Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403073.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_738.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3761
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.16, T:0.31
Warning! 109 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1365 original size:676 final size:676
Alignment explanation
Indices: 538--2288 Score: 2419
Period size: 676 Copynumber: 2.6 Consensus size: 676
528 CGTTTCAAGA
* * * * *
538 AAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAAT
* * *
603 AAGGCTTCCGAATGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGTCTTTTGCTTCA
65 AAGGCTTCCGAATGCTTAAGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCAATAGATGTCTTTTACTTCA
**
668 TGTTTCCTTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGCAAAACAAATTCAACNN
130 TGTTTCCTTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGCAAAACAAATTCAACTT
******** * *
733 NNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGCTTGAGTGA
195 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCTTGAGTGA
*
798 CTATAAAAGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCTTGACGTAGACATATAA
260 CTATAAAAAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGACGTAGACATATAA
*
862 CTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTAACTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAC
325 CTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAC
* * ****
927 TATTTAAAGTGAGTAATGCGGTTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGATATTTTCTTGGNNNN
390 TATTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTCGAAGGCTTAGGTGACCATAAATGATATTTTCTTGGCAAT
****** *
992 NNNNNNCTTTTTCTTCATGTCACTTGAGGTAGATATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAGCA
455 AAATGACTTTTTCTTCATGTCACTTGAGGTAGACATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAGCA
*
1057 TAAAAAAACATCAACTTAACATCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGGT
520 TAAAAAAA-ATCAACTTAACATCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGGC
1122 TTCGAAGGCACTATAAATGAAGTTTTCTCTCTAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTACTAAGAT
584 TTCGAAGGCACTATAAATGAAGTTTTCTCTCTAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTACTAAGAT
1187 AGACATTCAATTACAATATATTTTAACC
649 AGACATTCAATTACAATATATTTTAACC
1215 AAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
*
1280 AGGCTTCCGAATGCTTAAGTGAGTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGTCTTTTACTTCAT
66 AGGCTTCCGAATGCTTAAGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCAATAGATGTCTTTTACTTCAT
* *
1345 GTTTTCC-TGGGCATACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGCAAAACAAATTCAACTT
131 G-TTTCCTTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGCAAAACAAATTCAACTT
1409 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCTTGAGTGA
195 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCTTGAGTGA
*
1474 CTATAAAAAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTTGACGTAGACATATAA
260 CTATAAAAAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGACGTAGACATATAA
*
1539 CTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAC
325 CTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTAAAATCTATTATGAGATTATAAAAC
*
1604 TATTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTTGAAGGCTTAGGTGACCATAAATGATATTTTCTTGGCAAT
390 TATTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTCGAAGGCTTAGGTGACCATAAATGATATTTTCTTGGCAAT
1669 AAATGACTTTTTCTTCATGTCACTTGAGGTAGACATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAGCA
455 AAATGACTTTTTCTTCATGTCACTTGAGGTAGACATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAGCA
*
1734 TAAAAAAAATCAACTTAACGTCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGGCT
520 TAAAAAAAATCAACTTAACATCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGGCT
* *
1799 TCGAAGGCACTATAAATGGAGTTTTCTCTCTAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTACTAAGGTA
585 TCGAAGGCACTATAAATGAAGTTTTCTCTCTAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTACTAAGATA
1864 GACATTCAATTACAATATATTTTAACC
650 GACATTCAATTACAATATATTTTAACC
* * * *
1891 AAAAAGGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATTATTTAAAACGAGTAG
1 AAAAATGT--AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAA
** * * * * * *
1956 TACA-GCTT-----T-C---A-TGACCATAAACGGACTTCTCTTACCAAT-GAATGGCTTTTTCT
64 TA-AGGCTTCCGAATGCTTAAGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCAATAG-ATGTCTTTTACT
* * * * *
2009 TCATGTTT-CTCAGGGCA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCA-AAAATGTTTAAAAC-ATT
127 TCATGTTTCCTTA-GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAGAAAATG--CAAAACAAAT
* * * * *** *
2070 TCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAACAATGCTTTTGAAGGCT
188 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCT
* * * *** * *
2135 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAGGCAG
253 TGAGTGACTATAAAAAGACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGACGTAG
* * * * * ** * * * *
2199 ACATTTAATTAAAATATATTTGAATGAAAAA--TAACAAGAATTTAGCTAGAATCAATTATAAGA
317 ACATATAACTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAGAATTTAACTAAAATCTATTATGAGA
* *
2262 TTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATA
381 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
2289 AGACTTTCAA
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 94, Indels: 36
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
666 4 0.00
667 82 0.08
668 177 0.18
669 7 0.01
672 1 0.00
673 1 0.00
676 401 0.41
677 235 0.24
678 58 0.06
679 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (676 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
AGGCTTCCGAATGCTTAAGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCAATAGATGTCTTTTACTTCAT
GTTTCCTTAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGCAAAACAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCTTGAGTGAC
TATAAAAAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGACGTAGACATATAAC
TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTCGAAGGCTTAGGTGACCATAAATGATATTTTCTTGGCAATA
AATGACTTTTTCTTCATGTCACTTGAGGTAGACATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAGCAT
AAAAAAAATCAACTTAACATCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGGCTT
CGAAGGCACTATAAATGAAGTTTTCTCTCTAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTACTAAGATAG
ACATTCAATTACAATATATTTTAACC
Found at i:1435 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 385--2680 Score: 1587
Period size: 172 Copynumber: 13.6 Consensus size: 169
375 AATATATTTT
* * * *** *
385 AACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTC-AAATATAC
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T
* * * * * * * *
449 GGGTTACTATAAATGAACTTTTTTTGGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGCAGAC
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTG-GGTAGAC
* * *** * *
514 ATTTAGTTATAATCCGTTTCAAGAAAAAATGTAAAAAAATTC
129 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * * *
556 AAGTTAAAATTAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAATGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * * *
621 AGTGAGTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGCAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-TGGGTAGACA
* *
686 TTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGCAAAACAAATTC
130 TTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAATGTAAAA-AAATTC
********** *
728 AACNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTT
* * * *
792 GAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCTTGACGTAGAC
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTG-GGTAGAC
* * * *
856 ATAT-AACTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTT
129 AT-TCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ** *
898 AAC-TAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGCGGTTTTCGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * *********** ** * *
962 GGTGACCATAAAT-GATATTTTCTTGGNNNNNNNNNNCTTTTTCTTCATGTCACTTGAGGTAGAT
66 AGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTG-GGTAGAC
* * * * *
1026 ATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAA-GCATAAAAAAACATC
129 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATG--TAAAAAAA-TTC
* * ** * *
1069 AACTTAACATCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGG-TTTCGAAGGC--
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * *
1131 -----ACTATAAATGAAGTTTTCTCT-CTAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTACTAAGATAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GGGTAGA
*
1190 CATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-
128 CATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC
* ** * * *
1232 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCGAATGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * *
1297 AGTGAGTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-AGATGTCTTTTACTTCATGTTTTCCTGGGCATAC
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTGGGTAGAC
* *
1361 ATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGCAAAACAAATTC
129 ATTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAATGTAAAA-AAATTC
* * *
1404 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
** * * * *
1469 AGTGACTATAAAAAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTTGACGTAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTG-GGTAGACA
* * * * *
1534 TAT-AACTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTT
130 T-TCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *
1575 AAC-TAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTTGAAGGCTT-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * ** *
1638 AGGTGACCATAAAT-GATATTTTCTTGGCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTCACTTGAGGTAGA
66 A-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTG-GGTAGA
* * * * *
1702 CATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAA-GCATAAAAAAAATC
128 CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATG--TAAAAAAATTC
** * ** * *
1745 AACTTAACGTCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGGC-TTCGAAGGC--
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
1807 -----ACTATAAATGGAGTTTTCTCT-CTAATGAATGGATTTTGCTTCACGTTTACTAAGGTAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GGGTAGA
* *
1866 CATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAAAATT-
128 CATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGT--AAAAAAATTC
* * * *
1910 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATTATTTAAAACGAGTAGTACA-GCTTT------C--
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
1966 -A-TGACCATAAACGGACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGCA-AC
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGGGTAGAC
* * *
2028 ATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAATGTTTAAAACATTTC
129 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATG--TAAAAAAATTC
* * * * *
2072 AACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAACAATGCTTTTGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * ** *
2137 AGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAAGGCAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-TGGGTAGACA
* * * * * *
2202 TTTAATTAAAATATATTTGAATGAAAAA--TAACAAGAATTT
130 TTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAA-AAAAATTC
* * * * ** * *
2242 AGC-TAGAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* ** * ** **
2306 AGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTTAAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGAC
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTGGGTAGAC
* * * ** * * *
2371 ATACAATTGTAATCTGCTTTAACGAAAAATTTAAAAAACTTT
129 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *
2413 AACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
*** * * * * **
2478 AGTGACTATAAAAAAACTTTTTTTTCCAATGAATAGCTTTTTCTTTAT-TTTTTTCGAGGTAGAC
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-G-GGTAGAC
* * *
2542 ATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTC
129 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
2584 AACTTAATATCCATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * *
2648 GGGTGACTACAAATGGACTTTCCTAGCCAATGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
2681 TGTAACACCT
Statistics
Matches: 1635, Mismatches: 402, Indels: 176
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
161 38 0.02
162 89 0.05
163 50 0.03
164 62 0.04
165 104 0.06
166 17 0.01
167 1 0.00
168 5 0.00
169 158 0.10
170 304 0.19
171 386 0.24
172 390 0.24
173 30 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGGGTAGACAT
TCAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTC
Found at i:2680 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 385--2680 Score: 1496
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 171
375 AATATATTTT
* * * *** *
385 AACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTC-AAATATAC
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T
* * * * * * * * *
449 GGGTTACTATAAATGAACTTTTTTTGGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GATGCAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTTTCGAGGTAGA
* * ** * **
513 CATTTAGTTATAATCCGTTTCAAGAAAAAATGTAAAAAAATTC
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * * *
556 AAGTTAAAATTAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAATGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * *
621 AGTGAGTATAAATGGACTTTTC-ATGCCAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTCCTT--AGGCAG
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTA-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTT-TTTCGAGGTAG
* * *
683 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAGAAAATGCAAAACAAATTC
128 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAAATGTAAAA-AAATTC
********** *
728 AACNNNNNNNNNNTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTT
* * *
792 GAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCTT-GACGTAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTTTCGAGGTAGA
* * *
855 CATAT-AACTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTT
129 CAT-TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ** *
898 AAC-TAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATGCGGTTTTCGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * *********** ***
962 GGTGACCATAAAT-GATATTTTCTTGGNNNNNNNNNNCTTTTTCTTCATGTCACTT-GAGGTAGA
66 AGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTTTCGAGGTAGA
* * * * *** *
1025 TATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAGCATAAAAAAACATC
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTC
* * ** * *
1069 AACTTAACATCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGG-TTTCGAAGGC--
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGCTT
* * ** * * * ** * * *
1131 -----ACTATAAATGAAGTTTTCTCTCTAATGAATGGATTTTGCTTCA-CGTTTACTAAGATAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTC-GAGGTAGA
* *
1190 CATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* ** * * *
1232 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCGAATGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * * *
1297 AGTGAGTATAAATGGACTTTTCGT-GCCAAT-AGATGTCTTTTACTTCATGTTTTCCTG-GGCAT
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTC-GAGGTAG
* * *
1359 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAGAAAATGCAAAACAAATTC
128 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAAATGTAAAA-AAATTC
* * *
1404 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
** *
1469 AGTGACTATAAAAAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTT-GACGTAGAC
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTT-TTCGAGGTAGAC
* * * *
1533 ATAT-AACTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTT
130 AT-TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *
1575 AAC-TAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATACGGTTTTTGAAGGCTT-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * * ***
1638 AGGTGACCATAAAT-GATATTTTCTTGGCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTCACTT-GAGGTAG
66 A-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTTTCGAGGTAG
* * * *** *
1701 ACATTCAATCATAATTTGTTTTAACCAAAAGCATAAAAAAAATC
128 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
** * ** * *
1745 AACTTAACGTCAATTAGGAGAGGATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAATGGC-TTCGAAGGC--
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGCTT
* ** * * * ** * *
1807 -----ACTATAAATGGAGTTTTCTCTCTAATGAATGGATTTTGCTTCA-CGTTTACTAAGGTAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTC-GAGGTAGA
* * *
1866 CATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAAAATT-
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTC
* * * *
1910 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATTATTTAAAACGAGTAGTACA-GCTTT------C--
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
1966 -A-TGACCATAAACGGACTTCTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGGCA-
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTCGA-GGTAG
* * *
2026 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAATGTTTAAAACATTTC
128 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG--TAAAAAAATTC
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2072 AACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAACAATGCTTTTGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
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2137 AGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCCAAAGGCAGA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTC-GAGGTAGA
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2200 CATTTAATTAAAATATATTTGAATGAAAAA--TAACAAGAATTT
129 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTC
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2242 AGC-TAGAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
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2306 AGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTTAAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGAC
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTAG-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTCGAGGTAGAC
* * ** * * * *
2371 ATACAATTGTAATCTGCTTTAACGAAAAATTTAAAAAACTTT
130 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
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2413 AACTTAAAATCTATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
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2478 AGTGACTATAAAAAAACTTTTTTTTCCAATGAATAGCTTTTTCTTTATTTTTTTCGAGGTAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTCGAGGTAGACA
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2543 TTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTC
131 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
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2584 AACTTAATATCCATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
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2648 GGGTGACTACAAATGGACTTTCCTAGCCAATGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGA
2681 TGTAACACCT
Statistics
Matches: 1630, Mismatches: 410, Indels: 170
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
161 38 0.02
162 85 0.05
163 54 0.03
164 66 0.04
165 102 0.06
166 10 0.01
168 4 0.00
169 146 0.09
170 310 0.19
171 393 0.24
172 388 0.24
173 33 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTTCGAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
Done.