Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403092.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_758.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20607
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 3484 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:307 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5--1217 Score: 1117
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
1 ATTA
* **
5 ATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG-TTCATCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTC--CTTTAG
* * * * * * * * * * **
69 AAACTTGAAGAAAAGGCTAGTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAATCACTTAAGCCTTTGAAA
63 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
*
134 GCCTTATTACTCACTTTACATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
* * ** * * *
176 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAGTAGATTATAATTAAATGATTTCCATGAGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTTAGAA
* *
241 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AATAAGTCCATATATAGTCATCTATGCATTCAAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG
* * ** *
305 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGCCTTAT-ATATG
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TG
* * *
346 ATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGGA
1 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTTAG-
* ** * *
410 AAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATATATGGTCACTCCT-T-CCTTCAA
63 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCA--CCTATGCCTTCAA
* *
473 AAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
126 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
* * * *
517 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTTA-GAA
* * * * * *
582 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTAT-TATAGTCACTTATGCGTTCGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* * * * * *
646 TTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAT-ATATA
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TG
* *
686 ATTTTGAGTTGAA-----T--ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGCC-TTAGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTTA-GA
* * * * * *
743 AACGTGAAGATAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAA-ACC-TAATTGTAGTCACCCATTCCTTCAA
64 AACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-A-TATAGTCACCTATGCCTTCAA
* * * *
805 AGGCCTTACTT-CTCACTTTAAAAGATTTTGTAATCTAATAATTG
126 AAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
* * *
849 ATTTTGAGTTGAATGTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TCAG
1 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTTA-
* * * * * * * *
913 GAAACATGAAGAAAAACCCGTTCATTTGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCAAT-ACTTCAA
62 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCA-CCTATGCCTTCAA
*
977 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTG
126 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
* * *
1021 ATTTTAAGTTGATTTTGTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTTAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTTAGA
* * * * * **
1086 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAACAAAAG-CCTATTTACAGTCACCTAAGCTTTTGAA
64 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCC-ATATATAGTCACCTATGCCTTCAAA
* ** * * *
1150 AGCCTTATTGCTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCAT-ATATG
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TG
*
1193 ATTTTAAGTAGAATTTTTT-CATTTT
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
1218 AAAATCAATT
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 141, Indels: 89
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 1 0.00
162 63 0.07
163 61 0.07
164 5 0.01
167 2 0.00
168 3 0.00
169 64 0.07
170 217 0.25
171 226 0.26
172 202 0.24
173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTTAGAAA
CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
Found at i:1515 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1216--2461 Score: 1256
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 171
1206 TTTTTTCATT
* * * *
1216 TTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAATGCTTTTGAAGGTATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGT
* * * * * ** *
1281 AACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTCTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAAACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
* * *
1346 AATTATAATTTGTTCTAAACAAAAACGTAAAAAAA-TCTAAC
131 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTC-AAC
* *
1387 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGT
* * * * * * ** * *
1452 GACAATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCTTATTTCTCAAGACAAACATTT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
* * *
1517 AAGTAGAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAAC
131 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAAC
* * * * *
1558 TTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGACT-TGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGA-TATGGG
* * *
1622 TAACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGATGG-TTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTTTCAAGGTAGACA
** *
1685 TTCAATTATAA-TT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATT-AGC
128 TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAAAA-AATTCAAC
* * * * *
1727 TTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAACG-CATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA-GATATGGG
* * * * *
1791 TGACTATAAATGTACTTTGCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTATT-GAGGTAGACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACAT
* ** * *
1855 TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAAC
129 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
1898 GTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTTGAAGGTATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGT
* * * * * *
1963 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTATCAAGGAAAACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
** * *
2028 AAGAATAATTTGTTTTAACCAAAAACTTAAAAAAATTCAAG
131 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
2069 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGTTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGT
* * * * ** * * * ** * *
2134 GACTATAGATAGACTTTTCATGCCAACGGTTAGCTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGACAGATATTT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
* * * *
2199 AATTAT-ATTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTCATA-
131 AATTATAATT-TGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCA-AC
* ** * * * *
2240 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGT
* * * * ** * * * *
2305 GACTATAAATAGACTTTACATGCCAATGAAAGGGATTTTCATCATCTTTTTCATGGTAGACATTG
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
2370 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAGC
131 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAAC
* *
2411 -TAAAATCAATTATGACATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
2462 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 172, Indels: 39
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 127 0.14
170 76 0.09
171 675 0.76
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAAC
Found at i:2177 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1216--2464 Score: 1538
Period size: 511 Copynumber: 2.4 Consensus size: 508
1206 TTTTTTCATT
* * * * * * *
1216 TTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAATGCTTTTGAAGGTATGGGT
1 TTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGGGT
* * * * * * *
1281 AACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTCTTCTTTATGTTTTTTGAGGTAAACATTC
66 GACTATAAATG-ACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATG-TTTTTGAGGTAGACATTC
* * **
1346 AATTATAATTTGTTCTAAACAAAAACGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
129 AATTATAATATGTTTTAAA-AAAAATATAAAAAAATC-AAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
1411 AACCATTCAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCT
191 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGATATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * *
1476 AATGAATGGTTTTTTCTTCTTATTTCTCAAGACAAACATTTAAGTAGAATCTGTTTTAACCAAAA
256 AATGAATGGTTTTTTCTTCTTATTTATCAAGACAAACATTCAAGAAGAATCTGTTTTAACCAAAA
*
1541 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG
321 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG
* ** * ** * * *
1606 CTTTTGAAGACTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTTGTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTT
386 ATTTCAAAGACTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGGATAGCTTTTGCTTCACGTT
** * * *
1671 TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-T-TTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATT-AGC
451 TTTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-AATTCAGA
* *
1727 TTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAACGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGGGT
* *
1792 GACTATAAATGTACTTTGCTTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATG-ACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTGAGGTAGACATTC
*
1857 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAA
129 AATTATAATATGTTTTAA-AAAAAATATAAAAAAA-TCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
1922 AACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
191 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGATATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * *
1987 AATGAATGGTTTTTTCTT-TATGTTTATCAAGGA-AAACATTCAAGAATAATTTGTTTTAACCAA
256 AATGAATGGTTTTTTCTTCT-TATTTATCAA-GACAAACATTCAAGAAGAATCTGTTTTAACCAA
* * *
2050 AAACTTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
319 AAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* ** * * *
2115 GGATTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAGATAGACTTTTCATGCCAACGGTTAGCTTTTGCTTCACG
384 AGATTTCAAAGACTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGGATAGCTTTTGCTTCACG
* * * * *
2180 TTTTTCAAGACAGATATTTAATTATATTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTCATA
449 TTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGA
* * * *
2240 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTC-AAAGACATGAG
1 TTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAG-CATGGG
* ** * * *
2304 TGACTATAAATAGACTTTACATGCCAATGAAAGGGATTTTCATCATCTTTTTCATGGTAGACATT
65 TGACTATAAAT-GACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTGA-GGTAGACATT
* * * * * * *
2369 GAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAGCTAAAATCAATTATGACATTATCA
128 CAATTATAATATGTTTTAA-AAAAAATATAAAA-AAATCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAA
2434 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGA
191 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGA
2465 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 92, Indels: 23
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.01
511 405 0.64
512 64 0.10
513 158 0.25
514 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
TTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGGGT
GACTATAAATGACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTGAGGTAGACATTCAA
TTATAATATGTTTTAAAAAAAATATAAAAAAATCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGATATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGGTTTTTTCTTCTTATTTATCAAGACAAACATTCAAGAAGAATCTGTTTTAACCAAAAACATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTC
AAAGACTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCATGCCAACGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTTCA
AGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGA
Found at i:2987 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2655--3373 Score: 846
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 172
2645 NNNNNNNNNN
* * **
2655 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGTTATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTA-AAGGCATGGGTGA
* * * * * * *
2719 CTATAAATGAACTTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTATC-GAGGTAAACATTA
65 CTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGCAAACATTC
* ** *
2783 AATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTG
129 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTA
* * *
2828 AAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGTGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGGTGAC
* *
2893 TATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTCT-AGGCAGAA-ATTC
66 TATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGCA-AACATTC
* *
2955 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTA
129 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** *
2999 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAATG-TATTCGAAGGCATGGGTAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCT-TTTAAAGGCATGGGTGA
* * * * *
3063 CTATAACTGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCTAATGCAGACATTCA
65 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGCAAACATTCA
3127 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGA-TTA
130 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTA
* * * * ** *
3170 AAATAAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGGTGAC
* * *** * *
3235 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAATTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAAACATTCAA
66 TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGCAAACATTCAA
* * *
3299 ATCTAATATATTTTAAACC-AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
131 TTATAATATGTTTT-AACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
3342 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
3374 TGGACTATAA
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 65, Indels: 29
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 274 0.59
172 120 0.26
173 64 0.14
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGGTGAC
TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGCAAACATTCAA
TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:3646 original size:316 final size:314
Alignment explanation
Indices: 3093--4030 Score: 807
Period size: 342 Copynumber: 2.9 Consensus size: 314
3083 CCAATGAAAG
*
3093 GCTTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* *
3158 AAATTCAGATTAAAATAAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAA
66 AAATTCAGATTAAAATAAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTGAA
** * * *
3223 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
131 GGCATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTACCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTCTCTTGAGG
* * * *
3288 TAAACATTCAAATCTAATATATTTTAAACCAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTA
196 CAAACATTCAAATATAATATAGTTTAAACCAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTA
3352 TGAGATTATAAAACCATTTAAATGGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAACAGATT
259 TGAGATTATAAAACCATTTAAATGGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAACAGATT
* ** * * *
3408 GCTTTTGCTTCATG-TTTCTCGATGTGGACGTTTC-ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTTCT-AATGCAGAC-ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAA
* * * * * *
3471 AAAACATTGA-ACTTCAAATCAATTATGAGATTATCAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
64 AAAA-ATTCAGA-TTAAAATAAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTT
* * * **
3535 T-AATGGCATGGGTGACTATAAACAGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTCT
127 TGAA-GGCATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTACCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTCTCT
* * *
3599 TGAGGCAAACATTCAATTATAATAT-GTTTCAACCAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAAGTA
191 TGAGGCAAACATTCAAATATAATATAGTTTAAACCAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAAGTA
* * *
3663 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAATAATAATGCATTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
255 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATG-GACT-ATAA---A--TG--GAC-T---T---T-T-C
* **
3727 ATAGACTTTTTTTGTCAA-TGAAAG
302 AT-G-C---------CAACAG-ATT
* * * * * * *
3751 GCTTTTTCTTCATTTTTTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* ** * * * * * *
3816 AAATTCAGCTTAAAATCGATTTTGACATTACAAAACTGTTTAAAGCGAGTAACAATGCTTTCGAA
66 AAATTCAGATTAAAATAAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTGAA
* ** * * ** * * *
3881 GGGATGATTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG
131 GGCATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTACCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTCTCTTGAGG
* * * * * *
3946 TAGACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATCA
196 CAAACATTCAAATATAATATAGTTTAAACC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTA
*
4009 TGAGATTATAAAACTATTTAAA
259 TGAGATTATAAAACCATTTAAA
4031 GAGAGTAATA
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 77, Indels: 59
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Consensus pattern (314 bp):
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AAATTCAGATTAAAATAAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTGAA
GGCATGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTACCAATAAATAACTTTTTCTTCATGTCTCTTGAGG
CAAACATTCAAATATAATATAGTTTAAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAGTAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAATGGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAACAGATT
Found at i:3719 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3442--7604 Score: 3173
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3432 TGGACGTTTC
* * * *
3442 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACATTGAACTTCAAATCAATTATGAGATTATCA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
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* * * *
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* * * *
3614 ATTATAATATGTTTCAACCAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAAGT-AATTATGAGATTATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAA
* * * *
3678 AACCATTTAAAGTGAATAATAATGCATTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGT
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
* * *
3742 CAATGAAAGGCTTTTTCTTCAT-TTTTTCTAAGGCAGACATTCA
129 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCA
* * * * * * * *
3785 AATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCGATTTTGACATTACAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * ** *
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66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
* * *
3915 ATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
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* * *
3956 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
4021 ACTATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCGATGGCCTGAGTGACTATAAATGGTC-TTT-TTATAC
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT-C
* * * *
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* ** * * * *
4127 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAGGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAAATTATCAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * *
4192 TCTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTCACTATAGATAGACTTTTCATATCA
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
* * * * *
4257 A-CAGATGGCTTTTGCTT-ATATTTTTTAAGGTAGACATTTA
131 ATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * * * *
4297 ATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAACATTTAGCTTAAAATAAATTATG-GCATTATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAA
* * * * * * * * * * *
4361 AATCGTTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTACTTATT
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
** *
4426 AATGAAACGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGTAGACATTCA
130 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCA
* * * * *
4468 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAGTCAATTATGACATTATCAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * *
4533 ACCATTTAAAGCGACTAATAATATTTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATTA-ACTTTT-TTTTG
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTAT-
* * ** * *
4596 CCAATAAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGCA-GAAGACATTTA
129 -CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCA
* * * * * **
4640 ATAATAATCTGGTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAGC
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * *
4705 ACCATTTAAAGTAAATAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTTA
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
* * * * ** *
4770 ATGAATGACTTTTACTTCATATTTCTCAAGACAAACATTCA
131 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* *
4811 ATTATAATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** * *
4876 ACTATTTAAAGCGAGTAGTAATGCTTTCGAATGCATAGGTGACGGTAAATGGA-TTTTACTT-GC
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTATC
* * * ** *
4939 TAATGAAAGGCTTTTTCTTCTTATTTCCCAAGATAGACATTCA
130 -AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * *
4982 ATTATAATCTGTTTTATCCAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTATGACATTACAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * ** **
5046 AACCATTTAAACCAAGTAAT-ATAGCTTTTGAAGGCCTGAGTGACCATAAATGGACTTTTGGTGC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAT-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
* * * * *
5110 CAACGGATGGCTTTTGCTTCACAT-TTTTTTAA-ATAGACATTCA
129 CAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* ** * * * *
5153 ATTATAATATAATTTAA-TAAGAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
5216 ACTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAAGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTT-CCA
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-
* * * *
5280 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTCA
130 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * *
5322 ATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTTTGACATTATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAA
* **************** * *
5386 ATCCATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
* * * **
5451 AATGAATAGTTTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCA
130 AATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * *
5494 ATTATAATTTATTTTAACC-AAAATGT-AAAAAATGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
5557 AATCATTTAAAGAGAGTAATAAAGTTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAT-GAACTTTT-TGTA
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TA
* * * * **
5620 CCAAT-AGATGGCATTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
128 TCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * * * *
5664 ATTATATTCTGTTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATCA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
5728 AACTATTTAGAGCGAGTAATAATACCTTT-GATGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGT
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAT-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
* ** * * *
5792 CAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTCG
129 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * * * * * *
5835 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAAGTTAAAATCAATTATAAAATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * **
5900 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCATTCGAAGGTATAGATGACTATAAATAGACTTCTT-TTGCC
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTATC
* * * *
5964 AATGAAAGGCTTTTTCTTTATATTT-TCTAAAGTAGACATTCA
130 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCA
* * * * *
6006 AATATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAACAATTCAGCTTAAAATCCATTTTGACATTATA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** ** * * ** *
6070 AAACTGTTTAAAATGAGTAATAATACTTTCGAAGGGATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAG
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-
* ** *
6134 TTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCA
128 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* ** * * *
6178 ATTATAATTTGTTTTAAGTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
6243 ACCATTTAAAGCAAGT-ATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GACTTTTGTGCCAT
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC-TTT-T--C-T
* * * * * ** * *
6306 GAGTGACTAAAATGGACTTTCGTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAGGCAACATTC
126 TA-TCAAT-GAATGG-CTTT--T-TCTTC--AT-G--TTT-CTT-AAG--GT--A-G--ACATTC
6371 -
171 A
* * * * *
6371 A-TATAATCTATTTTAAACCAAAAA-GTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATCA
1 ATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** * * * ** * * *
6434 ATCTATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGTGACTATAGATAGACTTTTCGTGTC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
* * * *
6499 AA-CAGATGGCTTTTACTTCACGTTT-TTCAA-GCAGACATTCA
130 AATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCA
* ********** * *
6540 ATTATAATCTATTTNNNNNNNNNNTATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGATATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
6605 ATCGTTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACGTTACTTGTCA
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
* ** *
6670 ATGAAAGATTTTTTCTTCACGTTT-TTCAA-G--G-------
131 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCA
* * * *
6701 --TATAATCTGTTTTAACGAAAAATGA-AAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATCA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
6763 AACCATTTAAAGCAACTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTT-TTAC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTAT
* * * * ** *
6826 CACTAAATGACTTTTTCTTCATGTTTATCGAGGAAGACATTCA
129 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * *
6869 ATAATAAT-TGTTTTAACCAAAAAGATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAC
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
6932 ACCATTTAAAGCGATTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTT-TT-TGC
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT-C
* ** * * *
6995 TAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAAACATTTA
130 -AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* ** * ****
7038 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACTTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNN
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
****** * ** * ** ** * * *
7103 NNNNNNTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAAGTTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCGTACCA
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
* * * * *
7168 ACGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-TTCAAGGTAGACATTCA
131 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCA
* ** * * *
7209 ATTATAATATAATTTAA-TAAAAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
7272 ATCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTT-CC
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATC
** * *
7335 AAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TTCAAGCTAGACATTAA
130 -AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCA
* * * *
7378 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAGTGTAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGATG-TTATA
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATA
* * * * * *
7441 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGATTTCGAAGCCATCGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-G
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
** * * *** *
7505 CTAATGAATTTC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAAACAAACATTCA
129 C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * *
7548 ATTATAATCTGTTTTAACTATAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
7605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3156, Mismatches: 704, Indels: 265
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
158 25 0.01
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167 3 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCA
ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
Found at i:6310 original size:28 final size:28
Alignment explanation
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6267 TTTGAAGGCT
*
6277 TGAGTGACTATAAAT-GACTTTTGTGCCA
1 TGAGTGACTA-AAATGGACTTTCGTGCCA
6305 TGAGTGACTAAAATGGACTTTCGTGCCA
1 TGAGTGACTAAAATGGACTTTCGTGCCA
6333 ACAGATGGCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
27 4 0.15
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TGAGTGACTAAAATGGACTTTCGTGCCA
Found at i:6841 original size:159 final size:160
Alignment explanation
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6555 NNNNNNNNNT
* * * * * *
6565 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGATATTATAAAATCGTTTAAAGCTAGTAATAATGCT
1 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAT-AAACCATTTAAAGCAACTAATAATGCT
** **
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* *
6694 TTC-AAG-GT-ATAAT-CTGTTTTAACGAAAAATG
127 ATCGAAGAGTAATAATACTGTTTTAACCAAAAA-G
*
6725 A-AAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATCAAACCATTTAAAGCAACTAATAATGCT
1 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAT-AAACCATTTAAAGCAACTAATAATGCT
* * *
6789 TTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTACCACT-AAATGACTTTTTCTTCATGTTTA
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTACCAATGAAA-GA-TTTTTCTTCACGTTTA
* *
6853 TCGAGGAAGACATTCAATAATAATTGTTTTAACCAAAAAG
128 TC---GAAG--AGT-AATAAT-ACTGTTTTAACCAAAAAG
* * *
6893 ATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGCGATTAATAATGCT
1 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAA-ACCATTTAAAGCAACTAATAATGCT
* *
6957 TTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTTT
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTT
6992 TGCTAATGAA
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 27, Indels: 22
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 3 0.01
158 25 0.11
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ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAACCATTTAAAGCAACTAATAATGCTT
TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTACCAATGAAAGATTTTTCTTCACGTTTATCG
AAGAGTAATAATACTGTTTTAACCAAAAAG
Found at i:8150 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 7741--8470 Score: 546
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 167
7731 NNNNNNNNNN
* * * * *
7741 GATGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTGTTGAGGTAGACA
1 GATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTT-TTTAGGTAAACA
7806 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAACTATAAAACATTTAGCTTAAAATCAAGTATGACATTAT
64 TTCAA-TATAATCTGTTTTAACAAAAACTATAAAACATTTAGCTTAAAATCAAGTATGACATTAT
* * *
7871 TAAACCATTTAAGGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
128 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
* *
7911 GATGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCTCTAGG-AAGA
1 GATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTT-T-TAGGTAA-A
* * * *
7974 CATTCAATACTAATCTGTTTTAACAAAAAAC-GTAAAACAATTTCA-CTTAAAATTAATTATGAG
62 CATTCAATA-TAATCTGTTTTAAC-AAAAACTATAAAAC-ATTT-AGCTTAAAATCAAGTATGAC
* * * *
8037 ATTA-TAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGGTTTCAAATGC-TT
123 ATTATTAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
* * * * *
8081 GAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAACGTATGGCTTTTGCATCACTTTTTTAAGGTAAACA
1 GA-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTTT-AGGTAAACA
* ********* * * * * * * *
8146 TTCAATTATAATATNNNNNNNNNNAAAA-TATAAAAAAATTTAACTTCATATCAATTATGATACT
64 TTCAA-TATAATCT-GTTTTAACAAAAACTAT-AAAACATTTAGCTTAAAATCAAGTATGACATT
* * * ** *
8210 ATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAGTGCTTTCGAAGGCAT-
126 ATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *
8251 GAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGAC
1 GA-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTT-TTTAGGTAAAC
* * * * * *
8316 ATTCAATTATAAT-TTTTTTAACTCAAAAAC-ATAAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAT
63 ATTCAA-TATAATCTGTTTTAA--CAAAAACTAT-AAA-ACATTTAGCTTAAAATCAAGTATGAC
* * * * * *
8379 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCAAAGGAATG
123 ATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
* * *
8424 GGTGACTACAAAT-AGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCA
1 GATGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
8471 TGTTTCTCCA
Statistics
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169 8 0.02
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
GATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTTTAGGTAAACATT
CAATATAATCTGTTTTAACAAAAACTATAAAACATTTAGCTTAAAATCAAGTATGACATTATTAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
Found at i:9279 original size:169 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
8855 NNNNNNNNNN
* * * * *
8865 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCTCTAGGCAG
1 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG
* * * *
8930 ATATTAAATTAT-AATTTGTTTAACCCAAAAACGTAAGAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
66 ATATTCAATTATAAATTT-TTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
8994 ATTAT-AAACTATTTCAAGGGAGTGATAATGCTTTCGAAGGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
********** ** * * **
9035 ATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAG
1 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG
* * *
9100 ACAATCAATTATAAATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
66 ATATTCAATTATAAATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** *
9165 TACAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAATGCTTTTGAAGGC
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * *
9205 ATGGGTGATTATAAATAGACTTTT-TTGCTAGTGAATGGTTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAG
1 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG
* * * *
9269 ACATTCAATTATAATTTTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAAACAATTATGAGAT
66 ATATTCAATTATAAATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
9334 TATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATTA-GTCTTTCAAAGGC
131 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGAAGGC
* * * * * * * * ** * * *
9374 TTGAGTGATTATACATAGGCTTTT-TGTGCCAACGGATGGGCTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGTA
1 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
* * *
9438 GATATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATT-CAGTATAAAATCAATTATG
65 GATATTCAATTATAAATT-TTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTAAACT-TAAAATCAATTATG
* ** * *
9501 ACATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAATGATTTCAAAGGC
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * *
9545 ATGAGTGACTATAAAT-GTACTTTGCTTGCCAATGAAAT-GTTTTTTCTTCATGTTTATCGAGGT
1 ATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAATG-AATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
* * * * * * *
9608 AGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTCAACTTGAAATCAATTATAA
64 AGATATTCAATTATAA-ATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
9673 GTTTATAAAAACATTAAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGC
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
*
9716 ATGGGTGACTATAAAT-GATCTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTA
1 ATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
9780 ANNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 186 0.31
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172 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG
ATATTCAATTATAAATTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
Found at i:11009 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10828--11309 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
10818 NNNNNNNNNN
* * **
10828 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTTTTTTAAAGAAAAGTTCATT
1 TATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAG-CATTTATTAGAAAGAAAAGTTCATT
* **
10893 TATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTGGATAATCTCATAATTG
64 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
10958 ATTTTAAGTTAAAAGTTCTCAGATTTTTTATTAAAATATAT
128 ATTTTAAGTTAAAAGTTCTCACAATTTTGATTAAAACATAT
* * * * * * *
10999 TATAATTGAATATTTATCTTAAGAAACGTGAAGCAACAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATT
1 TATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAG-CATTTATTAGAAAGAAAAGTTCATT
* * ** * * * *
11064 TATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCATTTTAAACGGTTTTATAATGTCAAAATTT
64 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * * *
11129 ATTTTAAGCTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACATAT
128 ATTTTAAGTTAAAAGTTCTCACAATTTTGATTAAAACATAT
* * * ********* * *
11170 TATAATTGAATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCTTTNNNNNNNNNNAAAAGTCCAGT
1 TATAATTGAATGTTTACCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCATTT-ATTAGAAAGAAAAGTTCATT
* *
11235 TATAGTCACCCATGCCTTCGAATGCATTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
64 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTG
11300 ATTTTAAGTT
128 ATTTTAAGTT
11310 CAATATTTTT
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 66, Indels: 8
0.77 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
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TATAATTGAATGTTTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAGCATTTATTAGAAAGAAAAGTTCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTAAAAGTTCTCACAATTTTGATTAAAACATAT
Found at i:12848 original size:172 final size:171
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Indices: 12147--13025 Score: 812
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 171
12137 NNNNNNNNNN
* * * *
12147 GTGACTATAAAT-GTACTTTGCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAAATA
1 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAAACA
** * * * * *
12211 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAAGTAAAAAAACTCAACTTCAAATCAATTATAAGTTT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
12276 ATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGG
129 ATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGG
* ** * * * * *
12319 GTGACTATAAATGGTGTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTCTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACAA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAAACAT
* * * *
12384 TCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGCAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGATATTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
12449 AAAACTATTTAAAGCAAGGAATAATGCTTTCGAAGGCATGG
131 AAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * *
12490 GTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTTTTTCATT-ACGTTT-TCTAAGGCAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTCT-AGGTAAAC
* * ********** *
12553 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATNNNNNNNNNNATTAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
12618 ATAAAACCATTCAAAGCTAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATAG
129 ATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGG
* * *
12661 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATA-GCTTTTTCTTCACATTTCTCTAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAAACA
* * * *
12725 TTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
12790 ATAAAACAATTCAAAGTGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGG
129 ATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * * ** * *
12833 GTGATTATGAATAGACTTTTCTTACCAATGAAATGCTTTTTCTTCACTTTTATCGAGACAAGCAG
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAAACAT
* * * * * **********
12898 TCGATTATTATCTATTTTAACAAAAAATGTTAAAAAGATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
12963 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
130 TAAAACCATTCAAAGCGAGT-AATAATGCTTTCGAAGGCATGG
*
13006 GTGACTATAAATGGACTTTT
1 GTGACTATAAATAGACTTTT
13026 TCTACCAACA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 130, Indels: 19
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 283 0.50
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173 40 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.34
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GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAAACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGG
Found at i:13714 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 13308--13809 Score: 503
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 167
13298 AGTTAAATTT
* * * * * * * **
13308 TTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGCATTGAAAAATGTGAAGCAAAAGC-TATACGC
1 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCAT-TTCAT
* * * * * * * * * *
13372 TGTCACGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCATTCGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
65 TGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGT
* *
13437 GTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACC
129 -TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-GAATTTTTATACC
* * * *
13478 TTTTTGGTTAAAACAGATTAGT-ATTGAATGTCTT-TCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGCCA-TT
1 TTTTT-GTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGT-TTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAG-CATTT
* *
13540 CATTGGCCAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCCTCGAAAGCATTATTACTC-GTCTTAAA
62 CATTGG-CAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACT-TTAAA
* * *
13604 TCGTTTAATAATGTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTATA-G
125 TAGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAT-TTTTATACC
*
13649 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAATGTGAAGAAAAAGCATTTCATT
1 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCATTTCATT
* * * *
13714 GGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCGAAAGTATTAGTACTCACTTTAAATAGTT
66 GGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAG-T
13779 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAT
13810 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 42, Indels: 32
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 133 0.49
171 120 0.44
172 13 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCATTTCATT
GGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTATACC
Found at i:14315 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13977--14330 Score: 434
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
13967 NNNNNNNNNN
* * * *
13977 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTATAGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTCACGTTTATAGTTAAAAC
* *
14042 AGATTATAATTGAATTTTGTTTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
66 AGATTATAATTGAATTTGGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
*
14107 TTTATAGTCATCCATGCCTTTAAAACTATTATTACTCGC
131 TTTATAGTCATCCATGCCTTGAAAACTATTATTACTCGC
*
14146 TTTAAATGGTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGGT-AACTTGTTTTGCAC-TTTTTA-TTA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGGTGAA-TT-TTTT-CACGTTTATAGTTA
* * * * *
14207 AAACAGATTATAATTTAATGCTTGGCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTTGGAAGAA
62 AAACAGATTATAATTGAAT--TTGGCTTCAAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
* *
14271 TAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGC-ATTATTACTCGC
124 AAGTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTT-GAAAACTATTATTACTCGC
*
14317 TTTAATTGGTTTTA
1 TTTAAATGGTTTTA
14331 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 16, Indels: 16
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 56 0.35
170 23 0.14
171 74 0.46
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTCACGTTTATAGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATTTGGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCATCCATGCCTTGAAAACTATTATTACTCGC
Found at i:14867 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14483--15089 Score: 593
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
14473 NNNNNNNNNN
* * * *
14483 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACGTTTTT-AGTTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAA
* * * * * **
14547 CAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATCAGCAAGAAAAGT
65 AAGATTATAATTGAATGTCT-TCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGT
* * *
14612 CCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTATTCGT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
* * *
14654 TTTAAAT-AGTGTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC-TTTTT-AGTTAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTA-CATTTTTGA-TTAA
* * * * *
14716 AAAAAATTATTATTGAATGTCTTCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAA-AAAA
63 AAAAGATTATAATTGAATGTCTTC-TTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAA
* * * *
14780 ATCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTAGTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
* * *
14824 TTTAAAT-AGTTTGATAATGTCATAATTGATTTTAGGCTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * *
14887 CAGA-T-T-A-T--A---C--CTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCTTTTACTGACAAGTAACGTC
65 AAGATTATAATTGAATGTCTTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGTC
14941 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
* * * * * * *
14982 TCTAAATGATTTTATAATGTCATAATTTATTTTAGGCTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAA
* * *
15047 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGAAGCAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCT-TCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG
15090 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 50, Indels: 40
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
157 28 0.08
158 78 0.21
159 25 0.07
160 2 0.01
161 1 0.00
162 1 0.00
163 2 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAA
AGATTATAATTGAATGTCTTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
Found at i:15819 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15431--15921 Score: 538
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
15421 NNNNNNNNNC
* ** * *
15431 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGCGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCTCAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAA
* *
15496 AAAGTTTATTTATAGTCACTCATCCCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAA-ACGATTTTATAA
65 AAAGTTTATTTATAGTCAC-CATCCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAATA-G-TTTTATAA
* * *
15560 TGTCA-AATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATAGT
* ** * * *
15601 TAAAACAGATTATATTTGAATGTCT-GTTTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-
* * ** *
15665 AAAAGTTTATTTATAGTTATCCATCCCTTCGAATGCATTATTACTCGTTTTAAGTAGTTTTACAA
64 AAAAGTTTATTTATAGTCA-CCATCCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAA-TAGTTTTATAA
* * ** *
15730 TCTTATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTATGGT
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATAGT
* * **
15772 TAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAA
* * * * *
15837 AAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCATCGAAGGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAAT
65 AAAGTTTATTTATAGTCACC-ATCCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTT-AATAGTTTTATAAT
*
15902 CTCATAATTGATTTTTAGTT
128 CTCATAATTGATTTTAAGTT
15922 AAAACAGAAT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 48, Indels: 19
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 103 0.39
171 145 0.55
172 10 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAA
AAGTTTATTTATAGTCACCATCCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATAGT
Found at i:16050 original size:149 final size:148
Alignment explanation
Indices: 15770--16069 Score: 345
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
15760 TATGTTTATG
* * * *
15770 GTTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAA
1 GTTAAAACAGAATATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTAGTAA
* *
15835 AAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCATCGAAGGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATA
66 AAAAAGTCTATTTATAGTCACCGAAGCCATCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATA
*
15900 ATCTCATAATTGATTTTTA
131 AT-TCATAATTGATTTTAA
* * ** * *
15919 GTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGATAAATGTGAAGTAAAAGCAATCTC-TTGGTA
1 GTTAAAACAGAATATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAAT-TCATTAGTA
* * * * * ** * *
15983 CAAAAAATTC-ATTTATAGTTACTC-AAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTTCTTTAAATTGTTTT
65 -AAAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CGAAGCCATCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTG
16046 ATAATTCATAATTGATTTTAA
128 ATAATTCATAATTGATTTTAA
16067 GTT
1 GTT
16070 GACATTTTTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 22, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
148 18 0.14
149 97 0.77
150 11 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (148 bp):
GTTAAAACAGAATATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTAGTAA
AAAAAGTCTATTTATAGTCACCGAAGCCATCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATA
ATTCATAATTGATTTTAA
Found at i:18689 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18316--18689 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
18306 NNNNNNNNNN
* * * *
18316 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCATGCCTTCGAATGCATTATTATCCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCATTATTATCCACTTTAA
* ** * **
18381 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTATTTACATTTTTGGTTAAGACGGATT
66 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAATTTATTTACATTTTTAATTAAAACAAATT
* * **
18446 ATAGTTGAATGTCTGTCTAGAGAAACATGAAGGAAAAACTA
131 ATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGGAAAAACTA
* * * **
18487 TTTATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACACATGTCTTTGAAAGCATTATTA-CTCGTTTT
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCATTATTATC-CACTTT
* * *
18550 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAA-TTTGAATTGTTTTTACATTTTTAATTAAAACA
64 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTT-AATT-TATTTACATTTTTAATTAAAACA
* * * * * *
18614 AATTATAATTTAATATTTACCTTGATAAACATGCA-GAAAAAGTCA
127 AATTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGGAAAAACT-A
*
18659 TTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
18690 TCGATAAATA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 30, Indels: 11
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 90 0.54
172 70 0.42
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCATTATTATCCACTTTAA
ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAATTTATTTACATTTTTAATTAAAACAAATT
ATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGGAAAAACTA
Done.