Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403079.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_744.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19429
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 5562 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1830 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1188--3004 Score: 1615
Period size: 342 Copynumber: 5.4 Consensus size: 342
1178 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1188 ATTCAATTATAATATGTTTTAACC-AATAATGTAAAAAAAATTGAACCTCAAATCCATTTTGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
1252 TTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGAGACTATAAATGGAGTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *** * *
1316 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTATTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTA-TAGCCTATTT
129 TCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTATTT
* ***********************
1380 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGA
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
1445 GTAATAAGGTTTTTGAA-AGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGCCTTTT
257 GTAATAAGGCTTTTGAAGA-AAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * *
1509 TCTCCATGTTTCAAAAGGTAGAT
320 TCTACATGTTTCACAAGGTAGAC
* * * ** * *
1532 ATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAATTTATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-TAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
1597 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTAT-AATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * **
1661 TTTGCCAATGGATGCATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTACCCGTTTT-A
130 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA
* * *
1725 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTCAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
195 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
1790 ATAAGACTTTTGAAGAAATGGATAACTGTAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAAATGGCTTTTTC
260 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATG-AATGCCTTTTTC
* * *
1854 TAGATGTTTCCCAAGGTAGGC
322 TACATGTTTCACAAGGTAGAC
* * * * * *
1875 ATTTAATTATAGTTTATTTTAACGAAA-AATGTAAAAAAATTTAACTTTAAAATCAATTATGAGG
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGA
* * *
1939 TTGTAACACCA--T----T---T-A-AA-GC-TTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
1991 GCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCCTGATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTT
130 -CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTATTTT
* * * *
2055 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AGATTATGAGATTATAAAA-CAATTCAAGTGA
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
2118 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTT-CCTAGTGAATGGCTTTT
257 GTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTT
* ** *
2182 TCTACACGTTTCATGAGGCA-AGC
320 TCTACATGTTTCACAAGGTAGA-C
* * * ** * *
2205 AATCAATTATAGTATGTTTGAATGAAA-AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
2269 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * *
2334 TTGCCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AAGTAGACATTCAATTA-TAGTATATTTT
131 TTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTATTTT
* *
2396 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAG
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * ***
2461 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTC
258 TAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
** * * *
2526 TTTATGTTTCTCAACGTAGAT
322 TACATGTTTCACAAGGTAGAC
* *
2547 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AATAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * *
2611 TATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACCATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** * *
2676 TT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACACATTTCCTAAGGTAGGTAATCAATTATTGTCTATTTTAA
131 TTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA
* *
2740 CAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATC-A--ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
195 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * * *
2801 ATAAAGCTTTTGAAGGAAA-GGCTGAGTATAAATGGACTTGGCTTGTCAATAAATCCCTTTTTCT
260 ATAAGGCTTTTGAA-GAAATGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * ***
2865 TCACGTTTCTTGAGGTAGAC
323 ACATGTTTCACAAGGTAGAC
* * * *
2885 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AATAATGTAAAAAAATT-AAATCTAAAATTAATTTTGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA
* ** * * *
2948 TTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAGGAGACTATAAAT
65 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
3005 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1206, Mismatches: 222, Indels: 96
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 43 0.04
330 78 0.06
331 106 0.09
332 47 0.04
333 1 0.00
335 1 0.00
336 1 0.00
337 7 0.01
338 192 0.16
339 1 0.00
340 5 0.00
341 132 0.11
342 374 0.31
343 92 0.08
344 48 0.04
345 75 0.06
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGAAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTACA
TGTTTCACAAGGTAGAC
Found at i:2384 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1958--3004 Score: 1045
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
1948 CATTTAAAGC
* * * * **
1958 TTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTGCTTGCCAATGAAT-GCCTTTCTCCTGATATT
1 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATCG-CTTTTTCTTCACGTT
** * *
2022 TCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
64 TCTCTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
2087 -AGATTATGAGATTATAAAA-CAATTCAAGTGAGTAATAAGGCT
129 CA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
2129 TTTGAAGGAAT-AGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTT-CCTAGTGAATGGCTTTTTCTACACGTT
1 TTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATCGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * ** *
2192 TCAT-GAGGCA-AGCAATCAATTATAGTATGTTTGAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
64 TC-TCTAAGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
2255 ATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGTT
127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
2300 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCTCTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCTTTTTCTTCACGTTTC
* *
2365 TCTAAGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTA
66 TCTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
2430 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCT
131 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *** * *
2471 TTTGAAAGAATTG-GTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTCTTTATGTTT
1 TTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * *
2535 CTC-AACGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAATAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 CTCTAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
2599 CAATTGTGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
2642 TTTAAAGGAAT-AGGAGACCATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACACATT
1 TTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATCGCTTTTTCTTCACGTT
** * * *
2705 TC-CTAAGGTAGGTAATCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAA
64 TCTCTAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* *
2768 TC-A--ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCT
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ** * * *
2809 TTTGAAGGAAAG-GCTGAGTATAAATGGACTTGGCTTGTCAATAAATCCCTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
2873 CT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATT-AAATCTAAAA
65 CTCT-AAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAA
* * * *
2936 TTAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
2980 TTTGAAGTAAT-AGGAGACTATAAAT
1 TTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAAT
3005 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 125, Indels: 56
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 124 0.17
168 7 0.01
169 5 0.01
170 104 0.14
171 475 0.66
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCGCTTTTTCTTCACGTTTC
TCTAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
Found at i:3673 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3237--3766 Score: 486
Period size: 169 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
3227 NNNNNNNNNN
* * * *
3237 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTG-TATTTCTAGT
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC--AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGATATTTTTAGT
* ** ** * *
3301 TAAAACAGACTATAATTGAA-CATTTACCTCAAGAAATATGAA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAA
64 TAAAACAGACTATAATTGAATC-TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCGTT-GAAAA
* * *
3364 -AAAAGTTTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
127 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
* ******** * * *
3407 CTCGCTTCAAATTA-TTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ATATGTTTGG
1 CTCGCTTTAAA-TAGTTTTATA--ATCTCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGATATTTTTAG
* * *
3470 TTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCGTTGAAAAG
63 TTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCGTTGAAAAG
* ** * *
3535 AAAAGTTCATTTACAACCATCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTA
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
*
3578 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTGATATTTTTAGTTA
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGATATTTTTAGTTA
* ** * * * *
3642 AAACAGAGTATAATTGAATCTCTGTCTCAAGAAACGT-ATAG-AGAAACCTATTAGTTGAGAAGA
66 AAACAGACTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAAAC-ATTCGTTGAAAAGA
* * *
3705 AAAGTCCTTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAA-GCTTTATTA
129 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGC-TTATTA
*
3747 CTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTAT
3767 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 66, Indels: 25
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.05
169 118 0.42
170 84 0.30
171 65 0.23
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGATATTTTTAGTTA
AAACAGACTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCGTTGAAAAGAAA
AGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
Found at i:5097 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4805--7588 Score: 2627
Period size: 171 Copynumber: 16.3 Consensus size: 170
4795 AATCTCAAAA
* * * *
4805 TTGATTTTTTTTTCATTTTTTGGTTAAAACATATAGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAACCATGA
1 TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATA-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * * *
4870 AGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTT
64 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
4935 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * * *
4977 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAGTTGAATCCCTGCCTTGGGAAACATGTA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
** * * * * *
5042 GAAAAACCCATTTAGTTGG-AAGAAAAGTCCATTTCTAGTCTCCCATTCGTTCAAAAGGCTTATT
65 GAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
5106 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * ** *
5148 TTTAATTTTTTCTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAATGTAA
1 TTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * * ** *
5213 AGACACAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTACTTCAAAAGCCTTAT
64 AGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
5277 TACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATATCAAAATTAATTTTAGG
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * **
5320 TTCAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
** * *
5385 GAAAAAGAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACCCACCCATTCCATCTAAAGCCTTATT
65 GAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
5449 ACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
5491 TT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGATTGCCTTCC-TCAGGAAACGTGT
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGA
* * * * * ** * *
5554 AGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTTATTCTTTCAAAAGCCTTATC
64 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** *
5619 ACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
5661 TTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACTTTAAGAAATATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * *
5726 GAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTA
65 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
5791 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
130 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
5832 TTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * *
5897 GAAAAAGGGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCTTTATTA
65 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
5962 TTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTGAAG
130 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * * ** * * *
6003 TTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGATTGCCCGCCATGGGAAACATGTA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * * *
6068 GACAAAGCCATTCATTAGG-AAAAAAAGTCTATTTGTAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
65 GAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
6132 ACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
6174 TTGATTTTTTTTATA-TTTTGGATACAATAGACTATAATTTAATGTCTACCTCGAG-AACGTCAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * *
6237 GAGAAAGGCATTCATTGGCAAGTAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCACAAGCCTTATT
65 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * * * * *
6302 ACTAACTTCAATTGGTCTTACAATTTCATAATTGATTTTAAAC
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAG
* * * ** * * * * * **
6345 TTAAATTTTTTCATATTTTTCTTTAAAATAAATTATAATTAAATGCCTACCTTGGGAAACATCTA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * **
6410 GAAAAAGTCATTTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCTATTATTTCAAAAGCCTTAT
65 GAAAAAGGCA-TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
6474 TGCTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCCCATAATTAATTTGAAC
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* **
6517 TTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAGGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * *
6581 GAAAAATGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAATCACCTC-TTCCTTCAAAAGCCTTATT
65 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
6644 CCTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *** *
6686 TTGATTTTTTTTTTACAAAATTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAACAT
1 TTGA--ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACAT
* * *
6750 GAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTA
62 GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
*
6815 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
127 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
6859 TTAAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * * *
6923 ATAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCTTATT
64 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * *
6988 ACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * **
7030 TTGAATTGTTTTACATTTTTGGAAAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCCAGAAACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * ** *
7095 GAAACAA-GTATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCTTTATT
65 GAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
7159 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCACAAAATTGATTTTAGG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
7201 TTCAATTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGACAACAATTGAATGTTTA-CTTCAAGAAACAT
1 TTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACAT
* * ** * * *
7265 GAAGTAAAATGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTTACAAGCCTTA
62 GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *******************
7330 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
127 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * * * *
7374 TTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGATTG-CTTGCCTTGAGAAATATGT
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGA
** * * * *
7438 AGAAAAAGAAATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGTCATT-T
64 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTAT
* * * * * *
7502 TTCTCACTTAAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGG
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
7545 TTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATG
7589 ACTATCTCAA
Statistics
Matches: 2111, Mismatches: 460, Indels: 84
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 84 0.04
170 280 0.13
171 1182 0.56
172 283 0.13
173 269 0.13
174 10 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:8744 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8270--10156 Score: 1715
Period size: 172 Copynumber: 11.0 Consensus size: 172
8260 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
8270 AATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCTAGAAAACTCAATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
8335 AATCTCCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGAT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
********* * *
8399 TTTAANNNNNNNNNNTTTTTATA-TTTT--TTAAAAAAGACTAT
130 TTTAA-GTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* ** ** * *** * * *
8440 AATTGAATGTCTACATCGAGAAATATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAATCTA-TTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ********** * *
8504 AATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAACCTCAAAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * *
8569 TTAAGTTGAATATTTTTTACAAATTTGGTCAAAACAGATTAT
131 TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
** * * * * *
8611 AATTGAATGTCTACCTTGGGAACCATGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
8676 AGCCACCCATTCCTTCAAAAACCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
8741 TTAAGTTGAAT-TTTTTTATACTTTGGGTTAAAACAGACTAT
131 TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
8782 AATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * ** * * * *
8847 AGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAAATTCACT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
8912 TTAAGTTCAATATTTTTTACTTTTTTTGTCAAAACATATTAT
131 TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
8954 AATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
9019 AGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCCCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
9084 TTAAGTAGAAT-TTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
131 TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * *** * *
9125 AATTGATTATCTACCTTGAA-AAACGTGAAAAAAAACTTATTCATTCGG-AA-AAAATATCCGTT
1 AATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAA-GTCCATT
* ** * * *
9187 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAAATTC
63 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
9252 ACTTTAAGTTCAATATTTTTTACTTTTTTTGTCAAAACATATTAT
128 ATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
9297 AATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
9362 AGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAATCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * ** *
9427 TCCAGTTGATTTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGACTAT
131 TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
9469 AATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGGCTTTCATTAGCAA-AAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** *
9533 AGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
9597 TTTAAGTTGAATA-CTTTTACATGTTTGATTAAAACAGACTAT
130 TTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * *
9639 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
9704 AGTCACCAATTCCTTCAAATGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTGTATAATCTCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
** * *
9769 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTCATTAAATCAGAGTAT
130 TTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * ** * *
9811 AATTGAATGTCTACCCTGAGAAAAGTTAAGAGAAACCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * **
9875 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTGTTACTCGCTTTAACTGGAGTTATAATCTCATAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
9940 TGGT-GGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTAT
130 T-TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* ** * * * * ***
9983 AATTAAATGTCTAGATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTTATAACCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** *
10048 AGTTACCCATTCCTTCAAAA-TCTATATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGAT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
*
10112 TTTAAGCT-AA-ATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
130 TTTAAGTTGAATAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
10154 AAT
1 AAT
10157 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1385, Mismatches: 307, Indels: 49
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 58 0.04
170 117 0.08
171 523 0.38
172 675 0.49
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
Found at i:8955 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8270--10156 Score: 1866
Period size: 343 Copynumber: 5.5 Consensus size: 341
8260 NNNNNNNNNN
* * ** * * * * *
8270 AATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCTAGAAAACTCAATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
8335 AATCTCCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGAT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
******** * * * **
8399 TTTAANNNNNNNNNNTTTTTATA-TTTT--TTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACATCGAGA
130 TTTAA--GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
* * * * * *
8461 AATATAAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAATCTA-TTATAATCACCTATTCCTTCAAAAG
193 AACATAAAGAAAAA-ACATTCATTGG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAG
********** * * *
8525 CCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACA
256 CCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATATTTTTTACA
** *
8590 AATTTGGTCAAAACAGATTAT
321 TTTTTTGTCAAAACAGATTAT
** *** * *
8611 AATTGAATGTCTACCTTGGGAACCATGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
8676 AGCCACCCATTCCTTCAAAAACCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
8741 TTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC
131 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* *
8806 ATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCT
196 ATAAAGAAAAAA-CATTCATTGG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
8871 TATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAAATTCACTTTAAGTTCAATATTTTTTACTTTT
259 TATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTT
*
8936 TTTGTCAAAACATATTAT
324 TTTGTCAAAACAGATTAT
* * * *
8954 AATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
9019 AGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCCCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
9084 TTAAGTAGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATTATCTACCTTGAA-AAA
131 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAA
* * * **
9148 CGTGAA-AAAAAACTTATTCATTCGGAA-AAAATATCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
195 CATAAAGAAAAAAC--ATTCATT-GGAAGAAAA-ATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAG
* * *
9211 CCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAAATTCACTTTAAGTTCAATATTTTTTACT
256 CCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATATTTTTTACA
*
9276 TTTTTTGTCAAAACATATTAT
321 TTTTTTGTCAAAACAGATTAT
* * * * *
9297 AATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
9362 AGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAATCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * ** * * *
9427 TCCAGTTGATTTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
131 TTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * *
9492 CATGAAA-AAAAAGGCTTTCATTAGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGC
195 CAT-AAAGAAAAA-ACATTCATT-GGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGC
* * * * * *
9555 CTTATTACTC-GTCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA-CTTTTACA
257 CTTATTACTCACT-TTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATATTTTTTACA
* * *
9618 -TGTTTGATTAAAACAGACTAT
321 TTTTTTG-TCAAAACAGATTAT
* *
9639 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
9704 AGTCACCAATTCCTTCAAATGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTGTATAATCTCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
** * * * *
9769 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAATCAGAGTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAA
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* ** * * * * *
9834 -AGTTAAGAGAAACCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGT
195 CA-TAAAGA-AAAAACATTCATT-GGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * *
9898 CTTGTTACTCGCTTTAACTGGA-GTTATAATCTCATAATTGA-TTGGT-GGTTCAATTTTTTTTA
257 CTTATTACTCACTTTAAAT-TATTTTATAATCTCAAAATTGACTT--TAAGTTCAATATTTTTTA
* * *
9960 CATTATTGGTTAAAACAGATTAT
319 CATTTTTTGTCAAAACAGATTAT
* ** * * * *** *
9983 AATTAAATGTCTAGATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTTATAACCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * ** *
10048 AGTTACCCATTCCTTCAAAA-TCTATATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGAT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
10112 TTTAAGCTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
10157 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1296, Mismatches: 221, Indels: 56
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 4 0.00
341 123 0.09
342 258 0.20
343 702 0.54
344 189 0.15
345 11 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
ATAAAGAAAAAACATTCATTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTT
TGTCAAAACAGATTAT
Found at i:9260 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 8548--10156 Score: 1662
Period size: 514 Copynumber: 3.1 Consensus size: 507
8538 NNNNNNNNNN
* * ** * *
8548 TTTATAA-CCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACAAATTTGGTCAAAACAGATTATA
1 TTTATAATCC-CATAATTGATTTTAAGTAGAATA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
** * * ** * *
8612 ATTGAATGTCTACCTTGGGAACCATGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
64 ATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAA-AAAAAACTATTCATTGG-AA-AAAAATCTATTTATA
* * *
8677 GCCACCCATTCCTTCAAAAACCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
126 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** *
8742 TAAGTTGAATTTTTTTATACTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACA
191 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-A
* * *
8807 TAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTT
255 TAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
8872 ATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAAATTCACTTTAAGTTCAATATTTTTTACTTTTT
320 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTT-AGTTCAATTTTTTTTACTTTTT
* * * * * *
8937 TTGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAATAAAAAGGCATTCATTGGT
383 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTAGC
* * *
9002 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGT
448 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGT
9063 TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAAT-TTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * **
9127 TTGATTATCTACCTTGAAAAACGTGAAAAAAAACTTATTCATTCGGAAAAAATATCCGTTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAAAAAAAC-TATTCATT-GGAAAAAA-ATCTATTTATAG
** * * * *
9192 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAAATTCACTTT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
9257 AAGTTCAATATTTTTTACT-TTTTTTGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAAT
192 AAGTTGAAT-TTTTTTA-TATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-
* * * * * *
9321 GTGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCT
254 ATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * **
9386 TATTAATCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTCCAGTT-GATTTTTTTTTGTATT
319 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT--AGTTCAATTTTTTTTACT-TT
* * ** *
9450 TTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT-TTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGGCTTTCATT
381 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATT
* * *
9514 AGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTCTTAAATTGT
445 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTAAATGGT
* * * * *
9577 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATACTTTTACATGTTTGATTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
*
9642 TGAATGTCTACCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTAT
66 TGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAA-AAAAAA-CTATTCATTGGA-AA-AAAA-TCTATTTAT
* * * * * *
9704 AGTCACCAATTCCTTCAAATGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTGTATAATCTCATAATTGATT
125 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * *
9769 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAATCAGAGTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAA
189 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * ** * * *
9834 AGTTAAGAGAAACCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGT
254 A-TAAAGAAAAAAGCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
9898 CTTGTTACTCGCTTTAACTGGA-GTTATAATCTCATAATTGATTGGTGGTTCAATTTTTTTTACA
317 CTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATT--TAGTTCAATTTTTTTTACT
* * *** ** * * *
9962 TTATTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTTAT
379 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCAT
* * * * *
10027 AACCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAA-TCTATATTACTCTTTTTAAATG
444 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTC-GTTTAAATG
10090 GT
506 GT
** *
10092 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTA-AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG-TAGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
10156 T
65 T
10157 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 164, Indels: 64
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 2 0.00
513 20 0.02
514 515 0.57
515 354 0.39
516 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAAAAAAACTATTCATTGGAAAAAAATCTATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAATAAAGA
AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGGT
Found at i:16774 original size:172 final size:174
Alignment explanation
Indices: 16471--16817 Score: 429
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
16461 NNNNNNNNNN
*
16471 AAATCAATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGAAGAC
1 AAATCAATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGAC
* * * * * *
16536 TATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTGTACATGTTTCTTGAGGCAAGCAATCAAT
66 TATAAATAGACTTTTCTACTCAATGAATAGCTTTTTCTACACGTTTCATGAGGCAAGCAATCAAT
* * *
16601 TATTATCTATTTTAA-CAAAAAAATATAAAAATAATT-AACTTA
131 TATAATCTATTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAAAATTGAACTTA
* **
16643 AAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 AAATCAATTATCAGATTATAAAA-CAATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAG
** * * *
16706 ACTATAAATAGACTTTTCCTAC-CAATGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCATG-GTG-TAGACAT
64 ACTATAAATAGACTTTT-CTACTCAATGAATAGCTTTTTCTACACGTTTCATGAG-GCAAG-CAA
*
16768 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAAAATTGAACTTA
126 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAAAATTGAACTTA
16817 A
1 A
16818 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 19, Indels: 12
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.02
172 115 0.77
173 24 0.16
174 7 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (174 bp):
AAATCAATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGAC
TATAAATAGACTTTTCTACTCAATGAATAGCTTTTTCTACACGTTTCATGAGGCAAGCAATCAAT
TATAATCTATTTTAACCAAAAAAATAAAAAAAAAATTGAACTTA
Found at i:18561 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 17895--18843 Score: 1054
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 343
17885 ATTTTTGGTC
* * * * *
17895 AAAACAGACTAGAATTGAATGACTACCTCGAGAAACATGAAGAAACAAGCATCCATTG-GCAAGA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGAATTCATTGAG-AAAA
*
17959 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAAC
65 AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAAC
* * * * *
18024 CACAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAACAATAATTGAA
130 CTCAAAA-TGATTTTAGGTTCAA---TTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAA
** * * * * *
18089 TGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
191 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * *
18154 CATTATTTTAAAAGCCTCATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTT
256 CATTACTTCAAAAGCCTCATTACTTTCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTCATTCTAAGTT
18219 GAA-TTGTTTTACA-TTTTTCATT
321 GAATTTGTTTTACAGTTTTT-ATT
* * * ** * *
18241 AAAACATACTATAATTGATTG-CTTATCTCGTGAAACATGTAGTAA-AAGAAATTCATTGAGAAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGAC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAG-AATTCATTGAGAAA
* * *
18304 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAA-AGTTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGA-TTTTATA
* * * * * * *
18368 ATCTCATAATGGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAAT
128 ACCTCAAAAT-GATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAAT
* * * *
18432 GTCTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCC
192 GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * ** * *
18497 ATTCCTTCAAAAG-CT-TTTTTTTTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTCTAAGT
257 ATTACTTCAAAAGCCTCATTACTTT--CTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTCATTCTAAGT
*
18560 TGAATTTGTTTTACAGTTTTTGTT
320 TGAATTTGTTTTACAGTTTTTATT
* * ** * * *
18584 AAAATAGACTATCATTGAATGACTACCTCAAGAAATGTGAAGAAACAAGCATTCATTGATAAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGAATTCATTGAGAAAAA
* *
18649 AAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
66 AAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAAC
* * *
18713 CTCAAAATTATTTTTCGGTTCAATTTTTTTTTACAATTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
130 CTCAAAATGA-TTTTAGGTTCAA-TTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
* * *
18778 TCTATCCATTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
193 TC--T--A--CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
18843 C
252 C
18844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 83, Indels: 39
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 2 0.00
342 138 0.28
343 126 0.25
344 10 0.02
345 45 0.09
346 120 0.24
347 2 0.00
349 1 0.00
351 49 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
AAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGAATTCATTGAGAAAAA
AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAACC
TCAAAATGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCT
ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTA
CTTCAAAAGCCTCATTACTTTCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATT
TGTTTTACAGTTTTTATT
Found at i:18681 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17885--18843 Score: 877
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
17875 NNNTTTTTTT
* * * *
17885 ATTTTTGGTCAAAACAGACTAGAATTGAATGACTACCTCGAGAAACATGAAGAAACAAGCATCCA
1 ATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCA
* * * * *
17950 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGA
64 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
18015 TTTTATAACCACAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTTTAC
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTGTTTTAC
* * * * * * * *
18060 ATTTTTGGATAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAATGTATTCA
1 ATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCA
* * ** * * ** *
18125 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTATTTTAAAAGCCTCATTACTTTCTTTAAATAG
64 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
18190 TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTAC
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
* * * * * * * * *
18231 ATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGATTG-CTTATCTCGTGAAACATGTAGTAAAAGAAATTC
1 ATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGAC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTC
* * * * *
18295 ATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAA
63 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
18359 AGTTTTATAATCTCATAATGGACTTTAAGTTGAATTT-TTTTAC
127 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
* * * * *
18402 AATTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGGCATTCA
1 -ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCA
* * * * * **
18467 TT-AGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTTTTTTTCGCTTTAAATG
64 TTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
18531 GTTTTACAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTGTTTTAC
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
* * * *
18574 AGTTTTTGTTAAAATAGACTATCATTGAATGACTACCTCAAGAAATGTGAAGAAACAAGCATTCA
1 A-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCA
* * * *
18639 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
64 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * ** * *
18704 TTTTATAACCTCAAAATT-ATTTTTCGGTTCAATTTTTTTTTAC
129 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTGTTTTAC
* * * *
18747 AATTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCCATTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACA
1 -ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTA-CC--T-C--GAGAAACGTGAAGAAAAA-G
** *
18812 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
58 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
18844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 127, Indels: 44
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.01
171 262 0.41
172 142 0.22
173 41 0.06
174 3 0.00
175 128 0.20
176 4 0.01
177 1 0.00
178 2 0.00
179 43 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATT
GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
Done.