173 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
14238 AGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTG-ACAGCAAAAT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA-AG-AAAAG
* *
14301 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACATGA-
128 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCAC
* * * *
14344 TTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
14409 AAATTATAATTAAATGTCTACCATGAAAAACGTAAAGAAAAAACTATTCA-TTGCCAACAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGC
** * * *
14473 CCATTTATAGAT-ACTTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
129 CCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
14515 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
14579 TAGATTGTAATTGAATGTTTACCATAGGAAACA-TAAAGAAAAA-CTCATTCATTGGTAAGAAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACC-T-TGAAAAAGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTTGCAAGAAAA
* * * ** * *
14642 GTCAATTTATAGTTACTTGA-GCTTTCGAAAGTGC-TATTACTCAC
127 GCCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCAC
* * * *
14686 TTTTAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACT-TTTTTGGCTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAA
* * * * * **
14750 GAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGGGAAACA-TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTT--GAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAG
* *
14814 CCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
128 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
*
14857 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
14887 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2265, Mismatches: 410, Indels: 170
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 44 0.02
169 218 0.10
170 413 0.18
171 1436 0.63
172 145 0.06
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
Found at i:13118 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 11956--14886 Score: 2778
Period size: 513 Copynumber: 5.7 Consensus size: 507
11946 NNNNNNNNNN
** * * * *
11956 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTGTTTTACATTTCTAATTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTATTAAAAC
* * * * * *
12021 ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAACAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAAAAAAGCC
* *** **
12086 CAGTTATAGTCACCCATATTTTC-AAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCAT
129 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
12150 AATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCT
193 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * ** * * *
12214 TGAGAAACGAT-AAGTAAAAGTCATCCATTAGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGTCT
258 TGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGTCATTCATTTGCA-ACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * ** *
12277 TTGAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
321 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
12342 TTTATATTTTTGGTTAGAAAC-GATTAAAATTGAATGTCTACTTTGGAAAAA-GTGAAGAAAAAG
386 TTTACATTTTTGGTTA-AAACAGATTATAATT-AATGTCTACCTT--AAAAACGTAAAG-AAAAG
* * * * * *
12405 CCATTCACT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAT-TCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGC
446 CCATTCATTGA-TAACAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CATAT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * * **
12468 TTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTGTAAGCTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTATTAAAAC
* * * * * * ** *
12533 AAATTAAAATTGATTGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAAACAGCCATTCTTTGACATGAAAATCC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAAAAAAGCC
* ** * ** *
12598 AATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
129 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
12663 ACTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTT
194 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * ** * * *
12728 GAGAAACATGAAGACGAACTCATTCATTTGTAGGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCAAGCCTACA
259 GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * * * * *
12793 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGATGGATTTTTTT
324 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
12858 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTAACTGTCTGCCTTAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATT
389 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTCTACCTTAA-AAACGTAAAG-AAAAGCCATT
* *
12923 GATTGATAAAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
451 CATTGAT-AACAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** * ** *
12982 AGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGGTTGATTTTTTTTA-TTTTTTATTAAAACA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTATTAAAACA
* * * * ** ** * *
13046 AATTATAATTGATTGTTTGCCTTGTGAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAAAAAAAACC
66 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG-AAAAAAAAGCC
* * * *
13111 CATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATA
129 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
13176 ATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
194 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * *
13239 TAAGAAACATGGAGAAAAAGTAATTCA-TTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT
258 TGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTG-CAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * *
13303 CGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
322 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * * * *
13368 TTTACATTTTTGATCAAAACAGATTATAAATGAATGTTTACCTTGAAAAACAT-AA-AAAACCCG
386 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT-AATTAATGTCTACCTT-AAAAACGTAAAGAAAAGCCA
* * ** *
13431 TTCATTGATAACTAAAGCCCATTTATAGTCACTA-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA
449 TTCATTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCATAT--CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ** *
13491 TTTCAATGGTTTTTTGAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGGTTTTACTGTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAA
* * * ** * * *
13555 CAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAGC
64 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAAAAAAGC
* * *
13620 CCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGGTTTTATAATCTCAT
128 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
13685 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTAAAAACA-ATTTATAATTGAATGTCTGCC
193 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCC
* * * ** * * * * * *
13749 TTAAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTT
257 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * *
13814 CAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAGGTTGAATTTT
322 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
13878 TTTACTTTTTTAGTTAAAACATATTGTAATTGAATGT-TACC-TAGGGAAACGTAAAGAAAA-CT
386 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACCTTA--AAAACGTAAAGAAAAGC-
* * * * ** * *
13940 CATTCATT-AGTAAGAAAAGCCAATTTATAGTCA-CTTGAGCCTTCGGAAGCCTTATTAATCTC
447 CATTCATTGA-TAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCAT-A-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
14002 TTTTAATAGTTTTATAATATCATAACTGATTGTAAGTTGAATTTTGTTACTTTTTTTGTTAAAAG
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTATTAAAAC
* *
14067 AGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATT-AATAAGAAAAGC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAA-AA-AAAAGC
* *
14131 CCATTTATAG-CTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
128 CCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
14195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
192 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* ** * * *
14260 TTGAAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGACAGCAAAATCCCATTTATAGTCACCCATGCCT
257 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTG-CAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * * *
14324 TTGAAAGCCTTATTACAT-GATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATGT
321 TCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
14388 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCATGAAAAACGTAAAGAAAAAAC
385 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACC-TTAAAAACGTAAAG-AAAAGC
* ** * * * * *
14453 TATTCATTGCCAACAAAAGTCCATTTATAGAT-ACTTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
447 CATTCATTGATAACAAAAGCCCATTTATAG-TCAC-CATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
14515 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAAC
* * * * * * *
14580 AGATTGTAATTGAATGTTTACCAT-AGGAAACATAAAGAAAAA-CTCATTCATTGGTAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATT-GAAAAAAAAG
* * * ** * * * * *
14643 TCAATTTATAGTTACTTGA-GCTTTCGAAAGTGC-TATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATAT
127 CCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** * *
14706 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACT-TTTTTGGCTAAAAGAGATTATAATTGAATATCT
190 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** * *
14770 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAAGC
254 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* *
14835 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAT
319 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
14887 NNNNNNNNNN
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TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGTCTACCTTAAAAACGTAAAGAAAAGCCATTCATTG
ATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:16295 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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15872 NNNNNNATCC
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* ** *
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64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCG
*
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* * * *
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1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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129 TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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128 GTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
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* * * * * * * * *
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65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCGT
* *
16864 TTTTCTTCACTCTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCC
130 TTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * *
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1 GTTTTAACT-AA-AA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* *********** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 GTTTTAACT-AAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTA
* * * * * *
17141 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG
63 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
* * *** *
17205 AC-TTTTTCTTCATGTCTCCCATCCCAGACATTCAATTATAATCT
127 -CGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * ** * *
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** * * * * *
17314 GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCAGGTGA-TAATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
17550 -GCTTTTCTTCACGTTT-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
127 CGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
*
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* * * * *
17657 TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGGCTTTTGTCGTCAATGAATG-GC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCG-
* * * * *
17721 TTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGAAAAGATTCAATTATAATTT
129 TTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
17763 GTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * * * * * *
17827 GCGAGTAATAGGGGTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCT-ACAAATGAATGA
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGTC-AATGAATGC
* * * *
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* ** *
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1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
18103 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAA-TCATTTAA
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* * * * *
18167 AGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGG-GTTAGGTGACTATAAATGCGCTTTTCCTG-CAAATGAAT
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAAT
* * ** *
18229 GAGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAAACAATCAATTATAATCT
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** * * ** *
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* *
18338 AGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAACGAATAGC
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT-GC
* * * * * *
18403 -TTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTT
128 GTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
18445 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAA
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* * * * * * *
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65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGCG
* * * *
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** * ** * * ** * *
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**************************************
18743 GAC-TTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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***************************************************** * *
18797 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-TCAATT-AT
1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAA
* * ** * * * *
18860 GAGA-TTATAAAACCATTT-AAAGCA--AGT-A--ATAAA---GCTTTTGAAGATATGGGTGACT
65 GCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTT----CT-T--GT--CA
* * ** * * *
18915 ATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATT
120 ATGAAT-G-CGTTT-TT--C--TTCAT-G--T-TTC--C-------T-AAGGCAAACATTCAATT
*
18980 ATAATCC
164 ATAATCT
* * **
18987 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATAAAAA
1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
** * * * * **
19052 TTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGAC-TTTGTTATCAATGAACAAC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGG-CTTTTCTTGTCAATGAA-TGC
* * * *
19116 -TTTTGCTTCACGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCC
128 GTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
19158 ATTTTAAC-CAAAATGGTAAAACAATTCAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAGCCATCTAA
1 GTTTTAACTAAAAAT-ATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* *
19222 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATG-
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATGC
* * * * * *
19285 GATTTTTTTTTATGTTTCTTAAGGCAGACACTCAGTTATAATCT
128 G-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
19329 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * *
19394 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGT-GGCTTCTCTTATCAATCAATG-GC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCG-
* * * * * * *
19457 TTTTCCTTCAAGTTTCCCAAGGCAGATAGTCAATTTTAATCT
129 TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
19499 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-ATCTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAG
1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * ** *
19563 CGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGGAAATGAATGAGTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCGTT
* * *
19628 TTTCTTCACGTTTCCTAGGGCAAGCATTCAATTATAATCT
131 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
19668 ATTTTAA-TGAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACT-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * **
19732 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAGATTTTCTTGCCAATGAATGAT
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGCG
* * * * * *
19797 TTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTT
129 TTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
19839 TTTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAAA-AAATTATGATATTGTAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
19902 AGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AGGAAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTG-CTAGTGAATG
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTC-AATGAATG
* * * * * *
19965 CCTTTTTCTTTACT-TTTTCTAGGGCAAACATTCAATTATGATCC
127 CGTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
20009 GTTCTAACTAAAAATATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
1 GTTTTAACT-AAAA-ATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
20068 CTTTNNNNNN
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Found at i:16527 original size:171 final size:170
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15872 NNNNNNATCC
* * * *
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* *
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* *
16348 -GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATAT
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* * * * * * *
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* *
16457 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTCCTTGCAAATGAATGAGT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAATGAGT
* * * *
16522 TTTTCTTAATGTTTCTTGAGGCAAACAATCAATTATAGTCT
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
16563 GTTTT-AGTGAGAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * *
16627 AGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTAACTGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAAT-AG
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGAG
** * * * *
16691 CTTTTTCTTCACATTTCTAAAGGTAAACAATCAATTATAATTT
129 -TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
16734 GTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * * **
16799 GTGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGCCT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGAGT
* * *
16864 TTTTCTTCACTCTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCC
130 TTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * *
16905 GTTTTAA-TGAAGAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAAGCAATTATGAGATCATAAAACCATTTA
1 GTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *********** * * * * *
16969 AAGTGAGTAATAAGTNNNNNNNNNNCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATACAAATGGATG
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGC-AATGAATG
* * ** * * *
17033 ACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACCTTCAATTATAATAT
127 AGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
17077 ATTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAATTCAAGTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAAACAATTTA
1 GTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTA
* * * * *
17141 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGA
64 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAATGAATGA
* * ** *** *
17206 CTTTTTCTTCATGTCTCCCATCCCAGACATTCAATTATAATCT
128 GTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * ** * * *
17249 GTTTTAACTAAAAATATAATAAAATTGAACTCAAAATCTGTTATGATATTATAAAACTATTAAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** ** *
17314 GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCAGGTGA-TAATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGAG
* * * *
17378 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTC-AACATTCAATTACAATAT
129 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG-CAAACATTCAATTATAATCT
* * * * *
17420 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAAAATTTAGCCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACAATTT
1 GTTTTAACTAAAAATGT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * *
17485 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTGTTGCCAATGAATG
63 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATG
* * * *
17550 -GCTTTTCTTCACGTTT-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
127 AGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
17592 GTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
17657 TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGGCTTTTGTCGTCAATGAATG-GC
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGAG-
* * * *
17721 TTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGAAAAGATTCAATTATAATTT
129 TTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* *
17763 GTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
17827 GCGAGTAATAGGGGTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTACAAATGAATGAT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGC-AATGAATGAG
* * * *
17891 TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATTT
129 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * ** **
17933 GTTTTAACTAAAACTAT-AAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * *
17997 GCGAGTAATATGACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATG-GC
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAATGAATGAG-
* * * * * *
18061 ATTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAATAGTCAATGATAATAT
129 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
18103 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
18168 GCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGGTTAGGTGACTATAAATGCGCTTTTCCTGCAAATGAATGAGT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAATGAGT
** ** *
18233 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAAACAATCAATTATAATCT
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
** * ** * *
18274 GTTTTAAAGAAAAA-GATAAAAAAATTCAACCTAAAATCTGTTATGAGATTGTAAAATCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
18338 AGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAACGAAT-AG
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAATGAATGAG
* * * * * * *
18402 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTT
129 -TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
18445 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * * ***
18510 GTGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTCCT
66 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAATGAGT
* * * *
18575 TTTTCTTCACTCTTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCC
130 TTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* *
18616 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
1 GTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * **
18681 ATTGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATA
65 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATA
18719 GGTGGACTTT
Statistics
Matches: 2185, Mismatches: 422, Indels: 117
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 230 0.11
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172 377 0.17
173 19 0.01
174 87 0.04
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAATGAATGAGTT
TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
Found at i:16775 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 15882--18718 Score: 2822
Period size: 342 Copynumber: 8.3 Consensus size: 340
15872 NNNNNNATCC
* * * * * *
15882 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATTGAAA
1 GTTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
15947 TCGAGTAATAA-GATTTTCGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGGCTTTTGTTGTCAATTAATGGC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * * *
16011 TTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGAAAAGATTCAATTACAATCT-TTTTAA-TAAAAAAGTAAAAAA
129 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* ** * * *
16074 ATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG
194 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
16139 TTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTAAATGAATGCGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACA
259 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCA
16204 AACATTCAATTATAATCT
323 AACATTCAATTATAATCT
* * *
16222 GTTTTAACCAAAACTAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAA-TATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
16286 GCAAGTAATATA-GCTTTTGAAGGTATG-GATGACTATAAAT-GGCTTTTTCTTATCAATCAATG
65 GCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGGC-TTTTCTTGTCAATGAATG
* * * * * *
16348 GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACAGTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAA
127 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * *
16413 AACTTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
192 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * *
16478 GGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTCCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGG
257 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGG
* *
16543 CAAACAATCAATTATAGTCT
321 CAAACATTCAATTATAATCT
* * * * *
16563 GTTTT-AGTGAGAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACT-A-AAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
16627 AGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTAACTGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATAGC
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * *
16692 TTTTTCTTCACATTTCTAAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAA
129 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
16757 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAGGG
194 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
** * * ** * *
16822 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTCTTTCCAAGGCA
259 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCA-TGTTTCTAAGGCA
*
16887 AACATTCAATTATAATCC
323 AACATTCAATTATAATCT
* * * *
16905 GTTTTAA-TGAAGAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAAGCAATTATGAGATCATAAAACCATTTA
1 GTTTTAACT-AA-AATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *********** * * * * *
16969 AAGTGAGTAATAAGTNNNNNNNNNNCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TAT-ACAAATGGAT
63 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGTC-AATGAAT
* * * * * *
17032 GACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACCTTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAA
126 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAA
* * * * * *
17096 ACAAATTCAAGTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
190 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
17161 GAAGGCTTAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTCTCCC
254 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGT-TTCT
*** *
17225 ATCCCAGACATTCAATTATAATCT
317 AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * ** * * *
17249 GTTTTAACTAAAAATATAATAAAATTGAA-CTCAAAATCTGTTATGATATTATAAAACTATTAAA
1 GTTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * *
17313 AGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCAGGTGA-TAATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATG
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
* * * *
17376 AG-TTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTCAACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATGTAA
127 -GCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT--
* * * * * *
17439 AAACAAAATTTAGCCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
188 AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * *
17504 TTGAAGACATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTGTTGCCAATGAATG-GCTTTTCTTCACGTTTTT
252 TCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCT
* *
17568 AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
317 AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
17592 GTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAA
1 GTTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
17657 TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGGCTTTTGTCGTCAATGAATGGCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCT
* * * * * *
17722 TTTGCTTCATGTTTTTCAAGGAAAAGATTCAATTATAATTTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAA
130 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
17786 TACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAGGGGTTTCGAAGGC
195 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *
17851 TTGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTACAAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTA
260 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCA
*
17915 AACATTCAATTATAATTT
323 AACATTCAATTATAATCT
* **
17933 GTTTTAACTAAAACTAT-AAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAA-TATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
17997 GCGAGTAATATGACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCA
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCT
* * * * * * *
18062 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAATAGTCAATGATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
130 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * * *
18127 TTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGG
195 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * **
18192 TTAGGTGACTATAAATGCG-CTTTTCCTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATA
260 TTGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCA
*
18256 AACAATCAATTATAATCT
323 AACATTCAATTATAATCT
** * ** * *
18274 GTTTTAAAGAAAAAGATAAAAAAATTCAACCTAAAATCTGTTATGAGATTGTAAAATCATTTAAA
1 GTTTT-AACTAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
18339 GCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAACGAATAGCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCT
* * * * *
18404 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTTTAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
130 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
18469 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGA
195 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * *** * *
18534 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTCCTTTTTCTTCACTCTTTCTAAGGCAG
260 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCA-TGTTTCTAAGGCAA
* *
18599 ACATTCAAATATAATCC
324 ACATTCAATTATAATCT
* *
18616 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
1 GTTTTAACT-AAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * ** * *
18681 ATTGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATA
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATA
18719 GGTGGACTTT
Statistics
Matches: 2045, Mismatches: 398, Indels: 105
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 208 0.10
340 177 0.09
341 330 0.16
342 577 0.28
343 528 0.26
344 126 0.06
345 70 0.03
346 24 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGCAAAC
ATTCAATTATAATCT
Found at i:20206 original size:681 final size:680
Alignment explanation
Indices: 15878--20203 Score: 2188
Period size: 683 Copynumber: 6.3 Consensus size: 680
15868 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
15878 ATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTACAAAACCATT
1 ATCCGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATT
* * ** * * * * * * * * *
15943 GAAATCGAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGGCTTTTGTTGTCAATTAAT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTAACTATAAGT-GGCTTCTCTTATCAATCAAT
* * * * * * * * * **
16008 GGCTTTTGCTTCACGTTTTTC-AAGGAAAAGATTCAATTACAATCT-TTTTAATAAAAAAGTA-A
130 GACTTTTCCTTCAAG-TTTCCAAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-TATA
* * ** * * * *
16070 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATCGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTG
193 AAAAA-T-ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCG
* * * * * * * *
16135 AAGGTTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTAAATGAAT-GCGTTTTTCTTCATGTTTC-CT
256 AAGATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATAG-TTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* ** * *
16198 AAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAAT
320 AAGA-AGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAAT
* * ** ** * *
16262 TATGAGATTCTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATATA-GCTTTTGAAGGTATG-GATGACTATAAA
384 TATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAA
* * *** * * *
16325 TG-G-CTTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACAGTCAATTAT
447 TGAGAC--TTTCTTACCAATGAACAACTTTTGCTTCACGTTT-TTCAAGGCAAACAATCAATTAT
*** * * * * * * *
16387 AATATGTTTTTACCAAAAAT-GTAAAAAACTTCATCCTAA-AATCAATTATGAGGTTGTAAAACC
509 AATCCATTTTAACC-AAAATGGTAAAAAAATTCAACTTAACAA-AAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * *
16450 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTCCTTGCAAATG
572 ATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATG
* * *
16515 AATG-AGTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGGCAAACAATCAATTATA
637 AATGCA-TTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATA
* * * * * * * * *
16559 GTCTGTT-TTAGTGAGAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCAT
1 ATCCGTTCTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTAT
* * * * * * * *
16623 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTAACTGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAA
65 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTAACTATAAGT-GGCTTCTCTTATCAATCAA
* * * * * * * *
16688 T-AGCTTTTTCTTCACA-TTTCTAAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAGAAATGT
129 TGA-CTTTTCCTTCA-AGTTTCCAAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT
* * * ** *
16751 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTT
192 -AAAAAA-T-ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTT
* * * * * * * *
16816 TGAGGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACTCTTT
254 CGA-AGATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATAG-TTTTTTCTTCAC-GTTT
* * ** * * * * *
16879 C-CAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCCGTTTTAATGAAGAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAA
316 CTCAAAG-AAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGT-AAAAACATTCAACCTAAAA
* * ** *********** *
16942 GCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTNNNNNNNNNNCTTGAGTGACTAT
379 TCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * ** * ** * **
17007 AAGTG-GACTTTTTATACAAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACCTTCAATTA
444 AAATGAGACTTTCT-TACCAATGAACAACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACAATCAATTA
** ** * * * *
17071 TAATATATTTTAATAAAAAAT-GTAAACAAATTCAAGTTAA-AATTAATTATCAGATTATAAAAA
508 TAATCCATTTTAA-CCAAAATGGTAAAAAAATTCAACTTAACAA-AAATTATGAGATTAT-AAAA
* * * * * * *
17134 CAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATC-
570 CCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCA
* * ** *** * *
17197 AATGAATG-ACTTTTTCTTCATGTCTCCCATCCCAGACATTCAATTATA
633 AATGAATGCA-TTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATA
* * * * ** * *
17245 ATCTGTTTTAACTAAAAATATAATAAAATTGAA-CTCAAAATCTGTTATGATATTATAAAACTAT
1 ATCCGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATAAGATTATAAAACTAT
* ** * * * * * * ** *
17309 TAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCAGGTGA-TAATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATG
65 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGA-GTAACT-ATAAGTG-GCTTCTCTTATCAATC
* * * ** * * * *
17372 AATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTC-AACATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATG
127 AATGACTTTTCCTTCAAGTTTCCAAAGG-CAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--
* * * * * ** * *
17436 TAAAAACAAAATTTAGCCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG
189 T-ATAA-AAAA--TATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAG
* * * * * **
17501 CTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAA-AGGACTTTTGTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTTCACGT
250 CTTTCGAAGATATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCAAATGAATAGTTTTTTCTTCACGT
* * * ** * * *
17564 TT-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAA
314 TTCTCAAAGAAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAA
* ** *
17628 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTA
379 TCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* *** * * * *
17692 TAAATG-GGCTTT-TGT-CGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGAAAAGATTCAA
443 TAAATGAGACTTTCT-TAC--CAATGAACAACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACAATCAA
*** ** * *
17754 TTATAATTTGTTTTAATAAAAAT-GTAAAAAAATACAACTTAA-AATCAATTATGAGATTATAAA
505 TTATAATCCATTTTAACCAAAATGGTAAAAAAATTCAACTTAACAA-AAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** * * *
17817 GCCATTTAAAGCGAGTAATAGGGGTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTACA
569 ACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCA
* * * * *
17881 AATGAATG-ATTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATA
633 AATGAATGCA-TTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATA
** * * * * *
17929 ATTTGTTTTAACTAAAACTAT-AAAAAATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATT
1 ATCCGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATT
* * * * * * * *
17993 TAAAGCGAGTAATATGACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAAT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTAACTATAAGT-GGCTTCTCTTATCAATCAAT
* * ** * * *
18058 GGCATTTT-CTTCACGTTTCTTAAGGCAAATAGTCAATGATAATATGTTTTAACCAAAAATATAA
130 GAC-TTTTCCTTCAAGTTTCCAAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-A
* * * * * * * * *
18122 AAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCA
193 AAAAA-T-ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCG
* * * *
18187 AAGGGT-T-AGGTGACTATAAAT-GCGCTTTTCCTGCAAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTC
256 AA-GATATGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCAAATGAAT-AGTTTTTTCTTCACGTTTC
* * * ** ** *
18248 -CCAAGATAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAA-GATAAAAAAATTCAACCTAAAAT
317 TCAAAGA-AGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATG-TAAAAACATTCAACCTAAAAT
** * * ** *
18311 CTGTTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
380 CAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* ** * * * * * * * *
18375 AAATG-GGCTTTTCTTGTCAACGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTT
444 AAATGAGAC-TTTCTTACCAATGAACAACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACAATCAATTA
*** * * * * *
18439 TAATTTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTATGAGGTTACAAAAC
508 TAATCCATTTTAAC-CAAAATGGTAAAAAAATTCAACTTAACAA-AAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
18502 CATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
571 CATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAAT
* * * * * * *
18567 GAATTCCTTTTTCTTCACTCTTTC-TAAGGCAGACATTCAAATATA
636 GAATGCATTTTTCTTTA-TGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATA
* * *
18612 ATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCA
1 ATCCGTTCTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT-A
** * * * * * *
18676 TTTAAATTGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAGGTGGACTT-T-TTATGCTAAT
64 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTAACTATAAGTGG-CTTCTCTTAT-C-AAT
** ***********************
18739 GGATGACTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
126 CAATGACTTTT-------------------------------CCTTCAAGTTTCCAAAGGCAAAC
**********************************************
18804 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATA
160 AGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATATCTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
18869 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGC
225 AAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAAGATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * *
18934 CAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAA
290 AAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGAAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAA
* * *
18999 AATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATAAAAATTGAGTAATAAG
355 AATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
19064 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGACTTTGTTATCAATGAACAACTTTTGCTTCACGT
420 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAGACTTTCTTACCAATGAACAACTTTTGCTTCACGT
* *
19129 TTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAATGGTAAAACAATTCAACTTAACA
485 TTTTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCCATTTTAACCAAAATGGTAAAAAAATTCAACTTAACA
** * **
19194 TCAATTATGAGATTATAAAGCCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTAT
550 AAAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTAT
* * * * *
19259 AAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGATTTTTTTTTATGTTTCTTAAGGCAGACACTCAGTTAT
615 AAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTAT
19324 A
680 A
* * * *
19325 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATT
1 ATCCGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATT
** * *
19390 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGGCTTCTCTTATCAATCAATG
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTAACTATAAGTGGCTTCTCTTATCAATCAATG
* * * * * * *
19455 GCTTTTCCTTCAAGTTTCCCAAGGCAGATAGTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
131 ACTTTTCCTTCAAGTTTCCAAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAA
* * * *
19520 AAATATCTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG
195 AAATATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAA-G
* * * * **
19585 CT-TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGGAAATGAATGAG-TTTTTCTTCACGTTTC-CTAGG
259 ATATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAAT-AGTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAA
* **
19647 GCAAG-CATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGT-AAAACAATTCAACCTAAAATCAATT
322 G-AAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACCTAAAATCAATT
** *
19710 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
385 ATGAGATTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * ** * * * * ***
19775 GATTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACAATCAATTATAATTTT
450 GACTTTCTTACCAATGAACAACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCCA
* * * *
19840 TTTTAACTAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTT-ACAAAAAATTATGATATTGTAAAACCATTTAAA
515 TTTTAACCAAAATGGTAAAAAAATTCAACTTAAC-AAAAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAA
* * * * * *
19903 GTGAGTAATAAGGCTTTTG-AGGAAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCTAGTGAATGCC
579 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCA
* * * *
19967 TTTTTCTTTACTTTTTC-TAGGGCAAACATTCAATTATG
643 TTTTTCTTTA-TGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATA
* *
20005 ATCCGTTCTAACTAAAAATATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCT
1 ATCCGTTCTAACT-AAAA-ATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-CT
********** * *
20070 -TTNNNNNNNNNNAATAAGTCTTTCAAAAGCTTGAGTAACTATAAGTGGACTT-T-TTATGCTAA
63 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTAACTATAAGTGG-CTTCTCTTAT-C-AA
* * * * *
20132 T-AGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCAAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
125 TCA-ATGACTTTTCCTTCAAGTTTCCAAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA
20196 TATAAAAA
189 TATAAAAA
20204 TATTCAACCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (680 bp):
ATCCGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTAACTATAAGTGGCTTCTCTTATCAATCAATG
ACTTTTCCTTCAAGTTTCCAAAGGCAAACAGTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA
AATATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAAGAT
ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGAAG
ACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATAAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAGACTTT
CTTACCAATGAACAACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCCATTTTAA
CCAAAATGGTAAAAAAATTCAACTTAACAAAAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTT
TATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATA
Found at i:21846 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21424--21896 Score: 418
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
21414 CCTTAGGGAA
* * * * * * * * * *
21424 ACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTCAAATTAGTTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCAATTTTAACCAAAACTATAAAAACATTTAACTTAAAATAAATTATGAGA
* * * *
21488 TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAAAGCATAAGTGAATATAAATGGGCTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGC-TTAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
21553 TTTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCACGTCTCTTAAGGCAG
129 TTTTGACAACGAATGACTTCTGCATCACGTCTCTTAAAGCAG
* * *
21595 AGATTCAAATATAATCAGTTTTAACCAAAACTGTAAAAACATTTAACTTAAAATAAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCAATTTTAACCAAAACTATAAAAACATTTAACTTAAAATAAATTATGAGA
* * *
21660 CTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTAGTGACTATAAAAGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * *
21725 TTTGACAACGGGTGACTTCTGCTTCACGT-TTTCTAAAGCAG
130 TTTGACAACGAATGACTTCTGCATCACGTCTCT-TAAAGCAG
* ********* *
21766 ACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACCAAGAA-TATAAAAA-ANNNNNNNNNNAAATGAATTATG
1 ACATTCAAATATAATCA-ATTTTAACCAA-AACTATAAAAACA-TTTAACTTAAAATAAATTATG
* * * *
21828 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA-GCTCTTCGATGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
63 AGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTA-GTGACTATAAATGGAC
*
21892 ATTTT
126 TTTTT
21897 GTAACGACCG
Statistics
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0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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171 179 0.73
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAAATATAATCAATTTTAACCAAAACTATAAAAACATTTAACTTAAAATAAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGTGACTATAAATGGACTTTTT
TTGACAACGAATGACTTCTGCATCACGTCTCTTAAAGCAG
Found at i:27340 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27016--27379 Score: 446
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
27006 TATATTCTTG
* * * * *
27016 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCACCCGTTGTCAA
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCACCCATTGACAA
**
27081 AAAAAGTCCTTTTATAGTTACTTAAGCCTTATAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATA
66 AAAAAGTCCACTTATAGTTACTTAAGCCTTATAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATA
* *
27146 GTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACAGTTTTA
131 ATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAGTTTTA
* * * * **
27187 GTTAAAACT-GATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAGATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACA
1 GTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCACCCATTGACA
* * ** * ** *
27251 AAAAAAGTCCACTTATA-TTCACTTATG-CTTTTCGAAAGTTTTATTACTCGTTTTATGTGGTTT
65 AAAAAAGTCCACTTATAGTT-ACTTAAGCCTTAT--AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTT
*
27314 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTA
127 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAGTTTTA
27358 GTTAAAATAGATTATAATTGAA
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAA
27380 AGTTTCCCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCACCCATTGACAA
AAAAAGTCCACTTATAGTTACTTAAGCCTTATAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATA
ATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAGTTTTA
Found at i:28262 original size:9 final size:10
Alignment explanation
Indices: 28246--28272 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
28236 TACAGGTTGA
28246 ATTTTTTTAC
1 ATTTTTTTAC
28256 ATTTTTTTAC
1 ATTTTTTTAC
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1 ATTTTTT
28273 GTTAAATTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 17 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (10 bp):
ATTTTTTTAC
Found at i:30330 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30038--30606 Score: 528
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
30028 CACCTATGCC
* * * * *
30038 TTCAAAGAG-CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATT
1 TTCAAA-AGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
30102 TTTTTATATCCTTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTTCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAA
64 TTTTTATAT-TTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA
* * *
30166 GCCACCCGTTGTCAAAAAAAGTCCT-TTTATAGCT-ACTCA-AGGT
128 GCCACCCATTGACAAAAAAAGT-CTATTTATA-CTCACTCATA-CT
* * * *
30209 TTTAAAAGTCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * *
30274 TTTTATAGTTTTGGTTAAAACT-GATTATATTTGAGTGTCTACCTTAAGAGATGTGAAGAAAAAG
65 TTTTATA-TTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG
** * * *
30338 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTATACT
129 CCACCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATACTCACTCATACT
* *
30380 TTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
30445 GTTACATTTTCGGTTAAAAC-AGATCATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTCAA-AAAAATG
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* ** * * * * * *
30508 CTATTCATT-AGCGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATGCC
129 CCACCCATTGA-CAAAAAAAGTCT-ATTTATACTCACTCATACT
* * * *
30550 TTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
30607 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 52, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
169 11 0.03
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTATATTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCC
ACCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATACTCACTCATACT
Found at i:31753 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 31229--31775 Score: 443
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
31219 NNNNNNNNNN
* * * * *
31229 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTCCGAAAGAATGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * * *
31294 CTACAAATGAACTTTTCTCT-CTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCTGACA--TAGACATT
66 CTATAAATGGACTTTT-TCTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTT-TCTCA-AGGTAGACAAT
* *
31356 CAATTATAATATATTTTATTGAAAAATTCAAAAAAATTTAACTT
128 CAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATT-AAAAAAATTTAACCT
********** * * * *
31400 AAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAATGCATGGATGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * * * ** * *
31465 CTATAAACGGACTTTTCCTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGGCAGACAACCAA
66 CTATAAATGGACTTTTTCTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAA
* * ******
31530 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCNNNNN
131 TTATAATATATTTTAA-TAAAAAT-TAAAAAAATTTAACCT
***** * * * * *
31571 NNNNNCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTCGTAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
* * * * *
31636 CTATAAATGGACTTTTTGTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTTCTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAA
*
31701 TTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAGCCT
131 TTATAATATATTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTTAACCT
**
31742 AAAATCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
31776 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 94, Indels: 12
0.72 0.25 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 5 0.02
171 268 0.97
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTTCTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAA
TTATAATATATTTTAATAAAAATTAAAAAAATTTAACCT
Found at i:37073 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 36753--37246 Score: 603
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
36743 GGGTGTTATA
* * * *
36753 AATGAATGACTTTTTCTTTACATTATCAAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
* *
36818 TGCAAAAAA-AATTCAACTTAAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
66 TGCAAAAAAGAATTCAACTTAAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
*
36882 TTTGAAGGC-ATAGGCA-ACTATAAATAGACTTTTCTCTCT
131 TTTGAAGGCAAT-GG-ATACTATAAATAGACTTTTCTCTCG
* *
36921 AATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTTAC-ATTTTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* *
36986 ATGCAAAAAAGAATTTC-ACTTAAAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGG
65 ATGCAAAAAAGAA-TTCAACTTAAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
* * *
37050 ATTTTGAAGGCAATGG-TACTATAAATGGACTTTTCTTTCG
129 CTTTTGAAGGCAATGGATACTATAAATAGACTTTTCTCTCG
* * * *
37090 AATTAATAGCCTTTT-TTTACATTTTCAGAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCA-AGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
** * * *
37153 AATG--TGAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AATGCAAAAAAGAATTCAACTTAAAA---ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA
**
37216 AGGCTTTCAAAGG-AATGGATGACTATAAATA
126 AGGCTTTTGAAGGCAATGGAT-ACTATAAATA
37247 TATTTAAACC
Statistics
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0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
TGCAAAAAAGAATTCAACTTAAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGCAATGGATACTATAAATAGACTTTTCTCTCG
Found at i:37964 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 37401--38013 Score: 792
Period size: 340 Copynumber: 1.8 Consensus size: 338
37391 CCCAAGGCAA
* *
37401 ACATTCAATCAAAATATATTTTAACCAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGT
1 ACATTCAATCAAAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGT
* * * *** * *
37466 TATAAAACCTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGTCGTAAGTGATCGTAAATGAACTTTTTT
66 TATAAAACCTTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAAGTGATCATAAATGAACTTTTCT
* * ** * *
37531 CTCCAATGGATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGCTACACATTCAATTACAACTTATTTAACAT
131 CTCCAATGAATGACTTTTTGTTCACATTTCCCAAGATACACATTCAATTACAACTTATTTAACAT
* *
37596 AAAATGTAAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAA-TCATTTAAAGTAAGTAA
196 AAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACT-ATTTAAAGTAAGCAA
37660 TAAGGCTTTCGAAGATATAGGCAACTACCAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTTCAT
260 TAAGGCTTTCGAAGATATAGGCAACTACCAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTTCAT
37725 GCTTCTTGAGGTAG
325 GCTTCTTGAGGTAG
* * *
37739 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATG-A
1 ACATTCAATCAAAATATATTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA
* * *
37802 GATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAGGGCTTTCAAGGGAATGAGTGA-CTATAAATGAACT
64 G-TTATAAAACC-TTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAAGTGATC-ATAAATGAACT
* * *
37866 TTTCTCTCCAATGAATTAC-TTTTGCTTCACATTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAA-TATAT
126 TTTCTCTCCAATGAATGACTTTTTG-TTCACATTTCCCAAGATACACATTCAATTACAACT-TAT
* * *
37929 TTGA-TTGAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
189 TTAACAT--AAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAA
* *
37992 GTGAGCAATAAGGCTTTTGAAG
252 GTAAGCAATAAGGCTTTCGAAG
38014 GCATGGATGA
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 32, Indels: 18
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
ACATTCAATCAAAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAGT
TATAAAACCTTCAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAAGTGATCATAAATGAACTTTTCT
CTCCAATGAATGACTTTTTGTTCACATTTCCCAAGATACACATTCAATTACAACTTATTTAACAT
AAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGTAAGCAAT
AAGGCTTTCGAAGATATAGGCAACTACCAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTTCATG
CTTCTTGAGGTAG
Found at i:37966 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 37272--38173 Score: 786
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
37262 TAAAATAAGT
* **
37272 ATTCAA-TTCAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGTCG
1 ATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAG
* * * *
37335 GCTTAAGTGACTATAAATGAAC-TTTCT-TACCAAGGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGG
64 GCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * * * * *
37398 CAAACATTCAATCAAAATATATTTTAACCAAAATGTGAAAAA-
129 TAGACATTCAATTATAATATATTTTATCAAAAATGTAAAAAAC
*
37440 ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAG
* * * * * **
37503 TCGTAAGTGA-TCGTAAATGAACTTTTTTCT-CCAATGGATGGCTTTTTG-TTCATGTTTCTCAA
64 GCATAAGTGACT-ATAAATGAACTTTTCTCTACCAATGAATGGC-TTTTGCTTCACATTTCTCAA
* * * * *
37565 GCTACACATTCAATTACAACT-TA-TTTAACATAAAATGTAAAAAAG
127 GGTAGACATTCAATTATAA-TATATTTTATCA-AAAATGTAAAAAAC
* * ** *
37610 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGG
* * ** ** * * * * * *** **
37675 TATAGGCAACTACCAATGGACTTTTCT-TGCCAATAAAT-GATTTT-TTTCATGCTTCTTGAGGT
65 CATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGT
* *
37737 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
130 AGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCAAAAATGTAAAAAAC
* * *
37780 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAGGGCTTTCAAGGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA-GG
* * ** * *
37844 AATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGAATTACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGAT
65 CATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGT
* *
37908 AGACATTCAATTATAATATATTTGATTGAAAAATGT-AAAAAC
130 AGACATTCAATTATAATATATTTTA-TCAAAAATGTAAAAAAC
* * * *
37950 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGG
* * * * *
38015 CAT-GGATGACTATAAACTG-ACTTTT-TCTACTAATGAATGGTTTTTTCTTGACATTTCTCAAG
65 CATAAG-TGACTATAAA-TGAACTTTTCTCTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAG
** * * * *
38077 GTAGACAGCCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACA-
128 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTATC-AAAAATGTAAAAAAC
* * * *
38121 ATTCAACTTAATATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
38174 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 111, Indels: 57
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 62 0.10
169 183 0.31
170 77 0.13
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172 12 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGC
ATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGTA
GACATTCAATTATAATATATTTTATCAAAAATGTAAAAAAC
Found at i:39648 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 39351--39766 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
39341 NNNNNNNTCG
* * * *
39351 AAAGTCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGTTAAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * **
39415 TTTACTTTTGGTTAAAATAGATTGTATTTGAATGTCTAGCTTGTGAAACACAAAGAAAAAGCCAT
64 TATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATACCTAGCTTGTGAAACACAAAGAAAAAGCCAT
* ** * ** *
39480 TTATTGGCATGAAAAATCCATTTATAGTTGCCCATGCCTTCA
129 CTATTGAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* *
39522 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATCTTAAGCTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** *
39587 ATATTTTTGATTGAAATATATTATAATTGAATACCT-GCTT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
65 ATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATACCTAGCTTGT--GAAACACAAAGAAAAAGCCA
* ** * *
39650 TCTATTGAAAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
128 TCTATTGAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * *
39693 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTT
*
39758 ACATTTTTG
65 ATATTTTTG
39767 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 37, Indels: 10
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 4 0.02
171 187 0.92
172 11 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATACCTAGCTTGTGAAACACAAAGAAAAAGCCATCT
ATTGAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
Found at i:40400 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 39858--42279 Score: 1670
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 168
39848 NNNNNNNTGT
** * * * *
39858 ATTTATAGTCA-TGCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAAACTCATA
1 ATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *** *
39922 ATTGATTTTAAGTTTAATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAATAGCTTATAATTGAGTGTTTGCCT-
65 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT-G-TTATAATTGAATGTTTGCCTA
** * * *
39986 CCAAGAACATGAAGAAAAAGCCATTGATCAGTA-AAAAAAGTTC
128 GGAA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TG-ACAAAAAAGTCC
* * * * * *
40029 ATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAT-TCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
40093 TTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
66 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT-G-TTATAATTGAATGTTTGCCT-A
* * * ** * *
40158 AGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTGATTGGTATGAAAAGTCT
128 GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AAAAAGTCC
** * * * *
40199 ATTTATAGTCACTCATTCTTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * **
40264 TTGATTTTGAGTTGAATTATTTTTGTATTTTTTATTAAAATGTCTATAATTGAATGTTTGCCTAG
66 TTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATGT-TATAATTGAATGTTTGCCTAG
* * *
40329 GAAAACATGAA-ACAAAAGTCATTTATTGACACAAAAAGTTC
129 GAAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACA-AAAAAGTCC
* * * * * *
40370 GTTTATA-TCCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATA
1 ATTTATAGT-CACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * *
40434 ACCAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCTT
65 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAA-TG-TTATAATTGAATGTTTGC-C
* * * ** * *
40498 TA--AGAACTGTGAAGAAAAGGTTAGTAATTGGA-AGAAAAAGTCC
126 TAGGAAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACA-AAAAAGTCC
* * * * * *
40541 ATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCTAAAGCCTTATTGCTTGCCTTAAATGGTTTTATAATGTTATA
1 ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** *
40605 ATTAATTTTAAGTT-AGATTTGTTTACATTTTTTATTAAAGA-GATTATAATTGAATGTCAGTC-
65 ATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAA-ATG-TTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * ** * *
40667 ATGAGAAACGTGAAGAAAAA-TCACTCATTGGTAAGAAACGACC
127 AGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCC
* * * *
40710 GTTTATAGTCA-TCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACT-CA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
40773 AATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTA-ATATTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT
64 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TT-AAA-ATGTTATAATTGAATGTTTGCC
* * * **
40836 TCA--AAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
126 T-AGGAAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCC
* * ** * *
40880 TTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * **
40945 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTGGTGAAAAGATATTATAGTTGAATGTCTT-TTTC
66 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT-TAAA-ATGTTATAATTGAATGT-TTGCCT-
* * ** *
41009 AGGAAACACA--AAGCAAAAGCCATCCACCGACAAGAAAAGTCT
127 AGGAAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCC
* * * * *
41051 ATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
41116 TTGATTTTATGTTGAATGTTCTTACA-TTTTTAGTTAAAATGGATTCTAATTGAATGTTTGCTTC
66 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAT-G-TTATAATTGAATGTTTGCCT-
* *
41180 AGG-AAACATGAAGAGAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
127 AGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCC
* * * * *
41222 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * * *
41287 TTGTTTTTAAATTGAGTTTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAAAATATTGTAATTAAATGTCTAT-C
66 TTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTT-ATT--AAAATGTTATAATTGAATGT-T-TGC
* * * * * * *
41350 TTAAG-AAACGTGAAGCAAAAGACA-TCTATTGGAGAGAAAAA-TTC
125 CTAGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT-GACA-AAAAAGTCC
* ** * * * * * *
41394 ATTGATAGTCACTCGTGTCGTCGAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
41459 TTCATTTTAAGCTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTA
66 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAA-ATGTTATAATTGAATGTTTGC-CTA
* * * *
41524 -GAAAACGTGAAGCAAAGGCCATCCATT-AGCAAAAGAAGTCC
128 GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAAA-AAGTCC
* * * *
41565 TTTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** *
41629 ATTAATTTTAAGTTTG-ATATTTTCACA-TTTTTAGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGCTTGCC
65 ATTAATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAT-G-TTATAATTGAATGTTTGCC
* * *
41692 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCC
126 TAGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGTCC
* ** * * *
41736 ATTTATAGCCGTTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
41801 TTAATTTTGAGTTGAGTTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAATCTACTATAATTGAATGTCTGTCTAG
66 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATGT--TATAATTGAATGTTTGCCTAG
* * * * * **
41865 GGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGTATGAAAAA-TCC
129 GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TG-ACAAAAAAGTCC
* * * *
41906 ATTTATAATCACTTAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * * * *
41971 TTAATTTTAAGTCAAACTTTTTTATC-TTTTTGAGTCAAAAAGACTATATTTGAATGTTTACCTT
66 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTTA-TTAAAATG-TTATAATTGAATGTTTGCC-T
* * * * *
42035 AGG-AAATATGAAGAAAAAACCATTCACTAGCCAAAAAAGTCT
127 AGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAAAAAGTCC
* ** *** * *
42077 ATTTGTAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTAATTTAAATAGTTTTATAATCTGATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
42142 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCAC-TTTTTTATTAAAATATACTATAATTGAATGTTTGCCTAA
66 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATGT--TATAATTGAATGTTTGCCTAG
* ** * * * *
42206 GAAAACATGAAGCAAAAGAAATCCATTGGCACGAAAAGTCT
129 GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AAAAAGTCC
42247 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
42280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1790, Mismatches: 363, Indels: 197
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 15 0.01
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170 517 0.29
171 913 0.51
172 176 0.10
173 14 0.01
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATGTTATAATTGAATGTTTGCCTAGGA
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAGTCC
Found at i:41890 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 39875--42279 Score: 1819
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 338
39865 GTCATGCATT
* * * * *
39875 CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT
1 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGAT
* * * * * * *
39940 TCTTTTACATTTTTGGGTAAAATAGCTTATAATTGAGTGTTTGCCTCCAAG-AACATGAAGAAAA
66 T-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
40004 AGCCATTGATCAGTA-AA-AAAAGTTCATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTT
129 AGACATTCAT-TG-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
40067 GCTTTAAATGATTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTGTTCAA
192 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTATTAAA
* * ** * * ** * *
40131 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTGATTGGTATGAAAA
256 ATATATTATAATTGAATGTTTGTCT-AGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AAAAA
*
40195 GT-CTATTTATAGTCACTC-AT
318 GTCCT-TTTATAGTCACTCAAG
* * * * * *
40215 TCTTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAA
1 CCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT---
* * *
40280 TTATTTTTGTA-TTTTTTA-TTAAAAT-G-TCTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAAACATGAA
62 TGATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAATAGAT-TATAATTGAATGCTTGCCTTAGG-AAACATGAA
* * * * * *
40340 -ACAAAAGTCATTTATTGACACA-AAAAGTTCGTTTATA-TCCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
124 GA-AAAAGACATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * ** *
40402 TTACTTGTTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAACCAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTT
186 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTT
* * * * * * ** *
40466 AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCTTTAAG-AACTGTGAAG-AAAAGGTTAGT-AATTG
250 A-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-TCTAGGAAAC-ATGAAGCAAAA-GCCA-TCCATTG
* *
40528 GAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAG
310 GCA-AAAAAGTCCTTTTATAGTCACTC-AAG
* * * * * *
40558 CCTTCT-AAAGCCTTATTGCTTGCCTTAAATGGTTTTATAATGTTATAATTAATTTTAAGTTAGA
1 CCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGA
* * * * *
40622 TTTGTTTACATTTTTTA-TT-AAAGAGATTATAATTGAATG-TCAGTCAT-GAGAAACGTGAAGA
65 TTT-TTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCT-TGCCTTAG-GAAACATGAAGA
* * ** * * * * *
40683 AAAA-TCACTCATTGGTAAGAAACGACCGTTTATAGTCA-TCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
126 AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * *
40746 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTAATATTTTATTTA
190 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTA-TTA
* * *
40810 AAATATATTATAATTGAATGTCTACT-TC-A-AAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAG
254 AAATATATTATAATTGAATGT-T--TGTCTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA-
*
40872 AAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATG
314 AAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAG
* ** * * **
40897 CCTTCGAAAGTATTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGAT
* * * * * * ** *
40962 TTTTCTACATTTTTGGTGAAAAGATATTATAGTTGAATGTCTT--TTTCAGGAAACACAAAGCAA
66 TTTT-TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAA
* * ** * * * * *
41025 AAGCCATCCACCGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTTG
128 AAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
* * * * *
41090 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTCTTACA-TTTTTAGTTAAA
193 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTA-TTAAA
** * * * *
41154 ATGGATTCTAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACATGAAG-AGAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
256 ATATATTATAATTGAATGTTTGTC-T-AGGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGCAA-AAA
* *
41217 AGTCCATTTATAGTCACTCATG
317 AGTCCTTTTATAGTCACTCAAG
* * * ** *
41239 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGTTTTTAA-ATTGAG
1 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGA-
* * * * * * * * *
41303 TTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAAAATATTGTAATTAAATGTCTAT--CTTAAGAAACGTGAAGC
65 --TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-CT-TGCCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * * * * * *
41366 AAAAGACA-TCTATTGGA-GAGAAAAATTCATTGATAGTCACTCGTGTCGTCGAAAGCATTGTTA
126 AAAAGACATTC-ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * * * *
41429 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGCTAAATGTTTTTACATTTTTTATT
189 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTATT
* * * * *
41494 AAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGAAAACGTGAAGCAAAGGCCATCCATTAGCAAAAG
253 AAAATATATTATAATTGAATGTTTG-TCTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAA-
*
41559 AAGTCCTTTTATAGTCATTCAAG
316 AAGTCCTTTTATAGTCACTCAAG
*
41582 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTTGA
1 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGA
* ** *
41646 TATTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
65 T-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA
* ** * * *
41711 AGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCGTTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
129 AGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
* * * *
41776 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATTTTTTTATTAAAATC
194 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTATTAAAATA
* * * * *
41841 TACTATAATTGAATGTCTGTCTAGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGTATGAAAAA-TC
259 TATTATAATTGAATGTTTGTCTA-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA--AAAAAGTC
* * *
41905 CATTTATAATCACTTAAG
321 CTTTTATAGTCACTCAAG
* * * ***
41923 CCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCAAAC
1 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGA-
* * * * * *
41988 TTTTTTATC-TTTTTGAGTCAAAA-AGACTATATTTGAATGTTTACCTTAGGAAATATGAAGAAA
65 TTTTTTA-CATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAA
* * * * *
42051 AA-ACCATTCACTAGCCAA-AAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT
128 AAGA-CATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * * * *
42114 TAATTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTATTAAA
191 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTATTAAA
* * * ** *
42179 ATATACTATAATTGAATGTTTGCCTAAGAAAACATGAAGCAAAAGAAATCCATTGGCACGAAAAG
256 ATATATTATAATTGAATGTTTGTCT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AAAAAG
42244 T-CTATTTATAGTCACTCAAG
319 TCCT-TTTATAGTCACTCAAG
*
42264 CCTTCGAAAGCCTTAT
1 CCTTTGAAAGCCTTAT
42280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1644, Mismatches: 328, Indels: 185
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 10 0.01
339 146 0.09
340 140 0.09
341 626 0.38
342 422 0.26
343 271 0.16
344 29 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTGAT
TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
ACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTATTAAAATATA
TTATAATTGAATGTTTGTCTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAGTCCTTTT
ATAGTCACTCAAG
Found at i:42848 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 42560--45280 Score: 1913
Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 168
42550 CTTTTACTGT
* * * * *
42560 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TATTCTTAAGGTAA-ACATTCAGTTATAATTTGTTTTAACCA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGT-TTC-TAA-G-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
* * * * * **
42623 AAAATATAAACAAATTCAA-TCAAAAATCAGTTAGGAGATTACAAAATTATTTAAAGCGAGTAAT
62 AAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
42687 AAGGCTTTCGAAGATATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCATGC
126 AAGGCTTTCGAAGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * *
42731 CAATGAATTACTTTTTCTTCATGTATTCTGAAGAAGACATTTACTTATAATATATTTTAATCCAA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGT-TTCT-AAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA
*** * * * * * *
42796 AATATAAAGGCATTTAATTTAAAATCAATTATGAAAATCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCAG
64 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
42861 ACTCTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
129 GCTTTCGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * * * * ** *
42902 TAAT-AGATGTCTTTTGCTTCACGTTTAATAACGTAGATATTCAATTATAATCTATTGTAGCCCA
1 CAATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTAA-GAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
* * ** *
42966 AAATGTAGAGCAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
63 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
43031 GGCTTTCGACGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGC
128 GGCTTTCGA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * * * *
43073 CAATCG-ATGACTTGTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGAAATTCGATTATAATATGTTTGAATGAA
1 CAAT-GAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CT-AAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
*
43137 AAATATAAAAAAATTCAACTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
63 AAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * * *
43201 ATACTTTCGAAGGCATGGGTGGCAATAAACGAACTTTTCTTAC
127 AGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * *
43244 C-ATCGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAA-ACA-TGAATTACAA-ACTATTTT-AGC
1 CAAT-GAATGACTTTTTCTTCATGTTT--CTAAG-AAGACATTCAATTATAATA-TATTTTAATC
** * * * *
43304 TAAAAATGCAAAAACAGTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGA
61 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * **
43369 TAAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGT
125 TAAGGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
*** * * * * * * *
43414 TGGTGGATTG-CTTTTGCTTCACGCTTTTCAAAAAAAGACATTGAATTACAATATATTTTAA-CT
1 CAAT-GAATGACTTTTTCTTCATG--TTTC-TAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-
* * * * *
43477 AAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
61 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * **
43542 AAAGCTTTCGAAAGTTTG-GTTGACTGTAAATAAACTTTTCTTAC
126 AAGGCTTTCG-AAGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * ** ** * * * *
43586 CAATGGAT-AGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAACTAGACATTCACTTATAATACATTCTAATAAA
1 CAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTT-CT-AAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
* * * * *
43650 AAATATAAAAAAGTTCAACATAAAA-CTGATTATGAGATTTTAAAACCAATTAAAGCGAGTAATA
63 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
43714 AGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGC
127 AGGCTTTCGAA-GCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * *
43757 CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGCAA-ACATTCAAATATAATCTA-TTT--TCAA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-TAA-G-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
* * * * * * * * * **
43818 AAATATGTAAAAAAAATCTACCTAAAATCAGTTACGACATTTTAAAACCATTTAAAACAAGCGAT
63 AAATA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
43883 AAGGCTTTTGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATAGA-TTTGTTTTAC
126 AAGGCTTTCGAA-GC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTAC
* * * * * * * *
43927 CAATTAATGGCTTTTTCTTTACGGTTCCTAAGGCAGACATTCAATT-TAATCTATTTTAA-CCAA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTAA-GAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA
* * *
43990 AATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAA
64 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
44055 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
128 GGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * ** * * *
44097 CAATTG-ATGGCTTTTACTACACATTTCTCTAGACAAACATTTAATTATAATATATTTTAATCAA
1 CAA-TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
* * * * * *
44161 AAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAGTTAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
63 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
44226 GGCTCTCGTAGGTCTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTTC
128 GGCTTTCGAAGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * ** * * * ** *
44268 CAAT-AGAT-AGTTTTTGCTTTATG-TTCTCAACGTTGACATTTAATTACAATATGTTTTAGCCC
1 CAATGA-ATGACTTTTT-CTTCATGTTTCT-AA-GAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
* * * *
44330 AAAATGA-AAGAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTG
62 AAAAT-ATAA-AAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
44393 ATAAGGCTTTCG-AGCCCTTGAAG-GACTATGAATGGACTTTTCCTAC
124 ATAAGGCTTTCGAAG--CTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* *
44439 CAATGAAT-AGCTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
1 CAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCT-AA-GAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
* *
44503 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
63 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* **
44568 CGCTCTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
128 GGCT-TTCGAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * ** * *
44610 GAAT-AGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCTAATGTTA-ACAATCAGTTATAATCTGCTATAATCT
1 CAATGA-ATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTAA-G-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
* * * * * *
44673 AAAATGTAAAAAACTTGAATTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
62 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
44738 AGGCTTTTGGAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
127 AGGC-TTTCGAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
44781 CACTGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTTAGATAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA-CTAAA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTAAGA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAA
* * * * *
44845 AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAG
64 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
44910 GCTTTCGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
129 GCTTTCGAAG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
44951 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATAATTTCTCAAGCAGACATTCAATTATGATCTACTTTAACCAAA
1 CAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCT-AAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA
* * ********** *
45016 AATGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
64 AATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
45081 AGCTTTTGAAGGCTTGAGCGATTATAAATGGACTTTTCCTAT
128 GGCTTTCGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
45123 CAATGGAT-AGCTTCTGCTTCACATGTCTC-GAGATAAACATTCAATTGTAATATATTTTAATCA
1 CAATGAATGA-CTTTTTCTT--CATGTTTCTAAGA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
** * * * * * * *
45186 AAAAGGTAAAACAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAAATCATAATATCATTTAAAGTGAGTAAT
62 AAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*
45251 AAGGCTATT-GAAGGCATGAGTGACTATAAA
126 AAGGCT-TTCGAA-GCTTGAGTGACTATAAA
45281 CAAAATTTTC
Statistics
Matches: 2003, Mismatches: 445, Indels: 203
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 35 0.02
170 522 0.26
171 1037 0.52
172 386 0.19
173 12 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCGAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
Found at i:43581 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 42615--45298 Score: 2113
Period size: 513 Copynumber: 5.2 Consensus size: 511
42605 TATAATTTGT
* * * * * * **
42615 TTTAACCAAAAATATAAACAAATTCAA-TCAAAAATCAGTTAGGAGATTACAAAATTATTTAAAG
1 TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * **
42679 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-GAATTACT
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATCGAATGGCT
* * ** * * * * *
42743 TTTTCTTCATGTATTCT-GAAG-AAGACATTTACTTATAATATATTTTA-ATCCAAAATATAAAG
130 TTTTCTTCATGT-TTCTCAAAGCAA-ACATTCAAATACAATATATTTTAGCT-AAAAATGTAAAA
** * * * * * * * * * * * * *
42805 GCATTTAATTTAAAATCAATTATGAAAATCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCAGACTCTCGAA
192 AAAGTCAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACAAGTGATAAGGCTTTCGAA
* * *
42870 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAAT-AGAT-GTCTTTTGCTTCACGTTTAAT-A
257 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATAG-CTTTTCCTTCACGTTT--TCA
* * * * * * ** * * ** *
42932 ACGTAGATATTCAATTATAATCTATTGTAGCCCAAAATGTAGAGCAATTTAACTTAAAATCAATT
318 AGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** *
42997 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGCTTCAGTGACTATAAATGG
383 ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * * ** *
43062 ACTTTTCATGCCAATCGATGACTTGTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGAAATTCGA-TTATAATAT
448 ACTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCACATTTCCTGAGATA-AAATTC-ACTTATAATAT
*
43126 G
511 A
* *
43127 TTTGAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTT-AATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * *
43192 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGGTGGCAATAAACGAACTTTTCTTACC-ATCGAATGGCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATCGAATGGCT
* * * * *
43256 TTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACA-TGAATTACAA-ACTATTTTAGCTAAAAATGCAAAAAC
130 TTTTCTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAAATACAATA-TATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * *
43319 AGTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGGTTTCAAAGG
194 AGTCAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACAAGTGATAAGGCTTTCGAAGG
* ***** * * * **
43384 CTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTTGGTGGATTGCTTTTGCTTCACGCTTTTCAAAAAA
259 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTCCTTCACG-TTTTC-AAGGA
* * * *
43449 AGACATTGAATTACAATATATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
322 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAA
* * * * * **
43514 GTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAAGTTTG-GTTGACTGTAAATAAACT
387 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAG-TGACTATAAATGGACT
* * *
43578 TTTCTTACCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCACATTTCCTGA-ACTAGACATTCACTTATAATACA
451 TTTCTTACCAATAGATGA-CTTTTGCTTCACATTTCCTGAGA-TA-AAATTCACTTATAATATA
* * * * * * *
43640 TTCTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACATAAAACTGATTATGAGATTTTAAAACCAATTAAAG
1 TT-TAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
43705 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGACT
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATCGAATGGCT
* * * * * *
43769 TTTTCTTCACGTTTCACAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTT--CAAAAATATGTAAAAAA
130 TTTTCTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAGCTAAAA-ATGTAAAAAA
* * * * * * *
43832 AATCTACCTAAAATCAGTTACGACATTTTAAAACCATTTAAAACAAGCGATAAGGCTTTTGAAGG
194 AGTCAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACAAGTGATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * *
43897 CTTTG-GTGACTATAAATAGA-TTTGTTTTACCAATTAATGGCTTTTTCTTTACGGTTCCTAAGG
259 C-TTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTACCAATGAATAGCTTTTCCTTCACGTTTTC-AAGG
* * * *
43960 CAGACATTCAATT-TAATCTATTTTAAC-CAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
321 AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
44023 GAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
385 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
44088 TTTTCTTACCAATTGATGGCTTTTACTACACATTTCTCT-AGACAAACATTTAATTATAATATA
450 TTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCACATTTC-CTGAGATAAA-ATTCACTTATAATATA
* * ** * *
44151 TTTTAATCAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAGTTAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAG
1 -TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
44216 CGAGTAATAAGGCTCTCGTAGGTC-TGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTTCCAATAG-ATAG-
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATCGAATGGC
* * *** * * * ** *
44278 TTTTTGCTTTATG-TTCTCAACGTTGACATTTAATTACAATATGTTTTAGCCCAAAATGAAAGAA
129 TTTTT-CTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAGCTAAAAATGTAA-AA
* * *
44342 AAATGT-AACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTGATAAGGCTTTCG-
192 AAA-GTCAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACAAGTGATAAGGCTTTCGA
* * * *
44405 AGCCCTTGAAG-GACTATGAATGGACTTTTCCTACCAATGAATAGCTTTTCCTTCATGTTTCTCA
256 AG-GCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTCCTTCACGTTT-TCA
*
44469 AGGAAGATATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
318 AGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
44533 TATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTCTT-AAAAGCTTGAGTGACTATAAA
382 TAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAA
* ** * * * *
44596 TGGACTTTTCTTACGAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCTAATGTTAACAA-TCAGTTATAA
445 TGGACTTTTCTTACCAATAGATGACTTTTGCTTCACATTTCCTGA-GATAA-AATTCACTTATAA
* *
44660 TCTGC
508 TAT-A
* * * * * * * *
44665 TATAATCTAAAATGTAAAAAACTTGAA-TTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
44729 CGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACT-GAATGGCT
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATCGAATGGCT
* * * * * * * * * *
44793 TTCTCTTCATATTTCTTAGA-TAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATA
130 TTTTCTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
44857 TTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGAC
195 GTCAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACAAGTGATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * ** *
44922 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATAATTTCTCAA-GCA
260 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTCCTTCA-CGTTT-TCAAGGAA
* * * * * * *****
44986 GACATTCAATTATGATCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATNNNNN
323 GACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAA
***** * * * * * *
45051 NNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGCGATTATAAATGGACTT
387 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
45116 TTCCTATCAATGGAT-AGCTTCTGCTTCACATGT-CTCGAGATAAACATTCAATTGTAATATA
452 TTCTTACCAATAGATGA-CTTTTGCTTCACATTTCCT-GAGATAAA-ATTCACTTATAATATA
** * * * * * *
45177 TTTTAATCAAAAAGGTAAAACAAATTTAACTT-AAAGTCAATTATGAAATCATAATATCATTTAA
1 -TTTAATCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** *
45241 AGTGAGTAATAAGGCTATT-GAAGGCATGAGTGACTATAAACAAAATTTTCTTGCCAAT
63 AGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAAT
45299 AGATAGCTTT
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 365, Indels: 142
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 36 0.02
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514 132 0.08
515 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (511 bp):
TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATCGAATGGCTT
TTTCTTCATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAAATACAATATATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAG
TCAACTTAAAATCAATTACGACATTATAAAACCATTTAAAACAAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCT
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTCCTTCACGTTTTCAAGGAAGAC
ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TACCAATAGATGACTTTTGCTTCACATTTCCTGAGATAAAATTCACTTATAATATA
Found at i:46681 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 45934--47439 Score: 1092
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
45924 NNNGGAATGG
* * * * *
45934 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-ATCGAATGGCTTTCT-CTTAACATTTCCTGAAG-CAAA
1 GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAAT-GGATGGCTTT-TGCTTCACGTTT-CTCAAGACAAA
* * * * *
45996 CATT-AATTACAA-ACTGTTTT-AGCTAAAAATATAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
63 CATTCAATTATAATA-TATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** ** *
46058 ATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGCGATAAGATTTTCGAAGGCTTGA
126 ATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * **** * * *
46104 GTGAATGTAAA-AGGACTTTTTTTGTTGGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAA-A-AAGA
1 GTGACTATAAACA-GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCTCAAGACAA-A
* * * *
46166 TATTGAATTATAATATATTTTAATCAAAAACATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGT
63 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * **
46231 TTATAAAATCGTTGAAAGCGAA-TATTAAGGCTTTCGAAGATTTGA
127 TTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* ** * * * *
46276 CTGACTATAAACATTCTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCTCGTTTCGCAA-ACTAGACA
1 GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGAC-AAACA
* * * * * * *
46340 TTCACTTATAATATATTCTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATGATATTA
65 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** **
46404 CAAAACTATTTAAAACGAGCCATAAGGCTTTCAAAGGC-ACA
130 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * * *
46445 GGTGACCATAAACAGACTTTTCTTGCCACA-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAAC
1 -GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCA-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAAAC
* * *
46509 ATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
46574 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCTTGA
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * * * *
46617 GTGACTGTAAATAGATTTTTCCTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTGTCTCAAGACAAACAT
1 GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAAACAT
* * * * * *
46682 TCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAAATT-AACTTAAAGTCAATTATTATATCA
66 TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
46746 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACA-GCTTAA
130 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGA
* * * * * * * * * * *
46788 GTGACTATAAACGGACGTTTCTTACCAATAGATAGCTTTTGGTTTATGTTTCCCAACGTC-GACA
1 GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAA-GACAAACA
* * ** * **
46852 TTCAATTACAATATGTTTTAGCCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTCGAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
46917 TAAAACTATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGA
130 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
** * * * * *
46959 GTGACTATAAATGGACTTTT-TCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGA-AGAC
1 GTGACTATAAACAGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGACAAAC
* * * *
47022 ATTTAATTATACTATATTTTGAT-AAAAA-AGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAAAT
64 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
47084 TATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAACAAGACTCTCAAAGGCTAGA
128 TATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * ** * * * *
47128 GTGACTATAAATATACTTTTCCTGCTAATAAATGGCTTTTGCTTCACCTTTC-CTGATATAAACA
1 GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGACAAACA
* * * *
47192 TTCAATTATAATCT-TTCATAGCTC-AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
65 TTCAATTATAATATATT-TTA-ATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
47255 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTCCGACA-GCTTGA
128 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGA
* * * ** * * * ** * ** *
47299 GTGACTATAAACGGACTTTTCGTACCAATCAATGACTTTTACTTTATATTTC-CTGAGGTAGACA
1 GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGACAAACA
* * * * * * *
47363 TTCAATTATAAGATGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAGAACAATTATAAGATT
65 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATT
*
47427 ATAAAACTATTTA
129 ATAAAACCATTTA
47440 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 253, Indels: 89
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 116 0.11
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171 550 0.53
172 144 0.14
173 3 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAAACAT
TCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
Found at i:47237 original size:511 final size:513
Alignment explanation
Indices: 46477--47439 Score: 1192
Period size: 511 Copynumber: 1.9 Consensus size: 513
46467 TTGCCACAGA
* ** * *
46477 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTA
* * * * *
46542 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGACTCTC
* * * ** *
46607 AAAGCCTTGAGTGACTGTAAATAGATTTTTCCTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTGTCTCA
131 AAAGCCTAGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATAAATAGCTTTTGCTTCACCTGTCTCA
* *
46672 AGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAAATTAACTTAAAGTCAATT
196 AGACAAACATTCAATTATAATATATTATAATAAAAAATAAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATT
* * * * **
46737 ATTATATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACAGCTTAAGTGACTATAAACGG
261 ATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTCCGACAGCTTAAGTGACTATAAACGG
* ** * * *
46802 ACGTTTCTTACCAAT-AGAT-AGCTTTTGGTTTATGTTTCCCAACGTCGACATTCAATTACAATA
326 ACGTTTCGTACCAATCA-ATGA-CTTTTACTTTATATTTCCCAACGTAGACATTCAATTACAAGA
** ** *
46865 TGTTTT-AGCCCAAAATATAAAAAAATTCAACT-TCGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
389 TGTTTTGA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAGAA-CAATTATAAGATTATAAAACTATTT
46928 AAAGTAAATAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGG
452 AAAGTAAATAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGG
* * * *
46990 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGG-AAGACATTTAATTATACTATATTTTGAT-AAAAAAGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGT
*
47053 AAAAAAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAACAAGACTC
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAACAAGACTC
* * * * * *
47116 TCAAAGGCTAGAGTGACTATAAATATACTTTTCCTGCTAATAAATGGCTTTTGCTTCACCTTTC-
129 TCAAAGCCTAGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATAAATAGCTTTTGCTTCACCTGTCT
* * * * * * * *
47180 CTGATATAAACATTCAATTATAATCT-TTCATAGCT-CAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
194 C-AAGACAAACATTCAATTATAATATATT-ATA-ATAAAAAATAAAAAAAAAATTAACTTAAAAT
* * *
47243 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTCCGACAGCTTGAGTGACTATA
256 CAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTCCGACAGCTTAAGTGACTATA
* ** * *
47308 AACGGACTTTTCGTACCAATCAATGACTTTTACTTTATATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATA
321 AACGGACGTTTCGTACCAATCAATGACTTTTACTTTATATTTCCCAACGTAGACATTCAATTACA
* *
47373 AGATGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAGAACAATTATAAGATTATAAAACTATT
386 AGATGTTTTGACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAGAACAATTATAAGATTATAAAACTATT
47438 TA
451 TA
47440 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 64, Indels: 20
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.01
511 302 0.80
512 27 0.07
513 44 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (513 bp):
ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGACTCTC
AAAGCCTAGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATAAATAGCTTTTGCTTCACCTGTCTCA
AGACAAACATTCAATTATAATATATTATAATAAAAAATAAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATT
ATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTCCGACAGCTTAAGTGACTATAAACGG
ACGTTTCGTACCAATCAATGACTTTTACTTTATATTTCCCAACGTAGACATTCAATTACAAGATG
TTTTGACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAGAACAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
TAAATAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGG
Found at i:49768 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 49420--51174 Score: 1020
Period size: 170 Copynumber: 10.3 Consensus size: 168
49410 TCTACCTTAG
* * * * * * * *
49420 GAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTAGCGAGAAAAGTATATTCATAGTCAC-C-CATGCTTTCG
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATT-GAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACA-CCTTT-G
** * *
49483 AAAGTTTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTATT
63 AAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TT
** * ** * * *
49548 -ATATTGTTGGTTAAATTAGT-TTATAATCAAATCTCTACC-TCA
127 AATATT-TTTATTAAAATA-TATTATAATTGAATGT-TTCCTTGA
* * * *
49590 GTAAACATGAA-CAAAAGGGATCCATTAGAGAAAAAACTCTATTTATAGTCACTCACACCTTTGA
1 G-AAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATT-GAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACACCTTTGA
* * *
49654 AAGTATTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAA
64 AAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA
* *
49719 TATTTTTGATTAAAATATATTATAATTCAATGCCTTT-TTTGA
129 TATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATG--TTTCCTTGA
* * * * * * *
49761 GAAACATGAAGCAAAA-GCATCGATCGATAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCA-AGCCTTTGA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGA-GAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACA-CCTTTGA
* * * ** * * * * *
49824 AACCCTTTTTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAAA-GTTTTA
64 AAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTA
* * * * *
49888 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCTTTG-
128 ATA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CCTTGA
* ** * * * * ** **
49930 GAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGAGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCACACCTTTGAA
* *
49995 AGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAG
65 AGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTA-
*
50060 AT-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-CTTAA
128 ATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TCCTTGA
* * * * *
50101 GAAATGTGAAGGGAAAAA--CA-CCAATTGGAGAGAAAACTTTATTTATAGTCACTCATC-CCAT
1 GAAACGTGAA--GAAAAAGGCATCC-ATT-GAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-CACCTT
** * * * * * *
50162 CAAAAGCATTATTAGTCACTTTATATCGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAGTTTTT
61 TGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
** * * *
50227 TTCTATTTTTATTGAAATATATTATAATTGAATGTTTGCATTAA
126 TAATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CCTTGA
* *** *
50271 GAAACGTGAAGCAAAA-GCTATCCATTGTCTTAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTG
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATCCATTG-AGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACA-CCTTTG
*
50334 AAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
63 AAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
** * * ** *
50399 ACT-TTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTGCCTCGA
128 A-TATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CCTTGA
* *** ** ** * * *
50441 GAAATGTGAAGAAAAATATATTCGTTTGCTAAAAAAGTTTATTTATAATCAC-CTACACCTTCGA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCA-TCCATTGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ACACCTTTGA
* ** * * * * * *
50505 AAGCCTTATTACTTGCTGTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA
64 AAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA
* * * * * *
50570 CAGTTTTAATTAAAACAAATAATAATTAAATGTTTACCTTGA
129 TA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CCTTGA
* * * * * **
50612 GAAACTTGAAGAAAAAGGTATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAATTACTCATGCCTTTGA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCACACCTTTGA
* * * * **
50676 AAGCATTTTTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTG
64 AAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA
* *
50740 TATTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT-CTT-A
129 TATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TCCTTGA
*** * * * * * * **
50781 GAAATCACAAAGAAAAA-GCTATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATACCTTCA
1 GAAA-CGTGAAGAAAAAGGC-ATCCATTGAGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCACACCTTTG
* * * * * * *
50845 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGA-AATCTTATAATTAATCTTAAGATGAATGTTTT
63 AAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
* ** * * ********** *
50909 TACAT-TATTGCTTAAAATATACTAGAATTNNNNNNNNNNTTTA
126 TA-ATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCCTTGA
* * * * * * * * * *
50952 GGAAACATAAAGCAAAA-GCTATCCATTGGCGAGAAAAGT-TCGTTTCTAGTCTCTCATACCTTC
1 -GAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATCCATT-GAGAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCACACCTTT
* * * *
51015 AAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
62 GAAAGCATTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * * **
51079 GT-ATAGTTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATTTTTATCTCAA
126 -TAATATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CCTTGA
* * *
51124 GAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGAAGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTG-AGAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
51175 NNNNNNNNNN
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GAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACACCTTTGAAA
GCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATA
TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCCTTGA
Found at i:50379 original size:511 final size:501
Alignment explanation
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49429 AGAAAAAGTC
* * * * * ** *
49439 ATTCATTAGCGAGAAAAGTAT-ATTCATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGTTTTATTACTCACTTT
1 ATTCATT-GCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTT
* * * ** *
49503 AAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTATTATATTGTTGGTTAAATTAGT
63 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATT-TTTATTAAAATA-T
** * * * * ** * ** * *
49568 -TTATAATCAAATCTCTA-CCTCAGTAAACATGAA-CAAAAGGGATCCATTAGAGAAAAAACTCT
125 ATTATAATTGAATGTTTATCTTAAG-AAATGTGAAGGAAAA-ACATCCATTGGAGAGAAAACTCT
* *
49630 ATTTATAGTCACTCA-CACCTTTGAAAGTATTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
188 ATTTATAGTCACTCATC-CCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTT-AATAGTTTTATAATCTCATA
* * * *
49694 ATTGATTTTAAATTAAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTCAATGCCTTT-TT
251 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATG--TTTGCT
* * * *
49758 TGAGAAACATGAAGCAAAAGC-ATCGATCGATAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTT
312 T-AGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTG-TCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * * * * * *
49822 GAAACCCTTTTTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTT
375 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
* * *
49887 AACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCTTTGGAAATGTGAAGAAAAAACC
440 AACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATTTGCTTTGGAAATGTGAAGAAAAAACT
* * *
49949 ATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * *
50014 AATAGTTATATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAGATTTTTTATTAAAATATAT
64 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATAT
* *
50079 TATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAATGTGAAGGGAAAAACA-CCAATTGGAGAGAAAACTTTAT
127 TATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAATGTGAA-GGAAAAACATCC-ATTGGAGAGAAAACTCTAT
* ** * *
50143 TTATAGTCACTCATCCCATCAAAAGCATTATTAGTCACTTTATATCGTTTTATAATCTCATAATT
190 TTATAGTCACTCATCCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTA-ATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
50208 AATTTTAAGTTTAGTTTTTTTCTATTTTTATTGAAATATATTATAATTGAATGTTTGCATTAAGA
254 GATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGC-TT-AGA
* *
50273 AACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGTCTTAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
316 AACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGTC-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
* * * *
50338 CATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAC-T
380 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTAACAT
* * * * *
50402 TTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATA-T
445 TTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATTTGCTTTG-GAAATGTGAAGAAAAA-ACT
* * * * * * *
50460 ATTCGTTTGCTAA-AAAAGTTTATTTATAATCACCTACA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTG
1 ATTC-ATTGC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CT-CATCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * * * *
50523 TAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACAGTTTTAATTAAAACAA
62 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAT
* * * * * * *
50588 ATAATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACT-TGAA-GAAAAAGGTATTCATTGGTA-AGAAAAGT
125 ATTATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAA-TGTGAAGGAAAAA--CATCCATTGG-AGAGAAAACT
* * * * *
50650 CTATTTATAATTACTCATGCCTTTGAAAGCATTTTTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCAT
186 CTATTTATAGTCACTCATCCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAA-TAGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
50715 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTGTATTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
250 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTT
** * * ** * * * *
50780 AGAAATCACAAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATA-CCTTC
313 AGAAA-CATGAAGCAAAAGCTATCCATTGTCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTT
* * * *
50844 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGA-AATCTTATAATTAATCTTAAGATGAATGTTT
375 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
* * * * * * ********** ** * * *
50908 TTACATTATTGCTTAAAATATACTAGAATTNNNNNNNNNNTTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCT
439 TAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATTTGCTTT-GGAAATGTGAAGAAAAAACT
* * * * *
50972 ATCCATTGGCGAGAAAAGTTCGTTTCTAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTA
* * * *
51037 AA-AGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTATAGTTTTATTTAAAATATA
64 AATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTA-TTAAAATATA
* * * * * *
51101 TTATAATTGAATTTTTATCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGAAGAGAAAAGT-TCA
126 TTATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAATGTGAAGGAAAA-ACATCCATTGGAGAGAAAACTCT-A
51165 TTTATAGTCA
189 TTTATAGTCA
51175 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATTCATTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTATTAAAATATATTATA
ATTGAATGTTTATCTTAAGAAATGTGAAGGAAAAACATCCATTGGAGAGAAAACTCTATTTATAG
TCACTCATCCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAGAAACATGAAGC
AAAAGCTATCCATTGTCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTAACATTTTTGATTAAA
ACAGACTATAATTGAATATTTGCTTTGGAAATGTGAAGAAAAAACT
Found at i:50911 original size:341 final size:342
Alignment explanation
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49620 AAAAAACTCT
** * *
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1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
49695 TTGATTTTAAATTAAATTTTTTAATA-TTTTT-GATTAAAATATATTATAATTCAATGCCTTTTT
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTACTTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * * * * *
49758 TGAGAAA-CATGAAGCAAAAGCATCGATCGATAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCA-AGCCTT
130 TAAGAAATCATAAAGAAAAAGCATCAATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTT
** * * * * * * *
49821 TGAAACCCTTTTTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTT
194 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTT
* * * * * *
49886 TAACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCTTTG-GAAA-TGTGAAGAAAAAACC
259 TTACA-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACT-TGAAGAAAAAGCT
* *
49949 ATTCATTGACAAGAAAGGTCC
322 ATTCATTGATAAGAAAAGTCC
** * *
49970 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTGATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * *
50035 TTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAG-ATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCT
66 TTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAGTACTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCT
* * * * * * * *
50098 TAAGAAAT-GTGAAGGGAAAAA-CACCAATTGGA-GAGAAAACTTTATTTATAGTCACTCATCCC
130 TAAGAAATCAT-AA-AGAAAAAGCATCAATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACC
* * * * * * * * *
50160 ATCAAAAGCATTATTAGTCACTTTATATCGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAGT-T
192 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATGT
* * * * * * *
50224 TTTTTCTATTTTTATTGAAATATATTATAATTGAATGTTTGCATTAAGAAACGTGAAGCAAAAGC
257 TTTTAC-ATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACTTGAAGAAAAAGC
* * *
50289 TATCCATTGTCTTA-AAAAGTCC
321 TATTCATTG-ATAAGAAAAGTCC
*
50311 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * * *
50376 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA--ACTTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTGCCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTACTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* * * ** ** * * * *
50439 GAGAAAT-GTGAAGAAAAATATATTCGTTTG-CTAA-AAAAGTTTATTTATAATCACCTACACCT
131 AAGAAATCATAAAGAAAAA-GCA-TCAATTGAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCT
* * * * * *
50501 TCGAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AGATTT
193 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGA-ATGT
* * * * * *
50565 TTTTACAGTTTTAATTAAAACAAATAATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGG
257 TTTTACA-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACTTGAAGAAAAAGC
* *
50630 TATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
321 TATTCATTGATAAGAAAAGTCC
* * * * *
50652 ATTTATAATTACTCATGCCTTTGAAAGCATTTTTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * *
50717 TTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTGTA-TTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTACTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
* * *
50780 -AGAAATCACAAAGAAAAAGCTATTC-ATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATACCTT
131 AAGAAATCATAAAGAAAAAGC-A-TCAATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTT
* * *
50843 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGA-AATCTTATAATTAATCTTAAGATGAATGTT
194 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATGTT
** * * * * ********** * * * *
50907 TTTACATTATTGCTTAAAATATACTAGAATT-NNNNNNNNNNTTTAGGAAACATAAAGCAAAAGC
258 TTTACATT-TTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATTGA-GAAACTTGAAGAAAAAGC
* *** *
50971 TATCCATTGGCGAGAAAAGTTC
321 TATTCATTGATAAGAAAAGTCC
* * * * ** * *
50993 GTTTCTAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTTTAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
51057 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTA-TA-GTTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATTTTTATC
65 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TAGTACTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTC
* * * * *
51120 TCAAGAAA-CGTGAAGCAAAAGACATCCATTGA-AGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA
129 TTAAGAAATCATAAAGAAAAAG-CATCAATTGACA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
51175 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 215, Indels: 78
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
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AAGAAATCATAAAGAAAAAGCATCAATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTT
ACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTC
ATTGATAAGAAAAGTCC
Found at i:53714 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 52583--54507 Score: 1467
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
52573 ATAAGGGCTG
* * * * * *
52583 TTACAAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
1 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* *
52648 TAAAAATGCAAAAAAAAAATTCAACTT-AAA--AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAG
66 -AAAAATG---TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* ** ** *
52710 TAATATGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTC
127 TAATAAGGCTTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * *
52754 TCT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCA-GTTTTA
1 T-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTA
* * *
52817 ACTAAAAATGAAAAAAAAAATTTC-ACTT-AAA--AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTT
64 AC-AAAAATG--TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** ** * *
52878 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-AGAGTAACTAAAAATGGACTTTTC
125 AGTAATAAGGCTTTCAAAGATATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
52924 TTTCGAATGAATAGCCTTTTT-TT-ACATTT-TCAGAGGCAAACGTTCAATTATAATCTATTTTA
1 TTACCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATATTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* * ** * * * *
52986 ACTAAAAATGTGAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTATAACATTATAAAACTATTTAAAG-CATG
64 AC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-G
* * * * * *
53050 TAATAAGACTTTTGAAGGA-ATTGGTGACTATAAATGAATTTTTC
127 TAATAAGGC-TTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
53094 TTACTAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-TCTGAGATAGACTTTCAATTATAATCTATTTAAA
1 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * *
53157 CCAAAAATG-AAATAAGCATTTAA-TTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
65 -CAAAAATGTAAA-AA-AATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * **** * *
53219 AATAATAAAGCTTTTGTTGGCT-T-GAGTGACTATAAATGAAC-TTTC
125 AGTAATAAGGC-TTTCAAAGATATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * * *
53264 TTGA-TAAGGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATCAAAATATATTTTAA
1 TT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * *
53328 CCAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAA
65 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * *
53393 TAATGCTTTCAAAG-TCATAAGTGACTATAAATGAACTTTT-
130 TAAGGCTTTCAAAGAT-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
53433 TTCTCCAATGAATAGCTTTTTGTTCATGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATTACAATTTATTTTAA
1 TT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* * *
53498 CATAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTAAGAGATTA-AAAACCCATTTAAAGTAAG
65 CA-AAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAG
**
53562 TAATAAGGCTTTCAAAGATATAGGTGACTACCAATGGACTTTTC
127 TAATAAGGCTTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *
53606 TTACCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATACTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT
1 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-
* * * * *
53670 CAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGAA
65 CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * ** * *
53735 ATAAGGCTTTCGAAGATAGAGGTGATTACCAATAGACATTTC
129 ATAAGGCTTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** ** * *
53777 TTGCCAATGAATGG-TTTTTTTTCATGGTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTCAAT
1 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-
* **
53841 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAA
65 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* *
53906 TAGGGCTTTCAAAGGA-AT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTC
130 TAAGGCTTTCAAA-GATATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
53947 TCT-CCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAT
1 T-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
* *
54011 TAGAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
65 CA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** **
54076 ATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTC
129 ATAAGGCTTTCAAAGATATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * ** *
54118 CTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTGACATTTCTCAAGGCAGACAGCCAATTATAATCTATTTTAAT
1 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-
* * * * *
54183 TAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAATATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
65 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
** *** *
54248 TAAGGCTTTCGTAGGCCT-GAGCGACTATAAATGGACTTTT-
130 TAAGGCTTTCAAAGATATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * * *
54288 TGTGCCAATGGGTGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCCAA-GCATACATTCAATTATAATATATTTTA
1 T-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * * **********
54352 ATAAAAAATATAAAAAGATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGTGAGT
64 A-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* ** ** *
54417 AATAAGGGTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
128 AATAAGGCTTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
54460 TCT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAA
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54508 ATATTATCTT
Statistics
Matches: 1446, Mismatches: 248, Indels: 120
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 10 0.01
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170 362 0.25
171 830 0.57
172 109 0.08
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
Found at i:54257 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 52588--54538 Score: 1686
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 338
52578 GGCTGTTACA
* * * * * *
52588 AATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* *
52653 ATGCAAAAAAAAAATTCAACTT-AAA--AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATA
66 ATG---TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* *
52715 TGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTAC
128 AGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCTAATGAATGGCTTTTTC-TTAC
* * * *
52780 GTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAAATTTC-AC
190 ATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACCAAAAATG--TAAAAAAA-TTCAAC
* * *
52843 TT-AAA-AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAA-GAGT
251 TTAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-AATGAGT
* * * *
52905 AACTAAAAATGGACTTTTCTTTCG
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
52929 AATGAATAGCCTTTT-TTTACAT-TTT--CAGAGGCAAACGTTCAATTATAATCTATTTTAACTA
1 AATGAAT-GGCTTTTGCTT-CATGTTTCCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* * ** * * * *
52990 AAAATGTGAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTATAACATTATAAAACTATTTAAAG-CATGTAAT
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAAT
* * * *
53054 AAGACTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTACTAATGAATGGC-TTTTCTT-C
127 AAGGCTTTTGAAGGCA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTAC
* * * * * * *
53117 ATGTTTTCTGAGATAGACTTTCAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATG-AAATAAGCATTTAA-
190 AT-TTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AA-AATTCAAC
* * * * ** **
53180 TTCAAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTTGTTGGCTTGAG
251 TT--AAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAG
* **
53245 TGACTATAAATGAAC-TTTCTTGAT
314 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * ** * * * * *
53269 AAGGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATCAAAATATATTTTAAC-CAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* * * *
53333 ATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAATG
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * * * * *
53398 CTTTCAAAGTCATAAGTGACTATAAATGAACTTTT-TTCTCCAATGAATAGCTTTTTGTT-CATG
131 CTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT--AATGAATGGCTTTTTCTTACA--
* * * *
53461 TTTCTTAAGCTAGACATTCAATTACAATTTATTTTAA-CATAAAATGTAAAAATAATTCAACTTA
191 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAAATGTAAAAA-AATTCAACTTA
* * *
53525 AAATTAATTAAGAGATTA-AAAACCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGATAT-AGGT
254 AAA-TAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA-ATGA-GT
** *
53587 GACTACCAATGGACTTTTCTTACC
315 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** ** *** *
53611 AATGAAT-GCTTTTTTTTCATACTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAA
* * * * *
53674 AATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAA
65 AATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* ** * * ** * * * *
53739 GGCTTTCGAAGATAGAGGTGATTACCAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTT-TTTCAT
129 GGCTTTTGAAGGCA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTACAT
** * * * *
53802 GGTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
192 --TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * *
53867 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACT
255 AAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACT
*
53932 ATAAATGAACTTTTCTCT-CC
319 ATAAATGGACTTTTCT-TGCC
* *
53952 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATTAGAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AA
*
54016 AATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
54081 GCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCCTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTGACA
130 GCTTTTGAAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTTT-CT-TCTAATGAATGGCTTTTTCTT-ACA
* ** ** * *
54145 TTTCTCAAGGCAGACAGCCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAT
191 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** *
54210 ATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCCTGAGCGACTA
256 AT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTA
54275 TAAATGGACTTTT-TGTGCC
320 TAAATGGACTTTTCT-TGCC
** * * *
54294 AATGGGTGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCCAA-GCATACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AA
* * * * **********
54357 AAATATAAAAAGATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
*
54422 GGGTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACA
129 GGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCTAATGAATGGCTTTTTC-TTACA
* * * ** *
54487 TTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATTATCTTTTTTAACTGAAAATGCAAAAA
191 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
54539 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1304, Mismatches: 236, Indels: 139
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 3 0.00
337 21 0.02
338 13 0.01
339 52 0.04
340 236 0.18
341 404 0.31
342 473 0.36
343 96 0.07
344 5 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTACATTTCT
CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGCC
Found at i:57361 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 56684--59325 Score: 1396
Period size: 171 Copynumber: 15.5 Consensus size: 169
56674 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * **
56684 TGTCAATGAGTAGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGAATACATTCAATTATAATTTGTTTTAATA
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * *
56749 AAAAATATAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
56814 AAGGATTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT
130 AAGGCTTTCGAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-T-T
* * * ** * *
56857 T-T-GATGAATGGCTTTTTTTTTATGCTTCTTTACATTTCTCAAGATAGACATTCAAATATTATC
1 TGTCAATGAATAGC-----TTTT-T-CTTC---ATATTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATC
* ** * * *
56920 TGTTTTAACTGAAAATGCAAAAAAAAATTCAACTT-AAA--AATTTTGAGATTATAAACCCT-TT
55 TATTTTAACCAAAAAT--ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACTATT
** * * * * * * *
56981 TAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTAACTATAAATGGACCTTTCTCT
117 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTT-TTT
* * * ** * * *
57037 T-T-AATGAATGGCTCTTTTTTTTACGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AC
1 TGTCAATGAATAGCT-TTTTCTTCATATTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * **
57099 TAAAAATATAAAAAAATTGAACTT-AAA--AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
64 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
** * *
57161 TAAGGCTTTTAAAGGCAA-AGGTGACTATAAATGGACTTTTTT
129 TAAGGCTTTCGAA-G-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
* * * * * * *
57203 TGTGAATGAATAACTTTTTTTTAACATTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACC
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * * * * *
57268 AAAAATGTGAAAGAATTGAACTTAAAATCGATTATAACATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
57333 AAGGCTTTGGATAGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCT
130 AAGGCTTTCGA-AGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
* * * * *** * * *
57374 T-TCTAATGAATAGTTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGATGGACTTTCAATTATAATTTATTTAAAC
1 TGTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* **
57438 TAAAAATA-AAATAAACATTCAA-TTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTG
64 CAAAAATATAAA-AAA-ATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCA
** * * * *
57499 AGTAATAAGGCTTTCGACAGCTTGAGTGATTATAAATAAAC-TTTCT
124 AGTAATAAGGCTTTCGA-AGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
* * * * * * * * *
57545 TGTCAAGGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCTAAGGAAAACATTCAATCAAAATATATTTTAA-C
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * **
57609 TAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
** * * * *
57674 AATACTTTCGAAGTCATGAGTGATTATAAATAAACTTTTTT
130 AAGGCTTTCGAAG-AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
* * * ** *
57715 T-TCCAATGAAT-GAATTTTTCTTCATGTTTCTTATACTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAA
1 TGT-CAATGAATAG-CTTTTTCTTCATATTTCTAAGGC-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * *
57778 CCAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAAC-ATTTAAA-CTAAG
63 CCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC-AAG
** *
57841 TAATAAGGCTTTTAAAGATATGGGTGACTATCAATAGACTTTTTT
126 TAATAAGGCTTTCGAAGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
** * * * ** * * *
57886 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACAACCGATTGTAATCTATTTTAACT
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATA-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * *
57951 AAAAATATAAAAAAGTTGAACTTAAAATGAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAA
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAA
*
58015 TAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTATAAAT-G-CATTTTTCT
129 TAAGGCTTTCGAA-GAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTT-T
* * * * * * * **
58057 TGCCAGTAAATATCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* **
58122 AAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
* ** *
58187 AAGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA--TTTTT
130 AAGGCTTTCGAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
* * * * * * * * * *
58226 TGCACCAATCG-ATGGCTTTTACTTTACGT-TTTTTGAGGCAAACATGCAAATATAATATAGTTT
1 TG--TCAAT-GAATAGCTTTTTC-TT-CATATTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTT
** * * **
58289 T-ATGAAAAATAT----AAA---AA---AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGGGA
60 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
** * ** * *
58343 GTAATAATACTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTGTC
125 GTAATAAGGCTTTCG-AAGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTT-TT
* ** * * *** * * ** * * ** *
58390 T-CCAATGGTTATCTTTTGCTTTGCACTTCTCGAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACA
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * ** * *
58454 AAAAATATAAAAATAATTTATCTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAGCGAGTAA
65 AAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
58519 TAATGTTTTCGAAGGTATGGGTGACTATACATAGACTGTTCT
129 TAAGGCTTTCGAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
** * * * * *
58561 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * * *
58626 AAAACTGTAAAACAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
* * *
58691 AAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAA-GGAACTTTTCT
130 AAGGCTTTCGAA-GAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTT
* ** * * * * ** *
58732 TGCCAATGAATAGCTTTCACTTAACGT-TTTCAAAGGTAGGCATTCAATTATAATAGATTTTAAT
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTT--CATATTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * * * * ***
58796 TAAAAAAACAAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATGAAACCATTTAAAATGAGT
64 CAAAAATA-TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
* * * * *
58861 AATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAAC-TTTTG
127 AATAAGGCTTTCGAA-GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
* * * * ** * *
58904 TCTCAAATGGAT-GTCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGATAGGCATTCAATTATAATATATTTTAA
1 TGTC-AATGAATAG-CTTTTTCTTCATATTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * *
58968 CCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTA
63 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
* * * *
59033 AT-AGTGCTTTTGAAGATATGAGTGACTATATAT-GAACTTTTCT
128 ATAAG-GCTTTCGAAGA-ATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTT
* * * * * * * * * * ** *
59076 TGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAATATTCTATTGTAATCCGTTTTAATC
1 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * * *
59141 GAAAACATAAAAAAA-GCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAGC-ATTTAAAGCTAGTGA
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAA
*** * * * * *
59204 TAATATTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGA-GTTTTC
129 TAAGGCTTTCGAAGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
** * * * * * *
59245 CCTCTAATGGATAGCATTTGCTTCATGTTTACTAAGGCATACATTCAATTATAGA-ATATTTTAA
1 TGTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCATATTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATA-ATCTATTTTAA
** *
59309 TAAAAAATGTAAAAAAA
63 CCAAAAATATAAAAAAA
59326 ATTTA
Statistics
Matches: 1935, Mismatches: 419, Indels: 233
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 11 0.01
161 103 0.05
162 2 0.00
163 3 0.00
164 3 0.00
165 1 0.00
166 7 0.00
167 46 0.02
168 113 0.06
169 86 0.04
170 239 0.12
171 773 0.40
172 271 0.14
173 133 0.07
174 2 0.00
175 2 0.00
176 7 0.00
178 3 0.00
180 69 0.04
181 43 0.02
182 4 0.00
183 13 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTCGAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
Found at i:58615 original size:504 final size:508
Alignment explanation
Indices: 56940--59206 Score: 1464
Period size: 512 Copynumber: 4.5 Consensus size: 508
56930 GAAAATGCAA
* * * * * *
56940 AAAAAAATTCAACTT-AAA--AATTTTGAGATTATAAACCCTTTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-TTT
* * * * * * * * *
57002 T-GAAGGCATGTGTAACTATAAATGGACCTTTCTCTT--TAATGAATGGCTCTTTTTTTTACGTT
65 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GAACTTT-TCTTGCCAATAAATGGCT-TTTTCTTCACATT
*** * *
57064 TCCCAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTGAACTT-AAA
127 TCATGAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** *** * *
57126 --AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA-AAGGTGACTA
191 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATGA-GTGACTA
* * * ** * *** * * * *
57188 TAAATGGACTTTTTTTGTGAATGAATAACTTTTTTTTAAC-ATTTCTAGAGGCAAACATTCAATT
255 TAAAAGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTCACTTAACGTTTTC-AAAGGCAAACATGCAAAT
** * ** ** * * * *
57252 ATAATCTATTTGAACCAAAAATGTGAAAGAATTGAACTTAAAATCGATTATAACATTATAAAA-C
319 ATAATAGATTTTAATTAAAAA--CAAAAAAAAT-AA--TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
* * * * * * * * * ** * * *
57316 TTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGATAGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAAT
379 ATTTAAAAG-GAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTGTCTCAAAT
* ** * * * ** ** ** * *
57381 GAATAGT-TTTTTTTTCATGTTTCTTGAGATGGACTTTCAATTATAATTTATTTAAACTAAAAAT
443 GGATA-TCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACAAAAAAT
57445 A-
507 AT
* * *
57446 AAATAAACATTCAA-TTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 AAA-AAA-ATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG
* * * * * * *** * *
57509 CTTTCGACAGCT-TGAGTGATTATAAATAAAC-TTTCTTGTCAAGGGATGGCTTTTGCTTCATAT
62 TTTTCGA-AGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACAT
* * * * * * * * * *
57572 TTCCTAAGGAAAACATTCAATCAAAATATATTTTAA-CTAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAA
126 TTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
** ** ** * *
57636 TCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAA-GTCATGAGTGATTA
191 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGT-ATGAGTGACTA
* * * ** * * * * * *
57700 TAAATA-AACTTTTTTTTCCAATGAAT-GAATTTTTCTTCATGTTTCTTATA--CTAGACATTCA
255 TAAA-AGAACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTCACTTAACGTTT-TCAAAGGC-AAACATGCA
* ** ** * * *
57761 ATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAA
316 AATATAATAGATTTTAATTAAAAA--CAAAA-AAAAT-AA--TAAAATCAATTATAAGATTATAA
*** * * * * * *
57826 AA-CATTTAAACTAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGATATGGGTGACTATCAATAGACTTTT-TTTA
375 AACCATTTAAAAGGAGTAATAAAGCTTTTGAAAG-CATGAGTGACTATAAATAAACTTTTGTCT-
* * ** * ** * * * * * * * ** *
57888 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACAACCGATTGTAATCTATTTTAACTAA
438 CAAATGGATATCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACAAA
57953 AAATAT
503 AAATAT
* * * * * * * * *
57959 AAAAAAGTTGAACTTAAAATGAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGTTTT
* * * * ** **
58024 CGAAGGGATGGGTGACTATAAATGCATTTTTCTTGCCAGTAAATATCTTTTTCTTCATGTTTTTC
66 CGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCA--CATTTC
* * *
58089 A--AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCA
129 ATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
58152 ATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCT-TGAGTGACTATAA
194 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGG-TATGAGTGACTATAA
* * * ***
58216 ATAG-A-TTTT-TTGCACCAATCG-ATGGCTTTTACTTTACGTTTTTTGAGGCAAACATGCAAAT
258 A-AGAACTTTTCTTG--CCAAT-GAATAGCTTTCACTTAACGTTTTCAAAGGCAAACATGCAAAT
* * * *
58277 ATAATATAGTTTT-A-T-GAAA-AATATAAA-AA-AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT
319 ATAATAGA-TTTTAATTAAAAACAAAAAAAATAATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
58336 AAAGGGAGTAATAATA-CTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTGTCTCCAATGGTT
383 AAAAGGAGTAATAA-AGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTGTCTCAAATGGAT
*
58400 ATCTTTTGCTTTGCACT-TCT-C-GAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACAAAAAATAT
447 ATCTTTTGC-TT-CA-TGTCTCCTAAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACAAAAAATAT
* * * * *
58462 AAAAATAATTTATCTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAGCGAGTAATAATGTTT
1 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGTTT
* * * *
58527 TCGAAGGTATGGGTGACTATACAT-AGACTGTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
65 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
* * * * *
58591 ATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACGTAAAATCA
129 ATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
58656 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAA
194 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAA
* * ** * *
58721 GGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTCACTTAACGTTTTCAAAGGTAGGCATTCAATTATAAT
259 AGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTCACTTAACGTTTTCAAAGGCAAACATGCAAATATAAT
* * *
58786 AGATTTTAATTAAAAAAACAAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATGAAACCATT
324 AGATTTTAATT--AAAAACAAAAAAAA---TAA--TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATT
* * *
58851 TAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTGTCTCAAATGGAT
382 TAAAAGGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTGTCTCAAATGGAT
* * ** * * *
58916 GTCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGATAGGCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT
447 ATCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACAAAAAATAT
* * *
58978 AAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-TTT
* * * *
59043 T-GAAGATATGAGTGACTATATATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT
65 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCA
* * * * * * * *
59107 TGAGGTAAATATTCTATTGTAATCCGTTTTAATCGAAAACATAAAAAAA-GCAACTTAAAATCAA
130 TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
59171 TTACGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCTAGTGATAA
195 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
59207 TATTTTTGAA
Statistics
Matches: 1402, Mismatches: 280, Indels: 150
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
502 28 0.02
503 97 0.07
504 258 0.18
505 11 0.01
506 6 0.00
507 7 0.00
508 16 0.01
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510 29 0.02
511 122 0.09
512 260 0.19
513 165 0.12
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515 146 0.10
516 133 0.09
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Consensus pattern (508 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGTTTT
CGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCAT
GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAAAG
AACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTCACTTAACGTTTTCAAAGGCAAACATGCAAATATAATAG
ATTTTAATTAAAAACAAAAAAAATAATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAGGAG
TAATAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTGTCTCAAATGGATATCTTTTGC
TTCATGTCTCCTAAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACAAAAAATAT
Found at i:59139 original size:344 final size:340
Alignment explanation
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56677 NNNNNNNTGT
* * * * * * * *
56687 CAATGAGTAGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGAATACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* * * * * * *
56752 AATA-TAAAAATATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
66 AA-ACAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *** *
56816 GGATTTTGAAGGCATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTCTTTGATGAATGGCTTTTTTTTTAT
130 GGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTCCAATGGATGGC------TTT-T
* * * * * ** *
56880 GCTTCTTTACATTT-CTCAAGATAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTGAAAATGCAAAAAA
186 GCTTC---ACATTTCCT-AAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT---ATAAA
* * * * * *
56944 AAATTCAACTT-AAA--AATTTTGAGATTATAAACCCTTTTAAAGTGAGTAACAAG-GCTTTTGA
244 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAGTGCTTTCGA
* * * *
57005 AGGCATGTGTAACTATAAATGGACCTTTCTCTT--
308 AGGTATGAGTGACTATAAAT-GAACTTT-TCTTGC
* * * * ** * *
57038 TAATGAATGGCTCTTTTTTTTACGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAA
1 CAATGAATAGCT-TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * *
57103 AATA-TAAAAAAATTGAACTT-AAA--AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
65 AAAACAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * ** * ** ** *
57164 GGCTTTTAAAGGCA-AAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTGAATGAATAACTTTTTTTTAAC
130 GGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
** * * * * *
57228 ATTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACCAAAAATGTGAAAGAATTGAACTTA
193 ATTTCCTA-AGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTA
* * * ** * * * * *
57292 AAATCGATTATAACATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTGGATA-GAATGGGTT
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTCGA-AGGTATGAGTG
* *
57355 ACTATAAATGGACTTTTCTTTC
319 ACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * * *
57377 TAATGAATAGTTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGATGGACTTTCAATTATAATTTATTTAAACTAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAA
* * *
57442 AATAA-AATAAACATTCAA-TTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
65 AA-AACAAAAAAAATTCAACTT--AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * *
57504 TAAGGCTTTCGACA-GCTTGAGTGATTATAAATAAACTTTCTTGT-CAAGGGATGGCTTTTGCTT
127 TAAGGCTTTTGA-AGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT-TTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * *
57567 CATATTTCCTAAGGA-AAACATTCAATCAAAATATATTTTAA-CTAAAATGTGAAAAAATTCAAC
190 CACATTTCCTAA-GATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAAC
** * * *
57630 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAA-GTCATGAG
253 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTCGAAGGT-ATGAG
* * * *
57694 TGATTATAAATAAACTTTTTTTTC
317 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * * *
57718 CAATGAAT-GAATTTTTCTTCATGTTTCTTATA-CTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCA
1 CAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TA
*** * * * * *
57781 AAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAA-CATTTAAACTAAGTAAT
63 AAAAAACAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** * * * * *
57845 AAGGCTTTTAAAGATATGGGTGACTATCAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
128 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * ** * * * * *
57910 CATTTTCTAAGGTAGACAACCGATTGTAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAGTTGAACTTA
192 CATTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTA
* * * * * * *
57975 AAATGAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGGATGGGTGA
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTCGAAGGTATGAGTGA
* *
58039 CTATAAATGCATTTTTCTTGC
320 CTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * *
58060 CAGTAAATATCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * **
58124 AAATA-TAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATA
65 AAA-ACAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
** * * * * * *
58188 AGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTTTTGCACCAATCGATGGCTTTTACTTTAC
129 AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* ** * ** * * **
58253 GTTTTTTGAGGCAAACATGCAAATATAATATAGTTTT-ATGAAAAATAT---AAA---AA---AA
193 ATTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
58308 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAATACTTTTGAAAGCT-TGAGTGAC
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTCG-AAGGTATGAGTGAC
*
58372 TATAAATGAACTTTTGTCT-C
321 TATAAATGAACTTTTCT-TGC
** * * ** * * * ** * *
58392 CAATGGTTATCTTTTGCTTTGCAC--TTCTCGAGATAAACAATCAATTATAAAATATTTTAACAA
1 CAATGAATAGCTTTTTC-TT-CACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * * * * * *
58455 AAAATATAAAAATAATTTATCTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAGCGAGTAAT
64 AAAA-ACAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * *
58520 AATG-TTTTCGAAGGTATGGGTGACTATACATAGACTGTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTT
128 AAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT-TT-TTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * ** * * * * *
58583 CACATTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAACG
190 CACATTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACT
*
58648 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGTATGGGT
254 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTCGAAGGTATGAGT
*
58712 GACTATAAAGGAACTTTTCTTGC
318 GACTATAAATGAACTTTTCTTGC
** * * * *
58735 CAATGAATAGCTTTCACTTAACGTTT-TCAAAGGTAGGCATTCAATTATAAT-AGATTTTAATTA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAA-TA
* * * *
58798 AAAAAACAAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATGAAACCATTTAAAATGAGTAA
63 AAAAAACAAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
58863 TAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTGTCTCAAATGGATGTCTTTTGCTTC
127 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
** **
58928 ATGTTTCCTAAGATAGGCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACTT
191 ACATTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAACTT
* * *
58993 AAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTTGAAGATATGAGTGA
255 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTCGAAGGTATGAGTGA
*
59058 CTATATATGAACTTTTCTTGC
320 CTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * **
59079 CAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAATATTCTATTGTAATCCGTTTTAAT-CGA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* * * *
59143 AAACATAAAAAAA-GCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCT-AGTGATA
66 AAACA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATA
*** * * * * * * * *
59206 ATATTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCCCTCTAATGGATAGCATTTGCTTCAT
129 AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * ** * ** *
59271 GTTTACTAAGGCATACATTCAATTATAGA-ATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
193 ATTTCCTAAGATAAACATTCAATTATA-ATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
59325 AATTTA
Statistics
Matches: 1806, Mismatches: 395, Indels: 183
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
332 116 0.06
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334 4 0.00
335 4 0.00
336 13 0.01
337 10 0.01
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340 69 0.04
341 396 0.22
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351 22 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
AAACAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
TCCTAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAA
ATGAACTTTTCTTGC
Done.