Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403078.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_742.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8113
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.08, T:0.25
Warning! 2711 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1232 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 623--1585 Score: 496
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 166
613 NNNNNNTGCT
* * *
623 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAGAATGCCAAAAA
1 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAATG-AAAAAA
** * * **** *
688 ATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATGTGGCTTTTTAAGG
64 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAACACTTTTGAAGG
* * * *
753 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
127 AATGAGTGACTATAAA-AGACTTGTCTTGTCAATGAATGCC
************* * *
794 TNNNNNNNNNNNNNTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAGAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAC-AAAAATG-AAAAAA
* * * *** *
859 ATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAGG
64 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAATAACACTTTTGAAGG
******** ** * *
924 AATG-GNNNNNNNNNNATGGACTTTTTTTGTCAATGAATG--
127 AATGAG--TGACTATAAAAGACTTGTCTTGTCAATGAATGCC
* * * * * * * * * *
963 -TCTT-TT---TTTTCTC-GGGCAAGATATTTATTTATAATCTGTTTTACCAATAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAATG-AAAAAA
* * * * * *
1022 GATTGAACCTAAAATGAATT-TAGGGATTATAAGACCATTTCAAGTAGCTAATAACACTTTTGAA
64 -ATTTAACTTAAAATCAATTATA-AGATTATAAAACCATTTAAAG-AG-TAATAACACTTTTGAA
* * *
1086 GGAATAAGAGACTATAAACAGACTTGTCTTTTCAATGAATG-C
125 GGAATGAGTGACTATAAA-AGACTTGTCTTGTCAATGAATGCC
*
1128 TTTTTACTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGCAAAA
1 TTTTT-CTTCACT-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAATG-AAAA
* ** *
1192 AAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGCA
62 AAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT--AAAGAGTAATAACACTTTTGAA
* * **********
1257 GGAATGGGTGACTATAAATGAANNNNNNNNNNCAATGAATGCC
125 GGAATGAGTGACTATAAAAG-ACTTGTCTTGTCAATGAATGCC
* * * *
1300 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACGTCCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAGAATGAAAAAAA
1 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAATG-AAAAAA
* * ********** *
1365 ATTCAACTTAAAATTAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNNNCTTTTTAAG
64 ATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAG--AGTAATAACACTTTTGAAG
* * * * *
1429 AAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACGCC
126 GAATGAGTGACTATAAA-AGACTTGTCTTGTCAATGAATGCC
* * *
1471 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTTTTAACTAACAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAAC-AAAAATGAAAAAAA
* * *
1536 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-GAAACAATTTAAAGTGAGTAATA
65 TTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGTAATA
1586 TGGCTTTTGN
Statistics
Matches: 595, Mismatches: 162, Indels: 72
0.72 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 19 0.03
164 93 0.16
165 1 0.00
166 3 0.01
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Consensus pattern (166 bp):
TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAATGAAAAAAAT
TTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGTAATAACACTTTTGAAGGAATG
AGTGACTATAAAAGACTTGTCTTGTCAATGAATGCC
Found at i:5535 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5235--5659 Score: 446
Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
5225 AAGACATTTA
* * * ** * * * *
5235 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTAAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCACTAGCAAAA
* * * ** * * * * **
5300 AAAGTACATTTATAGTCTCTTAT-CC-TTTCAAAATCCGTATTACTTGCTTTAAATTCTTTTATA
66 AAAGTCCATTCATAGTCACCCATCCCATTGC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
5363 A-CCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTT-TTTAGCATTTTTGGT
129 ATCC-CATAATTGATTTCT-AGTTGAATTTCTTTA-CATTTTTGGT
* * * * * * *
5406 TCAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTTGATAAACATGAAGAATAAGGCATTCACTAGCAAAC
1 TAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCACTAGCAAA-
*
5471 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCATTGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
65 AAAAGTCCATTCATAGTCACCCATCCCATTGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
5536 TCCCATAATTGATTTCTAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGT
130 TCCCATAATTGATTTCTAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGT
* * ** * * *
5578 TAAAATATACTATAATTGATTGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAA
1 TAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCACTAGCAAAA
5643 AAAGTCCATTCATAGTC
66 AAAGTCCATTCATAGTC
5660 TTCTATTTCT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 38, Indels: 12
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 68 0.32
172 130 0.62
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174 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCACTAGCAAAA
AAAGTCCATTCATAGTCACCCATCCCATTGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
CCCATAATTGATTTCTAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGT
Found at i:6824 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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6089 NNNNNNNNNN
* * *
6099 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCT-AGTTGAATTTCTTTATATTTTTTA-
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAG
* * * * ** * * * * *
6162 TTAAAATAGACTACAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAAAGCATTCATGGGCAA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGC-A
* * * * *** * * *
6227 AAAAAAATTCATTCATAGTCTTTTATTTCTTCAAAGGTCTTATTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
6272 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * * *
6337 AAAACAGATTATGGA-TGAATATTTACCTCGAGAAACGT-AA-AAAAA-ACATTGATTGGTAAGA
66 AAAACAGACTAT-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
* * * * *
6398 AAAGTCCTTTTATAGTCTCCTATTCTTTCCAAAGTCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
6440 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTATA-ATTTTTCA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTT-A
* **
6504 -TTAAAATAGACTATAATTGAATG-CGTACCTTGAGAAACGTGTAA-AAAAA-ACCATTCATTGA
63 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGA-CATTCATTG-
* * *
6565 G-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
124 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
6612 TTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * ** * *
6677 AAAACAGACTTTATTTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTAATTGGCAAGAG
66 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
* * * *
6742 AAGTCCATTTATAATCACTTATTCCTTTAAAAGCTTTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** *
6783 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * ** * * *
6848 AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAA-AGC-TATCCCTAGTAAA
66 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CAT-TCATTGGCAAG
*
6911 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * *
6954 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TTGATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTATTTCTC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTA
* * ** *
7018 GTTAAAAGAGACTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
63 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
*
7083 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
7127 CAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGT
1 C-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * *
7191 TAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAACAAG-CATTCATTGGCAAG
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA-AAGACATTCATTGGCAAG
7255 AAAAGTCCATTTAT
129 AAAAGTCCATTTAT
7269 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 131, Indels: 58
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 81 0.10
169 49 0.06
170 11 0.01
171 365 0.44
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174 6 0.01
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Consensus pattern (171 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:7261 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6099--7268 Score: 1315
Period size: 344 Copynumber: 3.4 Consensus size: 341
6089 NNNNNNNNNN
* * *
6099 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCTAGTTGAATTTCTTTATATTTTTTATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * ** ** * *
6164 AAAATAGACTACAATTGATTGTTTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAAAGCATTCATGGGCAAAA
66 AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGT-AAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAA
* * * ** * * *
6229 AAAAATTCATTCATAGTCTTTTATTTCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** *
6294 TCTTATTATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATGGA-TGAAT
194 T-TTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGATTTTTAGTTAAAACAGACTT-T-AATTGAAT
* * * * * * *
6357 ATTTACCTCGAGAAACGT-AA-AAAAA-ACATTGATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCTCCT
256 GTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * *
6419 ATTCTTTCCAAAGTCTTATTA
321 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
6440 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTATA-ATTTTTCA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTTTA
** *
6504 TTAAAATAGACTATAATTGAATG-CGTACCTTGAGAAACGTGT-AA-AAAAAACCATTCATTGAG
64 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAA--TGTAAAGAAAAAAGCATTCATTG-G
* * * *
6566 -AAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATTGTTTT
125 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
6630 AAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGACTTTATTTGA
190 ATAAT-TTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGATTTTTAGTTAAAACAGACTTTAATTGA
* * ** * *
6695 ATGTCTACATCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGGTATTAATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAATCA
254 ATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
6759 CTTATTCCTTTAAAAGCTTTATTA
318 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
6783 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTCTAGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-T
** * *
6847 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAAGC-TATCCCTAGTAAA
65 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCAT-TCATTGGCAAA
* *
6911 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
6976 TTTGATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTGTATTTCTCGTTAAAAGAGACTTTAATTGAAT
194 TTT-ATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTG-ATTTTTAGTTAAAACAGACTTTAATTGAAT
* * *
7041 GTCTACCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
256 GTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
7106 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
321 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
7127 CAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGT
1 C-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT
** * *
7191 TAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGA
65 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAA
7256 AAAGTCCATTTAT
130 AAAGTCCATTTAT
7269 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 103, Indels: 49
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 123 0.18
341 75 0.11
342 179 0.26
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345 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAA
AAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATT
TATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGATTTTTAGTTAAAACAGACTTTAATTGAATGTCTA
CCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC
TTCAAAAGCCTTATTA
Done.