Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397836.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1138.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6044
ACGTcount: A:0.26, C:0.08, G:0.08, T:0.26
Warning! 1949 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:298 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 110--699 Score: 513
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
100 NNNNNNNGCC
* * * *
110 AATGGATATCATTTTCTTTATGTTGT-TTTAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
1 AATGGTTATCTTTTTCTTCATGTT-TCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
* **********
174 AATGTAAAAAAATTCAACNNNNNNNNNNTTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
239 GCTTTCGAAGGCATGAATGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCT
130 GCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CT
* ** * *
281 AATGGTTATCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
1 AATGGTTATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA
********** * * * *
346 ATATAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAGG
66 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
**
411 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
131 CTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * * *
451 TA-GTGTATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTCAATTATGATATGCTTTAATAAA
1 AATG-GT-TATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAA
* * ********** * *
515 AAATATAAAAAAATTAAAATTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNATCATTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
580 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCC
129 GGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CT
* * * * * *
623 ACTGGATATCTTTTTCATT-ACGTTTCTCAACGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAA
1 AATGGTTATCTTTTTC-TTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
*
686 ACTATAAAAAAATT
65 AATATAAAAAAATT
700 TAAATTAANN
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 82, Indels: 13
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 22 0.07
171 303 0.92
172 4 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGGTTATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
Found at i:3154 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2856--4103 Score: 1196
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 171
2846 NNNNNNNNNN
* * *
2856 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTCTTAAAATATATTATAA
1 TTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATATATTATAA
* * * * ** *
2920 TTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACGT-ATAGAAAAAAAAATCCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTAT
66 TTGAATGTTTACCTT-GAGAAACGTGA-AGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
2983 ATTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGA
129 ACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * ** **
3026 TTTTGTAACCTCATAATTAGTTTTAATTTAAATTTTTTTATGTTTTTTATTAAAGCATATTATAA
1 TTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATATATTATAA
* * * * *
3091 TTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAATGTCTATTTATAG
66 TTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAC
* * *
3156 TCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATTA
131 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * *
3197 TTTGATAACCACATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTACTAAAATAGATTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTAG-TTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATATATTATA
* * * * * *
3261 CTTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTG-AGTAAAAAGATATCCGTTGTCATGAAAAGTCCATTTAT
65 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3325 ACTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
129 ACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * ** * *
3368 TTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGATAAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATATATTATAA
* * * * *
3433 TTGAATATTTACC-T-AGAAACGTGAAAAAAAATAAATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
3495 GTCACACATTCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCCCTTTAAATGA
130 CTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* *
3537 TTTTATAACCTCATAATT-GATTTTAATTTGAATTTTTTTAT-AGTTTTATTAAAACATATTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTAG-TTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATATATTATA
* * * * *
3600 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATT
65 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
3665 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAA
130 CTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * *
3707 TTTTATAACCTCATAATTTA-TTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATA
1 TTTTATAACCTCATAA-TTAGTTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATATATTATA
* * * * * * * *
3771 ATTAAATATTTTCCTCGTGAAACGTGAAAAAAAAGATAACCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATA
65 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
3836 CTCATCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-
130 CTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGA
* ** * * * *
3878 TTTTTTAATGTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTAATAAAATAGATTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAATTTGAATTTTTTTATA-ATTTTTATTAAAATATATTATA
* * * ** * * * * * * **********
3943 ATTGAATGTCTGCATAAAAAAATGTAAAG-AAATGATATCCATTGGCAAGAGANNNNNNNNNNTA
65 ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
4007 ATCACCCATGCCTT-AGAAAGTCTTATTACTCACCTTAAAT-A
130 CTCACCCATGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * *
4048 TTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 -TTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAA
4104 CAGATTATNN
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 168, Indels: 46
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 32 0.04
169 108 0.12
170 169 0.19
171 536 0.60
172 42 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATATATTATAA
TTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAC
TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
Found at i:3739 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3720--3752 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
3710 TATAACCTCA
3720 TAATTTATTTTA-ATTT
1 TAATTT-TTTTATATTT
3736 TAATTTTTTTATATTT
1 TAATTTTTTTATATTT
3752 T
1 T
3753 TTATTAAAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.31
16 11 0.69
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (16 bp):
TAATTTTTTTATATTT
Found at i:3903 original size:510 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2856--3949 Score: 1464
Period size: 510 Copynumber: 2.1 Consensus size: 511
2846 NNNNNNNNNN
* * * *
2856 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTCTTAAAATATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATAGATTATAA
* * * *
2920 TTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTATAGAAAAAAAAATCCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAT
66 TTGAATATCTAC-TCAAGAAACGTATAGAAAAAAAAATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
2985 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTGTAACCTCATAATTAGTTTT
130 TCACACATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAGTTTT
* * * *
3050 AATTTAAATTTTTTTATGTTTTTTATTAAAGCATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGT
195 AATTTAAATTTTTTTATG-TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
* * * * *
3115 GAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTA
259 AAAGAAAAAGATATCAAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
3180 TTACTCGCATTAAATTATTTGATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTT
324 TTACTCACATTAAATAATTTGATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTT
* * * * ** * * * *
3245 ACTAAAATAGATTATACTTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAGTAAAAAGATATCCGTTGTCAT
389 ACTAAAACAGATTATAATTAAATATTTGCCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAGATAACCATTGACAA
* *
3310 GAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
454 AAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
3368 TTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGATAAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATAGATTATAA
* *
3433 TTGAATATTTAC-CTAGAAACGTGA-A-AAAAAATAAATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATATCTACTCAAGAAACGT-ATAGAAAAAA-AAATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
3495 GTCACACATTCCTTCGAAAACTTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATT-GATT
129 GTCACACATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAG-TT
*
3559 TTAATTTGAATTTTTTTATAG-TTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
193 TTAATTTAAATTTTTTTAT-GTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * *
3623 GTAAAGAAAAAGATATCCAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTT
257 GTAAAGAAAAAGATATCAAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * * *
3688 TATTACTCACTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTTATTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTT
322 TATTACTCACATTAAATAATTTGATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTT
* * * *
3753 TTATTAAAACATATTATAATTAAATATTTTCCTCGTGAAACGTGAAAAAAAAGATAACCATTGAC
387 TTACTAAAACAGATTATAATTAAATATTTGCCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAGATAACCATTGAC
* * * *
3818 AAAAAAAGTCCATTTATACTCA-TCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG
452 AAAAAAAGTCCATTTATACTCACT-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
3878 TTTTTTAATGTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTAATAAAATAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-ATTTTTATTAAAATAGATTATA
3943 ATTGAAT
65 ATTGAAT
3950 GTCTGCATAA
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 70, Indels: 15
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 298 0.59
511 137 0.27
512 38 0.08
513 31 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (511 bp):
TTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTATTAAAATAGATTATAA
TTGAATATCTACTCAAGAAACGTATAGAAAAAAAAATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACACATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAGTTTTA
ATTTAAATTTTTTTATGTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAA
AGAAAAAGATATCAAGTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACATTAAATAATTTGATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTAC
TAAAACAGATTATAATTAAATATTTGCCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAGATAACCATTGACAAAA
AAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Done.