Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403082.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_748.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 14482 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:11070 original size:171 final size:160
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Indices: 10772--11081 Score: 277
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10762 NNNNAAATCA
* * * * *
10772 AATTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAAGTGACTAGAAA
1 AATTTGAGATTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTAGAAA
* * * *** * *
10837 TGGACTTATCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAAT
66 TAGACTTATCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAACAGACATTCAATTATAAT
10902 ATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATT
131 ATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAA----------AAATT
*
10942 AATTATGAGATTAT-AAAGTCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTATG
1 AATT-TGAGATTATAAAACT-ATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTA-G
* * * *
11006 -AATAGATTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAACAGACATTCAATT
63 AAATAGACTTATCTTGC-CAATAAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAAACAGACATTCAATT
* *
11068 ATAGTCTGTTTTAA
126 ATAATATGTTTTAA
11082 TAAAAAATGT
Statistics
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AATTTGAGATTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTAGAAA
TAGACTTATCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAACAGACATTCAATTATAAT
ATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAAAATT
Found at i:22007 original size:170 final size:170
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Indices: 21520--22032 Score: 563
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21510 NNNNNNTTTG
* * *
21520 AATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATTACTGGTTAAAACATAT
1 AATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGAT
* * *
21585 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGACACATAAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGGCACATAGAGAAAAAGGCATTTATT-GCAAGAAAAGTCCATT
* * *
21650 TATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTA
130 TATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
**********
21691 AATGGCTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTTAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGAT
1 AATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
21756 TATAATTAAATG-CTTATCTCTA-GAAAAGT-GAAGAAAAAGGTATTTATTGATAAG-AAAGTCC
66 TATAATTGAATGTC-TACCTCGAGGCACA-TAG-AGAAAAAGGCATTTATTG-CAAGAAAAGTCC
*
21817 ATTTATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACCCACTTTA
127 ATTTATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
21861 AATGGTTTTATAATCTGA-AATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AATGGCTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGA
* *
21925 TTACAATTGAATGTCTACCTC-AGGCACATAGAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGGCACATAGAGAAAAAGGCATTTATT-GCAAGAAAAGTCCAT
* * ** *
21989 TTATAGCCCCCCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACTCTCTTTA
129 TTATAGTCACTTATTCCTT-AAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
22031 AA
1 AA
22033 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 54, Indels: 23
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AATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTCGAGGCACATAGAGAAAAAGGCATTTATTGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
Found at i:22891 original size:173 final size:171
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22255 AACCAGATTG
* ** * * ** *
22265 TAATTGAATGACTACCTCGAGAAATGTG-TGAAAAAACCTATTTATATGGAAGAAAAGCCTATTT
1 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA-CTATTTATTTACAAGAAAAGTCTATTT
* * ** *
22329 ATAG---CCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACCTTATAATCTCATAATTGA
65 ATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * **
22391 TTTTAAGCTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAACACCTACTA
130 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
* * * ** *
22432 TAATTAAATG-CTTACCTCGGGAAACGT-ATAG-AAAAACTCATTTATTTTGAAGAAAACTGC-A
1 TAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAACT-ATTTATTTACAAGAAAAGT-CTA
* * * * *
22493 TTGATAGTCTCCCATTACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
62 TTTATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
* * *
22558 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACCA
127 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
* * * * * * *
22603 TAATCGACTGTCCACCT-TATGAAACGA-GAA-AAAATAAGC-ATTCA-TTAGCTAGAAAAGTCC
1 TAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAAC-ATGAAGAAAA-AA-CTATTTATTTA-CAAGAAAAGTCT
** * * * *
22663 ATTTATAGTCAT-ATATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCTATTTTAAATGGTTTTATTATCTCAA
61 ATTTATAGTC-TCCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGATTTTATAATCTCAA
* * * *
22726 AATTAATTTTATGTTCAATTATTGTTACATTTTTGGTTAAGACAAACTA
124 AATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
*
22775 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTTATTTACAAGAAAAGTCTATTTA
1 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTTACAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
22840 CAGTCTCCCATTTACTTCAAAAGCTTTATTACTTATTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGA
66 TAGTCTCCCA-TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGA
* *
22905 TTTTATGTTCAGTTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
130 TTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
22948 TAATTGAAT
1 TAATTGAAT
22957 CTCATAATTA
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 70, Indels: 54
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.01
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TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTTACAAGAAAAGTCTATTTA
TAGTCTCCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAT
TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
Found at i:22984 original size:63 final size:61
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22882 TGATTTTATT
* * * * *
22892 ATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
1 ATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCA-ATTTTTT-ACATTATCGGTTAAAACAAACTATAATTGA
* * * *
22955 ATCTCATAATTAATTTTAGGTTTAATTTTTTACGTTATCGGTTAAAACAAATTATAATTGA
1 ATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCAATTTTTTACATTATCGGTTAAAACAAACTATAATTGA
23016 AT
1 AT
23018 GTCTACCTTG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 9, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
61 28 0.52
62 6 0.11
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ATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCAATTTTTTACATTATCGGTTAAAACAAACTATAATTGA
Found at i:23246 original size:171 final size:170
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Indices: 22954--23827 Score: 700
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22944 ACTATAATTG
* * * * * *
22954 AATCTCATAATTAATTTTAGGTTT-AATTTTTTACGTTATCGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
* * *
23018 GTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGACATTTATT-AGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCAT
66 GTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAT
* *
23081 CTATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
23124 AATCTCA-AACTTAATTTTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACT-ATTAA
1 AATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA-TAATTGA
* * *
23187 ATGTCTACCTTATGACACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTC-T
64 ATGTCTACCTTA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
** *
23251 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTAT
128 -CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * * *
23295 AATCTTATAATTATTTTTAAG-CTGAATTTTTTATATTTTTCGTTAACACATACTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
* * * * ** * * *
23359 G-CTTGCCTTGAGAAATGTGTAGAATAACCCATTTATTTGA-AAGAAAACTCCATTTATAGTC-T
66 GTC-TACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* * *
23421 CCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTAT
128 -CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * * * * *
23465 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACCATAATTGACT
1 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
* * * * * * *
23530 GTCCACCTTATGAAACATGAA-AAAATAAGCATTCATTAACTAGAAAAGT-TCATTTATAGTAAC
66 GTCTACCTTA-GAAACGTGAAGAAAA-AGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAT
* * * * *
23593 CCATTCCTTCGAAAGCCTGATTACCCATTTTAAATGGTTTTCTT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-AT
* * * * * * *
23637 AA-CTCAAAATTGATTTT-AGGTTCAATTATTGTTACATTTGT-ATTAAGACAAACTATAATTGA
1 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTTC-ATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
* ** * * * *
23699 ATGTTTACCTCGGGAAACATGGAGAAAAAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-
64 ATGTCTACCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
* *
23763 CTTATTCTTACTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
128 C-CATTC---CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
23810 TATCTCAAAATTGATTTT
1 AATCTCATAATTAATTTT
23828 GTGTTAAGGT
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 112, Indels: 56
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 165 0.29
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173 2 0.00
174 45 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
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AATCTCATAATTAATTTTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
GTCTACCTTAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:23979 original size:19 final size:21
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Indices: 23955--23996 Score: 61
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23945 TCGAGAAACG
*
23955 TGACAA-AAAAG-GTATTTAT
1 TGACAACAAAAGTCTATTTAT
23974 TGACAACAAAAGTCTATTTAT
1 TGACAACAAAAGTCTATTTAT
23995 TG
1 TG
23997 TCCCCTATTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
19 6 0.30
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.14, T:0.33
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TGACAACAAAAGTCTATTTAT
Found at i:24076 original size:234 final size:235
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23634 CTTAACTCAA
* * *
23644 AATTGATTTTAGGTTCAATTATTGTTACATTTGTATTAAGACAAACTATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAGGTTCAATTATTGTTACATTTGTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACAT
* * * * *
23709 CGGGAAACATGGAGAAAAAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCTTAC
66 CGAGAAACATGGACAAAAAAGCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTC-T-C
* * **
23774 TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTGTGTTAAGGTT
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAGGTT
23839 TTTTAACAATTTTAGGTCAAACAGACTATAATTAAATATCAT
194 TTTTAACAATTTTAGGTCAAACAGACTATAATTAAATATCAT
** * *
23881 AATTGATTTTAGGTTTGATT-TTTTTACATTAT-TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
1 AATTGATTTTAGGTTCAATTATTGTTACATT-TGTA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
23944 ATCGAGAAACGT-GACAAAAAAGGTATTTATTGACAACAAAAGTCTATTTATTGTCCCCTATTC-
64 ATCGAGAAACATGGACAAAAAA-GCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCT
*
24007 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTCAA-G
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAGG
24071 TTTTTTA
192 TTTTTTA
24078 CATTTTTGGT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 22, Indels: 11
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
234 63 0.37
235 2 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (235 bp):
AATTGATTTTAGGTTCAATTATTGTTACATTTGTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACAT
CGAGAAACATGGACAAAAAAGCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTCTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAGGTTTT
TTAACAATTTTAGGTCAAACAGACTATAATTAAATATCAT
Found at i:24180 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 23877--25468 Score: 1364
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 169
23867 TAATTAAATA
* * * * * *
23877 TCATAATTGATTTTAGGTTTGATTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
23942 ACATCGA-GAAACGTGACAAAAAAGGTATTTATTGACAACAAAAGTCTATTTATTGTC-CCCTAT
65 ACCTC-ATGAAACATGA-GAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-AT
24005 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
24048 TCA-AATTTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTC
1 TCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * *
24112 CACCTCATGACACATAGAGAAAAAGGCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATT
64 TACCTCATGAAACAT-GAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* *
24177 CCTTAAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATC
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** * * *
24219 TCATAATTAATTTTAAGCT-AACTTTTTTAGATTTTTTATTGAAATAGAC--T--GT-AAT-T-T
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * ** * ** *
24276 ACCTCGA-GAAACGTGTGAAAAAATCCATTTATTTGA-AAAAAAAGTATATTTATAGTCTCCCAT
65 ACCTC-ATGAAACATGAG-AAAAAGGCATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * *
24339 TCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
24382 TCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATAGTTTTCGTTAACAC-GTACTATAATTAAATG-CT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTC-
* ** * * * **
24445 TACC-C-TGGGAAACGTGTA-AAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCCA
64 TACCTCAT--GAAACATG-AGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
24507 CTACTTCAAAAG-CTTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
126 TTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
24551 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-GAACCATAATTGAAAGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
24615 CACCTTATGAAACATGAAAAAATATGCATTCATT-AGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAT
64 TACCTCATGAAACATGAGAAAA-AGGCATTTATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** * *
24679 TTATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATA
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * ** *
24722 TCA-AATTTGATTTTAAGTTTAAATTTTTT-TATATTTTGGTTAAAACAGTTTACAATTGAATGT
1 TCATAA-TTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * *
24785 CTACCTCATGACACGTAGAGAAAAAGGCATTCT-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCA
63 CTACCTCATGAAACAT-GAGAAAAAGGCATT-TATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
24849 TTCCTTCAAAAGCCTTATTTCACGCTTTAAATGCTTTTATAATC
126 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** *
24893 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGAAT-TCCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-CT
* * * * * * * *
24957 GCCTCGA-AAAACATGTGGAAAAA-CCTATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
65 ACCTC-ATGAAACATG-AGAAAAAGGC-ATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
*
25020 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
25063 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAAAG-CTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T
** ** * *
25127 ACCTC-TAGAAATGTGTA-AAAAACCCATTTATTTGA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
65 ACCTCAT-GAAACATG-AGAAAAAGGCATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
25188 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
25231 TAATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAAGAGACTATAATTGATTGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
25296 ACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAATGTATTCATTTG-GAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCAT
65 ACCTC-ATGAAACATG-AGAAAAAGGCATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * *
25359 TTCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAAAGGTTTTATAATC
127 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** *
25402 TCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-ATTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATG
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACA--TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
25466 TCT
62 TCT
25469 CCTATTCCTT
Statistics
Matches: 1161, Mismatches: 196, Indels: 126
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 115 0.10
164 8 0.01
165 4 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 95 0.08
169 151 0.13
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171 428 0.37
172 33 0.03
173 30 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
CCTCATGAAACATGAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
Found at i:25573 original size:115 final size:114
Alignment explanation
Indices: 25361--25583 Score: 277
Period size: 115 Copynumber: 1.9 Consensus size: 114
25351 TCACCCATTT
* *
25361 CTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTTAAGTTCAATT
* * * *
25426 TTTTTTAATTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCTATTC
66 TTATTTAA-TATTTTGACTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTCCTATTC
* * * * * *
25476 CTTCAAAAGCGTTATTGGTCACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTTAAGTTCAATT
** *
25541 TTGATTTACA-ATTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCT
66 TT-ATTTA-ATATTTTGACTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT
25584 ACCTCAAGAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 15, Indels: 4
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
115 86 0.95
116 4 0.04
117 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (114 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTTAAGTTCAATT
TTATTTAATATTTTGACTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTCCTATTC
Found at i:25718 original size:288 final size:285
Alignment explanation
Indices: 25186--25755 Score: 646
Period size: 288 Copynumber: 2.0 Consensus size: 285
25176 ATAGTCTCTC
* * *
25186 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTAATAATTGATTTTGAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATCCCAATAATTGATTTTGAGTTC
* * * * * *
25251 AATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAAGAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA
66 AATTGATTTACAATTTTGCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
* * *** * * *
25316 AAATGTATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTTCTC
131 AAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTCAATACTC
* * * **
25381 ACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAATTTTTTTGA-CT
196 ACTGTAAAAGGCTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTAACATTTTTGATC-
*
25445 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTCCT
259 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCT
* ** *
25472 ATTCCTTCAAAAGCGTTATTGGTCACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAA-AATTGATTTT-ATGT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-TATCCCAATAATTGATTTTGA-GT
* * *
25535 TCAATTTTGATTTACAATTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
64 TCAA--TTGATTTACAATTTTGCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * * *
25600 ATAAAAAAGCATTTC-TTAACAAGAAATGTCTATTTATAGTCTCTCA-TTCATTCAAAAGCCTCA
127 AGAAAAAAGCA-TTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTCA
* * * * * * *
25663 ATACTGACTGTAAATGGCTTTATTATTTCAAAACTGATTTTAGGTTCAGTTTTTTTAACATTTTT
190 ATACTCACTGTAAAAGGCTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTT
*
25728 GATCAAAACTGACTATAATTGAATGTCT
255 GATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
25756 ACCTCGTGAA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 43, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
285 1 0.00
286 51 0.22
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288 132 0.56
289 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (285 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATCCCAATAATTGATTTTGAGTTC
AATTGATTTACAATTTTGCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
AAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTCAATACTC
ACTGTAAAAGGCTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGATCAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTCCT
Found at i:26022 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25471--26417 Score: 887
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
25461 GAATGTCTCC
* ** * * * * *
25471 TATTCCTTCAAAAGCGTTATTGGTCACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
25536 CAATTTTGATTTACAATTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
66 CAATTTT--TTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* * * * *
25601 TAAAAA-AGCATTTCTTAACAAGAAATGTCTATTTATAGTCTCT
129 GAAAAATA-CATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CT
* * * * * * * * * * *
25644 CATTCATTCAAAAGCCTCAATACT-GACTGTAAATGGCTTTATTATTTCAAAACTGATTTTAGGT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * **
25708 TCAGTTTTTTTAACATTTTTGATCAAAACT-GACTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACAT-A
65 TCAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA-TAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * * * *
25771 AGGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTAAAGTCTT
128 A-G-AAAAATA-CATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCT
* * *
25817 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
1 -TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * *
25882 TTAATTTTTTTACATCATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
65 TCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* *
25947 AAAAATATATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACT
130 AAAAATACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CT
* *
25989 TATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTCATTTTAAG
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAG
* * * *
26052 TTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCATG--ACATGTA
64 TTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-A
*** * * *
26115 GAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
128 -AGAAAAATACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CT
*
26160 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * * **
26225 -AACCTTTTTAGATTTTTTGTTAAAATTGACTGTAATTGAATGAT-TACCT-AGGGAAACATGTG
66 CAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-TCTACCTCA-AGAAACATGAA
* * *
26287 GAAAAATCCATTTATTTG-GAAGAAAAGTCTATTTATAGT-CT
129 GAAAAATACATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCT
* *
26328 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAG
1 T--ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
26393 TT-AAATTTTTTACATTTTTCGTTAA
64 TTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
26418 CACATACTGT
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 109, Indels: 51
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 6 0.01
170 153 0.24
171 232 0.36
172 56 0.09
173 103 0.16
174 89 0.14
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
CAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
AAAATACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCT
Found at i:26835 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26561--27021 Score: 487
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
26551 GAAATGTTAA
* * * *
26561 AAAATAAGCATTCATTTTCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTC-AAAATCCTTATT
1 AAAA-AAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAAT-CTTATT
* * * * **
26625 ACCCATTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAAATGATTTTATGTTCAATTATTGTTACACTTTTGG
64 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTATGTTCAATT-TT-TTACACTTTTAA
** **
26690 TTAAGGCAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAG
126 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
*
26734 AGAAAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA-TTCTTTCAAAAATCTTATTA
1 AAAAAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTC-TTCAAAAATCTTATTA
* *
26798 CTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCGAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTTTCAACATTTTTAA
65 CTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTC-AAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT--ACACTTTTAA
* * **
26862 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAACATGAAG
126 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
*** * * * * *
26906 AAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTCATAGCCTCTCATTTCTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAAAAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAATCTTATTAC
* * * * * *
26971 TCGCTTTGAATAGCTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTTAATTTTTT
66 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
27022 TACATTATNN
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 38, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 7 0.03
172 221 0.91
173 12 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAAGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAATCTTATTAC
TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTACACTTTTAATTAAA
ACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
Found at i:28223 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27924--28640 Score: 440
Period size: 173 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
27914 ATTTTTTAAC
* * ** * *
27924 TAAGACAGATTATAATTGAATGTCTACATTTAGAAACGTGAAG-AAAATGGCATTCATTAGA-AA
1 TAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGG-ATTCA-TAGACAA
* * * * * * * *
27987 GAAAAATCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTGAAAATCGTTATTGATCACTTTAAGTGGTTTTATT
64 G-AAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCATTCAAAAGCCTTATTGATCACTGTAAATAGTTTTATT
*
28052 ATCCCAAAACTGATTTTATATTCAATTTCATTTT-ACATTTTTAGT
128 ATCCCAAAACTGATTTTAGATTCAATTT--TTTTAACATTTTTAGT
* * *
28097 TAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGGATTCCTGGACAAGA
1 TAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGGATTCATAGACAAGA
* * *
28162 AATGTCCATTTATAGTCTCCCATTCATTCAGAAGCCTTATT-ACTGACTGTAAATAGTTTTATTA
66 AA-ATCCATTTATAGTCTCCCATTCATTCAAAAGCCTTATTGA-TCACTGTAAATAGTTTTATTA
* * * * * *
28226 TCTCAAAATTGATTTTAGGTTTAGTTTTTTTAATATTTTTAGT
129 TCCCAAAACTGATTTTAGATTCAATTTTTTTAACATTTTTAGT
* * * ** * * *
28269 CAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACACAAGGAAAAAAAGCATTCATTGACAAG
1 TAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAG-AAAAAAGGATTCATAGACAAG
*** * * * * ****
28334 AACAATCCATTTATAGTCTTCTGTTTC-TTC-AAAGCCTTATT-AGTCGCTTTAAATGGCTNNNN
65 AA-AATCCATTTATAGTC-TCCCATTCATTCAAAAGCCTTATTGA-TCACTGTAAATAGTTTTAT
****** * * * * *
28396 NNNNNNATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTT-ATATTGTTT-GT
127 TATCCCAAAACTGATTTTAGATTCAATTTTTTTAACATT-TTTAGT
* * * * * *
28440 TAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGACATTTATTAG-CTA
1 TAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAG-GATTCA-TAGAC-A
* * * * * **
28503 A-AAAATTTCATTTATGGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACT-TCAAAGGGTTTT
63 AGAAAA-TCCATTTATAGTCTCCCATTCATTCAAAAGCCTTATTGA-TCACTGT-AAATAGTTTT
* * ** * *
28565 ATAATCTCAAATTTAATTTTA-AGCTCAATTTTTTT-ACATTTTTAGT
125 ATTATCCCAAAACTGATTTTAGA-TTCAATTTTTTTAACATTTTTAGT
* * *
28611 TAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTC
1 TAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC
28641 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 99, Indels: 38
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.03
170 26 0.06
171 126 0.30
172 102 0.24
173 149 0.35
174 12 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAAGACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGGATTCATAGACAAGA
AAATCCATTTATAGTCTCCCATTCATTCAAAAGCCTTATTGATCACTGTAAATAGTTTTATTATC
CCAAAACTGATTTTAGATTCAATTTTTTTAACATTTTTAGT
Found at i:30139 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 29834--30911 Score: 753
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
29824 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * * * * *
29834 TTTTAGGTTTAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGCTTATGTACCTTGAGAA
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-ACTATAATTGAATGTCTATCTCGTGAA
* * * * ** *
29899 ATGTGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGATCAGTCCATTTATAGTCAC-C-TATATCTTCGAAA
65 ACGTG-AGAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-TA-CTTC-AAA
* *
29962 A-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTGA-AATTTGA
126 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGA
* * * * *
30005 TTTTAAGTTTAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAATAATTTACAATTGAATGTCTATCTCGTGAC
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAA-CTATAATTGAATGTCTATCTCGTGAA
* * *
30069 ACGTAGAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
65 ACGT-GAGAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTACTTCAAAAGC
30134 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTT-A
129 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGA
** * * ** * * *
30175 TTTTAAGTT-GGTCTTTTTAGATTTTTTATTAAAATAAACTGTAATTGAATG-CTTACCTCGGGA
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-AACTATAATTGAATGTC-TATCTCGTGA
* * * *
30238 AACGT-ATGAAAAAACTCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCTATTTA-AGTCTC-CTATTTCTTCAA
64 AACGTGA-G-AAAAACACATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTACTTCAA
* *
30299 AAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGA
125 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGA
* * * * *
30344 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTGACACAT-ACTATAATTAAATG-CT-TGGCTTG-
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTT-A-AAATAACTATAATTGAATGTCTAT--CTCGT
* * * * * * * * *
30404 GAAATC-TGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCCCATTACTTCGA
62 GAAA-CGTG-AGAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTACTTCAA
* *
30468 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTAG-
125 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGA
* * * * * *
30513 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACCAAAATTGAAAGTCCGCAT-T-GTG
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-ACTATAATTGAATGT-C-TATCTCGTG
* * ** * * *
30576 AAACATGA-AAAAATAAGCATTCATT-AGGTAGGAAAGT-TCATTTATGGTCACTCATTCCTTCA
63 AAACGTGAGAAAAA-CA-CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTACTTCA
* ** * *
30638 AAAGCCTTATTAC-CGATTTTAAATAATTTTATTATCTCA-AAATTGA
124 AAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGA
* ** * * * **
30684 TTTTATGTTCAATTATTGCTACATTCTTAGTTAAGACA-AACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 TTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAA-A-ATAACTATAATTGAATGTCTATCTCGTG
* * *
30748 AAACGTGACGAAAAA-AGCATTCATTTACAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCTCTCATTTACTTCA
63 AAACGTGA-GAAAAACA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCA-TTACTTCA
* * *
30811 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTATTATCTCA-AAATTGA
124 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGA
* * *
30856 TTTTATGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCT
1 TTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATA-ACTATAATTGAATGTCT
30912 GCTTTGAGAA
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 118, Indels: 107
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 38 0.05
169 181 0.25
170 218 0.30
171 127 0.17
172 129 0.18
173 31 0.04
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAACTATAATTGAATGTCTATCTCGTGAAA
CGTGAGAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTACTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTGA
Found at i:30340 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29931--30908 Score: 688
Period size: 169 Copynumber: 5.7 Consensus size: 169
29921 TGGCAAGATC
* * *
29931 AGTCCATTTATAGTCACCTATATCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCTCCTATTTCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * ** *
29995 TGA-AATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTT-TATATTTTGGTTAAAATAATTTACAATTGAATG-T
65 TCATAATTT-ATTTTAAG-TTGATTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGCT
* * * * * *
30057 CTATCTCGTGACACGTAGAGAAAAAGACATTCA-TTGATAAGAAA
127 -TACCTCGGGAAACGTAGA-AAAAACACATTTATTTGAGAAGAAA
* * *
30101 AGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
30165 TCATAATTTATTTTAAGTTGGTCTTTTTAGATTTTTTATTAAAATAAACTGTAATTGAATGCTTA
65 TCATAATTTATTTTAAGTTGAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGCTTA
*
30230 CCTCGGGAAACGTATGAAAAAACTCATTTATTTGA-AAGAAA
129 CCTCGGGAAACGTA-GAAAAAACACATTTATTTGAGAAGAAA
* * *
30271 AGTCTATTTA-AGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * **
30335 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTGACACATACTATAATTAAATGCTTGG
66 CATAATTTATTTTAAGTTG-ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGCTTAC
* *
30400 CT-TGGAAATCTGTAG-AAAAACCCATTTATTT-AGAAGAAA
130 CTCGGGAAA-C-GTAGAAAAAACACATTTATTTGAGAAGAAA
* * * * *
30439 ACTCCATTTATAGTCTCCCATTACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCT
1 AGTCCATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
30504 CATAA-TTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACCAAAATTGAAAG--T
66 CATAATTTA-TTTTAAGTTG-A-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGCTT
* * * * * * * * *
30566 CCGCATTGTGAAACAT-GAAAAAATAAGCATTCATTAG-GTAGGAA
128 AC-C-TCGGGAAACGTAGAAAAAA-CA-CATTTATTTGAGAAGAAA
* * * * * ** *
30610 AGTTCATTTATGGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CGATTTTAAATAATTTTATTAT
1 AGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
30673 CTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTGCTACATTCTTAGTTAAGACAAACTATAATTGAATG-
64 CTCATAATTTATTTTAAGTT-GATT-TT-TTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGC
** * * * *
30737 TCTACCTCAAGAAACGTGACGAAAAAA-GCATTCATTT-ACAAAAAA
126 T-TACCTCGGGAAACGT-A-GAAAAAACACATTTATTTGAGAAGAAA
* * *
30782 AGTTCATTTATAGTCT-CTCATTTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTATTAT
1 AGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
30845 CTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATG
64 CTCATAATTTATTTTAAGTT-GA-TTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATG
30909 TCTGCTTTGA
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 113, Indels: 78
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 38 0.06
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174 3 0.00
175 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AGTCCATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGCTTACC
TCGGGAAACGTAGAAAAAACACATTTATTTGAGAAGAAA
Found at i:31070 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 30791--31086 Score: 373
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
30781 AAGTTCATTT
* * *
30791 ATAGTCTCTCATTTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTATTATCTCAAAATTGA
1 ATAGCCTCTCATTTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTATAATCTCAAAATTAA
* * * * * * * *
30856 TTTTATGTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTGCTTTGAGA
66 TTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTATCGGTTAAAAAAGACTATAATCCAACGTCTACCTTGAGA
30921 AACATAAAGA-AAAGTCTATTC
131 AACATAAAGAGAAAGTCTATTC
* * * * * *
30942 ATAGCCTCTCA-TTCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTA
1 ATAGCCTCTCATTTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTATAATCTCAAAATTA
* *
31006 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTAACATTATCGGTTAAAAAAGATTATAA-CCGAACGTCTACCTTGA
65 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTATCGGTTAAAAAAGACTATAATCC-AACGTCTACCTTGA
*
31070 GAAACGTAAAGAGAAAG
129 GAAACATAAAGAGAAAG
31087 ATATTTATTG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 20, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
150 30 0.25
151 88 0.72
152 4 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (152 bp):
ATAGCCTCTCATTTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTATAATCTCAAAATTAA
TTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTATCGGTTAAAAAAGACTATAATCCAACGTCTACCTTGAGA
AACATAAAGAGAAAGTCTATTC
Found at i:31511 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 31221--31586 Score: 464
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
31211 NNNNNNNAGT
* *
31221 AATGGGAGACTATAAATGGAGTTTTCTTCTAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTCCAAGGCAA
1 AATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTCCAAGGCAA
* * * * * *
31286 GCATTTAATTATAGTATGTGTCAAAAAAAATGTAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
66 GCATTCAATTACAGTATATGTCAAAAAAAATCTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
31351 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTATTAAGACTTTTGAAAG
131 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAG
* * * * * * *
31389 AATGAGAGACTATAAATGAACTTTTTTTCCAAATAAATGAGTTTTTTCATGCGT-TTTCCGAGGC
1 AATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAAT-AGGTTTTTC-TACATGTTTCCAAGGC
* * *
31453 AAGCATTCAATTACAGTCTATTTTAATAAAAAATCTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
64 AAGCATTCAATTACAGTATATGTCAA-AAAAAATCTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * **
31518 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATATTTTTGATGG
128 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAG
* *
31559 AATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT
1 AATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
31587 GTCAATGAAT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 29, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.20
169 37 0.22
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTCCAAGGCAA
GCATTCAATTACAGTATATGTCAAAAAAAATCTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAG
Found at i:31632 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31221--31775 Score: 492
Period size: 169 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
31211 NNNNNNNAGT
* * * * * *
31221 AATGGGAGACTATAAATGGAGTTTTCTTCTAAATAAAT-AGGTTTTTCTACAT--GTT-TCCAAG
1 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGA-CTTTTTCT-CATGCGTTGTCCGAG
* * * * * * *
31282 GCAAGCATTTAA-T-TATAGTATGTGTCAAAAAAAATGTAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTAT
64 GCAAGCATTCAATTGTAAATTAT-T-TTAAAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * *
31345 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTATTAAGACTTTTGAAAG
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
* * * * *
31389 AATGAGAGACTATAAATGAACTTTT-TT-TCCAAATAAATGAGTTTTT-TCATGCGTTTTCCGAG
1 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-C-AATAAATGACTTTTTCTCATGCGTTGTCCGAG
* *
31451 GCAAGCATTCAA-T-TACAGTCTATTTTAATAAAAAATCTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTA
64 GCAAGCATTCAATTGTA-AAT-TATTTTAA-AAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTA
* * *
31514 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATATTTTTGATGG
126 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
* * * *
31559 AATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTC-TTCG-TGTCACGAGG
1 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTCATGCGTTGTC-CGAGG
* * * *
31622 -TAGACATTCAATTGTAAATTGTTTTAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAAATT-TT
65 CAAG-CATTCAATTGTAAATTATTTTAAAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATC-AATTATG
* * * * * *
31685 AGATTATAAAACTATTTAACGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
128 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
* * ** *
31728 AATAGGTGACTATAAATGGTCTGATCTTGTCAATAAATGTCTTTTTCT
1 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCT
31776 TCACATTTCT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 50, Indels: 33
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.01
167 3 0.01
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170 130 0.41
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTCATGCGTTGTCCGAGGC
AAGCATTCAATTGTAAATTATTTTAAAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
Found at i:32517 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 31834--32590 Score: 688
Period size: 170 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
31824 ATGTAAAAAT
* * * * * *
31834 ATTATGAGACTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATTGTGG-G-TTATG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-TG-GGAGACTATA
* * * ** * * *
31897 AATGGA-TTTTACTTACC-AATGAATG-TTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GCATA-TATTCAA
64 AATGGACTTTT-CTT-CCAAATAAATGCATTTTTTC-ACATGTTTC-ACAAGGTA-AGAATTTAA
* * *
31957 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATAT-TAAAAAAACTGAACATAAAATGA
124 TTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAA-ATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * * *
32006 ATTTTGAGATGATAAAACTATTTAAAACGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAA
* ** * * * * *
32071 TGAACTTTTCTAGCTAATGAATGCTTATTTTTT--CATGTTTCACAATGT-GGACTTTCAATTAT
66 TGGACTTTTCTTCCAAATAAATGC--ATTTTTTCACATGTTTCACAAGGTAAGAATTT-AATTAT
* * * *
32133 GGCCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
128 AGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
*** * *
32177 ATTATGAGGGCATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTGAAATAATGGGAGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAA
* * ** * *
32241 TGGAGTTTTCTTCTAAATAAATG-GGTTTTTCAGCAAGTTTC-TAAGGTAAGAATTTAATTATAG
66 TGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTTCA-CATGTTTCACAAGGTAAGAATTTAATTATAG
* * * * *
32304 TATGTGTCAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
* *
32345 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAA
*
32410 TGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTTCACATGTTTCACAAGGTAAGCATTTAATTACT-G
66 TGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTTCACATGTTTCACAAGGTAAGAATTTAATTA-TAG
* *
32474 TCTGTTTTAACAAAAAATCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
* *
32515 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAAT-GGATGGCTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGA-GACTATA
32578 AATGGACTTTTCT
64 AATGGACTTTTCT
32591 GGTCAATGAA
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 89, Indels: 44
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 35 0.07
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170 195 0.41
171 47 0.10
172 84 0.18
173 4 0.01
175 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAA
TGGACTTTTCTTCCAAATAAATGCATTTTTTCACATGTTTCACAAGGTAAGAATTTAATTATAGT
CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
Found at i:32651 original size:170 final size:163
Alignment explanation
Indices: 31955--32677 Score: 510
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 163
31945 GCATATATTC
** * * * * * *
31955 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATAT-TAAAAAAACTGAACATAAAATGAATTTTGAGATGAT
1 AATTATAAACTGTTTTAAC-AAAAA-ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
32019 AAAACTATTTAAAACGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTAG
63 AAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* * * * * * *
32084 CTAATGAATGCTTATTTTTTCATGTTTCACAATGTGGAC-TTT
125 C-AATAAATGC-T-TTTTCTCACG-TTAATAAGGTAGACATTT
*** * * * ***
32126 CAATTATGGCCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGGGCATA
1 -AATTATAAACTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
32191 AAACCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTGAAATAATGGGAGACTATAAATGGAGTTTTCTTCTA
64 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC--
* * * **
32256 AATAAATGGGTTTTTCAGCAAGTTTCTAAGGTAAGA-ATTT
126 AATAAAT-GCTTTTTC-TCACGTTAATAAGGT-AGACATTT
* * * *
32296 AATTATAGTA-TGTGTCAACAAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATA-AACTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
32360 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCA
65 AA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-C-
* *
32425 AATAAATGCATTTTT-TCACATGTTTCACAAGGTA-AGCATTT
126 AATAAATGC-TTTTTCTCAC--G-TTAATAAGGTAGA-CATTT
** *
32466 AATTACT-GTCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTA-TAAACTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
32530 AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGATGGCTATAAATGGACTTTTCTGGT
65 AA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGA-GACTATAAATGGACTTTTCT--T
* * *
32594 CAATGAATGTCTTTTTCTCTACGTGTAATGAGGTAGACATTC
125 CAATAAATG-CTTTTTCTC-ACGT-TAATAAGGTAGACATTT
* * * *
32636 AATTGTAAACTGTTTTAACCAAAATAT-AAAAAAATTAAACTT
1 AATTATAAACTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTT
32678 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 77, Indels: 60
0.76 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 36 0.08
169 105 0.24
170 231 0.52
171 52 0.12
172 19 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (163 bp):
AATTATAAACTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCAATAA
ATGCTTTTTCTCACGTTAATAAGGTAGACATTT
Found at i:32668 original size:339 final size:336
Alignment explanation
Indices: 31834--32668 Score: 733
Period size: 339 Copynumber: 2.4 Consensus size: 336
31824 ATGTAAAAAT
* * * * * *
31834 ATTATGAGACTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATTG-TGGGTTATGA
1 ATTATGAGACTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGAT-GGCTATAA
* * * ** * * *
31898 ATGGATTTTACTTACCAATGAATGTTTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAAGCATATATTCAATTATA
64 ATGGATTTT-CTTATCAATGAATGTCTTTTTCTCT-AAG-TTAATGAGGTAGA-ATTCAATTATA
** * * * * *
31962 GTCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAAACTGAACATAAAATGAATTTTGAGATGATAAAACTAT
125 AACTGTTTTAACAAAAAATA-T-AAAAAACTCAACATAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCAT
* * * * * * *
32027 TTAAAACGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTAGCTAATGAA
188 TTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGAGAGACCATAAATGAACTTTTCTACCAAATAAA
* * * * *
32092 TGCTTATTTTTTCATGTTTCACAATGTGGACTTTCAATTATGGCCTGTTTTTACCAAAAATGTAA
253 TGC-TATTTTTTCATGTTTCACAAGGTGCACTTTCAATTATGGCCTGTTTTAACAAAAAATCTAA
32157 AAAAACTCAACTTAAAATCA
317 AAAAACTCAACTTAAAATCA
* * * *
32177 ATTATGAGGGC-ATAAAACCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTGAA-ATAATGGGA-GACTATA
1 ATTATGA-GACTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AAT-GGATGGCTATA
* * * ** * ** * *
32239 AATGGAGTTTTCTTCTAAATAAATGGGTTTTTCAGC-AAGTTTCTAAGGTAAGAATTTAATTATA
63 AATGGA-TTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTC-TCTAAGTTAATGAGGT-AGAATTCAATTATA
* * * * * ** *
32303 GTA-TGTGTCAACAAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
125 -AACTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACATAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATT
** * * * *
32367 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAAT
189 TAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGAGAGACCATAAATGAACTTTTCTACCAAATAAAT
*
32432 GC-ATTTTTTCACATGTTTCACAAGGTAAGCA-TTT-AATTACT-GTCTGTTTTAACAAAAAATC
254 GCTATTTTTT--CATGTTTCACAAGGT--GCACTTTCAATTA-TGGCCTGTTTTAACAAAAAATC
*
32493 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
314 TAAAAAAACTCAACTTAAAATCA
*
32515 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGGCTATAAA
1 ATTATGAGACTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGGCTATAAA
** * *
32580 TGGACTTTTCTGGTCAATGAATGTCTTTTTCTCTACGTGTAATGAGGTAGACATTCAATTGTAAA
65 TGGA-TTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTCTAAGT-TAATGAGGTAGA-ATTCAATTATAAA
*
32645 CTGTTTTAAC-CAAAATATAAAAAA
127 CTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
32669 ATTAAACTTN
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 83, Indels: 48
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 8 0.02
338 37 0.10
339 206 0.53
340 28 0.07
341 30 0.08
342 59 0.15
343 17 0.04
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
ATTATGAGACTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGGCTATAAAT
GGATTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTCTAAGTTAATGAGGTAGAATTCAATTATAAACTGT
TTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACATAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAACG
AGTAATAAGACTTTTGAAAGAATGAGAGACCATAAATGAACTTTTCTACCAAATAAATGCTATTT
TTTCATGTTTCACAAGGTGCACTTTCAATTATGGCCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAACTCA
ACTTAAAATCA
Found at i:33573 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33291--35511 Score: 1786
Period size: 170 Copynumber: 13.0 Consensus size: 170
33281 NNNNNNNNNN
* * * * * *
33291 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTAGATTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* ** * * *
33356 CCTGTCTTGGAAAATATGTG--GAAAAAC-CTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
66 CTTACCTT-GAGAA-ACGTGAAGAAAAACGC-ATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
* *
33418 CCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
128 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
*
33461 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* * * * *
33526 CTTGCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
66 CTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
* *
33591 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
131 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
33631 AATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTAAAATTAAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
33696 CTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTTA
66 CTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
* * ** *
33761 TTCTTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
131 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
33801 ATTCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTA-ATATTTTTGGTTAAAA-AAGACTATAATTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT-TTTTT-GTTAAAACAA-ACTATAATTGA
* * * * * * *
33864 TTGTCTGT--CATGAGAAACGTGAAGAAAAATGAATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAATC
63 ATG-CT-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
33927 ACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTAT
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* ** * * **
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *** * * *
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* ** *
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* * * * * *** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* * * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
35296 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CCCTTTTAAATGGTTTTAT
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* * * * *
35341 TATCTCAAAATTGATTTTATA-TTCAATTATTGTTACATTTTTAGTTAAGACAAACTATAATTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATT-TT-TTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGA
** * * ** * *
35405 ATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTT-ACAAGAAAAGTCCATTTATACTCT
63 ATGCTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
*
35469 CTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
127 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
35512 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1669, Mismatches: 308, Indels: 146
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Matches are distributed among these distances:
168 41 0.02
169 192 0.12
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176 1 0.00
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Alignment explanation
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36949 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * *
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66 CTATAATTAAATGCTTGCCTCAAAAAACACATGAAAAAATCCACTCATTCAGAAAAAAACTCTAT
** *
37089 TTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTT
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* * *
37129 TAAATGGTTTTATAATCTAATAACTGATTTAAATTTGAATTTTTTATATCTTTTGTTGACACAT-
1 TAAATGGTTTTATAATCTAATAACTGATTTAAAGTTGAATTTTTTATATCTTTTATT-A-AAATA
*** * * *
37193 G-CTATAATTAAATGCTTG-CTTTGAGAA-ACATGTAGAAAAATCCACTCATTTAGAAGAAAACT
64 GACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAAAAACACATG-A-AAAAATCCACTCATTCAGAAAAAAACT
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37288 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 23, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.04
169 6 0.05
170 116 0.88
171 2 0.02
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
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CTATAATTAAATGCTTGCCTCAAAAAACACATGAAAAAATCCACTCATTCAGAAAAAAACTCTAT
TTATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTT
Done.