Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403090.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_756.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 2998 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:308 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3--4359 Score: 3522
Period size: 171 Copynumber: 25.5 Consensus size: 169
1 GT
* * * * *
3 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAAAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
68 GTTATTCATTGG-CAGCAAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTGG
66 GATATTCATTGGTAAG--AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * *
132 CTTTAAATGGGCTAATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
** * *
174 TTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACAT-AACGAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAA
** * * * * *
238 AAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCGTGTATACTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
64 AAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
303 CTTTAATTGTTTTTATAATCTCGTACTTGACTTTATGTTAAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * *
345 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGT-ACAAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAA
** * * *** **
409 AAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACTATATATTCAAAAATCTTATTACTCG
64 AAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
474 CTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGTCTTTAAGTTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * ** *
516 TTTTACTT-TCA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAAAATGTGAAGG
1 TTTT--TTAT-ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
** ** * *
579 AAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCTC-TTTATAGTTACCCATGCCCTCAAAAGCCTTATTAC
62 AAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
642 TCACTTTGAATGGTTTTATAATCTGATAATTGAATTGAAG-TGAAA
125 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-AA
* ** * * * *
687 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAAAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * ** * *
752 AGTTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
65 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
817 TTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGTT-CA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * *
857 TTTTTT-TCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCATGGGAGACATGAAGAAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * ** * * *
921 TGATATTCGTTCGTAGGAAAAGTTAATTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTC
65 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
986 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA-A
* ** * * *
1028 TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-ATATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* ** * * * * * *
1092 AG-TAATTCGTTTTTGAGAAAAGTCCATTTACACG-CATCCATACCTTTAGAAGCCTTATTACTT
65 AGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
1155 GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * ** ** *
1198 TTTTTTTATATTCTTTATTAAAATAGATTATAATTGTATGTAGACCTCT-AGAAATGTGCAGAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAA
* * * * **
1262 AATATATTAATTGGT-AGAAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTC
64 AAGATATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
1326 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTCGAAGTTAAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT-TAAGTTGAA
* * * * *
1369 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACATT-AGAAAATATGAGGAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAA
* * * * * *
1433 AAGCCT-TTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTT
64 AAG-ATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * **
1497 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGACTTTAACCTGAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
1540 TTTTATTTTATTTTTTGTTAAATCATATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATGAGGAAAA
1 TTTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * ** * * *
1605 AGCCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACCCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCT
65 AG-ATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
1669 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
** * * * * *
1711 TTTTTT-TACATTTTAGGCTAAAACAGATTATAATTAAATGT-TCACCTTGACAAACGTGCAGAA
1 TTTTTTATATTTTTTA--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * *
1774 AAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
63 AAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
1839 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATT-A-TTTGAAGTAGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGACTTT-AAGTTGAA
* * * * * * * *
1881 TTTTTTTTTATTTTTTACTAAAACATATTATAATTTAATGTTTACC-TCAGGAAATATAAAGAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAA
* * * * * *
1945 AAGTTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATACTCATCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCG
64 AAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
2010 CTTTAAATGGATTTATAATCTCACAATTGACTTTAAGCTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * ** ** * * *
2052 TTCTATTT-CATTTTTTGTTAAATTAGATTATAATCAAATGTCTACCTCGAGAAATATCAAGAAA
1 TT-T-TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * ** *
2116 AA-ATTTTTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATACCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
64 AAGA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
2179 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
*** * * ** *
2222 TTTTTTTATATTTTTGGCTCAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAATTTGCAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
** * * ** * **
2287 AGATATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCCCATTACCCAT
65 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
2352 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTATAGTTGAA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAA
* * * * * * * * *
2393 TTTTTTTATATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGTATGTTTAGCTCGGGAAACGTGAAAAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * ***
2458 AGTTAGTCATTGG-AAGGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATACCTTCAAAAATTTTATTACTCG
65 AGATATTCATTGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
2522 CTTTAATTGGCTTTATAATCTCATAATCGACTTTAAGTT-ATTA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA--A
* * * * * * *
2565 TTTTTT-TCATTTTTGATCAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTCGATAAATATGAAGAAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * ** * * *
2629 AG-TCATTCATTAGTGAG-AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTTCTTG
65 AGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* ** * * *
2692 CTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAGT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA-A
* * * * *
2735 TTTTTTATATTTTTTATTAAAAAATATTATAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * ** * * **
2800 GATTTTCATTAGCAAGAAAACTCTTTTTATTGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCT
66 GATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
2865 TTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGA-TTTGAAGTTGAA
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA
* * * *
2905 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTTTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * *
2970 AGTTATTTACTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGC
65 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
3035 TTTAAATGGCTTTATAATCTCCTAATTGACTTTAAGTT--T
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* ** * * ** * *
3074 TTTTTTTTATTTTTGGTCAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAGGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
*** * * * * * *
3139 TCCATTCATTGCTGAGAAAAGTCCATTTATACTCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
66 GATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
3204 GTAATTGTTTTTATATTC-CTATAATTGATTTTAAAGTTGAA
130 TTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGACTTT-AAGTTGAA
* * * * *
3245 TTTTTTTTATATTTTTATTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGCAGAAAA
1 TTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * ** ** *
3310 AGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCGATTTGTAGTCACCTATATCTTCGGAAGCCTTATTACTCAC
65 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
3375 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATG
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA-A
* * * * *
3417 TTTTTTACAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAAAACATCAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* *
3482 GTTATTCATTGGTAACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGC
66 GATATTCATTGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** * *
3546 TTTAAATGGGCTGATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* ** * * * **
3587 TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * ** * * *
3651 A-ACCATTCATTGGTGAGAGAAGTGCATATATTCTCATCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
65 AGA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** * * *
3715 CTTTAATTGTTTTTATAATCTCGTTCTTGATTTTATGTTCAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * * *
3757 TTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAGATCATAACTGAATGT-TAACCTTAAGAAACGTGCA-AAA
1 -TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * * **
3820 AAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTCATAGTCAACTATGTCTTCAAAAACTTTATCACTTA
64 AAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
3885 CTTGAAATGGTTTTAGAACCTCATAAGTGTCTTTAAATTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * ** * *
3927 TTTTGCTT-TCA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATGTAAAGC
1 TTTT--TTAT-ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * *
3990 AAAAGGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CTCTCAAAAGCCTTATTAC
62 AAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTAC
* ** * * * *
4054 TCGCTCTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTGGAGC
125 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA-A
* ** * *
4100 TTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AGATGATAATTGAATGTCTACC-ACAGGAGACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * *
4163 TGATATTCGTTCGCAGGAAAAGTCTATTTATGGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGC
65 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
4228 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
** * * * * * **
4268 TATTTTT-TCATTTTTGGTCAAAATAGACTATAATTGAATGT-TGTCCTCGAGAAATGTGAAGAA
1 T-TTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAA
** * * *
4331 AAAGCCATTCGTTGTTGAGAAAAGTCCAT
63 AAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
4360 AGGTTTATAG
Statistics
Matches: 3343, Mismatches: 721, Indels: 245
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 125 0.04
169 214 0.06
170 835 0.25
171 1751 0.52
172 409 0.12
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
GATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
Found at i:1318 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 2--4334 Score: 3774
Period size: 682 Copynumber: 6.4 Consensus size: 677
1 G
* * ****
2 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAAAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAAAAAA
* * * *
67 AGTTATTCATTGGC-AGCAAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTG
66 AGTTATTCATTGGCAAG--AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * *
131 GCTTTAAATGGGCTAATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTATCATTTTTGGTTAAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT-TCATTTTTTGTTAAA
* ** *
196 ACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACAT-AACGAAAAAGCCATTCATTGG-TGAGAAA
193 ACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGATATTCATTGGCAG-GAAA
* * *
259 AGTCCGTGTATACTCATCC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTT-AATTGTTTTTATAA
256 AGTCCATTTATACTCA-CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * * * *
321 TCTCGTACTTGACTTTATGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
318 TCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT-AATGT
* * * * *** * *
386 CTACCTTAAAAAACGT-ACAAAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACTA
382 TTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCA
** * * * *
450 TATATTCAAAAATCTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTG-TCTTTAAGTTG
445 TACCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTT-TAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTG
* * * *
514 AATTTTACTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAAAATGTGAAG
508 AATTTT--TTTATATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAATATGAAG
* * ** ** * *
578 GAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCTC-TTTATAGTTACCCATGCCCTCAAAAGCCTTATTA
569 AAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
641 CTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTGATAATTGAATTGAAG-TGAAA
632 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTG-AA
*
687 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAAAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAAAAAA
* * * *
752 AGTTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
66 AGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
817 TTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGTT-CATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * **
881 GATTATAATTAAATGTCTACCATGGGAGACATGAAGAAAATGATATTCGTTCGTAGGAAAAGTTA
196 GATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAGTCC
** *
946 ATTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
261 ATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * *
1011 TTGACTTTAAGTT-AATATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTATATGTTTACCTC
326 TTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTA-ATGTTTACCTC
* * * ** *
1075 GAGAAACATGAAGAAAAAG-TAATTCGTTTTTGAGAAAAGTCCATTTACACG-CATCCATACCTT
389 AAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATA-GTCA-CCATACCTT
* * * * *
1138 TAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
451 CAAAAACCTTATTACTCGCTTTAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * * *
1203 TTATATTCTTTATTAAAATAGATTATAATTGTATGTAGACCTCTAGAAATGTGCAGAAAAATATA
515 TTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAATATGAAGAAAAA-GTA
* * * *
1268 TTAATTGGT-AGAAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTA
577 TTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
1332 AATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTCGAAGTTAAA
641 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATT-GAAGTTGAA
* * * * * * * **
1369 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACATTAGAAAATATGAGGAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAAAAAA
* * * * *
1434 AGCCT-TTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTG
66 AG-TTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * ** * *
1498 CTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGACTTTAACCTGAATTTTATTTTATTTTTTGTTAAAT
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTT-TTTCATTTTTTGTTAAAA
* * * * *
1563 CATATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATGAGGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAAGAAAAG
194 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAGGAAAAG
* * * * * *
1627 TCTATTTATACCCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
258 TCCATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * ** *
1692 TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTAGGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTCACC
323 TAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACC
** * * * *
1757 TTGACAAACGTGCAGAAAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTATACCTTC
387 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTC
* * * * *
1822 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATT-ATTTGAAGTAGAATTTTT
452 AAAAACCTTATTACTCGCTTT-AATTGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
1886 TTTTATTTTTTACTAAAACATATTATAATTTAATGTTTACCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGTTA
515 TTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GAAATATGAAGAAAAAG-TA
* * * * *
1951 TTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATA-CTCATCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
577 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
2015 AATGGATTTATAATCTCACAATTGACTTTAAGCTGAA
641 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAA
* * * ** ** * * * *
2052 TTCTATTT-CATTTTTTGTTAAATTAGATTATAATCAAATGTCTACCTCGAGAAATATCAAGAAA
1 TT-TTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACAT-AAAAAA
* ** *
2116 AAA-TTTTTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATACCCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
64 AAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
2178 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGGCTC
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCAT-TTTTT-GTTA
* * ** * * *
2242 AAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAATTTGCAGAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAA
191 AAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAA
* * * ** *
2307 AGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCCCATTACCCAT-TTTAAATAGTTTTATAATC
256 AGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATAGTTTTATAATC
* *
2371 TCATAATTGA-TTTATAGTTGAATTTTTTTATATTTTCT-ATTAAAATAGATTATAATTGTATGT
320 TCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTT-TGATTAAAACAGATTATAATT-AATGT
* ** * * * * *
2434 TTAGCTCGGGAAACGTGAAAAAAAAGTTAGTCATTGG-AAGGAAAAGTCCATATATAGTCACCTA
382 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-A
** * * *
2498 TACCTTCAAAAATTTTATTACTCGCTTTAATTGGCTTTATAATCTCATAATCGACTTTAAGTT-A
445 TACCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAATT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
2562 TTATTTTTTTCAT-TTTTGATCAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTCGATAAATATGAAGA
509 --ATTTTTTT-ATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAATATGAAGA
* * * * *
2626 AAAAGTCATTCATTAGTGAG-AAAGTCCATTTATA-CTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTTC
570 AAAAGT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * * * * *
2689 TTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAG
633 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAA
* * * ** * ** *
2734 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAATATTATAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAAAAAA
* * ** * * **
2799 AGATT-TTCATTAGCAAGAAAACTCTTTTTATTGTCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCG
66 AG-TTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
2863 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTGTTAAA
* * * * * * * * *
2927 ACAGATTATAACTGAATGTTTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAGTTATTTACTAGCAGGAAAAG
193 ACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAG
* * * * * * *
2992 TCCATTTATAGTCACCTGTGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCC
258 TCCATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * *
3057 TAATTGACTTTAAGTT---TTTTTTTTTATTTTTGGTCAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACC
323 TAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACC
* * * *** * * * *
3119 TCAACAAACATGAAGGAAAATCCATTCATTGCTGAGAAAAGTCCATTTATACTCGCCCATGCCTT
387 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATACCTT
* * * * *
3184 CGAAAGCCTTATTACTTGCTGTAATTGTTTTTATATTC-CTATAATTGATTTTAAAGTTGAATTT
451 CAAAAACCTTATTACTCGCTTTAATTG-TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTT-AAGTTGAA-TT
* * * * *
3248 TTTTTATATTTTTATTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGCAGAAAAAGA
512 TTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTAGAAATATGAAGAAAAAG-
* * * * * * ** *
3313 TATTTATTGGCAAGAAAAGTCGATTTGTAGTCACCTATATCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTT
575 TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
3378 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
640 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAA
* * * * ** * *
3415 TGTTTTTTACAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAAAACATCAAGAAA
1 T-TTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAAAAA
* *
3480 AAGTTATTCATTGGTAACAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT-TTACTC
65 AAGTTATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * *
3544 GCTTTAAATGGGCTGATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTTGTTAAA
* * ** * * *
3609 CCAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAA-ACCATTCATTGG-TGAGAGA
193 ACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAG-GAAA
* * * * * *
3671 AGTGCATATATTCTCATCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTT-AATTGTTTTTATAAT
256 AGTCCATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAG-TTTTATAAT
* ** * * * * *
3734 CTCGTTCTTGATTTTATGTTCAATTTTTTTATATTTGTT-ATTAAAACAGATCATAACTGAATGT
319 CTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTGATTAAAACAGATTATAA-TTAATGT
* * * * * * *
3798 TAACCTTAAGAAACGTGCA-AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTCATAGTCAACTAT
382 TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAT
** * * ** * * * * * *
3862 GTCTTCAAAAACTTTATCACTTACTTGAAATGGTTTTAGAACCTCATAAGTG-TCTTTAAATTGA
446 ACCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTT-TAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGA
* * * * *
3926 ATTTTGCTTT-CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATGTAAAGC
509 ATTTT--TTTATATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAATATGAAG-
* * * ** *
3990 AAAAGGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CTCTCAAAAGCCTTATTAC
569 AAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCT-TCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
4054 TCGCTCTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTGGAG
633 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAA
* * * ** * * * *
4099 CTTTTTTATATTTTTTATT-AAAAAGATGATAATTGAATGTCTACCACAGGAGACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAAAAAA
* * * * * * * * *
4163 TGATATTCGTTCGCAGGAAAAGTCTATTTATGGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGC
66 AGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
4228 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATATTTTTTCATTTTTGGTCAAAAT
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTTTTGTTAAAAC
* * * * **
4292 AGACTATAATTGAATGT-TGTCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAG
195 AGATTATAATTAAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
4335 CCATTCGTTG
Statistics
Matches: 2945, Mismatches: 593, Indels: 222
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 3 0.00
680 135 0.05
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682 1210 0.41
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685 82 0.03
686 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (677 bp):
TTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAAAAAA
AGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACA
GATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAGTCC
ATTTATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAATGTTTACCTCAA
GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAA
ACCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAATATGAAGAAAAAGTATTCATTGGT
AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGAATTGAAGTTGAA
Found at i:1886 original size:853 final size:847
Alignment explanation
Indices: 19--4359 Score: 4078
Period size: 853 Copynumber: 5.1 Consensus size: 847
9 ATATTTTTTA
* * * * * * *
19 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAAAAAAAGTTATTCATTGG-CAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAG
* * * * ** *
83 CAAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGGCTAAT
66 --AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
*
148 AATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTATCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
129 AATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
* * * *
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193 GTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCATC
* * * * * *
277 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCGTACTTGACTTTATGTT
257 CATACCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
342 AAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTACAAA
322 GAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACGTGCAGA
* * *** **
407 AAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACTATATATTCAAAAATCTTATTACT
386 AAAAGATATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
472 CGCTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTG-TCTTTAAGTTGAATTTTACTTTCA-TTTTTAGT
450 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTT--TTTTATTTTTTA-T
* * * *
535 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAG-
511 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGGAAAAGCCTTTCATTGGCAAGA
* * * * *
599 AAAGTCTC-TTTATAGTTACCCATGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGGTTTTATAA
576 AAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* *
663 TCTGATAATTGAATTGAAGTGAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGT
640 TCTCATAATTGAATTTAAGTG-AATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
728 CTACCTCAAAAAACGTAAAAAAAAAGTTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
703 CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * *
793 ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGTTCAT
768 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAT
**
858 TTTTTTCATTTTTTG
833 TTTTTTCATTTTAGG
* * * * * * *
873 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCATGGGAGACATGAAGAAAATGATATTCGTTCGT-AG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGA-
** * * * *
937 GAAAAGTTAATTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATAGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
1002 ATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTATATG
130 ATCTCATACTTGACTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * * * ** * *
1067 TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTAATTCGTTTTTGAGAAAAGTCCATTTACACGCATCCA
194 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCATCCA
* *
1132 TACCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGA
259 TACCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
1197 ATTTTTTTATATTCTTTATTAAAATAGATTATAATTGTATGTAGACCTCT-AGAAATGTGCAGAA
324 ATTTTTTTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCT-TAAGAAACGTGCAGAA
* * * * * * **
1261 AAATATATTAATTGGTAGAAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTC
387 AAAGATATTCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** *
1326 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
451 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAA
* *
1391 ATAGATTATAATTGAACGTCTACATT-AGAAAATATG-AGGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAA
515 ACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAG-AAATATGAAGG-AAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
1454 ACTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCT
578 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * * ** * *
1519 CACAATTGACTTTAACCTGAATTTTATTTTATTTTTTGTTAAATCATATTATAATTAAATGTCTA
643 CATAATTGAATTTAA-GTGAATTTT-TTTTATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTA
* ** * * * ** * *
1584 CCTTGAGAAATATGAGGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACCCACCCATGC
706 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATAC
* * * * * *
1648 CTTCGAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT
770 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATT
1713 TTTTTACATTTTAGG
834 TTTTT-CATTTTAGG
* * * * *
1728 CTAAAACAGATTATAATTAAATGT-TCACCTTGACAAACGTGCAGAAAAAGATATTCATTGGTGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGA
* *
1792 GAAAAGTCCATTTGTAGTCA-CTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * *** * *
1856 ATCTCATAAATT-A-TTTGAAGTAGAATTTTTTTTTATTTTTTACTAAAACATATTATAATTTAA
130 ATCTCAT-ACTTGACTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
* * * * ** * * *
1919 TGTTTACCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGTTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATACTCATC
192 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCATC
* * * * ** * * *
1984 CATGCTTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCACAATTGACTTTAAGC
257 CATACCTTCAG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** ** * ** **
2048 TGAATTCTATTTCAT-TTTTTGTTAAATTAGATTATAATCAAATGTCTACCTCGAGAAATAT-CA
321 TGAATT-T-TTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACGTGC-
* * * * *
2111 AGAAAAA-ATTTTTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATA-CCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
383 AGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACT-ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* **
2174 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
446 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTA
* * * * * * * * *
2239 CTCAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAATTTGCAGAAAAAG-ATATTCATTGCCAA
510 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGGAAAAGCCT-TTCATTGGCAA
** * ** * **
2303 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCCCATTACCCATTTTAAAT-AGTTTTAT
574 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * *
2367 AATCTCATAATTG-ATTTATAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGTA
638 AATCTCATAATTGAATTTA-AG-TGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
2431 TGTTTAGCTCGGGAAACGTGAAAAAAAAGTTAGTCATTGG-AAGGAAAAGTCCATATATAGTCAC
700 TGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*** * * * *
2495 CTATACCTTCAAAAATTTTATTACTCGCTTTAATTGGCTTTATAATCTCATAATCGACTTTAAGT
764 CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
* *
2560 TATTATTTTTTTCATTTTTGA
829 TA--ATTTTTTTCATTTTAGG
* * * * * * *
2581 TCAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTCGATAAATATGAAGAAAAAG-TCATTCATTAGTGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGTGA
* * * * * * * *
2645 G-AAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTTCTTGCTTTAATTATTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * ** * * *
2709 ATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAATATTATAATTAAAAG
130 ATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
** * * * ** * ** **
2774 TCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAG-ATTTTCATTAGCAAGAAAACTCTTTTTATTGTCA-CC
194 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCATCC
* * * * *
2837 TATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAGAATTGATTTGAAGT
258 -ATACCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
2901 TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTTTACCTTCAGAAAAATGAAG
321 TGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACGTGCAG
* * * * * * * *
2966 AAAAAGTTATTTACTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTGCCTTCAAAAGTCTTATTAC
385 AAAAAGATATTCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * ** *
3031 TCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCCTAATTGACTTTAAGTT--TTTTTTTTTATTTTTGGTCAA
449 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAA
* * ** * * * * *
3094 AACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAGGAAAATCCATTCATT-GCTGAGAAA
514 AACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGGAAAAGCCTTTCATTGGC-AAGAAA
* * * * * * * *
3158 AGTCCATTTATACTCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTGTAATTGTTTTTATATTC-
578 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * *
3222 CTATAATTGATTTTAAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTATTAAAAGATATTATAATTGAATGTC
643 C-ATAATTGAATTT-AAG-TGAATTTTTTTTAT-TTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
3287 TACCAT-GAGAAACATGCAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCGATTTGTAGTCACCTAT
704 TACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* ** * * *
3351 ATCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
768 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAT
3416 GTTTTTTACAGTTTTTA--
833 -TTTTTT-CA--TTTTAGG
* * * * *
3433 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAAAACATCAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGA-
* * * ** *
3498 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATGGGCTGATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
*
3562 ATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTAAATG
130 ATCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * * * * * * *
3627 TCTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTGGTGAGAGAAGTGCATATATTCTCATCTA
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* * ** * *
3691 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCGTTCTTGATTTTATGTTCA
259 TACCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
3756 ATTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAGATCATAACTGAATGT-TAACCTTAAGAAACGTGCA-AA
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387 AAAGATATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
3884 ACTTGAAATGGTTTTAGAACCTCATAAGTG-TCTTTAAATTGAATTTTGCTTTCA-TTTTTAGTT
451 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTT--TTTTATTTTTTA-TT
* * * * * *
3947 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATGTAAAGCAAAAG-GTATTCATTTGCAAGA
512 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGGAAAAGCCT-TTCATTGGCAAGA
* * *
4011 AAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAATTTTATAA
576 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * *
4075 TCTCATAATTGAATTGAAGTGGAGCTTTTTTATATTTTTTATT-AAAAAGATGATAATTGAATGT
640 TCTCATAATTGAATTTAAGT-GA-ATTTTTTTTATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
4139 CTACCAC-AGGAGACGTGAAGAAAATGATATTCGTTCGCAGGAAAAGTCTATTTATGGTCACTTA
703 CTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * *
4203 TGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAA
767 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAA
*
4268 TATTTTTTCATTTTTGG
832 T-TTTTTTCATTTTAGG
* * * * * ** ** * *
4285 TCAAAATAGACTATAATTGAATGT-TGTCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGTTGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGA
4349 GAAAAGTCCAT
65 GAAAAGTCCAT
4360 AGGTTTATAG
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (847 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTGAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCATCCATA
CCTTCAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACGTGCAGAAAAAG
ATATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGGAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
AATTTAAGTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
CGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTCATTTTA
GG
Found at i:4724 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 4366--4907 Score: 522
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 173
4356 CCATAGGTTT
* * * * * * * * *
4366 ATAGGTTTATAATCTTATAATTAATTTAAAGTTAAATAT-T-TTTATATTTTTAATTAAAAT-AG
1 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTCTATTTACATTTTTAGTT-AAATCAG
* * * * * * *
4428 ATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAATATGAGGAAAAAACCTTTCATTAGCAAGAAAAATCCA
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
* * *
4493 TTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCAATTTAC
130 TTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAA
* * *
4537 ATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTCTATTT-CATTTTTAGTTAAATCATA
1 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTCTATTTACATTTTTAGTTAAATCAGA
* * * *
4600 TTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAGACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAACAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
** * **
4665 TTATACCCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
131 TTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAA
* *** * * * *
4708 ATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTACTTTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
1 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTCTATTTACATTTTTAGTTAAATCAGA
** * * ** * * *
4773 TTATAATTGAATGTCCGCCTCGAGAAACGTGTTGAAAAAG-ATATTAATTAATAAGAAAAGT-CA
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCT-TTCATTAGTAAGAAAAGTCCA
* * ** *
4836 TTTTATAGTAACCTATATCTTCGGAAGCCTTATTACTCATTTTAA
130 -TTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAA
*
4881 ATAGTTTTATAATATCATAATTGATTT
1 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
4908 AAAGTAAAAT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 66, Indels: 12
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTCTATTTACATTTTTAGTTAAATCAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAA
Found at i:4843 original size:474 final size:472
Alignment explanation
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Period size: 474 Copynumber: 1.9 Consensus size: 472
3927 TTTTGCTTTC
* * * **
3937 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATGTAAAGCAAAAGGTATTCA
1 ATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATAAAGAAAAACCTATTCA
* * * **
4002 TTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAA
66 TTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCTCTCAAAAGCCTTATTACTCAATCTAAATAA
* * *
4067 TTTTATAATCTCATAATTGAATTGAAGTGGAGCTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAGATGATAAT
131 TTTTACAATCTCATAATTGAATTGAAGTGGAGATTTTTTACATTTTTTATTAAAAAGATGATAAT
* * * * * * ***
4132 TGAATGTCTACCACAGGAGACGTGAAGAAAATGATATTCGTTCGCAGGAAAAGTCTATTTATGGT
196 TAAATGTCTACCACAGGAGACATGAAGAAAAAGATATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATACC
* * **
4197 CACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
261 CACCTATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
* * * *
4262 AGTTAATATTTTTTCATTTTTGGTCAAAATAGACTATAATTGAATGTTGTCCTCGAGAAATGTGA
326 AGTTAATATTTTTTCATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCGTCCTCGAGAAACGTGA
* ** ** *
4327 AGAAAAAGCCATTCGTTGTTGAGAAAAGTCCATAGGTTTATAGGTTTATAATCTTATAATTAATT
391 AGAAAAAGACATTAATTAATAAGAAAAGTCCAT--GTTTATAGGTTTATAATCTTATAATTAATT
4392 TAAAGTTAAATATTTTTAT
454 TAAAGTTAAATATTTTTAT
* * *
4411 ATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAATATGAGGAAAAAACCT-TTC
1 ATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATAAAG-AAAAACCTATTC
* * * *
4475 ATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGC-CTTCAAAAGCCTTTTTACTCAATTTACAT
65 ATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCTC-TCAAAAGCCTTATTACTCAATCTAAAT
** * * * *
4539 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-GA-ATTCTATTT-CA-TTTTTAGTTAAATCATA
129 AATTTTACAATCTCATAATTGAATTGAAG-TGGAGATT-T-TTTACATTTTTTA-TTAAA-AAGA
* ** * * * *
4600 TTATAATTAAATGTCTACC-TTGAGAGACATGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGTAAGAACAGTCC
189 TGATAATTAAATGTCTACCACAG-GAGACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTCGCAAGAAAAGTCC
* *
4663 ATTTATACCCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
252 ATTTATACCCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
* ** * *
4728 TTGATTTTACTTTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGAT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCCG-C
317 TTGACTTTAAGTT-AA-TATTTTTT-CATTTTT-GATCAAAACAGACTATAATTGAATGT-CGTC
** *
4791 CTCGAGAAACGTGTTGAAAAAGATATTAATTAATAAGAAAAGT-CAT-TTTATAG
377 CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTAATTAATAAGAAAAGTCCATGTTTATAG
4844 TAACCTATAT
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 66, Indels: 28
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
473 9 0.03
474 144 0.41
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (472 bp):
ATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATAAAGAAAAACCTATTCA
TTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCTCTCAAAAGCCTTATTACTCAATCTAAATAA
TTTTACAATCTCATAATTGAATTGAAGTGGAGATTTTTTACATTTTTTATTAAAAAGATGATAAT
TAAATGTCTACCACAGGAGACATGAAGAAAAAGATATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATACC
CACCTATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTA
AGTTAATATTTTTTCATTTTTGATCAAAACAGACTATAATTGAATGTCGTCCTCGAGAAACGTGA
AGAAAAAGACATTAATTAATAAGAAAAGTCCATGTTTATAGGTTTATAATCTTATAATTAATTTA
AAGTTAAATATTTTTAT
Found at i:5502 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5191--5522 Score: 390
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
5181 GTCACCTATA
5191 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAAACTCACAATTGACTTTAAGCTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAAACTCACAATTGACTTTAAGCTGAAT
* * *
5256 TCTATTTCATTTTTGGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTCTATCTCAAAAAATGTGAAGAAAAA
66 TCTATTTCATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTCAAAAAATGTCAAGAAAAA
*
5321 GCCTTTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATACCCACCCATG
131 GCATTTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATACCCACCCATG
* * * ** * * **
5362 CCTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAATTTGAAG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAAACTCACAATTGACTTTAAGCTGAA-
* * *
5427 TT-T-TTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TCA-CTTCGAGAAACATG-CAA
65 TTCTATTT-CATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-ATC-TC-A-AAAAATGTCAA
* *
5487 -AAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATA
125 GAAAAAGCAT-TTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATA
5523 GTCACCTATA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 18, Indels: 14
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
171 119 0.88
172 5 0.04
173 6 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAAACTCACAATTGACTTTAAGCTGAAT
TCTATTTCATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTCAAAAAATGTCAAGAAAAA
GCATTTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATACCCACCCATG
Found at i:6159 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5788--6219 Score: 485
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 168
5778 NNNNNNNNNN
* * * *
5788 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTTACAATTCCATAGTTGATTTTAAGTTA
1 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTA-AACT-CATAATTGACTTTAAGTT-
* ** * *
5852 AATTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAGACTATAATTGAATCTATACCTTGATAAACGTGAAGAA
63 AATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATCTATACCTCAAGAAACATGAAGAA
5917 AAAAATATTCTTTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCACCTA
127 AAAAATATTCTTTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCACCTA
* *
5959 TGCCTTCAAGAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGA
1 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAAACTCATAATTGACTTTAAGTT-A
* * * * *
6024 ATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-CAAA
64 ATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATCTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * *
6088 AAGTCATT-TATTGACAAGAAAAG-TGTATTTATAGTCACTTA
129 AAAT-ATTCT-TTGACAAGAAAAGCT-AATTTATAGTCACCTA
* * * * * * * *
6129 TGTCTTCAAAAGCTTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTACTTTCAGTTAA
1 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAAACTCATAATTGACTTTAAGTTAA
* *
6194 TTTTTTTTATTTTTGATTATAACAGA
65 TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGA
6220 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 34, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.15
170 125 0.56
171 56 0.25
172 6 0.03
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTAAT
TTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATCTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
ATATTCTTTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCACCTA
Found at i:6615 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6320--7772 Score: 1209
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
6310 NNNNNNNNNN
* * * *
6320 AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTA-A
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA
* * * * * *
6383 TCATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTTCACTTCAAATCAATTATGAGA
65 -CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** ** *
6448 TTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTAT
129 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * *
6491 AGGTGACTATATATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGGTAGAC
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * * *
6556 ATTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAAATAAAATTAAAATTAATTATGAGATT
66 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
**
6621 ATAAAACCATTTAGCGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
131 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
** * * * * *
6662 AGGTGGGTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCATATCTCTCAAGGTAGA
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * *
6726 CATTTAATTATAATCTGA-TTTAACTAAAAATGA-AATAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAG
65 CATTCAATTATAATCT-ATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
6789 ATTATAAAATCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
128 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * * *
6833 AGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAGTGAA-AGGC-TTTTCCTCATATTTCCCAATGTAGA
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
** * ** * * *
6896 TGTGCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATATAAAAATATTTAACTTCAAATCAATTATAAGAT
65 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** *
6961 TGT-AAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTAT
130 TATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * *
7003 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAGTATATTTTT-TTGCACGTTTC-AAGAGGTCA
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTT-CATGTTTCTCA-AGGT-A
* * * * *
7066 -ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTGAAAATCAAATATGAG
63 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * *
7130 ATTATAAAAATAATGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT
128 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * * ** *
7174 GGGTGAGTATAAACGGACTTTTCTCAACAACGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAA
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * *
7238 CATTCAATTATAGTCTATTTTGAC-CAAAA-ATGAAAAAATATTAACTTAAAGTCAATTATGAGA
65 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT-TTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
7301 TTATAAAACCATTTCAAGCGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCAT
129 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * * * * *
7344 AGGTGACCATAAATGGACTTTTCCTGCGAACGAATATCATTTTCTTCATGTCTCCCATGGTAGAC
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * *** ** * *
7409 ATTCAATTATCATCTTTTTTGATAAAAAATATAAAAATGCTCCACTTCAATTCAATTATGAGATT
66 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
7474 ATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-GGAGCAT
131 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCAT
* * ** * * * ** * *
7515 GGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAAGAATGAATAGCTTTTACTTTACATTTCCCAATGTAGAC
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * *
7580 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGA-AAGCAAAATTCAACTTAAAGA-CACTTATGAG
66 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-ATAA-AAAAATTTAACTTAAA-ATCAATTATGAG
* * * ** * *
7643 GTTTTAAAACCATTTCAAGTAAGTAATAAGGTTTTTGAAGACAT
128 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * * *
7687 AGTTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATAT-TATTTT-TGCACGTTTCTTAAGGTTA-
1 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAG
* * *
7749 ACATTCAGTTATGATCTGTTTTAA
64 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA
7773 TAACAAANNN
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 237, Indels: 58
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.02
170 256 0.25
171 639 0.63
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
Found at i:7079 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 6359--7775 Score: 1253
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 337
6349 ATAAATAACT
* *
6359 TTTTCTTCATGT-TTCCTAAGGTA-ATCATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAC
1 TTTTCTTCACGTCTT-C-AAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-
* * *** **
6422 AATTTCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCGAAG
62 AA-TTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * *
6487 GTATAGGTGACTATATATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTT-TGTGCATGTTTCTCAAGG
126 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATAGCTTTTCT-T-CATATTTCCCAATG
* * * * * * * * *
6551 TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAAAAAT-ATAAAAAAAATAAAATTAAAATTAATTAT
189 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGA-AAAAATATTTAACTTAAAGTCAATTAT
** ** *
6615 GAGATTATAAAACCATTTAGCGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGGGTACAAATGGAC
253 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* **
6680 TTTTCTTGCCAATGAAAGGCT-
318 TTTTCCTGCCAATG--AGTATA
** * * *
6701 TTTTCTTCATATCTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGATTTAACT-AAAAATGA-AATAG
1 TTTTCTTCACGTCT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAT-ATAA-AA
*
6764 AATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
62 AATTCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
6829 GCATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAGTGAA-AGGCTTTTCCTCATATTTCCCAATGT
126 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATA-GCTTTTCTTCATATTTCCCAATGT
** * **
6893 AGATGTGCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAAT-ATAAAAATATTTAACTTCAAA-TCAATTAT
190 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGA-AAAAATATTTAACTT-AAAGTCAATTAT
* * * ** *
6956 AAGATTGT-AAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGA
253 GAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
7020 CTTTTCCTGCCAATGAGTATA
317 CTTTTCCTGCCAATGAGTATA
* *
7041 TTTTTTTGCACGT-TTCAAGAGGTCA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
1 TTTTCTT-CACGTCTTC-A-AGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAA
* * * *
7104 AAATTCAGCTGAAAATCAAATATGAGATTATAAAAATAATG-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAA
61 AAATTCA-CTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATGTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * * *
7168 AGGTATGGGTGAGTATAAACGGACTTTTCTCAACAACGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
124 AGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATAG-C-TTTTCTTCATATTTCCCAA
* * * *
7232 -GAAAAACATTCAATTATAGTCTATTTTGACCAAAAATGAAAAAATA-TTAACTTAAAGTCAATT
187 TG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAATATTTAACTTAAAGTCAATT
* * *
7295 ATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACCATAAATGG
251 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGG
* * *
7360 ACTTTTCCTGCGAACGAATATCA
316 ACTTTTCCTGCCAATGAGTAT-A
* * * * * *
7383 TTTTCTTCATGTCTCCCATGGTAGACATTCAATTATCATCTTTTTTGATAAAAAATAT-AAAAAT
1 TTTTCTTCACGTCT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAT
* * * *
7447 GCTCCACTTCAATTCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-GG
65 --T-CACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATGTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
7510 AGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAAGAATGAATAGCTTTTACTTTACATTTCCCAATG
126 -GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATAGCTTTT-CTTCATATTTCCCAATG
* * * * *
7575 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAGCAAA-ATTCAACTTAAAGACACTTA
189 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGAAA--AAATATTTAACTTAAAGTCAATTA
* * * ** * * * *
7639 TGAGGTTTTAAAACCATTTCAAGTAAGTAATAAGGTTTTTGAAGACATAGTTGACTATAAATAGA
252 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
* * *
7704 CTTTTCTTGCCAATAAATATTA
317 CTTTTCCTGCCAATGAGTA-TA
* * *
7726 TTTT-TGCACGT-TTCTTAAGGTTA-ACATTCAGTTATGATCTGTTTTAATAA
1 TTTTCTTCACGTCTTC--AAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
7776 CAAANNNNNN
Statistics
Matches: 878, Mismatches: 150, Indels: 94
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 11 0.01
340 32 0.04
341 479 0.55
342 251 0.29
343 103 0.12
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTTTCTTCACGTCTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATT
CACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATA
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATAGCTTTTCTTCATATTTCCCAATGTAGACAT
TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAATATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTG
CCAATGAGTATA
Found at i:7418 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 6359--7609 Score: 1325
Period size: 512 Copynumber: 2.4 Consensus size: 511
6349 ATAAATAACT
* * * *
6359 TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTA-ATCATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAACA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA-A
* *
6423 -ATTTCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCCGAAG
64 TATTTCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAG
* * * * * *
6487 GTATAGGTGACTATATATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGGT
128 GTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATATATTTTTGTGCACGTTTCTAAAGGT
* * * * * * *
6552 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAAATAAAATTAAAATTAATTATGA
193 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATAAAATGAAAATCAAATATGA
* * * ** * * * *
6617 GATTATAAAACCATTTAGCGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGGGTACAAATGGACTT
258 GATTATAAAAACAATGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGAGTACAAACGGACTT
*** * * ** * *
6682 TTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATATCTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGATTT
323 TTCTCAACAACGAAAGACTTTTTCTTCATATCTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGATTT
* * *
6747 AACTAAAAATGAAATAGAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTAAAGCGAG
388 AACCAAAAATGAAATAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCGAG
* * * **
6812 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAGTGAAAGGC
453 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACCATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAAAGGC
* * ** * *
6871 TTTTCCTCATATTTCCCAAT-GTAGATGTGCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATATAAAAAT
1 TTTTCTTCATGTTTCCC-ATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAT
* * *
6935 ATTTAACTTCAAATCAATTATAAGATTGTAAACCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGG
65 ATTTCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGG
* * *
7000 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAGTATATTTTTTTGCACGTTTC-AAGAGGT
129 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATATATTTTTGTGCACGTTTCTAA-AGGT
* * * **
7064 CA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTGAAAATCAAATATG
193 -AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATAAAATGAAAATCAAATATG
* * * *
7128 AGATTATAAAAATAATGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGAGTATAAACGGACT
257 AGATTATAAAAACAATGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGAGTACAAACGGACT
* * * *
7193 TTTCTCAACAACGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAGTCT-ATT
322 TTTCTCAACAACGAAAGACTTTTTCTTCATATCTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGA-T
* * * * *
7257 TTGACCAAAAATGAAA-A-AATATTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGC
386 TTAACCAAAAATGAAATAGAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGC
* * * *
7320 GAGTTATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACCATAAATGGACTTTTCCTGCGAACGAATA-TC
450 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACCATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAA-AGGC
* * * *
7382 ATTTTCTTCATGTCTCCCATGGTAGACATTCAATTATCATCTTTTTTGATAAAAAATATAAAAAT
1 -TTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAT
** * * ** ** *
7447 GCTCCACTTCAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-GGA
65 ATTTCACTTCAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAG-
* * * * ** ** ** ** * ** *
7511 GCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAAGAATGAATAGCTTTTACTTTACATTTCCCAATGT
128 GTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATATATTTTTGTGCACGTTTCTAAAGGT
* *
7576 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
193 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT
7610 GAAAGCAAAA
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 121, Indels: 30
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 95 0.16
512 497 0.82
513 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
TTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATA
TTTCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTA
TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATATATTTTTGTGCACGTTTCTAAAGGTAGA
CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATAAAATGAAAATCAAATATGAGAT
TATAAAAACAATGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGAGTACAAACGGACTTTTC
TCAACAACGAAAGACTTTTTCTTCATATCTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATCTGATTTAAC
CAAAAATGAAATAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACCATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAAAGGC
Found at i:8146 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7849--8336 Score: 520
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
7839 NNNNNNNNNN
* * * * * *
7849 TTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAGTATACA-AGCACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAG-ACTTT
* ** * ** *
7913 TCTCACCAATGAATGGCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTA
64 TCTTACCAATGAATAACTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
7978 ACCAAAAA-TG-ACAAAAA-ATTCAACTT-AAAGTCAAGTATGAGA
129 A-CAAAAACTGTA-AAAAACA-TCAACTTCAAA-TCAAGTATGAGA
* **
8020 TTATTAGCCCATTTAAAGCGAGTAAAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGAC-TTTT
*
8085 GTTACCAATGAATAACTTTTTATTTATGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
65 CTTACCAATGAATAACTTTTTATTTATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
8149 ATAAAAACTGTAAAAAACATCAACTTCAAATCAATTATGAGA
129 ACAAAAACTGTAAAAAACATCAACTTCAAATCAAGTATGAGA
* * * ** *
8191 TTATAAAACTATTTAAATCGAGTACTAAGGCTTCCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-AAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * ** * * *
8256 CTTGCCAATAAATATCTTTTTCTACATGTTTCTCATGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAA
65 CTTACCAATGAATAACTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
8321 TAAAAAATATAAAAAA
130 CAAAAACTGTAAAAAA
8337 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 40, Indels: 18
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 35 0.13
171 195 0.73
172 38 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTACCAATGAATAACTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
AAAAACTGTAAAAAACATCAACTTCAAATCAAGTATGAGA
Found at i:9601 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8776--9818 Score: 995
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
8766 NNNNNNNNGC
* * *
8776 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATAACTTTTTCTTCATGTTT-TCCTATGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATAACTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACAT
* * *
8839 TCAATTATAATCT-TTTTCAGTAAAAAATATAAAAAAATGTC-ACTTCAATTCAATTATAAGATT
64 TCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTT-AAATCAATTATGAGATT
* * * *
8902 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGT
126 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
* * * * * *
8947 AACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCGATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAATGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* *
9012 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGA-AAACAAAATTCAACTTAAAGACAATTATGAGGTTA
66 AATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAT-ATAAA-AAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
** ** * *
9075 TAAAACCATTTCGAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGCATAGTT
127 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
* * * * * *
9119 AACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATATA-TCTTTT-TGCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-ACT-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * *
9182 TCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAGAAATTTATA-TAAAATCAAGTACGAGATGAT
64 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAATCAATTATGAGATTAT
** * *
9245 AAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATTA-GT
128 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TAGGT
* ** ** * * * * * *
9288 GAGTATATGTGGACTTTTCTCACCAATGAATAGCTTTTTCATCATGTTTCTCGAGGAAGACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * *
9353 AATCATAGTCTGTTTTGACA-AAAAAAT-TATAAAAAATTCAACTTAAACTCAAGTATGAGATTA
66 AATTATAATCTGTTTT-A-ATAAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* ** * * *
9416 TTAGCCCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATAGAT
127 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
* * * *
9460 GACTATAAATGGACATTTTGTTGCCAATGAATAACTTTTT-TTTACGTTTCCCAAGGTAGATATT
1 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * *
9524 CAATTATAATCTATTTGAATAAAAACTATAAAAAACA-TCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
** **
9588 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATAGGT
128 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
* * ** * * * *
9631 TACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACAAATAACTTTTT-TGCGCGTTTCTCAAAGTAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
*
9695 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
66 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT-A
* * * *
9760 AAACGA-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCATTGGT
129 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
*
9801 GAGTATAAATGGACTTTT
1 GACTATAAATGGACTTTT
9819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 139, Indels: 61
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 98 0.14
170 163 0.23
171 185 0.26
172 228 0.32
173 25 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
Found at i:9810 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8776--9818 Score: 1060
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
8766 NNNNNNNNGC
* * * *
8776 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATAACTTTTTCTTCATGTTTTCCTATGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATAACTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * *
8840 CAATTATAATCTTTTTCAGTAAAAAATATAAAAAAATGTCACTTCAATTCAATTATAAGATTATA
64 CAATTATAATCTATTTCAATAAAAAATATAAAAAAA--TCACTTCAAATCAATTATGAGATTATA
* *
8905 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATGGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTGC
127 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTGC
* * *
8970 CGATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AA
192 CAATGAATAGCTTTTTC-TCAAGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAA
** * ** ** *
9034 AAATGAAAACAAAATTCAACTTAAAGA-CAATTATGAGGTTATAAAACCATTTCGAGTGAGTAAG
255 AAATTTAAA-AAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
*
9098 AAGGCTTTTGAAGGCATAGTT
318 AAGGCTTTTGAAGGCATAGAT
* * * * * **
9119 AACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATATA-TCTTTTTGCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-ACT-TTTTTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * * * * * * *
9183 CAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAGAAATTTA-TATAAAATCAAGTACGAGATGATAA
64 CAATTATAATCTATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATCACT-TCAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * **
9247 AAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATTA-GTGAGTATATGTGGACTTTTCTCAC
128 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TAGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
9311 CAATGAATAGCTTTTTCATCATGTTTCTC-GAGGAAGACATTTAATCATAGTCTGTTTTGACAAA
192 CAATGAATAGCTTTTTC-TCAAGTTTCTCAAAGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * **
9375 AAAATTATAAAAAATTCAACTTAAACTCAAGTATGAGATTATTAGCCCATTTAAAGCAAGTAATA
255 AAATTTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* *
9440 AAGCTTTTGAAAGCATAGAT
319 AGGCTTTTGAAGGCATAGAT
* * *
9460 GACTATAAATGGACATTTTGTTGCCAATGAATAACTTTTTTTTACGTTTCCCAAGGTAGATATTC
1 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* *
9525 AATTATAATCTATTTGAATAAAAACTATAAAAAACATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTATTTCAATAAAAAATATAAAAAA-ATC-ACTTCAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** * * *
9590 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATAGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
128 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTGCC
** * **
9655 AACAAATAACTTTTT-TGCGCGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
193 AATGAATAGCTTTTTCT-CAAGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
*
9719 ATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACGA-TTAAAGCAAGTAATAAG
257 ATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * *
9783 GCTTTCGAGGGCATTGGT
321 GCTTTTGAAGGCATAGAT
*
9801 GAGTATAAATGGACTTTT
1 GACTATAAATGGACTTTT
9819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 126, Indels: 39
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.01
341 322 0.58
342 63 0.11
343 157 0.28
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAAT
GAATAGCTTTTTCTCAAGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTT
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGCATAGAT
Found at i:11737 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11354--11776 Score: 487
Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
11344 NNNNNNNNNN
* * * *
11354 AGAAAAATCTATTTATAGTTAACTATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTGAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAG-TAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-AAATGGTTTTAT
* * * * *
11419 AACCTCATAATT-ATCTTTAAGTTGAATTTTGTTTTCATTTTCCGTTAAAACAGAATATAATTGA
64 AATCTCATAATTGATATTGAAGTTGAATATTGTTTTCATTTTCCATTAAAACAGAATATAATTGA
* * *
11483 ATGTCTACATCGAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTA
129 ATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA
* * * * * *
11526 AGAAAGGTCCACTTATAGTTACCCATGCCCTCTAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAG-TAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TAAATGGTTTTAT
** *
11591 AATCTCATAATTGA-ATTGAAG-TGAA-ATTGTTTTACATTTTTTATTGAAAA-AGATTATAATT
64 AATCTCATAATTGATATTGAAGTTGAATATTGTTTT-CATTTTCCATT-AAAACAGAATATAATT
* * * *
11652 GAATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTTATTGGCA
127 GAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA
*
11697 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTAAC-TATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTA
*
11762 TAATCTCGTAATTGA
63 TAATCTCATAATTGA
11777 CTTTAAGNNN
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 33, Indels: 14
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.04
171 83 0.39
172 116 0.55
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTAACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATATTGAAGTTGAATATTGTTTTCATTTTCCATTAAAACAGAATATAATTGAAT
GTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA
Found at i:12594 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11944--12564 Score: 468
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
11934 NNNNNNNNCT
* * * * *
11944 ATTTTTTATTAAAAGAGATGATAATTGAATGTCTACC-ATGGAAGACATGAAG-AAAATGATATT
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCTGGAA-ACATGTAGCAAAAT-ATATT
** * * * * ** **
12007 CGTTTGCAGGAAAAGTCCATTTATGGCCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAAT
64 CACTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
12072 GATTTTATAATCTCATAATTGGCTTT-AA-CTTAATTGTTTTTA-
129 AATTTTATAATCTCATAATT-GATTTAAAGCTGAATT-TTTTTAC
** * ********** ** * * * *** *
12114 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCG
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCTGGAAACATGTAGCAAAATATATTCA
* **** * * * * * * * * * *
12179 TTATTGAGAAAAGTCCATTTGTACTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAATTAA
66 CTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAA
* *
12244 TTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAC
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGCTGAATTTTTTTAC
*
12285 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATTCCTCTGGAAACATGTAGCAAAATATATTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCTGGAAACATGTAGCAAAATATATTCA
* * **
12350 TTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTTATCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAA
66 CTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAA
* * * *
12415 TTTTATAATTTCATAATTGATTTAAAGTTGACTTTTTTTAT
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGCTGAATTTTTTTAC
* * * *
12456 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACGT-TGGGAAACATG-AGGAAAA-AGCCT-
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCT-GGAAACATGTAGCAAAATA---TA
*
12517 TTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGC
62 TTCACTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGC
12565 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 98, Indels: 17
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
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170 114 0.33
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172 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCTGGAAACATGTAGCAAAATATATTCA
CTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAA
TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGCTGAATTTTTTTAC
Found at i:13641 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13239--15022 Score: 1468
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 168
13229 NNNNNNNNNN
* * * *** * ** * *
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* * * ** * **
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*
13369 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTAT
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* * ** * *
13410 AACTGAATATCTACCTCT-TCAAACGTGCAGCAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
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** * *
13473 ATAGTCACCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGA
64 ATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
13538 TTTGAAGTTG-ATGTTTTTATAGTTTTTATTAAAACATATTAT
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* * * *
13580 AATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATAAAGAAAAAATTATTCATTGGCAACAAATAGTCCATTTA
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* ** * ** * *
13645 TAGTCACATATGCCTTCAAACCCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGGCTAATAATCTCATATTTGAC
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* * *
13710 TTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTGTTTGTTAAAACAGACTAT
129 TTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATT-TTTATTAAAACAGATTAT
* * * * * *** *
13752 AATTAAATGTCTACCTTGAGAACCGTGAAGAAAAAGTCATTTATTGATGAGAAAAGTCCATGTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * ** *
13817 ACG-CACCAATGCCTGCAAAAGCCTTATTACTTGGTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTGAT
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* *
13881 TTTATGTTGAATTTTTTATATGTTTTATTAAAATAGATTAT
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* * * * * * * *
13922 AACTGAAAGTCTACCTTGATAAGCATGCAAAAAAAAAGATATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTT
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* * ** * *
13987 ATAGTCAACTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTAGAAATGGTTTTACAACCTCATAATTG-
64 ATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* *
14051 TCTCTAAGTTGAATTATGTTT-TAATTTTTCATTAAAACAAATTAA
129 T-T-TAAGTTGAATT-T-TTTAT-ATTTTT-ATTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
14096 AATTAAATGTCTACGTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *** * * *
14161 AGTTACTCT-TGCCCTCAAAAGCCTTCGAAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAGTTGAA
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* **
14225 TTGAAGTAAAATTTTCTTATATTTTTATTAAATA-AGATTAT
129 TTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTATTAAA-ACAGATTAT
* * * *
14266 AATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTTATTGACAAGAAAAGTTCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
14330 TAGTCACTTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGAC
65 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-
*
14395 TTTAAGTT-AATTTTTTTTATTTTT-TGTGAAAACAGATTAT
129 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAT-T-AAAACAGATTAT
* ** * * *** *
14435 AATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAACAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
14500 AGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAAA
66 AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GA
* * * *
14564 TTGAAG-TGAAATGTTTTTACATTTTT-TATAAAACAGATGAC
129 TTTAAGTTG-AAT-TTTTTATATTTTTAT-TAAAACAGATTAT
** * * ** * *
14605 AATTGAATGTCTACAATGAGAGACGTGAAGAAAATGA-TATTTGTTCGAAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * * * *
14669 TGGTAACATATTCCGTCAATAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGAC
65 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-
* * * * *
14734 TTTAAGTT-AATATTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACGGACTAT
129 TTTAAGTTGAAT-TTTTTAT-ATTTTT-ATTAAAACAGATTAT
* * * ** *
14776 AATTGAATATTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTTATTGTTG-AA-AAAAGTCCATTT
1 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTG--GCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * * *
14839 ATACTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATTTCATATTTGA
64 ATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
14904 TTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAT
129 -TTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * *
14947 AATTGAATGTATACCTCTG-GAAACGT-ATAG-AAAAATATATTCATTGGTAGGAAACGTCCATT
1 AATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGA-AGAAAAAAT-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*
15009 TATAGTCACTTATG
63 TATAGTCACCTATG
15023 TCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1281, Mismatches: 273, Indels: 118
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 12 0.01
169 147 0.11
170 356 0.28
171 465 0.36
172 243 0.19
173 18 0.01
174 39 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TAAGTTGAATTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTAT
Done.