Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403069.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_734.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7193
ACGTcount: A:0.18, C:0.07, G:0.06, T:0.19
Warning! 3585 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1061 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 645--1147 Score: 507
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
635 NNGCCTAGAG
* * * * *
645 AAACGTCTAAAAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAAGT-TCATTTATAATCACTCATTTCATTAAA
1 AAACGTCAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAA
* * * *
709 AGGCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTT
65 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAATTCAATTTTTTTTA
* *
774 CATTTTTGATCAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
129 CATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAA
* * * * *
817 AAATGTGAAAAAAGAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTAGAGTCACCCATTTCTTCT-
1 AAACGTCAAAAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATTTCTT-TA
**********
879 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTT
63 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAATTCAATTTTTTTT
* ** *
944 ACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGGCTGGAA
128 ACA-TTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAA
* *
988 AAACGTCCAAAAAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-TTCTTTAAAA
1 AAACGTCAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTT-AAA
* * * * * * * *
1052 AGTCTTATTACCCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATATTTTTA
65 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAATTCAATTTTTTTTA
* *
1116 CATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATG
129 CATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATG
1148 CCTATCTTGA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 53, Indels: 23
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.06
171 150 0.56
172 95 0.36
173 4 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAACGTCAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAA
GGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAATTCAATTTTTTTTACA
TTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAA
Found at i:3247 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2946--3772 Score: 854
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
2936 NNNNNNNNNN
* * **
2946 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCTTTAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * * * * * * * *
3010 AACAGACTATGATTGAAAGCCTACCTCAAGAAAGGTGTAGAAA-AAGCCATTGATTGAGAGGAAA
65 AATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAA
* * *
3074 AGTCCATTTATAGTCAGCTATTCCATT-AAAAGGTTTATTACTC
129 AGTCCATTTAGAGTCAGCCATTCC-TTCAAAAAGTTTATTACTC
*
3117 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* ** *
3182 ATATACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAGTAGCATTCATTGATAAGAAAAG
66 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAG
* *
3247 TCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAA-TCTTATTACTC
131 TCCATTTAGAGTCAGCCATTCCTTCAAAAAGT-TTATTACTC
* * * * *
3288 GCGTTAAA-CGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAAAATTTTTTG-TTA
1 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTA
* * * * * *
3351 AAACAGACTATAATTGAAT-TTTACCTTGAG-AACTGCGAAGAAACAAGCATTCACTGACAAGAA
64 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-GTGAAAAAACAAGCATTCATTGACAAGAA
* * *
3414 AAGCCCATTTAGAGTCATCCATTCCGTCAAAAAGTTTATTACTC
128 AAGTCCATTTAGAGTCAGCCATTCCTTCAAAAAGTTTATTACTC
* * * * * * *
3458 GCTATAAATAGTTTCATAATGTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTGAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * *
3523 AT-GAACTATAATTAAATG-CTTGACC-CGAGAAACGT-ACAAAAA-AAGCTATTCATTAAGAGG
66 ATAG-ACTATAATTGAATGTC-T-ACCTCGAGAAACGTGA-AAAAACAAGC-ATTCATTGACAAG
* * *
3583 AAAAGTCCATTTATAGTC-GTCCACTCCTTCAAAAAGTTAATTACTC
126 AAAAGTCCATTTAGAGTCAG-CCATTCCTTCAAAAAGTTTATTACTC
* * *
3629 GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * * * *
3694 ATATACTATAATTAAATGTTTACCTTGACAAACATGAAGAAACAAGCATTTATTGACAAGAAAAG
66 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAG
*
3759 TCTATTTAGAGTCA
131 TCCATTTAGAGTCA
3773 CCCANNNNNN
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 92, Indels: 47
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 141 0.26
171 370 0.69
172 20 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAG
TCCATTTAGAGTCAGCCATTCCTTCAAAAAGTTTATTACTC
Found at i:3588 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2949--3772 Score: 925
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
2939 NNNNNNNGCT
* *
2949 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCT-TTAAAA
1 TTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAA
* *** ** ** * * * *
3012 CAGACTATGATTGAAAGCCTACCTCAAGAAAGGTGTAGAAA-AAGCCATTGATTGAGAGGAAAAG
64 CAGACTATAATTG-AATTTTACCTTGAGAACTG-GAAGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * *
3076 TCCATTTATAGTCAGCTATTCCATTAAAAGGTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
126 TCCATTTAGAGTCAGCCATTCCATCAAAAAGTTTATTACTCACTATAAATAGTTTCATAATCTAA
* * *
3141 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGATGAAAATATACTATAATTAAATGTCTACC
* * * * *
3206 TCGAGAAACGTGAAAAAAGTAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTT
256 TCGAGAAACGTGAAAAAAGAAGCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCACTCCTT
*
3271 CAAAAA-TCTTATTACTCGCG
321 CAAAAAGT-TAATTACTCGCG
* * *
3291 TTAAA-CGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAAAATTTTTTGTTAAAAC
1 TTAAATCG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* *
3355 AGACTATAATTGAATTTTACCTTGAGAACTGCGAAGAAACAAGCATTCACTGACAAGAAAAGCCC
65 AGACTATAATTGAATTTTACCTTGAGAACTG-GAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
3420 ATTTAGAGTCATCCATTCCGTCAAAAAGTTTATTACTCGCTATAAATAGTTTCATAATGTAATAA
129 ATTTAGAGTCAGCCATTCCATCAAAAAGTTTATTACTCACTATAAATAGTTTCATAATCTAATAA
*
3485 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTGAAAATGA-ACTATAATTAAATG-CTTGACC
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGATGAAAAT-ATACTATAATTAAATGTC-T-ACC
* * **
3548 -CGAGAAACGT-ACAAAAA-AAGCTATTCATTAAGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCACTCC
256 TCGAGAAACGTGA-AAAAAGAAGC-ATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCACTCC
*
3610 TTCAAAAAGTTAATTACTCGCT
319 TTCAAAAAGTTAATTACTCGCG
* * * *
3632 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAATTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAAT
1 TTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAAC
* * * *
3696 ATACTATAATTAAATGTTTACCTTGACAAACAT-GAAGAAACAAGCATTTATTGACAAGAAAAGT
65 AGACTATAATTGAAT-TTTACCTTGA-GAAC-TGGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGT
*
3760 CTATTTAGAGTCA
127 CCATTTAGAGTCA
3773 CCCANNNNNN
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 60, Indels: 30
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 11 0.03
341 271 0.67
342 120 0.29
343 4 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
GACTATAATTGAATTTTACCTTGAGAACTGGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTAGAGTCAGCCATTCCATCAAAAAGTTTATTACTCACTATAAATAGTTTCATAATCTAATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGATGAAAATATACTATAATTAAATGTCTACCTCGAG
AAACGTGAAAAAAGAAGCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCACTCCTTCAAAA
AGTTAATTACTCGCG
Done.