Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403089.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_756.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16185
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 2521 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1090 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 558--1415 Score: 930
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 171
548 NNNNNNNCGG
* * *
558 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
623 TATTTTCTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTGAAGAAACGTGAGGAAAAAGCCT-TT
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-ATATT
* * * *
687 CATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATACCCATCC-ATGCCTTCGA
130 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CCTATGCCTTCGA
* * *
729 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGACTTT-AAATTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAATTTTTTT
** * ** *
793 -TATTTTTCATTAAATCAGATTATAATT-AATTGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAA-ACTA
65 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGA-TA
*
855 TTCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTCGA
128 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCT-ATGCCTTCGA
* * * * *
899 AAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTAATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
*
964 TATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGCAA-AAAAAGATATT
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATT
* * * * *
1028 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACTTACCTATACCTTTGG
130 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGA
* * * ** * *
1070 AGGCCTAATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
1135 CATTTTTT-ATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAATAAAAAGATATTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC
* * * * * * **
1199 ATTGGCACAAAAAAGTCAAGTTATAGTCACCTATGTCTTTAA
131 ATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGA
* * * *
1241 AAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAA-TT-ATATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGA-ATTTTTTT
* * * * * * *
1304 -TATTTTTAGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAGTTATT
65 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
* ** * * *
1368 CATTGCTTCGAAAAGTCCATTTATGCTCACCCATGCCCTCGA
130 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGA
1410 AAGCCT
1 AAGCCT
1416 CATAATTGAT
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 96, Indels: 34
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 44 0.08
170 252 0.44
171 268 0.47
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC
ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCGA
Found at i:1200 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 558--1415 Score: 946
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 341
548 NNNNNNNCGG
* * * * *
558 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTA
* * * * * *
623 TATTTTCTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTGAAGAAACGTGAGGAAAAAGCCT-TT
66 TATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA-AAAAAAG-ATATT
* * * * *
687 CATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATACCCATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT
129 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACCCATCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT
* ** *
752 GGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAATTGAATTTTTTTTATTTTTCATTAAATCAGATTATA
194 AGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATA
* ** * * *
817 ATTAATTGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGTTA-AGAAAAGTCCATTTAT
259 ATTAATTGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGCACAAAAAAGTCAAGTTAT
*
881 ACTCA-CTCATGCCTTCGA
324 ACTCACCT-ATGCCTTCAA
* * *
899 AAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTAATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTA
964 TATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGCAAAAAAAGATATTC
66 TATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAAAAAAGATATTC
** * * * *
1029 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACTTA-CCTATACCTTTGGAGGCCTAATTACTCGCTTTAATT
130 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACCCATCC-ATACCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
1093 ATTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTA-TAAAACAGATTA
194 AGTTTTATAATCTAATAATTGACTTT-AAATTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTA
* *
1156 TAATTGAA-TGTCTACC-TCAGGAAACGTGAATAAAAAGA-TATTCATTGGCACAAAAAAGTCAA
257 TAATT-AATTGTCTACCTTCA-GAAACATGAAGAAAAA-ACTATTCATTGGCACAAAAAAGTCAA
* * *
1218 GTTATAGTCACCTATGTCTTTAA
319 GTTATACTCACCTATGCCTTCAA
* * * * *
1241 AAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAATTA-TATTTTTTT-
1 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTA
* * * * * * *
1304 TATTTTTAGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAGTTATTC
66 TATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGATATTC
* ** * * * * * *
1369 ATTGCTTCGAAAAGTCCATTTATGCTCACCCATGCCCTCGAAAGCCT
130 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACCCATCCATACCTTCGAAAGCCT
1416 CATAATTGAT
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 71, Indels: 25
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 96 0.22
341 246 0.57
342 88 0.20
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTA
TATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAGATATTCA
TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACCCATCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAG
TTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAAT
TAATTGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGCACAAAAAAGTCAAGTTATAC
TCACCTATGCCTTCAA
Found at i:2607 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2322--3467 Score: 967
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 168
2312 NNNNNCAATG
* * ** * *
2322 AATATCTTTTTTTATACATTTCCAAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAGAAAATAT
1 AATATCTTTTTTT-CACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * *
2387 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTC
65 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
2452 CGAAAGTATAAGTGTCTATAAATGGACACCTTTTAGAAATA
130 CGAAAGCATAAGTGACTATAAATGG--ACTTTTTAGAAATA
* * * *
2493 AATATCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTGGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATGT
1 AATATCTTTTTTT-CACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * * *
2558 AAAAAAATTCTACTTGAAATCAATTATTAGATTATAAAAAC-TATTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
65 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
2622 TCG-AAG-ATATGTGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCA-ATAATG
129 TCGAAAGCATA--AGTGACTATAAATGGACTTTT-T-AGA-AATA
* * * * * * **
2664 AATGGTTTTTTTTTCACGGTTCTT-AGGTAAACATTTAATTATAATCTAG-TTGAACCAAAAATA
1 AAT-ATCTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATA
* * *
2727 -AAAAAAATTCAA-TTTAAAGTCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCT
64 TAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ** *
2790 TTC-AAAGGCATGAGCGGGTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGA
128 TTCGAAA-GCATAAGTGACTATAAATGGACTTTT-TAG-AAAT-A
** * * * * * * * *
2834 AGGGAT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATTATCTGTTTTCACAAAAAATGT
1 A-ATATCTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * *
2898 AAAAAAATTTAACTTGAAATCAACTAT--GA-TATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ****
2960 CGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTATGA
130 CGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTAGAAAT-A
* * * * *
3001 GTATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATA
1 -AATATCTTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
* * * * *
3066 TGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATGAAGCCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTT
64 TAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * ** *
3130 TGGAAGGGATACGTGACTGTAAATGGACTTTTTCATTCCAATG
129 TCGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTT-A--GAAATA
* * *
3173 AATATATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT
1 AATATCTTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* *
3238 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * *
3303 CGAAGGCATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTTTCAAAAATG
130 CGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTTT-AGAAATA
* * * ** * * * * *
3344 AATGGT-TTTTTCTTCATGTTCCTCGAGGAATACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATT
1 AAT-ATCTTTTT-TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAT
* *
3408 A-AAAACAAAATCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
63 ATAAAA-AAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
3468 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 130, Indels: 75
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 61 0.08
169 178 0.22
170 76 0.09
171 359 0.44
172 118 0.15
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATATCTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTAGAAATA
Found at i:3074 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 2346--3467 Score: 1163
Period size: 340 Copynumber: 3.3 Consensus size: 335
2336 TACATTTCCA
* *
2346 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAGAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAA
* * * * * *
2410 TTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTCCGAAA-GTATAAGTGTCTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCAT-AGCGGCTATAAA
* * * *
2474 TGGACACCTTT-TAG-AAAT-AAATATCTTTTTTTACACGTTTCTTGAGGTGGACATTCAATTAT
127 TGG--ACTTTTCTTGCAAATGAAATAT-TTTTCTT-CACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
2536 AATCTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCT-ACTTGAAATCAATTATTAGATTATAAAAAC-
188 AATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT-TAACTTGAAATCAATTA-T-GA-TATCAAACCA
* ** * *
2599 TATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATGTGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCAATAATG
249 T-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTAATAATG
* * *
2664 AATGGTTTTTTTTTCACGGTTCT-
312 AATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * ** *
2687 TAGGTAAACATTTAATTATAATCTAG-TTGAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAGTCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATAT-GTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
* * *
2751 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCGGGTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGCGGCTATAAATG
** * ** * *
2816 GACTTTTCTTGCAAATGAAGGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATTATCT
129 GACTTTTCTTGCAAATGAA-ATATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * *
2881 GTTTTCACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAACTATGATATCAAACCATTTAAAGCG
193 GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGATATCAAACCATTTAAAGCG
* * ** * *
2946 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTATGAGTAT-ATCTT
258 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTAATAATGA--ATGGT-TT
3010 TTTCTTCATGTTTCTC
320 TTTCTTCATGTTTCTC
* * *
3026 AAGGTAGACATTGAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
* * * ** * *
3091 TATGGGATTATGAAGCCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGGATA-CGTGACTGTAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGCG-G-CTATAAAT
*
3154 GGACTTTTTCATT-CCAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
128 GGAC-TTTTC-TTGCAAATGAA-ATATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
3218 TATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT
190 TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGATA-T-C-AAACCATTT
* * * *
3283 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTTTCAAAAATGAATG
252 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTT-AATAATGAATG
*
3348 GTTTTTTCTTCATGTTCCTC
316 GTTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * *
3368 GAGGAATACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATTAAAAACAAAATCAACTTAAAGTCAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATAAAAA-AAATTCAACTTAAAGTCAA
*
3433 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
3468 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 643, Mismatches: 111, Indels: 51
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 6 0.01
337 57 0.09
338 27 0.04
339 75 0.12
340 268 0.42
341 41 0.06
342 52 0.08
343 101 0.16
344 16 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGCGGCTATAAATGGA
CTTTTCTTGCAAATGAAATATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGATATCAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTAATAATGAATGGTTTTTTCTT
CATGTTTCTC
Found at i:4063 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3621--4404 Score: 739
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
3611 NNNNNNNNNN
* *
3621 AAATCAAGTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGAG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGAG
** * * ** *
3686 TGTAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-TGGTAGACATTCAA
65 CATAAATGGACTTTTCT-AGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTAGACATTCAA
* * * *
3750 TTATAATCTGTTCTAATAGAAAATGTAAAAAAATTCATCTTC
128 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTC
* * * * * * * *
3792 AAATCAATAATGAGATTCTAATACCATTTAAAGC--GTACAATAAGACTTCCGAAGGCGTAGGTG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGT--AATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTG
* * * * * *
3855 A-CTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGATTATCTTTTTCTGCATGTTTCTAGAGGTAAACATTT
63 AGC-ATAAATGGACTTTTCTAG-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTC
* *
3919 AATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
126 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTC
*
3962 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGGCATGTGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATG-GTGA
* * * *
4026 GCATAAATGGACTTTTCTAAGCAATGAATAACTTTTTCTTTATGTTTCTCGATGTAGACATTCAA
64 GCATAAATGGACTTTTCT-AGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAA
* * * *
4091 TTATAATCTATTTTGATCAAAAATA-AAAAACATAT-AA-TTC
128 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTC
** * * ** * * *
4131 AAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGTATAAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGAG
* * * * * *
4196 CATAACTTGACTTTTTTGTGCCAATGAATATCTTTTTATTCATGTTTCCT-GAGGTAGATATTCA
65 CATAAATGGACTTTTCT-AG-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGTAGACATTCA
* *
4260 ATCATAATCTGTTTT-ATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTC
127 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTC
* * * * *
4302 AAATCAATTATGAGTTTATAAAAATAATTAAAG-AGAGTAATAAGG-TCTCCGAAGGTATAGGTA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCA-AGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCAT-GGTG
* *
4365 AGTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATATCTTTTTCT
63 AGCATAAATGGACTTTTC-TAGCAATGAATATCTTTTTCT
4405 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 94, Indels: 49
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 84 0.17
170 218 0.44
171 189 0.38
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTGAGC
ATAAATGGACTTTTCTAGCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTC
Found at i:4343 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3621--4404 Score: 908
Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 339
3611 NNNNNNNNNN
* *
3621 AAATCAAGTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGAG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGAG
* * * * **
3686 TGTAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTAAGCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAAT
* * *
3751 TATAATCTGTTCTAATAGAAAATGTAAAAAAATTCATCTTCAAATCAATAATGAGATTCTAATAC
130 TATAATCTATTCTAATAGAAAA-GTAAAAAAATTCATATTCAAATCAATAATGAGATTATAATAC
* * * * *
3816 CATTTAAAGCGTACAATAAGACTTCCGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAAT
194 CATTTAAAGCGAACAATAAGACTTCCAAAGGCATAAGTGACCATAAATGGACTTCTCTTGCCAAT
* * * *
3881 GATTATCTTTTTCTGCATGTTTCTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATAT
259 GAATATCTTTTTATGCATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATCATAATCTGTTTTAATAAAAATAT
*
3946 AAAAAAATTTAACTTA
324 AAAAAAATTCAACTTA
*
3962 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGGCATGTGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATG-GTGA
* *
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64 GTATAAATGGACTTTTCTAAGCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTC-ATGGTAGACATTCA
* * *
4090 ATTATAATCTATTTTGATCA-AAAA-TAAAAAACA-T-ATAATTCAAATCAATTATGAGATTATA
128 ATTATAATCTATTCTAAT-AGAAAAGTAAAAAA-ATTCAT-ATTCAAATCAATAATGAGATTATA
* ** * * * * *
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190 ATA-CCATTTAAAGCGAA-CAATAAGACTTCCAAAGGCATAAGTGACCATAAATGGACTTCTCT-
* * *
4214 TGCCAATGAATATCTTTTTATTCATGTTTCCT-GAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTT-AT
252 TGCCAATGAATATCTTTTTATGCATGTTT-CTAGAGGTAAACATTCAATCATAATCTGTTTTAAT
* *
4277 AAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTC
316 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
4302 AAATCAATTATGAGTTTATAAAAATAATTAAAG-AGAGTAATAAGG-TCTCCGAAGGTATAGGTA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCA-AGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCAT-GGTG
** *
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AAAAATTCAACTTA
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4711 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 CTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAAGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* *********
4957 TCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGNNNNNNNNNNAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
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* * * *
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* * * * *
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1 CTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAAGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* * ** ** * *******
5128 TCTTGAGGTGGACATTCAATTATAATCTACTTTATTAAAGAATAT-AAAAAATTTAACNNNNNNN
66 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
*** * * * *
5192 NNNTTGTGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG
130 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG
* * * * * ** *
5233 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTT-TGTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCGTGT
1 CTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAAAGAATATCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
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** *
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* *
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5474 NNNNNNNNNN
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CTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAAGAATATCTTTTTCTTCATGTT
TCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATT
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG
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6706 NNNNNNNNNT
* **
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1 AGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * *
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7177 TNNNNNNNNN
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ACTCGCTTTAATTGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAAT
AAAAAAAATTATATCTGAATGTCTACCACAAGAAACATGA
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7548 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* ** *
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* ** *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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*** *
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* ** * * * * * * * *
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* * *
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65 TCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
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* * * ***
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1 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * **** * *
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* ** *
8881 ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCACTGGTGTGAGA
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* * * ** * * **
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* * * * *
8987 TCATCATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCA
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* ** * **
9052 ACCTCGAGAAATATGAAGAAAGAGTCGTTCATTGGTGAA-AAA
129 ACCTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT-AAGAAA
* * * ** * *
9094 AGTCCATTTATACTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAATTGTTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
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** * * *
9394 CCTTGGGTAACGTGGAGAAAAAGTTATTCATTGGCAGGAAA
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* * * *** *
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1 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** * *
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66 CATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** ** *
9562 ACCTCAGGAAGTGTGAAGAAAAAGCCATTCATAT-GCAAGAAA
129 ACCT-TGAAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCAT-TGGTAAGAAA
* * * ** * * *
9604 AGTCCGTTTATACTCACTCT-TGCCTTCAAAAGCCTTATTCCTTACTTT-ACTTGTTTTCATATT
1 AGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAAT
* *
9667 CTAATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG
64 CTCATAATTGA-TTT-AAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
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** * *
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1 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** * * * *
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66 CATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
9907 CCTCTGGAAACGTAAAGAAAAAGTTATACATTGGCAAAAAAAA
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* * * * * *
9950 AGTCCATTTATAGTCACCTGTGCCTTTAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATTGG-CTAATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATC
* * ** * * *
10014 TCATACTTGACTTTAAGTTGAA-TTATTTATCATTTTTGGTTCAAAACAAATTATAATTAAATAT
65 TCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * *
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* * * * * *
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1 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * * * * *
10186 TCGTACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTACTAAAATAAAATATAACTAAATGTCT
65 TCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** * *
10251 ACCTTAAGAAACATGCGGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAA
129 ACCTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAA
* * * * *
10293 AGTCTATATT-TACTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
1 AGTCCAT-TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** *
10357 TCATAATTGTCTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTN
65 TCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-
********* * * *
10421 NNNNNNNNNAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA
127 CTACCTTGAAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAA
* * *
10464 AGTCCATTTATAGTCA-CTGATACCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
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* * * *
10528 TCATAATTGAATTGAAGTGGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
65 TCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
10593 ACCTTGGGAGACGTGAAGAAAATGATATTCATTTGCAGGAAA
129 ACCTT-GAAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAA
* ** * *
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66 CATAATTG
10708 NNNNNNNNNN
Statistics
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CATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
CTTGAAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAA
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Period size: 683 Copynumber: 4.6 Consensus size: 677
7548 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
7558 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGCTTCATAATCT
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* * * *
7623 CATAATTGACTTTAAGTT--ATTCTTTTTTTCA-TTTTTACTCAAAACATATTATAATTGAATGT
65 CATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTAT-ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * ** ** * *
7685 TTACCGTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAT
127 CTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * ** * * *
7750 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCCTTCATTATTTTTATAGTCTCA-AATTAATTTTAAGTTGTA
192 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAA
* * * * *
7814 TTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGTAAAAAA
257 TTTTTT-TACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAC--GTAAGAAA
* ** ** * *
7878 ATATATTCTTTGATAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTGTTACTAGC
319 ATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
7943 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGATAAATTTTTTTTATATTTTAT-ATTAAA
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* * * **
8007 ACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-AAGAAAGTTATTCATTGATAAGAAAA
446 ACAAATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA-AAAGTTATTCATTGGCAAGAAAA
* * ***
8071 GTCCATTTATAGTCATCTTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
510 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAATCTC
* * ** * * *
8136 ATAAGTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCT
575 ATAATTGACTTT-AAGTT-AATTTTTTT-TCATATTTGGTCAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
* * * *
8199 ACCTCCGAAAATATAAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAA
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* * * * * * * *
8241 AGTCCACTTATAGTCACCTATACTTTCAAAAACCTTACTACTCGC-TTAAATGAATTTATAATCT
1 AGTCCATTTATACTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTG-TTTTATAATCT
* * *
8305 CATAATTGA-ATTACAGTAAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
65 CATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * ***
8369 ACCTT-AGGAGATGTAAAGAAAAATAT-ATTCGTTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
129 ACCTTGA-GAAATATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * * * *
8432 ACATTC-AAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTCACTTT-AAGCT-
192 GCCTTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTGAAGTTG
* ** * *
8494 AATTTTTTTTTCATATTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATAT-TACCT-TGAGAAACGTGAAG
255 AA-TTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGT-AAG
* * ** * * * * * *
8557 AAAAAACCATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATTCTCGCCAATTCCTTCGAAAA-TCTTTTTA
316 AAAATA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
8621 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATCATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
379 CTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * *
8686 AAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTAACTGGCTAA-A
443 AAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGC-AAGA
* * *
8750 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAACAGCCTTATTACTCACTTTAAATAACTTTATAAT
507 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAAT
* *
8815 CTCGTAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTTCATATTTGGCCAAAATAGATTATAATTAAATGTC
572 CTCATAATTGACTTTAAGTTAA-TTTTTTTTCATATTTGGTCAAAATAGATTATAATTAAATGTC
* * * ** *
8880 TACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCACTGGTGTGAGA
636 TACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGTTATTCA-TTGTAAGAAA
* ** ** ** *
8923 AGTCCATTTATAC-CAGCCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATACTCA-CCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATT-GTTTTATAATC
* * * *
8987 TCATCATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCA
64 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * *
9052 ACCTCGAGAAATATGAAGAAAGAGTCGTTCATTGGTGAA-AAAAGTCCATTTATACTCACCCACG
129 ACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * * * * * *
9116 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAAT
193 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAAT
* * * *
9181 TTTTTTATACTTTTTGTTAAAACTA-AATATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGCATAGGAAA
258 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACG--TAAGAAA
* * * *
9245 ATATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGC
319 ATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
9310 TTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA-A
384 TTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * *
9374 AGATTATAATTGAATATCTACCTTGGGTAACGTGGAGAAAAAGTTATTCATTGGCAGGAAATGTC
449 A-ATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
9439 CGTTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAACTTTATAATTTCATA
513 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAATCTCATA
* * *
9504 ATTGACTTTAAGTT-ATTTTTTTTCATATTTGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCA
578 ATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTCATATTTGGTCAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA
*** ** *
9568 GGAAGTGTGAAGAAAAAGCCATTCATATGCAAGAAA
643 GGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCAT-TGTAAGAAA
* * * * * *
9604 AGTCCGTTTATACTCACTCT-TGCCTTCAAAAGCCTTATTCCTTACTTTACTTGTTTTCATATTC
1 AGTCCATTTATACTCAC-CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGTTTT-ATAATC
* * *
9668 TAATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
64 TCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * **
9733 CTCCCTTGAGAAGCATGCAGAACAAAAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTA
127 CTACCTTGAGAAATATGAAGAA-AAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* *
9797 TGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTG
191 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTG
* ** * * *
9861 AAGTTTCCTACAGTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTAAATGTCTACCTCTGGAAACGTAAAGAA
255 AATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGT-AAGAA
* * * * * * *
9926 AA-AGTTATACATTGGCAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTGCCTTTAAAAGGCTTATTA
318 AATA--TATTCATTGGC--AAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * * *
9990 CTCACTTTAAATTGGCTAATAATCTCATACTTGACTTT-AAGTTGAA-TTATTTATCATTTTTGG
379 CTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGA
* * * ** * *
10053 TTCAAAACAAATTATAATTAAATATCTA-CTTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTAGCA
441 TT-AAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCA
* * * * * ***
10117 AGAAAAATCCATGTATACTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTA
504 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTA
* * * * * * ** * * *
10181 TAATCTCGTACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTACT-AAAATAAAATATAACTAA
568 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTTCA-TATTTGGTCAAAATAGATTATAATTAA
* * ** *
10245 ATGTCTACCTTAAGAAACATGCGGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAA
631 ATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG-TAAGAAA
* * *
10293 AGTCTATATT-TACTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
1 AGTCCAT-TTATACTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATTGTTTTATAATC
* ** *
10357 TCATAATTG-TCTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
64 TCATAATTGAT-TTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
********** * *
10420 NNNNNNNNNNAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTGA
127 CTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-A
* * * *
10484 TACCTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA-TTGAAGTGG
191 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTGAAGTTG
* *
10548 AATTTTTTTACATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAGACGTGAAGA
255 AATTTTTTTACATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGT-AAGA
* * * * * *
10612 AAATGATATTCATTTGCAGGAAAAATTTATTTATAGTCACCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACT
317 AAAT-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
10677 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
381 CGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTG
10708 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2000, Mismatches: 381, Indels: 170
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
680 5 0.00
681 144 0.07
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689 111 0.06
690 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (677 bp):
AGTCCATTTATACTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
CTTGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTAAGAAAATATATT
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATA
ATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAATCTCATAATTGACTT
TAAGTTAATTTTTTTTCATATTTGGTCAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACAT
GAAGAAAAAGTTATTCATTGTAAGAAA
Found at i:12160 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11624--13897 Score: 1868
Period size: 171 Copynumber: 13.3 Consensus size: 170
11614 NNNNNNNCTC
** * ** *
11624 GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATATTTGGTCAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-AT-TTTTATTAA
* * * ** *
11688 AACAGATTATAATTGAAT-TCTTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAA
64 AACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAA
* * *** * * *
11752 AGTCCATTTATACTCGCCCGCGCCTTCGAAAA-CCGTGTTGCTT
128 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTT
* * * * * * *
11795 ACTTT-AATTATTTTTATAATCTCGTCATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
1 GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAA
********** * * * * **
11859 NNNNNNNNNNAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGCAGAAAAGGATATTCATTCTTAAGAAAA
64 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAA
* * *
11924 GTCCATTTATAGTTACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
********** *
11966 GCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTATATTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT-TATTAAA
* * * * * * *
12031 ATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTTGTAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAG
* * *
12096 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATCACTT
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * * * * *
12137 GCTTTAAATGAATTTGTAATCTCATAATTCAATTGAAGTGATATTTTTTTACATTTTTAATTAGA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAA
* * * * * * * *
12202 ACATATTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAGAGGTGAAGAACAAGATATTCATTCGTAGGAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * * * * *
12267 TCCATTTATAATCACTTATTCCTTGAAAAACTTTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* ** * * ** * *
12308 ACTTTAAATGGCTCTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTT-AATTTTTTTAT-TTTTGGTCAAAG
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAA
* * * * * * *
12371 TAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTCTTCATCGGTGAGAAAAGT
66 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * ** * * *
12436 CTATTTATACTCACCCGTACCTTCGAAAGCCTCATTACTT
131 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
12476 GATTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTT-AATTTTTTTACATTTTTTATTAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAA
* * * * * *
12540 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCACTGGAAACAAAA
64 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAA
* * * ** * *
12605 GTCCATCTATGGTCACCAATATCTTCAAAAGCCTTGTTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * **
12647 ACTTAAAATGGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATATTTGGTTA
1 GCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-AT-TTTTATTA
* * * **
12711 AAACAGGTTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAA-AA
63 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGT-AAGAA
* *
12775 AAGTCCATTTATACTCGTCC-ATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTT
127 AAGTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
12819 GTTTTAATTGTTTTTATAATCTCA-ACATTGATTTTATA-ATGAATTTTTTTATAATTTTTATTA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTATTA
* * * * *
12882 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGCAA-AAAAA-ATATTTATTAGCAAGA
63 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTG-AAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGA
12944 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TT
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * *
12988 -CAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCT-AATTTTTTTTTATTTTTAGTTA
1 GC--TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA-TTA
* * * * * ** *
13051 AATCAGATTATAA-TGAAATGGCTGCCTCGAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAA
63 AAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAA
* * * ** *
13115 AAGTCCATTTATACTCACCCACGCCTTTGATAG-CTCTATTACTT
127 AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTT
* * * * ** * *
13159 GCCTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTTTGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAATAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAA
* * * * * *
13224 ATATATTATAATTGAATG-CTTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATCGGTAAGAAAA
65 ACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAA
* * * **
13288 GTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAATAGTATTATTACTT
129 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* *
13330 GCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAA
* * * * * ** * *
13395 ACAGATTATAATTGATTGTCCACATCGAGAAATGTGTAGAAAAAAATATTCATTAGTAAGTAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * *** * *
13460 TCCATTTATACTCACTTATGCTTTTGGAAGCATTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
13501 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAA
* * * * * *
13566 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAGTTATTCATTGATAGGAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAG
* *
13631 TCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * *
13672 GCTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTG-TCTTTAAGTTAAACTTATTTT-CATTTTTAGTT
1 GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTAAA-TTTTTTTATATTTTTA-TT
* ** * * * *
13734 CAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTGTTCATTGGCAAG-A
62 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAA
* * *
13798 AATTTCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTT
127 AAGTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* *
13842 GGTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTT
1 GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
13898 AGTCACTTGT
Statistics
Matches: 1660, Mismatches: 393, Indels: 101
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 120 0.07
169 84 0.05
170 253 0.15
171 1034 0.62
172 161 0.10
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
Found at i:12252 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 11621--15832 Score: 2061
Period size: 342 Copynumber: 12.1 Consensus size: 339
11611 NNNNNNNNNN
* * * ** *
11621 CTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTCATATTTGGTC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTAT-AT-TTTTATT
* * * * * *
11686 AAAACAGATTATAATTGAAT-TCTTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGA
64 AAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGA
* ** * * * * * *
11750 AAAGTCCATTTATACTCGCCCGCGCCTTCGAAAACCGTGTTGCTTACTTTAATTATTTTTATAAT
128 AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAAT
* * * * * * * **********
11815 CTCGTCATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAANNNNNNNNNNAATTGAATGTC
193 CTCATAATTGATTTGAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
11880 TACCTCAAGAAACGTGCAGAAAAGGATATTCATTCTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTATG
257 TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
11945 CCTTCAAAAGCCTTATTA
322 CCTTCAAAAGCCTTATTA
**********
11963 CTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTAAATTTTTTTATATTTTATAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTT-AATTTTTTTATATTTT-TAT
* * * * * * *
12027 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTTGTAAGA
63 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGA
* * * * * * * ** *
12092 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATCACTTGCTTTAAATGAATTTGTAAT
128 AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAAT
* * *
12157 CTCATAATTCAATTGAAGTGATATTTTTTTACATTTTTAATTAGAACATATTATAATTGAATGTC
193 CTCATAATTGATTTGAAGTGA-ATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * ** * * * * *
12222 AACCTCGAGAGAGGTGAAGAACAAGATATTCATTCGTAGGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATT
257 TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * *
12287 CCTTGAAAAACTTTATTA
322 CCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * ** *
12305 CTCACTTTAAATGGCTCTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTAATTTTTTTAT-TTTTGGTCAA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAA
* * * * * * * *
12369 AGTAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTCTTCATCGGTGAGAAAA
66 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAA
* * * * *
12434 GTCTATTTATACTCACCCGTACCTTCGAAAGCCTCATTACTTGATTTAATTGTTTTTATAATCTC
131 GTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTC
* * * * *
12499 ATAATTGATTTTAAACTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
196 ATAATTGA-TTTGAAGTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * **
12564 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCACTGGAAACAAAAGTCCATCTATGGTCACCAATATCT
260 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
*
12629 TCAAAAGCCTTGTTA
325 TCAAAAGCCTTATTA
* * * **
12644 CTCACTTAAAATGGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTTCATATTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTAT-AT-TTTTAT
* * * * *
12709 TAAAACAGGTTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAA-
63 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGT-AAG
** * *
12773 AAAAGTCCATTTATACTCGTCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGTTTTAATTGTTTTTATAA
127 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAA
* * * *
12838 TCTCA-ACATTGATTTTATAATGAATTTTTTTATAATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAAT
192 TCTCATA-ATTGATTTGA-AGTGAATTTTTTTA-CATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAAT
* * *
12901 GTCTACCTC-AGGAAACATGCAA-AAAAA-ATATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
254 GTCTACCTCGA-GAAACATG-AAGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
12963 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
317 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
12986 TTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTAATTTTTTTTTATTTTTAGTT
1 CTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTA-TT
* * * * * *
13050 -AAATCAGATTATAA-TGAAATGGCTGCCTCGAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAG
64 AAAAT-AGATTATAATTG-AATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAG
* * * *
13113 AAAAGTCCATTTATACTCACCCACGCCTTTGATAG-CTCTATTACTTGCCTTAATTGTTTTTATA
127 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATA
* *** * *
13177 ATCTCATAATTTATTTTTTGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAA-TAAAATATATTATAATTGAAT
191 ATCTCATAATTGATTTGAAG-TGAATTTTTTTACA-TTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAAT
* * * *
13241 G-CTTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCA-TCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
254 GTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTC-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * **
13304 TTATGCCTTCAATAGTATTATTA
317 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
13327 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTATA-TTTTTATT
* * * * * * ** * *
13392 AAAACAGATTATAATTGATTGTCCACATCGAGAAATGTGTAGAAAAAAATATTCATTAGTAAGTA
64 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAA
** * * * * ** * *
13457 AAGTCCATTTATACTCACTTATGCTTTTGGAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
129 AAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATC
* *
13522 TCATAATTGATTTGAAGGTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
194 TCATAATTGATTTGAA-GTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
* ** * * * *
13587 ACCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAGTTATTCATT-GATAGGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATG
258 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
13651 CCTTCAAAAGCCTTATTA
322 CCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
13669 CTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGTCTTTAAGTTAAACTTATTTT-CATTTTTAGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AA-TTTTTTTATATTTTTA-T
* * ** * * * *
13733 TCAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTGTTCATTGGCAAG-
63 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGA
* * * * * * * * *
13797 AAATTTCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTTGGTTTAAATATTTTTATAAT
128 AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAAT
* * * * ** *
13862 CTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTAGTCACTTGTGCCTTTAAAAGCCTTATTA
193 CTCATAATTGATTTGAAG-TGAATTTTTTTACA--T--T---TT-T--AATTAAAA--CATATTA
** * * * * * * ****** * *
13927 CTCGCTTTAAATGGCCTTATAATCTC-ATAATGCACTTAAAGTTATTTTTTTTATT-TTTGGTTA
245 -T--AATTGAAT-G---TCT-ACCTCGAGAA---ACATGAAG--A-AAAAGATATTCATTCG-TA
* * ** * * * ** * *
13990 AAATAAATTATAATTGA-ATGTCTACGT-TGAGAAACATGAAAAAAAAGTCAT-TTA
295 AGA-AAAGT-CCATTTATA-GTC-ACCTAT--G---CCT---TCAAAAGCCTTATTA
* * * ** * * * *** ** *
14044 -TTG-GTGAGAAAAG-TCTATATATACTTACTCATACCCTCGAAAGCTTTATCATTTGCTTTAAT
1 CTCGCTTTA-AATGGTTTTATA-AT-CTCA-TAATTGACT-TTAAG--TTA--ATTT--TTTTA-
* * * * * * ** * **** * **
14106 TGTTTTTGTAATCTACTAATTGATTTTGAGTTGAAT-T-T--TTTTATATTTTTTATTAAAACAG
54 T-ATTTT-T-AT-TA-AAATAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAA-AG
* * * * * ** * ** *
14167 ATTATAATTGAATGTGTACCTCTAGAAACGTGCAAAAAAGATATTCGTTAGCACGAAAAGTCCAT
112 ---CT-ATTCATTG-GTA-----AGAAAAGT-C----CATTTATAC--T--CAC-CCATG-CC-T
* * * ** * * * * * * *
14232 T-TATAGTCATCTATGCCTTCGGAAGCCTT-ATTGCACGTTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAA
155 TCGAAAG-CCT-TATTACTT-----GCTTTAATT----GTTTT-TATAATCTCATAAT-TGAT--
** *** * * *** * * * *
14295 TTGATTTGAAGTTGAGTTTC-TTTAT-ATT---TTTTATTA-AAAT-ATAT-TATA-ATTGATTG
205 TTGAAGTGAA-TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGA-ATGTCTACCTCGA--G
** * * * *
14351 TTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATCTATA---ACCTA
266 -AAACAT---G-AA---GAA-AAAGA-TATTCATTCG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
*
14412 TGCCTTCAAAATCCTTATTA
320 TGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * *
14432 CTCGTTTTAAATCATTTTAAAATCTCATAATTGACGTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTA-TT
* * * * * * * * *
14496 AAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGATAAAA-CCATTCATTTGTGAGA
64 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCTATTCATTGGTAAGA
* * * * * * *
14560 AAAGTCTATTTACACTGATCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTTGGTTTAATTGTTTTTATAAT
128 AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAAT
* * * * * * *
14625 CTCATACTTGATTT-AATGCAGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTGTAACTGAATGT
193 CTCATAATTGATTTGAA-G-TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * *
14689 CTACCTTGAAAAACAATGAAGACAAAGATATTCATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCT
256 CTACCTCGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCT
* *
14753 ATGCCTTCGAAAGCTTTATTA
319 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
14774 CTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGCATTTTTTTTTCATTTTTGAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTAT-ATTTTT-AT
* * * * * *
14839 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAG-AACGTGAAGAAAAAGATATTCA-TAGAAATG
63 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAA-G
* * * * ** * * * ** *
14902 AAAAAGTCTATTTATAGTTACCTACACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGCTTCATA
127 -AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATA
* * ** * * *
14967 ATCTCATAACTGACTTT-AAGTTATTCATTTTTTT--ATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTAA
191 ATCTCATAATTGA-TTTGAAGTGA---ATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGA
* * ** * * *
15029 ATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATT-GATGAGAAAAGTCCATTTAT-GCGC
252 ATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCG-TAAGAAAAGTCCATTTATAG-TC
* *
15092 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
315 ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
15117 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTATA-TTTTTATT
* * * * ** * * * * *
15182 AAAACAAATTATAACTAAACATCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
64 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAA
* * * * * * * * * *
15247 AAGCCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTGCCTGTTTTAAATGATTTTATAATC
129 AAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATC
* * * * * *
15312 TCATAATTGATTTGTAGTTGAATTGTTTTATATTTTCT-ATTCAAACAGATTATAATTGAATGTT
194 TCATAATTGATTTGAAG-TGAATTTTTTTACATTTT-TAATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
** * * * *
15376 TACCTC-AGGAAATGTGAAAAAAAAGTTATTCATTC-CAAGGAAAAGTCCATATATAGTCACCTA
257 TACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * **
15439 TGCGTTCAGAAGTTTTATTA
320 TGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
15459 CTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTATTCTTTTTTTTATTTTTGGTC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAT-TTTTTTATATTTTT-ATT
* * * *
15524 AAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCGAG-AACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTGAGA
64 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGTAAGA
* * * **
15587 AAAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAATTACTTTTATAAT
128 AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAAT
* * * * * *
15652 CTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAAAGTT
193 CTCATAATTGATTTGAAG-TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * * * *
15717 TATCTTGAGAAACGT-ACAGAAAAAGATATTCTTTGGCAAGAAAACTCTATTTATTGTCACATAT
257 TACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
**
15781 GCCTTCGGAAGCCTTATTA
321 GCCTTCAAAAGCCTTATTA
15800 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
15833 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2908, Mismatches: 739, Indels: 447
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 267 0.09
340 236 0.08
341 470 0.16
342 976 0.34
343 370 0.13
344 157 0.05
345 17 0.01
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349 8 0.00
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351 6 0.00
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368 8 0.00
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370 1 0.00
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390 10 0.00
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394 8 0.00
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421 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTATTAA
AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAA
GTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTGAAGTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
TCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT
CAAAAGCCTTATTA
Found at i:14227 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13915--15832 Score: 1579
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 171
13905 TGTGCCTTTA
* * ** *
13915 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCCTTATAATCTCATAA-TGCACTTAAAGTT--ATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTG-ACTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * *
13977 T-TATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACGT-TGAGAAACATGAAAAAAAAG-TC
65 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGAT-
* ** * * * * *
14039 ATTTATTGGTGAGAAAAGTCTATATATACTTA-CTCATACCCTCG
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCG
* * * * * * *
14083 AAAGCTTTATCATTTGCTTTAATTGTTTTTGTAATCT-ACTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCA-TAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
* *
14147 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTAGAAACGTGCA-AAAAAGATAT
65 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * * *
14211 TCGTTAGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCG
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * ** * * * * * *
14253 GAAGCCTTATTGCACGTTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAGTTTCTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTT
* * * * *
14317 TATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-TAT
65 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * *
14381 TCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATA---ACCTATGCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * * * ** * * *
14420 AAATCCTTATTACTCGTTTTAAATCATTTTAAAATCTCATAATTGACGTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * **
14485 -TA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGATAAAA-CCA
66 ATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGA-AAAAGATA
* ** * * * *
14547 TTCATTTGTGAGAAAAGTCTATTTACACTGATCC-ATACCTTCG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATACCTTCG
* * * * **
14590 AAAGTCTTATTACTTGGTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGA-TTTAATGCAGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAA-GTTGAATTTTTT
* * * * *
14654 TATATTTTTTATTAAAACAGATTGTAACTGAATGTCTACCT-TGAAAAACAATGAAGACAAAGAT
65 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAAC-GTGAAGAAAAAGAT
*
14718 ATTCATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG
128 ATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * * *
14762 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGCATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
14827 TTCATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAG-AACGTGAAGAAAAAGATAT
66 AT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * * * *
14891 TCA-TAGAAATGAAAAAGTCTATTTATAGTTACCTACACCTTCA
130 TCATTGGCAA-G-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * * * *
14934 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGCTTCATAATCTCATAACTGACTTTAAGTT--ATTCATTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT--TTT
* ** * * ** **
14997 TTTTATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAATATGAAGAAAAAGCC
64 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* *** * * *
15061 ATCCATTGATGAGAAAAGTCCATTTAT-GCGCACCCATGCCTTCG
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCTATACCTTCG
* * * * *
15105 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATGTTGAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * *
15170 ATATTTTTTATTAAAACAAATTATAACTAAACATCTACCT-TGGGAAATGTGAAGAAAAAGATAT
66 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* *
15234 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATACCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * * * * * *
15276 AAAGCCTTATTGCCTGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGTAGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
15340 TATATTTTCTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGGAAATGTGAAAAAAAAGTTA
65 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAACGTGAAGAAAAAGATA
* * * *
15404 TTCATT-CCAAGGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCGTTC-
129 TTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
** ** ** * *
15446 AGAAGTTTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTT-ATTCTTTT
1 A-AAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTT
* ** * * * *
15510 TTTTATTTTTGGTCAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCGAG-AACGTGAAGAAAAAG-TC
64 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-
** * * *
15573 ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCG
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* ** * *
15617 AAAGTCTTATTACTTGCTTTAATTACTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
15682 ATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAAAGTTTATCT-TGAGAAACGT-ACAGAAAAAGATA
66 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGA-AGAAAAAGATA
* * * * * *
15745 TTCTTTGGCAAGAAAACTCTATTTATTGTCACATATGCCTTCG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * *
15788 GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTG
15833 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1386, Mismatches: 306, Indels: 113
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.00
166 39 0.03
167 87 0.06
168 40 0.03
169 10 0.01
170 359 0.26
171 599 0.43
172 201 0.15
173 45 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
Done.