Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018403099.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_764.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19797
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.08, T:0.23
Warning! 7206 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1367 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1019--1375 Score: 376
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
1009 NNNNNNNNNN
* * * *
1019 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCCTCATGTTTCCAAGGCAAACACTGAATTATAATCTGTTTA
1 TTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTACCTCATGTTTCCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTA
* * *
1084 ACCAAAAATGTAAAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACCATTTACAGTGA
66 AACAAAAATGTAAAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGGGA
**********
1149 GTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTANNNNNNNNNN
131 GTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCACT
* * ** *
1190 TTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGAAAACTTTCAATTATAATCTTTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTACCTCATGTTTC-CAAGGAAAACACTCAATTATAATC-TGTT
* * * * * ** *
1255 TAAACAAAAA-G-ATAAAAATATTTAACTTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAACCTTTTAAAGG
64 TAAACAAAAATGTAAAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGG
** *
1318 GAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCACT
129 GAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCACT
*
1361 TTTCTTGCAAATGAA
1 TTTCTTGCCAATGAA
1376 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 34, Indels: 4
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 117 0.78
172 21 0.14
173 12 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTACCTCATGTTTCCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTA
AACAAAAATGTAAAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGGGA
GTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCACT
Found at i:2652 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2344--2667 Score: 366
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
2334 NNNNNAAAAT
* ** *
2344 AGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGACGCATGAAGAAAAACTAAGTCGTTAGTACAAAAGTAC
1 AGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCAAGTCGTTAGTACAAAAGTAC
* **********
2409 AATTATATGCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAA
66 AATTATATGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTAGAATCTCATAA
* *
2474 TTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTAGTTCGAAC
131 CTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTCGAAC
* * * * * *
2514 AGATTATAATTAAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCGTTGGTATGAAAAGTC
1 AGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCAAGTCGTTAGTA-CAAAAGTA
* *
2579 CAATTATA-GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTC-ATTAAATGGTTTTAGAATCTCA
65 CAATTATATG-CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTA-TAAATGGTTTTAGAATCTCA
*
2642 TAACTGATTTTAGGCTGAATTGTTTT
128 TAACTGATTTTAAGCTGAATTGTTTT
2668 ATGTTTTACG
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 26, Indels: 6
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 50 0.40
171 68 0.55
172 6 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCAAGTCGTTAGTACAAAAGTAC
AATTATATGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTAGAATCTCATAA
CTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTCGAAC
Found at i:3792 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3619--4151 Score: 527
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
3609 NTTGGCTGGG
* * * * *
3619 AAACATGAGAAAAAAGCCATTCATTTGTATGAAAA-CTCCAATTATAATCACACAAGCCTTCAAA
1 AAACATGAGAAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAA
* *
3683 AGCCTTATTACTCTCTTTAAAGAGTTTCATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCTCTTTAAAG-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTAT
* *
3748 ATTTTAAGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGG
129 ATTTTAGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA
*
3790 AAACATGA-AGAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCT-CATTTA-AAGTCACCCAAGCCTTCAA
1 AAACATGAGA-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCCATTTATAA-TCACCCAAGCCTTCAA
*********** * **
3852 AAGANNNNNNNNNNTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAGTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
* * * *
3917 TATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGGTTGCCTTAGA
128 TATTTTAGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA
* * * * *
3960 AAACATAAGGAAAAACCTATTGATTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAA
1 AAACATGAGAAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAA
* ********** * *
4024 AGCCTTGTTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGTATTTTTTTAT
65 AGCCTTATTAC-TCTCTTTAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTAT
*
4089 ATTTTAGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGA
129 ATTTTAGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA
*
4131 AAACATGAAGAAAAACCCATT
1 AAACATG-AGAAAAAACCATT
4152 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 64, Indels: 20
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 134 0.47
171 141 0.49
172 11 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAACATGAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCTCTTTAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTATAT
TTTAGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA
Found at i:5740 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5007--6487 Score: 1363
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
4997 NNNNNNNNNN
* * *
5007 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTT-AAATGTTTTTACA
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTATA
* **********
5071 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTTNNNNNNNNNNAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
65 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCAT
* ** * * *
5136 TGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAGG
129 TGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
********** * *
5178 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
* * * * *
5243 TTTT-GTTAGAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAATCATGAAGAAAAACCCATTCGTT
66 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATT
* * * *
5307 AGTACA-AAAAGTCCAATTATA-TGCACCAAATCGTTCAAAAG
130 GGTA-AGAAAAGTCCAATTATAGT-CACCCAAGCCTTCAAAAG
* * ** * * * *
5348 GCTTATTACTCGCCATAAATAGTTTTATAACCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATCT-TTTTATA
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTATA
* * * ** ** *
5412 TTCTGTAGTTAAAAGAGATTATAGTTGAATGTTTGCCCCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCG
65 TT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCA
* * * * *
5477 TTGGTATG-AAAGTCCAATTAAAGGCACCCAA-TCTTTAAAAG
128 TTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * *
5518 CCTTATTACTCCCTTTTAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTCTTATAT
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
* * * *
5583 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATT
66 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATT
* * *
5648 TGTAAGAAAAG-CGCATTTATAGTCACCCAAGCCCTCAAAAG
130 GGTAAGAAAAGTC-CAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * *
5689 CCTTATTACTATCTTTAAAGGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
** * * * * *
5754 TTTTAGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTTCCTTCA-GAAACCTAAAGAAAATGCTATTCAT
66 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAA-ACCATTCAT
* * *
5818 TGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAG
129 TGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * ** * * * * *
5860 CGTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTCACA-
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
* * *
5924 TTTCAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-ACTTAGAGAAACATCAAGAAAAACACATTCA
66 TTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAC-CATTCA
*
5988 TTGGCAAGAAAAGTCC-ATT-TAGCATCACCCAAGCCTTCAAAAG
128 TTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAG--TCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * *
6031 CTTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGATGAATAT-TTTTATA
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTATA
* * * * *
6095 GTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTA-GAAAGCATGAA-AAAAACCAATTCG
65 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-CATGAAGAAAAACC-ATTCA
* * * * **
6158 TTTGTATG-AAAGTCTAATTATA-TGCACCAAATTCTTCAAAAG
128 TTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGT-CACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * *
6200 CCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TGTTTTTACA
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTATA
* * * *
6264 TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGGC-TAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAT
65 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCAT
* *
6328 TGGTATGAGAAA-TCCAATTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAG
129 TGGTAAGA-AAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* *
6370 CCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCTATA
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TATA
* * *
6434 --TTTAGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGAAAA
65 TTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA
6488 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 209, Indels: 85
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 12 0.01
169 218 0.21
170 321 0.30
171 441 0.42
172 66 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTG
GTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
Found at i:5978 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 5007--6466 Score: 1498
Period size: 511 Copynumber: 2.9 Consensus size: 507
4997 NNNNNNNNNN
* * *
5007 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTT-AAATGTTTTTACA
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTATA
* * *********
5071 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTTNNNNNNNNNNAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TACCTTAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCAT
* * * * *
5136 TGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
128 TTGTAAG-AAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* ********** * *
5201 TTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GTTAGAACATATTATAAT
192 TTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAAT
* * * * * *
5265 TGAATGTTTGCCTTGGGAATCATGAAGAAAAACCCATTCGTTAGTACA-AAAAGTCCAATTATA-
257 TGAATGTTTGCCTT-AGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCAATTATAG
* * * ** * *
5328 TGCACCAAATCGTTCAAAAG-GCTTATTACTCGCCATAAATAGTTTTATAACCTCAGAATTGATT
320 T-CACC-AAGCCTTCAAAAGCG-TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATT
* * * * *
5392 TTAAGTTAAATCTTTTTATA-TTCTGTAGTTAAAAGAGATTATAGTTGAATGTTTGCCCCAAAAA
382 TTAAGTTAAAT-TTTTCATATTTCAG-A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGACCCAAAAA
* * * * * *
5456 ACATGAAGAAAAAGC-CATTCGTTGGTATG-AAAGTCCAATTA-AAGGCACCCAA-TCTTTAAAA
444 ACATCAAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTAGAA-GCACCCAAGCCTTCAAAA
5517 G
507 G
* * * * *
5518 CCTTATTACTCCCTTTTAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTCTTATAT
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
* *
5583 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACTTTTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTTAGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATT
* * *
5648 TGTAAGAAAAGCGCATTTATAGTCACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAAGGGTT
129 TGTAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
*
5713 TTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATTTTATAATT
193 TTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATT
* * * * * *
5778 GAATGTTTTCCTTCAGAAACCTAAAGAAAATGCTATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
258 GAATGTTTGCCTT-AGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTC
* * *
5843 ACCTAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAACGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAA
322 ACC-AAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
* * ** *
5908 GTTTAATTGTTTCACATTTCAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-ACTTAGAGAAACATC
386 GTTAAATT-TTTCATATTTCAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGACCCA-AAAAACATC
* * *
5972 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGCATCACCCAAGCCTTCAAAAG
449 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTAGAAGCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * *
6031 CTTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGATGAATAT-TTTTATA
1 CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTATA
* * *
6095 GTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAGCATGAA-AAAAACCAATTCGT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAA-CATGAAGAAAAACC-ATTCAT
* * * * ** * *
6159 TTGTATG-AAAGTCTAATTATA-TGCACCAAATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGG
128 TTGTAAGAAAAG-CCATTTATAGT-CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * *
6222 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAA
191 TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAA
* * *
6287 TTGAATGTTTGGC-TAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTATGAGAAA-TCCAATTATA
256 TTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA-AAAGTCCAATTATA
* * ** *
6350 GTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
319 GTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
* **
6415 TAAGTTGAATTTTTCTATATTT-AGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
383 TAAGTTAAATTTTTC-ATATTTCAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
6467 CCTTGGGAAA
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 133, Indels: 51
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 32 0.04
510 118 0.15
511 358 0.45
512 175 0.22
513 107 0.14
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTTG
TAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
TGTTTGCCTTAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCA
AGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTCATATTTCAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGACCCAAAAAACATCAAGAAAA
ACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTAGAAGCACCCAAGCCTTCAAAAG
Found at i:8759 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8446--8760 Score: 456
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
8436 AAAAGTCCAA
* * *
8446 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACACTCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCACTATTACACTCTTTAAAAGGTTTTATAACCTCAAAATT
* * * *
8511 GATTTTCAGTTAAATGTTTTTCATATTTTAGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTGCCTTGGA
66 GATTTTAAGTTAAATGTTTTTCATATTTTAGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTGCCTTAGA
8576 AAACAAGAAGAAAAACACATTCATTTGCAAGAAAAGGGCAT
131 AAACAAGAAGAAAAACACATTCATTTGCAAGAAAAGGGCAT
* *
8617 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCTCTTT-AAAGTGTTTTATAACCTCAAAAT
1 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCACTATTACACTCTTTAAAAG-GTTTTATAACCTCAAAAT
* * * *
8681 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTAGGTTAAAACGGATTACAATTGAATGTTTTCCTTC
65 TGATTTTAAGTTAAATGTTTTTCATATTTTAGGTTAAAACAGATTACAATTGAATG-TTGCCTT-
*
8745 AG-AAACATGAAGAAAA
128 AGAAAACAAGAAGAAAA
8761 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 14, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 39 0.31
171 87 0.69
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCACTATTACACTCTTTAAAAGGTTTTATAACCTCAAAATT
GATTTTAAGTTAAATGTTTTTCATATTTTAGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTGCCTTAGA
AAACAAGAAGAAAAACACATTCATTTGCAAGAAAAGGGCAT
Found at i:10831 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 10747--10854 Score: 162
Period size: 54 Copynumber: 2.0 Consensus size: 54
10737 NNNNNNNNNN
* * *
10747 AACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
1 AACATGAACAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * *
10801 AACATGAACAAAGACACATTCCTTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
1 AACATGAACAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
10855 GACTTCAAAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 48 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.24, G:0.13, T:0.20
Consensus pattern (54 bp):
AACATGAACAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
Found at i:11970 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11416--11971 Score: 504
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
11406 AAAACTGAAG
* * * * *
11416 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCTAATCCTTCAAAAGCC
1 CATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * ********** * *
11481 CTTTTAC-CCTCTCTAAACGGTTTAATAGCNNNNNNNNNNATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATT
66 CTATTACTCTTCT-TACATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
*
11545 TATTGTTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTTCCTTGGGAAA
130 T-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GGAAA
* * * * *
11587 CATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTTACCCAAGCCTTCAATAGCC
1 CATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
* * *
11652 TTATTACTCTTCTTACATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTATATTT
66 CTATTACTCTTCTTACATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * *
11717 TTATTTAAAACTGTTTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAA
131 TT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TTGGAAA
** *
11758 CATGAAG-ACAGATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGC
1 CATGAAGAACA-ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
***************
11822 CCTATTACTCNNNNNNNNNNNNNNNATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
65 CCTATTACTCTTCTTACATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* *
11887 TTTGGTTAAAACAGGTTATAATGGAATGTTTTCCTTGGAAAA
130 TTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGG-AAA
**
11929 CATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGGGAAGCCCATTTATA
1 CATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
11972 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 69, Indels: 12
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.03
171 293 0.95
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
CATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
CTATTACTCTTCTTACATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAA
Found at i:14182 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13875--15878 Score: 2018
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 171
13865 NNNNNNNNNN
* * * * *
13875 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTATAC
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAT
* * * * * * *
13939 ATTCTTGGTTGAAACAGATTATGATTGAATTTTTGCC-TTGAGAAAC-GGCAAGAAAAACCCATT
65 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTG-GAAACATG-AAGAAAAACCCATT
* * * *
14002 CAATGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAACCCTTCAAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* ** * * **********
14046 GCCTTATTACACTCTTTTTATGGTTTTGTAATCTCATAAGTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * *
14111 TTTTTGATTAACATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACACTTTCAT
66 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * * *
14176 TGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCATCAAAGCCTTTAAAA
131 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * * * * * *
14217 GCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGCTTTGTAATCCCATAATTGATTTTATGTTGAATGGTTCTTAC
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAT
* * * * **
14282 ATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATGGAATGTTT-GCTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
65 ATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-TGGAAACATGAAGAAAAACCCATT
* *
14345 CATTGGTAA-AAAAGGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
128 CATTGGCAAGAAAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * *
14389 GCCTTATTACTCTCTATAAATAGTTTTATAATCACATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
** * * ** * *** * *
14454 TTTTTGGCTAAACCAAATTATAATCAAATGTTTTCCACAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAT
66 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * * * * * *
14519 TGACAAGAAATGCTCATTTGTAGTTACCCAATCCTTCGAAA
131 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * * **
14560 GCCATATTACTCTCTTTTTAATCGGTTTAAT-ATACTTAAAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTT
1 GCCTTATTACTCTC-TTTAAAT-GGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
14624 ATATTTTT-AGTTAAAACATATTATCATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCAT
63 ATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCAT
* * *
14688 TCATCGGTAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
127 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* **
14733 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * *
14798 TGTTTGATTAAAACAGGTTATAATTAAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCAT
66 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
14863 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
131 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* *
14904 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
14969 GTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGGAAAAAATGAAGAAAAACTCATTCA
66 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCA
**
15033 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGGCAAGCCTTCAAAA
130 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * *
15075 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAGTTTTTAATA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * ** * * *** *
15140 TTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAATATGAAGAAAAATGAAGTT-G
66 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCA-TTCA
* * * * * *
15204 TTAGTATG-AAAGTCCATTTATA-TGCACCTAATCCTTCAAAA
130 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT-CACCCAAGCCTTCAAAA
** * * *
15245 GCCTTATTACTAGCTATAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * *** **
15310 ATTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCCCGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA
66 TTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * * * * *
15374 TTGGTATTG-AAAGTCCAATTATATTTACCCAAGCCTTCCAAA
130 TTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * *
15416 GCCTTGTTTCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
** * * *
15480 TTTTTGGCTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGTGAAACATGAAGAAAAACTCATTCA
66 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* *
15544 TTGACAAGAGAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
130 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* *
15585 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * *** * *
15650 TTTTTTATTAAAACAGGTTGTAATTGAATTTTTGCCCCGGGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCAG
66 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
*
15715 TGGCAA-AAACAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCC-TCTAAAA
131 TGGCAAGAAA-AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAA
* * *
15756 GCCTTATTACTCTGTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTT-AATTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTAT
* * *
15820 ATTTTT-AGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTTCC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACC
65 ATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTG-GAAACATGAAGAAAAACC
15879 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1506, Mismatches: 292, Indels: 70
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 88 0.06
170 259 0.17
171 862 0.57
172 170 0.11
173 127 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
Found at i:15091 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 13875--15878 Score: 2077
Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 341
13865 NNNNNNNNNN
* *
13875 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATA-TCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTT-TTTAT
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTT-T
* * * * * * * **
13937 ACATTCTTGGTTGAAACAGATTATGATTGAATTTTTGCCTT-GAGAAACGGCAAGAAAAACCCAT
63 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAATG-AAGAAAAACCCAT
* * * * * **
14001 TCAATGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAACCCTTCAAAAGCCTTATTACACTCTTTTTA
127 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * ********** * *
14066 TGGTTTTGTAATCTCATAAGTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGATTAACATAGATTA
192 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTA
* * * *
14131 TAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACACTTTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTA
257 TAATTGAATGTTTTCC-TTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * *
14196 TAGTCATCAAAGCCTTTAAAA
321 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * * * * * *
14217 GCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGCTTTGTAATCCCATAATTGATTTTATGTTGAATGGTTCTTAC
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-TTAT
* * ** * **
14282 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATGGAATGTTTG-CTTCTAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
65 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAAAATGAAGAAAAACCCATTC
* * *
14346 ATTGGTAA-AAAAGGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAAT
129 ATTGGCAAGAAAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
* * * * ** * *
14410 AGTTTTATAATCACATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTGGCTAAACCAAATTAT
193 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTAT
** ** * * * * * *
14475 AATCAAATGTTTTCCACAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAATGCTCATTTGT
258 AATTGAATGTTTTCC-TTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
* * *
14540 AGTTACCCAATCCTTCGAAA
322 AGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * * * * ** *
14560 GCCATATTACTCTCTTTTTAATCGGTTTAATATACTTAAAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTA
1 GCCTTATTACTCTC-TTTAAAT-GGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
* * * * *
14625 TATTTTTAGTTAAAACATATTATCATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTC
64 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACCCATTC
* * *
14690 ATCGGTAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
129 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG
* ** * *
14755 GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCATGTTTGATTAAAACAGGTTATA
194 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATA
* *
14820 ATTAAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
259 ATTGAATGTTTTCCTT-GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
14885 GTCACCCAAGCCTTCAAAA
323 GTCACCCAAGCCTTCAAAA
14904 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
* * *
14969 GTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACTCATTCAT
66 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACCCATTCAT
** *
15034 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGGCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGTT
131 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* * * * * * *
15099 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAGTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTACAAT
196 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
* *** * * * * *
15164 TGAATGTTTGT-CTTGGGAAATATGAAGAAAAATGAAGTT-GTTAGTATG-AAAGTCCATTTATA
261 TGAATGTTT-TCCTT-GGAAACATGAAGAAAAACCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* *
15226 -TGCACCTAATCCTTCAAAA
323 GT-CACCCAAGCCTTCAAAA
** * * * *
15245 GCCTTATTACTAGCTATAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
* * ** * * **
15310 ATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCCCGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCAT
66 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACCCATTCAT
* * * * * * * * *
15375 TGGTATTG-AAAGTCCAATTATATTTACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTGTTTCTCTCTTTAAATGG
131 TGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* ** *
15439 TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGCTAAAACATATTATAA
195 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAA
* * * *
15503 TTGAATGTTTGCCTTGTGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAGAA-CCCATTTATAG
260 TTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
15567 TCACCCAAGCCTTCAAAA
324 TCACCCAAGCCTTCAAAA
* *
15585 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TGTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTAT
* * * ** *
15649 ATTTTTTA-TTAAAACAGGTTGTAATTGAATTTTTGCCCCGGGAAACAA-GAAGAAAAACCCATT
65 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACCCATT
* * *
15712 CAGTGGCAA-AAACAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCC-TCTAAAAGCCTTATTACTCTGTTTAA
128 CATTGGCAAGAAA-AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * * *
15775 AAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTT-AATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAGC
191 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGA
15838 TTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACC
254 TTATAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAACATGAAGAAAAACC
15879 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1362, Mismatches: 270, Indels: 61
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 253 0.19
341 297 0.22
342 290 0.21
343 225 0.17
344 257 0.19
345 32 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTTTTCCTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
ACCCAAGCCTTCAAAA
Found at i:16891 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16165--16907 Score: 462
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
16155 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
16165 CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTT-AATGTTTTCATAT
1 CTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAG-TTGAATATTTTTATAT
* * * * * * *
16229 TTTTGGTTAAAAGAGCTTATAATTGAATGTGTT-CCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT
65 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT-TTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCAT
* * ********** *
16293 TGGTAAGAGAAGNNNNNNNNNNGTCACCTAAGCCTTCAAAAGC
129 TAGCAAGAGAAGCTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
* * * ** * * *
16336 CTTATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
* ************* * * **
16401 TTTGGTTAAAACAGATTATANNNNNNNNNNNNNCTTCAG-AAACATGACGACAAATTCATTCATT
66 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT
* * ** * *
16465 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAACCAAGCTTTCAAAAGC
130 AGCAAGAGAAGCTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
* * * * * ********** *
16507 CTTATTACTCTCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATATTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
* * * *
16572 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTCCTTAGAAAGCATGAAGAAAAAACCATTCATTG
66 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTA
* * *
16637 GTAAGAGAAGCTTATTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGC
131 GCAAGAGAAGCTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
** * * * * *
16678 CTTATTTTTCTCTTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTA-ATT
1 CTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
* * * *
16742 TTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACC-TAGAGAAATATGAAG-AAAAACCAATTCAT
66 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAACC-ATTCAT
* *
16805 TAGCACGA-AAGTCTAA-TTATA-TGCACCCAATCCTTCAAAAGC
129 TAGCAAGAGAAG-CTAATTTATAGT-CACCCAAGCCTTCAAAAGC
* *
16847 CTTATTACTCGCTCT-AAATGGTTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTGGAATATTTTTA
1 CTTATTACTCGCT-TGAAATGATTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATATTTTTA
16908 CAATTTTNNN
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 124, Indels: 20
0.75 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 86 0.20
170 59 0.13
171 292 0.67
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
TTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTA
GCAAGAGAAGCTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
Found at i:17850 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17564--19321 Score: 1751
Period size: 172 Copynumber: 10.4 Consensus size: 171
17554 NNNNNNNNNN
* * * * * *
17564 AATTGATTTTAAGTTGAATGGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATGGAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
* ** * * * *
17629 TT-AAGAAATTTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGCCCATTTATAGTCATCCAAACCT
65 TTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * **
17693 TCAAAAGCCTTATTATTCTCTATAAATGGTTGCATAATCTCAT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
17736 AATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTCTCTATTATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
* * *
17801 ATGGAAAAGC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
65 TTGGAAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* *
17865 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
17908 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTGTTATATTTTTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGGTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
* * * * * *
17973 TGGGAAACATGAAGAAAAA-CCTATTCACTGGCAAGAAAATCCCACTTATAGTCACCCAGGCTTT
66 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * *
18037 CAAAAGTCTTATTGCTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
130 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
18079 GATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTCA-TTAAAACTA-ATTTTAATTGCATGTTTGC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTTC
* * * *
18141 CTTGGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCT
64 CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * *
18206 TCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
18249 AATTGATTTTTAGTT-ATATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATGGAATGTTTAT-
1 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-TC
* * * * *
18312 -TTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAGGCTCATTTATAGTCAACCAAGCC
64 CTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* *
18376 TTCAAAAGCCTTATT-C-CTCTTTATAA-------ATAATTTTAT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
18412 AATTGATTTTAATTTAAATTTGTTTCTATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTT-C-
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
* *** * *
18475 -------CAT---GAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAATTCATTTATAATCACCCAACCCTTC
66 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * *
18530 ACAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTGATAACCTCAA
131 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
18571 AATTGGTTTTAAGTTAAATGTTTTTATA-TTTCATGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
* * * ** * *
18635 ATAGAAAATC-TAAAGAAAATTCCATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCT
65 TTGGAAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
*
18699 TCAAAAGCCTTATTACTC-CGTTTAAATGGCTTTATAGA-CTCA-
129 TCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTTAAATGGTTTTATA-ATCTCAT
* ***
18741 AATTGATTTTTAGTTGAATGCATTTATATTTTT-GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
* * * *** * *
18805 AT-GAGAAACTTGAAGAATAAGCCATTCATTAAAAAGAAAAGCCCATTTATAATCA-CCAACGGC
65 TTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA-GCC
18868 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
18912 AATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGATTGTAATGGAATTTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCC
* * * * *
18977 TTGGGAAACAAGAAGAAAAACCCATGCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
65 TTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* *
19042 CGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
130 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
19084 AATTGAGTTTATG-TGAAATTTTTTTACATTTTCAGTTGAAATTGATTATAATTGCATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-TC
* * * **
19148 CTGGGAAACACA-AAAAAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
64 CTTGGAAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * *
19212 ATCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
19256 AATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAATATATTCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
19321 T
66 T
19322 CAGAAACCTA
Statistics
Matches: 1306, Mismatches: 222, Indels: 117
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
151 55 0.04
152 3 0.00
153 7 0.01
154 3 0.00
158 3 0.00
159 54 0.04
160 1 0.00
162 1 0.00
163 60 0.05
164 1 0.00
168 1 0.00
169 19 0.01
170 278 0.21
171 376 0.29
172 433 0.33
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
Done.